쟁점세금계산서는 재화나 용역의 공급시기 이후에 발행된 세금계산서에 해당하는 점, 청구법인은 지속적으로 시설공단과 선로 등 사용계약을 체결하여 온 상태라서 충분히 잠정가액으로 세금계산서를 수수하고 추후 공급가액이 확정되면 수정세금계산서를 수수할 수 있었음에도 이를 이행하지 아니한 점 등에 비추어 이 건 거부처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단됨
쟁점세금계산서는 재화나 용역의 공급시기 이후에 발행된 세금계산서에 해당하는 점, 청구법인은 지속적으로 시설공단과 선로 등 사용계약을 체결하여 온 상태라서 충분히 잠정가액으로 세금계산서를 수수하고 추후 공급가액이 확정되면 수정세금계산서를 수수할 수 있었음에도 이를 이행하지 아니한 점 등에 비추어 이 건 거부처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단됨
심판청구를 기각한다.
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
(1) 청구법인과 OOO은 2017년 8월 보수적으로 법률자문 결과를 근거로 2016.12.31.을 작성일자로 하는 세금계산서를 수수하고 매입세 액을 불공제하여 2016년 제2기 부가가치세 수정신고를 하였으나, 세금 계산서 수수를 통한 과세자료 양성화를 목적으로 부가가치세법에 전단계세액공제제도를 도입한 취지 등을 고려하면 청구법인과 OOO 간에 동일한 금액의 세금계산서를 수수하여 과세자료 양성화에 아무런 영향을 미치지 않았고 세수일실 또한 발생하지 아니한 반면, 오히려 매입세액을 불공제함에 따라 청구법인과 OOO 간에 불합리한 납부세액과 가산세만 발생하여 국가가 중복하여 세액을 징수한 결과가 되어 청구법인에게 가혹하고 불합리한 재산권 침해가 발생되었다. 따 라서 처분청은 청구법인이 OOO으로부터 수취한 쟁점세금계산서상 부가가치세 매입세액을 공제함이 타당하다.
(2) 쟁점세금계산서를 지연하여 수취한 것은 고의적인 과세거래의 교란행위가 아니고, 최초 쟁점계약을 체결한 시점인 2016년 말 기준으로 그 공급가액을 산정하기에 시간이 부족하여 2017년이 되어서야 가능하였고, 이는 공급가액이 정해지지 않아 그 가액이 확정된 것으로 볼 수 없으므로 역무의 대가가 확정되지 아니한 경우로 보아야 한다. 또한, 계약상 공급가액과 지급시기 등이 정해져 있지 아니하여 계약 당시 세금계산서 발급을 기대하는 것은 무리하다 할 것이다. 따라서 이는 국세기본법 제48조 제1항 에서 규정한 가산세 감면의 정당한 사유에 해당되므로 처분청은 쟁점세금계산서와 관련한 가산세를 100% 감면함이 타당하다.
(1) 청구법인은 공급가액을 산정할 수 없었다고 주장하나, 통상적인 공급의 경우 역무의 제공이 완료되는 때이고, 역무가 현실적으로 제 공됨으로써 역무를 제공받는 자가 역무제공의 산출물을 사용할 수 있는 상태에 놓이게 된 시점을 의미하는바OOO, 청구법인과 OOO과의 이 건 거래는 새로운 거래로 볼 수 없고, 선로사용료 등을 OOO으로부터 2005년경부터 지급받아야 할 유지보수비 총액에서 국가가 청구법인에게 지원하는 유지보수비를 제외한 금액과 상계처리한 점, 2005년경부터 해당 거래로 세금계산서 교부 및 부가가치세를 신고·납부한 점 OOO 등으로 보아 청구법인이 2017년 8월까지 공급가액을 산정할 수 없었다는 주장은 납득하기 어렵다. 또한, 청구법인은 이와 관련하여 법률자문을 받은 결과, 2016.12.31.을 공급시기로 하여 세금계산서를 수수하였고, 사용료를 유지보수비로 갈음하였으므로 역무 제공의 완료일은 2016년 말로 보아야 하고, 예외적인 용역의 공급시기는 통상적인 것을 배제할 만한 특단의 사정이 있지 않는 한 부가가치세의 징수 질서를 해하지 않는 범위 내에서만 허용되어야 한다.
(2) 이 건의 거래시기는 2016년 제2기임에도 청구법인이 쟁점세금 계산서를 발급받은 날은 2017.8.30.이다. 이는 공급시기가 지난 후 공급 시기가 속하는 과세기간에 대한 확정신고기한 내에 발급하지 아니한 경우라서 쟁점세금계산서상 매입세액은 부가가치세법 제39조 에서 규정하는 공제하지 아니하는 매입세액에 해당하므로 이 건 매입세액은 공제할 수 없다.
(3) 청구법인은 부득이하게 쟁점세금계산서를 공급시기 이후에 발급받았다고 주장하나, OOO과 계약을 이미 체결하여 충분히 잠정가액으로 세금계산서를 발급할 수 있었고, 이 건은 추후 공급가액이 확정된 후에 수정세금계산서를 발급할 수 있었음에도 미발급한 경우라서 국세기본법 제48조 제1항 의 가산세 감면의 정당한 사유에 해당하지 아니하므로 이 건 가산세 부과처분은 정당하다.
① 쟁점세금계산서상 매입세액이 공제받지 못할 매입세액에 해당하는지 여부
② 가산세 감면의 정당한 사유가 있는지 여부
(1) 국세기본법 제48조[가산세 감면 등] ① 정부는 이 법 또는 세법에 따라 가산세를 부과하는 경우 그 부과의 원인이 되는 사유가 제6조제1항에 따른 기한연장 사유에 해당하거나 납세자가 의무를 이행하지 아니한 데 대한 정당한 사유가 있는 때에는 해당 가산세를 부과하지 아니한다.
(2) 부가가치세법 제16조[용역의 공급시기] ① 용역이 공급되는 시기는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 때로 한다.
2. 시설물, 권리 등 재화가 사용되는 때
② 제1항에도 불구하고 할부 또는 조건부로 용역을 공급하는 경우 등의 용역의 공급시기는 대통령령으로 정한다. 제39조[공제하지 아니하는 매입세액] ① 제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.
1. 제54조 제1항 및 제3항에 따라 매입처별 세금계산서합계표를 제 출하지 아니한 경우의 매입세액 또는 제출한 매입처별 세금계산서 합계표의 기재사항 중 거래처별 등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우 그 기재사항이 적히지 아니한 부분 또는 사실과 다르게 적힌 부분의 매입세액 (3) 부가가치세법 시행령 제29조[할부 또는 조건부로 용역을 공급하는 경우 등의 용역의 공급시기] ② 법 제16조 제2항에 따른 용역의 공급시기는 다음 각 호의 구분에 따른다.
1. 역무의 제공이 완료되는 때 또는 대가를 받기로 한 때를 공급시기로 볼 수 없는 경우: 역무의 제공이 완료되고 그 공급가액이 확정되는 때
2. 세금계산서 또는 수입세금계산서를 발급받지 아니한 경우 또는 발급받은 세금계산서 또는 수입세금계산서에 제32조 제1항 제1호부터 제4호까지의 규정에 따른 기재사항(이하 "필요적 기재사항"이라 한다)의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우의 매입세액. 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다. 제75조[세금계산서 등의 필요적 기재사항이 사실과 다르게 적힌 경우 등에 대한 매입세액 공제] 법 제39조 제1항 제2호 단서에서 "대통령령으로 정하는 경우"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.
1. 제11조 제1항 또는 제2항에 따라 사업자등록을 신청한 사업자가 제11조 제5항에 따른 사업자등록증 발급일까지의 거래에 대하여 해당 사업자 또는 대표자의 주민등록번호를 적어 발급받은 경우
2. 법 제32조에 따라 발급받은 세금계산서의 필요적 기재사항 중 일부가 착오로 사실과 다르게 적혔으나 그 세금계산서에 적힌 나머지 필요적 기재사항 또는 임의적 기재사항으로 보아 거래사실이 확인되는 경우
3. 재화 또는 용역의 공급시기 이후에 발급받은 세금계산서로서 해당 공급시기가 속하는 과세기간에 대한 확정신고기한까지 발급받은 경우
(1) 청구법인은 2016.11.29. OOO과 쟁점계약을 체결하였고 계약 당시 쟁점계약에 따른 거래를 무상사용으로 보아 세금계산서를 미발급 하였다가 동 거래가 유상거래라는 법률자문을 받아 2017년 8월 아래 <표1>과 같이 관련 세금계산서를 수수한 후 2017.8.28. 2016년 제2기 부가가치세 OOO을 수정신고․납부하였다. OOO (
2. 한편, 청구법인은 2018.1.12. 공급가액이 확정되는 때를 공급시기로 보아야 한다는 사유로 아래 <표2>와 같이 매입세액 불공제액 OOO의 환급을 구하는 경정청구를 제기하였고, 처분청은 2018.3.12. 쟁점계약과 관련한 용역의 공급시기는 2016.12.31.임에도 쟁점세금계산서를 2017.8.30. 수취하였으므로 매입세액을 공제할 수 없다 하여 청구법인의 경정청구를 거부하였다. OOO
(3) 청구법인 및 처분청이 제시한 심리자료 등에 의하면 다음과 같은 사실이 확인된다. (가) 청구법인은 2005년부터 매년 OOO과 1년을 사용기간으로 하는 ‘일반철도 선로 등 사용계약’을 체결하여 오다가 2016.11.29. 사용기간을 2016.1.1.부터 2016.12.31.까지로 정하여 쟁점계약을 체결하였는데, 기존의 계약은 선로 등에 대한 사용계약으로 선로 등 사용료가 명시되어 있으나 쟁점계약은 선로 뿐 아니라 국가소유의 일반철도 역사 등 운영시설 일체에 대한 계약으로, 계약서상 별도로 공급시기 및 정 산에 관한 언급은 없는 것으로 나타나는바, 기존의 계약과 쟁점계약의 주요 내용은 다음과 같다. OOO (나) 국토교통부는 일반철도의 유지보수에 대하여 청구법인에게 위탁하여 시행하고 있고, OOO이 일반철도에 대하여 운영시설 사용계약에 따라 청구법인으로부터 징수하는 사용료는 연간 유지보수비 총액에서 국가가 청구법인에게 직접 지급하는 금액을 차감한 금액이므로, 운영시설 사용료와 유지보수비는 상계되어 세금계산서만 수수하고 부가가치세를 신고․납부하고 있는 것으로 나타난다. (다) 국토교통부는 2013.1.9. 청구법인과 OOO에게 ‘일반철도 시설자산의 관리 및 유지보수 관리체계 개선방안’ 방침에 따라 2013년 부터 청구법인과 OOO이 일반철도 유지보수계약을 체결하여 유지 보수 업무를 시행할 것을 공지하였고, 이에 따라 OOO은 2013.3.20. 청구법인과 사이에 위탁계약기간을 2013.1.1.부터 2015.12.31.까지로 정하여 유지보수계약을 체결하였고, 이후 2016년 6월 위탁계약기간을 2016.1.1.부터 2018.12.31.까지로 정하여 재차 계약을 체결하는데, 이전의 계약과 달라진 내용은 없으며 그 중 이 건과 관련된 부분은 다음과 같다. OOO (라) 청구법인과 OOO이 쟁점계약의 유상여부와 관련하여 의뢰한 ‘법률자문결과 요약서’에 의하면, 쟁점계약 제8조 제1항 문언의 형식과 내용을 고려할 때 ‘갈음’의 의미는 운영시설 유지보수비를 부담 하는 것을 조건으로 사용료 납부를 대신한다는 의미로 보인다고 기술되어 있다.
(4) 청구법인은 쟁점세금계산서를 지연수취한 것은 고의적인 과세거래의 교란행위가 아니고, 당초 쟁점계약을 체결한 2016년 말에는 그 공급가액이 확정되지 아니한 때로 2017년이 되어서야 가능하였으며, OOO과 동일한 금액의 세금계산서를 수수하여 과세자료 양성화에 영향을 미치지 아니하였고 세수일실도 발생하지 아니한 반면, 매입세 액을 불공제함에 따라 청구법인과 OOO 간에 불합리한 납부세액과 가산세만 발생하여 국가가 중복하여 세액을 징수한 결과가 초래되었으므로 쟁점세금계산서상 부가가치세 매입세액을 공제하고 가산세를 취소함이 타당하다고 주장한다.
(5) 한편, 처분청은 청구법인은 선로사용료 등을 OOO으로부터 2005년경부터 지급받아야 할 유지보수비 총액에서 국가가 청구법인에게 지원하는 유지보수비를 제외한 금액과 상계처리하고 세금계산서만 수수하여 부가가치세를 신고·납부하는 등 지속적으로 OOO과 운영시설 사용료계약 등을 체결하여 온 상태이므로 충분히 잠정가액으로 세금계산서를 수수하고 추후 공급가액이 확정되면 수정세금계산서를 수수할 수 있었음에도 이를 이행하지 아니한 경우라서 매입세액을 불공제하고 가산세를 부과한 이 건 처분은 정당하다는 의견이다.
(6) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 먼저 쟁점①에 대하여 살피건대, 부가가치세법 제39조 제1항 제2호 및 같은 법 시행령 제75조 제3호에서는 세금계산서 또는 수입세금계산서를 발급 받지 아니한 경우의 매입세액을 공제하지 아니하는 매입세액으로 하되 재화 또는 용역의 공급시기 이후에 발급받은 세금계산서로서 해당 공급 시기가 속하는 과세기간에 대한 확정신고기한까지 발급받은 경우에는 예외로 한다고 규정하고 있는바, 청구법인과 OOO은 쟁점거래의 공급시기인 2016년 제2기 부가가치세 확정신고기한이 경과한 2017년 8월에 이르러 쟁점세금계산서를 상호 작성·교부하였으므로 쟁점세금계산서는 재화나 용역의 공급시기 이후에 발행된 세금계산서에 해당하는 점, 청구법인은 OOO으로부터 2005년경부터 지급받아야 할 유지보수비 총액에서 국가가 청구법인에게 지원하는 유지보수비를 제외한 금액과 상계처리하고 세금계산서만 수수하여 부가가치세를 신고·납부하는 등 지속적으로 OOO과 선로 등 사용계약을 체결하여 온 상태라서 충분히 잠정가액으로 세금계산서를 수수하고 추후 공급가액이 확정되면 수정세금계산서를 수수할 수 있었음에도 이를 이행하지 아니한 점 등에 비추어 쟁점세금계산서는 공급시기가 사실과 다른 세금계산서에 해당한다 할 것이다. 따라서 처분청이 쟁점세금계산서상 관련 매입세액을 불공제하여 청구법인의 경정청구를 거부한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다. 다음으로 쟁점②에 대하여 살피건대, 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세의무자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고, 납세 등 각종 의무를 위반한 경우에 법이 정 하는 바에 따라 부과하는 행정상의 제재이고, 법령의 무지 또는 오인은 가산세 면제의 정당한 사유에 해당한다고 볼 수 없는바, 쟁점계약에 따라 시설 사용료 및 유지보수비를 상호 부담하는 것은 유상거래로서 세금계산서 교부대상에 해당하는 점, 쟁점거래는 수년간 지속적으로 발생한 것이라서 공급가액이 확정되지 아니하였다 하더라도 잠정가액 으로 세금계산서를 수수하였다가 추후 정산을 통하여 수정세금세산서를 수수할 수 있는 경우라서 의무를 이행하지 아니한 데 대한 정당한 사유가 있다고 보기 어려운 점 등에 비추어 처분청이 이 건 가산세를 면제하기는 어렵다 할 것이다. 따라서 처분청이 청구법인에게 가산세 감면의 정당한 사유가 있다고 보기 어렵다 하여 이 건 가산세를 면제하여 달라는 청구법인의 경정청구를 거부한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.