조세심판원 심판청구 양도소득세

쟁점매입세금계산서가 사실과 다른 세금계산서인지 여부

사건번호 조심-2018-서-3854 선고일 2019.04.08

처분청 조사시 1999.부터 2004.까지 동안은 임차농인○이, 2004.부터 2015.까지의 기간은 임차농인◇이 경작하였고, 왕벚나무 식재가 확인되지 아니한것으로 조사된 점, 지장물과 경작물및 수목에 대한 보상과 관련하여 현재 청구인과 임차농 ◇이 소송을 진행 중인점등에 비추어 4년이상 경작한 토지라는 주장을 받아들이기는 어렵다.

[주 문] 심판청구를 기각한다. [이 유]

1. 처분개요
  • 가. 청구인은 1999.7.21. OOO(이하 “양도토지”라 한다)를 취득․보유하다가 2015.12.31. OOO(이하 “OOO”이라 한다)에 공익사업에 따른 협의로 OOO원에 양도한 후, 2016.2.25.조세특례제한법제70조에 따라 농지대토 감면세액 OOO원을 적용하여 양도소득세 OOO원을 신고·납부하였다.
  • 나. 처분청은 청구인의 양도소득세에 대한 세무조사를 실시하여 청구인이 2016.5.18. OOO(이하 “대토토지”라 한다)를 대토로 취득한 사실은 있으나, 양도토지에서 실제로 자경하지 아니한 것으로 보아 농지대토 감면을 신청한 세액을 부인하여 2017.10.23. 청구인에게 세무조사결과를 통지하였다.
  • 다. 청구인은 양도토지(총 2,212㎡) 중 850㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)는조세특례제한법제70조에 따른 농지대토에 대한 세액감면, 1,362㎡는 같은 법 제77조에 따른 공익사업용 토지에 대한 세액감면을 적용하고, 신고 누락한 양도비용을 추가공제 하여 달라는 소명서를 제출하자, 처분청은 쟁점토지에 대하여는 청구인이 실제 자경한 사실을 인정할 수 없다 하여조세특례제한법제70조에 따른 농지대토에 대한 세액감면을 적용하지 아니하고, 양도토지 전체에 대하여 같은 법 제77조에 따른 공익사업용 토지에 대한 세액감면(양도소득세 10%)을 적용하고, 신고 누락된 양도비용을 추가로 반영하여 2017.12.7. 청구인에게 2015년 귀속 양도소득세 OOO원과 공익사업용토지 감면세액에 따른 농어촌특별세 OOO원 합계 OOO원을 경정․고지(이하 “이 건 과세처분”이라 한다)하였다.
  • 라. 청 구인은 이에 불복하여 2018.2.26. 이의신청을 거쳐 2018.8.17. 심판청구를 제기하였다.
2. 청구인 주장 및 처분청 의견
  • 가. 청구인 주장

(1) 처분청은 양도토지를 청구 외 타인인 강OOO과 그의 배우자 이OOO의 일방적인 진술만을 근거로 양도토지 소유자인 청구인이 재촌ㆍ자경하지 않았고, 강OOO과 이OOO가 양도토지(전체면적 2,212㎡)를 경작하였다는 의견이나, 양도토지(면적 2,212㎡) 중 쟁점토지(850㎡)는 자경사실이 공익사업자의 손실보상내역서 기재내용(왕벚나무 생육상태, 수고 2m, 직경 10cm, 7년생)으로 입증ㆍ확인되는 바와 같이 2008.10.9. 청구인이 실제로 왕벚나무 400주의 묘목을 구입․식재하여 공익사업용으로 2015.12.31. 협의매수되어 양도된 때까지 수목생육지의 농작업에 사용하였고, 그 잔여면적인 1,362㎡는 강OOO과 이OOO가 농작업용으로 사용하였으며, 강OOO의 사기고소 사건(OOO 2018형제37400호)은 증거가 부족하다 하여 불기소(혐의없음) 처분되었다.

(2) 처분청은 청구인이 쟁점토지를 실제로 농업을 영위했는지의 사실관계 구분이 어렵고, 실제 경작사실에 따른 수목재배업 경영여부가 불분명하고, 수목판매사실이 없으며, 제조업을 경영하였기에 전업적인 재촌ㆍ자경에 해당되지 않는다는 의견이나, 청구인이 경영 한 OOO은 연간 사업소득금액이 OOO원 이상인 과세기간은 단 한 번도 없었기 때문에 사업경영이라는 사실과 자경기간 배제규정과는 조금도 연관성이 없으므로 ‘전업농(專業農)’이 아니라는 사유로 4년 자경을 부인한 이 건 과세처분은 부당하다.

  • 나. 처분청 의견

(1) 청구인은 2008.10.9. 복분자 600주 및 왕벚나무 400주 구입 후 식재하여 수용으로 인한 쟁점토지의 양도일까지 기간(2008.10.9.~2015.12.31.)에 주소지에서 왕래하면서 자경하였다고 주장하나, 청구인이 경영하는OOO은 연 수입금액 OOO원 가량으로 상시 고용된 종업원 없이 운영되는 가족기업(본인, 부인, 자녀)으로, 작업장에는 사이즈별 금형 프레스기가 4개 정도가 있으며 작업방식이 공장자동화 설비 없이 사람 손으로 쇠판을 일일이 프레스기에 올려 수동으로 작업하는 방식으로 동전모양의 쇠를 찍어내어 만드는 노동집약형업체로서 청구인이 직접 주문접수․제조․택배발송 작업을 하는 등 청구인이 상시 농업에 종사할 정도의 시간적 여유는 없어 청구인이 주장하는 기간에도 자경농민에 해당한다고 볼 수 없다. 청구인은 당초 1999.7.21.부터 2004.1.1.까지, 2009.11.3.부터 2015.6.30.까지의 기간동안 직접 자경 하였다고 주장하나, 처분청 조사 결과에 따르면 1999.7.21.부터 2004.1.1.까지의 기간에는 임차농이었던 박OOO이, 그 이후인 2004.1.2.부터 2015.12.31. 양도일까지는 임차농인 강OOO이 경작한 사실이 확인되므로 청구인이 경작한 기간이 4년에 미달한다. (2) 다른 작물에 비해 수목재배는 수입의 회수 기간이 길고 수목의 식재목적이 납세자 본인의 조경목적인지, 각종 보상 및 세금감면을 위한 자경위장인지, 아니면 실제로 농업을 영위했는지의 사실관계 구분이 어렵기 때문에 이에 대한 명확한 입증을 필요하며 입증 책임은 이를 주장하는 납세자에게 있음에도 입증을 하지 못하였다. 2017.10.12. 청구인이 제출한 양도소득세 세무조사에 대한 답변서에 제출된 사진 4장에 청구 주장의 광범위한 왕벚나무의 식재는 전혀 확인되지 않고, 2015년 OOO 조성과 관련한 시설물 및 지장물에 대한 보상과 관련하여 OOO이 2015.7.31. 현장 실사 사진을 징취한 결과 OOO에 자리한 비닐하우스는 총 19개에 이르는데 광범위한 왕벚나무 식재는 전혀 확인되지 않으며, 비닐하우스 1번과, 2번의 끝부분에 왕벚나무로 추정되는 높은 키의 나무가 보일 뿐이다.

3. 심리 및 판단
  • 가. 쟁 점 청구인이 쟁점토지를 4년 이상 자경하였는지 여부
  • 나. 관련 법령

(1) 조세특례제한법(2016.12.27. 법률 제15623호로 개정되기 이전의 것) 제70조【비과세 양도소득】① 농지 소재지에 거주하는 대통령령으로 정하는 거주자가 대통령령으로 정하는 방법으로 직접 경작한 토지를 경작상의 필요에 의하여 대통령령으로 정하는 경우에 해당하는 농지로 대토(代土)함으로써 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다. 다만, 해당 토지가 주거지역등에 편입되거나도시개발법또는 그 밖의 법률에 따라 환지처분 전에 농지 외의 토지로 환지예정지 지정을 받은 경우에는 주거지역 등에 편입되거나, 환지예정지 지정을 받은 날까지 발생한 소득으로서 대통령령으로 정하는 소득에 대해서만 양도소득세를 감면한다. 제77조【공익사업용 토지 등에 대한 양도소득세의 감면】① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 소득으로서 해당 토지등이 속한 사업지역에 대한 사업인정고시일(사업인정고시일 전에 양도하는 경우에는 양도일)부터 소급하여 2년 이전에 취득한 토지등을 2018년 12월 31일 이전에 양도함으로써 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세의 100분의 10[토지등의 양도대금을 대통령령으로 정하는 채권으로 받는 부분에 대해서는 100분의 15로 하되, 공공주택 특별법등 대통령령으로 정하는 법률에 따라 협의매수 또는 수용됨으로써 발생하는 소득으로서 대통령령으로 정하는 방법으로 해당 채권을 3년 이상의 만기까지 보유하기로 특약을 체결하는 경우에는 100분의 30(만기가 5년 이상인 경우에는 100분의 40)]에 상당하는 세액을 감면한다. 1.공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률이 적용되는 공익사업에 필요한 토지 등을 그 공익사업의 시행자에게 양도함으로써 발생하는 소득 (2) 조세특례제한법 시행령 (2016.2.5. 법률 제27127호로 개정되기 이전의 것) 제67조【농지대토에 대한 양도소득세 감면요건 등】① 법 제70조제1항에서 "대통령령으로 정하는 거주자"란 4년 이상 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 지역(경작을 개시할 당시에는 당해 지역에 해당하였으나 행정구역의 개편 등으로 이에 해당하지 아니하게 된 지역을 포함한다. 이하 이 조에서 "농지소재지"라 한다)에 거주한 자로서 대토 전의 농지 양도일 현재 소득세법 제1조의2 제1항 제1호 에 따른 거주자인 자(비거주자가 된 날부터 2년 이내인 자를 포함한다)를 말한다.

1. 농지가 소재하는 시ㆍ군ㆍ구(자치구인 구를 말한다) 안의 지역

2. 제1호의 지역과 연접한 시ㆍ군ㆍ구 안의 지역

3. 해당 농지로부터 직선거리 30킬로미터 이내의 지역

② 법 제70조 제1항 본문에서 "대통령령으로 정하는 방법으로 직접 경작"이란 거주 자가 그 소유농지에서 농작물의 경작 또는 다년생식물의 재배에 상시 종사하거나 농작업의 2분의 1 이상을 자기의 노동력에 의하여 경작 또는 재배하는 것을 말한다.

③ 법 제70조 제1항에서 "대통령령으로 정하는 경우"란 경작상의 필요에 의하여 대토하는 농지로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

1. 4년 이상 종전의 농지소재지에 거주하면서 경작한 자가 종전의 농지의 양도일부터 1년(공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률에 따른 협의매수ㆍ수용 및 그 밖의 법률에 따라 수용되는 경우에는 2년) 내에 새로운 농지를 취득하여, 그 취득한 날부터 1년(질병의 요양 등 기획재정부령으로 정하는 부득이한 사유로 경작하지 못하는 경우에는 기획재정부령으로 정하는 기간) 내에 새로운 농지소재지에 거주하면서 경작을 개시한 경우로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우. 다만, 새로운 농지의 경작을 개시한 후 새로운 농지소재지에 거주하면서 계속하여 경작한 기간과 종전의 농지 경작기간을 합산한 기간이 8년 이상인 경우로 한정한다.

  • 가. 새로 취득하는 농지의 면적이 양도하는 농지의 면적의 3분의 2이상일 것
  • 나. 새로 취득하는 농지의 가액이 양도하는 농지의 가액의 2분의 1 이상일 것

2. 4년 이상 종전의 농지소재지에 거주하면서 경작한 자가 새로운 농지의 취득일부터 1년 내에 종전의 농지를 양도한 후 종전의 농지 양도일부터 1년(질병의 요양 등 기획재정부령으로 정하는 부득이한 사유로 경작하지 못하는 경우에는 기획재정부령으로 정하는 기간) 내에 새로운 농지소재지에 거주하면서 경작을 개시한 경우로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우. 다만, 새로운 농지의 경작을 개시한 후 새로운 농지소재지에 거주하면서 계속하여 경작한 기간과 종전의 농지 경작기간을 합산한 기간이 8년 이상인 경우로 한정한다.

  • 가. 새로 취득하는 농지의 면적이 양도하는 농지의 면적의 3분의 2 이상일 것
  • 나. 새로 취득하는 농지의 가액이 양도하는 농지의 가액의 2분의 1 이상일 것

⑥ 제3항 제1호 및 제2호를 적용할 때 종전의 농지 경작기간과 새로운 농지 경작기간의 계산에 관하여는 제66조 제14항을 준용한다. 이 경우 새로운 농지의 경작기간을 계산할 때 새로운 농지의 경작을 개시한 후 종전의 농지 경작기간과 새로운 농지 경작기간을 합산하여 8년이 지나기 전에 제66조제14항에 해당하는 기간이 있는 경우에는 새로운 농지를 계속하여 경작하지 아니한 것으로 본다. 제66조【자경농지에 대한 양도소득세 감면】

⑭ 제4항ㆍ제6항ㆍ제11항 및 제12항에 따른 경작한 기간 중 해당 피상속인(그 배우자를 포함한다. 이하 이 항에서 같다) 또는 거주자의 소득세법 제19조 제2항 에 따른 사업소득금액(농업ㆍ임업에서 발생하는 소득, 소득세법제45조 제2항에 따른 부동산임대업에서 발생하는 소득과 같은 법 시행령 제9조에 따른 농가부업소득은 제외한다)과 같은 법 제20조제2항에 따른 총급여액의 합계액이 3천 700만원 이상인 과세기간이 있는 경우 그 기간은 피상속인 또는 거주자가 경작한 기간에서 제외한다.

  • 다. 사실관계 및 판단 (1) 청구인과 처분청이 제출한 심리자료에 따르면 다음의 사실이 나타난다. (가) 매매계약서 및 등기부등본, 공익사업시행자 고시문상 양도토지 및 대토취득토지에 대한 내역은 아래 <표1>․<표2>와 같이 나타난다. OOO OOO (나) 청구인 의 주소지는 2004.6.21. OOO로 전입한 이래 심리일 현재까지 변동이 없는 것으로 나타난다. (다) 청구인의 총 사업내역은 아래 <표3>과 같이 국세청 전산자료상 나타난다. OOO (라) 국세청 전산자료상 ‘OOO’의 사업장 소재지 변경 내역은 아래 <표4>와 같다. OOO (마) 청구인 의 2008년부터 2015년까지의 종합소득세(복식부기의무자) 신고내역 은 아래 <표5>와 같다. OOO (바) 처분청은 국립농산물품질관리원의 농업경영체등록관리시스템 정보를 열람․제시한바, 청구인과 강OOO의 농업경영체 관련 등록내역은 아래 <표6>과 같다. OOO (사) 처분청이 2017.9.19. 강OOO 및 배우자인 이OOO로부터 받은 쟁점 토지 관련 진술서는 아래와 같고, 농지 경작사실 확인서(2016.10.30.)를 보면, 마을 주민 김OOO 외 10인은 OOO에서 강OOO이 2003년 4월부터 확인일 현재까지 강OOO이 경작하였다고 확인하였다. OOO (아) 처 분청은 강OOO이 쟁점토지 경작을 위해 2004.9.20.부터2017.8.17.까지의 기간동안 OOO 등으로부터 받은 비료 등 구매내역 11매를 제출하였다. (자) 처 분청이 2017.9.25. 청구인으로부터 받은 진술서 내용은 아래와 같다. OOO (차) 청구인은 2008.10.9 복분자 600주 및 왕벚나무 400주 구입 하여 쟁점토지에 이를 식재한 후 수용으로 인한 쟁점토지의 양도시점(2015.12.31.)까지 직접 생육하였기에 쟁점토지는 4년 이상 계속하여 재촌·자경한 농지에 해당되어 대토에 따른 감면대상이라며, 쟁점토지 수목에 대한 손실보상액계약서, 왕벚나무 구입거래명세서 및 송금통장내역, 청구인과 강OOO 간의 확인서, 임차농 강OOO의 농업경영체 등록서, 인우보증서, 쟁점토지 왕벚나무 수목사진, 농지원부, 경작사실확인서(박OOO, 김OOO), OOO 민원청구서 등을 제출하였다.

1. 쟁점토지 지상의 수목에 대한 손실보상액 내역서는 아래 <표7>과 같다. OOO OOO

6. 농지원부(1999.1.1. OOO 작성)에는 청구인이 쟁점토지에 ‘채소’를 경작하는 것으로, 쟁점토지의 기록변경일 2012.12.31.로 각각 기재되어 있다.

7. OOO 민원청구서(2013.11.15.)에 대한 회신내용을 보면, 청구인은 2013.11.15. OOO 민원실에 2008년 10월 쟁점토지에 왕벚나무 묘목(1년 접목) 400주를 심었으나, 매년 수 십 그루 내지 수백 그루씩 고사하고 있어 그 원인을 알고 싶어서 민원을 제기한데 대하여 2013.11.29. OOO(공원관리과-17858)은 회신을 통하여 “쟁점토지에 식재한 왕벚나무 묘목의 고사원인은 식재지역의 배수불량이 원인인 것으로 사료된다.”고 회신한 것으로 나타난다.

8. 경작사실 확인서(날짜 없음)를 보면, OOO과 OOO은 “청구인이 2009년부터 2015년까지 쟁점토지를 경작하였다”고 확인하였다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구인은 1992년부터 심리일 현재까지 OOO 소재에서 ‘OOO’이라는 상호로 금형 및 기계부품 제조업을 영위하고 있는 것으로 나타나고 있고, 국립농산물품질관리원의 농업경영체등록관리시스템상 청구인은 2016.9.17. 등록하고, 임차농 강OOO은 2009.4.14.부터 2017.5.25.까지의 기간 동안 농업경영체로 등록한 점, 처분청 조사시 1999.7.21.부터 2004.1.1.까지의 기간 동안은 임차농인 박OOO이, 2004.1.2.부터 2015.12.31.까지의 기간 동안은 임차농인 강OOO이 쟁점토지가 포함된 양도토지를 경작하였고, 쟁점토지상에는 왕벚나무 식재가 확인되지 아니한 것으로 조사되었으며, 청구인은 왕벚나무 외 복분자 600주 및 기타 수목 20주(고욤, 회양목, 주목 등)에 대한 묘목구입내역 등에 대한 입증자료 등을 제시하지 못하는 점, 쟁점토지 지상의 지장물과 경작물 및 수목〔지장물 보상금 OOO원(수목보상금 OOO원 포함), 영농보상금 OOO원 등 합계 OOO원〕에 대한 보상과 관련하여 현재 청구인과 임차농으로 보이는 강OOO이 소송(1심에서 청구인이 승소, 법원은 수목보상금의 소유권이 청구인이라는 것이고, 청구인이 쟁점토지를 경작한 것인지 여부에 대하여는 판단이 없음)을 진행 중이고, 강OOO은 청구인에 대하여 ‘사기’ 혐의로 항고(2018고불황15350)하고, ‘기망행위’ 등으로 고소(2018형제37401)하는 등 여러 소송이 진행 중에 있는 것으로 보아 청구인이 쟁점토지를 실제 경작하였는지 불분명해 보이는 점 등에 비추어 쟁점토지를 4년 이상 경작한 토지라는 청구주장을 받아들이기는 어렵다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

결정 내용은 붙임과 같습니다.

원본 출처 (국세법령정보시스템)