조세심판원 심판청구 부가가치세

쟁점비용이 합병소멸법인인 홀딩스 자회사의 사업활동을 위한 자문용역 등과 관련하여 지출되었으므로 관련 매입세액을 공제하여야 한다는 청구주장의 당부

사건번호 조심-2018-서-1942 선고일 2018.10.16

처분청이 쟁점비용 관련 매입세액을 사업활동과 무관한 것으로 보아 매출세액에서 불공제한 것은 타당하지 아니하다고 판단됨

주 문

OOO장이 2018.1.9. 아래 <표1>의 내역과 같이 청구법인에게 한 2016년 제2기 및 2017년 제1기 부가가치세 부과처분 및 2017년 제1기 부가가치세 환급세액 신청 거부처분은 이를 취소한다. <표1>

1. 처분개요
  • 가. OOO유한회사(이하 “청구법인”이라 한다)는 2005.6.24. 비거주용 건물 임대업, 부동산 개발 및 임대업, 기타 부동산 공급업, 주차장 운영업 및 상기 목적의 달성에 직접 또는 간접적으로 관련된 모든 업무를 수행할 목적으로 설립된 유한회사들로, OOO 몰 건물을 각각 소유하고 있으며, 청구법인의 주식은 OOO 법인인 OOO(이하 “OOO 법인”이라 한다)가 전부 보유하고 있다.
  • 나. OOO 법률에 의하여 설립된 외국법인인 OOO(이하 “OOO 모회사”라 한다)는 2016.8.25. 청구법인들의 지분을 취득할 목적으로 OOO% 출자 법인인 OOO 유한회사,(이하 “OOO”라 한다)를 설립(등기)하였고, OOO는 사업목적(주요 업무)을 타 회사 주식 또는 지분을 취득, 투자, 보유 및 처분으로 하여 등기 및 사업자등록을 각각 완료하였으며, 2016.10.21. OOO 법인으로부터 청구법인의 지분 전부를 매입하기로 하는 지분 양수도계약을 체결한 후 2016.11.17. 청구법인의 지분(주식)을 취득하였다.
  • 다. 청구법인과 OOO는 2016.12.7. OOO를 소멸법인으로 하고 청구법인을 존속법인으로 하는 흡수합병계약을 체결하였고, 2017.1.23. OOO는 청구법인에 흡수합병(등기)되었으며, 동 일자에 OOO 모회사는 자회사이자 소멸법인인 OOO가 보유하고 있던 청구법인의 지분(주식)전부를 취득하였다.
  • 라. 한편 OOO는 2016.12.28.부터 2017.1.16.까지 청구법인의 지분 취득 목적의 대출과 관련된 감정평가 수수료 및 법률자문 수수료 등으로 OOO원(공급대가로 이하 “쟁점비용”이라 한다)을 감정평가법인, 회계법인, 법무법인 등에게 지급하였다(<표2> 참조).
  • 마. 청구법인은 2016년 제2기 부가가치세 확정 신고 시 및 2017년 제1기 예정 부가가치세 기한 후 신고 시 쟁점비용 관련 매입세액인 OOO원을 공제하였다(<표2>의 공제 매입세액 참조). <표2>
  • 바. 처분청은 쟁점비용 관련 매입세액이 매출세액에서 공제되는 매입세액이 아니라고 보아 2018.1.9. 청구법인에게 <표1>와 같이 2016년 제2기분 및 2017년 제1기분 부가가치세를 각각 경정․고지하였다(2017년 제1기 부가가치세 기한 후 신고서 상 환급신청액은 거부처분하였다).
  • 사. 청구법인은 이에 불복하여 2018.3.26. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

  • 가. 청구법인 주장 (1)부가가치세법에서 예외적으로 열거하는 공제하지 않는 매입세액에 해당하지 않는 이상, 사업과 관련된 지출에 대한 매입세액은 매출세액에서 공제되어야 한다. (가)부가가치세법제38조 제1항 제1호에서는 사업자가 자기의 사업을 위하여 사용할 목적으로 공급받은 용역에 대한 부가가치세액은 매출세액에서 공제되는 매입세액이라 정하고 있고, 같은 법 제39조 제1항에서는 사업과 직접 관련이 없는 지출로서 대통령령으로 정하는 것에 대한 매입세액 등 공제하지 않는 매입세액을 열거하고 있으며, 대법원에서는 제39조 제1항(구부가가치세법제17조 제2항)이 공제하지 않는 매입세액을 규정한 것에 대하여 “매입세액의 공제 여부가 부가가치세 납부세액을 결정하는 가장 중요한 요소 중의 하나이기 때문에 그 공제 여부를 해석에 맡겨두지 아니하고 이와 같이 제한적, 열거적으로 규정한 것으로 보아야 한다.”라고 판시하였는바(대법원 1995.12.21. 선고 94누1449 전원합의체 판결), 이러한 법리에 비추어 보면, 사업을 위하여 공급받은 용역에 대한 대가는 제39조 제1항에 열거되어 있지 않은 이상 공제 가능한 매입세액이라고 할 것이므로 위 조항에서 매입세액 공제 제외 대상으로 열거한 사항도 아니고 OOO의 사업과 관련되어 지출된 쟁점비용은 매출세액에서 공제가 되는 매입세액으로 보아야 한다.

(2) 처분청은 국세청 유권해석(과세자문기준-2017-법령해석부가-0270, 2017.11.9.)에 따라 쟁점비용은 사업과 직접 관련이 없는 지출이고, 주식은 부가가치세 과세대상이 아니므로 쟁점비용에 대한 매입세액 공제를 인정할 수 없다는 의견이나 다음의 사유로 쟁점비용 관련 매입세액은 공제 가능한 매입세액에 해당한다. (가) 대법원 판례에서는 사업관련성의 유무는 지출의 목적과 경위, 사업의 내용 등을 보아 그 지출이 사업의 수행에 필요한 것이었는지를 살펴서 개별적으로 판단하여야 한다고 하였는바(대법원 2013.5.9. 선고 2010두15902 판결 참조), OOO는 사업자등록 상 서비스/주식 및 지분취득, 투자를 주된 사업으로 기재하고 있고, 법인등기부등본 상 타 회사 주식 또는 지분을 취득, 투자, 보유 및 처분 등을 사업목적으로 등재하였으며, 처음부터 청구법인의 지분을 100% 취득하기 위하여 설립된 회사로 실제로도 청구법인의 지분을 취득하기 위하여 쟁점비용을 지출한 사실이 있으므로 사업과 관련하여 지출된 비용으로 보아야 한다(대법원 2017.10.26. 선고 2017두52320 판결, (원심)서울고등법원 2017.6.21. 선고 2016누54574 판결 등 참조). (나) 심판사례를 보면 합병을 하기 위해 주식을 취득하면서 사전인수실사ㆍ인수가액결정 등 자문용역을 받고 이에 대한 자문료를 지출한 사안에서, 자문료에 관련된 매입세액이 단순히 타법인의 주식취득과 관련되어 있음을 이유로 이를 공제대상으로 보지 않는 것은 아니며 합병을 통하여 과세사업의 확장에 사용된 것이므로 매입세액 공제대상에 해당한다고 한 바 있고(조심 2013구4276, 2014.7.16. 참조), 법인의 사업확장을 위한 M&A 과정에서 지급한 수수료는 단순히 주식 자체에 대한 거래에 관한 중개수수료로 보기는 어려워 관련 자문용역을 과세사업에 제공된 것으로 보는 것이 타당하다고 한 바 있으며(조심 2012서3417, 2014.1.22. 참조), 대법원에서는 경영권 인수를 목적으로 지출한 법률수수료에 관한 매입세액이 공제대상에 해당한다고 판시한 사실이 있는 등(대법원 2013.4.26. 선고 2012두28407 판결 참조), 여러 사례에서 주식 취득을 통한 경영권 인수 또는 합병을 목적으로 지출한 자문비용은 단순히 주식 자체에 대한 거래를 위하여 지출한 비용이 아닌 합병 등의 M&A를 통한 과세사업 확장에 필요한 것으로서 이에 대한 매입세액이 공제대상임을 명확히 하고 있다. (다) OOO가 청구법인의 지분을 취득하려는 목적은 청구법인의 주식을 취득한 후에 합병을 통해서 과세사업인 부동산임대업을 영위하고자 함에 있었는데, 실제로 OOO는 청구법인의 지분을 2016.11.17. 취득한 후 지체없이 합병 절차에 착수하여 2016.12.7. 합병계약을 체결하였고, 이에 따라 2017.1.23. 합병등기가 완료된 사실에서 합병을 전제로 지분을 취득하였다는 것을 알 수 있으며, 또한 OOO가 청구법인의 주식을 인수하기 위하여 국내 금융회사들과 체결한 대출계약서에 따르면 OOO가 청구법인의 주식을 취득할 당시부터 이미 청구법인과 합병이 계획된 사실도 나타나는바, 이러한 제반 사정을 볼 때 OOO가 당초부터 합병을 전제로 과세사업인 부동산임대업을 영위하는 청구법인의 지분을 취득하기 위하여 쟁점비용을 지출하였다고 보아야 하므로 쟁점비용은 과세사업을 영위하기 위하여 지출한 비용으로서 관련 매입세액은 공제대상이다. (라) 주식이 부가가치세 과세대상이 아니라는 사유만으로, 주식을 취득하기 위하여 공급받은 용역이 사업관련성이 없는 비용의 지출로 볼 수는 없고, 주식을 취득하기 위해 지출한 비용임에도 사업관련성을 인정한 다수의 사례들(대법원 2013.5.9. 선고 2010두15902 판결, 조심 2015부1227, 2015.6.4. 외 다수 사례 참조)을 고려할 때, 사업관련성이 있는 비용의 지출로 보아야 한다.

(3) 쟁점비용에 대한 매입세액은 면세사업 등과 관련된 매입세액이 아니므로 공제되어야 한다. (가)부가가치세법에서 정하는 면세사업 등은 면세사업 및 부가가치세가 과세되지 않는 재화 또는 용역을 공급하는 사업을 말하는 것으로 주식은 부가가치세 과세대상이 아니므로 이에 따르면 주식을 공급하는 사업은 면세사업 등에 포함되고, 같은 법에서 면세사업 등에 관련된 매입세액(면세사업 등을 위한 투자에 관련된 매입세액 포함)에 대하여 공제되지 않는 매입세액이라 정하고 있는바, 면세사업 등과 관련하여 공제되지 않는 매입세액은 주식을 공급하는 사업과 관련된 매입세액 또는 주식을 공급하는 사업을 위한 투자에 관련된 매입세액이라고 할 것이다. (나) 그러나, OOO가 영위하는 사업은 주식을 공급하는 사업이 아님은 명백하고, 쟁점비용 관련 자문용역들이 주식을 공급하는 사업과 관련된 용역이라고도 볼 수 없으며, 관련 판례에서도 동종 업체의 주식 취득을 통한 경영권 인수 자문용역 대가의 매입세액공제 여부에 대하여 주식은부가가치세법에서 규정한 면세재화에 해당하지 않을 뿐만 아니라 주식을 공급하는 사업을 영위하는 것도 아니어서 자문용역비 관련 매입세액은 매출세액에서 공제되어야 하는 것으로 판시하고 있는바(서울행정법원 2011.8.11. 선고 2009구합7301 판결, 서울고등법원 2012.10.26. 선고 2011누32166 판결 참조), 따라서 쟁점비용에 대해서는 면세사업 관련 매입세액을 불공제 대상으로 규정하고 있는부가가치세법제39조 제1항 제7호를 적용할 수 없다.

  • 나. 처분청 의견

(1) 청구법인은부가가치세법에서 열거하는 공제하지 아니하는 매입세액이 아닌 이상 매출세액에서 공제하여야 한다고 주장하나, OOO 모회사가 청구법인의 주식을 취득하기 위해 국내에 설립한 OOO는 그 사업목적이 ‘타 회사 주식 또는 지분 취득, 투자, 보유 및 처분’임이 법인등기부등본에서 확인되고, 실제로도 청구법인의 지분을 취득한 후 합병과정을 거쳐 소멸된 사실이 있으므로 OOO가 당초부터 지분 취득을 목적으로 설립된 SPC 법인에 불과하다는 것은 명백하며, 이와 관련하여 처분청은 국세청장에게 과세기준자문을 신청을 하였는바, 국세청장은 회신(법령해석과-3222, 2017.11.9.)에서 타 회사 주식 또는 지분의 취득, 투자, 보유 및 처분을 목적으로 설립된 법인이 국내회사의 주식취득과 관련한 법률 및 회계자문 등의 용역을 제공받고 발급받은 세금계산서의 매입세액은부가가치세법제38조 제1항 제1호의 과세사업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로 공급받은 용역에 대한 부가가치세액에 해당하지 아니한다고 하면서 이는 같은 법 제39조 제1항 제7호의 면세사업 등에 관련된 매입세액에 해당하므로 쟁점비용은 매출세액에서 공제되지 아니하는 매입세액으로 보는 것이 타당하다고 판단하였다.

(2) 청구법인은 쟁점비용이 사업과 직접 관련이 있는 지출로 매입세액 공제대상이라고 주장하나, 부가가치세 매입세액은 사업과 관련 있는 비용 중 과세사업을 위하여 사용하거나 사용할 목적으로 공급받은 것에 대하여 공제하는 것으로, OOO는 2016년 8월에 주식 및 지분 취득, 투자업 (업종코드 741400)을 주업으로 하여 사업을 개시한 이래 2017년 1월 중 청구법인에 합병되기 전까지 청구법인으로부터 주식을 매수한 것 외에 재화나 용역 제공 등의 매출을 한 사실이 없으며, 부가가치세법 집행기준39-0-1에 따르면 유가증권 매매는 부가가치세가 과세되지 않는 것이고, 과세대상이 되지 않는 주식의 매매와 관련된 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다고 하고 있으므로 처분청의 처분은 정당하다.

(3) 청구법인은 쟁점비용에 대한 매입세액은 면세사업 등과 관련된 매입세액이 아니므로 이는 공제되어야 한다고 주장하나, 부가가치세법 기본통칙4-0-3에서는 토지와 노동에 대하여 면세로 규정하고 있고, 주식에 대하여는 유가증권으로 과세대상에서 제외하고 있는 바, OOO가 지불한 쟁점비용은 과세 제외대상인 유가증권 취득과 관련한 비용으로 이는 공제하지 않는 것이 타당하다.

3. 심리 및 판단
  • 가. 쟁 점 쟁점비용이 합병소멸법인인 OOO의 사업활동을 위한 자문용역 등과 관련하여 지출되었으므로 관련 매입세액을 매출세액에서 공제하여야 한다는 청구주장의 당부
  • 나. 관련 법률 (1) 부가가치세법 제29조 【과세표준】⑧ 사업자가 과세사업과 면세사업 및 부가가치세가 과세되지 아니하는 재화 또는 용역을 공급하는 사업(이하 "면세사업 등"이라 한다)에 공통적으로 사용된 재화를 공급하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액을 공급가액으로 한다. 제38조【공제하는 매입세액】① 매출세액에서 공제하는 매입세액은 다음 각 호의 금액을 말한다.

1. 사업자가 자기의 사업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로 공급받은 재화 또는 용역에 대한 부가가치세액(제52조 제4항에 따라 납부한 부가가치세액을 포함한다)

2. 사업자가 자기의 사업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로 수입하는 재화의 수입에 대한 부가가치세액

② 제1항 제1호에 따른 매입세액은 재화 또는 용역을 공급받는 시기가 속하는 과세기간의 매출세액에서 공제한다.

③ 제1항 제2호에 따른 매입세액은 재화의 수입시기가 속하는 과세기간의 매출세액에서 공제한다. 제39조【공제하지 아니하는 매입세액】① 제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

1. 제54조 제1항 및 제3항에 따라 매입처별 세금계산서합계표를 제출하지 아니한 경우의 매입세액 또는 제출한 매입처별 세금계산서합계표의 기재사항 중 거래처별 등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우 그 기재사항이 적히지 아니한 부분 또는 사실과 다르게 적힌 부분의 매입세액. 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

2. 세금계산서 또는 수입세금계산서를 발급받지 아니한 경우 또는 발급받은 세금계산서 또는 수입세금계산서에 제32조 제1항 제1호부터 제4호까지의 규정에 따른 기재사항(이하 “필요적 기재사항”이라 한다)의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우의 매입세액. 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

4. 사업과 직접 관련이 없는 지출로서 대통령령으로 정하는 것에 대한 매입세액 5.개별소비세법제1조 제2항 제3호에 따른 자동차(운수업, 자동차판매업 등 대통령령으로 정하는 업종에 직접 영업으로 사용되는 것은 제외한다)의 구입과 임차 및 유지에 관한 매입세액

6. 접대비 및 이와 유사한 비용으로서 대통령령으로 정하는 비용의 지출에 관련된 매입세액

7. 면세사업 등에 관련된 매입세액(면세사업 등을 위한 투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령으로 정하는 토지에 관련된 매입세액

8. 제8조에 따른 사업자등록을 신청하기 전의 매입세액. 다만, 공급시기가 속하는 과세기간이 끝난 후 20일 이내에 등록을 신청한 경우 등록신청일부터 공급시기가 속하는 과세기간 기산일(제5조 제1항에 따른 과세기간의 기산일을 말한다)까지 역산한 기간 내의 것은 제외한다.

② 제1항에 따라 공제되지 아니하는 매입세액의 범위에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

  • 다. 사실관계 및 판단

(1) 2017.1.23. 청구법인에 흡수합병 된 OOO가 청구법인의 지분 취득 및 합병 과정에서 법률자문 및 실사 등의 용역을 제공받고 그 대가로 쟁점비용을 지출하였다고 주장하며 제출한 용역 내용과 관련 매입세액은 <표3>과 같고(세금계산서는 별도로 제출하였다), OOO별 세부 매입세액 공제내역은 <표4>와 같다. <표3> 쟁점비용 관련 용역 내용 <표4>OOO의 매입세액 공제 세부내역

(2) 청구법인이 제출한 청구법인 및 OOO(피합병법인)의 법인등기부등본 상 주요 사업목적을 보면, 청구법인은 비주거용 건물 임대업, 부동산 개발 및 임대업, 기타 부동산 공급업, 주차장 운영업, 상기 목적의 달성에 직접 또는 간접적으로 관련된 모든 업무로 되어 있고, OOO는 타 회사 주식 또는 지분의 취득, 투자 보유 및 처분, 사업을 영위하기 위하여 필요하거나 관련이 있는 활동으로 되어 있으며, 사업자등록증 상 업종을 보면, 청구법인은 부동산/부동산개발 및 임대로 되어 있고, OOO는 서비스/ 주식 및 지분취득, 투자로 기재되어 있다.

(3) 청구법인은 OOO가 청구법인의 주식을 인수하기 위하여 지분양수도 계약 체결 당일에 국내 금융기관들과 대출계약을 체결하였다고 주장하며 OOO와 국내 금융기관들 간에 2016.10.21. 체결한 대출약정서를 제출하였는바, 대출금은 각각 OOO원이고, 차주는 청구법인과 각각의 OOO이며, 대주는 국내 금융기관들로 되어 있고(주선 및 대리은행은 OOO), 동 약정서 제20.6조에 청구법인을 존속법인으로 하는 흡수합병 조건을 정하는 등 차주 간의 합병 등의 제한사항을 정한 것으로 나타난다.

(4) 처분청이 쟁점비용의 매입세액 공제 여부에 대하여 국세청장에게 한 과세기준자문 신청(법인납세1과-2682, 2017.10.24.)과 관련하여 국세청장이 2017.11.9. 회신(법령해석과-3222)한 내용에 의하면, 타 회사 주식 또는 지분의 취득, 투자, 보유 및 처분을 목적으로 설립된 법인이 국내 회사의 주식 취득과 관련한 법률 및 회계자문 등의 용역을 제공받고 발급받은 세금계산서의 매입세액은부가가치세법제38조 제1항 제1호의 과세사업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로 공급받은 용역에 대한 부가가치세액에 해당하지 아니하므로 자기의 매출세액에서 공제되지 아니하는 것이라고 하였다.

(5) 이상의 사실관계 및 관련 법률을 종합하여 살피건대, 처분청은 OOO가 당초부터 단순히 지분 취득을 목적으로 설립된 SPC에 불과하고, 실제로도 청구법인의 주식을 취득한 후 다른 사업활동이 전혀 없이 단기간에 폐업(흡수합병)하였으며, 청구법인의 주식취득을 위해 제공받은 자문용역 관련 매입세액이 과세사업을 위해 사용하였거나 사용할 목적으로 공급받은 용역 관련 세액이 아니므로 매출세액에서 공제되지 아니하는 매입세액에 해당한다는 주장이나, 사업 관련성의 유무는 지출의 목적과 경위, 사업의 내용 등에 비추어 그 지출이 사업의 수행에 필요한 것이었는지 여부를 살펴 개별적으로 판단하여야 할 것인바(대법원 2013.5.9. 선고 2010두15902 판결 참조), OOO의 사업자등록증상 업종은 서비스/주식 및 지분취득․투자로 과세사업자로 되어 있는 점, 실제로 청구법인의 지분을 취득하기 위한 자금조달 목적으로 쟁점비용 관련 자문용역을 제공받고 비용을 지출한 사실에서 동 자문용역이 OOO의 사업과 직·간접적으로 관련이 되어 있다고 보이는 점, 쟁점비용이 청구법인의 주식인수와 관련하여 지출된 비용이고, OOO가 과세매출이 없이 청구법인과의 합병으로 소멸하기는 하였으나 존속법인인 청구법인이 과세사업인 부동산임대업을 영위하는 사실에서 청구법인의 지분 취득과 자금조달을 위한 자문용역에 지출된 쟁점비용이 궁극적으로는 과세사업인 부동산임대업과 관련하여 지출되었다고 보는 것이 합리적인 점 등에서 처분청이 쟁점비용 관련 매입세액을 사업활동과 무관한 것으로 보아 매출세액에서 불공제한 것은 타당하지 아니하다고 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

결정 내용은 붙임과 같습니다.

원본 출처 (국세법령정보시스템)