추계결정 및 경정은 납세자의 신고가 아닌 과세관청의 결정을 전제로 하므로 납세자의 소득금액을 추계결정하는 시점으로 하여 폐업여부를 판단하는 것이 합리적인 점 등에 비추어 처분청이 법인세법 시행령 제104조 제2항 제1호에 따른 기준경비율로 과세표준을 산정하여 법인세를 과세한 이 건 처분은 잘못이 있는 것으로 판단됨
추계결정 및 경정은 납세자의 신고가 아닌 과세관청의 결정을 전제로 하므로 납세자의 소득금액을 추계결정하는 시점으로 하여 폐업여부를 판단하는 것이 합리적인 점 등에 비추어 처분청이 법인세법 시행령 제104조 제2항 제1호에 따른 기준경비율로 과세표준을 산정하여 법인세를 과세한 이 건 처분은 잘못이 있는 것으로 판단됨
○○세무서장이 2018.2.7. 청구법인에게 한 2015사업연도 법인세 OOO원의 부과처분은 법인세법 시행령 제104조 제2항 제3호 의 각목에 따라 계산한 금액 중 적은 금액을 과세표준으로 하여 세액을 경정하고, 같은 법 시행령 제104조 제2항 제3호 다목에 따른 기준경비율을 적용할 경우에는 청구법인이 2015년에 지출한 외주공사비 OOO원[(주)OOO로부터 매입분 OOO원, (주)OOO로부터 매입분 OOO원, (주)OOO로부터 매입분 OOO원]을 사업수입금액에서 공제하여 과세표준 및 세액을 경정한다.
(1) 기준경비율에 의한 추계결정은 부당하므로 장부기장에 따라 과세표준을 결정하여야 한다. (가) 청구법인은 장부와 증빙에 의하여 2015사업연도분 법인세를 기한후신고하였는바, 이는 법인세법 시행령 제104조 제1항 의 추계결정사유에 해당하지 않고 근거과세원칙에 따라 기장내용 및 증빙에 따라 과세표준을 결정하여야 하므로 기준경비율에 따른 추계결정은 부당하다. (나) 국세기본법 제16조 제2항 은 ‘장부의 기록내용이 사실과 다르거나 장부의 기록에 누락된 것이 있을 때에는 그 부분에 대해서만 정부가 조사한 사실에 따라 결정할 수 있다.’고 규정하고 있다. 청구법인이 2015사업연도 법인세를 기한후신고하면서 제출한 손익계산서에는 재고자산 중 “상품”이 압류 및 공매, 손해배상소송 등으로 매입처나 채권자에게 변제된 금액이 “타계정대체”로 회계처리되었는바, 이는 기업회계기준에서 인정되는 회계처리이다. “상품”이 판매(매출원가)가 아닌 다른 목적(채무변제액)으로 사용되었기 때문에 타계정대체액으로 표시한 것이고, 단순히 타계정대체로 회계처리하였다는 이유로 장부내역이 불분명한 것으로 보아 추계결정한 것은 재량의 한계를 벗어난 처분으로 국세기본법 제19조 에 위배된다. 타계정대체의 상대계정은 모두 외상매입금, 선수금 등 부채계정으로 손익과는 아무런 관련이 없다. 만일, 이 건 타계정대체를 인정하지 않는다고 하면 자산계정인 “상품”과 부채계정인 “외상매입금 등”이 증가할 뿐이고 당기순이익에는 아무런 영향이 없다. 결국, 법인세법 시행령 제104조 제1항 은 같은 법 제66조 제3항의 단서에는 “대통령령이 정하는 사유”란 “소득금액을 계산함에 있어서”로 규정하고 있는바, 이 건은 소득금액계산과는 무관하므로 이에 해당하지 않는다. 그럼에도 불구하고 기준경비율에 따라 소득금액을 추계결정하여 법인세를 과세한 이 건 처분은 근거과세의 원칙 및 세무공무원의 재량의 한계를 위반한 것이므로 취소되어야 한다.
(2) 기준경비율에 의한 추계결정을 하더라도 주요 경비는 매입비용에 원재료의 기초재고자산에 포함된 주요 경비를 가산하고 기말재고자산에 포함된 주요경비를 공제하여 2015사업연도의 주요경비를 산정하여야 한다. (가) 국세청 고시 제2015-9호 매입비용·임차료의 범위와 증빙의 고시(2015.4.17.) 제4조(재고자산에 포함된 주요경비의 계산) 제1항에 따르면 해당 과세연도 수입금액에서 공제하는 매입비용과 사업용 고정자산에 대한 임차료 및 종업원의 급여․임금․퇴직급여(이하 “주요경비”라 한다)는 해당 과세연도에 지출하였거나 지출할 금액에 기초재고자산에 포함된 주요 경비를 가산하고 기말재고자산에 포함된 주요경비를 공제하여 계산한 금액으로 한다. (나) 기준경비율에 의한 추계결정을 한다고 하더라도 주요경비인 매입비용에 원재료의 기초재고자산에 포함된 주요경비를 가산하고 기말재고자산에 포함된 주요경비를 공제하여 당해연도 주요경비를 산정하여야 한다. 2014사업연도 법인세 신고시 재무상태표에 기재된 기말재고금액으로서 상품 OOO원과 원재료 OOO원이 있다. 2015사업연도 주요경비명세서는 다음의 <표1>과 같다. <표1> 2015사업연도 주요경비명세서 (단위: 원) 매입비용(③+④+⑤) OOO원과 지급임차료(①) OOO원 및 사업용 고정자산의 임차료(②) OOO원 합계는 OOO원이다. 2015사업연도 기말재고자산과 관련하여 청구법인은 기말재고자산을 재고조사법으로 확인하고 있는바, 재고자산명세서에 의하여 확인된 금액은 상품 OOO원과 원재료 OOO원이다. 이중 “상품”재고는 매입채무 등 OOO원을 타계정대체한 후 금액이지만, 원재료 재고는 당기에 원재료 매입이 전혀 없었으므로 기초재고에서 당기 공사매출에 대한 공사원가를 차감한 금액과 일치한다. 기준경비율에 의한 소득금액계산과 관련하여 상기의 규정과 주요경비, 원재료의 기초 및 기말 재고금액을 가감하여 기준경비율에 의한 소득금액을 산출하면 2015사업연도 기준경비율적용검토표와 같이 △OOO원이 된다. 청구법인의 재고자산은 2015.12.31 현재 실제 재고자산과 동일하다. 청구법인이 2014년 4월경 외환부도이후 종업원도 거의 다 퇴직하고 소수의 관리직원만으로 ㈜OOO와 컨소시엄 관련 공사매출을 완료하는 데에는 예전보다 시간과 원자재 등이 더 많이 투입되었고 그러다보니 공사손실이 발생할 수밖에 없었다. 공사매출이 있으면 공사원가는 당연히 발생하는 것이고, 공사원재료는 기초재고만 있고 당기 매입은 없었으므로 원재료 기말재고만 파악하면 공사원가는 바로 산출된다. 또한 청구법인은 재고자산 평가방법을 별도로 신고하지 않아 원가법으로만 평가를 해야 되기 때문에 평가시기 또는 재고자산의 수량파악시점에 따라서 재고액이 달라질 수는 없다. 그럼에도 불구하고 처분청에서는 특별한 근거도 없이 단지 기한후신고를 하였다고 하여 기말재고자산을 인정하지 않는 것은 납세자의 “성실성 추정의 원칙”에 위반한 것이어서 위법한 처분이다. 따라서, 기준경비율에 의한 추계결정을 한다고 하더라도 매입비용에 원재료의 기초재고자산에 포함된 주요경비를 가산하고 기말재고자산에 포함된 주요경비를 공제하여 매입비용을 산정하여야 한다.
(3) 기준경비율에 의한 추계결정을 한다고 하더라도 법인세법 시행령 제104조 제2항 제1호 가목에 의한 매입비용과 사업용 고정자산에 대한 임차료로서 증빙서류에 의하여 지출금액이 확인된 상기의 <표1>의 주요경비(매입비용 등 OOO원을 이하 “쟁점비용”이라 한다)를 공제하여 추계소득금액을 계산하여야 한다. 기준경비율에 의한 추계결정시에는 주요경비로서 적격증빙을 갖추고 있으므로 당연히 전액 공제되어야 한다.
(4) 청구법인은 소기업으로 폐업한 경우에도 해당하므로 법인세법 시행령 제104조 제2항 제3호 에 따라 추계결정을 하여야 한다. 법인세법 시행령제104조 제2항 제3호에 의하면, 폐업한 소기업이 조세회피의 우려가 없는 경우 소득세법의 단순경비율을 이용한 추계방법 등 국세청장이 정하는 합리적인 방법을 사용할 수 있도록 하기 위한 것이 입법취지이고, 사업을 폐지한 소기업의 경우에는 적자 등이 누적되어 소득금액이 없으며, 내부관리 부실로 장부 등이 멸실된 경우가 많으므로 조세회피의 우려가 없는 경우에 단순경비율을 이용한 추계방법 등 국세청장이 정하는 합리적인 방법을 사용하도록 개정된 것으로, 이는 영세한 소기업이 무신고 또는 장부가 부실하다 하여 과다한 조세부담을 지우는 것을 방지하기 위한 것으로 보인다. 추계요건에 해당된다고 할지라도 처분청의 자유재량이 아니라 가능한 실액에 근사한 과세소득을 산출할 수 있는 추계의 방법과 내용을 선택하여야 하는데, 처분청이 과세예고한 기준경비율에 의한 결정소득율(91%)은 청구법인의 2012～2014사업연도 신고소득율(3%)의 30배에 달하여 개정취지에 부합되거나 실액에 근사한 결정소득이라 볼 수 없는 점 등을 감안할 때 조세특례제한법제7조 제1항 제2호 가목의 소기업에 해당되고 조사일 현재 폐업한 법인인 청구법인의 2015사업연도 소득금액은 법인세법 시행령 제104조 제2항 제3호 에 따라 단순경비율에 의한 추계결정방법으로 산정하여 그 과세표준과 세액을 결정하는 것이 합리적이라고 결정하고 있는바(조심 2011중1535, 2011.10.21., 조심 2008중2254, 2008.12.31., 같은 뜻), 처분청이 기준경비율에 의해 소득금액을 산정하여 법인세를 과세한 이 건 처분은 부당하므로 가) 단순경비율과 나) 직전사업연도의 소득률 다) 기준경비율 중 “적은 금액을 적용하여 추계결정”하여야 한다. 법인세법 시행령제104조 제2항 제3호는 “소기업이 폐업한 때(조세탈루혐의가 있다고 인정되는 경우로서 기획재정부령으로 정하는 사유가 있는 경우는 제외한다)에는 다음 각 목에 따라 계산한 금액 중 적은 금액을 과세표준으로 하여 결정 또는 경정하는 방법”으로 규정하고 있는바, 폐업시점을 언제로 보느냐에 따라 청구법인이 부담할 세액이 달라지는 등 폐업시점이 마치 세율과 같은 효과를 갖는다. 이와 같이 중대한 사항을 법률규정이나 유권해석 없이 국세청내부지침(비공개)으로 폐업시점을 사업연도 종료일을 기준으로 판단하여 기준경비율을 적용하여 과세한 것은, 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석해야 한다는 조세법률주의에도 위반된다고 보이므로 폐업일을 사업연도 종료일이 아닌 부과처분시점으로 해석하여 법인세법 시행령 제104조 제2항 제3호 에 따라 추계결정을 하여야 한다(조심 2011중1535, 2011.10.21., 조심 2008중2254, 2008.12.31., 국심 2007서3971, 2008.07.15. 같은 뜻임)
(1) 기준경비율에 의한 추계결정은 부당하다는 주장에 대하여 청구법인은 재고자산이 압류 및 공매, 손해배상소송 등으로 매입처나 채권자에게 변제된 금액을 타계정대체로 처리한 회계는 정당하며 장부기록 내용은 적절하므로 동 내용으로 과세표준을 경정하여야 한다고 주장하나, 청구법인 대표와 세무사는 기한후신고 내역에 대한 소명을 위하여 처분청을 내방하여 청구법인이 제출한 장부는 법인세 기한후신고를 위하여 2015.12.31. 기준으로 2017년에 작성하여 제출한 장부였음을 밝혔다. 또한, 채권자들이 2015년 중 청구법인을 방문하여 채권회수를 위하여 재고자산을 가져갔고 경황이 없어 각 채권자들이 가져가 재고자산의 수량을 파악할 수 없었다고 소명하므로 2017년에 각 채권자들에 대한 채무내역을 기장하면서 2015.12.31.자 타계정대체로 작성하였음이 분개장 및 계정원장을 통하여 확인된다. 타계정대체내역과 관련하여 청구법인이 제출한 증빙은 재고자산명세서, 계정별원장, 서울중앙지방법원이 발송한 강제집행 관련 안내문(타계정대체로 기재되어 있는 거래처 20개 업체 중 1개 업체) 등으로 청구법인이 제출한 자료들만으로는 계정별원장의 정당성 여부를 확인할 수 없으므로 청구법인이 신고한 재고자산은 2015.12.31.자 실제 재고자산을 반영하지 못한 것으로 보아 법인세법 시행령 제104조 제1항 제1호 에 따라 “소득금액을 계산함에 있어서 필요한 장부 또는 증빙이 없거나 그 중요한 부분이 미비 또는 허위인 경우”에 해당하여 법인세 추계결정은 정당하다. 청구법인의 재고자산이 대물변제되었다고 하더라도 손해배상소송으로 법원의 결정을 통하여 채권자에게 변제된 금액에 해당하지 아니하고 재고자산 대물변제는 부가가치세 과세대상임에도 불구하고 부가가치세 신고시 납부하지 않은 것은 법인의 체납될 상황은 도외시하고 추계결정에 따른 대표자 상여처분을 회피하기 위한 주장으로 보인다.
(2) 청구법인은 기준경비율에 의하여 추계결정을 하더라도 매입비용은 기초재고자산을 가산하고 기말재고자산을 차감하여 계산하여야 한다고 주장하나, 청구법인이 제출한 국세청 고시 제2015-9호는 소득세법에 따른 추계결정시 공제범위를 정하여 고시한 것으로서 동 고시를 적용한다고 하더라도 제4조 제2항은 “해당 과세연도의 기초재고자산 또는 기말재고자산에 포함된 주요경비를 따로 계산할 수 없는 경우에는 기초재고자산 및 기말재고자산을 감안하지 아니하고 해당 과세연도에 지출하였거나 지출할 주요경비를 수입금액에서 공제할 주요 경비로 할 수 있다.”고 규정하여 기한후신고를 하면서 작성한 재고자산은 청구법인이 작성한 것에 불과하고 2015.12.31.자 재고자산은 불분명하여 실지조사를 통하여 수량파악을 하였다고 볼 수 없으므로 기말재고자산이 확인되지 않는바, 기초재고자산 및 기말재고자산을 감안하지 아니하고 계산한 이 건 주요경비는 적정하다.
(3) 청구법인은 기준경비율에 의한 추계결정시 법인세법 시행령 제104조 제2항 제1호 가목에 따른 매입비용과 사업용 고정자산에 대한 임차료로서 증빙에 의하여 지출금액이 확인된 주요경비는 공제하여 추계소득금액을 계산하여야 한다고 주장하나, 쟁점비용은 주요경비로서 소득금액 계산시 공제하여 주는 것이나, 청구법인의 승용차 OOO(OOO) 및 외주가공비가 매출과 직접 관련이 있는지 여부는 제출된 서류만으로 판단할 수 없다. <표2> 외주가공비 등 주요경비 (단위: 원)
(4) 청구법인은 소기업 폐업법인이므로 단순경비율로 추계하여야 한다고 주장하나, 청구법인은 사업연도 종료일이 아닌 부과처분시점에 폐업여부를 판단하여 폐업한 소기업으로 분류하여야 한다는 입장이나, 법인세는 과세기간 종료일인 2015.12.31. 납세의무가 성립하였으므로 납세의무성립일 현재 폐업여부를 판단하여야 한다. 청구법인은 2016사업연도 중 자동차렌탈료, 통화료, 임대료 등의 매입세금계산서를 발급받은 점과 2016.3.31. 직권폐업할 때까지 폐업신고한 사실이 없는 점 등으로 보아 청구법인은 2015사업연도 종료일을 기준으로 폐업하지 않은 것으로 판단된다. 2015사업연도 법인세 무신고 처리지침에 따르면 폐업한 소기업 여부는 사업연도종료일 현재로 판단하도록 되어 있으므로 과세기간종료일 현재 폐업하지 않은 청구법인에 대하여 기준경비율로 추계결정한 당초 처분은 정당하다.
① 기준경비율에 의한 추계결정은 부당하므로 장부를 반영한 기한후신고에 따라 법인세를 경정하여야 한다는 청구주장의 당부
② 기준경비율에 따라 추계결정을 하더라도 매입비용은 기초재고자산을 가산하고 기말재고자산을 차감하여 산정하여야 한다는 청구주장의 당부
③ 기준경비율에 의하여 추계결정을 하더라도 쟁점비용 중 증빙으로 확인되는 경비는 공제하여야 한다는 청구주장의 당부
④ 청구법인은 폐업한 소기업이므로 단순경비율로 소득금액을 추계하여야 하는지 여부
1. 이 건 법인세 과세처분의 주요내용은 다음과 같다. (가) 처분청은 청구법인이 제출한 기한후 신고서상 손익계산서 및 제조원가명세서에 계상되어 있는 재고자산이 전년도 대비 OOO백만원이 감소하였음에도 매출액은 OOO백만원만 계상되어 있는 것을 확인하고 청구법인에게 증빙을 제출을 요구하였다. (나) 청구법인은 이에 대하여 증빙 등을 제출하지 못하자 처분청은 법인세법 시행령 제104조 제1항 제1호 에 따라 기준경비율로 소득금액을 추계결정하여 청구법인에게 2015사업연도분 법인세 OOO원을 과세예고통지하였다. (다) 청구법인은 이에 불복하여 2017.11.28. 과세전적부심사청구를 제기하였고 처분청은 전자세금계산서에 따라 확인되는 사업용 고정자산 임차료 OOO원(공급가액)을 추가반영하여 기준경비율로 소득금액을 추계결정하도록 “일부채택” 결정한 후 2018.2.7. 청구법인에게 2015사업연도분 법인세 OOO원을 결정·고지하였다.
(2) 이의신청결정서 등 처분청의 심리자료에 따르면 다음의 사실이 나타난다. (가) 2015년 매출세금계산서 등 발급내역에 따르면 청구법인이 2015.2.5.∼2015.9.2. 기간동안 (주)OOO에게 지급한 용역비 등의 합계는 OOO천원으로 나타난다. (나) 국세청 통합전산망에 따르면 청구법인은 서비스업(음향영상설계 및 시공)을 영위하는 사업자로 2006.3.27. 사업을 개시하여 2016.3.31. ‘사업부진’을 이유로 직권폐업된 것으로 되어 있다. (다) 2015사업연도 법인세 신고내역 등에 의하면 재무상태표상 재고자산금액은 OOO백만원(상품 OOO백만원, 원재료 OOO백만원), 손익계산서상 상품매출원가와 관련한 타계정대체금액은 OOO백만원, 원가명세서상 재료비 OOO백만원(기초재료 OOO백만원, 기말재료 OOO백만원)으로 되어 있다. (라) 청구법인이 거래처 (주)OOO에게 제공한 “음향/영상/조명/전광판/아카이브 공사”(이하 “(주)OOO”라 한다)와 관련된 것이라고 주장하면서 컨소시엄계약서를 제출하였고, 국세청 전산자료상 (주)OOO 관련 2015년 제1기 및 제2기의 공급가액 합계는 OOO원으로 나타난다.
(3) 청구법인이 제출한 청구이유서 및 증빙 등의 주요 내용은 다음과 같다. (가) 유체동산 압류조서(2014.3.3.)에 의하면 서울중앙지방법원은 2014.3.3. 채권자 ㈜OOO이 채무자인 청구법인에 대하여 원금 OOO원을 충당하기 위하여 청구법인의 유체동산을 압류한 것으로 나타난다. (나) 채권압류 및 추심명령 결정(2014.6.25.)에 따르면 서울중앙지방법원은 2014.6.25. 채권자 ㈜OOO이 채무자인 청구법인에 대하여 청구금액 OOO원을 이유로 제기한 채권압류 및 추심명령을 결정한 것으로 되어 있다. (다) 동산경매기일통지서(2014.12.2.)을 보면 ○○○○지방법원은 2014.12.2. 채권자 ㈜OOO 등이 채무자인 청구법인을 상대로 2014.11.10. 압류한 물건에 대하여 경매일시는 2014.12.9. 오전 10시, 경매장소를 “서울특별시 서초구 OOO”, 최저매각가격 OOO원으로 한 동산경매기일 통지서를 발송한 것으로 나타난다. (라) 2014년 재무상태표를 보면 청구법인의 자산총액은 OOO원이고, 자기자본은 OOO원으로 되어 있다. (마) 매입세금계산서 등에 따르면 청구법인은 2015.1.5. (주)OOO로부터 ‘음향기기외’의 공급가액 OOO원, 2015.2.12. (주)OOO로부터 ‘OOO외’의 공급가액 OOO원, 2015.3.12. (주)OOO로부터 ‘UPJ 1P’의 공급가액 OOO원, 합계 OOO원의 매입세금계산서를 각각 수취한 것으로 나타난다.
(4) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여, (가) 먼저 쟁점①에 대하여 살피건대, 청구법인은 기준경비율에 의하여 소득금액을 추계결정하고 법인세를 과세한 이 건 처분은 부당하고 장부를 반영한 기한후신고에 따라 법인세를 경정하여야 한다고 주장하나, 타계정대체와 관련하여 청구법인이 제출한 증빙은 재고자산명세서, 계정별원장 등 대부분 내부자료이고 거래와 관련하여 객관적 증빙(약정서, 세금계산서 발급내역 등)은 없는 점, 청구법인은 타계정대체의 상대계정은 외상매입금 등 부채계정으로서 손익과는 무관하다고 주장하나, 기말재고의 과소평가는 매출원가를 과대평가하게 됨으로써 손익에 영향을 미치는 점, 청구법인이 제시한 법원의 강제집행문 등으로는 어떤 재고자산이 거래처에게 전달되었는지 객관적으로 확인되지 않는 점 등에 비추어 처분청이 기준경비율에 따라 소득금액을 추계결정하여 법인세를 과세한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다. (나) 다음으로 쟁점②에 대하여 살피건대, 청구법인은 기준경비율에 따라 소득금액을 추계결정을 하더라도 매출원가는 기초재고자산을 가산하고 기말재고자산을 차감하여 산정하여야 한다는 주장이나, 2014년 재무상태표 등에 따르면 청구법인의 자산총액은 OOO원, 자기자본은 OOO이라 주식회사의 외부감사에 관한 법률 등에 따른 외부감사대상법인은 아닌 것으로 보이고 청구법인은 재고자산의 매입과 관련한 증빙(계약서 등)을 제출하지 않은 점, 청구법인이 제출한 증빙만으로는 기말원재료자산에 대한 금액의 신뢰성이 충분히 확인되지 않는 점 등에 비추어 소득금액을 추계결정 하더라도 기초재고자산을 가산하고 기말재고자산을 차감함으로써 매입비용을 산정하여야 한다는 청구주장은 받아들이기 어려운 것으로 판단된다. (다) 다음으로 쟁점③을 보면, 청구법인은 기준경비율에 의하여 소득금액을 추계결정을 하더라도 쟁점비용은 손금에 산입하여야 한다고 주장하나, 청구법인은 동 비용에 대하여 기본적인 증빙(계약서, 내부품의서, 차량일지 등)을 제출하지 않은 점, 쟁점비용과 관련된 품목들(차량, 복사기, 노트북 등)이 사업용인지 아니면 대표자의 개인적인 용도로 이용되었는지 확인되지 않는 점 등에 비추어 쟁점비용을 손금산입하여야 한다는 청구주장은 이유없다. 다만, 외주가공비(OOO원)는 이의신청결정서 등에 따르면 청구법인은 2015년에 컨소시엄계약을 통하여 (주)OOO에게 음향 등의 공사용역을 제공하였고, 같은 연도에 외부업체로부터 이 건 외주가공비에 대한 세금계산서(거래품목: 음향기기 등)를 수취한 것으로 되어 있는 점, 동 외주가공비는 음향 등의 공사용역에 대한 공급가액(OOO원)에 대비하여 발생금액을 기준으로 10% 이내이므로 동 금액이 외주가공비라는 청구주장은 납득가능한 점 등에 비추어 처분청이 외주가공비(OOO원)를 손금에 산입하지 아니하고 소득금액을 추계결정하여 법인세를 과세한 이 건 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다. (라) 끝으로 쟁점④에 대하여 살피건대, 처분청은 법인세는 과세기간종료일에 그 납세의무가 성립하고 청구법인은 2015사업연도 법인세 납세의무성립일(2015.12.31.) 당시 존속법인이므로 법인세법 시행령 제104조 제2항 제3호 에 따른 단순경비율을 적용할 수 없으므로 기준경비율을 적용하여 과세표준을 산정하고 청구법인에게 이 건 법인세를 과세처분하였는바, 법인세법 시행령 제104조 제2항 제3호 에 따르면 과세관청이 납세자의 소득금액을 추계결정하는 과정에서 조세특례제한법 제7조 에 따른 소기업이 폐업한 때 단순경비율에 의한 방법을 준용하도록 되어 있는바, 해당 법령에 폐업시기에 대한 명시적인 규정은 없으나, 폐업된 소기업이 증빙을 보관하기 어려운 점을 감안한 규정으로 보이고 추계결정 및 경정은 과세관청의 결정을 전제로 하므로 납세자의 소득금액을 추계결정하는 시점으로 하여 폐업여부를 판단하는 것이 합리적인 점, 청구법인이 제출한 중소기업 등 기준검토표(2015사업연도)를 보면 청구법인의 2015년 매출액은 OOO억원이고, 상시종업원수는 1명 정도라 조세특례제한법 제7조 및 같은 법 시행령 제6조 제5항 제3호에 따른 소기업에 해당하는 점, 청구법인의 2012사업연도∼2013사업연도 신고소득율은 2%∼3%(2014사업연도 △142.7%)인바, 처분청이 추계결정한 2015사업연도 기준경비율에 따른 결정소득율(87%)과의 격차가 30배 정도에 달하여 불합리하고, 법인세법 시행령 제104조 제2항 제3호 의 입법취지에 부합하지 않는다는 청구주장은 수긍이 가는 점, 청구법인은 2006.3.27. 개업하여 약 10년 이상 해당 사업을 유지하다가 ‘사업부진’을 이유로 2016.3.31. 직권폐업된 것으로 나타나는바, 청구법인은 단순경비율 적용 제외 요건인 ‘조세탈루혐의가 있다고 인정되는 경우’에 해당하지 않는 것으로 보이는 점 등에 비추어 처분청이 법인세법 시행령 제104조 제2항 제1호 에 따른 기준경비율로 과세표준을 산정하여 법인세를 과세한 이 건 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.
이 건 심판청구는 심리결과 일부 이유 있으므로 국세기본법 제81조, 같은 법 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다. <별지>
(1) 국세기본법 제14조[실질과세] ① 과세의 대상이 되는 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 귀속이 명의(名義)일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있을 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다.
② 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 명칭이나 형식에 관계없이 그 실질 내용에 따라 적용한다. 제16조[근거과세] ① 납세의무자가 세법에 따라 장부를 갖추어 기록하고 있는 경우에는 해당 국세 과세표준의 조사와 결정은 그 장부와 이에 관계되는 증거자료에 의하여야 한다.
② 제1항에 따라 국세를 조사ㆍ결정할 때 장부의 기록 내용이 사실과 다르거나 장부의 기록에 누락된 것이 있을 때에는 그 부분에 대해서만 정부가 조사한 사실에 따라 결정할 수 있다.
(2) 법인세법 제66조[결정 및 경정] ③ 납세지 관할 세무서장 또는 관할지방국세청장은 제1항과 제2항에 따라 법인세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하는 경우에는 장부나 그 밖의 증명서류를 근거로 하여야 한다. 다만, 대통령령으로 정하는 사유로 장부나 그 밖의 증명서류에 의하여 소득금액을 계산할 수 없는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 추계(推計)할 수 있다. (3) 법인세법 시행령 제104조[추계결정 및 경정] ① 법 제66조 제3항 단서에서 “대통령령으로 정하는 사유”란 다음 각호의 1에 해당하는 경우를 말한다.
1. 소득금액을 계산함에 있어서 필요한 장부 또는 증빙서류가 없거나 그 중요한 부분이 미비 또는 허위인 경우
2. 기장의 내용이 시설규모, 종업원수, 원자재ㆍ상품ㆍ제품 또는 각종 요금의 시가 등에 비추어 허위임이 명백한 경우
3. 기장의 내용이 원자재사용량ㆍ전력사용량 기타 조업상황에 비추어 허위임이 명백한 경우
② 법 제66조 제3항 단서에 따른 추계결정 또는 경정을 하는 경우에는 다음 각 호의 어느 하나의 방법에 따른다.
1. 사업수입금액에서 다음 각목의 금액을 공제한 금액을 과세표준으로 하여 그 세액을 결정 또는 경정하는 방법. 이 경우 공제할 금액이 사업수입금액을 초과하는 경우에는 그 초과금액은 없는 것으로 본다.
2. 기준경비율이 결정되지 아니하였거나 천재ㆍ지변 기타 불가항력으로 장부 기타 증빙서류가 멸실된 때에는 기장이 가장 정확하다고 인정되는 동일업종의 다른 법인의 소득금액을 참작하여 그 과세표준을 결정 또는 경정하는 방법. 다만, 동일업종의 다른 법인이 없는 경우로서 과세표준신고후에 장부 기타 증빙서류가 멸실된 때에는 법 제60조의 규정에 의한 신고서 및 그 첨부서류에 의하고 과세표준신고전에 장부 기타 증빙서류가 멸실된 때에는 직전 사업연도의 소득률에 의하여 과세표준을 결정 또는 경정한다.
3. 조세특례제한법 제7조 제1항 제2호 가목에 따른 소기업이 폐업한 때(조세탈루혐의가 있다고 인정되는 경우로서 기획재정부령으로 정하는 사유가 있는 경우는 제외한다)에는 다음 각 목에 따라 계산한 금액 중 적은 금액을 과세표준으로 하여 결정 또는 경정하는 방법
③ 법 제66조 제3항 단서에 따른 추계결정 또는 경정을 하는 경우에는 제2항에 따라 계산한 금액에 다음 각 호의 금액을 더한 금액을 과세표준으로 하여 그 세액을 결정 또는 경정한다.
1. 제11조(제1호는 제외한다)의 수익(비영리법인의 경우에는 법 제3조 제3항에 따른 수익사업에서 생기는 수익으로 한정하며, 이하 이 호에서 “사업외수익”이라 한다)의 금액에서 다음 각 목의 금액을 차감한 금액
2. 특수관계인과의 거래에서 제88조 및 제89조에 따라 익금에 산입하는 금액
3. 법 제34조 또는 조세특례제한법에 따라 익금에 산입하여야 할 준비금 또는 충당금이 있는 법인의 경우 그 익금에 산입하여야 할 준비금 또는 충당금
(4) 조세특례제한법 제7조[중소기업에 대한 특별세액감면] ① 중소기업 중 다음 제1호의 감면 업종을 경영하는 기업에 대해서는 2017년 12월 31일 이전에 끝나는 과세연도까지 해당 사업장에서 발생한 소득에 대한 소득세 또는 법인세에 제2호의 감면 비율을 곱하여 계산한 세액상당액을 감면한다. 다만, 내국법인의 본점 또는 주사무소가 수도권에 있는 경우에는 모든 사업장이 수도권에 있는 것으로 보고 제2호에 따른 감면 비율을 적용한다. (중략)
⑤ 법 제7조 제1항 제2호 가목에서 “대통령령으로 정하는 소기업”이란 중소기업 중 해당 기업에 계속하여 고용되어 있는 근로자로서 기획재정부령으로 정하는 자의 수가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 요건을 충족하는 기업을 말한다. 다만, 매출액이 100억원 이상인 경우에는 소기업으로 보지 아니한다.
1. 제조업을 주된 사업으로 영위하는 경우에는 100명 미만일 것
2. 작물재배업·어업·축산업·광업·건설업·출판업·물류산업 또는 운수업중 여객운송업을 주된 사업으로 영위하는 경우에는 50명 미만일 것
3. 기타의 사업을 주된 사업으로 영위하는 경우에는 10명 미만일 것
(6) 주식회사의 외부감사에 관한 법률 제2조[외부감사의 대상] 직전 사업연도 말의 자산총액, 부채규모 또는 종업원수 등 대통령령으로 정하는 기준에 해당하는 주식회사(이하 “회사”라 한다)는 재무제표(연결재무제표를 작성하는 회사의 경우에는 연결재무제표를 포함한다)를 작성하여 주식회사로부터 독립된 외부의 감사인(이하 “감사인”이라 한다)에 의한 회계감사(이하 “감사”라 한다)를 받아야 한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 주식회사는 그러하지 아니하다.
1. 공공기관의 운영에 관한 법률에 따라 공기업 또는 준정부기관으로 지정받은 주식회사 중 주권상장법인(자본시장과 금융투자업에 관한 법률에 따른 주권상장법인을 말한다. 이하 같다)이 아닌 회사
2. 그 밖에 대통령령으로 정하는 주식회사
(7) 주식회사의 외부감사에 관한 법률 시행령 제2조[외부감사의 대상] ① 법 제2조에 따라 외부의 감사인에 의한 회계감사(이하 “외부감사”라 한다)를 받아야 하는 주식회사는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 주식회사로 한다.
1. 직전 사업연도 말의 자산총액이 120억원 이상인 주식회사(그 주식회사가 분할하거나 다른 회사와 합병하여 새로운 회사를 설립한 경우에는 설립시의 자산총액이 120억원 이상인 주식회사를 말한다)
2. 주권상장법인(자본시장과 금융투자업에 관한 법률에 따른 주권상장법인을 말한다. 이하 같다)과 해당 사업연도 또는 다음 사업연도 중에 주권상장법인이 되려는 주식회사(주권상장법인과 합병이나 주식의 포괄적 교환 등 증권선물위원회가 정하는 방법을 통하여 주권상장법인이 되려고 하거나 해당 주식회사의 주권이 상장되는 효과가 있게 하려는 경우의 해당 주식회사를 포함한다)
3. 직전 사업연도 말의 부채총액이 70억원 이상이고 자산총액이 70억원 이상인 주식회사(그 주식회사가 분할하거나 다른 회사와 합병하여 새로운 회사를 설립한 경우에는 설립 시의 부채총액이 70억원 이상이고 자산총액이 70억원 이상인 주식회사를 말한다)
4. 직전 사업연도 말의 종업원(근로기준법 제2조 제1항 제1호 에 따른 근로자 중 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 사람을 제외한다. 이하 같다) 수가 300명 이상이고 자산총액이 70억원 이상인 주식회사(그 주식회사가 분할하거나 다른 회사와 합병하여 새로운 회사를 설립한 경우에는 설립 시의 종업원 수가 300명 이상이고 자산총액이 70억원 이상인 주식회사를 말한다) (중략)
결정 내용은 붙임과 같습니다.