분할법인의 연구인력개발비 세액공제액 산정시 연평균발생액은 분할신설법인의 연평균발생액을 차감하여 구하는 것이고, 이 때 분할신설법인의 연평균발생액은 매출액기준 등에 따라 배분된 금액에 분할 이후 사업월수를 곱하여 산정하는 것이 타당하므로 청구주장을 받아들이기 어려움
분할법인의 연구인력개발비 세액공제액 산정시 연평균발생액은 분할신설법인의 연평균발생액을 차감하여 구하는 것이고, 이 때 분할신설법인의 연평균발생액은 매출액기준 등에 따라 배분된 금액에 분할 이후 사업월수를 곱하여 산정하는 것이 타당하므로 청구주장을 받아들이기 어려움
심판청구를 기각한다.
(1) 청구법인이 2012사업연도에 적용한 연구ㆍ인력개발비 세액공제를 당기분 방식이 아닌 구 조특법 제10조 제1항 제3호 가목에 따른 증가분 방식으로 변경하여 계산한 법인세를 환급해달라는 경정청구는 정당하다. (가) 구 조특법 제10조 제1항 제3호 가목에 따른 증가분 방식의 연구ㆍ인력개발비 세액공제는 해당 과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 연구ㆍ인력개발비가 발생한 경우, 해당 과세연도에 발생한 연구ㆍ인력개발비가 해당 과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 연구ㆍ인력개발비의 연평균 발생액을 초과하는 금액에 대해 법소정의 공제율을 곱하여 계산하도록 규정하고 있으며, 4년 연평균 발생액은 구 조특법 시행령(2013.2.15. 대통령령 제24368호로 개정되기 전의 것) 제9조 제4항의 다음 계산식에 따라 산출하도록 하고 있다. 상기 계산식에서 해당 과세연도 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 연구ㆍ인력개발비의 합계액에 대하여 구 조특법 시행령 제9조 제5항 단서에 따르면 “분할신설법인이 분할법인이 운영하던 사업의 일부를 승계한 경우에는 분할을 하기 전에 발생한 연구ㆍ인력개발비에 각 사업연도의 매출액 비율과 자산가액 비율 중 큰 것을 곱한 금액을 분할법인에서 발생한 연구ㆍ인력개발비로 본다”고 규정하고 있다. 즉, 분할 전 분할법인에서 발생한 연구ㆍ인력개발비 중 법소정의 비율을 곱하여 안분한 금액을 분할법인과 분할신설법인별 과거 발생한 연구ㆍ인력개발비로 보아 4년 합계 발생액을 계산한다는 것이다. (나) 따라서 청구법인은 2012사업연도 법인세 경정청구시 상기 규정에 따라 분할법인에서 소급하여 4년간 발생한 연구ㆍ인력개발비에서 사업연도별로 매출액 비율과 자산가액 비율 중 큰 비율을 곱하여 분할신설법인의 4년 합계 발생액으로 보아 귀속시킨 후 동 상당액을 차감한 연구ㆍ인력개발비를 청구법인의 4년 합계 발생액으로 계산하여 4년 연평균 발생액을 산출하고 증가분 방식을 적용하였다.
(2) 처분청이 구 조특법 시행령 제9조 제5항 단서 조문을 유추ㆍ확장해석하여 청구법인의 과거 발생한 연구ㆍ인력개발비를 안분하지 않고 실질을 이유로 전액 분할신설법인에 귀속시켜 경정청구를 거부한 처분은 ｢헌법｣ 제38조 조세법률주의 원칙, 신의성실의 원칙과 소급과세의 금지 원칙을 위배하여 조세법률주의에 따른 조세법의 법적안정성과 예측가능성을 훼손하므로 부당하다. (가) 청구법인이 구 조특법 시행령의 명확한 규정에 따라 경정청구를 신청한 것에 대하여 처분청이 법소정 비율을 무시하고 실질귀속을 이유로 직전 4년간 발생한 연구ㆍ인력개발비를 전액 분할신설법인에서 발생한 비용으로 간주하여 거부한 사안은 과세관청의 조세 법률 집행에 있어서 엄격 해석ㆍ적용 원칙을 규정한 ｢헌법｣ 제38조 및 관련 대법원 판시에 의한 조세법률주의 원칙을 위배한 것이다. (나) 과세관청은 공적인 견해를 표명할 수 있는 주체로서 2002.6.28. 해석이 있은 후 2017.5.22. 실질에 따라 귀속하는 것으로 해석을 변경하기까지 2002년부터 2011년까지 6건의 해석 사례를 통해 4년 합계 발생액에 대해 일부 사업을 승계한 경우 법소정의 비율에 따라 분할신설법인과 분할법인에 안분하는 것으로 일관되게 공적인 견해를 표명해왔다OOO. 이에 대하여 청구법인이 구 조특법 시행령 제9조 제5항을 법문대로 해석하고 공적 견해를 신뢰한 것에 대해 어떠한 귀책사유가 있다고 보기 어려우며 그에 따라 경정청구를 신청하였으나 처분청은 실질 귀속기준을 주장하면서 기존 공적 견해에 반하는 처분을 결정하였으므로 처분청의 경정청구 거부처분은 ｢국세기본법｣ 제15조 신의성실의 원칙을 위배한 것이다. (다) 2015년에 개정된 조특법 시행령 제9조 제6항 단서 구분경리에 대한 조항은 과거부터 받아들여진 해석이나 관행에 대해 개정 법령에서 확인시키는 의미가 아니라 개정 세법을 통하여 새로운 의미를 부여하는 창설적 규정에 해당하므로 개정법령의 적용시기 이전에 성립된 청구법인의 거래에 소급 적용하는 것은 ｢국세기본법｣ 제18조 소급과세의 금지원칙에 위배된다. 따라서 처분청이 확인적 규정으로 해석하는 조특법 시행령 제9조 제6항 단서의 실질 귀속기준은 2015.2.3. 대통령령 제26070호를 통해 개정되면서 부칙 제1조에 따라 공포한 날부터 시행되는 창설적 규정에 해당하므로 위와 같은 처분청의 경정청구 거부 처분은 부당하다.
(1) 세법에서 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 명칭이나 형식에 관계없이 그 실질 내용에 따라 적용하여야 하는 것으로 청구법인이 승계한 사업부문인 투자사업과 관련된 수익과 비용이 분할법인에서 명확히 구분되어 있다. 따라서 분할법인의 각 사업연도중 투자사업과 관련하여 발생한 연구‧인력개발비만이 청구법인의 세액공제 대상에 해당하나 분할법인에서 발생한 연구‧인력개발비는 전액 화장품‧제약사업‧연구소부분에서 발생한 비용으로 투자사업부문을 운영하는 청구법인의 직전 사업연도에 발생한 연구‧인력개발비는 없는 것으로 보아야 하므로 당기분 방식으로만 세액공제가 가능하다.
(2) 조특법 시행령 제9조에 따른 분할법인 등의 연구‧인력개발비를 계산함에 있어 분할법인으로부터 사업의 일부를 승계한 경우 분할법인에서 발생한 연구‧인력개발비에 매출액 비율을 적용한다는 것은 승계사업에서 발생하는 연구‧인력개발비를 구분하기 어려운 경우 안분기준을 명시한 것으로 실제 발생한 비용 등이 구분되는 경우에는 실질과세원칙에 따라 승계한 사업부문에서 발생한 비용만을 공제대상으로 하는 것이 타당하다.
(3) 청구법인은 과거 과세관청에서 일관되게 매출액 등으로 안분한다는 견해를 표명하였다고 주장하나, 연구‧인력개발비가 구분경리에 의해 사업별로 확인되는 경우에는 해당 사업부에서 발생하는 연구‧인력개발비만이 사업양수법인에서 발생한 것으로 보는 것으로 해석하고 있으므로 청구인이 주장하는 신의성실원칙에 위배되지 아니한다.
(4) 또한, 2015년 개정된 조특법 시행령 제9조 제6항의 단서 구분경리에 대한 조항은 새로운 규정을 추가한 것이 아니라 과거 해석을 확인시키는 의미로 청구인이 주장하는 소급과세의 금지원칙에 위배되지 아니한다.
(1) 조세특례제한법(2010.12.27. 법률 제10406호로 개정된 것) 제10조(연구·인력개발비에 대한 세액공제) ① 내국인이 각 과세연도에 연구·인력개발비가 있는 경우에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액을 해당 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세만 해당한다) 또는 법인세에서 공제한다. 이 경우 제1호 및 제2호는 2012년 12월 31일까지 발생한 해당 연구·인력개발비에 대해서만 적용한다.
1. 연구·인력개발비 중 대통령령으로 정하는 신성장동력산업 분야의 연구개발비(이하 이 조에서 “신성장동력연구개발비”라 한다)에 대해서는 해당 과세연도에 발생한 신성장동력연구개발비에 100분의 20(중소기업의 경우에는 100분의 30)을 곱하여 계산한 금액
2. 연구·인력개발비 중 대통령령으로 정하는 원천기술을 얻기 위한 연구개발비(이하 이 조에서 “원천기술연구개발비”라 한다)에 대해서는 해당 과세연도에 발생한 원천기술연구개발비에 100분의 20(중소기업의 경우에는 100분의 30)을 곱하여 계산한 금액
3. 제1호 및 제2호에 해당하지 아니하거나 제1호 및 제2호를 선택하지 아니한 내국인의 연구·인력개발비(이하 이 조에서 “일반연구·인력개발비”라 한다)의 경우에는 다음 각 목 중에서 선택하는 어느 하나에 해당하는 금액
1. 중소기업인 경우: 100분의 25
2. 중소기업이 대통령령으로 정하는 바에 따라 최초로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우: 다음의 구분에 따른 비율
3. 1) 및 2)의 어느 하나에 해당하지 아니하는 경우: 다음 계산식에 따른 비율(100분의 6을 한도로 한다) 100분의 3 + 해당 과세연도의 수입금액에서 연구·인력개발비가 차지하는 비율 × 2분의 1
② 제1항 제3호에 따른 4년간의 일반연구·인력개발비의 연평균 발생액의 구분 및 계산과 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.
③ 제1항을 적용받으려는 내국인은 대통령령으로 정하는 바에 따라 세액공제신청을 하여야 한다.
④ 제1항 제1호 및 제2호를 적용받으려는 내국인은 일반연구·인력개발비와 신성장동력연구개발비, 원천기술연구개발비를 대통령령이 정하는 바에 따라 구분경리(區分經理)하여야 한다. (2) 조세특례제한법 시행령(2010.12.30. 대통령령 제22583호로 개정된 것) 제9조(연구 및 인력개발비에 대한 세액공제) ④ 법 제10조 제2항에 따른 4년간 발생한 일반연구·인력개발비의 연평균 발생액의 계산은 다음의 계산식에 따른다. 이 경우 해당 내국인의 일반연구·인력개발비가 최초로 발생한 과세연도의 개시일부터 해당 과세연도 개시일까지의 기간이 48개월 미만인 경우에는 그 기간에 발생한 일반연구·인력개발비의 합계액을 48개월로 환산한 금액을 해당 과세연도 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 일반연구·인력개발비의 합계액으로 본다. (해당 과세연도 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 일반연구·인력개발비의 합계액/4)×(해당 과세연도의 개월 수/12)
⑤ 제4항의 계산식 중 해당 과세연도 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 일반연구·인력개발비의 합계액을 계산할 때 합병법인, 분할신설법인, 분할합병의 상대방법인, 사업양수법인 또는 기획재정부령으로 정하는 현물출자를 받은 법인(이하 이 항에서 “합병법인등”이라 한다)의 경우에는 합병, 분할, 분할합병, 사업양도 또는 기획재정부령으로 정하는 현물출자(이하 이 항에서 “합병등”이라 한다)를 하기 전에 피합병법인, 분할법인, 사업양도인 또는 현물출자자(이하 이 항에서 “피합병법인등”이라 한다)로부터 발생한 일반연구·인력개발비는 합병법인등에서 발생한 것으로 본다. 다만, 피합병법인등이 운영하던 사업의 일부를 승계한 경우에는 피합병법인등에서 합병등을 하기 전에 발생한 일반연구·인력개발비에 각 사업연도의 승계사업의 매출액이 총매출액에서 차지하는 비율과 각 사업연도말 승계사업의 자산가액이 총자산가액에서 차지하는 비율 중 큰 것을 곱한 금액을 피합병법인등에서 발생한 일반연구·인력개발비로 본다.
⑥ 제4항의 계산식을 적용할 때 개월 수는 월력에 따라 계산하되, 과세연도 개시일이 속하는 달이 1개월 미만인 경우에는 1개월로 하고, 과세연도 종료일이 속하는 달이 1개월 미만인 경우에는 산입하지 아니한다.
⑦ 법 제10조 제1항 제1호 및 제2호를 적용받으려는 내국인은 신성장동력연구개발비, 원천기술연구개발비 및 일반연구·인력개발비를 각각 별개의 회계로 구분경리하여야 한다. 이 경우 신성장동력연구개발비 또는 원천기술연구개발비가 일반연구·인력개발비와 공통되는 경우에는 해당 비용 전액을 일반연구·인력개발비로 한다.
⑧ 법 제10조의2에 따른 연구개발출연금등을 지급받아 연구개발비로 지출하는 금액은 법 제10조 제1항에 따른 신성장동력연구개발비, 원천기술연구개발비 및 일반연구·인력개발비를 산정할 때 제외한다.
⑨ 법 제10조 제1항을 적용받으려는 내국인은 과세표준신고를 할 때 기획재정부령으로 정하는 세액공제신청서, 연구및인력개발비명세서 및 연구개발계획서 등 증거서류를 납세지 관할 세무서장에게 제출하여야 한다.
(1) 이 건 심리자료에 의하면, 다음과 같은 사실이 나타난다. (가) 분할법인은 분할전 화장품‧제약사업‧연구소부문과 투자사업(임대업 등)을 영위하면서 각 사업부문별로 수입금액 및 관련 비용을 구분경리하였다. 처분청은 분할법인이 수입금액 및 관련 비용을 구분경리한 사실에 따라 2012.10.1. 분할일 이후 청구법인에서는 연구‧인력개발비가 발생하지 아니하였으므로, 직전 4년간 발생한 연구‧인력개발비는 실질적으로 화장품‧제약사업‧연구소부문이 이전된 분할신설법인에서 전액 발생한 것으로 보는 것이 타당하다는 의견이다. (나) 청구법인의 경정청구 세액 산출방식 및 내역은 다음과 같다.
1. 청구법인은 다음 <표1>과 같이 2012사업연도에서 소급하여 분할법인의 4년간 발생한 일반연구ㆍ인력개발비를 매출액 비율과 자산가액 비율 중 큰 비율을 곱하여 분할신설법인의 4년 합계 발생액으로 귀속시킨 후 동 금액을 차감한 일반연구ㆍ인력개발비를 청구법인의 4년 합계 발생액으로 계산하였다.
2. 청구법인은 2012사업연도에서 소급하여 청구법인의 4년 연평균 발생액을 청구법인의 4년 합계 발생액에서 4년으로 나눈 후 해당 과세연도의 개월수인 12를 곱하고 다시 12로 나누어 산출하였다.
3. 청구법인은 위 <표1>, <표2>의 계산내역을 근거로 일반연구‧인력개발비 세액공제를 다음 <표3>, <표4>과 같이 증가분 방식으로 계산하여 경정청구를 제기하였다. (다) 처분청은 청구법인이 연구‧인력개발비가 발생하지 않는 투자사업만을 영위하여 청구법인은 직전 사업연도에 발생한 연구‧인력개발비는 없는 것으로 보아야 하므로 다음 <표5>와 같이 당기분 방식으로만 세액공제가 가능하다는 주장이다. (라) 청구법인의 연구․인력개발비세액공제와 관련하여 기획재정부 예규(조세특례제도과-724, 2017.9.25.) 및 동일한 쟁점의 선결정(조심 2017서4327) 사례에서는 분할존속법인의 “해당 과세연도 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 연구․인력개발비”는 우선 분할신설법인에게 귀속될 금액을 계산(월할계산)한 후 총 발생액에서 분할신설법인에게 귀속될 금액을 차감하여 계산하는 것으로 해석하였다. 위 방법에 따라 그 금액을 계산할 경우 다음 <표6>과 같이 증가분방식의 공제세액은 없는 것으로 나타난다. (마) 청구법인이 분할되지 않았을 경우 분할법인의 전체 연구․인력개발비는 4년 평균액은 OOO원이고, 2012사업연도 발생액은 OOO으로 증가분 발생액은 없는 것으로 나타난다.
(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 조세법률주의의 원칙상 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석하여야 하고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 않지만, 법규 상호 간의 해석을 통하여 그 의미를 명백히 할 필요가 있는 경우에는 조세법률주의가 지향하는 법적 안정성 및 예측가능성을 해치지 않는 범위 내에서 입법 취지 및 목적 등을 고려한 합목적적인 해석을 하는 것은 허용되는바(대법원 2008.2.15. 선고 2007두4438 판결, 같은 뜻임), 조특법 시행령 제9조 제5항에 따라 분할신설법인에 배분된 직전 4년 평균 연구․인력개발비는 1년을 온전히 사업했을 경우를 상정하여 계산된 금액이고, 분할된 경우에 분할신설법인의 당해 사업연도에 발생한 연구․인력개발비는 분할 이후 사업연도에서 발생한 것이므로 이에 차감되는 분할신설법인의 직전 4년 평균 연구․인력개발비도 분할 이후의 사업연도 개월 수에 상당하는 분만 산정하는 것이 논리상 타당한 점, 따라서 분할법인의 직전 4년 평균 연구․인력개발비를 산정함에 있어 분할신설법인의 2012사업연도 개월 수(3개월)에 해당하는 직전 4년 평균 연구․인력개발비에 상당하는 금액만 분할신설법인 귀속금액으로 산정하여 이를 직전 4년 평균 연구․인력개발비에서 차감하는 것이 합리적인 점, 조특법 시행령 제9조 제5항에서 분할신설법인의 경우 제4항의 계산식 중 ‘해당 과세연도 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 일반연구․인력개발비의 합계액’에 관하여 규정하고 있고, 같은 조 제4항의 계산식 후단에는 ‘해당 과세연도의 개월 수/12’를 곱하도록 별도로 규정하고 있으므로 분할신설법인의 직전 4년 평균 연구․인력개발비 산정과 관련하여 제4항의 계산식 후단 부분이 분할 이후의 개월 수로 안분하는 규정이라는 해석이 가능해 보이는 점 등에 비추어, 처분청이 청구법인의 법인세 경정청구를 거부한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다(조심 2017서4327, 2018.6.29., 조세심판관합동회의, 같은 뜻임).
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.
결정내용은 붙임과 같습니다.