2016사업연도분 중소기업특별세액감면 적용시 소기업에 대한 중소기업특별세액 감면대상인지 여부

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구법인은 1997.3.1. 개업하여 광고물제조업(한국표준산업분류에 따른 ‘전문․과학 및 기술서비스업’)을 영위하고 있고, 2017년 3월 201 6과세연도 법인세를 신고하면서조세특례제한법(이하 “조특법” 이라 한다) 제7조 제1항에 따른 중소기업특별세액감면을 신청하지 아니하 였다가, 2018.3.8. 청구법인이 위 조항에 따른 소기업에 해당한다는 이유로 위 세액감면(20%)을 적용하여 산출된 2016과세연도 법인세 OOO원을 환급하여 달라는 취지의 경정청구를 제기하였다.
• 나. 처분청은 2018.8.29. 청구법인의 2015과세연도 상시종업원수가 10.08명이어서 2016.2.5. 대통령령 제26959호로 개정되기 전의 조특법 시행령(이하 그 개정 전의 같은 영을 “종전 시행령”, 개정 후의 같은 영을 “개정 시행령”이라 한다) 제6조 5항에 따른 소기업 요건(10명 미만)에 해당하지 아니하므로 중소기업특별세액감면의 적용대상이 아 니라고 보아 위 경정청구를 거부하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2018.10.1. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 청구법인은 2016.1.1. 현재 종전 시행령 제6조 제5항에 따른 소기업 요건 중 ‘상시종업원수 기준’을 충족하므로 개정 시행령 부칙 제22조 에 따라 2019.1.1.이 속하는 과세연도까지는 소기업에 해당한다. 처분청은 청구법인이 2016과세연도 법인세 신고당시 부설연구소의 연구전담인원에 대한 ‘연구 및 인력개발비 세액공제를 신청하지 않았 다’는 이유로 해당 인원을 청구법인의 상시종업원수에 포함하여야 한 다는 의견이나, 조특법 시행규칙(2017.3.17. 기획재정부령 제614호 로 일부개정되기 전의 것) 제5조 제3호에서기초연구진흥 및 기술개 발지원에 관한 법률(이하 “기초연구법”이라 한다) 제14조 제1항 제2호에 따른 기업부설연구소 및 연구개발전담부서의 연구전담인원을 제외 하여 상시종업원수를 계산하도록 규정하고 있는바, 위 조항 또는 심 판 결정례 및 해석사례에서 상시종업원수의 계산시 연구 및 인력개발 비 세액공제를 신청하여 공제받을 것을 요건으로 하고 있지 아니한 점, 기초연구법 제14조 제1항 제2호 및 같은 법 시행령 제16조의2 제2항 에서 해당 부서에서 근무하는 연구전담요원을 1명 이상 상시 확보하고 일정한 기준에 적합한 연구시설을 갖춘 기업의 연구개발부서이 기 만 하면 기업부설연구소 또는 연구개발전담부서로 인정하도록 규 정하고 있는바, 청구법인은 심사기관의 세부기준을 충족하여 기업 부설연구소로 인정을 받은 후 해당 인증이 취소된 사실없이 해당 연구소를 유지하고 있는 점, 청구법인은 기업 간의 경쟁이 심화되 고 고객(광고주)의 요구에 따라 광고물의 제작과 관련 한 고안, 설계 등을 경쟁사보다 창의적으로 할 필요가 있어서 2014년 7월 이후 기업부 설연구소를 설립하였고, 2015년 OOO을 연구주제로 하여 소비자의 욕구를 광고에 반영하기 위한 연구를 진행한 사실이 있는 점 등을 감안할 때 조특법 시행규칙 제5 조 제3호 및 기초연구법 제14조 제1항 제2호 의 해석에 따라 2015과세연도 전체 근로자수(연인원 121명, 연평균 10.08명)에서 청구법인 의 기업부설 연구소에 소속된 연구전담인원(연인원 18명)을 제외하여 상시근로자수를 8.58명 (연인원 103명, 연평균 8.58명)으로 보아 청구법인이 종전 시행령 제6조 제5항에 따른 상시근로자요건(10명 미만)을 충족한 것으로 인정하여야 하는데도, 처분청에서 청구법인이 해당 요건을 충족하지 못하였다는 이유로 중소기업특별세액감면을 적용받을 없다고 보아 이 건 경정청구를 거부한 처분은 위법하다. 또한 조세심판원(조심 2017전4105, 2018.2.12.)은 개정 시행령의 부 칙 제22조에서 종전 시행령의 시행당시 종전 시행령 제6조 제5항에 따라 소기업에 해당되었던 기업에 대해서는 해당 규정을 적용하도 록 규정하고 있는바, 2016과세연도 매출액 또는 종업원수가 확정되지 아 니한 개정 시행령의 시행 당시(2016.1.1.)에는 종전 시행령에 의한 소기업 기준인 매출액 및 종업원수를 2015과세연도말을 기준으로 산 정하는 것이 합리적이므로 2016과세연도 매출액을 기준으로 하여 종전 시행령 규정에 따른 소기업의 해당 여부를 판단할 수는 없다고 결정하였는바, 종소기업특별세액감면의 요건인 상시종업원수도 2015 과세연도말을 기준으로 종전 시행령 규정을 적용하여 판단하여야 한
• 다. 나. 처분청 의견 청구법인은 2016.1.1. 현재 종전 시행령 및 개정 시행령의 각 제6조 제5항에 따른 소기 업 요건인 ‘매출액 기준’을 충족하지 못한바, 개정 시행령 부칙 제22조 에 따른 경과조치의 적용대상이 아니어서 같은 날이 속하는 2016과세 연도부터 소기업에 해당되지 아니한다. 청구법인은 2018.2.12.자 심판결정례(조심 2017전4105)를 제시하면 서 개정 시행령 부칙 제22조에서 2016.1.1. 이후에도 종전 시행령 제5조 제6항에 따른 매출액(OOO원 미만) 및 상시근로자수(10명 미만) 기준 을 적용하도록 규정한 것으로 해석하여 이 건 경정청구를 하였으나, 201

8. 6.21.자 심판결정례(조심 2018서1776)에 의하면 기획재정부가 발 간 한 ‘2015년 개정세법 해설’에서 그동안 상시근로자수와 매출액의 각 기준 을 모두 적용하여 소기업의 해당 여부를 판단하던 것을 ‘금액 기준을 낮추어 매출액 기준으로만 그 판단을 하되, 종전 시행령의 제5조 제6항에 따라 소기업에 해당하였던 기업이 개정 시행령의 해당 규정에 따라 소기업에 해당하지 않게 되는 경우에만 2016.1.1. 이후에도 소 기 업으로 보도록 하는 경과조치’를 두었음이 확인되는 점 등 을 감안하여 ‘2016과세연도 매출액(해당 심판결정례에서 OOO원)이 종전 시행령 제5조 제6항의 매출액 기준(OOO원 미만)을 초과하는 법인’에 대하여 중소기업특별세액감면의 적용을 배제한 과세관청의 처분에 잘못이 없다고 판단하였는바(국세청 법령해석법인-768 외 3건, 같은 뜻), 이 건도 청구법인의 매출액이 2015과세연도에는 OOO원으로서 개정 시행 령 제5조 제6호에 따른 매출액 기준(OOO원 미만)을 충족하였지만 2016과세연도 에는 OOO원으로서 2018.6.21.자 심판결정례에 의할 경우 개정 시행령(OOO원 미만) 뿐만 아니라 종전 시행령(OOO원 미만) 의 각 제5조 제6항에 따른 소기업 요건인 ‘매출액 기준’을 충족하지 못하 였으므로 청구법인을 소기업으로 볼 수 없는 점을 감안할 때 결국 매 출액 기준만으로 소기업의 해당 여부를 판단하도록 규정한 개정 시 행령 제5조 제6항에 따라 청구법인의 2016과세연도에 대한 소기업 의 해당 여부를 판단하여야 하는 이상, 매출액과 더불어 상시고용인원수 의 각 기준을 둔 종전 시행령의 해당 규정에 따라 2016과세연도에 대한 소기업의 해당 여부를 판단하여야 한다는 청구법인의 주장은 이유 없으므로 처분청이 이 건 경정청구를 거부한 처분은 적법하다. 청구인과 염OOO은 2016.11.23. 처분청에 2016.11.1.부터 쟁점사업장을 청구인 단독사업에서 공동사업(지분율은 50%씩임)으로 한다는 사항에 대하여 사업자등록 정정신고를 하였고, 청구인이 제출한 지출결의서 등을 청구인과 염OOO이 개업일(2013.2.12.)부터 쟁점사업장을 공동사업하였음을 입증할 객관적인 증빙서류로 보기 어렵다.

• 가. 쟁점 2016사업연도분 중소기업특별세액감면 적용시 2016.2.5. 대통령령 제26959호로 일부개정된 조특법 시행령 부칙 제22조의 경과조치 규정상 청구법인이 같은 법에 따른 소기업에 대한 중소기업특별세액 감면대상인지 여부
• 나. 관련 법령: <별지> 기재
• 다. 사실관계 및 판단 (1) 처분청이 제출한 심리자료를 보면 청구법인은 광고물제조업(한 국표준사업분류에 따른 ‘전문․과 학 및 기술서비스업’)을 영위하고 있고, 2017년 3월 2016과세연도 법인세를 신고하면서 중소기업특별세액감면을 신청하지 아니하였다가, 2018.3.8. 청구법인의 2015과세연 도 매출액이 OOO원 상 당, 연평균 상시고용인원이 8명으로서 개정 시행령 부칙 제2 2 조의 경과조치에 따라 소기업에 해당한다는 이유로 위 세액감면을 적용하여 산출된 2016과세연도 법인세 OOO원을 환급하여 달라는 취지의 경정청구를 제기하였으나, 처분청은 청구법 인 의 2015과세연도 연평균 상시고용인원이 10.08명으로서 종전 시행령 제5조 제6항에 따른 소기업 요건 중 상시고용인원 기준(10명 미만)을 초과한다는 이유로 청구 법 인이 중소기업특별세액감면의 적용대상이 아니라고 보아 청구법인의 경정청구를 거부한 것으로 나타난다. (2)청구법인은 2014년 7월 이후 기초연구법에 따라 기업부설연구소를 설립하여 연구전담요원 1명 이상을 상시 근무하도록 하고 있고, 심사기관인 OOO로부터 위 연구소의 인정을 받은 후 그 인증이 취소되지 않고 유지되고 있으며, 실제로 청구법인의 영위업종과 관련한 연구를 하였으므로 조특법 시행규칙 제5조 제3호에 따라 2015과세연도 중 전체 상시근로자수(연평균 10.08명)에서 위 연구전담인원수(연인원 18명)를 제외 하여 상시근로자수를 연평균 8.5 8명으로 보아야 한다고 주장 하면서, 기업부설연구소 인정서(위 협회가 2016.6.24. 발급한 것), 청구법인의 조직도, 위 기업부설연구소의 도면, 인력현황 및 2015년 연구보고서 등을 제출하였으나, 위 연구전담인원 이 조특법상 연구 및 인력개발비 세액공제가 가능한 실제 청구법인의 사용인인지, 이들이 위 연구보고서를 작성하고 청구법인의 사업활동 에 활용되었는지 등을 입증할 객관적인 증빙자료는 제출되지 아니하였다. (3) 기획재정부가 발간한 ‘2015년 개정세법 해설’ 중 위 조항의 개정 요강을 보면, 중소기업특별세액감면의 적용요건으로 종전에 상시근로 자수(기타업종의 경우 10명 미만) 및 매출액(OOO원 미만)의 각 기준 을 두었다가, 매출액 기준(전문․과학․기술서비스업 등의 경우 OOO원) 으로 일원화하되, 종전 시행령 규정에 따라 소기업에 해당하였던 기업이 위 개정으로 소기업에 해당하지 않게 되는 경우에는 2019.1.1.이 속하는 과세연도까지 소기업으로 보도록 한 것으로 나타난다.

(4) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 규모의 확대 등으로 소기업에 해당하지 아니하게 될 경우에 별도의 유예기간 을 적용하지 아니하고 있는 개정 시행령 제6조 제5항을 감안하여 같은 영 부칙 제22조를 해석하면 2016과세연도에 종전 시행령 규정 을 적용하여 소기업에 해당하지 아니할 경우에는 동 부칙의 적용 대상이 아닌 것으로 보이는 점, 청구법인은 2015과세연도에는 종전 시행령 제6조 제5항에 따른 매출액 기준(OOO원 미만)을 충족(OOO원)하였 으나 2016과세연도에는 해당 기준과 더불어 개정 시행령의 같은 조항 에 따른 매출액 기준(OOO원 미만)도 충족하지 못한 점 (OOO원) 등에 비추어 볼 때, 처분청이 2016과세연도에 종전 시행령 및 개정 시행령 에 따라 청구법인이 소기업에 해당하지 아니한다는 이유로 개정 시행령 부칙 제22조의 적용대상이 아니라고 보아 이 건 경정청구를 거부한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다. <별지> 관련 법령 등

(1) 조세특례제한법(2015.12.15. 법률 제13560호로 일부개정된 것) 제7조[중소기업에 대한 특별세액감면] ① 중소기업 중 다음 제1호의 감면 업종을 경영하는 기업에 대해서는 2017년 12월 31일 이전에 끝나는 과세연도까지 해당 사업장에서 발생한 소득에 대한 소득세 또 는 법인세에 제2호의 감면 비율을 곱하여 계산한 세액상당액을 감 면한다. (단서 생략)

• 마. 제조업

• 나. 소기업이 수도권에서 제1호에 따른 감면 업종 중 도매업등을 제외한 업종을 경영하는 사업장: 100분의 20 부칙(법률 제13560호, 2015.12.15.) 제1조[시행일] 이 법은 2016년 1월 1일부터 시행한다. 단서 생략. 제2조[일반적 적용례] ① 이 법 중 소득세(양도소득세는 제외한다) 및 법인세에 관한 개정규정은 이 법 시행 이후 개시하는 과세연도 분부터 적용한다. (2) 조세특례제한법 시행령(2016.2.5. 대통령령 제26959호로 일부개 정된 것) 제6조[중소기업에 대한 특별세액감면] ⑤ 법 제7조 제1항 제2호 가 목에서 “대통령령으로 정하는 소기업”이란 중소기업 중 매출액이 업종별로 중소기업기본법 시행령 별표 3을 준용하여 산정한 규모 기준 이내인 기업을 말한다. 이 경우 “평균매출액등”은 “매출액”으로 본다. 부칙(대통령령 제26959호, 2016.2.5.) 제1조[시행일] 이 영은 공포한 날부터 시행한다. (단서 생략) 제22조[소기업의 범위에 관한 경과조치] 법률 제13560호 조세특례제한법 일부개정법률 시행 당시 종전의 제6조 제5항에 따라 소기업에 해당되었던 기업이 법률 제13560호 조세특례제한법 일부개정법률 시행 이후 제6조 제5항의 개정규정에 따른 소기업에 해당하지 아니 하게 된 경우에는 제6조 제5항의 개정규정에도 불구하고 2019년 1월 1일이 속하는 과세연도까지 소기업으로 본다. (3) 중소기업기본법 시행령 [별표 3] 주된 업종별 평균매출액등의 소기업 규모 기준(제8조 제1항 관련) 해당 기업의 주된 업종 분류기호 규모 기준

33. 하수․폐기물 처리, 원료재생 및 환경복원업 E 평균매출액등 30억원 이하

L

35. 전문․과학 및 기술 서비스업 M

36. 사업시설관리 및 사업지원 서비스업 N

37. 예술, 스포츠 및 여가 관련 서비스업 R 비고: 해당 기업의 주된 업종의 분류 및 분류기호는 통계법 제22조에 따라 통계청장이 고시한 한국표준산업분류에 따른다. (4) 조세특례제한법 시행령(2016.2.5. 대통령령 제26959호로 일부개 정되기 전의 것) 제6조[중소기업에 대한 특별세액감면] ⑤ 법 제7조 제1항 제2호 가 목에서 “대통령령으로 정하는 소기업”이란 중소기업 중 해당 기업 에 계속하여 고용되어 있는 근로자로서 기획재정부령으로 정하는 자의 수가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 요건을 충족하는 기업을 말한다. 다만, 매출액이 100억원 이상인 경우에는 소기업으로 보지 아니한다.

1. 제조업을 주된 사업으로 영위하는 경우에는 100명 미만일 것

2. 작물재배업·어업·축산업·광업·건설업·출판업·물류산업 또는 운수업 중 여객운송업을 주된 사업으로 영위하는 경우에는 50명 미만일 것

3. 기타의 사업을 주된 사업으로 영위하는 경우에는 10명 미만일 것 (5) 조세특례제한법 시행규칙(2017.3.17. 기획재정부령 제614호로 일 부개정되기 전의 것) 제5조[상시 사용하는 종업원 수] ① 영 제6조 제5항에서 "기획재정부령으로 정하는 자"란 해당 기업에 계속하여 고용되어 있는 근로자로서 다음 각 호에 해당하는 자를 제외한 자(이하 이 조에서 "상시 사용하는 종업원"이라 한다)를 말한다.

1. 해당 기업에 계속하여 고용되어 있는 근로자 중 주주인 임원

2. 소득세법 시행령 제20조 에 따른 일용근로자

3. 기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률 제14조 제1항 제2호에 따른 기업부설연구소 및 연구개발전담부서의 연구전담요원

② 제1항에 따른 상시 사용하는 종업원의 수는 해당 과세연도의 매월 말일 현재 제1항 각 호에 해당하는 자의 수를 합하여 해당 과세연도 의 월수로 나누어 계산한다. (후단 생략) (6) 기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률(2016.3.22. 법률 제14079호로 일부개정되기 전의 것) 제14조[특졍연구개발사업의 추진] ① 미래창조과학부장관은 기초연 구의 성과 등을 바탕으로 하여 국가 미래 유망기술과 융합기술을 중점적으로 개발하기 위한 연구개발사업(이하 "특정연구개발사업"이라 한다)에 대하여 계획을 수립하고, 연도별로 연구과제를 선정하여 이를 다음 각 호의 기관 또는 단체와 협약을 맺어 연구하게 할 수 있다. (후단 생략)

2. 연구 인력·시설 등 대통령령으로 정하는 기준에 해당하는 기업부 설연구소 및 기업의 연구개발전담부서 (7) 기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률 시행령(2016.9.22. 대 통령령 제27506호로 일부개정된 것) 제16조[특정연구개발사업 참여기관 등의 기준] ① 법 제14조 제1 항 제2호에서 "연구 인력ㆍ시설 등 대통령령으로 정하는 기준에 해당하 는 기업부설연구소"란 다음 각 호의 구분에 따라 해당 연구소에서 근무하는 연구전담요원을 늘 확보하고 미래창조과학부령으로 정하는 세부기준에 적합한 연구시설을 갖춘 기업부설 연구기관으로서, 미래창조과학부령으로 정하는 사항을 신고하여 미래창조과학부장관의 인정을 받은 기관을 말한다. (후단 및 각호 생략)

② 법 제14조 제1항 제2호에서 "연구 인력ㆍ시설 등 대통령령으로 정 하는 기준에 해당하는 기업의 연구개발전담부서"란 해당 부서에서 근무하는 연구전담요원을 1명 이상 늘 확보하고 미래창조과학부령으 로 정하는 세부기준에 적합한 연구시설을 갖춘 연구개발부서로서, 미래창조과학부령으로 정하는 사항을 신고하여 미래창조과학부장관의 인정을 받은 연구개발전담부서(이하 "전담부서"라 한다)를 말한다. 제27조[권한의 위탁] ① 법 제20조에 따라 미래창조과학부장관은 다음 각 호의 사항에 관한 권한을 민법 제32조 및 공익법인의 설립ㆍ운영에 관한 법률에 따라 미래창조과학부장관의 허가를 받아 설립된 한국산업기술진흥협회에 위탁한다.

1. 제16조 제1항에 따른 기업부설연구소 신고의 수리 및 인정에 관 한 사무

2. 제16조 제2항에 따른 전담부서 신고의 수리 및 인정에 관한 사무