조세심판원 심판청구 부가가치세

쟁점매입세액을 안분함에 있어 과·면세사업의 공급가액 비율이 아니라 면적비율로 안분계산하여야 한다는 주장의 당부

사건번호 조심-2018-전-1842 선고일 2018.11.28

실지귀속이 구분되려면 과·면세분 면적의 결정과 면적에 대한 임차료 및 과·면세 공통분에 대한 임차료가 사전에 확정되어야 하고, 과·면세 공급가액이 확정되었더라도 그 산정기준이 불명확하다면 실지귀속이 불분명한 것으로 보아야 하는 점 등에 비추어 쟁점매입세액 공급가액의 비율에 따라 안분하여야 하는 것으로 보아 경정청구를 거부한 이 건 처분은 잘못이 없음

주 문

심판청구를 기각한다.

1. 처분개요
  • 가. 청구법인은 1994.3.22. 설립되어 소매업 등을 영위하면서 다수의 대형할인점을 운영하고 있는 사업자로, 청과․농산․축산물 등 면세물품 판매, 문화센터 운영 등의 면세사업과 의류․잡화류․공산품 등 과세물품 판매, 점포 일부 임대 등의 과세사업을 겸영하고 있고 위 사업을 영위하기 위하여 일부 건물을 임차하여 사용하고 있는바, 청구법인이 현재 건물을 임차하여 운영하는 매장(총 12개)의 현황은 아래 <표1>과 같다. <표1> 임차건물 내역
  • 나. 청구법인은 2012년 제2기부터 2017년 제1기까지의 과세기간(이하 “쟁점과세기간”이라 한다) 동안 부가가치세 신고 시 임차건물의 임차료에 대한 매입세액(이하 “쟁점매입세액”이라 한다)을 매출세액에서 공제하면서, 그 실지귀속을 구분할 수 없는 것으로 보아 이를 과세사업과 면세사업의 공급가액비율로 안분하여 계산하였다.
  • 다. 청구법인은 2017.10.24. 쟁점매입세액을 안분함에 있어 실지귀속을 구분할 수 있으므로 공급가액비율이 아니라 면적비율에 따라 안분하여야 한다는 이유로 동 매입세액을 임차건물의 면적비율에 따라 재계산하여 과다하게 신고․납부한 쟁점과세기간의 부가가치세 합계 OOO의 환급을 구하는 경정청구를 제기하였으나, 처분청은 2017.12.27. “점포임차료는 과·면세사업에 공통으로 사용되고 실지귀속을 구별할 수 없는 공통매입세액에 해당되므로 공급가액비율에 따라 안분하는 것이 타당하다”는 이유로 이를 거부하였다.
  • 라. 청구법인은 이에 불복하여 2018.3.13. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

  • 가. 청구법인 주장

(1) 임차건물의 임차료와 관련된 쟁점매입세액은부가가치세법제40조에 따라 실지귀속에 따라 면적비율로 계산해야 한다. (가) 쟁점매입세액 안분과 관련된 심판결정례 최근 조세심판원은 백화점 사업을 영위하는 사업자가 백화점 건물 전체의 임차료를 매입세액으로 공제하는 경우에, “쟁점사업장의 전용면적의 과세사용에 대한 매입세액은 공제하고, 면세사용에 대한 매입세액은 불공제하며, 겸영사용에 대한 매입세액은 총 공급가액 중 면세공급가액이 차지하는 비율로 안분하여 적용함이 타당”하고, “공용면적은 전용면적 사용에 따라 부수적으로 사용되는 것으로 보아야 할 것이므로 해당 임차료는 전용면적에 귀속되는 것으로 보아 안분하는 것이 합리적”이라고 하면서 임차료 매입세액을 면적을 기준으로 안분하여 계산해야 한다고 결정하였다(조심 2015서940, 2016.5.30.). 청구법인은 건물을 임차하여 다양한 식료품, 의류, 전자제품 및 기타 잡화를 판매하는 등 과세사업과 면세사업을 겸영하고 있으므로 위 심판결정례 상의 백화점 사업과 청구법인의 대형할인점 운영사업은 부가가치세 매입세액에 대한 계산방법을 결정하는 측면에서 다를 바가 없다. 따라서 쟁점매입세액도 위 심판결정례와 마찬가지로 면적을 기준으로 안분해야 한다. (나) 부가가치세법제40조에서 “과세사업과 면세사업 등에 관련된 매입세액의 계산은 실지귀속에 따라 하되, 실지귀속을 구분할 수 없는 매입세액은 안분하여 계산한다”라고 규정되어 있는바, 부가가치세에서 매입세액 안분의 기본원칙은 매입세액을 실지귀속에 따라 안분하는 것이고, 쟁점매입세액을 안분하는데 있어 실지귀속에 따른다는 의미는 쟁점매입세액을 해당 사업(과세, 면세, 혹은 과·면세 겸영)에 사용되는 면적에 따라 안분해야 한다는 의미이다.

(2) 청구법인은 도면과 OOO을 통해 임차건물의 면적을 그 사용에 따라 정확하게 구분하고 있고, 해당 구분을 OOO(도면관리용 본사 프로그램)를 통해 지속적으로 관리하는데 이러한 도면과 실제 사용이 일치하며, 이를 임의로 변경하는 것은 불가능하므로 면적 분류기준에 따라 과세․면세․겸영 사업에 공(供)하는 각 부분의 면적을 산정하여 매입세액을 안분하는 것이 타당하다. (가) 청구법인만의 독자적인 시스템을 통해 관리하는 도면과 OOO만으로도 과·면세 사업에 공(供)하는 면적을 산정하는 것이 가능하다. (나) 청구법인은 본사에서 매장의 구체적인 도면을 작성하고, OOO을 통해 매장 각 사용 부분에 대한 넓이를 구체적으로 계산하여 관리하고 있으며, 평면도는 물론 3D구현화 기술을 갖춘 OOO를 통해 사용 부분별로 명확히 분류하여 체계적으로 관리하고 있다. (다) 도면과 실제 매장 사용이 일치하므로 도면과 OOO 만 보고도 용도별로 나눠진 공간의 부분별 사용면적을 정확하게 계산하는 것이 가능하고, 위와 같이 엄격한 절차에 따라 본사에서 정해진 도면 그대로 실제 매장이 사용된다. (라) 매장 구성을 변경하기 위해서는 내부 결재가 필요하고, 일정한 절차를 거쳐야 하며, 여러 부서의 이해관계와 업무에 연계되어 있으므로, 특정인이나 부서가 임의로 매장 구성을 임의로 변경하는 것은 불가능하다. (마) OOO 분류에 따른 각 면적에 대한 과·면세구분을 요약하면 아래 <표2>와 같다. <표2> 임차건물 중 과·면세 구분(요약)

(3) 위와 같이 각 면적을 과·면세, 겸영으로 분류한 바에 따라 예시로 점포(OOO)의 과세․면세․겸영의 면적비율을 산정하면 아래 <표3>과 같고, 청구법인의 쟁점과세기간 동안 쟁점매입세액, 불공제매입세액(공급 가액비율, 면적비율), 경정청구 세액을 재계산하면 아래 <표4>와 같다. <표3> OOO 과․면세분류에 따른 면적별 비율 <표4> 쟁점매입세액, 불공제매입세액 및 경정청구 세액

(4) 처분청의 의견과 같이 청구법인이 임차건물을 각 층별로 임대료를 다르게 산정하여 임대차계약을 각각 하여야 한다는 것은 임차건물의 소유자가 여러 명인 구분소유 건물이거나 한 건물에 여러 임차인이 존재할 경우에는 가능할 것이나, 청구법인은 임차건물 소유자와 건물 하나를 전체로서 임차하는 임대차계약을 체결하였다. 또한, 감정평가업자가 임대료를 감정평가할 때에는 임대사례비교법을 우선적으로 적용하여야 하는 것이나, 건물 1개를 통으로 임대차하는 경우에는 일반적으로 층별 임차료를 산정하지 아니한다. 이는 건물을 일체로서 평가하기 때문인데, 이는 각 층과 부대시설의 가치가 유기적으로 결합하여 하나의 건물의 가치를 형성하기 때문에 층별 임차료를 산정하는 것이 무의미하다. 아파트를 임차했을 때 거실과 부엌의 임차료를 별개로 측정하지 않는 것과 같은 이치이다.

  • 나. 처분청 의견

(1) 청구법인은 쟁점매입세액을 면적비율에 따라 안분계산하여야 한다고 주장하나, 공통매입세액 안분계산 규정인부가가치세법제40조 및 같은 법 시행령 제81조에서의 안분계산은 공급가액에 의하는 것이 원칙이고, 예외적으로 예정면적 등을 적용할 수 있을 뿐이다. (가) 과․면세 겸영사업자가 발급받은 각각의 세금계산서는 전액 공제대상, 전액 불공제대상, 공통매입대상으로 구분된다. 실지귀속의 원칙에 따라서 발급받은 세금계산서 중 과세분은 전액공제대상이고, 면세분은 전액불공제대상이다. 그리고 과세와 면세에 공통으로 사용되어 실지귀속이 불분명한 것은 공통매입세액으로 안분대상이다. 즉, 실지귀속은 사전에 발급받은 세금계산서를 전액공제 또는 불공제하는 것이지 사후에 공급가액이나 면적으로 안분하는 것이 아니다. 실지귀속의 원칙이 사후에 안분하는 개념이라면 모든 매입세액을 실지귀속이라는 명목으로 안분하면 되는 것이지, 별도로 공통매입세액 안분계산 규정이 있어야 할 필요성이 없다. (나) 청구주장과 같이 과세면적, 면세면적, 공통면적 등을 구분할 수 있다면, 과세면적분은 과세면적에 대한 세금계산서를 발급받아 매입세액을 전액 공제하고, 면세면적분은 면세면적에 대한 세금계산서를 발급받아 전액불공제하는 것이 실지귀속의 원칙이므로 실지귀속이 명확하다면 공통매입세액이 아닌 매입세액이기 때문에 안분계산 문제가 발생하지 않는다.

(2) 대법원 판례(1987.6.9. 선고 86누251 판결)에서 “그 사용량의 공급가액을 알 수 없는 경우에도 실지귀속을 구분할 수 없다고 보아야 할 것”이라고 하는 것은 임차료의 면적을 구분할 수 없을 때는 물론 면적을 구분하더라도 “그 면적의 공급가액을 알 수 없는 경우에는 실지귀속을 구분할 수 없다”는 것을 의미한다. 즉, 청구법인의 임차료가 실지귀속의 원칙에 따라 과세분은 전액공제, 면세분은 전액불공제 되기 위해서는 임대사업자와 사전에 임대건물에 대하여 층별 접근성, 상태, 편의시설, 기타부대환경 등 건물에 대한 제반 상황을 고려하여 과․세분 면적의 결정과 과․면세분 면적에 대한 임차료, 과․면세 공통분에 대한 임차료가 사전에 확정되어 있어야 한다는 것이다. 실지귀속이 구분된다는 것은 임차료가 사전에 면세면적분에 얼마가 어떤 근거로 산정되고, 과세면적분에 얼마가 어떤 근거로 산정되었다는 것이 당사자 간의 계약 등에 의해 명확하게 구분되어 있어야 한다는 것이다. 따라서 사전에 발급받은 과․면세분 전체 임차료에 대하여 사후에 단순하게 면적으로 안분하는 것은 세법 및 판례에서 규정하고 있는 실지귀속의 원칙도 아니며 실지귀속이 구분되는 것도 아니다. 또한, 사전에 계약서 등에 의해 과․면세 공급가액이 정해져 있더라도 그 산정 기준이 불명확하다면 실지귀속으로 볼 수 없다는 것이 판례의 입장이다.

(3) 다른 판결(서울행정법원 2011.4.1. 선고 2010구합36343 판결)에서도 과․면세 겸영사업자가 과세사업(국민주택규모초과분)을 위하여 광고비로 지출하고 발급받은 과세분 세금계산서에 대하여 여러 제반상황을 고려했을 때 과세사업분에만 실지 귀속되는지 명확하지 않아 실지귀속이 불명확하다는 취지로 판시하고 있다. 실지귀속 구분은 사전에 과․면세 사용분에 대한 명확한 구분이 전제되어야 하고, 또한 과․면세 사용분에 대한 공급액이 명확한 근거에 의해 산정되어야 함을 보여주고 있는바, 사전에 모든 상황을 고려하여 과세분으로 확정된 공급가액도 산정근거가 불명확하면 실지귀속 구분이 불분명하다는 것이다. 하물며, 청구법인의 임차료처럼 사전에 건물 전체 면적을 대상으로 단순 산정하여 실지귀속이 불분명한 임차료를 과․면세 면적이 OOO 고정된 것이라고 확신할 수도 없고, 그 면적을 직접 확인할 수도 없는 현 시점에 실지귀속이라는 명목으로 사후에 결정된 면적에 따라 안분하는 것은 조세법률주의 및 조세공평주의에 부합하지 않는다.

(4) 청구법인이 인용한 심판결정례(2015서940, 2016.5.30.)는 과세․면세 사용면적을 재조사하여 그 결과에 따라 전용면적은 전액 세액 공제․불공제하고 공용면적은 공급가액 비율로 안분계산 하라는 것으로 청구법인의 주장과 같이 전체 임차료를 공급가액이 아니라 면적비율로 안분계산하라는 취지가 아니다.

3. 심리 및 판단
  • 가. 쟁점 쟁점매입세액을 안분함에 있어 과․면세사업의 공급가액비율이 아니라 면적비율로 안분계산하여야 한다는 청구주장의 당부
  • 나. 관련 법령

(1) 부가가치세법 제40조(공통매입세액의 안분) 사업자가 과세사업과 면세사업 등을 겸영(兼營)하는 경우에 과세사업과 면세사업 등에 관련된 매입세액의 계산은 실지귀속(實地歸屬)에 따라 하되, 실지귀속을 구분할 수 없는 매입세액(이하 "공통매입세액"이라 한다)은 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율 등 대통령령으로 정하는 기준(이하 "공통매입세액 안분기준"이라 한다)을 적용하여 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분(按分)하여 계산한다. (2) 부가가치세법 시행령 제81조(공통매입세액 안분 계산) ① 법 제40조에 따라 과세사업과 면세사업 등을 겸영(兼營)하는 경우로서 실지귀속(實地歸屬)을 구분할 수 없는 매입세액(이하 "공통매입세액"이라 한다)이 있는 경우 면세사업 등에 관련된 매입세액은 인원 수 등에 따르는 등 기획재정부령으로 정하는 경우를 제외하고 다음 계산식에 따라 안분하여 계산한다. 다만, 예정신고를 할 때에는 예정신고기간에 있어서 총공급가액에 대한 면세공급가액(비과세공급가액을 포함한다. 이하 이 조 및 제82조에서 같다)의 비율에 따라 안분하여 계산하고, 확정신고를 할 때에 정산한다. 면세사업 등에 관련된 매입세액 = 공통매입세액 × 면세공급가액 총공급가액

② 제1항에도 불구하고 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 해당 재화 또는 용역의 매입세액은 공제되는 매입세액으로 한다.

1. 해당 과세기간의 총공급가액 중 면세공급가액이 5퍼센트 미만인 경우의 공통매입세액. 다만, 공통매입세액이 5백만원 이상인 경우는 제외한다.

2. 해당 과세기간 중의 공통매입세액이 5만원 미만인 경우의 매입세액

3. 제63조 제3항 제3호가 적용되는 재화에 대한 매입세액

④ 제1항을 적용할 때 해당 과세기간 중 과세사업과 면세사업 등의 공급가액이 없거나 그 어느 한 사업의 공급가액이 없는 경우에 해당 과세기간에 대한 안분 계산은 다음 각 호의 순서에 따른다. 다만, 건물 또는 구축물을 신축하거나 취득하여 과세사업과 면세사업 등에 제공할 예정면적을 구분할 수 있는 경우에는 제3호를 제1호 및 제2호에 우선하여 적용한다.

1. 총매입가액(공통매입가액은 제외한다)에 대한 면세사업 등에 관련된 매입가액의 비율

2. 총예정공급가액에 대한 면세사업등에 관련된 예정공급가액의 비율

3. 총예정사용면적에 대한 면세사업등에 관련된 예정사용면적의 비율

⑥ 제1항부터 제5항까지에서 규정한 사항 외에 공통매입세액의 안분 계산에 필요한 사항은 기획재정부령으로 정한다. (3) 부가가치세법 시행규칙 제54조(공통매입세액 안분 계산) ① 영 제81조 제1항에 따른 "인원 수 등에 따르는 등 기획재정부령으로 정하는 경우"란 도축업을 영위하는 사업자가 법 제40조에 따른 공통매입세액(이하 "공통매입세액"이라 한다)을 과세사업과 면세사업에 관련된 도축 두수(頭數)에 따라 안분하여 계산하는 경우를 말한다.

② 영 제81조 제1항 및 제2항에 따른 총공급가액은 공통매입세액과 관련된 해당 과세기간의 과세사업에 대한 공급가액과 영 제81조 제1항 단서에 따른 면세공급가액의 합계액으로 한다.

③ 과세사업과 면세사업 등에 공통으로 사용되는 재화를 공급받은 과세기간 중에 그 재화를 공급하여 영 제63조 제1항 및 제2항에 따라 공급가액을 계산한 경우 그 재화에 대한 매입세액의 안분(按分) 계산은 영 제63조 제1항 및 제2항에 따라 계산한다.

  • 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인은 2017.10.24. 처분청에 2012년 제2기부터 2017년 제1기까지의 부가가치세 과세기간 동안 과다하게 납부한 OOO을 환급하여 달라는 취지의 경정청구를 제기하였고, 처분청은 2017.12.27. 아래 <표5>와 같이 거부통지(재산법인납세과-3236, 2017.12.22.)한 것으로 확인된다. <표5> 경정청구 거부통지 내용

(2) 청구법인은 도면과 OOO을 통해 할인점 건물의 면적을 그 사용에 따라 정확하게 구분하고 있는데, 도면과 실제 매장 사용이 일치하고, ‘OOO’이라는 절차를 거치지 않는 한 이를 임의로 변경하는 것은 불가능하여 면적분류 기준에 따라 과․면세 사업에 공하는 각 면적을 산정할 수 있다고 하면서 건축물대장, 점포 도면(샘플), OOO, OOO 결재과정 등을 증빙으로 제출하였다.

(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구인은 쟁점매입세액을 그 사용면적에 따라 안분하여야 한다고 주장하나, 부가가치세법제40조 및 같은 법 시행령 제81조 제1항, 제2항 제1호는 사업자가 과세사업과 면세사업 등을 겸영하는 경우에 과세사업과 면세사업 등에 관련된 매입세액의 계산은 실지귀속에 따라 하되, 이를 구분할 수 없는 공통매입세액은 원칙적으로 총공급가액 중 면세공급가액이 차지하는 비율에 따라 공통매입세액을 안분하여 면세사업에 관련된 매입세액을 계산하고, 그 비율이 OOO 미만인 경우는 전액 공제되는 매입세액으로 한다고 규정하고 있는바, 사업자가 수종의 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우에 있어서는 면세사업에 관련된 매입세액은 원칙적으로 실지귀속을 구분하여 계산하여야 하고, 실지귀속을 구분할 수 없는 공통매입세액은 이를 안분계산함에 있어서 그 공통매입세액과 관련된 사업의 당해 과세기간 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율에 의하여 계산하는 방법에 의하여야 하는 점, 사업자가 과세사업과 면세사업을 겸영하면서 발생된 매입세액이라도 발생된 모든 매입세액이 안분 계산대상이 되는 것이 아니라 그 발생 건별, 금액으로 세분하여 과세사업에 실지귀속되면 매출세액에서 전액공제하고, 면세사업에 실지귀속되면 면세 관련 매입세액으로 전액불공제하는 것이 실지귀속에 부합하는 점, 청구법인이 할인점에 사용하기 위한 임차건물의 경우 그 실지귀속이 구분되려면, 과․면세분 면적의 결정과 면적에 대한 임차료 및 과․면세 공통분에 대한 임차료가 사전에 확정되어야 하고, 설령 과․면세 공급가액이 확정되었더라도 그 산정기준이 불명확하다면 실지귀속이 불분명한 것으로 보아야 하는 점 등에 비추어 쟁점매입세액이 실지귀속을 구별할 수 없는 공통매입세액이고, 이는 공급가액의 비율에 따라 안분하여야 하는 것으로 보아 청구법인의 경정청구를 거부한 이 건 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

결정 내용은 붙임과 같습니다.

원본 출처 (국세법령정보시스템)