청구종중은 비영리내국법인이므로「소득세법」 상 세율이 아니라「법인세법」상 세율을 적용하여야 한다는 청구주장을 받아들이기 어려움

[주 문] 심판청구를 기각한다. [이 유]

• 가. 청구법인은 OOO도 OO시 OO구 OO면 OOO에 사업장을 둔 OOO(이하 “청구종중”이라 한다)은 2015. 9.15. OOO도 OO시 OO구 OO읍 OOO 외 12필지의 토지를 양도하고 2015년 귀속 양도소득세 예정신고 시 OOO도 OO시 OO구 OO읍 OOO 외 7필지(이하 “쟁점토지”라 한다)에 대해서는 8년 이상 자경농지에 따른 감면을 적용하여 2015년 귀속 양도소득세를 신고하였다.
• 나. OO지방국세청장은 처분청에 대한 종합감사 시 청구종중은 법인으로 보는 단체로 승인(2015.2.13.)을 받아 비영리내국법인에 해당하여 8년 이상 자경농지에 대한 양도소득세 감면을 적용할 수 없다는 감사지시를 하였고, 처분청은 이에 따라 2018.3.20. 청구종중에게 2015사업연도 법인세 OOO원을 경정․고지하였다.
• 다. 이에 불복하여 2018.6.10. 이의신청을 거쳐 2018.10.28. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 청구종중은 거주자가 아니라 비영리내국법인에 해당하므로 해당 자산양도차익에 대하여법인세법을 준용하여 세액을 산출하는 것이 타당하므로 처분청이소득세법상 세율을 적용하여 과세한 처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 비영리내국법인이 자산양도소득 과세특례규정을 적용하는 경우에는 당해 자산의 양도소득에 대하여소득세법제92조의 규정을 준용하여 계산한 과세표준에 같은 법 제104조 제1항 각 호의 세율을 적용하여 계산한 금액을 법인세로 납부하도록법인세법제62조의 제2항에서 규정하고 있어소득세법상 세율에 따라 과세한 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 청구종중은 비영리내국법인에 해당하므로소득세법상 세율이 아닌법인세법상의 세율을 적용하여야 한다는 청구주장의 당부
• 나. 관련 법령 (1) 법인세법 제3조 【과세소득의 범위】

① 법인세는 다음 각 호의 소득에 대하여 부과한다. 다만, 비영리내국법인과 외국법인에 대하여는 제1호 및 제3호의 소득에 대하여만 법인세를 부과한다.

2. 청산소득(淸算所得)

3. 제55조의2 및 제95조의2에 따른 토지등 양도소득

4. 제56조에 따른 미환류소득

② 연결법인의 각 사업연도의 소득은 제76조의14 제1항의 각 연결사업연도의 소득으로 한다.

③ 비영리내국법인의 각 사업연도의 소득은 다음 각 호의 사업 또는 수입(이하 "수익사업"이라 한다)에서 생기는 소득으로 한다.

1. 제조업, 건설업, 도매업ㆍ소매업, 소비자용품수리업, 부동산ㆍ임대 및 사업서비스업 등의 사업으로서 대통령령으로 정하는 것

2. 소득세법제16조 제1항에 따른 이자소득

3. 소득세법제17조 제1항에 따른 배당소득

4. 주식ㆍ신주인수권(新株引受權) 또는 출자지분(出資持分)의 양도로 인하여 생기는 수입

5. 고정자산(고유목적사업에 직접 사용하는 고정자산으로서 대통령령으로 정하는 것은 제외한다)의 처분으로 인하여 생기는 수입 6.소득세법제94조 제1항 제2호 및 제4호에 따른 자산의 양도로 인하여 생기는 수입

7. 제1호부터 제6호까지의 규정 외에 대가(對價)를 얻는 계속적 행위로 인하여 생기는 수입으로서 대통령령으로 정하는 것 (2) 법인세법 제62조의2 【비영리내국법인의 자산양도소득에 대한 과세특례】

① 비영리내국법인(제3조 제3항 제1호에서 규정하는 수익사업을 하는 비영리내국법인은 제외한다. 이하 이 조에서 같다)이 제3조 제3항 제4호부터 제6호까지의 수입으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자산의 양도로 인하여 발생하는 소득(이하 이 조에서 "자산양도소득"이라 한다)이 있는 경우에는 제60조 제1항에도 불구하고 과세표준 신고를 하지 아니할 수 있다. 이 경우 과세표준 신고를 하지 아니한 소득은 제14조에 따른 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 포함하지 아니한다. 1.소득세법제94조 제1항 제3호에 해당하는 주식등과 대통령령으로 정하는 주식등

2. 토지 또는 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함한다) 3.소득세법제94조 제1항 제2호 및 제4호의 자산

② 제1항에 따라 과세표준의 신고를 하지 아니한 자산양도소득에 대하여는소득세법제92조를 준용하여 계산한 과세표준에 같은 법 제104조 제1항 각 호의 세율을 적용하여 계산한 금액을 법인세로 납부하여야 한다. 이 경우 같은 법 제104조 제4항에 따라 가중된 세율을 적용하는 경우에는 제55조의2를 적용하지 아니한다.

③ 제2항을 적용할 때소득세법제92조를 준용하여 계산한 과세표준은 자산의 양도로 인하여 발생한 총수입금액(이하 이 조에서 "양도가액"이라 한다)에서 필요경비를 공제하고, 공제한 후의 금액(이하 "양도차익"이라 한다)에서소득세법제95조 제2항 및 제103조에 따른 금액을 공제하여 계산한다.

④ 제3항에 따른 양도가액, 필요경비 및 양도차익의 계산에 관하여는 소득세법제96조부터 제98조까지 및 제100조를 준용한다. 다만, 상속세 및 증여세법에 따라 상속세 과세가액 또는 증여세 과세가액에 산입되지 아니한 재산을 출연(出捐)받은 비영리내국법인이 대통령령으로 정하는 자산을 양도하는 경우에는 그 자산을 출연한 출연자의 취득가액을 그 법인의 취득가액으로 하며,국세기본법제13조 제2항에 따른 법인으로 보는 단체의 경우에는 같은 항에 따라 승인을 받기 전의 당초 취득한 가액을 취득가액으로 한다.

⑤ 자산양도소득에 대한 과세표준의 계산에 관하여는소득세법제101조 및 제102조를 준용하고, 자산양도소득에 대한 세액계산에 관하여는 같은 법 제93조를 준용한다.

⑥ 제2항에 따른 법인세의 과세표준에 대한 신고ㆍ납부ㆍ결정ㆍ경정 및 징수에 관하여는 자산 양도일이 속하는 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준의 신고ㆍ납부ㆍ결정ㆍ경정 및 징수에 관한 규정을 준용하되, 그 밖의 법인세액에 합산하여 신고ㆍ납부ㆍ결정ㆍ경정 및 징수한다. 이 경우 제76조 제1항을 준용한다.

⑦ 제2항에 따라 계산한 법인세는소득세법제105조부터 제107조까지의 규정을 준용하여 양도소득과세표준 예정신고 및 자진납부를 하여야 한다. 이 경우소득세법제112조를 준용한다.

⑧ 비영리내국법인이 제7항에 따른 양도소득과세표준 예정신고를 한 경우에는 제6항에 따른 과세표준에 대한 신고를 한 것으로 본다. 다만,소득세법제110조 제4항 단서에 해당하는 경우에는 제6항에 따른 과세표준에 대한 신고를 하여야 한다.

⑨ 제1항부터 제8항까지의 규정에 따른 자산양도소득에 대한 특례의 적용방법 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인의 심판청구서 및 처분청의 심리자료 등에 의하면, 아래와 같은 사실들이 나타난다. (가) 청구종중은 당초 2015년 귀속 양도소득세 예정신고 시 거주자로 보아 쟁점토지의 양도에 대해조세특례제한법제69조에 따라 자경농지에 대한 감면을 신청하였고, 처분청은 청구종중을 법인으로 보는 단체로 비영리내국법인에 해당하여 감면을 부인하여 과세처분하였으며, 양도소득세 신고 및 경정내역은 아래 <표1>과 같다. <표1> 신고 및 경정내역 (단위: 원, %) (나) 청구종중은 2015.2.12. OOO도 OO시 OO군 OO면 OOO을 사업장으로 하고 종중규약 및 종중회의록을 첨부하여 법인으로 보는 단체의 승인을 신청(개업일자: 2015.2.12.)하였고, 처분청은 2015.2.13. 법인으로 보는 단체로 승인하였다. (다) 처분청이 2015.2.26. 발급한 고유번호증을 보면 청구종중은 수익사업을 하지 않는 비영리내국법인 등으로 하여 고유번호(사업자번호: --)를 발급받았고 대표자는 변OOO인 것으로 나타난다. (라) 청구종중의 규약(작성일자 미기재)을 보면 제3조(목적)에서 “본회의 목적은 OOO도 OO시 OO군 OO면 OOO에 있는 승자, 지자 묘소의 수호관리 및 그 소속 재산을 영구보존하고 종친 간에 친목과 화합을 도모함을 목적으로 한다”라고 기재되어 있고, 제10조(사업)에서는 “본회의 사업은 선대의 산소 보존, 보수, 식수 및 추모사업 일체, 기타 본회원간의 친목을 위한 일체의 행사를 한다”라고 규정되어 있다. (마) 청구종중의 회의록(2015년 1월)을 보면 “쟁점토지의 매각 및 사용전환 필지에 대한 허가 설명함(변OOO 대표가 설명함)”이라고 기재되어 있고, 2015.9.4. 회의록에서는 “쟁점토지 매매 건에 대한 회의 결과 매도하기로 결의함(변OOO씨 자 변OOO)”이라고 기재되어 있다. (바) 청구종중은 쟁점토지의 매수자들로부터 청구종중의 총무인 변OOO의 명의의 계좌(---)로 매매대금을 지급받았고, 2015.3.5. 청구종중 명의의 계좌(---)를 개설하여 매매대금을 이체하였으며, 현재는 청구종중 명의의 또 다른 계좌(*---)에 보관중이라고 소명하며 각각의 통장 사본과 회의록을 제출하였다. (사) 청구종중은 쟁점토지를 취득한 이후 종중의 책임과 계산하에 종중원인 변OOO가 쟁점토지를 관리하며 자경하였음을 소명하면서, 2015.11.23. 2015년 귀속 양도소득세 예정신고 시 제출하였던 변OOO․변OOO․변OOO이 작성한 자경사실확인서와 인우보증서(작성일자: 2015.9.9.) 및 국립농산물품질관리원장이 2015.10.15. 발급한 농업경영체등록(변경등록)확인서를 제출하였고, 그 외 쟁점토지에서 작물을 재배하는 데 사용된 비료, 농약 등의 자료는 제출되지 않았으며, 쟁점토지에서 생산된 작물은 판매한 사실이 없다고 회신하였다. (아) 청구종중은 2015.2.12. 개업한 이래 법인세 및 부가가치세 등을 신고한 사실이 없는 것으로 확인된다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여 살피건대, 청구종중은 비영리내국법인에 해당하므로소득세법상 세율이 아닌법인세법상의 세율을 적용하여야 한다고 주장하나, 비영리내국법인이 자산양도소득에 대한 과세특례규정을 적용하는 경우에는 당해 자산의 양도소득에 대하여소득세법제92조의 규정을 준용하여 계산한 과세표준에 같은 법 제104조 제1항 각 호의 세율을 적용하여 계산한 금액을 법인세로 납부하도록법인세법제62조의2제2항에서 규정하고 있으므로법인세법상 세율을 적용하여 과세하여야 한다는 청구주장을 받아들이기는 어렵다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로국세기본법제81조, 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.