양도 당시 철거가 예정되어 있었으므로 쟁점건물의 양도에 대하여 부가가치세를 과세한 처분은 위법하다는 청구주장의 당부

[주 문] 심판청구를 기각한다. [이 유]

• 가. 청구인은 2002.5.4. 서울특별시 강서구 OOO 토지 584㎡를 취득하고, 2006.11.3. 건물 265.5㎡(이하 “쟁점건물”이라 하고, 토지와 쟁점건물을 합하여 “쟁점부동산”이라 한다)을 신축하여 부동산임대업을 영위하다가 2017.1.10. 양도금액 OOO억 OOO만원에 주택신축판매업자 신OOO과 김OOO(이하 2명을 “양수인들”이라 한다)에게 양도하였고, 쟁점건물의 양도와 관련하여 2017년 제1기 부가가치세를 신고하지 아니하였다.
• 나. 대구지방국세청장은 2017.9.4.∼2017.9.21.까지 처분청에 대한 종합감사를 실시한 결과, 청구인이 양도소득세 신고서 상 쟁점건물의 양도가액으로 기재한 OOO원에 대한 부가가치세를 신고하지 아니한 것으로 확인하여 감사지시를 하였고, 이에 따라 처분청은 과세표준을 OOO억 OOO만원으로 하여 2018.2.23. 청구인에게 2017년 제1기 부가가치세 OOO원을 경정․고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2018.5.24. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 양수인들은 쟁점부동산에 새로운 주택을 신축판매할 목적으로 쟁점부동산을 매입한 것이므로 양수인들에게 쟁점건물은 전혀 불필요한 것이었는바, 건물의 매매가액은 없는 것으로 정하고 토지만을 평당 OOO만원으로 하여 매매가액을 산정(OOO만원 ×177평 = OOO억 OOO만원)하였던 것이고, 청구인이 양도소득세 신고시 기재한 쟁점건물의 양도가액(OOO원)은 취득가액을 산정하기 위한 기초금액일 뿐, 동 금액을 부가가치세법상 양도 당시의 시가 또는 실지거래가액으로 볼 수 없는 것인바, 양도 당시 철거가 예정되어 있었고 실제로 철거되어 그 시가가 ‘0원’이거나, ‘가치가 거의 없는 것’인 쟁점건물에 대하여 양도소득세 신고서 상 양도가액을 시가로 보아 부가가치세를 과세한 처분은 위법하다.
• 나. 처분청 의견 청구인은 쟁점부동산 매매계약시 건물을 포함한 토지를 양도하고 실제 건물에 대한 대가를 받았음에도 부가가치세가 문제될 것임을 알고 추가적으로 매매계약서를 1부 더 작성한 것으로 추정되므로, 건물을 포함하여 일괄양도하고 이를 근거로 양도소득세 신고 시 제출한 매매계약서에 근거하여 부가가치세법 시행령 제64조 에 따라 기준시가에 의해 안분하여 부가가치세를 과세한 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 양도 당시 철거가 예정되어 있었으므로 쟁점건물의 양도에 대하여 부가가치세를 과세한 처분은 위법하다는 청구주장의 당부
• 나. 관련 법령 (1) 부가가치세법 제4조【과세대상】 부가가치세는 다음 각 호의 거래에 대하여 과세한다.

1. 사업자가 행하는 재화 또는 용역의 공급 제9조【재화의 공급】① 재화의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 따라 재화를 인도(引渡)하거나 양도(讓渡)하는 것으로 한다.

③ 제1항의 공급가액은 다음 각 호의 가액을 말한다. 이 경우 대금, 요금, 수수료, 그 밖에 어떤 명목이든 상관없이 재화 또는 용역을 공급받는 자로부터 받는 금전적 가치 있는 모든 것을 포함하되, 부가가치세는 포함하지 아니한다.

1. 금전으로 대가를 받는 경우: 그 대가. 다만, 그 대가를 외국통화나 그 밖의 외국환으로 받은 경우에는 대통령령으로 정한 바에 따라 환산한 가액 제29조【과세표준】① 재화 또는 용역의 공급에 대한 부가가치세의 과세표준은 해당 과세기간에 공급한 재화 또는 용역의 공급가액을 합한 금액으로 한다.

⑨ 사업자가 토지와 그 토지에 정착된 건물 또는 구축물 등을 함께 공급하는 경우에는 건물 또는 구축물 등의 실지거래가액을 공급가액으로 한다. 다만, 실지거래가액 중 토지의 가액과 건물 또는 구축물 등의 가액의 구분이 불분명한 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액을 공급가액으로 한다. (2) 부가가치세법 시행령 제64조【토지와 건물 등을 함께 공급하는 경우 건물 등의 공급가액 계산】법 제29조 제9항 단서에 따라 실지거래가액 중 토지의 가액과 건물 또는 구축물 등(이하 이 조에서 "건물등"이라 한다)의 가액의 불분명한 경우에는 다음 각 호의 구분에 따라 계산한 금액을 공급 가액으로 한다.

1. 토지와 건물등에 대한 소득세법제99조에 따른 기준시가(이하 이 조에서 "기준시가"라 한다)가 모두 있는 경우: 공급 계약일 현재의 기준시가에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분(按分) 계산한 금액. 다만, 감정평가가액[제28조에 따른 공급시기(중간지급조건부 또는 장기할부판매의 경우는 최초 공급 시기)가 속하는 과세기간의 직전 과세기간 개시일부터 공급시기가 속하는 과세기간의 종료일까지 감정평가 및 감정평가사에 관한 법률 제2조 제4호 에 따른 감정평가업자가 평가한 감정평가가액을 말한다. 이하 이 조에서 같다]이 있는 경우에는 그 가액에 비례하여 안분 계산한 금액으로 한다.

• 다. 사실관계 및 판단 (1) 청구인의 양도소득세 신고시 제출한 쟁점부동산 매매계약서에 의하면, 매매대상은 “대지 584㎡, 건물 265.5㎡”로 명기되어 있고, 일괄양도로 양도가액 OOO억 OOO만원이 기재되어 있으며, 청구인과 양수인들이 자신들의 필체로 서명하고 각자의 도장을 날인한 것으로 확인된다.

(2) 양도소득과세표준 신고 및 납부계산서에 의하면, 청구인은 총 양도가액 OOO원 중 OOO원을 쟁점건물의 양도가액으로, 환산취득가액인 OOO원을 쟁점건물의 취득가액으로 하고, 기타 필요경비 OOO원, 장기보유특별공제 OOO원을 각각 공제한 OOO원을 쟁점건물 관련 양도소득금액으로 하여 양도소득세를 신고한 것으로 확인된다.

(3) 청구인이 양도소득세 신고 시 제출한 매매계약서(이하 “쟁점계약서①”이라 한다)는 청구인 및 양수인들이 모두 서명 및 날인한 반면, 추후 제출한 토지만 양도하는 것으로 작성한 매매계약서(이하 “쟁점계약서②”라 한다)는 쟁점계약서①과 양식이 상이하고, 당사자들의 서명이 없이 도장만 날인되어 있는 것으로 확인되며, 쟁점계약서②에 날인된 양수인들의 도장은 쟁점계약서①에 날인된 것과 상이한 것으로 확인되고, 청구인이 쟁점부동산의 양수인들과 2017.1.16. 계약한 서울특별시 강서구 OOO(쟁점부동산과 연접한 토지로 이하 “연접토지”라 한다) 계약서(이하 “비교계약서”라 한다)와 비교시, 쟁점계약서①은 비교계약서와 계약서상 양수인들의 서명․인장 날인 및 양식이 동일한 반면, 쟁점계약서②는 양수인들의 서명이 없고 계약서 양식 및 인장이 쟁점계약서① 및 비교계약서와 다른 것으로 확인된다.

(4) 쟁점계약서②의 특약사항에는 “현 세입자(OOO)는 매수인이 명도하기로 한다”라고 기재되어 있어, 양도일 현재 건물이 존재하였고, 그 건물의 멸실 등 처분이 양수인들의 계산과 책임으로 이루어진다고 명시한 것으로 나타난다.

(5) 쟁점건물 등기사항전부증명서에 의하면, 쟁점건물은 지상1층 265.5㎡의 일반철골구조 (철근)콘크리트지붕 제1종근린생활시설로, 2006.11.3. 청구인 명의로 소유권보존 등기되었고, 2017.1.16. 매매를 원인으로 양수인들에게 소유권이전 되었으며, 2017.1.20. 멸실(등기접수일 2017.4.10.)된 것으로 등기되어 있다.

(6) 양지주택 사업자등록증에 의하면, 양수인들은 공동사업자로서 2017.3.6. 쟁점부동산 소재지를 주소지로 하여 ‘OOO주택’이라는 상호로 ‘주택신축판매업’ 사업자등록을 하였고, 개업일은 2017.1.16.로 기재되어 있다.

(7) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구인은 쟁점건물의 양도 당시 쟁점건물의 철거가 예정되어 있었으므로 쟁점건물의 양도에 대하여 부가가치세를 과세한 처분은 부당하다고 주장하나, 비록 양수인들이 토지만을 사용할 목적으로 쟁점부동산을 취득하였다 하더라도 청구인과 양수인들은 토지와 건물을 일괄하여 거래하였고, 쟁점건물은 양수인들이 자신의 비용으로 철거한 것으로 확인되므로 쟁점건물의 양도를 부가가치세 과세대상인 재화의 공급에 해당하는 것으로 볼 수 있는 점(조심 2014전1507, 2014.5.20. 외 다수, 같은 뜻임), 쟁점토지와 연접토지를 단기간 내에 양수인들에게 양도함에 있어 각 토지 기준시가 대비 양도가액을 비교해보면 쟁점토지의 양도가액이 기준시가 대비 더 높은 가액으로 책정된 것으로 확인되므로 양 당사자 간에 쟁점건물에 대한 소정의 대가(권리금 등)를 합의한 것으로 추정할 수 있고, 이 경우 쟁점부동산 양도가액에는 쟁점건물의 공급가액이 포함되어 있다고 보는 것이 타당한 점 등에 비추어 청구주장을 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.