쟁점토지는 청구종중의 고유목적사업에 간접적으로 기여한 것에 불과함

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구종중은 1989.6.26. 설립하여 공동선조의 분묘수호, 봉제사 등 고유목적사업(비영리사업)과 더불어 1989.7.1.부터 부동산임대업(영리사업)을 영위하는 과․면세 겸업사업자로, 아래 <표1> 기재와 같이 설립 전부터 보유하던 OOO의 토지 12필지 82,280㎡를 2017년 OOO주택도시공사 및 국토교통부에게 수용을 원인으로 합계 OOO원에 양도하고, 2018년 3월 동 양도가액에서 취득가액을 제외한 양도소득(유형자산처분이익) OOO원을 익금에 산입하여 2017사업연도 법인세 OOO원을 신고․납부를 하였다가, 2018.5.23. 처분청에게 위 토지 중 실제 지목이 하천, 도로 등인 4필지 4,690㎡를 제외한 임야 5필지 64,322㎡(이하 “쟁점외임야”라 한다) 및 전․답 8필지 13,808㎡(이하 “쟁점토지”라 하고, 이상의 각 토지 중 4필지는 실제 지목의 구분에 따라 용도구분이 중복됨)를 각각 ‘양도일 현재 3년 이상 계속하여 청구법인의 정관에 규정된 사업(고유목적사업)에 직접 사용한 고정자산’인 선산 및 위토에 해당된다는 이유로법인세법제3조 제3항 제5호 괄호에 따라 그 처분으로 발생한 수입(유형자산처분이익) OOO원을 익금불산입하여 법인세 OOO원을 환급하여 달라는 취지의 경정청구를 하였다. OOO
• 나. 처분청은 쟁점외임야의 경우 청구법인이 숭상하는 선조의 분묘가 확인되고 해당 분묘의 관리가 그 고유목적사업에 해당되나, 쟁점토지의 경우 농업이 종중의 고유목적사업에 해당되지 아니하며 그 경작으로 수확한 농작물의 판매 수입으로 필요경비를 충당하였더라도 이러한 사실이 그 고유목적사업에 직접 기여한 것으로 보기 어렵다는 이유로 쟁점토지를 제외한 쟁점외임야의 양도소득(각 OOO원, OOO원)만을 익금불산입하여, 2018.6.22. 청구법인에게 2017사업연도 법인세 OOO원을 환급하고, 위 경정청구세액 중 쟁점토지의 양도소득 상당액(OOO원)의 환급을 거부하였다.
• 다. 청구종중은 이에 불복하여 2018.8.13. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구종중 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구종중 주장 쟁점토지는법인세법제3조 제3항 제5호 괄호 및 같은 법 시행령 제2조 제2항에 따라 ‘처분일 현재 3년 이상 계속하여 청구종중의 고유목적사업에 직접 사용된 고정자산’에 해당한다. 위 조항에서 비영리내국법인의 각 사업연도 소득 중 고정자산의 처분으로 생기는 수입을 수익사업에서 생기는 소득으로 하여 법인세를 부과하되, 고유목적사업에 직접 사용하는 고정자산으로서 그 처분일 현재 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업에 직접 사용한 것에서 생기는 처분소득 및 그 유지․관리 등을 위한 부수수익에 대해서는 그 과세대상에서 제외하도록 규정하고 있고, 국세청장(법규법인 2013-560, 2014.3.6. 등)은 종중이 처분일 현재 3년 이상 계속하여 정관에 규정된 고유목적사업에 직접 사용하던 부동산의 수용으로 발생하는 수입은 위 조항에 따라 수익사업에 해당하지 아니하되, 이는 부동산의 사용용도, 기간, 면적 등 사용현황, 임대차 여부 등의 제반사항을 고려하여 사실판단하도록 유권해석하였으며, 조세심판원(2017서137, 2017.5.16. 등)도 같은 취지로 결정하였다. 쟁점토지는 ‘종중의 제사 또는 이와 관련한 사항들을 집행하는데 소요되는 비용을 충당하기 위한 토지’인 위토로서 청구종중이 제출한 금융거래 및 지출증빙 등을 보면 청구종중이 쟁점토지를 임대하고 받은 임대료 및 농작물로 청구종중의 정관에 규정된 제사 등의 고유목적사업에 필요한 경비 등으로 사용하였음이 확인되는 점을 감안할 때 쟁점토지는 위 조항에 따른 ‘처분일 현재 3년 이상 계속하여 청구종중의 고유목적사업에 직접 사용된 고정자산’에 해당하므로 그 양도소득을 법인세 과세대상에서 제외하여야 한다. 한편 처분청은 쟁점토지에서 발생한 수입 또는 농작물을 고유목적사업에 필요한 경비 등에 사용하였다는 청구주장을 입증할 증빙자료가 제출되지 않았다는 의견이나, 이는 청구종중이 해당 사용내역을 입증할 청구법인 명의의 예금계좌 거래내역(금융증빙) 및 지출증빙을 제출하였으므로 사실과 다르다. 또한 처분청은 청구종중이 쟁점토지를 임대하고 받은 수입 또는 농작물이 건물을 임대하고 받은 임대수수료를 동일하게 보았으나, 청구종중이 숭조 보본을 위한 제례(기제 및 시제)의 집전절차를 규정한 제전행사규정에 의하면 쟁점토지 등 위토의 수입으로 제례행사에 소요되는 경비를 충당하되 부족분을 청구종중의 다른 수입으로 충당하도록 규정하고 있는바, 비록 청구법인이 위토인 쟁점토지에서 발생한 수입만으로 제사, 벌초 등 정관에 규정된 고유목적사업에 필요한 비용을 충당하기에 부족하여 수익사업에서 발생한 수입(임대건물의 임대료수입)으로 해당 비용을 충당하였다 하더라도 쟁점토지를 위토의 정의(종중의 제사 또는 이와 관련한 사항들을 집행하는데 소요되는 비용을 충당하기 위한 것)에 부합하게 사용하고 그 수입을 고유목적사업에 사용한 이상, 쟁점토지에서 발생한 수입 등을 수익사업인 건물임대에서 발생한 수입과 동일하게 볼 수 없다 할 것이다. 나아가 처분청은 판례(대법원 2017.11.29. 선고 2017두57523 판결)를 근거로 위토가 종중의 고유목적사업과 무관하다는 의견이나, 이는 국세청장이 그 동안 유권해석한 위 예규(법규법인 2013-560, 2014.3.6. 등)와 동일하게 ‘위토가 종중의 고유목적사업에 직접적으로 사용되었는지에 대하여 납세자의 입증에 따라 사실판단’하도록 한 점, 청구중중이 객관적인 증빙자료로 위토인 쟁점토지를 고유목적사업에 필요한 경비 등에 충당하도록 이용하였음을 입증한 점 등을 감안할 때 부당하다.
• 나. 처분청 의견 쟁점토지는법인세법제3조 제3항 제5호 괄호 및 같은 법 시행령 제2조 제2항에 따른 ‘처분일 현재 3년 이상 계속하여 청구종중의 고유목적사업에 직접 사용된 고정자산’에 해당하지 아니한다. 법인세법 기본통칙3-2…3에서 비영리법인이 전․답의 대여 또는 이용의 대가로 얻은 소득을 수익사업에 속하는 것으로 규정하고 있는바, 청구종중은 지목이 전․답인 쟁점토지를 종중원 또는 제3자에게 경작하도록 임대하고 매년 OOO원 정도의 임대료를 수취한 것으로 확인되는 점(해당 수입을 제사 등의 고유목적사업에 사용하였음을 입증할 증빙자료는 미제출), 청구종중은 쟁점토지 외에 상가 등의 건물을 임대하는 수익사업에서 발생한 임대소득(연평균 OOO원 상당)을 제사 등의 고유목적사업에 필요한 경비로 충당하였는바, 만약 쟁점토지의 양도소득을 수익사업에서 제외한다면 수익사업인 위 건물임대소득도 수익사업에서 발생하는 수입에서 제외하여야 하는 논리적인 오류가 발생하는 점 등을 감안할 때 쟁점토지는 위 조항에 따른 처분일 현재 3년 이상 계속하여 청구종중의 고유목적사업에 직접 사용된 고정자산에 해당하지 않는 것으로 보아야 한다. 나아가 그 동안 청구종중이 제시한 국세청 예규(법규법인 2013-560, 2014.3.6.) 등에서 위토가 고유목적사업에 직접 사용된 것인지 여부를 사실판단하도록 판단하여 왔으나, 대법원은 2017.11.29. 선고한 2017두57523 판결에서 ‘설사 종중이 위토를 종중원에 의하여 경작하도록 하고 그 소출을 판매하여 시제의 제물을 준비하는 등 종중의 고유목적사업을 집행하는데 필요한 비용을 충당하였다 하더라도, 종중은 공동선조의 후손들에 의하여 자연발생적으로 형성되어 선조의 분묘 등을 고유목적사업으로 하는 것이어서 농업이 그 고유목적사업에 포함되지 아니하므로 농지가 종중의 고유목적사업에 직접 사용되었다고 할 수 없다’고 판시하였으며, 조세심판원(조심 2017중4704, 2017.12.28. 등)도 같은 취지로 결정하였는바, 위 대법원 판례 및 심판결정례와 사실관계가 유사한 쟁점토지(위토가 분묘 소재의 선산에 인접한 사실은 같으나 위 판례 등에서 종중원이 위토를 경작하여 생산된 농작물 및 그 판매소득으로 제사 등의 경비에 충당한 사실이 입증되는 반면에, 쟁점토지의 경우 종중원 또는 제3자으로 하여금 임대․경작하도록 하고 임대료를 받은 사실만 확인되고 그 임대료가 제사 등의 경비에 충당된 사실이 입증되지 않음)를 청구종중의 고유목적사업에 직접 사용된 고정자산으로 인정할 수는 없다 할 것이다.

• 가. 쟁 점 위토인 쟁점토지가 처분일 현재 3년 이상 계속하여 종중인 청구법인의 고유목적사업에 직접 사용된 고정자산이므로 그 처분소득을 수익사업에서 생기는 소득에서 제외하여야 한다는 청구주장의 당부
• 나. 관련 법령

(1) 법인세법(2017.12.19. 법률 제15222호로 일부개정되기 전의 것) 제3조[과세소득의 범위] ① 법인세는 다음 각 호의 소득에 대하여 부과한다. 다만, 비영리내국법인과 외국법인에 대하여는 제1호 및 제3호의 소득에 대하여만 법인세를 부과한다.

2. 청산소득(淸算所得)

3. 제55조의2 및 제95조의2에 따른 토지등 양도소득

4. 제56조에 따른 미환류소득

③ 비영리내국법인의 각 사업연도의 소득은 다음 각 호의 사업 또는 수입(이하 "수익사업"이라 한다)에서 생기는 소득으로 한다.

1. 제조업, 건설업, 도매업·소매업, 소비자용품수리업, 부동산·임대 및 사업서비스업 등의 사업으로서 대통령령으로 정하는 것

2. 소득세법 제16조 제1항 에 따른 이자소득

3. 소득세법 제17조 제1항 에 따른 배당소득

4. 주식·신주인수권(新株引受權) 또는 출자지분(出資持分)의 양도로 인하여 생기는 수입

5. 고정자산(고유목적사업에 직접 사용하는 고정자산으로서 대통령령으로 정하는 것은 제외한다)의 처분으로 인하여 생기는 수입 6.소득세법제94조 제1항 제2호 및 제4호에 따른 자산의 양도로 인하여 생기는 수입

7. 제1호부터 제6호까지의 규정 외에 대가(對價)를 얻는 계속적 행위로 인하여 생기는 수입으로서 대통령령으로 정하는 것 (2) 법인세법 시행령(2018.2.13. 대통령령 제28640호로 일부개정되기 전의 것) 제2조[수익사업의 범위] ①법인세법(이하 "법"이라 한다) 제3조 제3항 제1호에서 "대통령령으로 정하는 것"이란 통계청장이 고시하는 한국표준산업분류(이하 "한국표준산업분류"라 한다)에 의한 각 사업 중 수입이 발생하는 것을 말한다. (단서 및 각호 생략)

② 법 제3조 제3항 제5호에서 "대통령령으로 정하는 것"이란 해당 고정자산의 처분일(국가균형발전 특별법 제18조 에 따라 이전하는 공공기관의 경우에는 공공기관 이전일을 말한다) 현재 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업(제1항에 따른 수익사업은 제외한다)에 직접 사용한 것을 말한다. 이 경우 해당 고정자산의 유지·관리 등을 위한 관람료·입장료수입 등 부수수익이 있는 경우에도 이를 고유목적사업에 직접 사용한 고정자산으로 본다. ※ 법인세법 기본통칙 3-2…3[수익사업과 비수익사업의 구분] 비영리내국법인의 수익사업과 비수익사업은 해당 사업 또는 수입의 성질을 기준으로 구분한다. 수익사업에 속하는 것과 비수익사업에 속하는 것을 예시하면 다음과 같다.

• 마. 전답을 대여 또는 이용하게 함으로써 생긴 소득
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청이 제출한 2017사업연도 법인세 신고서, 경정청구서 등의 심리자료를 보면 청구종중은 1989.6.26. 설립하여 조상숭상 등 고유목적사업(비영리사업)과 더불어 1989.7.1.부터 부동산임대업(영리사업)을 영위하는 과․면세 겸업사업자로, 설립 전부터 보유하던 <표1> 기재의 토지 12필지 82,280㎡를 2017년 OOO주택도시공사 및 국토교통부에게 수용을 원인으로 합계 OOO원에 양도하고, 2018년 3월 동 양도가액에서 취득가액을 제외한 양도소득(유형자산처분이익) OOO원을 익금에 산입하여 2017사업연도 법인세 OOO원을 신고․납부하였다가, 2018.5.23. 처분청에게 위 토지 중 쟁점외임야 및 쟁점토지를 각각 ‘양도일 현재 3년 이상 계속하여 청구법인의 정관에 규정된 사업(고유목적사업)에 직접 사용한 고정자산’인 선산 및 위토에 해당된다는 이유로법인세법제3조 제3항 제5호 괄호에 따라 그 처분으로 발생한 수입(유형자산처분이익) OOO원을 익금불산입하여 법인세 OOO원을 환급하여 달라는 취지의 경정청구를 하였으며, 처분청은 쟁점외임야의 경우 청구법인이 숭상하는 선조의 분묘가 확인되고 해당 분묘의 관리가 그 고유목적사업으로 사용된 것에 해당되나, 쟁점토지의 경우 농업이 종중의 고유목적사업에 해당되지 아니하며 그 경작으로 수확한 농작물의 판매 수입으로 필요경비를 충당하였더라도 이러한 사실이 그 고유목적사업에 직접 기여한 것으로 보기 어렵다는 이유로 쟁점토지(OOO원)를 제외한 쟁점외임야(OOO원)의 양도소득만을 익금불산입하여, 2018.6.22. 청구법인에게 2017사업연도 법인세 OOO원을 환급하고, 위 경정청구세액 중 쟁점토지의 양도소득 상당액(OOO원)의 환급을 거부한 것으로 나타나며, 쟁점토지가 농지로서 청구종중이 관리하는 분묘가 소재한 쟁점외임야(OOO)에 인접한 사실에 대해서는 청구종중과 처분청 간에 이견이 없다.

(2) 처분청이 확인한 사실관계 등은 아래와 같다. (가) 청구종중의 정관(1989.6.26. 제정되고 2015.3.12. 개정된 것)에 의하면 청구종중은 조상을 숭상하고 종친의 친목과 번영을 도모하며 선조의 문화유산을 수호보전함과 동시에 장학사업으로 후손을 육성하고 문화창달 및 국민도의 앙양에 기하는 것을 목적(제3조 목적)으로 설립되었고, 조상의 제향과 단소의 관리보전 등의 사업을 영위(제4조 사업)하는 것으로 규정되어 있다. (나) 청구종중은 아래 <표2> 기재와 같이 그 처분일이 속하는 연도(2017년) 전 3년 동안(2014년～2016년) 종중원 또는 제3자로 하여금 쟁점토지를 경작하도록 하고 임대료로 연평균 OOO원의 임대료(임대보증금 별도)를 수취하였고, OOO 건물을 임대하고 위 기간 동안 연평균 OOO원의 임대료를 수취하였으며, 종중원 OOO(1939년생)에게 매월 OOO의 관리비 명목으로 OOO원을 지급하는 등 분묘(쟁점외토지 소재), 납골당(OOO 소재)의 관리, 시제 등 제사비용으로 연평균 OOO원 상당의 비용을 지출하고 있는바, 처분청은 청구종중의 수입내역 중에서 위토인 쟁점토지에서 발생한 임대수입 외에 농작물 판매수입이 포함되었는지, 쟁점토지에서 발생한 임대료 등의 수입으로 청구종중의 정관에 규정된 제사 등의 고유목적사업에 필요한 비용에 충당하였는지 여부 등이 객관적으로 입증되지 아니하는 것으로 보았다. OOO

(3) 청구종중이 제출한 증빙자료 등은 아래와 같다. (가) 청구종중은 제사 등의 고유목적사업에 필요한 경비를 주로 위토 임대 등의 수입으로 충당하되, 이로 부족할 경우 수익(임대)사업에서 발생한 수입으로 충당하였다고 주장하면서 제전행사규정(1989.1.12. 제정되고 2003.8.17. 개정된 것)을 제출하였고, 이를 보면 청구종중은 숭조보본을 위한 제례(기제 및 시제)의 집전절차를 규정할 목적으로 제전행사규정을 제정하였고(제1조 목적), 제전행사에 소요되는 경비의 경우 위토에서 발생하는 수입으로 충당하되, 부족분을 기타 수입으로 충당하는 것(제5조 경비)으로 규정되어 있다. (나) 청구종중은 위 <표2> 기재의 위토(쟁점토지) 임대료수입, 건물 임대료수입 등의 수입으로 제전행사규정에 따른 제전행사 비용 등을 지출하였다고 주장하면서, 아래 <표3> 기재와 같은 2014년～2017년 기간 동안의 현금․예금의 수입 및 지출내역, 이에 대한 것이라는 금전출납부와 금융거래내역(청구종중 명의의 OOO은행 예금계좌에 대한 것), 출금전표(청구종중이 작성한 것으로 보이는 것) 및 관련된 영수증 등의 증빙자료(500매 이상)를 제출하였으나, 위 수입․지출내역 중 위토(쟁점토지)의 임대 등 수입과 관련한 부분을 특정하지 아니하였다. OOO

(4) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구종중은 쟁점토지가 선산인 쟁점외임야에 소재한 조상들의 분묘를 수호하고 봉제사를 하는 등 청구종중의 정관에 규정된 고유목적사업을 수행하는데 필요한 비용을 충당하기 위한 위토로서 쟁점토지를 종중원 또는 제3자에게 임대하여 받은 임대료로 해당 비용의 충당을 하였으므로 쟁점토지를 그 처분일 현재 3년 이상 계속하여 청구종중의 고유목적사업에 직접 사용된 고정자산으로 보아야 한다고 주장하나, 종중은 공동선조의 후손들에 의하여 자연발생적으로 형성되어 선조의 분묘 수호, 봉제사 등을 고유목적사업으로 하는 것이어서 농업이 그 고유목적사업에 포함된다고 보기 어려운바, 청구종중이 종중원 등으로 하여금 쟁점토지를 경작하도록 한 대가로 받은 임대료로 정관에 규정된 봉제사의 비용에 충당하는 등 청구종중의 고유목적사업에 필요한 비용에 충당하였다 하더라도 쟁점토지는 청구종중의 고유목적사업 수행에 간접적으로 기여한 것에 불과하므로 청구종중의 주장을 받아들이기는 어렵다 하겠다(대법원 2017.11.29. 선고 2017두57523 판결, 서울고등법원 2017.11.29. 선고 2017두57523 판결). 따라서 처분청에서 쟁점토지가 그 처분일 현재 3년 이상 계속하여 청구종중의 고유목적사업에 직접 사용된 고정자산에 해당하지 아니한다는 이유로 그 양도소득을 익금불산입할 수 없다고 보아 청구종중의 경정청구를 거부한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.