쟁점세금계산서 관련 매입세액을 매출세액에서 공제하지 아니하여 부가가치세를 과세한 처분의 당부

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구법인은 고속철도․일반철도선로 등을 한국철도공사에 임대하고 그 선로 등 사용료수입에 대하여 부가가치세 매출과세표준으로 신고하고 있으며, 고속철도․일반철도선로 유지보수(이하 “선로유지보수”라 한다)를 한국철도공사에 위탁하고 그 대가를 지급하면서 세금계산서를 발급받고 있다.
• 나. 청구법인은 선로유지보수와 별도로 한국철도공사와 일반철도건널목관리 위탁용역계약을 체결하였고, 민간사업자와 고속철도․일반철도 관련 국가중요시설(터널, 교량, 관제센터 등) 방호용역(일반철도건널목관리 위탁용역과 합하여, 이하 “쟁점용역”이라 한다)계약을 체결하였으며, 국토교통부장관(이하 “국가”라 한다)으로부터 출연금을 받아 쟁점용역에 대한 대가를 지급하면서 2012년 제2기 부가가치세 과세기간부터 2017년 제1기 부가가치세 과세기간까지(이하 “쟁점과세기간”이라 한다) 공급가액 합계 OOO원의 세금계산서(이하 “쟁점세금계산서”라 한다)를 발급받아 관련 매입세액을 매출세액에서 공제하였다.
• 다. 처분청은 쟁점세금계산서 관련 매입세액을 오로지 비과세사업과 관련된 경우로 보아 이를 매출세액에서 공제하지 아니하여 2018.1.15. 청구법인에게 쟁점과세기간에 대한 부가가치세 합계 OOO원(2012년 제2기분 OOO원, 2013년 제1기분 OOO원, 2013년 제2기분 OOO원, 2014년 제1기분 OOO원, 2014년 제2기분 OOO원, 2015년 제1기분 OOO원, 2015년 제2기분 OOO원, 2016년 제1기분 OOO원, 2016년 제2기분 OOO원, 2017년 제1기분 OOO원)을 각 경정․고지하였다.
• 라. 청구법인은 이에 불복하여 2018.3.29. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 청구법인과 한국철도공사 간의 고속철도․일반철도선로 등 임대차계약 목적물에는 선로 외에도 일반철도건널목과 철도관련 국가중요시설(터널, 교량, 관제센터 등)이 포함되는 것이고, 쟁점용역에 대한 비용은 임대인인 청구법인이 임대차목적물을 정상적으로 제공하기 위하여 반드시 필요한 것이며,부가가치세법은 매입세액의 공제와 관련하여 재원의 출처를 고려하지 아니함에도 그 재원이 무상출연금이라는 이유로 쟁점세금계산서 관련 매입세액을 불공제한 것은 위법하다.
• 나. 처분청 의견 매입세액의 실지귀속을 논하기 위해서는 청구법인이 수행하는 사업과의 관련성은 물론 나아가 관련 매입이 과세․면세․영세율․비과세매출 중 어느 곳에 반영되어 수익을 창출하는지 여부를 가려야 할 것으로, 설령 쟁점용역비가 선로임대업과 관련성이 있다 하더라도 선로사용료라는 수익의 창출 없이 별도의 국가출연금으로 전액 보전된다면 쟁점용역비는 국가출연금이라는 비과세수입에 귀속되는 비용이므로 쟁점세금계산서 관련 매입세액을 불공제한 것은 타당하다.

• 가. 쟁점 쟁점세금계산서 관련 매입세액을 매출세액에서 공제하지 아니하여 부가가치세를 과세한 처분의 당부
• 나. 관련 법률

(1) 부가가치세법 제29조[과세표준] ⑧ 사업자가 과세사업과 면세사업 및 부가가치세가 과세되지 아니하는 재화 또는 용역을 공급하는 사업(이하 "면세사업등"이라 한다)에 공통적으로 사용된 재화를 공급하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액을 공급가액으로 한다. 제39조[공제하지 아니하는 매입세액] ① 제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

1. 제54조 제1항 및 제3항에 따라 매입처별 세금계산서합계표를 제출하지 아니한 경우의 매입세액 또는 제출한 매입처별 세금계산서합계표의 기재사항 중 거래처별 등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우 그 기재사항이 적히지 아니한 부분 또는 사실과 다르게 적힌 부분의 매입세액.(단서 생략)

2. 세금계산서 또는 수입세금계산서를 발급받지 아니한 경우 또는 발급받은 세금계산서 또는 수입세금계산서에 제32조 제1항 제1호부터 제4호까지의 규정에 따른 기재사항(이하 "필요적 기재사항"이라 한다)의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우의 매입세액.(단서 생략)

4. 사업과 직접 관련이 없는 지출로서 대통령령으로 정하는 것에 대한 매입세액 5.개별소비세법제1조 제2항 제3호에 따른 자동차(운수업, 자동차판매업 등 대통령령으로 정하는 업종에 직접 영업으로 사용되는 것은 제외한다)의 구입과 임차 및 유지에 관한 매입세액

6. 접대비 및 이와 유사한 비용으로서 대통령령으로 정하는 비용의 지출에 관련된 매입세액

7. 면세사업등에 관련된 매입세액(면세사업등을 위한 투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령으로 정하는 토지에 관련된 매입세액

8. 제8조에 따른 사업자등록을 신청하기 전의 매입세액.(단서 생략)

(2) 철도산업발전기본법 제19조[관리청] ① 철도의 관리청은 국토교통부장관으로 한다.

② 국토교통부장관은 이 법과 그 밖의 철도에 관한 법률에 규정된 철도시설의 건설 및 관리 등에 관한 그의 업무의 일부를 대통령령이 정하는 바에 의하여 제20조 제3항의 규정에 의하여 설립되는 한국철도시설공단으로 하여금 대행하게 할 수 있다. 이 경우 대행하는 업무의 범위ㆍ권한의 내용 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

③ 제20조 제3항의 규정에 의하여 설립되는 한국철도시설공단은 제2항의 규정에 의하여 국토교통부장관의 업무를 대행하는 경우에 그 대행하는 범위안에서 이 법과 그 밖의 철도에 관한 법률의 적용에 있어서는 그 철도의 관리청으로 본다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인은 고속철도․일반철도선로 등을 한국철도공사에 임대하고 그 선로 등 사용료수입에 대하여 부가가치세 매출과세표준으로 신고하고 있다.

(2) 청구법인은 또한 선로유지보수를 한국철도공사에 위탁하고 그 대가를 지급하면서 세금계산서를 발급받고 있다.

(3) 청구법인은 선로유지보수와 별도로 한국철도공사와 일반철도건널목관리 위탁용역계약을 체결하였고, 민간사업자와 고속철도․일반철도 관련 국가중요시설(터널, 교량, 관제센터 등) 방호용역계약을 체결하였다.

(4) 청구법인은 국가로부터 출연금을 받아 한국철도공사와 민간사업자에게 쟁점용역대가를 지급하면서 쟁점세금계산서를 발급받았고, 부가가치세 신고시 관련 매입세액을 매출세액에서 공제하였다.

(5) 쟁점세금계산서의 내역은 아래 <표1>과 같다. OOO

(6) 처분청은 쟁점세금계산서 관련 매입세액이 오로지 비과세사업과 관련된 경우에 해당한다고 보아 이를 매출세액에서 공제하지 아니하여 청구법인에게 이 건 부가가치세를 과세하였다.

(7) 청구법인과 한국철도공사 간의 일반철도선로 등 임대차 및 일반철도 선로유지보수 등과 관련된 내용은 다음과 같다. (가) 청구법인은 일반철도선로 등을 한국철도공사에 임대하고 그 선로 등 사용료수입에 대하여 부가가치세 매출과세표준으로 신고하고 있다. (나) 청구법인은 일반철도의 선로유지보수를 한국철도공사에 위탁하고 그 대가를 지급하면서 세금계산서를 발급받고 있다. (다) 일반철도의 경우 선로유지보수비가 청구법인이 일반철도선로 등을 한국철도공사에 임대하고 받는 사용료수입보다 더 많이 들어 청구법인은 그 부족분에 대하여 국가로부터 출연금을 받고 있고, 한국철도공사는 일반철도 선로유지보수용역의 공급과 관련하여 세금계산서를 청구법인의 일반철도 선로 등 임대매출 해당분과 청구법인이 국가로부터 받은 출연금 해당분으로 각각 구분하여 발급하고 있다. (라) 청구법인은 한국철도공사의 일반철도 선로유지보수용역의 공급과 관련하여 발급받은 세금계산서 중 청구법인의 일반철도 선로 등 임대매출 해당분은 일반철도 선로 등 임대(과세)매출과 직접 관련된 것으로 보아 전액 매출세액에서 공제하고, 청구법인이 부족하여 국가로부터 받는 출연금 해당분은 모두 매입세액불공제하고 있다.

(8) 청구법인과 한국철도공사 간의 고속철도선로 등 임대차 및 고속철도 선로유지보수 등과 관련된 내용은 아래와 같다. (가) 청구법인은 고속철도선로 등을 한국철도공사에 임대하고 그 선로 등 사용료수입에 대하여 부가가치세 매출과세표준으로 신고하고 있다. (나) 청구법인은 고속철도의 선로유지보수를 한국철도공사에 위탁하고 그 대가를 지급하면서 세금계산서를 발급받아 관련 매입세액을 모두 매출세액에서 공제하고 있다. (다) 고속철도의 경우 일반철도와 달리 청구법인이 고속철도선로 등을 한국철도공사에 임대하고 받는 사용료수입이 그 선로유지보수비보다 더 많고, 이에 따라 청구법인이 국가로부터 부족분에 대하여 받는 출연금이 없다.

(9) 청구법인이 쟁점세금계산서 관련 매입세액을 고속철도․일반철도선로 등의 임대(과세)매출과 직접 관련된 것으로 보아 전액 매출세액에서 공제함으로 인하여, 결과적으로 청구법인은 쟁점용역과 관련하여 국가로부터 받는 출연금 중 110분의 10에 상당하는 금액에 대하여 이득을 보는 측면이 있다.

(10) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여 살피건대, 청구법인이 선로유지보수와 별도로 한국철도공사 및 민간사업자와 쟁점용역에 대한 계약을 체결하였고 세금계산서도 모두 구분하여 발급받은 점, 청구법인의 고속철도․일반철도선로 등의 임대(과세)매출과 직접 관련된 매입세액은 청구법인이 한국철도공사와 별도로 체결한 선로유지보수계약과 관련하여 발급받은 세금계산서 중 청구법인이 부족하여 국가로부터 받는 출연금 해당분을 제외한 나머지 부분에 대한 매입세액으로 보이는 점, 청구법인도 한국철도공사의 일반철도 선로유지보수용역의 공급과 관련하여 발급받은 세금계산서 중 일반철도 선로 등 임대(과세)매출만으로는 부족하여 국가로부터 지급받는 출연금 해당분에 대하여는 모두 매입세액불공제하고 있고 이는 국가출연금 해당분 관련 매입세액이 오로지 부가가치세가 과세되지 아니하는 사업과 관련된 경우로 보아 이를 매출세액에서 공제하지 아니하는 것으로 보이는 점 등에 비추어 처분청이 쟁점세금계산서 관련 매입세액을 매출세액에서 공제하지 아니하여 청구법인에게 부가가치세를 과세한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.