쟁점주식이 대주주가 양도하는 중소기업 주식에 해당하는 것으로 보아 20% 양도세율을 적용한 처분의 당부

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구인은 2016.8.3. 주식회사 OOO가 발행한 비상장주식OOO주(이하 “쟁점주식”이라 한다)를 양도하고 2016.10.31. 쟁점주식 양도에 대한 양도소득세 예정신고를 하면서 구 소득세법(2015.12.15. 법률 제13558호로 일부개정된 것, 이하 같다) 제104조 제1항 제11호 나목이 규정한 10%의 양도소득세 세율을 적용하여 2016년 귀속 양도소득세 OOO을 신고‧납부하였다가, 2017.3.17. 수정신고를 하면서 쟁점주식이 대주주가 양도하는 중소기업의 주식에 해당한다고 보아 구 소득세법 제104조 제1항 제11호 다목이 규정한 20%의 세율을 적용하여 2016년 귀속 양도소득세 합계 OOO원 포함)을 추가 신고‧납부하였다.
• 나. 이후 다시 청구인은 자신이 주권상장법인의 대주주가 아니므로 구 소득세법 제104조 제1항 제11호 나목이 규정한 10%의 양도소득세 세율이 적용되어야 한다고 하면서 2018.1.8. 2016년 귀속 양도소득세 OOO원의 환급을 구하는 경정청구를 제기하였다.
• 다. 처분청은 쟁점주식이 대주주가 양도하는 중소기업의 주식에 해당하여 20%의 양도소득세 세율 적용 대상이라고 하면서 2018.1.22. 경정청구 거부처분을 하였다.
• 라. 청구인들은 이에 불복하여 2018.4.16. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 쟁점주식 양도 당시 시행중이던 소득세법 제104조 제1항 제11호 나목에 의하면 “대주주”가 아닌 자가 양도하는 중소기업의 주식에 대해서는 10%의 양도소득세 세율을 적용하도록 규정하고 있고, 한편 “대주주”에 대해서는 소득세법 제94조 제1항 제3호 가목에서 정의하고 있는바, 동 규정에서는 “주권상장법인의 주식 등으로서 대통령령으로 정하는 대주주”라고 함으로써 그 문언상 ① 주권상장법인의 주식일 것, 그리고 ② 대통령령이 정하는 대주주일 것이라는 두 가지 요건을 모두 충족하여야 대주주에 해당하는 것으로 해석된다. 이는 2016.12.20. 법률 제14389호로 개정된 소득세법 제104조 제1항 제11호 나목에서 대주주 정의를 같은 법 제94조를 준용하지 아니하고 별도로 같은 법 시행령 제167조의8 제1항에 위임함으로써 주권상장법인의 대주주와 주권비상장법인의 대주주를 모두 포함하도록 규정한 것과 비교하면 개정 전 법령은 비상장법인의 주식인 경우에는 대주주에서 제외되는 것이 더욱 명확하다. 따라서 청구인의 경우 지분율 등이 대주주 요건에 해당한다고 하더라도 쟁점주식은 주권상장법인의 주식에 해당하지 아니하므로 소득세법 제104조 제1항 제11호 나목의 “대주주”에 해당하지 아니하고, 그렇다면 중소기업 주식 세율 10%가 적용되어야 한다.
• 나. 처분청 의견 2015.12.15. 개정된 소득세법 제104조 제1항 제11호 나목에서 규정하고 있는 “대주주”는 같은 법 제94조에서 대통령령에 위임하고 있는 “대주주”의 범위와 동일한 것으로 보아야 하고, 같은 법 시행령 제157조는 “대주주”를 상장주식 및 비상장주식의 대주주를 모두 포함하는 개념으로 규정하고 있다. 따라서 소득세법 제104조 제1항 제11호 나목의 “대주주”를 주권상장법인의 대주주만을 의미하는 것으로 해석해야 한다는 청구인들의 주장은 받아들이기 어려우므로 처분청이 청구인의 경정청구를 거부한 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 쟁점주식이 대주주가 양도하는 중소기업 주식에 해당하는 것으로 보아 20% 양도세율을 적용한 처분의 당부
• 나. 사실관계 및 판단

(1) 쟁점주식이 중소기업 비상장법인의 주식에 해당하고 청구인이 소득세법 시행령(2016.2.17. 대통령령 제26982호로 일부개정된 것) 제157조 제4항이 규정한 “대주주”의 요건에 해당한다는 점에 대하여는 청구인과 처분청 간 이견이 없는 것으로 나타난다.

(2) 2015.12.15. 법률 제13558호로 일부개정되기 전 소득세법 제104조 제1항 제11호 나목은 모든 중소기업 주식의 양도소득에 대하여 10%의 양도소득세 세율이 적용되는 것으로 규정하였다가 2015.12.15. 개정되면서 중소기업 주식 중 “대주주가 아닌 자가 양도하는 경우”에만 10%의 양도소득세 세율이 적용되는 것으로 규정하였고, 이와 관련하여 소득세법 제94조 제1항 제3호 가목은 양도소득의 범위에 대하여 규정하면서 2015.12.15. 개정 전‧후 모두 “주권상장법인의 주식등으로서 소유주식의 비율·시가총액 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 대주주가 양도하는 것”이라고 하여 “대주주”에 대하여 규정하면서 “제3장 거주자의 양도소득에 대한 납세의무”에서 사용하고 있는 “대주주”는 모두 위 제94조 제1항 제3호 가목의 “대주주”와 동일한 의미로 사용하는 것으로 규정하고 있다.

(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구인들은 2015.12.15. 개정된 소득세법제104조 제1항 제11호에서 중소기업 주식 중 대주주가 아닌 자가 양도하는 경우만 10%의 양도소득세 세율이 적용되는 것으로 규정하였으나 비상장법인 중소기업 대주주에 관하여는 아무런 규정을 두지 아니하여 청구인들의 쟁점주식 양도를 대주주의 주식 양도로 볼 법적 근거가 없으므로 쟁점주식의 양도에 대하여는 10%의 세율이 적용되어야 한다고 주장하나, 2015.12.15. 개정된 소득세법 제104조 제1항 제11호 나목의 “대주주”는 같은 법 제94조 제1항 제3호 가목에서 그 범위를 대통령령에 위임하고 있는 “대주주”와 동일한 것으로 보아야 할 것이고 같은 법 제94조 제1항 제3호 가목은 양도소득의 범위에 대하여 규정하면서 “주권상장법인의 주식등으로서 소유주식의 비율·시가총액 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 대주주가 양도하는 것”이라고 규정하고 있으며, 2015.12.15. 소득세법 개정에 따라 2016.2.17. 개정된 소득세법 시행령 제157조 제4항 은 위 소득세법 제94조 제1항 제3호 가목에서 규정한 “대통령령으로 정하는 대주주”에 대하여 상장법인의 대주주와 비상장법인의 대주주를 구분하거나 둘 중 어느 하나에 대하여만 규정하고 있지 아니하므로 위 소득세법 제104조 제1항 제11호 나목의 “대주주”는 문언해석상 상장법인 및 비상장법인의 대주주를 모두 포함하는 개념으로 봄이 타당하다. 따라서 쟁점주식이 대주주가 양도하는 중소기업 주식으로서 20%의 양도소득세 세율 적용대상이라고 보아 처분청이 청구인의 경정청구를 거부한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.