[주 문] 심판청구를 기각한다.
[이 유]
1. 처분개요
- 가. 청구인은 주식회사 OOO의 주식 60.17%를 소유하다가 2016.8.8. 25.17%의 지분인 2,466,240주(이하 “쟁점주식”이라 한다)를 양도하였고, 2016.11.30. 쟁점주식의 양도에 대하여 20%의 세율을 적용하여 양도소득세 등을 신고·납부하였다가, 2018.7.2. 소득세법상 비상장법인의 대주주에 대하여 별도의 규정이 없으므로 쟁점주식의 양도 세율을 10%로 적용하여 달라는 취지의 경정청구를 하였다.
- 나. 처분청은 비상장주식의 경우에도 대주주가 양도하는 중소기업 주식은 20%의 세율을 적용하여야 한다고 보아 2018.9.3. 청구인에게 경정거부처분을 하였다.
- 다. 청구인은 이에 불복하여 2018.11.13. 심판청구를 제기하였다.
2. 청구인 주장 및 처분청 의견
(1) 우선 이 건과 관련된 소득세법제94조 및 제104조의 변천과정을 살펴보면, 2015.12.15. 개정이전의 소득세법제94조 제1항 제3호에 ‘주권상장법인의 주식 등으로서’라고 규정하고 있어 대주주를 주권상장법인만을 대상으로 정의하고 있고, 같은 법 제104조 제1항 제11호에 주식 양도소득세율의 경우 ‘중소기업인지 여부에 따라 중소기업의 경우 10%, 그 밖의 주식은 20%의 세율을 적용하도록 규정하고 있는바, 적어도 2015.12.15. 개정 이전의 법은 중소기업인 비상장법인의 경우 ‘대주주 여부와 상관없이’ 10%의 세율을 적용받는 것이었고, 중소기업인 비상장법인에 있어 대주주인지 여부는 무관한 문제였다. 그러나, 2015.12.15. 개정된 소득세법제104조 제1항 제11호 나호는 10%의 세율이 적용되는 대상으로 ‘중소기업의 주식 등(대주주가 아닌 자가 양도하는 경우로 한정한다)’로 규정함으로써 비상장기업인 중소기업의 대주주에 대하여 10%의 세율을 적용할 수 없음을 분명히 하였으나, 비상장법인의 대주주 요건에 대하여는 아무런 정의를 두고 있지 않았다. 즉, 비상장 중소기업 대주주에 대한 세율이 인상되었음에도 대주주의 요건에 대하여 상장법인에 대하여만 규정되어 있을 뿐, 비상장 법인에 대하여 규정이 없었고, 쟁점주식을 양도한 이후인 2017.2.3. 이후에서야 소득세법 시행령제167조의8을 개정하여 명확한 정의 규정을 두었다.
(2) 국회에서 발간되는 2016 세법 개정안 분석보고서에 위 소득세법 시행령의 입법 취지가 ‘소득세법과 같은 법 시행령에 비상장주식 대주주의 기준에 관한 규정이 없으나, 정부는 비상장주식의 대주주를 상장주식의 대주주 기준과 동일하게 해석하여 왔으므로 이는 과세요건 명확주의에 부합하지 않아 비상장주식의 대주주 기준 마련은 적정한 것으로 보인다’라는 내용이 기재되어 있으므로, 청구인이 쟁점주식을 양도할 당시(2016년 8월)에는 비상장 중소기업 대주주의 양도소득에 대하여 20%의 세율을 적용한다는 소득세법 규정만 존재할 뿐, 대주주의 범위에 대한 조문은 존재하지 않았으므로, 이를 근거로 청구인에게 20%의 세율을 적용한 처분은 부당하다.
(3) 조세법률주의 원칙은 과세요건 등이 국회가 제정한 법률로써 규정하여야 하고, 그 법률의 집행에 있어 이를 엄격하게 해석·적용하여야 하며, 행정 편의적인 확장해석이나 유추적용은 허용되지 않는다 할 것(대법원 2007.5.17. 선고 2006두8648 전원합의체 판결 등 참조)인바, 처분청은 소득세법상 상장법인 대주주의 규정이 비상장법인에도 적용된다는 입장으로 이는 유추해석을 하는 것이고, 20%의 세율적용은 과세요건 규정에 존재하지 않으므로, 쟁점주식의 양도에 대하여 10%의 세율을 적용하여야 할 것이다.
- 나. 처분청 의견 2015.12.15. 법률 제13558호로 소득세법제104조 제1항 제11호 나목이 개정되어 중소기업의 주식 등 10% 적용대상이 대주주가 아닌 자가 양도하는 경우로 한정됨에 따라 중소기업 대주주의 양도소득세율이 10%에서 20%로 상향되었고, 국회의 개정이유에 위 법률이 일부 개정되기 이전에는 중소기업 주식의 양도소득에 대하여 대주주인지 여부와 무관하게 양도소득세율의 세율이 적용되고 있었으나, 중소기업의 대주주인 경우에는 중소기업과는 별개로 주식양도소득의 과세에 있어서 우대하여야 할 필요성이 낮은 점을 고려하여 일부 중소기업의 대주주에게 주식양도세율을 10%에서 20%로 조정하게 된 것이라는 내용이 나타난다. 따라서 중소기업 대주주의 주식양도소득세율은 주권발행법인이 상장이던 비상장이던 따로 구분하지 않고 20%로 상향한 것이므로, 청구주장과 같이 상장법인의 중소기업 대주주에게만 20%의 세율을 적용하여야 한다는 청구주장은 받아들이기 어렵고, 중소기업의 주주들에게도 구 소득세법제94조 제1항 제3호 가목에 의한 대주주의 개념이 적용된다 할 것이다.
3. 심리 및 판단
- 가. 쟁점 비상장 중소기업의 대주주가 양도한 주식에 대하여, 양도소득세율 10%를 적용하여야 한다는 청구주장의 당부
- 나. 관련 법령
(1) 소득세법 제94조[양도소득의 범위] ① 양도소득은 해당 과세기간에 발생한 다음 각 호의 소득으로 한다.
3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주식 또는 출자지분(신주인수권과 대통령령으로 정하는 증권예탁증권을 포함한다. 이하 이 장에서 "주식 등"이라 한다)의 양도로 발생하는 소득
- 가. 자본시장과 금융투자업에 관한 법률에 따른 주권상장법인(이하 "주권상장법인"이라 한다)의 주식 등으로서 소유주식의 비율·시가총액 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 대주주(이하 이 장에서 "대주주"라 한다)가 양도하는 것과 같은 법에 따른 증권시장(이하 "증권시장"이라 한다)에서의 거래에 의하지 아니하고 양도하는 것
- 나. 주권상장법인이 아닌 법인의 주식 등 제104조[양도소득세의 세율] ① 거주자의 양도소득세는 해당 과세기간의 양도소득과세표준에 다음 각 호의 세율을 적용하여 계산한 금액(이하 "양도소득 산출세액"이라 한다)을 그 세액으로 한다. 단서 생략
11. 제94조 제1항 제3호에 따른 자산
- 가. 대통령령으로 정하는 중소기업(이하 이 장에서 "중소기업"이라 한다) 외의 법인의 주식 등으로서 대주주가 1년 미만 보유한 주식 등 양도소득 과세표준의 100분의 30
- 나. 중소기업의 주식 등(대주주가 아닌 자가 양도하는 경우로 한정한다) 양도소득 과세표준의 100분의 10
- 다. 그 밖의 주식 등 양도소득 과세표준의 100분의 20
(2) 소득세법 시행령 제157조 [증권예탁증권 및 대주주의 범위] ④ 법 제94조 제1항 제3호 가목에서 "대통령령으로 정하는 대주주"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자(이하 이 장에서 "대주주"라 한다)를 말한다.
1. 법인의 주식 또는 출자지분(신주인수권과 제1항에 따른 증권예탁증권을 포함하며, 이하 이 장에서 "주식 등"이라 한다)을 소유하고 있는 주주 또는 출자자 1인(이하 이 장에서 "주주 1인"이라 한다) 및 주식 등의 양도일이 속하는 사업연도의 직전 사업연도 종료일 현재 그와 다음 각 목의 구분에 따른 자(이하 이 장에서 "기타주주"라 한다)가 주식 등의 양도일이 속하는 사업연도의 직전사업연도 종료일 현재 소유한 주식 등의 합계액이 해당 법인의 주식 등의 합계액에서 차지하는 비율(이하 이장에서 "소유주식의 비율"이라 한다)이 100분의 1 이상인 경우 해당 주주 1인 및 기타주주. 이 경우 직전사업연도 종료일 현재에는 100분의 1에 미달하였으나 그 후 주식 등을 취득함으로써 100분의 1 이상을 소유하게 되는 때에는 그 취득일 이후의 주주 1인 및 기타주주를 포함한다.
2. 주식 등의 양도일이 속하는 사업연도의 직전사업연도 종료일 현재 주주 1인 및 기타주주가 소유하고 있는 해당 법인의 주식 등의 시가총액이 25억원 이상인 경우의 해당 주주 1인 및 기타주주
⑤ 제4항 제1호 및 제2호에도 불구하고 주주 1인 및 기타주주의 소유주식의 비율 또는 시가총액이 다음 각 호의 구분에 따른 기준에 해당하는 경우에는 해당 주주 1인 및 기타주주를 대주주로 본다. 이 경우 소유주식의 비율이 직전 사업연도 종료일 현재에는 그 기준에 미달하였으나 그 후 주식 등을 취득함으로써 그 기준에 해당하게 되는 경우에는 그 취득일 이후의 주주 1인 및 기타주주를 대주주에 포함한다.
1. 코스닥시장상장법인[대통령령 제24697호 자본시장과 금융투자업에 관한 법률 시행령 일부개정령 부칙 제8조에 따른 코스닥시장(이하 "코스닥시장"이라 한다)에 상장된 주권을 발행한 법인을 말한다]의 주식 등의 경우: 소유주식의 비율이 100분의 2이상이거나 시가총액이 20억원 이상인 경우
2. 코넥스시장상장법인[자본시장과 금융투자업에 관한 법률 시행령 제11조 제2항에 따른 코넥스시장(이하 "코넥스시장"이라 한다)에 상장된 주권을 발행한 법인을 말한다]의 주식 등의 경우: 소유주식의 비율이 100분의 4 이상이거나 시가총액이 10억원 이상인 경우
3. 자본시장과 금융투자업에 관한 법률 시행령 제178조 제1항에 따라 거래되는 벤처기업육성에 관한 특별조치법 제2조 제1항에 따른 벤처기업의 주식 등의 경우: 소유주식의 비율이 100분의 4 이상이거나 시가총액이 40억원 이상인 경우
(1) 양도일이 속하는 사업연도의 직전사업연도 종료일 현재 청구인이 소유한 주식회사 OOO의 주식비율은 60.17%이고, 주식회사 OOO가 중소기업법상 중소기업에 해당함에는 청구인과 처분청 간에 다툼은 없다.
(2) 소득세법2015.12.15 법률 제13558호로 일부 개정된 안에 의하면, 중소기업 주식양도세율 조정(제104조 제1항 제11호 나목)에 중소기업 주식의 양도소득에 대해서는 대주주인지 여부와 무관하게 양도소득세의 세율이 적용되고 있으나 중소기업 대주주의 경우에는 중소기업과는 별개로 주식양도소득 과세에 있어서 우대하여야 할 필요성이 낮은 점을 고려하여 일부 중소기업의 대주주에게 적용되는 주식양도세율을 10퍼센트에서 20퍼센트로 조정한다라고 기재되어 있다.
(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 보면, 소득세법제94조 제1항 제3호 가목의 위임에 따라 같은 법 시행령 제157조 제4항에서 대주주의 범위를 정하고 있으나 동 규정에는 주권상장법인과 주권비상장법인을 구분하지 아니하였고, 같은 법 제104조 제1항 제11호에는 중소기업 주식 및 대주주의 여부에 따라 적용될 세율이 규정되어 있을 뿐인 점, 세법 개정 이유에서 소득세법제104조 제1항 제11호 나목은 중소기업의 대주주인 경우에 주식양도소득 과세에 있어서 우대하여야 할 필요성이 낮다는 사유로 중소기업의 대주주에게 주식양도세율을 10%에서 20%로 상향 조정된 것인 점, 소득세법제94조 제1항 제3호 가목 및 같은 법 시행령 제157조 제4항에서 대통령령으로 정하는 대주주의 범위를 규정하면서 제3장 전체에서 모두 동일한 뜻으로 해석되도록 정하였는바, 대주주의 범위에 주권비상장법인도 포함된 것으로 보이는 점 등에 비추어 청구인이 양도한 주식에 대하여 양도소득세율을 10%로 적용하여 달라는 청구주장은 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.
4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.