[요지] 쟁점판결은 과세관청이 20◎◎사업연도에 대하여 과세한 법인세에 대하여 계약이 해제된 쟁점세대 관련 분양수익은 원칙적으로 작업진행률에 따라 수익으로 인식하였던 각 사업연도의 법인세에서 공제되어야 하므로 20◎◎사업연도 작업진행률에 대응하는 분양수익의 감액부분에 한하여 위법하다고 하여 그 귀속시기가 위법하다고 판단한 판결로서국세기본법제45조의2 제2항 제1호의 판결에 포함되지 않는 점 등에 비추어 처분청이 청구법인에게 한 경정청구 거부처분은 달리 잘못이 없다고 판단됨
[주 문] 심판청구를 기각한다.
[이 유]
1. 처분개요
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
(1) 국세기본법제45조의2 제2항의 후발적 경정청구제도 (가) 국세기본법제45조의2 제2항에서는 ‘최초의 신고·결정 또는 경정에서 과세표준 및 세액의 계산 근거가 된 거래 또는 행위 등이 그에 관한 소송에 대한 판결에 의하여 다른 것으로 확정되었을 때(제1호)’, ‘소득이나 그 밖의 과세물건의 귀속을 제3자에게로 변경시키는 결정 또는 경정이 있을 때(제2호)’, ‘조세조약에 따른 상호합의가 최초의 신고·결정 또는 경정의 내용과 다르게 이루어졌을 때(제3호)’, ‘결정 또는 경정으로 인하여 그 결정 또는 경정의 대상이 되는 과세기간 외의 과세기간에 대하여 최초에 신고한 국세의 과세표준 및 세액이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과할 때(제4호)’ 등의 경우에는 ‘그 사유가 발생한 것을 안 날부터 3개월 이내에’ 경정청구를 할 수 있도록 규정하고 있다. (나) 이를 같은 조 제1항의 통상의 경정청구와 구분하고자 ‘후발적 경정청구제도’라고 하는바, 법정신고기한이 지난 후 5년(개정 전에는 3년) 이내에 청구할 수 있는 통상의 경정청구제도와는 별도로 후발적 경정청구제도를 둔 취지는 납세의무 성립 후 일정한 후발적 사유의 발생으로 말미암아 과세표준 및 세액의 산정기초에 변동이 생긴 경우 납세자로 하여금 그 사실을 증명하여 감액을 청구할 수 있도록 함으로써 납세자의 권리구제를 확대하려는데 있다.
(2) 같은 항 제1호의 후발적 경정청구사유 해당 여부 (가) 위에서 살펴본 후발적 경정청구사유 중 같은 항 제1호의 ‘거래 또는 행위 등이 그에 관한 소송에 대한 판결에 의하여 다른 것으로 확정된 때’는 ① 최초의 신고 등이 이루어진 후 ② 과세표준 및 세액의 계산근거가 된 거래 또는 행위 등에 관한 분쟁이 발생하여 ③ 그에 관한 소송에서 판결에 의하여 그 거래 또는 행위 등의 존부나 그 법률효과 등이 다른 내용의 것으로 확정됨으로써 ④ 최초의 신고 등이 정당하게 유지될 수 없게 된 경우를 의미한다(대법원 2011.7.28. 선고 2009두22379 판결, 대법원 2006.1.26. 선고 2005두7006 판결 등). (나) 이 사건의 경우 후발적 경정청구사유에 해당하는지 여부를 보면, 청구법인의 경우에도 ① 쟁점세대에 대하여 2006～2008사업연도에 대한 법인세 신고납부가 이루어진 후 ② 법인세 과세표준 및 세액의 계산근거가 된 분양계약의 해제 여부에 관한 분쟁이 발생하였고 ③ 소송에 제기된 후 대법원 판결에 의하여 쟁점세대에 대한 분양계약이 소급적으로 소멸한 것으로 확정됨으로써 ④ 2006～2008사업연도에 대한 최초의 법인세 신고가 정당하게 유지될 수 없게 되었다. (다) 이에 대하여 처분청도 2006～2008사업연도에 대한 청구법인의 기존 법인세 신고가 경정되어야 한다고 확인해준 바 있다.
(3) 청구법인은 통상의 경정청구를 신청하는 것이 불가능하다. (가) 청구법인의 2006～2008사업연도에 대한 통상의 경정청구기간이었던 2010.3.31.～2012.3.31.까지는 쟁점세대에 대한 분양계약의 효력이 유지되었는지 혹은 적법하게 해제되었는지, 그로 인하여 분양계약이 소급적으로 효력을 상실하였는지 여부에 대해서는 확정이 되지 않은 상황이었으므로 청구법인으로서는 통상의 경정청구를 하는 것이 불가능했다. 통상 경정청구 기간 2010.3.31.～2012.3.31. 법인세법 시행령제69조 제3항 신설 2012.2.2. 당초 부과처분일 2013.2.1. 당초 심판청구일 2013.5.7. 행정소송 제기일 2015.9.4. 판결확정일 2017.9.21. (나) 위에서 살펴본 바와 같이, 청구법인으로서는 행정소송이 제기되고 2017.9.21. 대법원에서 쟁점세대에 대한 분양계약이 소급적으로 해제되었다는 것을 확정적으로 판단해 준 이후에야 2006～2008사업연도에 대한 경정청구가 가능했으나, 이때는 이미 통상의 경정청구 기간이 무려 5년 내지 7년이나 경과한 후였다. (다) 특히 2012.2.2. 개정된 법인세법 시행령제69조 제3항이 신설된 이후에 분양계약이 해제된 경우에도 과거 사업연도에 이미 인식하였던 분양수익이 소급적으로 소멸한다고 볼 수 있을지 여부에 대해서는 2017.9.21. 최초로 대법원 확정 판결이 난 것이므로 행정소송이 제기되기도 전이며(2015.9.4.) 심판청구를 제기하기도 전(2013.5.7.), 심지어 당초 부과처분일(2013.2.1.)보다도 먼저 도과해 버린 통상 경정청구 기간 내에 청구법인이 미래의 과세처분을 미리 예측하고, 그 과세처분에 대한 불복에서 분양계약이 소급적으로 해제되었다는 확정 판결이 날 것을 예측하여 법정신고기한 후 3년 내에 통상의 경정청구를 한다는 것은 논리적으로도 맞지 않고 사실상 불가능한 일이다. (라) 그럼에도 불구하고 결국 쟁점세대에 대한 분양계약은 해제로 인하여 소급적으로 소멸하였고 그로 인한 법인세 정당세액은 경정되어야 마땅할 것인바, 그 유일한 방법은 후발적 경정청구뿐인 것이고, 이를 인용해주는 것이 납세의무 성립 후 후발적 사유의 발생으로 억울하게 세금을 과다납부하게 되는 납세자의 권리를 구제해 주기 위한 후발적 경정청구제도의 취지에 부합하는 것이라고 판단된다.
(4) 설령, 청구법인이 통상의 경정청구가 가능했다고 가정하더라도 후발적 경정청구 역시 가능하다. 한편 백번 양보하여 청구법인이 통상의 경정청구가 가능했다고 가정하더라도, 대법원 판례에 따르면, 후발적 경정청구 사유에 해당된다면 통상 경정청구 여부와 무관하게 후발적 경정청구를 신청하는 것이 가능하므로 2006～2008사업연도에 대한 통상의 경정청구가 가능하였다고 가정하더라도 청구법인이 후발적 경정청구를 하는 것에는 전혀 장애가 되지 않는다고 할 것이다.
(1) 쟁점판결은 2006～2008사업연도에 인식한 분양수익에 대한 경정청구의 후발적 사유에 해당되지 않는다. (가) 쟁점판결은 과세관청이 2009사업연도에 대하여 부과한 법인세 중 실질적으로 분양계약이 해제된 쟁점세대에 대하여 2009사업연도의 법인세 과세소득을 감액하라는 결정이다. (나) 이는 쟁점이 된 부과처분에 대하여 귀속시기가 위법하다고 판단하여 취소한 판결로, 당해 부과처분과는 관련이 없는 2006～2008사업연도 법인세 신고 시 납세자가 잘못 적용한 손익의 귀속시기에 대해 국세기본법제45조의2 제2항 제1호에 규정한 판결에 의한 후발적 경정청구 사유에 해당한다고 볼 수 없다.
(2) 쟁점판결에서도 2006～2008사업연도의 신고․납부 세액은 계약 해지 당시 후발적 사유로 경정청구를 하여야 할 사항으로 정당한 세액에 해당하므로 다툼의 대상이 되지 않음을 판시하였다. (가) 쟁점판결 내용을 보면, “처분청은 2009사업연도에 실질적으로 분양계약이 해지되지 않았으며, 분양계약이 해지될 경우 해지된 사업연도에 소득에서 차감하여야 한다는 이유로 청구법인에게 2009사업연도 법인세를 과세하였으나, 분양계약의 해지의 경우 당초 성립하였던 납세의무는 그 전제를 상실하여 그에 따른 법인세를 부과할 수 없다고 보아야 하므로 당초 분양계약시점에 소득을 차감하여야 하며, 분양계약 해지 건 중 2006～2008사업연도 법인세에서 감액되어야 할 법인세는 계약해지 시 감액경정청구 등의 절차를 통하여 환급받아야 함에도 경정청구 등을 하지 않았기에 2006～2008사업연도까지의 작업진행률에 의해 청구법인이 신고․납부한 세액은 정당하므로 다툼의 대상이 되지 않음”을 명시하였다. (나) 위 판결내용을 보면, 청구법인은 계약해제 발생 시 2009사업연도에 계약 해제로 인한 차액을 전액 반영하여 신고하는 것이 아니라, 기왕에 작업진행률로 분양수익을 인식한 2006～2008사업연도의 법인세에 대해 국세기본법 시행령제25조의2 제2호에 의한 후발적 사유(분양계약 해지)로 경정청구를 하였어야 하나, 청구법인이 이를 하지 않았음을 알 수 있다. (다) 따라서 청구법인은 후발적 경정청구를 통해 권리를 구제받을 수 있었음에도 경정청구를 하지 않았고, 이에 따라 경정청구 기간이 도과하였으므로 2006～2008사업연도 법인세 신고분에 대해서는 더 이상 다툴 수 없다(불가쟁력).
3. 심리 및 판단
(1) 국세기본법 제45조의2[경정 등의 청구] ① 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당할 때에는 최초신고 및 수정신고한 국세의 과세표준 및 세액의 결정 또는 경정을 법정신고기한이 지난 후 5년 이내에 관할 세무서장에게 청구할 수 있다. 다만, 결정 또는 경정으로 인하여 증가된 과세표준 및 세액에 대하여는 해당 처분이 있음을 안 날(처분의 통지를 받은 때에는 그 받은 날)부터 90일 이내(법정신고기한이 지난 후 5년 이내로 한정한다)에 경정을 청구할 수 있다.
② 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자 또는 국세의 과세표준 및 세액의 결정을 받은 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생하였을 때에는 제1항에서 규정하는 기간에도 불구하고 그 사유가 발생한 것을 안 날부터 3개월 이내에 결정 또는 경정을 청구할 수 있다.
1. 최초의 신고·결정 또는 경정에서 과세표준 및 세액의 계산 근거가 된 거래 또는 행위 등이 그에 관한 소송에 대한 판결(판결과 같은 효력을 가지는 화해나 그 밖의 행위를 포함한다)에 의하여 다른 것으로 확정되었을 때
5. 제1호부터 제4호까지와 유사한 사유로서 대통령령으로 정하는 사유가 해당 국세의 법정신고기한이 지난 후에 발생하였을 때
(2) 국세기본법 시행령 제25조의2[후발적 사유] 법 제45조의2 제2항 제5호에서 "대통령령으로 정하는 사유"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.
1. 최초의 신고ㆍ결정 또는 경정을 할 때 과세표준 및 세액의 계산 근거가 된 거래 또는 행위 등의 효력과 관계되는 관청의 허가나 그 밖의 처분이 취소된 경우
2. 최초의 신고ㆍ결정 또는 경정을 할 때 과세표준 및 세액의 계산 근거가 된 거래 또는 행위 등의 효력과 관계되는 계약이 해제권의 행사에 의하여 해제되거나 해당 계약의 성립 후 발생한 부득이한 사유로 해제되거나 취소된 경우
3. 최초의 신고ㆍ결정 또는 경정을 할 때 장부 및 증거서류의 압수, 그 밖의 부득이한 사유로 과세표준 및 세액을 계산할 수 없었으나 그 후 해당 사유가 소멸한 경우
4. 소득세법제118조의10 제1항에 따른 국외전출자 국내주식등을 실제로 양도하는 경우로서 실제 양도가액과 같은 항 본문에 따른 출국일 당시의 양도가액 간 차액이 발생한 경우
5. 제1호부터 제4호까지의 규정과 유사한 사유에 해당하는 경우
(3) 법인세법 시행령 제69조[용역제공 등에 의한 손익의 귀속사업연도] ① 법 제40조 제1항 및 제2항을 적용함에 있어서 건설·제조 기타 용역(도급공사 및 예약매출을 포함하며, 이하 이 조에서 "건설등"이라 한다)의 제공으로 인한 익금과 손금은 그 목적물의 건설등의 착수일이 속하는 사업연도부터 그 목적물의 인도일이 속하는 사업연도까지 기획재정부령으로 정하는 바에 따라 그 목적물의 건설등을 완료한 정도(이하 이 조에서 "작업진행률"이라 한다)를 기준으로 하여 계산한 수익과 비용을 각각 해당 사업연도의 익금과 손금에 산입한다.(단서 생략)
③ 제1항을 적용할 때 작업진행률에 의한 익금 또는 손금이 공사계약의 해약으로 인하여 확정된 금액과 차액이 발생된 경우에는 그 차액을 해약일이 속하는 사업연도의 익금 또는 손금에 산입한다. ＜신설 2012.2.2＞
(1) 청구법인은 2017.12.20. 처분청에 이 건 경정청구를 하였고, 처분청으로부터 2018.5.16. 다음과 같이 경정청구 처리결과를 통지받은 것으로 확인된다.
(2) 청구법인의 OOO법원 판결서OOO 중 발췌내용
(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 후발적 경정청구사유 중 국세기본법제45조의2 제2항 제1호에서 규정하는 ‘거래 또는 행위 등이 그에 관한 소송에 대한 판결에 의하여 다른 것으로 확정된 때’는 최초의 신고 등이 이루어진 후 과세표준 및 세액의 계산근거가 된 거래 또는 행위 등에 관한 분쟁이 발생하여 그에 관한 소송에서 판결에 의하여 그 거래 또는 행위 등의 존부나 그 법률효과 등이 다른 내용의 것으로 확정됨으로써 최초의 신고 등이 정당하게 유지될 수 없게 된 경우를 의미하는 점(대법원 2011.7.28. 선고 2009두22379 판결 등 참조), 쟁점판결은 과세관청이 과세한 2009사업연도 법인세에 대하여 계약이 해제된 쟁점세대 관련 분양수익은 원칙적으로 작업진행률에 따라 수익으로 인식하였던 각 사업연도의 법인세에서 공제되어야 하므로 2009사업연도의 작업진행률에 대응하는 분양수익의 감액부분에 한하여 위법하다고 하여 그 귀속시기가 위법하다고 판단한 판결로서 국세기본법제45조의2 제2항 제1호의 판결에 포함되지 아니한 점(대법원 2008.7.24. 선고 2006두10023 판결 참조), 청구법인은 계약해제 발생 시 작업진행률로 분양수익을 인식한 2006～2008사업연도의 법인세에 대해 국세기본법 시행령제25조의2 제2호에 따른 후발적 경정청구를 통해 권리를 구제받을 수 있었음에도 경정청구를 제기하지 않은 점 등에 비추어 처분청이 청구법인에게 한 경정청구 거부처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.
4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.