[요지] 청구법인이 20xx.x.xx. 기획재정부장관으로부터 받은 공문에는 20xx사업연도에 대하여 성실공익법인으로 확인받은 것으로 나타나는 바 청구법인은 20xx사업연도 이전은 성실공익법인으로 볼 수 없는 점, 성실공익법인은 일반 공익법인에 비하여 추가적인 세제 혜택을 받기 때문에 이를 악용할 소지가 있어 엄격한 공익성과 투명성이 요구된다는 점 등에 비추어 청구인의 주장을 받아들이기 어려움
[요지] 청구법인이 20xx.x.xx. 기획재정부장관으로부터 받은 공문에는 20xx사업연도에 대하여 성실공익법인으로 확인받은 것으로 나타나는 바 청구법인은 20xx사업연도 이전은 성실공익법인으로 볼 수 없는 점, 성실공익법인은 일반 공익법인에 비하여 추가적인 세제 혜택을 받기 때문에 이를 악용할 소지가 있어 엄격한 공익성과 투명성이 요구된다는 점 등에 비추어 청구인의 주장을 받아들이기 어려움
[주 문] 심판청구를 기각한다.
[이 유]
1. 처분개요
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
(1) 청구법인은 2015사업연도에 법령 요건을 충족한 ‘성실공익법인’에 해당하므로 특수관계법인의 주식 과다보유에 따른 가산세 부과 대상이 아니다. (가) 상증법 제48조 제9항은 특수관계법인의 주식 과다보유에 따른 가산세 부과 대상에서 성실공익법인을 제외하도록 규정하고 있고, 공익법인이 상증법 제16조 제2항 각 호 외의 부분 본문 및 같은 법 시행령 제13조 제3항에 따른 요건을 모두 갖추면 성실공익법인에 해당하는 것이다. (나) 상증법 시행령 제13조 제5항 규정을 보면, 상증법 제16조 제2항 각 호 외의 부분 본문에 따른 요건을 모두 충족한 성실공익법인은 요건의 충족여부를 기획재정부장관에게 확인받으라고 정하고 있을 뿐, 이를 받지 않은 경우 성실공익법인에서 제외하거나 가산세를 부과한다는 별도 규정은 없다(아래 ＜표1＞ 참고). ＜표1＞ 청구법인이 주장하는 성실공익법인 확인제도 (다) 청구법인은 2015년 성실공익법인 요건 검토조서의 내용과 같이 2015사업연도에 상증법 제16조 제2항 각 호 외의 본문에서 요구한 성실공익법인의 요건을 모두 갖추었으므로 특수관계법인의 주식 초과보유에 따른 가산세 부과대상에서 제외되는 성실공익법인에 해당한다.
(2) 청구법인은 2017년 기획재정부장관의 확인을 받았고, ‘국세청 질의회신’에 따라 2015사업연도에도 성실공익법인에 해당하므로 가산세 부과 제외 대상이다. (가) 국세청 질의회신(서면법규과-1319, 2014.12.16.)에 의하면 2014년에 신설된 공익법인이 2016년에 성실공익법인의 확인을 받아도 설립 이후부터 성실공익법인의 확인 신청 시까지 운용소득의 OOO% 이상을 직접 공익목적에 사용하면 최초 설립한 사업연도부터 성실공익법인으로 본다고 해석하고 있다. (나) 청구법인도 2017.8.29. 기획재정부장관으로부터 성실공익법인 확인을 받았고, 성실공익법인 확인제도가 시행된 사업연도부터 기획재정부장관의 확인 시점까지 운용소득의 OOO% 이상을 직접 공익목적에 사용하였으며, 나머지 요건도 모두 갖추고 있었다.
(3) 따라서, 청구법인은 2015년 당시 성실공익법인의 요건을 갖추었고, 2017년 기획재정부장관의 성실공익법인 확인을 받아 2015사업연도에도 특수관계법인의 주식 초과보유에 따른 가산세 부과를 배제하는 성실공익법인에 해당하므로 이 건 과세처분은 부당하다.
(1) 청구법인은 성실공익법인에 해당하지 않는다. (가) 성실공익법인의 요건은 상증법 제16조 제2항 각 호 외의 부분 본문과 같은 법 시행령 제13조 제3항에서 정하고 있으며, 2013.2.15. 상증법 시행령 제13조 제5항 성실공익법인 확인 규정을 신설하여 성실공익법인은 해당 요건 충족여부를 기획재정부장관에게 확인받고, 5년마다 재확인을 받도록 하고 있다. (나) 관계 법령의 취지는 법령상 요건을 모두 충족하고 확인 절차를 거친 성실공익법인에게만 가산세 부과를 면제한다는 것이므로, 2015사업연도에 대하여 기획재정부장관의 확인을 받지 않은 청구법인의 경우 성실공익법인으로 볼 수 없다.
(2) 청구법인은 2017년에 비로소 기획재정부장관의 확인을 받았으므로 2015사업연도에는 성실공익법인에 해당하지 않는다. (가) 상증법 시행령 부칙 제24358호(2013.2.15.) 제3조는 ‘이 영 시행 당시 종전의 규정에 따른 성실공익법인등에 해당하는 경우 이 영 시행일이 속하는 연도에 최초로 개시한 과세기간 또는 사업연도가 종료될 때까지 성실공익법인등으로 보아 이 영을 적용한다’라고 경과규정을 두고 있는바, 법령 개정 이전에 성실공익법인에 해당하더라도 시행일 다음 사업연도부터는 별도로 확인을 받아야 하는 것이다. (나) 청구법인이 예로 든 국세청 질의회신과 다른 국세청 질의회신(서면법규과-1317, 2014.12.16.)에서는 종전 성실공익법인이 2013년 개정 규정의 성실공익법인 요건충족 대상 연도는 2014년 귀속이며 요건충족 대상 사업연도의 개시일부터 개정 규정의 성실공익법인으로 본다고 하였다. (다) 또한, 다른 국세청 질의회신(서면법규과-1167, 2014.11.6.)에서도 성실공익법인의 요건을 모두 충족하였는지 여부를 기획재정부장관으로부터 확인받은 경우 성실공익법인으로 적용받는 시기는 성실공익법인의 요건을 충족한 해당 사업연도의 개시일이 되는 것이라고 되어 있다. (라) 국세청 사전답변(법규재산 2013-178, 2013.6.25.)에 의하면 총 자산가액이 OOO원 미만인 공익법인은 외부 회계감사인의 회계감사를 받지 않아도 되나, 해당 공익법인이 성실공익법인에 해당하는지 여부를 확인 요청할 때에는 감사보고서를 제출하여야 하는 것으로 보고 있다. 청구법인은 2015사업연도에 법 제16조 제2항 각 호 외의 부분 본문에서 규정된 요건 중 외부 회계감사를 받지 않았으므로 성실공익법인의 요건을 충족하지 못하였다.
(3) 이상과 같이 청구법인은 2017년에 성실공익법인으로 기획재정부장관의 확인을 받았으므로, 2015사업연도에는 성실공익법인에 해당하지 않는다고 보아 관련 법령에 따라 가산세를 부과한 이 건 처분은 정당하다.
3. 심리 및 판단
(1) 처분청이 제출한 과세근거 자료에 따르면 아래의 사실이 나타난다. (가) 처분청이 제출한 청구법인의 2015년 공익법인 결산서류 등의 공시자료에 의하면, 청구법인의 총 자산가액 OOO원 중 주식 및 출자지분 금액이 OOO이고, 해당 사업연도에 회계감사는 받지 않은 것으로 나타난다(아래 ＜표2＞에 주요내용 요약). ＜표2＞ 청구법인의 공익법인 결산서류 등의 공시자료(요약) (나) 처분청이 국세정보시스템에서 조회하여 제출한 청구법인의 2015～2016 사업연도의 법인세 신고내역은 아래 ＜표3＞과 같다. ＜표3＞ 2015～2016년 청구법인 법인세 신고내역 (다) 처분청은 청구법인의 2015년 주식보유 현황과 가산세 산출 근거가 기록되어 있는 신고적정 여부 검토보고서를 제출하였다. 이에 따르면 처분청은 청구법인이 보유기준을 초과한 특수관계에 있는 내국법인 주식의 2015사업연도말 시가 OOO원의 OOO에 해당하는 OOO원을 가산세로 산출한 것으로 나타난다(주요내용은 아래 ＜표4＞에 기재). ＜표4＞ 2015년 청구법인의 주식보유 현황․비율 및 가산세 산출근거 (라) 처분청이 제출한 과세전적부심사 자료에 의하면, 처분청은 상증법 제16조 제2항 및 같은 법 시행령 제13조 제3항의 요건과 관련하여 국세정보시스템 및 청구법인의 2015사업연도 공익법인 출연재산 등에 대한 보고서 및 첨부서류 등을 통해 전용계좌 개설 및 사용, 결산서류 공시, 운용소득의 공익목적 사용, 이사 선임 현황 등 청구법인의 요건 충족여부를 확인한 것으로 나타난다(아래 ＜표5＞에 주요내용 기재). ＜표5＞ 청구법인 요건 충족여부 확인 자료 (마) 처분청은 2017.4.26. 청구법인이 기획재정부장관으로부터 2016년 사업연도에 대한 성실공익법인 요건 충족여부를 확인받기 위해 발송한 아래 ＜표6＞의 공문을 제출하였다. ＜표6＞ 청구법인의 성실공익법인 확인 신청 공문
(2) 청구법인은 2015사업연도에 성실공익법인에 해당한다는 주장에 대한 증빙으로 아래 자료를 제출하였다. (가) 청구법인은 2017.8.29. 기획재정부장관으로부터 성실공익법인으로 확인받은 아래 ＜표7＞ 공문을 제출하였고, 이에 따르면 청구법인은 2016년에 최초로 개시한 사업연도에 대하여 성실공익법인으로 확인되었다고 기술되어 있다. ＜표7＞ 기획재정부 공문 (나) 청구법인은 아래 ＜표8＞과 같이 2015년 성실공익법인 요건 검토조서를 제출하였다. ＜표8＞ 2015년 성실공익법인 요건 검토조서(요약) (다) 청구법인은 아래 ＜표9＞와 같이 2015사업연도 대차대조표와 손익계산서를 제출하였다. ＜표9＞ 2015사업연도 대차대조표 및 손익계산서
(3) 기획재정부장관에 의한 성실공익법인 요건 충족여부 확인을 규정한 상증법 시행령 제13조 제5항의 개정이유 및 기획재정부의 2012 간추린 개정세법 자료에 따르면 아래의 사실이 나타난다. (가) 상증법 시행령 제13조 제5항은 2013.2.15. 대통령령 제24358호로 신설되었고, 법령개정이유[결정서 6쪽 각주1) 참조]에 따르면 성실공익법인은 일반 공익법인에 비해 추가적인 세제혜택을 받으므로 이에 상응하는 공익성과 투명성이 필요하여 자격요건을 강화함과 동시에 요건 충족여부를 확인받도록 의무화하였다고 한다. 또한, 기획재정부의 2012 간추린 개정세법(아래 ＜표10＞)의 개정이유도 성실공익법인 요건 위반 시 즉시 그 자격을 상실하고 증여세 등을 추징하기 위해 요건 충족여부 확인을 의무화한 것이라고 한다. ＜표10＞ 2012 간추린 개정세법(일부) (나) 상증법 시행령 부칙 제3조 경과규정(아래 ＜표11＞)에 따르면 성실공익법인 요건 충족여부 확인 의무화 규정(제13조 제5항)은 2013년부터 적용하되, 종전 규정에 따른 성실공익법인의 경우 2013년 사업연도(과세기간) 종료 시까지 성실공익법인으로 본다고 규정하였다. ＜표11＞ 상증법 시행령 부칙 경과규정 부칙 ＜제24358호, 2013.2.15.＞ 제3조(공익법인출연재산에 대한 출연방법 등과 관련한 성실공익법인등의 요건 등에 관한 적용례 등) 제13조 제3항 제3호ㆍ제4호, 제5항 및 제14항의 개정규정은 이 영 시행일이 속하는 연도에 최초로 개시하는 과세기간 또는 사업연도분부터 적용하되, 이 영 시행 당시 종전의 규정에 따른 성실공익법인등에 해당하는 경우 이 영 시행일이 속하는 연도에 최초로 개시한 과세기간 또는 사업연도가 종료될 때까지 성실공익법인등으로 보아 이 영을 적용한다.
(4) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 2015사업연도에 성실공익법인에 해당하므로 특수관계에 있는 내국법인의 주식 과다보유에 따른 가산세의 부과대상이 아니라고 주장하나, 성실공익법인 확인 제도가 최초 도입된 2013.2.15. 시행된 상증법 시행령 개정안 부칙 제3조에는 종전 규정에 따른 성실공익법인은 개정안의 시행일이 속하는 연도에 최초로 개시한 과세기간 또는 사업연도가 종료될 때까지만 성실공익법인으로 본다고 규정하고 있는 반면, 청구법인이 2017.8.29. 기획재정부장관으로부터 받은 공문에는 2016사업연도에 대하여 성실공익법인으로 확인받은 것으로 나타나는바 청구법인은 2016사업연도 이전은 성실공익법인으로 볼 수 없는 점, 성실공익법인은 일반 공익법인에 비하여 추가적인 세제 혜택을 받기 때문에 이를 악용할 소지가 있어 엄격한 공익성과 투명성이 요구된다는 점 등에 비추어 청구인의 주장을 받아들이기 어렵다. 따라서 처분청이 2015사업연도에 성실공익법인에 해당하지 아니한 것으로 보아 청구법인에게 증여세(가산세)를 과세한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.
4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다. ＜별지＞ 관련 법령
(1) 상속세 및 증여세법(2015.12.15. 법률 제13557호로 개정되기 이전의 것) 제16조 [공익법인 등의 출연재산에 대한 상속세 과세가액 불산입] ② 제1항을 적용할 때 내국법인의 의결권 있는 주식 또는 출자지분(이하 이 조와 제48조, 제49조 및 제78조 제4항ㆍ제7항에서 "주식등"이라 한다)을 출연하는 경우로서 출연하는 주식등과 다음 각 호의 어느 하나의 주식등을 합한 것이 그 내국법인의 의결권 있는 발행주식총수 또는 출자총액(이하 이 조와 제48조, 제49조 및 제63조 제3항에서 "발행주식총수등"이라 한다)의 100분의 5[제50조 제3항에 따른 외부감사, 제50조의2에 따른 전용계좌의 개설 및 사용, 제50조의3에 따른 결산서류등의 공시, 제51조에 따른 장부의 작성ㆍ비치, 그 밖에 대통령령으로 정하는 요건을 모두 갖춘 공익법인등(이하 "성실공익법인등"이라 한다)에 출연하는 경우에는 100분의 10]를 초과하는 경우에는 그 초과하는 가액을 상속세 과세가액에 산입한다. 다만, 제49조 제1항 각 호 외의 부분 단서에 해당하는 공익법인등으로서 독점규제 및 공정거래에 관한 법률 제9조에 따른 상호출자제한기업집단(이하 "상호출자제한기업집단"이라 한다)과 특수관계에 있지 아니한 공익법인등에 그 공익법인등의 출연자와 특수관계에 있지 아니한 내국법인의 주식등을 출연하는 경우로서 대통령령으로 정하는 경우와 상호출자제한기업집단과 특수관계에 있지 아니한 성실공익법인등(공익법인등이 설립된 날부터 3개월 이내에 주식등을 출연받고, 설립된 사업연도가 끝난 날부터 2년 이내에 성실공익법인등이 되는 경우를 포함한다)이 발행주식총수등의 100분의 10을 초과하여 출연받은 경우로서 초과보유일부터 3년 이내에 초과하여 출연받은 부분을 매각[주식등의 출연자 또는 그의 대통령령으로 정하는 특수관계인(이하 이 조에서 "특수관계인"이라 한다)에게 매각하는 경우는 제외한다]하는 경우에는 그러하지 아니하다.
1. 출연자가 출연할 당시 해당 공익법인등이 보유하고 있는 동일한 내국법인의 주식등
2. 출연자 및 그의 특수관계인이 해당 공익법인등 외의 다른 공익법인등에 출연한 동일한 내국법인의 주식등 제48조 [공익법인등이 출연받은 재산에 대한 과세가액 불산입등] ⑨ 공익법인등(국가나 지방자치단체가 설립한 공익법인등 및 이에 준하는 것으로서 대통령령으로 정하는 공익법인등과 성실공익법인등은 제외한다)이 대통령령으로 정하는 특수관계에 있는 내국법인의 주식등을 보유하는 경우로서 그 내국법인의 주식등의 가액이 총 재산가액의 100분의 30(제50조 제3항에 따른 외부감사, 제50조의2에 따른 전용계좌의 개설 및 사용과 제50조의3에 따른 결산서류등의 공시를 이행하는 공익법인등에 해당하는 경우에는 100분의 50)을 초과하는 경우에는 제78조 제7항에 따른 가산세를 부과한다. 이 경우 그 초과하는 내국법인의 주식등의 가액 산정에 관하여는 대통령령으로 정한다. 제50조 [공익법인등에 대한 외부전문가의 세무확인] ③ 공익법인등은 과세기간별 또는 사업연도별로 주식회사의 외부감사에 관한 법률 제3조에 따른 감사인에게 회계감사를 받아야 한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 공익법인등은 그러하지 아니하다.
1. 자산 규모가 대통령령으로 정하는 규모 미만인 공익법인등
2. 사업의 특성을 고려하여 대통령령으로 정하는 공익법인등 제78조 [가산세 등] ⑦ 세무서장등은 공익법인등이 제48조 제9항에 따른 내국법인의 주식등의 보유기준을 초과하여 주식등을 보유하는 경우에는 매 사업연도 말 현재 그 초과하여 보유하는 주식등의 시가의 100분의 5에 상당하는 금액을 대통령령으로 정하는 바에 따라 그 공익법인등이 납부할 세액에 가산하여 부과한다.
(2) 상속세 및 증여세법 시행령(2016.2.5. 대통령령 제26960호로 개정되기 이전의 것) 제13조 [공익법인 출연재산에 대한 출연방법등] ③ 법 제16조 제2항 각 호 외의 부분 본문에서 "대통령령으로 정하는 요건"이란 다음 각 호의 요건을 말한다.
1. 해당 공익법인등의 운용소득(제38조 제5항에 따른 운용소득을 말한다)의 100분의 80 이상을 직접 공익목적사업에 사용할 것
2. 출연자(재산출연일 현재 해당 공익법인등의 총출연재산가액의 100분의 1에 상당하는 금액과 2천만원 중 적은 금액을 출연한 자는 제외한다) 또는 그의 특수관계인이 공익법인등의 이사 현원(이사 현원이 5명에 미달하는 경우에는 5명으로 본다)의 5분의 1을 초과하지 아니할 것
3. 법 제48조 제3항에 따른 자기내부거래를 하지 아니할 것
4. 법 제48조 제10항 전단에 따른 광고ㆍ홍보를 하지 아니할 것
⑤ 법 제16조 제2항 각 호 외의 부분 본문에 따른 성실공익법인등(이하 "성실공익법인등"이라 한다)은 해당 요건을 모두 충족하였는지 여부를 주무관청을 통하여 기획재정부장관에게 확인받아야 하고, 이후 5년마다 재확인받아야 한다. 이 경우 기획재정부장관은 관련 사실을 확인하여 성실공익법인등에 해당하는지 여부를 해당 공익법인등과 주무관청에 통보하여야 한다. 제38조 [공익법인등이 출연받은 재산의 사후관리] ⑤ 법 제48조 제2항 제5호에서 운용소득과 관련된 "대통령령으로 정하는 기준금액"이란 제1호에 따라 계산한 금액에서 제2호의 금액을 뺀 금액(이하 이 항에서 "운용소득"이라 한다)의 100분의 70에 상당하는 금액(이하 이 항에서 "사용기준금액"이라 한다)을 말한다. 이 경우 직전 과세기간 또는 사업연도에서 발생한 운용소득을 사용기준금액에 미달하게 사용한 경우에는 그 미달하게 사용한 금액(법 제78조 제9항에 따른 가산세를 뺀 금액을 말한다)을 운용소득에 가산한다.
1. 해당 과세기간 또는 사업연도의 수익사업에서 발생한 소득금액(출연재산과 관련이 없는 수익사업에서 발생한 소득금액 및 법 제48조 제2항 제4호에 따른 출연재산 매각금액을 제외하고, 법인세법 제29조 제1항의 규정에 의한 고유목적사업준비금과 해당 과세기간 또는 사업연도 중 고유목적사업비로 지출된 금액으로서 손금에 산입된 금액을 포함한다)과 출연재산을 수익의 원천에 사용함으로써 생긴 소득금액의 합계액
2. 해당 소득에 대한 법인세 또는 소득세ㆍ농어촌특별세ㆍ주민세 및 이월결손금
⑬ 법 제48조 제9항 후단에서 "그 초과하는 내국법인의 주식등의 가액"이란 각 사업연도 종료일 현재 제1호의 가액에서 제2호의 가액의 100분의 30(법 제50조 제3항에 따른 외부감사, 법 제50조의2에 따른 전용계좌의 개설 및 사용과 법 제50조의3에 따른 결산서류등의 공시를 이행하는 공익법인등에 해당하면 100분의 50)에 해당하는 금액을 차감하여 계산한 가액을 말한다.
1. 법인세법 시행령 제74조 제1항 제1호 마목의 규정에 의한 당해 내국법인의 주식등의 취득가액과 대차대조표상의 가액 중 적은 금액
2. 공익법인등의 총재산(당해 내국법인의 주식등을 제외한다)에 대한 대차대조표상의 가액에 제1호의 가액을 가산한 가액 제80조 [가산세등] ⑥ 법 제78조 제4항의 규정에 의한 보유기준을 초과하여 보유하는 주식등에 대한 가산세를 부과함에 있어서는 나중에 취득한 주식등부터 이를 부과한다.
⑪ 제6항의 규정은 법 제78조 제7항의 규정에 의한 가산세의 부과에 관하여 이를 준용한다. 부칙 ＜제24358호, 2013.2.15.＞ 제3조(공익법인출연재산에 대한 출연방법 등과 관련한 성실공익법인등의 요건 등에 관한 적용례 등) 제13조 제3항 제3호ㆍ제4호, 제5항 및 제14항의 개정규정은 이 영 시행일이 속하는 연도에 최초로 개시하는 과세기간 또는 사업연도분부터 적용하되, 이 영 시행 당시 종전의 규정에 따른 성실공익법인등에 해당하는 경우 이 영 시행일이 속하는 연도에 최초로 개시한 과세기간 또는 사업연도가 종료될 때까지 성실공익법인등으로 보아 이 영을 적용한다.