쟁점개발비를 조특법 제10조 및 같은 법 시행령 [별표6]의 연구개발비 세액공제 대상으로 인정하여 달라는 청구주장의 당부

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구법인은 1973.2.24. 설립되어 금융업, 증권매매업 등을 주요사업으로 영위하고 있는 법인으로, 2012.4.1.∼2013.3.31. 사업연도(이하 “2013사업연도”라 한다) 중 차세대 전산시스템(이하 “쟁점시스템”이라 한다)의 구축을 위하여 개발비 OOO(이하 “쟁점개발비”라 한다)을 지출한 후 당초 법인세 신고시 이에 대하여 조세특례제한법(이하 “조특법”이라 한다) 제10조에 따른 연구‧인력개발비에 대한 세액공제(이하 “연구개발비 세액공제”라 한다)를 적용하지 아니하였다가, 2018.6.21. 쟁점개발비를 2013사업연도 연구개발비 세액공제대상금액에 추가하여 2013사업연도 법인세 OOO의 환급을 구하는 경정청구를 제기하였다.
• 나. 처분청은 쟁점개발비가 조특법 시행령 [별표6] 제1호 나목 1)에 따라 연구개발비 세액공제대상에서 제외되는 ‘전사적 기업자원 관리설비 등 시스템 개발을 위한 위탁비용’(이하 “전사적 기업자원 관리설비”를 “ERP”라 한다)에 해당하는 것으로 보아, 2018.8.27. 이를 거부하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2018.11.16. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 2010년 조특법 시행령 [별표6]이 개정된 취지는 위탁을 통해 기업의 ERP 등 시스템을 개발한 것을 소프트웨어 구입과 같이 단순 자산의 취득행위에 해당하는 것으로 보아 그 비용을 연구개발비 세액공제대상에서 제외하고자 한 것이고, 2010년 이전 법령을 적용하더라도 이와 같은 범용소프트웨어의 구입은 연구개발비 세액공제가 적용되지 아니하였는데(조심 2010서979, 2011.12.28. 등 참고), 이와 달리 금융회사의 전산시스템 개발비는 다수의 조세심판원 결정례 및 판례에서 기업의 자원을 효율적으로 관리하여 기업의 경쟁력을 강화시킴으로써 기술개발 촉진에 따른 기업경쟁력 강화라는 세액공제의 목적을 달성하는 지출로 결정(조심 2012서3991, 2013.7.23. 등, 참고)한 바 있고, 위 시행령 개정 이후에도 금융회사의 차세대 시스템 개발비는 지식정보기술을 바탕으로 복합금융 등 선진 금융서비스를 구현하기 위한 것으로 단순한 범용소프트웨어의 구입이나 단순 시스템의 변경에 해당하지 않는다고 보아 연구개발비 세액공제대상임을 인정한 사실이 있다(조심 2013서1475, 2014.2.25. 등 참고). 따라서 개정된 조특법 시행령 [별표6]의 “시스템 개발을 위한 위탁비용은 제외한다”는 규정을 엄격하게 적용하여 모든 시스템 개발비를 세액공제대상에서 제외한다면, 이는 시스템 개발의 기술적 진전 목적을 인정한 기존의 결정례 등과 배치되는 것이다. 위와 같이 범용소프트웨어 구입비는 종전부터 연구개발비 세액공제대상에서 제외되어 왔음에도 개정된 조특법 시행령 [별표6]은 시스템 개발을 위한 위탁비용을 공제대상에서 제외하도록 규정하면서 그 대표적인 예로 ERP 시스템 개발비를 들고 있고, 이는 전산시스템 도입방식[자체개발(위탁개발 포함), 패키지 소프트웨어 구매] 중 ERP의 경우 당초 외국계업체의 패키지 소프트웨어를 구입한 후 자체개발 및 고도의 적합화 과정을 거치게 되어 자체개발 등의 부분에 대하여는 연구개발비 세액공제를 인정하여 왔으나, 이후 국내 ERP 산업의 성숙 등으로 현재는 대부분 패키지 소프트웨어 구매방식으로 도입되고 있어 2010년 조특법 시행령 개정 당시 단순 자산 취득행위의 대표적인 예로 ERP를 규정한 것이다. 따라서 전산개발비 중에서 적합화 과정의 비중이 적은 패키지 소프트웨어 구매 방식으로 도입된 것은 상용화된 범용소프트웨어의 취득으로 보아 세액공제대상에서 배제함이 타당하나, 기업이 자체개발(위탁개발 포함)한 것은 기술적 진전을 이루기 위한 활동으로 보아 세액공제를 적용하여야 하는 것이다. 쟁점시스템은 수많은 인력이 투입되어 청구법인에게 가장 적합한 전산시스템으로 구축된 것으로, 기술적 진전을 위한 시스템 개발에 해당하고, 상용화된 프로그램을 일부 적합화했다고 볼 수 없으며, 이 건 경정청구시 상용소프트웨어에 대한 용역대가는 연구개발비 세액공제대상에서 제외하였고, 개발기간과 금액 외에도 이 건 관련 계약서를 보더라도 계약대금을 지급한 경우에 본 계약에 따라 개발된 프로그램 등의 저작권 및 모든 산출물 등의 소유권은 청구법인이 보유하게 되므로 범용소프트웨어의 단순 취득으로 볼 수 없다. 따라서 쟁점시스템 개발은 금융회사의 선진 금융서비스를 구현하기 위한 기술개발 활동으로서 그 개발비는 연구개발비 세액공제대상에 해당한다.
• 나. 처분청 의견 조특법 시행령 [별표6] 제1항 나목 1)은 세액공제대상 연구개발비(위탁비용)에서 “전사적 기업자원 관리설비(ERP) 등 시스템 개발을 위한 위탁비용”을 제외하고 있고, 조특법 제5조의2 제1호는 전사적 기업자원 관리설비에 대하여 “구매·설계·건설·생산·재고·인력 및 경영정보 등 기업의 인적·물적 자원을 전자적 형태로 관리하기 위하여 사용되는 컴퓨터와 그 주변기기, 소프트웨어, 통신설비, 그 밖의 유형·무형의 설비로서 감가상각 기간이 2년 이상인 설비(이하 “전사적(全社的) 기업자원 관리설비”라 한다)”로 정의하고 있으며, 이에 따르면 기업의 모든 분야에 있어서의 인적·물적 자원을 전자적 형태로 관리하기 위한 하드웨어 및 소프트웨어 등 일체의 설비를 ERP라 할 것이며, ERP 등 시스템에서 차세대 시스템을 제외하는 특별한 규정이 없으므로, 기업의 모든 분야에 있어서 인적·물적 자원을 전자적 형태로 관리하기 위한 전산시스템이기만 하면 ERP 등 시스템에 해당한다고 할 것이다. 청구법인은 쟁점시스템의 구축이 정형화된 ERP 등의 취득과 구분된다고 주장하나, 쟁점개발비는 계열법인인 OOO에 위탁하여 차세대 전산시스템을 구축하는데 소요된 비용이지 별도로 새로운 기술개발이나 연구활동을 위하여 지출한 비용이 아니고, 쟁점시스템과 ERP 시스템은 기업의 인적·물적 자원을 전자적 형태로 관리하기 위한 유형·무형의 설비로서 본질적으로 동일하므로, 그 명칭 여하에 불구하고 쟁점시스템은 위 규정에서 말하는 ERP로서 그 위탁개발비는 세액공제대상에서 제외된다 할 것이다.

• 가. 쟁점 쟁점개발비를 조특법 제10조 및 같은 법 시행령 [별표6]의 연구개발비 세액공제대상으로 인정하여 달라는 청구주장의 당부
• 나. 관련 법령: <별지> 기재
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인 및 처분청이 제출한 증빙자료에 의하면 다음과 같은 사실이 나타난다. (가) 청구법인은 2011년 4월 OOO와 계약기간을 2011.4.25.∼2012.7.9.로, 계약금액을 OOO(부가가치세 별도)으로 하여 쟁점시스템 구축 프로젝트 계약을 체결하였고, 이에 따르면 OOO는 청구법인에게 소프트웨어를 OOO(부가가치세 별도, 쟁점개발비에 포함되지 않음)에 납품하고, 모바일·ARS·ATM·제휴포탈 등을 통한 대고객채널, 사내채널, 채널공통, 대화채널 등의 어플리케이션 구성 및 차세대 하드웨어·스토리지·네트워크·소프트웨어 등 차세대 시스템 일체를 구축하여 제공하기로 한 것으로 나타난다. (나) 청구법인은 쟁점시스템 개발과 관련하여 2013사업연도에 기타 연구비(위탁 및 공동연구개발비)로 OOO(쟁점개발비)을 계상하였으나, 당초 2013사업연도의 법인세를 신고하면서 이에 대하여 연구개발비 세액공제를 적용하지 아니하였다. (다) 청구법인이 2018.6.21. 쟁점개발비를 연구개발비 세액공제대상에 해당하는 것으로 하여 2013사업연도의 법인세 경정청구를 하면서 공제받을 세액을 계산한 내역은 다음 <표>와 같다. <표> 연구·인력개발비 내역 및 공제받을 세액 산정내역 (단위: 원) (라) 조특법 제5조의2에서는 중소사업자가 정보화 사업을 위해 투자한 일정 출연금에 대한 과세특례를 부여하면서 투자대상 중 하나로 ‘전사적(全社的) 기업자원 관리설비’(ERP)를 규정하였는데, 이때 ‘전사적(全社的) 기업자원 관리설비’에 대하여 “구매·설계·건설·생산·재고·인력 및 경영정보 등 기업의 인적·물적 자원을 전자적 형태로 관리하기 위하여 사용되는 컴퓨터와 그 주변기기, 소프트웨어, 통신설비, 그 밖의 유형·무형의 설비로서 감가상각 기간이 2년 이상인 설비”로 정의하고 있다. (마) 연구개발비 세액공제 및 ERP 등 투자에 대한 세제지원 관련 조특법 개정 내용은 다음과 같다.

1. 2008.12.26. 조특법 개정시 제9조 제5항에 “연구개발이란 과학적 기술적 진전을 이루기 위한 활동”이라는 연구개발의 개념정의를 신설하였는데 당시에는 그 개념을 과학기술분야로만 한정하였다가, 2011.12.31. 개정시 “연구개발은 과학적 또는 기술적 진전을 이루기 위한 활동과 새로운 서비스 및 서비스 전달체계를 개발하기 위한 활동을 말한다”고 하여 연구개발세제지원을 서비스 분야로까지 확대하였고 이때 서비스분야는 과학기술분야와는 달리 자체 연구개발비에 대해서만 지원하는 것으로 그 범위를 제한하였다.

2. 조특법 제5조의2에서 “중소사업자가 정보화 지원사업을 위한 출연금 등을 지급받아 관련 설비에 투자하는 경우 그 투자금액을 손금에 산입”할 수 있도록 하는 과세특례를 부여하면서 투자대상 관련 설비로 ‘전사적(全社的) 기업자원 관리설비(ERP)’ 및 전자상거래설비, 생산 공정정보화시스템 등을 정하고 있다.

3. 내국인이 생산성향상시설(공정 개선 및 자동화 시설, 전자상거래 설비, 공급망관리시스템 설비, 고객관계관리 시스템설비 등)에 투자하는 경우 조특법 제24조(생산성향상시설 투자에 대한 세액공제)에 따라 투자금액의 3%(중소기업 7%)의 세액공제가 가능한데 2010년까지 세액공제대상이었던 ERP 및 전자상거래설비는 이미 상용화된 설비임을 이유로 하여 2011.1.1. 이후 투자분부터 세액공제대상에서 제외되었다.

4. 연구개발비 세액공제대상은 조특법 시행령 [별표6]에서 열거하고 있는데, 2010.2.18. 시행령 개정시 위탁 및 공동연구개발비용 중 “ERP 등 시스템 개발을 위한 위탁비용은 제외한다”고 규정하였고 이는 2010.1.1. 이후 최초로 개시하는 과세연도 분부터 적용하도록 하였는데, 당시 개정요강을 보면 동 개정안은 연구개발비 세액공제대상 비용을 합리적으로 조정하기 위해 “ERP 등 시스템 개발을 위한 위탁비용 제외”를 명문화한 것으로 확인된다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 쟁점시스템 개발이 금융회사의 선진 금융서비스를 구현하기 위한 기술개발 활동으로서 그 개발비는 연구개발비 세액공제대상에 해당한다고 주장하나, 2010.2.18. 조특법 시행령 개정시 위탁 및 공동연구개발비용 중 “ERP 등 시스템 개발을 위한 위탁비용은 제외한다”고 규정(2010.1.1. 이후 최초로 개시하는 과세연도 분부터 적용)하였는데, 이는 개정 당시 전산시스템 규모가 날로 확대되는 현실을 감안하여 연구․인력개발비 세액공제에서 제외되는 대상을 ‘ERP 등 시스템 개발 위탁비용’으로 규정한 것으로 보이고, 입법기술상 지속적인 과학기술의 발전에 따라 새로이 등장하는 전산시스템에 대하여 일일이 열거하는 방식을 택하기는 어려웠던 것으로 보이는 점, 현행 조특법은 주로 중소기업들이 소규모로 투자하는 ERP에 대해서는 ‘생산성향상시설 투자세액공제’ 및 ‘연구․인력개발비 세액공제’를 모두 배제하고 있는데, 주로 대기업들이 대규모로 투자하고 ‘차세대’라 명명한 시스템에 대해서는 그것이 ‘ERP 등 시스템’에 해당하지 않아 연구․인력개발비 세액공제를 적용할 수 있다고 하는 것은 조세형평에 부합하지 아니하는 점, 쟁점시스템은 청구법인의 기존의 업무시스템 일부를 신기술 기반으로 재구축하고 양질의 서비스를 고객에게 제공하여 사업경쟁력을 확보하기 위한 것으로서 기술적 측면에서 기존보다 향상된 것으로 보일 뿐, 기본적으로 ‘기업의 인적·물적 자원을 전자적 형태로 관리하기 위한 유형·무형의 설비’라는 ‘ERP 등 시스템’의 본질적 속성에 포섭될 수 없는 근본적인 차이가 있다고 보기는 어려운 점 등에 비추어 처분청에서 쟁점개발비를 조특법 시행령 [별표6]에서 연구개발비 세액공제대상의 예외로 규정하고 있는 ERP 등 시스템 개발을 위한 위탁비용에 해당한다고 보아 청구법인의 경정청구를 거부한 이 건 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다(조심 2016서4173, 2018.7.9. 등 다수, 같은 뜻임).

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다. <별지> 관련 법령

(1) 조세특례제한법(2013.1.1. 법률 제11614호로 일부개정되기 전의 것) 제1조(목적) 이 법은 조세(租稅)의 감면 또는 중과(重課) 등 조세특례와 이의 제한에 관한 사항을 규정하여 과세의 공평을 기하고 조세정책을 효율적으로 수행함으로써 국민경제의 건전한 발전에 이바지함을 목적으로 한다. 제2조(정의) ① 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

8. “조세특례”란 일정한 요건에 해당하는 경우의 특례세율 적용, 세액감면, 세액공제, 소득공제, 준비금의 손금산입 등의 조세감면과 특정 목적을 위한 익금산입, 손금불산입 등의 중과세를 말한다. 제5조의2(중소기업 정보화 지원사업에 대한 과세특례) 대통령령으로 정하는 중소사업자가 ｢중소기업기술혁신촉진법｣ 제18조, ｢산업기술혁신촉진법｣ 제19조 및 ｢정보통신산업진흥법｣ 제44조 제1항 에 따라 201 2년 12월 31일까지 지급받는 중소기업 정보화 지원사업을 위한 출연금 등을 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 설비에 투자하는 경우에는 그 투자금액을 ｢소득세법｣ 제32조 및 ｢법인세법｣ 제36조 를 준용하여 손금에 산입할 수 있다.

1. 구매·설계·건설·생산·재고·인력 및 경영정보 등 기업의 인적·물적 자원을 전자적 형태로 관리하기 위하여 사용되는 컴퓨터와 그 주변기기, 소프트웨어, 통신설비, 그 밖의 유형·무형의 설비로서 감가상각 기간이 2년 이상인 설비(이하 “전사적(全社的) 기업자원 관리설비”라 한다)

2. 전자적 형태로 수요예측·수주(受注)·용역제공·상품판매·배송·대금결제·고객관리 등을 하기 위하여 사용되는 컴퓨터와 그 주변기기, 소프트웨어, 통신설비, 그 밖의 유형·무형의 설비로서 감가상각 기간이 2년 이상인 설비(이하 “전자상거래설비”라 한다)

3. 제1호와 제2호 외에 기업의 정보화에 사용되는 설비로서 대통령령으로 정하는 설비 제9조(연구·인력개발준비금의 손금산입) ① 내국인이 2013년 12월 31일 이전에 끝나는 과세연도까지 연구개발 및 인력개발(이하 “연구·인력개발”이라 한다)에 필요한 비용에 충당하기 위하여 연구·인력개발준비금을 적립한 경우에는 해당 과세연도의 수입금액(｢법인세법｣ 제43조 의 기업회계기준에 따라 계산한 매출액을 말한다. 이하 제10조에서 같다)에 100분의 3을 곱하여 산출한 금액의 범위에서 해당 과세연도의 소득금액을 계산할 때 해당 금액을 손금에 산입한다.

② 제1항에 따라 손금에 산입한 연구·인력개발준비금은 다음 각 호에 따라 익금에 산입한다.

1. 해당 준비금을 손금에 산입한 과세연도가 끝나는 날 이후 3년이 되는 날이 속하는 과세연도가 끝나는 날까지 연구·인력개발에 필요한 비용(새로운 서비스 및 서비스 전달체계를 개발하기 위한 연구개발의 경우 자체 연구개발에 필요한 비용만 해당한다) 중 대통령령으로 정하는 비용(이하 “연구·인력개발비”라 한다)에 사용한 금액에 상당하는 준비금은 그 3년이 되는 날이 속하는 과세연도부터 각 과세연도의 소득금액을 계산할 때 그 준비금을 36으로 나눈 금액에 해당 과세연도의 개월 수를 곱하여 산출한 금액을 익금에 산입한다.

⑤ 제1항에 따른 연구개발은 과학적 또는 기술적 진전을 이루기 위한 활동과 새로운 서비스 및 서비스 전달체계를 개발하기 위한 활동을 말하고, 인력개발은 내국인이 고용하고 있는 임원 또는 사용인을 교육·훈련시키는 활동을 말하며 그 구체적인 범위는 대통령령으로 정한다. 제10조(연구·인력개발비에 대한 세액공제) ① 내국인이 각 과세연도에 연구·인력개발비가 있는 경우에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액을 해당 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세만 해당한다) 또는 법인세에서 공제한다. 이 경우 제1호 및 제2호는 2012년 12월 31일까지 발생한 해당 연구·인력개발비에 대해서만 적용한다.

3. 제1호 및 제2호에 해당하지 아니하거나 제1호 및 제2호를 선택하지 아니한 내국인의 연구·인력개발비(이하 이 조에서 “일반연구·인력개발비”라 한다)의 경우에는 다음 각 목 중에서 선택하는 어느 하나에 해당하는 금액(후단 생략)

• 가. 해당 과세연도에 발생한 일반연구·인력개발비가 해당 과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 일반연구·인력개발비의 연평균 발생액을 초과하는 경우 그 초과하는 금액의 100분의 40(중소기업의 경우에는 100분의 50)에 상당하는 금액
• 나. 해당 과세연도에 발생한 일반연구·인력개발비에 다음의 구분에 따른 비율을 곱하여 계산한 금액

3. 1)부터 2)까지의 어느 하나에 해당하지 아니하는 경우: 다음 계산식에 따른 비율(100분의 6을 한도로 한다) 100분의 3 + 해당 과세연도의 수입금액에서 일반연구·인력개발비가 차지하는 비율 × 2분의 1 제24조(생산성향상시설 투자 등에 대한 세액공제) ① 내국인이 생산성 향상을 위하여 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 시설에 2012년 12월 31일까지 투자(중고품 및 대통령령으로 정하는 리스에 의한 투자는 제외한다)하는 경우에는 그 투자금액의 100분의 3(중소기업의 경우에는 100분의 7)에 상당하는 금액을 소득세(사업소득에 대한 소득세만 해당한다) 또는 법인세에서 공제한다.

1. 공정(工程) 개선 및 자동화 시설 중 대통령령으로 정하는 시설

2. 첨단기술설비 중 대통령령으로 정하는 설비

3. 삭제 (2000.12.29.)

4. 삭제 (2010.12.27.)

5. 삭제 (2010.12.27.)

6. 자재조달·생산계획·재고관리 등 공급망을 전자적 형태로 관리하기 위하여 사용되는 컴퓨터와 그 주변기기, 소프트웨어, 통신설비, 그 밖의 유형·무형의 설비로서 감가상각기간이 2년 이상인 설비(이하 “공급망관리 시스템설비”라 한다) (2) 조세특례제한법 시행령(2013.2.15. 대통령령 제24368호로 일부개정되기 전의 것) 제8조(연구 및 인력개발준비금의 범위 등) ① 법 제9조 제2항 제1호에서 “대통령령으로 정하는 비용”이란 법 제9조 제5항에 따른 연구개발 및 인력개발을 위한 비용으로서 [별표6]의 비용을 말한다. [별표6] 연구·인력개발비세액공제를 적용받는 비용(제8조 제1항 관련)

• 나. 위탁 및 공동연구개발

1. 다음의 기관에 과학기술 분야의 연구개발용역을 위탁(재위탁을 포함한다)함에 따른 비용(전사적 기업자원 관리설비 등 시스템 개발을 위한 위탁비용은 제외한다. 이하 이 목에서 같다) 및 이들 기관과의 공동연구개발을 수행함에 따른 비용 (2010.2.18. 신설)

• 마) 국내외 기업의 연구기관 또는 전담부서등(신성장동력산업연구개발업무 또는 원천기술연구개발업무의 경우 기획재정부령으로 정하는 전담부서등만 해당한다)