쟁점퇴직연금보험료가 조특법상 연구 및 인력개발비 세액공제 대상 인건비에 해당하는지 여부

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구법인은 모바일 보호케이스, 액정보호필름 등 모바일기기 악세사리를 제조하여 북미, 유럽 등에 수출하고 있는 법인 으로, 2012사업연도부터 2016사업연도까지의 기간 중에 디자인관련 부서의 직원들 대신 부담한 확정기여(DC)형 퇴직연금보험료 OOO원(이하 “쟁점퇴직연금보험료”라 한다) 및 국민연금 회사부담액 OOO원이 조세특례제한법(이하 “조특법”이라 한다) 제9조 및 같은 법 시행령(2012.2.2. 대통령령 제23590호로 개정된 것) 별표6에 따라 연구․인력개발비 세액공제대상인 인건비에 해당하므로 이와 관련된 세액공제 OOO원과 정규직근로자 전환 세액공제 및 외국납부세액공제 등 OOO원 계 OOO원 신고누락분에 대해 환급해 줄 것을 2018.2.20. 경정청구를 하였다.
• 나. 처분청은 청구법인이 신청한 연구․인력개발비 세액공제 인건비 누락분 중 국민연금회사부담액 OOO원과 정규직근로자 전환 세액공제 및 외국납부세액공제 등 OOO원에 대하여는 경정청구를 채택․경정하고, 쟁점퇴직연금보험료는 위 규정에 따른 연구․인력개발비 세액공제 대상 인건비에 해당되지 아니한 것으로 보아 2018.4.26. 거부처분(이하 “이 건 처분”이라 한다)하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2018.7.13. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장

(1) 쟁점 퇴직연금보험료는 청구법인의 부설연구소에서 연구업무에 종사하는 직원들에게 근로의 대가로 유상으로 지출된 2012사업연도부터 2016사업연도까지의 과세기간에 직접 대응되는 인건비로 세액공제 제외대상으로 열거된 퇴직소득 및 퇴직급여충당금과 명확하게 구분되며, 2012년 조특법 시행령 별표6의 개정은 창설적 규정이 아닌 확인적 규정으로 관련 대법원(대법원 2017.5.30. 선고, 2016두63200 판결)은 2012년 이후의 퇴직연금보험료 지급분에 대해서도 적용 가능한 것으로 판단한바, 쟁점퇴직연금보험료는 연구 및 인력개발비 세액공제 대상인 인건비에 해당된다.

(2) 퇴직소득은 현실적으로 퇴직을 원인으로 근로자가 지급받아야 하나, 쟁점퇴직연금보험료는 지출하는 시점에 근로자는 현실적으로 퇴직하지 않고, 동 보험료가 근로자가 아닌 퇴직연금사업자에게 지급되는바 해당과세기간에소득세법제22조의 퇴직소득이라 할 수 없고, 청구법인이 사외의 퇴직연금사업자에게 보험료를 지출함과 동시에 동 금원이 피용자에게 확정적으로 귀속되므로 해당과세연도의 연구 및 인력개발에 직접적으로 대응되는 비용이다.

• 나. 처분청 의견 (1) 청구법인이 부담한 확정기 여(DC)형 쟁점퇴직연금 보험료는 아래와 같은 사유로 연구․인력개발비 세액공제 대상 인건비에 해당하지 않는다. (가) 연구ㆍ인력개발비 세액공제 제도는 기업의 연구개발전담부서에서 소요되는 일정 범위의 인건비 등이 있는 경우에 기업의 기술인력개발을 장려하려는 목적에서 일정 범위의 금액을 해당 과세연도의 소득세 또는 법인세에서 공제하도록 하는데 취지가 있으므로 해당 과세연도의 연구·인력개발에 직접적으로 대응 하는 비용만을 세액공제 대상으로 삼아야 할 것인 바, 청구 법인이 납입한 쟁점퇴직연금보험료 역시 퇴직급여제도의 하나 로서, 확정기여형 퇴직연금제도에 가입한 근로자는 원칙적으로 퇴직하는 때에 비로소 연금 또는 일시금의 형태로 퇴직급여를 지급받을 수 있는 점, 근로자퇴직급여 보장법 및 같은 법 시행령은 근로자가 퇴직연금 적립금을 중도에 인출 할 수 있는 사유를 일정한 요건을 갖춘 주택구입 등으로 제한 하여 규정하고 있는 점 등에 비추어 볼 때, 비록 청구법인이 쟁점퇴직 연금보험료를 과세연도별 및 대상근로자별로 연구소 근속연수 여부에 따라 실제 현금으로 지출되 고 지출되는 사업연도에 전액 비용으로 인정되며 각 연구원들에게 확정적으로 귀속되어, 적립방법이나 지급방법에 있어 퇴직금 또는 퇴직 급여 충당금과 차이가 있다고 하더라도 근로자의 장기간 근속 기간 을 고려하여 원칙적으로 근로 계약이 종료되는 때에 비로소 지급 되는 퇴직 급여를 지급하기 위하여 사용자가 납입 하는 부담금이므로 이를 해당 과세연도의 연구·인력개발에 직접적으로 대응하는 비용으로 보기 어렵다. (나)근로자퇴직급여 보장법에 따르면, 사용자는 퇴직급여제도 중 하나 이상의 제도를 설정하여야 하는데, 확정기여형 퇴직연금 제도와 확정급여형 퇴직연금제도 및 퇴직금제도 중 어느 제도를 설정할지는 사용자의 선택에 맡겨져 있는바, 사용자가 확정 급여형 퇴직연금제도 또는 퇴직금제도를 설정한 경우에는 퇴직금, 퇴직급여충당금, 중산정산퇴직금은 조특법 상 세액 공제의 대상이 되는 인건비에 해당하지 아니하고, 이와 달리 확정 기여형 퇴직연금보험료의 경우에는조세특례제한법 상 세액 공제의 대상이 되는 인건비에 포함된다고 본다면, 사용자가 어떤 퇴직급여 제도를 선택하는지에 따라조세특례 제한법상 세액공제 여부가 달라지게 되는 모순이 발생하게 된다. (2) 연구ㆍ인력개발비 세액공제대상 인건비에 대하여 조특법 시행령 별표6(2012.2.2. 개정 전)에는 인건비 범위에 대하여 명시적 규정이 없었으나, 2012.2.2. 개정시 소득세법 제22조에 따른 퇴직소득에 해당하는 금액은 세액공제 대상 인건비에서 제외함을 명문으로 규정하였는바, 청구법인이 들고 있는 DC형 퇴직연금보험료로 의 경우는 개정되기 전의 인건비로 동 시행령에서 퇴직소득 등 제외규정을 명시 하지 않은 상태의 확정기여 (DC)형 퇴직연금보험료 (2007～2010사업연도)에 해당 하나 이 건의 인건비는 2012～ 2016사업연도 DC형 퇴직연금 보험료로 사용자가 부담금 납부시 퇴직급여로 처리하고 법인세법상 전액 손금산입되는 퇴직소득에 해당하며, 2012.2.2. 별표6 개정 전에도 조특법 기본통칙 9-8…1에 의하여 퇴직소득에 해당하는 금액은 세액공제 대상 인건비에서 제외하여 왔으며, 개정된 시행령이 대법원 판결(2017.5.30. 선고, 2016두63200 판결)과 기본통칙에 따라 조문화한 확인적 규정이라는 청구법인의 주장은 이유 없다.

• 가. 쟁 점 쟁점퇴직연금보험료가 조세특례제한 법상 연구 및 인력개발비 세액공제 대상 인건비에 해당 되는지 여부
• 나. 관련 법령 (1) 조세특례제한법 제9조【연구ㆍ인력개발준비금의 손금산입】① 내국인이 2013년 12월 31일 이전에 끝나는 과세연도까지 연구개발 및 인력개발(이하 "연구ㆍ인력개발"이라 한다)에 필요한 비용에 충당하기 위하여 연구ㆍ인력개발준비금을 적립한 경우 에는 해당 과세연도의 수입금액(법인세법제43조의 기업회계 기준에 따라 계산한 매출액을 말한다. 이하 제10조에서 같다)에 100분의 3을 곱하여 산출한 금액의 범위에서 해당 과세연도의 소득금액을 계산할 때 해당 금액을 손금에 산입한다.

② 제1항에 따라 손금에 산입한 연구ㆍ인력개발준비금은 다음 각 호에 따라 익금에 산입한다.

1. 해당 준비금을 손금에 산입한 과세연도가 끝나는 날 이후 3년이 되는 날이 속하는 과세연도가 끝나는 날까지 연구ㆍ인력개발에 필요한 비용(새로운 서비스 및 서비스 전달체계를 개발하기 위한 연구개발의 경우 자체 연구개발에 필요한 비용만 해당한다) 중 대통령령으로 정하는 비용(이하 "연구ㆍ인력개발비"라 한다)에 사용한 금액에 상당하는 준비금은 그 3년이 되는 날이 속하는 과세연도부터 각 과세연도의 소득금액을 계산할 때 그 준비금을 36으로 나눈 금액에 해당 과세연도의 개월 수를 곱하여 산출한 금액을 익금에 산입한다. 제10조【연구・인력개발비에 대한 세액공제】

① 내국인이 각 과세연도에 연구・인력개발비가 있는 경우에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액을 해당 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세만 해당한다) 또는 법인세에서 공제한다. 이 경우 제1호 및 제2호는 2015년 12월 31일까지 발생한 해당 연구・인력 개발비에 대해서만 적용한다.

3. 제1호 및 제2호에 해당하지 아니하거나 제1호 및 제2호를 선택 하지 아니한 내국인의 연구・인력개발비(이하 이 조에서 "일반 연구・인력개발비"라 한다)의 경우에는 다음 각 목 중에서 선택 하는 어느 하나에 해당하는 금액. 다만, 해당 과세연도의 개시일 부터 소급하여 4년간 일반연구・인력개발비가 발생하지 아니하거나 직전 과세연도에 발생한 일반연구・인력개발비가 해당 과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 일반연구・인력 개발비의 연평균 발생액보다 적은 경우에는 나목에 해당하는 금액

• 가. 해당 과세연도에 발생한 일반연구・인력개발비가 직전 과세연도에 발생한 일반연구・인력개발비를 초과하는 경우 그 초과하는 금액의 100분의 40(중소기업의 경우에는 100분의 50)에 상당하는 금액
• 나. 해당 과세연도에 발생한 일반연구・인력개발비에 다음의 구분에 따른 비율을 곱하여 계산한 금액

1. 중소기업인 경우: 100분의 25 2) 중소기업이 대통령령으로 정하는 바에 따라 최초로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우: 다음의 구분에 따른 비율 가) 최초로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 과세연도의 개시일 부터 3년 이내에 끝나는 과세연도까지: 100분의 15 나) 가)의 기간 이후부터 2년 이내에 끝나는 과세연도까지: 100분의 10 3) 대통령령으로 정하는 중견기업이 2)에 해당하지 아니하는 경우: 100분의 8

4. 1)부터 3)까지의 어느 하나에 해당하지 아니하는 경우: 다음 계산식에 따른 비율(100분의 6을 한도로 한다) 100분의 3 + 해당 과세연도의 수입금액에서 일반연구・인력개발비가 차지하는 비율 × 2분의 1

② 제1항 제3호에 따른 4년간의 일반연구・인력개발비의 연평균 발생액의 구분 및 계산과 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한

• 다. ③ 제1항을 적용받으려는 내국인은 대통령령으로 정하는 바에 따라 세액공제신청을 하여야 한다. (2) 조세특례제한법 시행령 [별표 6](2013.2.15. 대통령령 제24368호로 개정된 것) 구 분 비 용

• 가. 자체연구개발 1) 연구개발 또는 문화산업 진흥 등을 위한 기획재정 부령으로 정하는 연구소 또는 전담부서(이하 “전담부서등”이라 한다)에서 근무하는 직원으로서 기획재정부령으 로 정하는 자의 인건비. 다만, 다음의 인건비를 제외한다. 가) 소득세법제22조에 따른 퇴직소득에 해당하는 금액 나) 소득세법제29조 및법인세법제33조에 따른 퇴직급여충당금 다) 법인세법 시행령제20조제1항 각 호에 따른 성과급 등 2)∼3). (생략) 연구ㆍ인력개발비 세액공제를 적용받는 비용 (제8조제1항 관련) [별표 6](2013.2.15. 대통령령 제24368호로 개정된 것) 연구ㆍ인력개발비 세액공제를 적용받는 비용(제8조제1항 관련) 구 분 비 용

• 가. 자체연구개발 1) 연구개발 또는 문화산업 진흥 등을 위한 기획재정 부령으로 정하는 연구소 또는 전담부서(이하 “전담부서등”이라 한다)에서 근무하는 직원으로서 기획재정부령으로 정하는 자의 인건비 (소득세법제22조에 따른 퇴직소득에 해당하는 금액 및 같은 법 제29조 및법인세법제33조에 따른 퇴직급여충당금은 제외한다) 2)∼3). (생략) [별표 6](2012.2.2. 대통령령 제23590호로 개정되기 전의 것) 연구ㆍ인력개발비 세액공제를 적용받는 비용 (제8조제1항 관련) 구 분 비 용

• 가. 자체연구개발 1) 연구개발 또는 문화산업 진흥 등을 위한 기획재정 부령으로 정하는 연구소 또는 전담부서(이하 “전담부서등”이라 한다)에서 근무하는 직원으로서 기획재정부령으로 정하는 자의 인건비 2)∼3). (생략) (3) 근로자퇴직급여 보장법 제2조【정의】이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다

6. "퇴직급여제도"란 확정급여형퇴직연금제도, 확정기여형퇴직 연금제도 및 제8조에 따른 퇴직금제도를 말한다.

7. "퇴직연금제도"란 확정급여형퇴직연금제도, 확정기여형퇴직 연금제도 및 개인형퇴직연금제도를 말한다.

8. "확정급여형퇴직연금제도"란 근로자가 받을 급여의 수준이 사전에 결정되어 있는 퇴직연금제도를 말한다.

9. "확정기여형퇴직연금제도"란 급여의 지급을 위하여 사용자가 부담하여야 할 부담금의 수준이 사전에 결정되어 있는 퇴직 연금제도를 말한다. 제4조【퇴직급여제도의 설정】① 사용자는 퇴직하는 근로자에게 급여를 지급하기 위하여 퇴직 급여제도 중 하나 이상의 제도를 설정하여야 한다. 제17조【급여 종류 및 수급요건 등】

① 확정급여형퇴직연금제도의 급여 종류는 연금 또는 일시금으로 하되, 수급요건은 다음 각 호와 같다.

1. 연금은 55세 이상으로서 가입기간이 10년 이상인 가입자에게지급할 것. 이 경우 연금의 지급기간은 5년 이상이어야 한다.

2. 일시금은 연금수급 요건을 갖추지 못하거나 일시금 수급을 원하는 가입자에게 지급할 것 제19조【확정기여형퇴직연금제도의 설정】

① 확정기여형퇴직연금제도를 설정하려는 사용자는 제4조 제3항 또는 제5조에 따라 근로자대표의 동의를 얻거나 의견을 들어 다음 각 호의 사항을 포함한 확정기여형퇴직연금규약을 작성하여 고용노동부장관에게 신고하여야 한다.

② 제1항에 따라 확정기여형퇴직연금제도를 설정하는 경우 가입기간에 관하여는 제14조를, 급여의 종류, 수급요건과 급여 지급의 절차ㆍ방법에 관하여는 제17조 제1항, 제4항 및 제5항을, 운용현황의 통지에 관하여는 제18조를 준용한다. 이 경우 제14조 제1항 중 "제13조 제3호"는 "제19조 제6호"로, 제17조 제1항 중 "확정급여형퇴직연금제도"는 "확정기여형퇴직연금제도"로 본다.

• 다. 사실관계 및 판단 (1) 청구법인은 2011.4.11. “(주)OOO”를 설립하여 한국산업기술진흥협회에 신고(OOO)하였으며, 2012사업연도부터 2016사업연도까지의 과세기간 중에 디자인관련 부서 직원들 대신 부담한 아래 <표>의 확정기여(DC)형 쟁점퇴직연금보험료를 조특법 제9조 및 같은 법 시행령(2012.2.2. 대통령령 제23590호로 개정된 것) 별표6에 따라 연구․인력개발비 세액공제대상인 인건비에 해당한다 하여 관련 세액(법인세 2012사업연도분 OOO원, 2013사업연도분 OOO원, 2014사업연도분 OOO원, 2015사업연도분 OOO원, 2016사업연도분 OOO원, 합계 OOO원) 에 대하여 2018.2.20. 경정청구를 하였다.

(2) 처분청은 쟁점퇴직연금보험료는 위 규정에 따른 연구․인력개발비 세액공제 대상 인건비에 해당되지 아니한 것으로 보아 이 건 처분을 하였다. OOO

(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 2012.2.2. 개정된 조특법 시행령 별표6의 제1호 가목 1) 괄호에서 인건비 중소득세법제22조에 따른 퇴직소득에 해당하는 금액 및 같은 법 제29조 및법인세법제33조에 따른 퇴직급여충당금을 인건비에서 제외하도록 규정하고 있고,소득세법제22조 제1항 제2호에서 사용자 부담금을 기초로 하여 현실적인 퇴직을 원인으로 지급받는 소득을 퇴직소득으로 규정하고 있는 점, 확정기여형 퇴직연금제도에 가입한 근로자는 원칙적으로 퇴직하는 때에 비로소 연금 또는 일시금의 형태로 퇴직급여를 지급받을 수 있는 점, 근로자 퇴직급여 보장법 및 같은 법 시행령은 근로자가 퇴직연금 적립금을 중도에 인출할 수 있는 사유를 일정한 요건을 갖춘 주택구입 등으로 제한하여 규정하고 있는 점 등에 비추어 쟁점퇴직연금보험료는 원칙적으로 근로계약이 종료되는 때에 지급하는 퇴직급여의 성격이고 해당 과세연도의 연구 및 인력개발에 직접 대응되는 비용으로 보기는 어렵다 할 것이다(조심 2018중0786, 2018.5.8. 조심 2012전1813, 조심 2014전3254 조심 2016광1337, 조심 2013부4782 외 다수, 같은 뜻임).

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.