쟁점주택③이 주택수 계산에서 제외되는 “장기임대주택”에 해당하는지 여부

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구인은 2009.11.9. OOO 84.82㎡(이하 “쟁점주택①”이라 한다)를 임의경매를 원인으로 OOO원에 취득한 후, 2017.11.22. OOO 외 1인에게 OOO원에 양도하고, 2018.1.3. 일시적 2주택 비과세 특례규정을 적용하여 양도소득세 OOO원을 신고․납부하였다.
• 나. 처분청은 쟁점주택① 양도일 현재 청구인의 배우자 OOO 명의의 OOO 59.4㎡(이하 “쟁점주택②”라 한다), 청구인의 딸 OOO 명의의 OOO 21.43㎡(이하 “쟁점주택③”이라 한다) 등 청구인 및 동일 세대원이 1세대 3주택을 보유하고 있는 것을 확인하고 청구인에게 세무조사 사전통지를 하자, 2018.3.26. 청구인은 2017년 귀속 양도소득세 OOO원을 수정신고․납부하였다.
• 다. 이후 처분청은 2018.6.26. 청구인이 위 수정신고시 1세대 3주택에 적용하는 중과세율을 적용하지 아니하였다 하여 청구인에게 2017년 귀속 양도소득세 OOO원에 대한 과세예고통지를 하자, 청구인은 2018.7.9. 쟁점주택③이 주택수 계산에서 제외되는 장기임대주택이라 하여 기납부한 양도소득세 OOO원의 환급을 구하는 경정청구를 제기하였고, 이에 대해 처분청은 쟁점주택③이 소득세법 시행령 제167조의3 제1항 제2호 의 장기임대주택에 해당되지 아니한 것으로 보아 2018.7.17. 청구인의 경정청구를 거부하였다.
• 라. 청구인은 이에 불복하여 2018.7.26. 이의신청을 거쳐 2018.11.7. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 청구인은 청구인의 배우자 명의로 취득한 쟁점주택②의 취득일인 2015.10.12.부터 3년 내인 2017.11.22. 쟁점주택①을 양도하였으며, 청구인의 딸 명의의 쟁점주택③은 소득세법 시행령 제167조의3 제1항 제2호 에 규정된 장기임대주택의 인정요건(소득세법 제168조 에 따른 사업자등록과 민간임대주택에 관한 특별법제5조에 따른 임대사업자 등록)을 충족하여 주택수에서 제외되므로 쟁점주택①의 양도는 일시적 2주택 비과세특례에 해당한다. 청구인은 쟁점주택③에 대하여 주택임대를 목적으로 면세사업자로 등록을 하여야 하나, 과세 또는 면세구분을 하지 못하여 2016.7.7. 일반과세자로 사업자등록(OOO)을 하고 2016.7.18. 소유권이전등기를 경료한 날에 OOO에게 민간임대주택에 관한 특별법제5조에 따른 임대사업자 등록을 한 후, 부동산소개업소에 주택임대를 의뢰하였지만 계속 공실로 있어 2016.8.19. 폐업신고를 하였고, 이후 2016.10.14. 임차인을 구하여 2016.10.31. 임차인을 입주시키면서 면세사업자등록을 하려고 하였으나 OOO에 임대사업자 등록이 되어 있어 무방하리라 생각하고, 사업자등록을 하지 않은 상태에서 주택임대를 계속하고 있었다(당시 일반사업자로 등록한 후 분양시 부담한 부가가치세를 환급받지 아니하였으며, 연간 임대소득도 비과세 수준이라 신고하지 아니함). 이후 청구인은 2018.3.26. 쟁점주택③의 주택임대에 대하여 2016.10.31.(임차인을 입주시킨 날)로 소급하여 면세사업자로 사업자등록을 하였던 것인데, 비록 소급하여 사업자등록을 하였더라도 쟁점주택①의 양도일(2017.11.22.)에는 쟁점주택③을 임대하고 있었다는 것을 표방하고 있는 것이므로 민간임대주택에 관한 특별법제5조에 따른 임대사업자 등록과 함께 소득세법 제168조 에 따른 사업자등록 요건을 갖춘 것이라 할 것이어서 결국 소득세법 시행령 제167조의3 제1항 제2호 에 규정된 장기임대주택의 요건을 갖춘 것이다. 따라서, 처분청이 쟁점주택③을 장기임대주택에 해당하지 아니하는 것으로 보아 청구인의 경정청구를 거부한 처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 청구인은 쟁점주택③이 실제 임대계약을 하고 계속 임대하고 있으므로 장기임대주택에 해당한다고 주장하나, 소득세법 시행령 제167조의3 제1항 제2호 에 따르면, 장기임대주택이란 양도일 현재 소득세법 제168조 에 따른 사업자등록과 민간임대주택에 관한 특별법제5조에 따른 임대사업자 등록을 한 거주자가 임대주택으로 등록하여 임대하는 주택으로 규정하고 있는바, 쟁점주택① 양도일(2017.11.22.) 현재 쟁점주택③이 민간임대주택에 관한 특별법제5조에 의한 민간임대주택으로 등록되어 있다고 하더라도, 청구인은 소득세법 제168조 에 의한 사업자등록 요건을 갖추지 못한 사실이 확인되어 같은 법 시행령 제167조의3 제1항 제2호에 규정된 장기임대주택의 인정요건을 충족하지 못하였으므로 쟁점주택③은 1세대 3주택의 주택수를 계산할 때 산입하지 아니하는 장기임대주택에 해당하지 아니한다. 따라서, 처분청이 청구인의 경정청구를 거부한 처분은 정당하다.

• 가. 쟁 점 쟁점주택③이 주택수 계산에서 제외되는 “장기임대주택”에 해당하는지 여부
• 나. 관련 법령

(1) 소득세법(2017.12.19. 법률 제15225호로 개정되기 전의 것) 제104조(양도소득세의 세율) ④ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 부동산을 양도하는 경우 제55조 제1항(제3호의 경우에는 제1항 제8호)에 따른 세율에 100분의 10을 더한 세율을 적용한다. 이 경우 해당 부동산 보유기간이 2년 미만인 경우에는 제55조 제1항(제3호의 경우에는 제1항 제8호)에 따른 세율에 100분의 10을 더한 세율을 적용하여 계산한 양도소득 산출세액과 제1항 제2호 또는 제3호의 세율을 적용하여 계산한 양도소득 산출세액 중 큰 세액을 양도소득 산출세액으로 한다.

1. 제104조의2 제2항에 따른 지정지역에 있는 부동산으로서 대통령령으로 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택(이에 딸린 토지를 포함한다. 이하 이 항에서 같다) 제168조(사업자등록 및 고유번호의 부여) ① 새로 사업을 시작하는 사업자는 사업장 소재지 관할 세무서장에게 등록하여야 한다. 다만, 분리과세 주택임대소득만 있는 사업자의 경우에는 그러하지 아니하다.

② 부가가치세법에 따라 사업자등록을 한 사업자는 해당 사업에 관하여 제1항에 따른 등록을 한 것으로 본다.

③ 이 법에 따라 사업자등록을 하는 사업자에 대해서는 부가가치세법제8조를 준용한다. (2) 소득세법 시행령(2017.12.29. 대통령령 제28511호로 개정되기 전의 것) 제167조의3(1세대 3주택 이상에 해당하는 주택의 범위) ① 법 제104조 제4항 제1호에서 "대통령령으로 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택"이란 국내에 주택을 3개 이상(제1호에 해당하는 주택은 주택의 수를 계산할 때 산입하지 아니한다) 소유하고 있는 1세대가 소유하는 주택으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하지 아니하는 주택을 말한다.

2. 법 제168조에 따른 사업자등록과 민간임대주택에 관한 특별법제5조에 따른 임대사업자 등록(이하 이 조에서 "사업자등록등"이라 한다)을 한 거주자가 민간임대주택으로 등록하여 임대하는 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주택(이하 이 조에서 "장기임대주택"이라 한다).(단서 생략)

(3) 부가가치세법 제8조(사업자등록) ① 사업자는 사업장마다 대통령령으로 정하는 바에 따라 사업개시일부터 20일 이내에 사업장 관할세무서장에게 사업자등록을 신청하여야 한다. 다만, 신규로 사업을 시작하려는 자는 사업개시일 이전이라도 사업자등록을 신청할 수 있다.

(4) 민간임대주택에 관한 특별법 제5조(임대사업자의 등록) ① 주택을 임대하려는 자는 특별자치시장ㆍ특별자치도지사ㆍ시장ㆍ군수 또는 구청장(구청장은 자치구의 구청장을 말하며, 이하 "시장ㆍ군수ㆍ구청장"이라 한다)에게 등록을 신청할 수 있다.

② 제1항에 따라 등록하는 경우 다음 각 호에 따라 구분하여야 한다.

2. 민간건설임대주택 및 민간매입임대주택

3. 공공지원민간임대주택, 장기일반민간임대주택 및 단기민간임대주택

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 쟁점주택 양도당시(2017.11.22.) 국세청 전산시스템에 나타나는 청구인 및 세대원의 주택보유 현황은 아래와 같다. OOO

(2) 쟁점주택③에 대한 청구인의 사업자등록신청 및 폐업신고내역은 아래와 같다. OOO

(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구인은 쟁점주택③이 장기임대주택 요건을 충족하여 쟁점주택①의 양도가 일시적 2주택 비과세특례에 해당한다고 주장하나, 소득세법 시행령 제167조의3 제1항 제2호 에서 장기임대주택이란 소득세법 제168조 에 따른 사업자등록과 민간임대주택에 관한 특별법 제5조 에 따른 임대사업자 등록을 한 거주자가 임대주택으로 등록하여 임대하는 주택으로 규정하고 있고, 소득세법에 따라 사업자등록을 하는 사업자에 대하여는 부가가치세법 제8조 를 준용하도록 소득세법 제168조 제3항 에서 규정하고 있으며, 부가가치세법 제8조 에서 사업개시일부터 20일 이내에 사업장 관할세무서장에게 사업자등록을 신청할 수 있도록 규정하고 있는바, 청구인은 쟁점주택③에 대하여 민간임대주택에 관한 특별법 제5조 에 따라 2016.7.18. 민간임대주택으로 등록하여 임대업으로 사용하고는 있으나, 2016.7.7. 부가가치세법상 과세사업자로 사업자등록을 한 후 2016.8.19. 사업자 폐업신고를 하여 쟁점주택①의 양도일(2017.11.22.) 현재 사업자등록이 되어 있지 아니한 점, 청구인은 쟁점주택①의 양도일이 지난 2018.3.26. 쟁점주택③에 대하여 소득세법 제168조 에 의한 사업자등록을 하면서 개업일을 소급하였으나 개업일을 소급하여 신고하였다 하더라도 쟁점주택①의 양도일에는 사업자등록 요건을 충족하지 못하고 있는 점 등에 비추어 쟁점주택①의 양도가 일시적 2주택 비과세특례에 해당한다는 청구주장은 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.