쟁점부동산의 매매계약서상 건물가액(0원)을 임의로 기재한 것으로 보아 매매대금을 기준시가로 안분계산하여 과세한 처분의 당부

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구인은 2005.9.2. OOO 토지 271.2㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)와 건물 954.71㎡(이하 “쟁점건물”이라 하고, 쟁점토지와 합하여 “쟁점부동산”이라 한다)를 경매로 취득하여 ○○업을 운영하다가 2017.10.31. 쟁점부동산을 (주)OOO에게 OOO원에 양도한 후 2017.12.31. 2017년 귀속 양도소득세 OOO원을 신고․납부하였다.
• 나. OOO세무서장은 청구인에 대한 양도소득세 실지조사를 실시한 결과 쟁점부동산의 양도가액에 쟁점건물의 가액이 포함되어 있는데 그 가액의 구분이 불분명한 것으로 보아 양도 당시의 기준시가로 안분계산하여 쟁점토지와 건물가액을 산정하여 과세하라는 자료를 통보하였고, 처분청은 이에 따라 2018.7.1. 청구인에게 2017년 제2기 부가가치세 OOO원을 경정․고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2018.00.00. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구법인 주장

(1) 쟁점건물은 1998년 1월에 사용승인을 득한 후 약 20년이 경과한 노후화된 건물이고, 쟁점부쟁점부동산의 잔금청산일인 2017.10.31. 이전인 2017.8.28. OOO에게 오피스텔 건축허가를 신청하였으며, 2017.9.15. 건축허가를 득하여 쟁점건물은 양수인 입장에서는 사용․소비가치가 없다.

(2) 쟁점부동산 매매계약서 특약사항 제6조에서 “건물의 양도가액은 0원으로 하며, 양수자는 건축허가를 득한 후 양수자의 비용으로 쟁점건물을 즉시 철거한다”라고 명시되어 쟁점건물의 양도가액을 0원으로 정하기로 합의하였고, 청구인이 쟁점건물의 양도와 관련하여 세금계산서를 발행한 사실이 없으며, 부가가치세 신고시에도 쟁점건물의 과세표준은 없는 것으로 신고하였고, 쟁점부동산의 양수인의 장부가액에도 양도가액 전액이 쟁점토지(건설용지)의 가액으로 계상되었는바, 세법에 의한 장부 기타의 증빙서류에서 건물의 공급가액이 명확히 확인되므로 쟁점건물의 양도가액 0원은 실지거래가액이다. 따라서 쟁점건물의 양도가액 0원은 실지거래가액에 해당되므로부가가치세법제29조 제9항 단서 조항의 실지거래가액 중 토지의 가액과 건물 또는 구축물 등의 가액의 구분이 불분명한 경우에 해당하지 아니하고, 설령 쟁점건물의 실제 양도가액 0원을 인정하지 않는다 하더라도 청구인이 매매계약체결일 현재 구분 기장하여 재무제표에 의해 확인되는 쟁점건물의 장부가액OOO이 현실을 반영한 것이라고 보는 것이 타당하다.

• 나. 처분청 의견

(1) 청구인이 2016년 귀속 종합소득세 신고 시 제출한 재무제표상 쟁점건물의 가액을 OOO원으로 계상OOO하였고, 양도당시 쟁점건물의 기준시가가 OOO원으로 확인되며, 당해

○○ 업의 2016년 매출액이 OOO원, 2017년 매출액이 OOO원 발생되어 쟁점건물이 노후화되어 재산가치가 없다고 보기는 어렵다.

(2) 쟁점부동산의 매매계약서에 쟁점건물이 쟁점토지와 함께 매매대상 부동산으로 기재되어 있어 청구인과 양수인은 쟁점토지와 쟁점건물을 모두 매매목적물로 삼은 것으로 보이고, 실제 쟁점건물의 소유권이 양수인에게 이전되었으며, 쟁점건물과 관련하여 부가가치세가 발생할 시에는 매수자가 부담하여 납부한다는 별도의 약정서를 작성하여 부가가치세가 문제될 수 있음을 매매당사자가 인지하고 있었던 점을 감안하면 매매계약서상 쟁점건물의 가액을 0원으로 기재하였더라도 그 가액을 진정한 가액으로 인정하기는 어렵고, 같은 사업부지로 양수인이 인수한 인근 부동산의 양도자들은 건물분에 대한 매출세금계산서를 발행하고 부가가치세를 납부하였다. 따라서 쟁점부동산의 양도가액에 쟁점건물의 가액이 포함되어 있으나, 그 가액의 구분이 불분명한 것으로 보아 쟁점부동산 양도 당시의 기준시가로 안분계산하여 쟁점토지와 건물가액을 산정하여 과세한 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 쟁점부동산의 매매계약서상 건물가액(0원)을 임의로 기재한 것으로 보아 매매대금을 기준시가로 안분계산하여 과세한 처분의 당부
• 나. 관련 법령 (1) 부가가치세법 제29조【과세표준】⑨ 사업자가 토지와 그 토지에 정착된 건물 또는 구축물 등을 함께 공급하는 경우에는 건물 또는 구축물 등의 실지거래가액을 공급가액으로 한다. 다만, 실지거래가액 중 토지의 가액과 건물 또는 구축물 등의 가액의 구분이 불분명한 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액을 공급가액으로 한다 (2) 부가가치세법 시행령 제64조【토지와 건물 등을 함께 공급하는 경우 건물 등의 공급가액 계산】법 제29조 제9항 단서에 따라 실지거래가액 중 토지의 가액과 건물 또는 구축물 등(이하 이 조에서 "건물등"이라 한다)의 가액의 구분이 불분명한 경우에는 다음 각 호의 구분에 따라 계산한 금액을 공급가액으로 한다.

1. 토지와 건물 등에 대한소득세법제99조에 따른 기준시가(이하 이 조에서 "기준시가"라 한다)가 모두 있는 경우: 공급계약일 현재의 기준시가에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분(按分) 계산한 금액. 다만, 감정평가가액[제28조에 따른 공급시기(중간지급조건부 또는 장기할부판매의 경우는 최초 공급시기)가 속하는 과세기간의 직전 과세기간 개시일부터 공급시기가 속하는 과세기간의 종료일까지감정평가 및 감정평가사에 관한 법률제2조 제4호에 따른 감정평가업자가 평가한 감정평가가액을 말한다. 이하 이 조에서 같다]이 있는 경우에는 그 가액에 비례하여 안분 계산한 금액으로 한다. (3) 소득세법 제100조【양도차익의 산정】① 양도차익을 계산할 때 양도가액을 실지거래가액(제96조 제3항에 따른 가액 및 제114조 제7항에 따라 매매사례가액·감정가액이 적용되는 경우 그 매매사례가액·감정가액 등을 포함한다)에 따를 때에는 취득가액도 실지거래가액(제97조 제7항에 따른 가액 및 제114조 제7항에 따라 매매사례가액·감정가액·환산가액이 적용되는 경우 그 매매사례가액·감정가액·환산가액 등을 포함한다)에 따르고, 양도가액을 기준시가에 따를 때에는 취득가액도 기준시가에 따른다.

② 제1항을 적용할 때 양도가액 또는 취득가액을 실지거래가액에 따라 산정하는 경우로서 토지와 건물 등을 함께 취득하거나 양도한 경우에는 이를 각각 구분하여 기장하되 토지와 건물 등의 가액 구분이 불분명할 때에는 취득 또는 양도 당시의 기준시가 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분계산(按分計算)한다. 이 경우 공통되는 취득가액과 양도비용은 해당 자산의 가액에 비례하여 안분계산 한다.

③ 제2항을 적용할 때 토지와 건물 등을 함께 취득하거나 양도한 경우로서 그 토지와 건물 등을 구분 기장한 가액이 같은 항에 따라 안분계산한 가액과 100분의 30 이상 차이가 있는 경우에는 토지와 건물 등의 가액 구분이 불분명한 때로 본다. (4) 소득세법 시행령 제166조【양도차익의 산정 등】⑥ 법 제100조 제2항의 규정을 적용함에 있어서 토지와 건물 등의 가액의 구분이 불분명한 때에는 부가가치세법 시행령제64조에 따라 안분계산 하며, 이를 적용함에 있어상속세 및 증여세법제62조 제1항에 따른 선박 등 그 밖의 유형재산에 대하여 부가가치세법 시행령제64조 제2호 단서에 해당하는 장부가액이 없는 경우에는상속세 및 증여세법제62조 제1항에 따라 평가한 가액을 기준으로 한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인의 심판청구서 및 처분청의 심리자료 등에 의하면, 아래와 같은 사실들이 나타난다. (가) 청구인은 2005.9.2. OOO 쟁점부동산을 경매로 취득OOO하여 2005.8.16.～2017.11.1.

○○ 업을 운영하다가 2017.10.31. 쟁점부동산을 (주)OOO에 게 양도하였고, 2017.12.31. 2017년 귀속 양도소득세를 신고․납부하였다. (나) 청구인이 2017년 귀속 양도소득세 신고시 제출한 쟁점부동산의 매매계약서를 보면 쟁점건물의 가액이 0원으로 기재되어 있고, 쟁점건물의 양도와 관련하여 부가가치세 발생시 양수인이 납부하는 것으로 약정되어 있으며, 쟁점건물은 양수인의 주도하에 철거할 예정임이 기재되어 있다. (다) 청구인이 숙박업과 관련하여 2007년 귀속 종합소득세 신고시 제출한 재무제표에 쟁점건물의 가액을 최초로 계상OOO하였고, 2016년 귀속 종합소득세 신고시 제출한 재무제표상 쟁점건물의 가액은 OOO원으로 계상되었으며, 쟁점부동산을 양도하고 2017.11.1. 폐업신고를 하였고, 2017년 제2기 부가가치세 신고시 쟁점건물의 과세표준이 없는 것으로 하여 신고하였다. (라) 처분청은 쟁점부동산의 토지와 건물의 가액이 불분명한 것으로 보아 기준시가로 안분하여 쟁점부동산의 토지와 건물의 가액을 산정한 내역은 아래 <표1>과 같다. (마) 쟁점부동산의 매매계약일 현재 청구인이 쟁점부동산의 토지와 건물을 구분하여 기장한 2016년 귀속 재무제표상 건물 등의 장부가액은 아래 <표2>와 같다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여 살피건대, 구 부가가치세법 시행령제48조의2 제4항 단서에 규정된 “실지거래가액 중 토지의 가액과 건물 등의 가액의 구분이 불분명한 경우”란 실지거래가액이 확인되지 아니하거나, 일괄 양도한 매매계약서상에 토지와 건물가액이 구분기재 되어 있지 아니한 경우 및 구분기재가 되어 있는 경우라 하더라도 당해 토지ㆍ건물의 규모와 형태, 이용도와 효용도, 인근 토지 및 건물의 공급가액 등에 비추어 합당하다고 인정되지 않는 경우 등을 말하는 것이므로 매매계약서상에 기재된 매매가액이 실지거래가액임이 확인되고, 동 계약서상에 토지와 건물가액이 구분 표시되어 있는 경우라 하더라도 그 구분 표시된 가액이 당해 토지 및 건물의 규모와 형태, 사회통념 등에 비추어 합당하지 아니한 경우에는 국세청 기준시가나 감정평가가액에 따라 계산한 가액에 의해 안분계산한 가액을 공급가액으로 하는 것이 위 규정의 취지(조심 2010구3276, 2011.3.23. 외 다수, 같은 뜻임)라고 할 것인바, 청구인은 매매계약서 상 건물가액을 산정한 합리적인 이유를 제시하지 못하고 있을 뿐만 아니라 구체적이고 객관적인 근거를 제시하고 있지 아니하는 점, 쟁점부동산의 건물가액(0원)은 국세청 기준시가OOO과 현격한 차이가 있는 점, 청구인의 경우 쟁점부동산 매매계약서에 쟁점건물이 쟁점토지와 함께 대상부동산으로 표시되어 있어 청구인과 양수인은 토지와 건물 모두 매매목적물로 삼겠다는 의사가 분명하게 합치되었던 것으로 보이는 점 등에 비추어 청구인과 양수인이 합의에 의하여 쟁점부동산 매매계약서상에 쟁점건물의 가액으로 0원을 기재하였다 하더라도 이를 진정한 쟁점건물의 가액으로 인정하기는 어려워 보인다(조심 2013서764, 2013.5.13. 같은 뜻임). 따라서 쟁점부동산의 토지가액과 건물가액을 임의로 산정한 것으로 보이므로 처분청이 쟁점부동산의 토지 및 건물의 공급가액을 부가가치세법 시행령제64조에 규정된 방법으로 계산한 비율에 따라 안분계산하여 과세한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.