쟁점거래는 쟁점계약에 따라 청구법인이 공사에게 지급하여야 할 유지보수 용역의 대가와 공사가 청구법인에게 지급하여야 할 역사 등 운영시설의 사용료를 상계처리한 것으로서 법률상 또는 계약상 원인에 의해 이루어진 유상거래로 봄이 타당하고, 청구법인이 가산세 면제의 정당한 사유가 있었음을 입증하지 못하는 점 등에 비추어 청구주장은 받아들이기 어려움
쟁점거래는 쟁점계약에 따라 청구법인이 공사에게 지급하여야 할 유지보수 용역의 대가와 공사가 청구법인에게 지급하여야 할 역사 등 운영시설의 사용료를 상계처리한 것으로서 법률상 또는 계약상 원인에 의해 이루어진 유상거래로 봄이 타당하고, 청구법인이 가산세 면제의 정당한 사유가 있었음을 입증하지 못하는 점 등에 비추어 청구주장은 받아들이기 어려움
심판청구를 기각한다.
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
(2) 쟁점거래가 유상거래에 해당하여부가가치세법상 과세거래에 해당한다면 매입세액은 공제하는 것이 타당한바, 청구법인과 공사는 2017년 경 법률자문 결과를 근거로 2016년 12월 말을 작성일자로 하고 공급가액을 OOO원으로 하여 상호간에 세금계산서를 수수한 후, 매출세액은 납부하고 매입세액은 공제받지 못할 매입세액으로 하여 부가가치세를 수정신고․납부한 사실이 있다. 부가가치세법상 전단계 세액 공제제도의 도입 취지는 세금계산서 수수를 통한 과세자료의 양성화에 있는데, 쟁점계약에 따른 세금계산서 발급은 청구인과 공사 간에 동일한 금액을 발급하는 것으로 과세자료의 양성화를 저해할 우려가 없고, 세수 일실이 발생하지 않는데도 불구하고 오히려 매입세액 불공제를 함으로써 청구인과 공사 모두에게는 불합리한 납부세액과 가산세만 발생하여 불합리할 뿐만 아니라 재산권 침해가 발생하게 되므로 청구인에게 매입세액 불공제를 적용하는 것은 부당하다.
(3) 쟁점계약 관련 세금계산서는 계약상 공급가액과 지급시기 등이 정해져 있지 않아 유상거래임을 인지할 수 없어 부득이하게 미 발급한 것이고, 쟁점계약 상의 문구인 ‘갈음’의 의미에 대한 해석이 불분명하여 계약 당시에는 세금계산서 수수를 예상하는 것이 무리였으며, 설령 쟁점계약 체결 후 유상계약임을 인지하고 유지보수비를 계산한다 하더라도 최초 계약체결 시점인 2016년 말을 기준으로 볼 때 그 가액을 산정하는 것이 시간상 부족할 뿐만 아니라 쟁점계약 상 공급가액이 정해지지 않은 사정 등이 있었으므로 이는국세기본법제48조 제1항에서 규정한 정당한 사유에 해당하여 가산세를 OOO% 면제하여야 한다.
(1) 청구법인이 2016.11.29. 공사와 체결한 쟁점계약 제8조 제1항을 보면, 역사 등 운영시설 사용료는 공사의 유지보수비 부담으로 갈음한다고 되어 있는 바, 동 제8조 제1항 문언의 형식과 내용을 고려할 때 갈음의 의미는 운영시설의 유지보수비를 부담하는 것을 조건으로 사용료 납부를 대신한다는 것으로서 상계와 동일한 유상거래로 보아야 하고, 이와 관련하여 청구법인이 받은 법률자문 결과에서도 유상거래로 판단하고 있으며, 거래당사자인 공사 역시 유상거래임을 인정하여 청구법인으로부터의 쟁점거래 관련 매입세액에 대한 환급을 요청하는 경정청구서를 제출(2018.1.10.)한 사실이 있다.
(2) 쟁점거래의 거래 시기는 2016년 제2기 부가가치세 과세기간이고, 세금계산서를 교부받은 날은 2017.8.30.인바, 이는 공급시기가 지난 후 공급시기가 속하는 과세기간에 대한 확정신고 기한 내에 세금계산서를 발급하지 아니한 경우로서, 쟁점거래 관련 세금계산서는부가가치세법제39조의 제1항 제2호의 세금계산서를 발급받지 아 니한 경우에 해당하므로 공제하지 아니하는 매입세액으로 보아야 한
① 쟁점거래가 유상거래인지 여부
② 쟁점거래 관련 세금계산서 상 매입세액을 공제할 수 있는 지 여부
③ 가산세 감면의 정당한 사유가 존재하는지 여부
1. 사업자가 행하는 재화 또는 용역의 공급
제9조 [재화의 공급] ① 재화의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 따라 재화를 인도(引渡)하거나 양도(讓渡)하는 것으로 한다.
② 제1항에 따른 재화의 공급의 범위에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 제11조 [용역의 공급] ① 용역의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 따른 것으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것으로 한
2. 시설물, 권리 등 재화를 사용하게 하는 것
② 제1항에 따른 용역의 공급의 범위에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 제12조 [용역 공급의 특례] ① 사업자가 자신의 용역을 자기의 사업을 위하여 대가를 받지 아니하고 공급함으로써 다른 사업자와의 과세형평이 침해되는 경우에는 자기에게 용역을 공급하는 것으로 본다. 이 경우 그 용역의 범위는 대통령령으로 정한다.
② 사업자가 대가를 받지 아니하고 타인에게 용역을 공급하는 것은 용역의 공급으로 보지 아니한다. 다만, 사업자가 대통령령으로 정하는 특수관계인(이하 "특수관계인"이라 한다)에게 사업용 부동산의 임대용역 등 대통령령으로 정하는 용역을 공급하는 것은 용역의 공급으로 본다.
③ 고용관계에 따라 근로를 제공하는 것은 용역의 공급으로 보지 아니한다.
④ 제1항부터 제3항까지에서 규정된 사항 외에 용역의 공급에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 제16조 [용역의 공급시기] ① 용역이 공급되는 시기는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 때로 한다.
2. 시설물, 권리 등 재화가 사용되는 때 제32조 [세금계산서 등] ① 사업자가 재화 또는 용역을 공급(부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역의 공급은 제외한다)하는 경우에는 다음 각 호의 사항을 적은 계산서(이하 "세금계산서"라 한다)를 그 공급을 받는 자에게 발급하여야 한다.
1. 공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭
2. 공급받는 자의 등록번호. 다만, 공급받는 자가 사업자가 아니거나 등록한 사업자가 아닌 경우에는 대통령령으로 정하는 고유번호 또는 공급받는 자의 주민등록번호
5. 그 밖에 대통령령으로 정하는 사항
② 법인사업자와 대통령령으로 정하는 개인사업자는 제1항에 따라 세금계산서를 발급하려면 대통령령으로 정하는 전자적 방법으로 세금계산서(이하 "전자세금계산서"라 한다)를 발급하여야 한다.
③ 제2항에 따라 전자세금계산서를 발급하였을 때에는 대통령령으로 정하는 기한까지 대통령령으로 정하는 전자세금계산서 발급명세를 국세청장에게 전송하여야 한다.
⑦ 세금계산서 또는 전자세금계산서의 기재사항을 착오로 잘못 적거나 세금계산서 또는 전자세금계산서를 발급한 후 그 기재사항에 관하여 대통령령으로 정하는 사유가 발생하면 대통령령으로 정하는 바에 따 라 수정한 세금계산서(이하 "수정세금계산서"라 한다) 또는 수정한 전자세금계산서(이하 "수정전자세금계산서"라 한다)를 발급할 수 있다.
⑧ 세금계산서, 전자세금계산서, 수정세금계산서 및 수정전자세금계산서의 작성과 발급에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 제39조 [공제하지 아니하는 매입세액] ① 제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.
1. 제54조 제1항 및 제3항에 따라 매입처별 세금계산서합계표를 제출하지 아니한 경우의 매입세액 또는 제출한 매입처별 세금계산서합계표의 기재사항 중 거래처별 등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우 그 기재사항이 적히지 아니한 부분 또는 사실과 다르게 적힌 부분의 매입세액. 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.
2. 세금계산서 또는 수입세금계산서를 발급받지 아니한 경우 또는 발급받은 세금계산서 또는 수입세금계산서에 제32조 제1항 제1호부터 제4호까지의 규정에 따른 기재사항(이하 "필요적 기재사항"이라 한다)의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우의 매입세액. 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다
② 제1항에 따라 공제되지 아니하는 매입세액의 범위에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (2) 부가가치세법 시행령 제74조 [매입처별 세금계산서합계표를 제출하지 아니한 경우 등에 대한 매입세액 공제] 법 제39조 제1항 제1호 단서에서 "대통령령으로 정하는 경우"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.
1. 법 제32조에 따라 발급받은 세금계산서에 대한 매입처별 세금계산서합계표 또는 법 제46조 제1항에 따른 신용카드매출전표 등의 수령명세서(정보처리시스템으로 처리된 전산매체를 포함하며, 이하 "신용카드매출전표 등 수령명세서"라 한다)를 국세기본법 시행령제25조 제1항에 따라 과세표준수정신고서와 함께 제출하는 경우
2. 법 제32조에 따라 발급받은 세금계산서에 대한 매입처별 세금계산서합계표 또는 신용카드매출전표 등 수령명세서를 국세기본법 시행령제25조의3에 따라 경정청구서와 함께 제출하여 제102조에 따른 경정기관이 경정하는 경우
3. 법 제32조에 따라 발급받은 세금계산서에 대한 매입처별 세금계산서합계표 또는 신용카드매출전표 등 수령명세서를 국세기본법 시행령제25조의4에 따른 기한후과세표준신고서와 함께 제출하여 관할 세무서장이 결정하는 경우
4. 법 제32조에 따라 발급받은 세금계산서에 대한 매입처별 세금계산서합계표의 거래처별 등록번호 또는 공급가액이 착오로 사실과 다르게 적힌 경우로서 발급받은 세금계산서에 의하여 거래사실이 확인되는 경우
5. 법 제57조에 따른 경정을 하는 경우 사업자가 법 제32조에 따라 발급받은 세금계산서 또는 법 제46조 제3항에 따라 발급받은 신용카드매출전표 등을 제102조에 따른 경정기관의 확인을 거쳐 해당 경정기관에 제출하는 경우 제75조 [세금계산서 등의 필요적 기재사항이 사실과 다르게 적힌 경우 등에 대한 매입세액 공제] 법 제39조 제1항 제2호 단서에서 "대통령령으로 정하는 경우"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.
1. 제11조 제1항 또는 제2항에 따라 사업자등록을 신청한 사업자가 제11조 제5항에 따른 사업자등록증 발급일까지의 거래에 대하여 해당 사업자 또는 대표자의 주민등록번호를 적어 발급받은 경우
2. 법 제32조에 따라 발급받은 세금계산서의 필요적 기재사항 중 일부가 착오로 사실과 다르게 적혔으나 그 세금계산서에 적힌 나머지 필요적 기재사항 또는 임의적 기재사항으로 보아 거래사실이 확인되는 경우
3. 재화 또는 용역의 공급시기 이후에 발급받은 세금계산서로서 해당 공급시기가 속하는 과세기간에 대한 확정신고기한까지 발급받은 경우 (3) 국세기본법 제48조 [가산세 감면 등] ① 정부는 이 법 또는 세법에 따라 가산세를 부과하는 경우 그 부과의 원인이 되는 사유가 제6조 제1항에 따른 기한연장 사유에 해당하거나 납세자가 의무를 이행하지 아니한 데 대한 정당한 사유가 있는 때에는 해당 가산세를 부과하지 아니한다.
(1) 처분청이 제시한 심리자료에 나타난 청구법인의 2016년 제2기 확정 부가가치세 신고서 및 수정신고서 등의 주요 내용은 <표1>과 같은바, 쟁점거래를 유상거래로 보아 과세기간이 경과한 후에 세금계산서 작성일자를 소급하여 발행·수수한 후 부가가치세 OOO원을 추가로 수정신고·납부한 것으로 나타난다. <표1> 2016년 제2기 확정 부가가치세 신고내역(수정신고 포함) (단위: 원)
(2) 청구법인이 2017.12.28. 처분청에 제출한 경정청구서에 의하면, 쟁점계약에 대한 거래가 임차인이 부담하는 일상적인 관리비와 성격이 동일하므로 거래 관행상 유상거래로 볼 수 없고, 설령 유상거래라 하더라도 법인과 공사 간에 동일한 금액의 세금계산서를 발급하였으므로 과세자료 양성화의 효과가 없어 세수 일실이 발생하지 않는 반면, 양 당사자에게는 불합리한 납부세액과 가산세만 발생하여 국가는 중복해서 세금을 징수하게 되며, 결과적으로 납세자에게는 가혹하고 불합리한 재산권 침해가 발생하므로 쟁점거래에 대한 매입세액을 불공제하는 것은 부당하고, 쟁점거래에 있어 계약상 공급가액과 지급시기 등이 정해져 있지 않아 유상거래임을 인지할 수 없어 부득이하게 세금계산서를 미발급한 것이므로국세기본법제48조 제1항에서 규정한 정당한 사유에 해당하여 가산세를 OOO% 감면함이 타당하다고 주장하면서 수정신고 납부세액인 OOO원의 환급을 청구하였
(4) 청구법인은 2014년 경 국토교통부가 구조개혁 정책을 추진할 당시 구축한 철도시설관리체계의 문제점을 인식하고 개편 방안을 수립하여 2016년부터 미출자 시설의 무상사용 허가를 시설자산과 동일하게 사용계약 체계로 전환하도록 청구법인과 공사에게 통보하였고, 이후 협상이 이루어지지 않아 국토교통부의 중재로 2016.11.29. 쟁점계약을 체결하였다고 주장하며 쟁점계약서를 제출하였는바, 그 주요 내용을 보면, 제6조(사용조건 및 의무)에서 공사는 역사 등 운영시설을 사용함에 따라 발생하 는 유지보수비 및 공과금 등(대전지방법원 2015가단220396 손해 배 상 판결결과에 따른 세금 포함)을 부담하여야 하며, 철도 이 용 고객의 안전 및 보호를 위하여 주의의무를 다하여야 하되, 다 만, 주무 관청의 유지보수 업무 범위 변경 등이 있는 경우에 이를 따른 다고 하고 있고, 제8조에서 역사 등 운영시설 사용료는 2016년에 한하여 제15조에 의 한 공사의 유지보수비 부담으로 갈음한다고 하고 있으며, 제15조(유지보수 책임)에서 공사는 선량한 관리자로서의 역사 등 운영시설을 보존할 책임과, 그 사용에 필요한 유지보수 및 그 비용을 부담하여야 하고, 연간 유지보수계획을 작성하여 매년 1월말까지 청구법인에게 제출하여야 한다고 하였다.
(5) 처분청 담당자가 2018년 2월 작성한 부가가치세 경정청구 검토서의 주요 내용은 다음과 같다. (가) 무상거래 주장의 경우 청구법인이 2016.11.29. 공사와 체결한 쟁점계약 제8조 제1항에 역사 등 운영시설 사용료는 공사의 유지보수비 부담으로 갈음한다고 되어 있으므로 쟁점계약서 제8조 제1항 문언의 형식과 내용을 고려할 때 갈음의 의미는 운영시설 유지보수비를 부담하는 것을 조건으로 사용료 납부를 대신한다는 것으로서 상계와 동일한 유상거래로 보아야 하고, 이와 관련하여 청구법인이 받은 법률자문 결과에서도 유상거래로 판단한 바 있으며, 거래당사자인 공사 역시 유상거래임을 인정하여 쟁점거래 관련 매입세액에 대한 환급을 구하는 경정청구서를 제출(2018.1.10.)한 사실이 있으므로 유상거래로 보아야 한다. (나) 매입세액 공제 주장의 경우 쟁점거래의 시기는 2016년 제2기 확정 부가가치세 과세기간이고, 세금계산서를 교부받은 날은 2017.8.30.로 이는 공급시기가 지난 후 공급시기가 속하는 과세기간에 대한 확정신고 기한 내에 세금계산서를 발급하지 아니한 경우에 해당하므로 관련 매입세액은 공제하지 아니하는 매입세액에 해당한다. (다) 가산세 면제 주장의 경우 청구법인은 부득이하게 세금계산서를 미발급하였다고 주장하나, 쟁점계약은 이미 체결된 상태로 충분히 잠 정가액으로 세금계산서를 발급할 수 있었고, 추후 가액이 확정된 후에 수정세금계산서를 발급할 수 있었음에도 미발급한 것이므로 이 는 국세기본법제48조 제1항의 정당한 사유에 해당한다고 볼 수 없
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로국세기 본 법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한
결정내용은 붙임과 같습니다.