조세심판원 심판청구 법인세

창업중소기업 세액감면 대상으로 볼 수 있는지 여부

사건번호 조심-2018-서-2607 선고일 2018.12.27

벤처기업육성에 관한 특별조치법상 벤처기업 확인서의 유효기간 만료는 취소사유에 해당하지 아니하는 점, 청구법인의 관리소홀로 그 확인(갱신)을 누락한 것으로 나타나고 다시 벤처기업으로 확인받은 사실로 볼 때 법인 실체가 그 사이에 변경된 것으로는 보이지 아니하는 점 등에 비추어 이 건 처분은 잘못이 있는 것으로 판단됨

[주 문] OOO장이 2018.3.8. 청구법인에게 한 2016사업연도 법인세 OOO원의 부과처분은 이를 취소한다. [이 유]

1. 처분개요
  • 가. 청구법인은 2014.3.7. 벤처기업육성에 관한 특별조치법 제25조의 규정에 의하여 벤처기업으로 확인받았으며(유효기한: 2016.3.14.), 2016사업연도 법인세 신고시 창업중소기업에 대한 세액감면을 신청하여 OOO원을 감면받았다.
  • 나. 처분청은 2016.12.31. 현재 벤처기업 확인 유효기간이 만료되었다는 이유로 위 감면세액을 부인하고 2018.3.8. 청구법인에게 2016사업연도 법인세 OOO원을 경정ㆍ고지하였다.
  • 다. 청구법인은 이에 불복하여 2018.5.17. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

  • 가. 청구법인 주장 OOO의 기술성 평가는 경영주 기술능력, 기술성, 사업성을 평가항목으로 하고 있으며, 청구법인은 대표이사 및 직원의 기술성과 사업성을 인정받아 벤처기업으로 확인받았다. 관리소홀로 벤처기업 확인서를 갱신하지 못하였으나, 2016사업연도 종료일 현재, 경영진이 그대로 유지되고 기술성과 사업성은 오히려 향상되었으므로 벤처기업으로 확인받았을 것임은 자명하다. 조세특례제한법 제6조 제2항 단서는 벤처기업 확인이 취소된 경우에 한해 감면을 배제하고 있는바 유효기간 만료는 취소사유에 해당하지 아니한다. 또한 벤처기업육성에 관한 특별조치법 제25조의2에는 벤처기업 확인기관의 장이 확인을 취소할 수 있는 경우를 열거하고 있는바 청구법인은 이에 해당하지 않는다. 따라서 감면세액을 추징한 이 건 처분은 부당하다.
  • 나. 처분청 의견 창업중소기업 세액감면을 적용받을 수 있는 벤처기업은 조세특례제한법 제6조 제2항 에 벤처기업육성에 관한 특별조치법 제25조에 따라 벤처기업으로 확인받은 기업의 경우로 명시되어 있으므로 벤처기업 확인 유효기간이 만료된 경우 그 날이 속하는 사업연도는 세액감면을 적용할 수 없다.
3. 심리 및 판단
  • 가. 쟁점 창업중소기업 세액감면 대상으로 볼 수 있는지 여부
  • 나. 관련 법령 (1) 조세특례제한법 제6조 【창업중소기업 등에 대한 세액감면】벤처기업육성에 관한 특별조치법 제2조 제1항에 따른 벤처기업(이하 “벤처기업”이라 한다) 중 대통령령으로 정하는 기업으로서 창업 후 3년 이내에 같은 법 제25조에 따라 2015년 12월 31일까지 벤처기업으로 확인받은 기업(이하 “창업벤처중소기업”이라 한다)의 경우에는 그 확인받은 날 이후 최초로 소득이 발생한 과세연도(벤처기업으로 확인받은 날부터 5년이 되는 날이 속하는 과세연도까지 해당 사업에서 소득이 발생하지 아니하는 경우에는 5년이 되는 날이 속하는 과세연도)와 그 다음 과세연도의 개시일부터 4년 이내에 끝나는 과세연도까지 해당 사업에서 발생한 소득에 대한 소득세 또는 법인세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다. 다만, 제1항을 적용받는 경우는 제외하며, 감면기간 중 벤처기업의 확인이 취소된 경우에는 취소일이 속하는 과세연도부터 감면을 적용하지 아니한다.

(2) 벤처기업육성에 관한 특별조치법 제2조【정의】 ① 벤처기업 이란 제2조의2의 요건을 갖춘 기업을 말한다. 제2조의2 【벤처기업의 요건】 ① 벤처기업은 다음 각 호의 요건을 갖추어야 한다.

1. 중소기업기본법 제2조 에 따른 중소기업(이하 “중소기업”이라 한다)일 것

2. 다음 각 목의 어느 하나에 해당할 것

  • 가. 다음 각각의 어느 하나에 해당하는 자의 투자금액의 합계(이하 이 목에서 “투자금액의 합계”라 한다) 및 기업의 자본금 중 투자금액의 합계가 차지하는 비율이 각각 대통령령으로 정하는 기준 이상인 기업 (1) 중소기업창업 지원법 제2조 제4호 에 따른 중소기업창업투자회사(이하 “중소기업 창업투자회사”라 한다) (2) 중소기업창업 지원법 제2조 제5호 에 따른 중소기업창업투자조합(이하 “중소기업 창업투자조합”이라 한다) (3) 여신전문금융업법 제2조 제14호 에 따른 신기술사업금융업을 영위하는 자(이하 “신기술사업금융업자”라 한다) (4) 여신전문금융업법 제41조 제3항 에 따른 신기술사업투자조합(이하 “신기술사업투자조합”이라 한다)

(5) 제4조의3에 따른 한국벤처투자조합

(6) 제4조의8에 따른 전담회사

(7) 중소기업에 대한 기술평가 및 투자를 하는 금융기관으로서 대통령령으로 정하는 기관

(8) 투자실적, 경력, 자격요건 등 대통령령으로 정하는 기준을 충족하는 개인

  • 나. 기업(기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률 제14조 제1항 제2호 에 따른 기업부설연구소를 보유한 기업만을 말한다)의 연간 연구개발비와 연간 총매출액에 대한 연구개발비의 합계가 차지하는 비율이 각각 대통령령으로 정하는 기준 이상이고, 대통령령으로 정하는 기관으로부터 사업성이 우수한 것으로 평가받은 기업
  • 다. 다음 각각의 요건을 모두 갖춘 기업[창업하는 기업에 대하여는 (3)의 요건만 적용한다]

(1) 기술신용보증기금법에 따른 기술신용보증기금(이하 “기술신용보증기금”이라 한다)이 보증(보증가능금액의 결정을 포함한다)을 하거나, 중소기업진흥에 관한 법률 제68조 에 따른 중소기업진흥공단(이하 “중소기업진흥공단”이라 한다) 등 대통령령으로 정하는 기관이 개발기술의 사업화나 창업을 촉진하기 위하여 무담보로 자금을 대출(대출가능금액의 결정을 포함한다)할 것

(2) (1)의 보증 또는 대출금액과 그 보증 또는 대출금액이 기업의 총자산에서 차지하는 비율이 각각 대통령령으로 정하는 기준 이상일 것

(3) (1)의 보증 또는 대출기관으로부터 기술성이 우수한 것으로 평가를 받을 것

② 제1항 제2호 나목 및 다목(3)에 따른 평가기준과 평가방법 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 제25조【벤처기업의 해당 여부에 대한 확인】 ① 벤처기업으로서 이 법에 따른 지원을 받으려는 기업은 벤처기업 해당 여부에 관하여 기술신용보증기금 등 대통령령으로 정하는 기관이나 단체(이하 “벤처기업확인기관”이라 한다)의 장에게 확인을 요청할 수 있다.

② 벤처기업확인기관의 장은 제1항에 따라 확인 요청을 받으면 산업통상자원부령으로 정하는 기간 내에 확인하여 그 결과를 요청인에게 알려야 한다. 이 경우 그 기업이 벤처기업에 해당될 때에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 유효기간을 정하여 벤처기업확인서를 발급하여야 한다.

③ 벤처기업확인기관의 장은 벤처기업 확인의 투명성을 확보하기 위하여 대통령령으로 정하는 바에 따라 확인된 벤처기업에 관한 정보를 공개할 수 있다. 다만, 다음 각 호의 정보는 공개하여서는 아니 된다.

1. 부정경쟁방지 및 영업비밀보호에 관한 법률 제2조 제2호 에 따른 영업비밀

2. 대표자의 주민등록번호 등 개인에 관한 사항

④ 제1항과 제2항에 따른 확인 절차 등에 관하여 필요한 사항은 산업통상자원부령으로 정한다. 제25조의2【벤처기업 확인의 취소】① 벤처기업확인기관의 장은 벤처기업이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하면 제25조 제2항에 따른 확인을 취소할 수 있다. 다만, 제1호에 해당하는 경우에는 확인을 취소하여야 한다.

1. 거짓이나 그 밖의 부정한 방법으로 벤처기업임을 확인받은 경우

2. 제2조의2의 벤처기업의 요건을 갖추지 아니하게 된 경우

3. 휴업ㆍ폐업 또는 파산 등으로 대통령령으로 정하는 기간 동안 기업활동을 하지 아니하는 경우

4. 대표자ㆍ최대주주 또는 최대출자사원 등이 기업재산을 유용(유용)하거나 은닉(은닉)하는 등 기업경영과 관련하여 주주ㆍ사원 또는 이해관계인에게 피해를 입힌 경우 등 대통령령으로 정하는 경우

② 벤처기업확인기관의 장은 제1항에 따라 벤처기업의 확인을 취소하려면 청문을 실시하여야 한다.

  • 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인은 2011.7.21.부터 소프트웨어 개발 및 판매업을 영위하고 있으며, OOO으로부터 3회에 걸쳐 벤처기업으로 확인받 았다. 그 내용은 다음과 같다.

(2) 처분청은 청구법인에 대한 벤처기업 확인서의 유효기간이 2016.3.14. 만료되어, 2016.12.31. 현재 감면대상 벤처기업에 해당하지 아니한다고 보고, 이 건 법인세를 과세하였다.

(3) 청구법인은 2014.3.7. 벤처기업으로 확인받을 당시의 기술능력 등이 2016사업연도말에도 그대로 유지되었으므로 감면대상 벤처기업으로 인정되어야 한다고 주장한다. 국세청 전산자료와 청구법인 조직도에 의하면 청구법인은 연구개발부와 솔류션 기술팀 2개 부서로 구성되어 있고, OOO 등 최초 경영진 4명이 계속 근무하고 있는 것으로 나타난다.

(4) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여 살피건대, 처분청은 청구법인에 대한 벤처기업 확인서의 유효기간이 만료되어 창업중소기업 세액감면을 적용할 수 없다는 의견이나, 조세특례제한법 제6조 제2항 에 의하면 벤처기업육성에 관한 특별조치법에 따라 벤처기업으로 확인받은 경우 세액을 감면하되, 그 확인이 취소된 경우 세액을 감면하지 아니한다고 규정되어 있는바, 벤처기업육성에 관한 특별조치법상 벤처기업 확인서의 유효기간 만료는 취소사유에 해당하지 아니하는 점, 청구법인은 벤처기업 확인이 취소된 것이 아니라 관리소홀로 그 확인(갱신)을 누락한 것으로 나타나고 다시 벤처기업으로 확인받은 사실로 볼 때 법인 실체가 그 사이에 변경된 것으로는 보이지 아니하는 점 등에 비추어 처분청이 벤처기업 확인서의 유효기간이 만료되었다는 이유만으로 창업중소기업 세액감면을 부인하고 법인세를 과세한 이 건 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다(조심 2008서4180, 2009.6.23. 등 같은 뜻임).

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

결정내용은 붙임과 같습니다.

원본 출처 (국세법령정보시스템)