쟁점법인의 주주명부나 그 법인세 신고시 제출된 주주등변동상황명세서 등에는 쟁점법인의 설립시부터 청구인이 주주로 등재되어 있는 이상 청구인이 자신이 쟁점법인 주주가 해당하지 않는다는 것에 대한 입증책임을 다하였다고 보기 어려우므로 청구인을 쟁점법인의 제2차 납세의무자로 지정한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단됨
쟁점법인의 주주명부나 그 법인세 신고시 제출된 주주등변동상황명세서 등에는 쟁점법인의 설립시부터 청구인이 주주로 등재되어 있는 이상 청구인이 자신이 쟁점법인 주주가 해당하지 않는다는 것에 대한 입증책임을 다하였다고 보기 어려우므로 청구인을 쟁점법인의 제2차 납세의무자로 지정한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단됨
[주 문] 심판청구를 기각한다. [이 유]
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
(1) 청구법인은 경정청구와 관련된 모든 공사계약서, 공사현장별 공사원가명세서를 비롯한 작업진행률 계산에 필요한 제반 자료를 제출함은 물론, 2018.6.22. 처분청의 자료보완 요구에도 성실히 응하여 추가 자료까지 제출하였다. 그럼에도 불구하고 처분청은 작업진행률 계산의 기초가 되는 공사현장별 원가배분 및 총공사예정원가의 산출내역이 적정치 못하여 정확한 작업직행률 계산이 된 것으로 볼 수 없다는 이유로 청구법인의 경정청구를 거부하였다. 그러나, 청구법인이 제출한 자료에 의하면 작업진행률 계산이 충분히 가능함에도 정확한 작업진행률 계산이 되지 않았다는 이유로 경정청구를 거부한 것은 부당하다. (가) 처분청은 현장별 재료비가 없는 현장이 다수 있다는 의견이나, 청구법인의 공사현장 중 공사수행에 필요한 자재를 원도급자가 지급하는 형태의 계약이 다수 있어, 이 경우에는 청구법인의 재료비 투입이 있을 수 없다. (나) 처분청은 2013년 직접노무비가 배분되지 아니하였다는 의견이나, 당초 신고시에도 직접노무비는 없었고, 경정청구를 하면서 현장별 노무비 구분이 불가능하여 당초 신고와 동일하게 직접노무비 배분을 하지 못한 것일 뿐이다. 실제 직·간접비 배분의 오류가 있더라도 그로 인한 공사수입금액은 큰 차이가 없다. (다) 처분청은 해외공사 중 OOO 현장의 감가상각비가 간접경비로 배분되었다는 의견이나, 이를 직접경비로 재계산하면 2차 경정청구한 금액보다 OOO원의 세액이 추가환급되어야 하므로, 이를 이유로 경정청구한 수입금액이 과소하다고 할 수는 없다. 만약 처분청 의견과 같이 감가상각비 배분에 문제가 있다면 법인세를 경정하여야 할 것이다. (라) 당초 신고한 해외공사예정원가율OOO는 임의산정한 것이어서 아무런 근거가 없는 것이었고, 오히려 경정청구를 하면서 발주처와 협상한 공사비 내역 등을 근거로 올바르게 공사예정원가를 산출하였다.
(2) 납세자가 과세표준 및 세액을 신고하였으나, 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과하여 신고한 경우 납세자는 관할세무서장에 경정청구를 할 수 있고, 한편 관할세무서장은 납세자의 법인세 신고내용에 오류가 있는 경우에는 법인세를 경정하여야 하는바, 이는 관할세무서장의 재량이 아닌 의무이자 강제이다. 즉, 납세의무자가 수입금액을 과다하게 계상하는 등의 방법으로 사실과 다른 결산을 하고 이에 따라 법인세를 신고·납부하였다가 그 세액에 관하여 경정청구를 한 사실만을 가지고는 경정청구를 배척할 수 없고, 처분청은 2차 경정청구와 관련하여 청구법인이 제출한 증빙을 근거로 수입금액을 실제 과다하게 하였는지 여부를 확인하고 그에 따라 법인세 과세표준 및 세액을 경정하여야 한다[조심 2014서611(2015.12.14.) 참조]. 설령 처분청의 의견과 같이, 청구법인의 주장 중 작업진행률 계산에 일부 오류가 있다고 하더라도 처분청으로서는 정당한 법인세 과세표준을 조사하여 법인세를 경정하거나, 재조사를 통해서라도 경정하여야 할 것이지, 이러한 이유로 경정청구 자체를 배척하여서는 아니되므로, 이는 위법한 경정청구 거부처분이다. (3)국세기본법에 의하면, 납세자는 특별한 사유가 없는 한 납세자가 제출한 신고서 등을 진실한 것으로 추정하여야 한다(국세기본법제81조의3, 제91조의6 제3항). 청구법인이 당초 신고시 제출한 작업진행률 계산의 기초가 되는 공사현장별 원가배분 내역은 그 내용에 오류가 분명하지 아니하는 한 진실한 것으로 추정되는 것이고, 다만 청구법인의 경정청구에 의하여 총공사예정원가의 계산이 오류임이 명백하게 밝혀진 해외공사현장 2곳에 대하여는 작업진행률을 재계산하여 익금산입 대상 공사수입금액을 산정하여야 한다. 즉, 청구법인은 해외공사 현장 2곳의 경우 계약 당시 총공사예정원가가 존재함에도 불구하고, 청구법인이 임의로 총공사예정원가를 공사도급금액의 OOO로 책정하여 작업진행률에 의한 공사수입금액을 과대계상하는 방법으로 분식한 사실이 명백하므로, 처분청은 청구법인이 1차 경정청구한 내용대로 2015∼2016사업연도 법인세 경정청구를 받아들여야 한다.
(4) 처분청 의견과 같이 청구법인이 제출한 자료 만으로는 “법인의 비치·기장한 장부의 내용이 충분하지 아니하여 작업진행률을 계산할 수 없다고 인정되는 경우”라면, 청구법인의 공사수입금액은 청구법인이 당초 신고 또는 경정청구하였음에도 불구하고, 법인세법 시행령제69조 제2항 제1호 및 같은 법 시행규칙 제34조 제4항에서 규정하는 바와 같이, “용역제공을 완료한 날이 속하는 사업연도”의 익금에 산입하여야 한다. 그런데, 처분청은 청구법인이 경정청구시 제출한 자료로는 총공사예정원가, 당기 발생 총공사비의 현장별 배분 등이 부적정하여 작업진행률의 계산이 불가능하다는 이유로 경정청구를 거부하였음에도 불구하고, 현장별 작업진행률의 계산이 불가능할 뿐 실제로 소요된 총공사비는 확인이 가능하므로 인도기준의 적용이 불가하다고 하는 모순된 의견을 개진하고 있다. 수익의 인식기준은 법인세법이 정한 바에 의하여야 함에도, 이를 무시하고 발생비용에 대해서만 당기의 손금으로 인식한다면 수익·비용 대응 원칙에 어긋나게 되어 각 사업연도 소득이 왜곡되는 불합리한 결과를 초래하게 된다. 만약, 처분청의 의견과 같이 현장별 작업진행률 계산이 불가능하다면 작업진행률에 의한 수입금액 계산 역시 당연히 불가능할 수밖에 없으므로, 그 결과 공사수입금액의 인식은 용역완료기준이 적용될 수밖에 없다. 따라서, 처분청은 청구법인의 2013∼2017사업연도에 대하여 공사수입금액의 인식시기를 용역완료기준에 의하여 재계산하여 법인세를 경정하여야 한다.
(1) 청구법인은 처분청에 2차 경정청구를 하면서 제출한 자료만으로도 작업진행률을 충분히 계산할 수 있으므로, 처분청은 청구법인의 2차 경정청구를 받아들여야 한다고 주장하나, 청구법인의 2차 경정청구는 아래와 같은 이유로 작업진행률 계산의 2가지 요소인 현장별 공사원가와 총공사예정비가 적정하게 계산된 것으로 볼 수 없는바, 이 건 경정청구 거부처분은 정당하다. (가) 청구법인이 제출한 아래와 같은 수입금액 조정명세 및 현장별 공사원가 내역을 살펴보면, 당기 공사가 이루어져 직접경비 등이 투입되었으나 각 현장별 재료비 및 노무비가 없는 현장이 다수 포함되어 있다.
1. OOO 및 OOO 현장의 경우 공사가 2016년 중에 시작되어 2016년 중에 종료되었으나 당기 공사원가에 직․간접재료비는 투입되지 아니한 것으로 나타난다.
2. OOO 현장은 2016년초 및 2015년말에 공사가 시작되었으나, 공사종료일이 2019년인 공사여서 2016년 당시에는 공사초기인 사실을 감안할 때 재료비가 반드시 투입되었어야 할 현장으로 판단되나, 직․간접재료비는 투입되지 않은 것으로 나타난다.
3. OOO 현장의 경우에도 공사종료일이 2017년인 공사로 2016년 중 계속하여 공사가 진행된 것으로 보이나, 재료비와 노무비가 투입되지 아니한 것으로 하여 한 공사원가의 현장별 배분이 적정하다 할 수 없다.
4. 이에 대하여 청구법인은 공사에 필요한 자재를 발주자가 모두 공급하였다고 항변하나, 지급자재를 제외한 모든 자재는 청구법인이 부담하는 조건으로 계약되어 있으므로, 청구법인의 재료비 투입이 없다는 주장은 사실과 다르다.
5. 또한, 현장별 노무비가 직접노무비 없이 전체 노무비를 현장별 직접재료비 및 직접경비 비율로 안분하여 간접노무비로 분류되어 있는 사업연도(2013사업연도)가 존재하고, 이에 대하여 청구법인은 해당 사업연도의 장부 및 자료가 미비하여 직접노무비 산출이 불가능하여 배분하지 못했다고 항변하나, 장부의 비치․기장의무는 법인세법제112조 등에 따라 규정되어 있는 것과 같이 부실기재의 책임은 청구법인에게 있는 것인바, 원가배분을 정확하게 못한 점에 대한 귀책사유는 청구법인에게 있을 뿐이다.
6. 나아가 해외공사현장(OOO)에서만 사용할 목적으로 취득한 건설용장비에 대한 감가상각비가 당해 현장에 직접 배분되지 않고 전체 감가상각비를 간접경비로 하여 현장별 직접경비비율에 의하여 현장별로 배분되어 있고, 현장종업원에 대한 인건비는 각 현장별로 직접 대응되어야 하나 간접노무비로 분류되어 직접비 비율로 안분되어 있으며, 관계회사인 OOO 주식회사에 대한 파견직원의 인건비는 공사원가와는 무관한 것으로 판관비로 분류하여야 하나, 간접노무비로 공사원가에 포함되어 있는 점 등 공사원가의 현장별 배분이 적정치 못하다. (나) 청구법인은 2차 경정청구시 총공사예정비를 국내 공사현장에 도급금액의 OOO, 해외 공사현장에 도급금액의 OOO를 일률적으로 적용하였으나, 이는 아래와 같은 이유로 적정하지 아니하다.
1. 총공사예정비는 공사진행율 산출의 근간이 되는 금액이므로, 공사수입금액 계산의 기초자료로 당기말 누적공사원가에 향후 투입이 예상되는 원가를 감안하여 산출하여야 하나, 청구법인은 각 공사현장에 대한 총공사예정원가를 일률적으로 적용하였다가 특별한 근거 없이 일률적으로 변경하였으므로, 2차 경정청구시 제출된 해외 공사현장에 대한 총공사예정비 산출내역서를 통하여 총공사예정비 산출의 적정여부 확인이 불가하다.
2. 한편, 청구법인은 공사수주를 위해서 실제 총공사예정비를 기초로 공사수입금액을 인식하게 되면 결손을 인식하게 되는 결과가 초래되어 신규공사 수주에 어려움을 겪게 될 우려가 있다는 이유로 손익계산서상 흑자가 나오는 수준에서 총공사예정비를 임의로 적용할 수밖에 없었다고 주장하나, 청구법인의 수정신고 및 2차 경정청구에 따른 2013～2017사업연도의 과세표준에 따르더라도 2013∼2017사업연도에 결손이 발생하지 않는다. 특히 2017사업연도의 경우에는 오히려 당초 신고에서 OOO원의 결손금이 발생하고 있어 수정신고 및 2차 경정청구가 아닌 당초 신고가 이루어졌을 때 청구법인의 주장에 부합되는 내용의 법인세 신고가 이루어졌다고 할 수 있다.
3. 2차 경정청구를 제기한 2013∼2017사업연도 중 최초 수정년도인 2013사업연도 공사진행률 계산시 당초에 적용된 도급공사에 적용된 전기누적 공사원가가 실제 현장별로 투입된 공사원가가 아닌 도급기누적공사수입에 일정비율OOO을 곱한 금액을 적용한 것이어서, 2013년 이후의 경우 정확한 공사진행률이 계산된 것으로 볼 수 없다.
(2) 청구법인은 해외 공사현장 2곳(OOO 및 OOO)의 객관적인 총공사예정비가 존재함에도 임의로 총공사예정비를 공사도급금액의 OOO로 책정하여 공사수입금액을 과대계상하는 방법으로 분식을 하였다면서 1차 경정청구한 내용대로 2015∼2016 사업연도 법인세를 경정하여야 한다고 주장하나, 이는 아래와 같은 이유로 받아들일 수 없다. (가) 총공사예정원가는 계약 당시 추정한 공사원가에 변동상황 등을 반영하고 향후 투입이 예상되는 원가를 감안하여 체계적이고 합리적으로 계산되어야 한다. 이와 관련하여, 청구법인은 1차 경정청구 당시 해외 공사현장 2곳에 대한 총공사예정원가 산출내역서를 제출하였으나, 일률적으로 도급금액의 OOO를 총공사예정비로 산정한 것에 불과하여, 이를 합리적이고 체계적으로 정확하게 작성된 산출내역서라고 볼 수 없는바, 이를 기초로 한 총공사예정비 계산 또한 적정한 것으로 볼 수 없다. (나) 한편, 청구법인은 당초 신고 당시의 총공사예정비가 부적절하여 작업진행률을 정확하게 계산할 수 없다면, 법인세법 시행령제69조 제2항 제1호 및 같은 법 시행규칙 제34조 제4항에서 규정하는 바와 같이, 용역제공을 완료한 날이 속하는 사업연도의 익금에 산입하여야 한다고 주장한다. 그러나 법인세법령상 작업진행률을 계산할 수 없다고 인정되는 경우란 법인이 비치․기장한 장부가 없거나 비치․기장한 장부의 내용이 충분하지 아니하여 사업연도 종료일까지 실제로 소요된 총공사비누적액 등을 확인할 수 없는 경우를 말하는 것이어서, 총공사예정비가 확인되지 아니하거나 합리적이지 아니한 경우는 해당하지 아니한다 할 것이다. 즉, 청구법인의 경우에는 총공사예정비는 부적정하나, 공사원가에 대하여 장부에 기장을 한 결과 총공사비누적액은 확인 가능한 상황이어서, 법인세법령상의 용역제공을 완료한 날이 속하는 사업연도의 익금에 산입하는 경우에 해당한다고 볼 수 없는바, 처분청의 이 건 경정청구 거부처분은 정당하다. (다) 청구법인의 주주들은 2016년경 특정인들에게 청구법인의 주식을 양도하였고, 관할세무서장은 이를 주식저가양수도로 보아 과세하려는 중인데, 이에 청구법인은 이 건 수정신고 및 경정청구를 통한 청구법인의 사업연도별 이익조정으로 주식양수인에 대한 증여세 과세를 회피하려는 의도가 있는 것으로 보여, 경정청구의 진정한 의도 역시 의심스럽다.
① 처분청이 청구법인의 작업진행률 산정을 위한 공사현장별 원가배분 및 총공사예정비 계산 내역이 부적정하다는 이유로 경정청구를 거부한 처분의 당부
② 청구법인이 산정한 총공사예정비가 부적정한 경우를 법인세법 시행령제69조 제2항 제1호 및 같은 법 시행규칙 제34조 제4항의 작업진행률을 계산할 수 없는 경우로 보아, 각 용역완료일이 속하는 사업연도의 공사수입금액으로 인식하여야 하는지 여부
1. 중소기업인 법인이 수행하는 계약기간이 1년 미만인 건설등의 경우
2. 기업회계기준에 따라 그 목적물의 인도일이 속하는 사업연도의 수익과 비용으로 계상한 경우
② 제1항을 적용할 때 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 목적물의 인도일이 속하는 사업연도의 익금과 손금에 각각 산입한다.
1. 작업진행률을 계산할 수 없다고 인정되는 경우로서 기획재정부령으로 정하는 경우 (3) 법인세법 시행규칙 제34조 [작업진행률의 계산등] ① 영 제69조 제1항 본문에서 "건설등을 완료한 정도"란 다음 각 호의 구분에 따른 비율을 말한다.
1. 건설의 경우: 다음 산식을 적용하여 계산한 비율. 다만, 건설의 수익실현이 건설의 작업시간·작업일수 또는 기성공사의 면적이나 물량 등(이하 이 조에서 "작업시간등"이라 한다)과 비례관계가 있고, 전체 작업시간등에서 이미 투입되었거나 완성된 부분이 차지하는 비율을 객관적으로 산정할 수 있는 건설의 경우에는 그 비율로 할 수 있다.
2. 제1호 외의 경우: 제1호를 준용하여 계산한 비율
② 제1항에 따른 총공사예정비는 기업회계기준을 적용하여 계약 당시에 추정한 공사원가에 해당 사업연도말까지의 변동상황을 반영하여 합리적으로 추정한 공사원가로 한다.
③ 영 제69조 제1항 본문에 따라 각 사업연도의 익금과 손금에 산입하는 금액의 계산은 다음 각호의 산식에 의한다.
당해사업연도에 발생된 총비용
④ 영 제69조 제2항 제1호에서 "기획재정부령으로 정하는 경우"란 법 인이 비치·기장한 장부가 없거나 비치·기장한 장부의 내용이 충분하지 아니하여 당해 사업연도 종료일까지 실제로 소요된 총 공사비누적액 또는 작업시간 등을 확인할 수 없는 경우를 말한다.
(1) 청구법인이 2018.3.28. 해외공사 2곳(OOO, OOO)의 총공사예정비 산정에 오류가 있어 작업진행률에 의한 당기 공사수입 금액의 계산이 잘못되었다는 이유로 1차 경정청구서를 제출하였 는바, 제출한 작업진행률 재계산 결과요약 및 1차 경정청구에 의한 법인세 과세표준 및 세액은 아래 <표2> 및 <표3>과 같다. <표2> 1차 경정청구시 해외공사 작업진행률 재계산 결과 요약 <표3> 1차 경정청구서에 의한 법인세 과세표준 및 세액
(2) 처분청이 과세근거로 제시한 심리자료는 다음과 같다. (가) 처분청은 2017.9.4.～2017.9.29. 기간 동안 청구법인에 대하여 2015사업연도 법인세 정기조사를 실시하였는바, 처분청은 조사 당시 작업진행률에 대한 검토를 했으나 진행률이 잘못되었다고 보아 수입금액을 조정한 사실이 없고, 해외공사(OOO)에 사용할 자산 취득 후 해외현장에 투입하지 않은 자산에 대한 감가상각비OOO만 손금불산입하여 법인세를 경정하였으며, 청구법인은 작업진행률 등에 대한 이의신청을 제기한 사실이 없는 것으로 확인된다. (나) 처분청이 작성한 2차 경정청구 관련 공사현장별 수입금액 및 공사원가 적정계상여부 검토내역의 주요 내용은 아래 <표4>와 같다. <표4> 공사현장별 수입금액 및 공사원가 적정계상여부 검토내역 (다) 처분청은 아래 <표5>와 같은 청구법인 발행주식의 거래와 관련하여, 저가양도에 따른 주식양수인에 대한 증여세를 회피하기 위한 목적으로 청구법인이 1차 및 2차 경정청구를 제기한 것이라는 의견을 제시하고 있는바, 국세청통합전산망 등에 의하면, 양도인 OOO은 2017.1.19. 주식양도에 따른 양도소득세 신고서를 관할세무서에 제출하였고, 관할세무서장은 양도소득세 신고서 검토 후 양수인 OOO과 OOO에게 주식저가양수도에 따른 이익의 증여혐의에 의한 증여세 과세자료OOO를 각각 2017.4.5.(OOO), 2017.4.14.(OOO) 생성하여 관할세무서인 OOO와 OOO에 자료통보하였고, 이에 관할세무서인 OOO와 OOO는 증여세 과세자료 처리를 위하여 OOO, OOO에게 과세자료해명안내문을 각각 2018.2.12.(OOO), 2017.2.26.(OOO)에게 발송하였으나, 양수인들은 해명자료를 제출하지 아니한 채 추후 법인세 경정청구로 주식평가액에 변동이 있을 예정이니 증여세 과세자료 처리의 보류를 요청하였고, 이후 청구법인은 2018.3.28. 처분청에 1차 경정청구서(2015～2016사업연도)를 제출하였다가, 2018.4.11. 1차 경정청구를 취하하였으며, 2018.5.10. 수정신고 및 2차 경정청구서(2013～2017사업연도)를 제출한 것으로 나타난다. <표5> 2016년 중 청구법인 주식 변동 내역
(3) 청구법인이 청구주장에 관한 증빙으로 제시한 자료는 다음과 같다. (가) 청구법인은 2018.4.11. 1차 경정청구를 취하하고, 2018.5.10. 국내 및 해외공사 전체 현장에 대한 당기 공사원가 배분 오류 및 총공사예정비 적용 오류로 작업진행률 계산이 잘못되어 2013～2017사업연도에 대한 법인세 수정신고 및 2차 경정청구서를 접수하였고, 2차 경정청구시 제출한 법인세 과세표준 및 세액은 아래 <표6>과 같다. <표6> 2차 경정청구서에 의한 법인세 과세표준 및 세액 (나) 청구법인이 2차 경정청구시 제출한 연도별․공사현장별 작업진행률에 의한 수입계산 명세 및 당기 공사원가 세부내역을 보면, 청구법인은 당초 신고시 모든 공사의 총공사예정비는 일률적으로 공사 현장별 도급금액의 OOO로 산정하였으나 2차 경정청구시 일률적 으로 공사현장별 도급금액의 OOO로, (작업진행률을 계산하기 위하여 전기말 누적공사비를 직전연 도부터 실제발생한 전기말 누적공사금액을 계산하여야 하나) 전기 말 누적공사수입의 OOO를 일괄 적용하여 산정하였고, 당 초 신고시 당기 공사원가 산정시 노무비와 경비는 기성에 따라 안분 하여 배분하였으나 2차 경정청구시 전체 노무비를 직접비(재료 비, 경비) 비율로 안분하여 배분한 사실이 각 나타나는바, 당초 신고시와 2차 경정청구시 변동사항은 아래 <표7> 내지 <표11>과 같다. <표7> 2013사업연도 법인세 신고시와 2차 경정청구시 변동사항 <표8> 2014사업연도 법인세 신고시와 2차 경정청구시 변동사항 <표9> 2015사업연도 법인세 신고시와 2차 경정청구시 변동 사항 <표10> 2016사업연도 법인세 신고시와 2차 경정청구시 변동 사항 <표11> 2017사업연도 법인세 신고시와 2차 경정청구시 변동 사항 (다) 청구법인은 당초 법인세 신고시 해외공사(OOO) 총공사예정비를 OOO원으로 예상하였고, 이에 OOO 이윤을 붙여 OOO원에 투찰하였다고 주장하며, 2차 경정청구시 관련공사 계약서, 합의서, 투입비 산출서 및 공사내역서를 제출하였고, 해외 OOO 현장 사용 건설용장비에 대한 2015∼2017년 감가 상각비를 해당 공사현장의 직접원가로 배분하지 아니하고, 간접 경비로 배분하여 전체 공사현장에 대해 직접 경비로 안분OOO 한 것으로 확인된다. (라) 청구법인은 2차 경정청구시 OOO공사의 총공사예정비 산정에 관하여 당초 총공사비 OOO을 제안하였으나, 협상결과 OOO에 계약을 체결하였고 그 결과 총공사예정비를 도급금액의 OOO로 산정하였다고 소명하면서, 해외공사(OOO)의 실제 총공사예정비 산정 근거로 공사계약서(영문) 및 번역본, 세부산정 내역서, 공사예정원가내역서 번역본, 발주처와 협상메일내용을 제출하였다. (마) 청구법인이 당초 법인세 신고시 제출한 손익계산서 및 공사원가명세서에 의한 원가비율은 아래 <표12>와 같다. <표12> 당초 신고시 제출된 손익계산서 및 공사원가명세서
(4) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다. (가) 먼저 쟁점①에 관하여 살피건대, 청구법인은 처분청이 청구법인의 작업진행률 산정을 위한 공사현장별 원가배분 및 총공사예정비 계산 내역이 부적정하다는 이유로 경정청구를 거부한 처분이 부당하다거나 청구법인의 경정청구 내용 중 일부 오류가 있다면 처분청이 이를 조사하여야 관련 법인세를 경정하여야 한다고 주장하나, 청구법 인의 2차 경정청구는 각 현장별 총공사예정비를 도급금액의 OOO 또는 OOO 등으로 일률적으로 수정하는 등 각 현장별 적정한 총공사예정비 등을 합리적으로 반영하였다고 단정할 수 없어서 그 결과인 작업진행률 역시 적정하게 계산되었다고 보기 어려운 점, 청구법인은 당초에는 스스로 신고한 작업진행률에 관하여 이의가 없었으나 청구법인 주식의 저가양도와 관련하여 증여세가 부과될 상황이 되자 이 건 경정청구를 제기하였는바, 경정청구의 목적이 작업진행률 등의 오류를 수정하여 각 사업연도 수입금액을 조정하기 위한 것 외에 인위적인 세무조정을 통하여 증여세를 회피하기 위한 수단으로 경정청구를 제기한 것인지 여부를 단정하기 어려워서 청구법인이 제시하는 증빙만으로는 당초 신고시 현장별 총공사예정비 및 작업진행률 산정 내역 등이 과다(과소) 계상되었는지 여부가 구체적이고 객관적으로 입증되었다고 보기 어려운 점 등에 비추어 청구주장을 받아들이기 어렵다 하겠다. (나) 다음으로 쟁점②에 관하여 살피건대, 청구법인은 총공사예정비를 산정할 수 없으므로 법인세 시행령제69조 제2항 및 같은 법 시행규칙 제34조 제4항에 따라 작업진행률을 계산할 수 없는 경우로 보아 작업진행률에 따른 수익금액 인식이 아닌 건설용역 제공 완료시점의 사업연도에 수입금액을 인식하여야 한다고 주장하나, 조세법률주의 원칙상 과세요건이나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하는바(대법원 2003.1.24. 선고 2002두9537 판결, 같은 뜻임), 관련 법인세법령 및 시행규칙은 문언상 분자인 “해당 사업연도말까지 발생한 총공사비누적액”이 불확실할 경우만을 예정하고 있으므로, 작업진행률 분모인 “총공사예정비”가 불확실하다고 하여 건설용역 제공 완료시점에 수입금액으로 인식할 수는 없다고 해석되는 점, 청구법인의 장부상의 내용이 각 사업연도말까지 발생한 총공사비누적액을 산정하기에 불충분한지 여부도 객관적이고 구체적으로 입증되지 아니한 점 등에 비추어 청구주장을 받아들이기 어렵다 하겠다. 따라서, 처분청이 청구법인의 작업진행률 산정을 위한 공사현장별 원가배분 및 총공사예정비 계산 내역 등이 부적정하다고 보아 한 이 건 경정청구 거부처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.
심판청구를 기각한다.