청구인이 영위한 업종이 중기업에 해당하는 중소기업특별세액 감면율을 적용하여 과세한 처분의 당부

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구인은 2007.10.19. 개업하여 “OOO”라는 상호로 벽돌 제조업을 영위하고 있는 사업자로, 2012년～2015년 귀속 종합소득세 신고시 소기업에 해당한다고 보아 조세특례제한법 제7조 의 중소기업에 대한 특별세액감면율 30%를 적용하여 신고하였다.
• 나. OOO(이하 “조사청”이라 한다)은 2018.3.28.부터 2018.4.26.까지 청구인에 대한 개인통합조사를 실시하여, 청구인의 사업이 조세특례제한법 제7조 제1항 제1호 바호의 하수․폐기물처리, 원료재생 및 환경복원업(이하 “폐기물처리업”이라 한다)으로 중기업에 해당하여 중소기업에 대한 특별세액감면율 15% 적용대상으로 보아 과세자료를 처분청에 통보하였고, 이에 따라 처분청은 2018.5.15. 청구인에게 종합소득세 2012년 귀속분 OOO원, 2013년 귀속분 OOO원, 2014년 귀속분 OOO원, 2015년 귀속분 OOO원, 합계 OOO원(가산세 포함)을 각 경정․고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2018.5.15. 심판청구를 제기하였다

• 가. 청구인 주장 청구인의 사업내용은 폐기물 처리와는 별개로 폐기물 처리 후에 재생된 원료로 벽돌을 제조하여 판매하는 사업으로, 이와 같은 경우 사업 업종을 폐기물처리업으로 볼 것인지 아니면 벽돌 제조업으로 볼 것인지가 쟁점인바, 중소기업기본법 시행령 별표3의 ‘주된 업종별 평균 매출액 등의 소기업 규모기준’을 보면, 해당 기업의 주된 업종의 분류 및 분류기호는 통계법 제22조 에 따라 통계청장이 고시한 한국표준산업분류에 따른다고 명시되어 있고, 한국표준산업분류표상 분류항목 E 하수․폐기물 처리, 원료재생 및 환경복원업(37-39) 2의 타 산업과의 관계 나란에 ‘재생된 원료로 특정의 제품을 제조하는 경우에는 제조업의 적정항목으로 분류된다’라고 명시되어 있음에도 불구하고 한국표준산업분류표상의 폐기물 처리에 대한 해석을 폐기물관리법에 따라야 한다는 처분청의 의견은 법적근거를 무시한 자의적인 해석이다. 청구인이 2007년부터 현재까지 11년 동안 계속 위 규정에 근거하여 중소기업에 대한 특별세액 감면을 적용하여 왔는데 갑자기 법적 근거도 없이 감면율을 하향조정한 것은 신의성실의 원칙과 실질과세의 원칙에도 벗어날 뿐만 아니라 납세자의 법적인 안정성을 해치는 처분으로 위법․부당하다.
• 나. 처분청 의견 청구인이 2012년부터 2015년까지 영위한 사업의 업종을 판단함에 있어 사업자등록증이나 공장등록증 등을 근거로 한 것이 아니라, 통계청장이 고시한 한국표준산업분류를 근거로 하였는바, 통계청장이 고시한 한국표준산업분류에 따르면, 산업분류시 생산단위가 수행하는 주된 산업활동의 종류에 따라 결정되며, 주된 산업활동은 부가가치, 산출액 등에 따라 결정되는 것으로 규정되어 있다. 이에 따라 청구인이 발행한 세금계산서 내역을 분석한 결과, 청구인의 2012년부터 2015년까지 총 매출액 OOO원 중 벽돌제조․판매 관련 매출은 OOO원으로 동 기간 총 매출액의 약 1.9%에 불과하고, 나머지 OOO원은 폐기물 처리 관련 매출이므로 청구인이 영위한 사업의 업종을 폐기물처리업으로 보아야 한다. 따라서, 청구인이 2012년부터 2015년까지 영위한 업종은 폐기물처리업에 해당하며, 중소기업기본법 시행령 별표3에 따라 청구인의 매출액은 OOO원 이상으로 중기업에 해당하여 중소기업에 대한 특별세액감면율 15%를 적용하여 과세한 처분은 정당하다.

• 가. 쟁 점 청구인이 2012년부터 2015년까지 영위한 업종을 폐기물처리업으로 보아 중기업에 해당하는 중소기업특별세액 감면율(15%)을 적용하여 과세한 처분의 당부
• 나. 관련법령

(1) 조세특례제한법(2015.12.15. 법률 제13560호로 개정되기 전의 것) 제7조(중소기업에 대한 특별세액감면) ① 중소기업 중 다음 제1호의 감면 업종을 경영하는 기업에 대해서는 2017년 12월 31일 이전에 끝나는 과세연도까지 해당 사업장에서 발생한 소득에 대한 소득세 또는 법인세에 제2호의 감면 비율을 곱하여 계산한 세액상당액을 감면한다. 다만, 내국법인의 본점 또는 주사무소가 수도권에 있는 경우에는 모든 사업장이 수도권에 있는 것으로 보고 제2호에 따른 감면 비율을 적용한다.

• 마. 제조업
• 바. 하수ㆍ폐기물 처리(재활용을 포함한다), 원료재생 및 환경복원업

• 다. 소기업이 수도권 외의 지역에서 제1호에 따른 감면 업종 중 도매업 등을 제외한 업종을 경영하는 사업장: 100분의 30
• 바. 중기업이 수도권 외의 지역에서 제1호에 따른 감면 업종 중 도매업 등을 제외한 업종을 경영하는 사업장: 100분의 15 (2) 조세특례제한법 시행령(2016.2.5. 대통령령 제26959호로 개정되기 전의 것) 제6조(중소기업에 대한 특별세액감면) ⑤ 법 제7조 제1항 제2호 가목에서 "대통령령으로 정하는 소기업"이란 중소기업 중 해당 기업에 계속하여 고용되어 있는 근로자로서 기획재정부령으로 정하는 자의 수가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 요건을 충족하는 기업을 말한다. 다만, 매출액이 100억원 이상인 경우에는 소기업으로 보지 아니한다.

1. 제조업을 주된 사업으로 영위하는 경우에는 100명 미만일 것

2. 작물재배업·어업·축산업·광업·건설업·출판업·물류산업 또는 운수업중 여객운송업을 주된 사업으로 영위하는 경우에는 50명 미만일 것

3. 기타의 사업을 주된 사업으로 영위하는 경우에는 10명 미만일 것

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인과 처분청이 제시한 심리자료에 의하면 아래와 같은 사실이 나타난다. (가) 청구인이 2012년～2015년 귀속 종합소득세 신고시 조세특례제한법 제7조 의 중소기업에 대한 특별세액감면율 30%를 적용하여 아래 <표>와 같이 종합소득세를 신고하였다. (나) 처분청이 청구인의 2012년～2015년 부가가치세 매출내역 및 종업원수를 분석한 자료는 아래 <표>와 같다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구인은 자신이 영위하는 사업이 폐기물 처리 후에 재생된 원료로 벽돌을 제조하여 판매하는 사업으로 제조업에 해당하므로 중소기업특별세액 감면율 30%를 적용하여야 한다고 주장하나, 이 건의 경우 2012년～2015년 귀속으로서 2016.2.5. 대통령령 제26959호로 개정되기 전의 구 조세특례제한법 시행령의 적용대상이며, 동 시행령 제6조의 규정에 따라 소기업 여부에 대해 판단함에 있어 업종별 상시종업원 수 및 매출액을 기준으로 판단하여야 하는바, 청구인이 2012～2015년 영위한 업종을 보면 총 매출액 중 폐기물처리 매출액 비율이 2012년 97.05%, 2013년 97.62%, 2014년 98.19%, 2015년 98.95%로 조사된 것을 볼 때 청구인은 폐기물처리업을 주된 사업으로 영위하는 경우라고 볼 수 있고, 상시종업원 수를 기준으로 보면 구 조세특례제한법 시행령 제6조 제5항 제3호 에서 기타의 사업을 주된 사업으로 영위하는 경우에는 10명 미만의 근로자가 있는 기업을 소기업으로 보도록 하고 있는데 청구인이 영위한 사업은 10명을 초과(2012년 20명, 2013년 22명, 2014년 21명, 2015년 19명)하여 소기업에 해당하지 아니한다. 따라서, 처분청이 2012년～2015년 청구인이 폐기물처리업을 영위하였다고 보아 중기업에 해당하는 중소기업특별세액 감면율 15%를 적용하여 과세한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.