청구법인이 쟁점건물취득 후 상당한 기간 동안 부가가치세 과세사업에 공하여 거액의 수입금액이 발생하였으며 이를 가장행위로 보거나 그사실자체를 부인할만한 객관적인근거 내지 합당한 이유가 있다고 보기 어려우므로 쟁점건물취득관련 매입세액불공제하여 청구법인에게 부가가치세 부과한 이 건 처분은 잘못이 있음
청구법인이 쟁점건물취득 후 상당한 기간 동안 부가가치세 과세사업에 공하여 거액의 수입금액이 발생하였으며 이를 가장행위로 보거나 그사실자체를 부인할만한 객관적인근거 내지 합당한 이유가 있다고 보기 어려우므로 쟁점건물취득관련 매입세액불공제하여 청구법인에게 부가가치세 부과한 이 건 처분은 잘못이 있음
[결정요지] ooo 개발사업의 경우 인허가에 상당한 기간이 소요될 것임이 분명하였는데, 청구법인이 총 매매가액이 ooo천억원이 넘는 쟁점건물을 취득한 후 수익을 얻기 위하여 임대사업에 사용할 목적은 없었던 것으로 보거나 그러할 목적이 있었더라도 이를 인정하지 아니하여야 한다는 처분청의 의견은 설득력이 낮아 보이고, 실제 쟁점건물을 취득한 후 상당한 기간 동안 부가가치세 과세사업에 공하여 거액의 수입금액이 발생하였으며, 이를 가장행위로 보거나 그 사실 자체를 부인할만한 객관적인 근거 내지 합당한 이유가 있다고 보기 어려우므로 처분청이부가가치세법제38조 제1항 제1호 및 제39조 제1항 제7호, 같은 법 시행령 제80조 제2호를 위배하여 쟁점건물 취득 관련 매입세액을 불공제하여 청구법인에게 부가가치세를 부과한 이 건 처분은 잘못이 있음 [이 유]
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
(1) 쟁점건물 취득 목적 (가) 청구법인은 OOO(이하 “OOO”이라 한다)로부터 쟁점토지, 쟁점건물, 수목 등을 동시에 취득한 후, 쟁점건물을 임대사업에 사용하다가 철거하고 새로운 건물을 신축하여 계속적으로 임대사업에 사용할 예정이다. (나) 쟁점부동산 개발을 추진하여 OOO를 건립하기 위해서는 도시계획변경 사전협상제도에 의하여 정부와 협의를 통해 공공기여 및 개발대상을 확정하여야 하고, 용적율 변경(250% → 800%) 및 용도변경(제3종 주거지역 → 상업지역)이 필요하며, 지구단위계획 변경결정 등을 거쳐 최종 인허가까지 최소 3년 이상이 소요(프로젝트 추진 관련 보고서상 인허가 과정: 사업추진준비 → 제안서 접수 → 협상조정협의 → 공공기여협의 및 감정평가 → 지구단위계획수립 및 용도지역변경 → 건축심의 및 영향평가 → 건축허가)될 것으로 예상되어 당초 쟁점건물은 최소 3년 이상 OOO, 계열사, 시중은행 등에 임대(부가가치세 과세사업 영위)하여 사용할 계획이었고, 이는 2014.11.24. OOO 주식회사의 본사 사옥 이전비용 검토자료 등에 나타난다.
(2) 쟁점건물 취득 및 사용 과정 (가) 청구법인은 2014년 9월 OOO으로부터 쟁점토지, 쟁점건물 및 수목 등을 취득하는 계약을 체결한 후, OOO은 쟁점건물에 대한 세금계산서를 발행하고OOO, 관련 부가가치세를 적법하게 신고·납부하였다. (나) 청구법인은 OOO과 협의하여 쟁점부동산 매매계약에 따른 잔금 지급 이전이라도 청구법인의 계열사들 및 시중은행 등이 쟁점건물을 임차하여 사용할 수 있도록 합의OOO하였고, 이를 위하여 2014.12.22. 공문으로 OOO에게 쟁점건물을 원상복구하도록 요청하였다. (
(3) 관련부가가치세법및 이에 대한 해석 (가)부가가치세법제38조 제1항 제1호는 사업을 위하여 ‘사용하였거나’ ‘사용할 목적’으로 공급받은 재화 또는 용역에 대한 부가가치세 매입세액을 매출세액에서 공제하도록 규정하고 있는바, 실제 임대가 이루어진 건물의 면적만 안분하여 그 취득 관련 매입세액을 일부만 공제하는 것은 위 법률에 위배된다. (나) 부가가치세법 시행령제80조 각 호에서 불공제 대상 토지 관련 매입세액의 범위를 열거하여 규정하고 있고, 같은 조 제2호에서 규정하고 있는 그 해당 요건인 ‘건축물을 철거하고 토지만을 사용하는 경우’란 건축물을 사용하지 아니하고 철거하는 경우로 해석함이 타당하다(조심 2004서2038, 2004.10.29., 같은 뜻임). (다) 1999년 기업회계기준 해석(46-55)이 개정되어 건물 신축 목적으로 토지와 건물을 일괄 취득하고 기존건물을 ‘사용하지 않고 철거’하는 경우(건물의 미래 경제적 효익: ‘0’)에만 기존건물 취득가액을 토지의 취득원가로 처리하도록 규정하였다. (라) 상기 기업회계기준은 2001년 부가가치세법 시행령제60조 제6항 제2호(현행 부가가치세법 시행령제80조 제2호)가 신설되면서 입법되었으므로 동 규정은 기업회계기준과 동일하게 해석함이 타당하다. (마) 건물을 철거시 토지의 활용도(가치)가 제고된다는 이유로 그 건물을 취득하여 부가가치세 과세사업에 상당기간 공한 경우에도 건물 취득 관련 매입세액을 토지 관련 매입세액으로 보는 것은 타당하지 않다. (바) 법인세법 기본통칙23-31…1 제1호에서 토지의 자본적 지출의 범위는 토지만을 사용할 목적으로 건축물이 있는 토지를 취득하여 그 건축물을 철거하는 경우로 규정하고 있는 것과 달리, 부가가치세법제80조 제2호에서는 ‘토지만 사용하는 경우’라고 명시하고 있으므로 ‘기존건물을 사용하지 않은 채 철거하는 경우만’ 건물의 취득 관련 매입세액을 토지 관련 매입세액으로 보아 불공제하여야 하는 것OOO이다.
(4) 기획재정부의 유권해석 청구법인이 이 건에 대하여 기획재정부에 유권해석을 의뢰한바, 주무과인 부가가치세제과는 부동산 임대업에 사용하다가 철거하는 쟁점건물의 취득 관련 매입세액의 경우 부가가치세법 시행령제80조 제2호의 토지 관련 매입세액에 해당하지 않는다고 유권해석(기획재정부 부가가치세과-371, 2017.7.24.)하였다.
(5) 외부회계감사 의견 청구법인은 쟁점건물을 추정내용연수 4년을 적용하여 감가상각하였고, 2016년말 철거하면서 그 비용 및 건물 잔존가액을 당기 비용으로 계상하였으며, 이러한 회계처리는 외부회계감사에서 ‘적정 의견’을 받았고, OOO에 질의하여 적정하다는 회신도 받았다.
(6) 처분청 의견에 대한 항변 (
(7) 처분청이 제시한 외국 사례 분석 (
(8) 조세심판원 선결정례 (가) 조세심판원은 청구법인 등이 쟁점부동산과 함께 취득한 수목에 대하여 지방자치단체에서 그 수목을 토지의 종물로 보아 취득세를 부과한 처분에 대하여 청구법인이 토지, 건물, 수목을 구분하여 기장한 점, 일반적으로 인정되는 회계원칙에 따른 회계처리는 특별한 사정이 없는 한 존중되어야 한다는 점 등을 설시하면서 수목을 ‘토지의 종물’로 보아 취득세를 부과한 처분은 잘못이라고 결정(조심 2017서753, 2017.11.14.)한 바 있다. (나) 처분청의 의견을 따를 경우 수목도 쟁점토지를 취득하기 위하여 부수적으로 취득한 종물에 해당하고, 그 취득가액을 토지 관련 지출로 보아야 한다는 결론으로 귀결되나, 조세심판원은 이러한 의견을 배척한 바 있다. (
(9) 판례의 태도 (가) 법원도 부가가치세법 시행령제80조 제2호에서 규정한 토지 관련 매입세액의 범위에 대하여 위 조세심판원 선결정례와 동일하게 해석하고 있고OOO, 기존의 건축물과 토지를 함께 사용하다가 기존의 건축물을 철거하는 경우까지 이에 포함된다고 해석하는 것은 조세법률주의의 엄격해석원칙상 허용될 수 없다고 판시OOO하였다. (나) 법원은 건축물이 있는 토지를 취득하여 그 건축물을 철거한 경우 철거한 건축물의 취득 및 철거 비용이 ‘토지의 조성 등을 위한 자본적 지출’로서 인정받기 위해서는 취득 후 단시일 내에 건축물의 철거에 착수하는 등 당초부터 건축물을 철거하여 토지만을 이용하려는 목적에서 토지와 그 지상 건축물을 매수한 것이었음이 명백할 것이 요구된다OOO고 판시한 바도 있다. (다) 과세관청은 과거에도 이 건과 유사한 의견으로 과세를 하였다가 하급심OOO에서 국가 패소판결을 받고, 고등법원에서 항소심 중 소취하OOO한 전례가 있다.
(10) 국세청의 해석례 국세청 유권해석(국세청 부가-313, 2013.4.9.)도 부동산개발을 위해 철거 예정 건축물을 취득하고 부동산개발사업 절차가 확정될 때까지 상당기간이 소요되어 그 기간까지 부동산임대에 사용하면서 실제 임대차계약 내용대로 임대업에 공하는 경우, 당해 건축물을 취득하면서 지출한 매입세액은 매출세액에서 공제할 수 있다고 해석한 바 있다.
(11) 학계 의견 청구법인은 객관적인 견해를 얻고자 대학교 법학전문대학원 * 교수에게 자문을 구한 결과, (i) 쟁점건물을 임대한 사실이 존재하며, 그 임대가 우발적인 사정 등에 따라 이루어진 것이 아닌 점, (ii) 계약 전후 및 취득 전후의 사정과 상황을 고려할 때 쟁점건물을 일정기간 동안 사용할 목적을 가졌다는 점을 부인할 수 없는 점, (iii) 부가가치세법및법인세법상 토지의 자본적 지출로 인정하는 판단기준을 동일하게 적용하여야 하는 점, (iv) 청구법인이 쟁점건물을 쟁점토지만을 사용하기 위하여 취득하였다는 점을 뒷받침하는 명확한 증거가 없는 점 등에 근거하여 쟁점건물의 취득 관련 매입세액은 공제되어야 할 것으로 판단된다는 견해를 밝혔다.
(12) 결어 (가)부가가치세법제38조 제1항 제1호 및 같은 법 시행령 제80조 제2호에 따라 어떠한 건물을 미래에 철거할 목적이 있는지 여부에 관계 없이 실제 건물을 부가가치세 과세사업에 상당한 기간 동안 사용하였다면 관련 매입세액은 공제되어야 한다. (
(1) 쟁점건물 취득 목적 (가) 청구법인은 쟁점건물을 임대할 목적이 아니라 그룹 통합사옥 및 전시장 등의 신축을 포함한 부동산 개발을 목적으로 쟁점토지와 함께 취득하였고 그 주요 근거는 다음과 같다.
1. OOO은 2014년 4월 OOO을 발표하면서 쟁점부동산을 포함한 민간부지개발 가이드라인으로 OOO 핵심기능 공간 조성을 제시한 바 있다.
2. OOO 본사부지 매매계약서(2014년 9월) 제12조(특약사항) 제1호를 보면 매각자산(쟁점부동산)의 가치는 OOO 등을 반영한 감정평가액을 기초로 산정되었다고 되어 있고, 제3호에서 2015.9.25.(청구법인 등의 취득일)까지 기존 임대차 계약을 종료한다고 되어 있으며, 제7호에서 매도자는 계약체결 이후 매각재산을 개발하기 위해 필요한 인허가의 취득 또는 그 준비를 목적으로 매각재산의 출입 및 매도자의 매각재산 사용에 대한 방해를 최소화하는 범위에서의 천공, 시추 등에 대한 허락을 요청하는 경우 협조하기로 한다고 되어 있고, 제8호에서 매도자는 매수자가 매각재산을 개발하기 위하여 필요한 인허가를 신청하고 취득할 수 있도록 토지사용승낙서를 교부하는 등 적극 협력한다고 명시되어 있는 바, 청구법인 등이 쟁점부동산을 개발사업을 위하여 취득한 사실을 알 수 있다. 3) 청구법인 등과 OOO 간의 2016.2.4. 쟁점부동산에 대한 사전협상결과 승인 관련 OOO 주식회사의 이사회 의결내용을 보면,OOO 건설을 통한 경제적 가치를 추산하면서 용도변경(제3종 일반주거지역 → 일반상업지역)에 따른 이득 약 OOO, OOO 완공시 자산가치가 약 OOO으로 상승할 가능성이 있다는 내용이 나타나므로 쟁점 건물의 취득이 임대목적이라기 보다는 OOO 개발 목적임을 알 수 있다.
(2) 쟁점부동산 낙찰 후 부가가치세 신고 청구법인 등은 2014.9.1. 쟁점부동산을 낙찰받아 2014.9.26. 이를 취득하기 위한 매매계약을 체결하였고, 2014.10.26. 계약보증금 관련 매입세액에 대하여 예정신고를 누락한 후, 확정신고시 공제하여 부가가치세 신고를 하였다.
(3) 쟁점건물 임대차 현황 (가) OOO이 2014년 11월 본사를 나주시로 이전한 후 쟁점건물 후생동 등에 임차중이던 기존 도소매 임차인은 2014년말부터 2015년 초반에 대부분 폐업하였다. (나) OOO은 2015년 2월～3월 청구법인의 계열사들과 쟁점건물에 대한 임대차계약을 체결하였고, OOO 주식회사의 경우에는 기존 사업장의 임대차 계약기간이 2010.10.1.∼2015.9.30.인 상황에서 이전비 등 추가비용이 발생함에도 불구하고 2015년 2월에 쟁점건물로 사업장을 이전하는 등 청구법인의 계열사들이 사업상 필요에 의하여 사업장을 쟁점건물로 이전하였다고 인정하기 어렵다. (다) 청구법인 등이 쟁점건물 취득(2015.9.25.)한 후 체결한 임대차 계약 현황에 의하면, 쟁점건물 총 면적 97,260㎡의 39.8%에 불과한 38,766㎡만 임대가 이루어졌고, 쟁점부동산 취득전부터 유지된 전력공급용 변전소 시설의 면적 15,294㎡를 제외할 경우 그 비중은 24.1%에 불과하며, 월 임대료는 OOO 발생하여 쟁점건물의 취득가액 대비 0.43% 수준에 불과하다. (라) 청구법인 등과 그 계열사 및 은행 등 임차인들 간에 작성된 임대차계약서 중 ‘계약의 중도해지’ 조항을 보면, 계약기간 중이라도 임대인과 임차인은 상대방에게 30일 전 서면 통지로서 언제든지 계약을 해지할 수 있도록 되어 있고, 중도해지시 위약금에 대한 약정이 없는바 일반적인 임대차 계약과 차이가 있다. (마) 청구법인이 2016.2.15. 쟁점건물 본관 임차인인 OOO 주식회사 등에게 공문을 발송하여 2016.4.30. 기한으로 임대차 해지통보를 하였고, 같은 날 쟁점건물 별관 입주자인 OOO 등에게 2016.6.30. 기한으로 임대차 해지통보를 하였으며, OOO 주식회사의 경우 2016.4.3. 퇴거하는 등 쟁점건물 철거가 시작된 2016년 6월까지 쟁점건물 임차인들이 모두 퇴거하였다. (바) 청구법인은 OOO의 본사인력(약 2천명)의 OOO로 이전한 후 쟁점건물 활용을 위한 OOO의 요청에 응하고, 침체된 주변상권에 실질적 도움을 주어 쟁점부동산 개발에 따른 부정적인 여론을 잠재우는 한편, 쟁점건물 취득 관련 매입세액을 공제받을 의도로 쟁점건물을 임대한 것으로 판단된다. (사) 쟁점건물의 임차인들 중 계열사들을 제외한 제3자는 시설이전에 대한 허가가 필요한 변전소, OOO 밖에 없다. (아) 청구법인 등은 쟁점부동산을 개발사업을 추진할 목적으로 취득하였으므로 쟁점건물을 철거하기 전에 약 7∼9개월의 기간 동안 일시적으로 임대한 것은 정상적으로 임대의 용도로 사용한 것으로 보기 어렵다.
(4) 관련부가가치세법및 이에 대한 해석 (가) 청구법인 등은 당초부터 쟁점토지 지상의 쟁점건물을 철거하고 새로운 건축물을 신축하는 등 쟁점토지만을 이용하려는 목적으로 쟁점부동산을 취득하였음이 명백한 것으로 보아야 하므로 쟁점건물 취득 관련 매입세액은 부가가치세법 시행령제80조 제2호에 따른 토지 관련 매입세액으로 보아야 하고, 토지 관련 매출에 대하여는 부가가치세가 면제되므로 토지 관련 매입세액은 불공제하되 토지의 취득원가에 산입하여야 한다. (나) 기존 건물을 취득하여 사용․수익하는 것은 과도기적인 것이고 궁극적으로 이를 철거할 목적으로 취득한 경우, 어느 정도의 기간 동안 임대사업을 영위할 목적을 가지고 있었거나 실제 얼마의 기간 동안 임대사업을 영위한 경우에 그 건물 관련 매입세액을 공제받을 수 있는지 판단기준이 모호하게 되므로 장래에 궁극적으로 철거하여 토지의 가치를 증가시킬 목적으로 취득한 건물의 경우, 그 건물 관련 매입세액을 토지 관련 매입세액으로 보아 불공제함이 타당하다. (다) 만일, 청구주장을 그대로 받아들일 경우 철거대상 건물을 극히 단기간 임대사업에 공하는 방법으로 부가가치세법 시행령제80조 제2호를 형해화할 우려가 있다.
(5) 기획재정부 유권해석 검토 (가) 기획재정부 유권해석(부가가치세제과-371, 2017.7.24.)과 달리 동일한 사실관계 하에서 법인세제과는 2017.6.24. “내국법인이 토지와 건축물을 취득하여 일정기간 임대 후 그 건축물을 철거하고 새로운 건축물을 지어 임대하는 경우 기존 건축물의 잔존가액을 해당 사업연도의 손금에 산입할지 또는 토지의 자본적 지출로 처리할지는 사업내용, 건축물의 취득 목적 및 경위, 취득 후 사용 현황 등을 종합적으로 고려하여 사실판단 할 사항”이라고 회신하였다. (나) 청구법인 등은 기획재정부에 질의서 제출시 쟁점부동산의 입찰가격 결정 및 취득 배경이 신사옥 부지 이용과 토지의 가치 상승 기대임을 확인할 수 있는 이사회 회의록과 ‘강남 신사옥 건립 추진을 위한 공동이행약정서’ 등의 서류를 제출하지 않았으므로 쟁점부동산의 취득 목적 등 관련 사실관계가 충분히 확인되지 아니한 상태에서 회신이 이루어진 것으로 볼 수 있다.
(6) 판례 검토 (가) 청구법인이 제시한 국세청이 패소한 판결OOO 은 건물을 취득한 목적, 임대계약 시점, 임차인 및 임차범위, 건물 철거시점 등 사실관계에 차이가 있어 이 건에 원용하는 것은 적절하지 않다. (나) 대법원 판결(대법원 1999.11.12. 선고 98두15290, 참조) 등에 따라 토지의 가치를 현실적으로 증가시키는 데에 소요된 비용은 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 해당하므로 이와 관련한 부가가치세 매입세액은 토지 관련 매입세액에 해당한다 할 것인바, 이를 불공제하여야 한다.
(7) 외국 법령 등 검토 (가) 일본의 법인세 기본통달은 토지와 건물을 취득 후 약 1년 이내에 그 기존 건물의 철거에 착수하는 경우 토지의 자본적 지출로 인정되는 경우로 예시하고 있고, OOO은 지출로 발생하는 효익이 1년 이내인지 초과하는지를 수익적 지출과 자본적 지출의 판단기준의 하나로 제시하고 있다. (나) 다만, 토지 관련 매입세액인지 여부가 기존 건물을 취득한 후 사용하는 상황에 따라 사후적으로 변동되는 것은 아니므로, 취득 당시에 토지만을 이용하기 위한 목적으로 토지와 그 지상 건물을 취득하였다는 점이 명백한 경우, 기존 건물을 사용한 기간에 관계 없이 그 건물의 취득 관련 매입세액을 토지 관련 매입세액으로 보아야 한다. 즉, 기존 건물을 일정기간 임대사업에 공한 기간이 존재한다는 사정은 그 취득 당시의 목적에 대한 보충적인 판단기준에 불과하다고 보아야 하므로 임대사업에 공한 기간을 기준으로 하여 그 건물의 매입세액 공제 여부를 판단하는 것은 적절하지 않다고 보인다.
(8) 결어 청구법인 등이 쟁점부동산을 취득한 목적은 OOO 개발을 위한 것이고, 쟁점건물의 매입가액은 쟁점부동산 매입가액의 2.3%에 불과하며, 30년간 사용하여 노후화된 쟁점건물을 취득 후 임대를 위한 시설투자를 하지 않았고, 쟁점건물을 주로 청구법인의 계열사들을 동원하여 일시적으로 임대한 것에 불과하다고 보이는 점 등을 종합할 때, 청구법인 등의 쟁점건물 취득 관련 매입세액은 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액으로 보아 불공제함이 타당하므로 이 건 부가가치세 부과처분은 잘못이 없다.
1. 사업자가 자기의 사업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로 공급받은 재화 또는 용역에 대한 부가가치세액(제52조제4항에 따라 납부한 부가가치세액을 포함한다) 제39조【공제하지 아니하는 매입세액】
① 제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.
7. 면세사업등에 관련된 매입세액(면세사업등을 위한 투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령으로 정하는 토지에 관련된 매입세액 (2) 부가가치세법 시행령 제80조【토지에 관련된 매입세액】 법 제39조 제1항 제7호에서 "대통령령으로 정하는 토지에 관련된 매입세액"이란 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.
1. 토지의 취득 및 형질변경, 공장부지 및 택지의 조성 등에 관련된 매입세액
2. 건축물이 있는 토지를 취득하여 그 건축물을 철거하고 토지만 사용하는 경우에는 철거한 건축물의 취득 및 철거 비용과 관련된 매입 세액
3. 토지의 가치를 현실적으로 증가시켜 토지의 취득원가를 구성하는 비용에 관련된 매입세액 (3) 국세기본법 제20조【기업회계의 존중】 세무공무원이 국세의 과세표준을 조사․결정할 때에는 해당 납세의무자가 계속하여 적용하고 있는 기업회계의 기준 또는 관행으로서 일반적으로 공정․타당하다고 인정되는 것은 존중하여야 한다. 다만, 세법에 특별한 규정이 있는 것은 그러하지 아니하다.
(1) 청구법인 등의 쟁점부동산 거래 및 사용과 관련한 주요 흐름은 아래 <표2>와 같다. <표2> 쟁점부동산 거래 및 사용 관련 주요 흐름
(2) 청구법인 등의 쟁점부동산 낙찰 및 매매계약서 등의 주요 내용은 다음과 같다. (가) OOO은 2014.8.29. 쟁점부동산을 일반경쟁 입찰(최고가 낙찰제)에 의하여 일괄매각하는 공고를 하였고OOO, 입찰결과 2014.9.18. 청구법인 등의 컨소시엄이 OOO에 낙찰받았다. (나) 쟁점부동산 매매계약서(2014.9.25.)에 의하면, 부동산 소재지는 OOO이고, 매매목적물은 쟁점토지 79,342㎡, 쟁점건물 97,261㎡, 수목 115,238주이며, 총 매각대금은 OOO이고, 매매대금의 지급은 계약보증금 OOO로 되어 있으며, 매수자 지분비율은 청구법인 55%, OOO 주식회사 20%, OOO 주식회사 25%로 되어 있다. (다) 동 매매계약서상 특약사항 제12조를 보면, 제1호에 매각 재산의 가치는 OOO 일대 종합발전계획’(2014.4월 발표) 등을 반영한 감정평가액을 기초로 산정되었다고 되어 있고, 제3호에 매도자는 매각재산을 임대차 또는 전대차 목적물로 하여 체결되었거나 체결될 모든 임대차계약을 매각재산 인도일(2015.9.25.)까지 종료하여 효력을 상실시킨다고 되어 있으며, 제7호에 매도자는 본 계약 체결 이후 매수자가 매각재산을 개발하기 위하여 필요한 인허가의 취득 또는 그 준비를 목적으로 매각재산에의 출입 및 매도자의 매각재산 사용에 대한 방해를 최소화하는 범위에서의 천공, 시추 등에 대한 허락을 요청하는 경우 협조하기로 한다고 되어 있고, 제8호에 매도자는 매수자가 매각재산을 개발하기 위하여 필요한 인허가를 신청하고 취득할 수 있도록 토지사용승낙서(인허가 신청용도에 한함)를 교부하는 등 적극 협력한다는 등의 내용이 기재되어 있다.
(3) 청구법인의 쟁점부동산 취득 목적 및 사용 현황 등이 나타나는 주요 문건 등의 내용은 다음과 같다. (가) 2014년 4월경 OOO는 쟁점부동산 부지가 포함된 OOO 공간 조성 등 국제교류복합지구로 조성하는 OOO을 발표하였다. (나) 2014년 9월 컨소시움 구성업체인 OOO 주식회사의 쟁점부동산 입찰 참여 관련 이사회 회의록에 의하면, 쟁점부동산의 매입 목적으로 통합 컨트롤 타워로서 통합 사옥의 필요성이 있다고 되어 있고, 사업개요는 업무․전시․문화․사업 등 복합시설 건립으로 되어 있다. (다) 2014년 9월 OOO 주식회사의 쟁점부동산 매매계약 체결 승인에 대한 이사회 회의록의 주요 내용은 다음과 같다. (라) 2014.11.19.자 청구법인의 OOO 보고문건의 주요 내용을 요약․발췌한 부분은 다음과 같다. (마) OOO은 2014.12.18. 청구법인에게 공문을 발송하여, OOO이 본사를 지방으로 이전한 후 쟁점건물을 청구법인 등에게 소유권이전하는 시점인 2015.9.25.까지 이를 활용하는 방안에 대하여 검토 중에 있는바, OOO 계열사별 쟁점건물 임차 규모, 입주(사용) 가능시기 및 인원, 식당․강당 등 복리후생시설 이용 여부, 임차환경 조성을 위한 요청사항 등과 관련된 기초자료의 제공을 요청하였고, 청구법인은 2014.12.22. 다음과 같은 의견을 회신한 것으로 나타난다. (바) 2015.1.28.자 청구법인 등 컨소시움의 OOO 개발을 위한 공동이행약정서의 주요 내용은 쟁점부동산 매매대금 납부․관리 ․운용 및 쟁점부동산 사업부지에 건립 추진 중인 OOO 개발과 관련한 컨소시엄의 기본적인 권리․의무를 정하고, 사업 추진 및 주요 사항에 있어 의사결정은 대표사인 청구법인이 최종 결정하는 것으로 약정한다는 것이다. (사) 2015년 3월 OOO 홍보자료에 의하면, OOO이 쟁점부동산에 대한 OOO 개발을 추진하여 통합사옥, 전시, 컨벤션, 국제업무, 관광숙박시설 등을 신축할 계획을 수립한 사실이 나타난다. (아) OOO 2015.6.22. 보도자료OOO에 의하면, OOO사전 협상이 합리적이고 신속하게 이루어지도록 행정절차 등 적극 지원을 약속하는 내용이 나타난다. (자) OOO 2016.2.17. 보도자료OOO에 의하면, 도시개발계획 사전협상 결과 청구법인 등이 부담할 공공기여금이 2016년 2월에 OOO으로 조기에 확정되어 사전협상이 마무리되고 본격 개발절차에 착수한다는 등의 내용이 나타난다.
(4) 쟁점건물의 임대차 현황은 다음과 같다. (가) OOO의 쟁점건물 매각 관련 입찰 공고문(2014.8.29.) 특약사항에는 낙찰자는 입찰공고일 현재 임대중인 건에 대해 OOO과 협의하여 승계 또는 임대차계약을 체결하여야 한다고 되어 있고, OOO이 쟁점건물을 매각하기 전에 기존 임차인 현황은 아래 <표3>과 같다. <표3> 쟁점건물 기존 임차인 현황 (나) 2015년 2월～3월까지 OOO과 청구법인의 계열사간 체결한 임대차계약 내역은 아래 <표4>과 같다. <표4> OOO와 청구법인 계열사간 임대차계약 현황 (다) OOO은 2014.12.31. 및 2015.1.6. 2차례에 걸쳐 전자자산처분시스템OOO에 쟁점건물 임대에 대한 입찰을 공고(임대차 만료기간: 2015.9.24., 계약기간: 연장불가)하였으나, 희망업체가 없어 모두 유찰되었고, 청구법인은 그 당시 쟁점건물을 매수하여 상당기간 사용할 예정이었으므로 계열사들이 2015년 2월부터 OOO과 임대차계약을 체결하고 위와 같이 쟁점건물에 입주하여 사용한 것이라고 주장하고 있다. (라) 청구법인 등이 쟁점건물 취득(2015.9.25.)한 후, 임대차 계약을 체결한 현황은 아래 <표5>와 같고, 쟁점건물 총 면적 중 임대가 이루어진 면적의 비율은 39.8%이며, 동 계약서상 임대인과 임차인은 상대방에게 30일 전 서면통지시 계약을 해지할 수 있다고 되어 있다. <표5> 청구법인 등의 쟁점건물 취득 후, 임대차계약 내역 (마) 2014.11.23.자 OOO 본사사옥 이전비용 검토자료에 의하면 본사 이전시 임차료, 사무실 관리비 감소 등으로 2015～2017년 OOO의 경비가 절감되는 것으로 검토되어 있으며 그 보고서 내용은 다음과 같다.
(5) 쟁점건물의 임대수입, 감가상각 등의 현황은 다음과 같다. (가) 청구법인 등의 쟁점건물 임대수입에 대한 부가가치세 신고내역은 아래 <표6>과 같다. <표6> 청구법인 등의 쟁점건물 임대수입에 대한 부가가치세 신고내역 (나) 청구법인은 쟁점건물의 내용연수를 3년으로 추정(쟁점건물 예상 사용기간)하여 2015년과 2016년에 감가상각비를 계상하다가, 쟁점건물을 조기에 철거하게 되자 2016년말에 미상각 잔액을 손상차손으로 계상한 회계처리 내역을 제출하였다. (다) OOO와 규모 등이 유사한 부동산 개발사업의 인허가에 소요된 기간의 예시는 아래 <표7>과 같다. <표7> 인허가 소요기간 등
(6) 이 건 관련 기획재정부 유권해석 (
(7) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다. (가) 처분청은 이 건 쟁점건물 취득 관련 매입세액을 쟁점토지의 자본적 지출 관련 매입세액으로 보아 불공제하여야 한다는 의견이나, 부가가치세법제38조 제1항에서 매출세액에서 공제하는 매입세액은 다음 각 호의 금액을 말한다고 규정하고 있고, 같은 항 제1호에서 사업자가 자기의 사업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로 공급받은 재화 또는 용역에 대한 부가가치세액이라고 규정하고 있으며, 같은 법 제39조 제1항에서 제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다고 규정하고 있고, 같은 항 제7호에서 면세사업 등에 관련된 매입세액과 대통령령으로 정하는 토지에 관련된 매입세액으로 규정하고 있으며, 같은 법 시행령 제80조 제2호에서 법 제39조 제1항 제7호에서 규정한 대통령령으로 정하는 토지에 관련된 매입세액이란 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액으로서 건축물이 있는 토지를 취득하여 그 건축물을 철거하고 토지만 사용하는 경우에 철거한 건축물의 취득 및 철거 비용과 관련된 매입세액이라고 규정하고 있는 점, (나) 청구법인 등이 컨소시움을 구성하여 2014년 9월에 OOO으로부터 쟁점건물을 매수하기로 하는 계약을 체결한 후 OOO으로부터 공급받는 쟁점건물에 대한 세금계산서를 적법하게 발급받았고, 이와 관련한 부가가치세가 OOO에 의하여 거래징수되어 정상적으로 신고․납부가 이루어진 점, (다) 청구법인 등이 부동산 개발사업을 추진하여 장래에 OOO를 건립할 목적할 목적으로 2015.9.25. OOO으로부터 쟁점부동산을 취득한 것이기는 하나, 그 부동산 개발사업을 위해서는 인허가(주요 절차: 프로젝트 제안서 접수 → 협상조정협의 → 공공기여협의 및 감정평가 → 지구단위계획수립 및 용도지역변경 → 건축심의 및 교통․경관․환경 등의 영향평가 → 수도권정비위원회 심의 → 건축심의 및 허가)에 3년 가량이 소요될 것으로 예상하고 쟁점건물을 취득하기 이전부터 쟁점건물을 부가가치세 과세사업인 임대업에 상당한 기간 동안 사용할 계획이 있었음이 2014.11.19.자 청구법인의 관련 프로젝트 추진현황 보고문건, 2014.11.23.자 OOO의 본사 사옥 이전비용 검토보고서 등에 나타나고, 청구법인은 쟁점건물의 예상 사용기간을 반영하여 추정내용연수로 4년을 적용하여 감가상각OOO하였으며, 이에 대하여 외부회계감사에서 적정하다는 의견을 받은 점, (라) OOO가 2016년 2월 OOO 개발사업 관련 공공기여금을 OOO으로 조기에 확정하면서 사전협상을 마무리하고 지구단위계획결정 및 수도권정비심의를 2016년 2월부터 6월까지 한 후, 환경교통영향평가 및 건축심의․허가 절차를 2016년 7월부터 거쳐 2017년 상반기에 착공하도록 하겠다는 보도자료(2016.2.18.)를 배포하는 등 적극 지원하겠다는 의지를 표명하였고, 이에 청구법인은 당초 예상보다 OOO개발사업에 조기 착공할 수 있을 것으로 기대하여 쟁점건물을 취득 후 9개월간 임대사업에 사용(쟁점건물 낙찰 이후 임대가 이루어진 기간은 1년 4개월임)하다가 2016년 6월 쟁점건물의 철거를 조기에 개시하였으나, 이후 OOO 심의보류 등에 따라 쟁점건물 취득 후 3년이 경과한 심리일 현재(2018년 12월)까지 OOO 건축허가를 득하지 못한 상태인 점, (마) OOO이 2014년 11월에 OOO로 본사를 이전하여 쟁점건물에 공실이 발생하자 OOO의 요청을 받고 청구법인 등이 이를 취득하기 이전부터 청구법인의 계열사들이 쟁점건물을 임차하여 사용할 수 있도록 협의하였고, 청구법인은 이를 위하여 OOO에게 쟁점건물 원상복구를 요구한 후 2015년 2월부터 청구법인의 계열사들이 OOO으로부터 쟁점건물을 임차하여 사용하기 시작하였으며, 청구법인 등이 쟁점건물을 취득(2015.9.25.)한 이후 9개월간 업무용 시설로 임대를 하여 약 OOO의 매출이 발생하고 이에 대하여 부가가치세 신고를 한 사실에 대하여는 청구법인과 처분청 간에 다툼이 없는 것으로 보이는 점, (바) 청구법인 등이 쟁점건물을 매수한 가액이 OOO에 달하고, 위와 같이 고액의 임대수익이 발생하는 쟁점건물을 수익을 얻을 목적으로 활용하지 않고 장기간 공실로 둔다는 것은 합리적인 경제인의 관점에서 정상적이라고 보기 어려우므로 청구법인이 당초부터 쟁점건물을 취득 후 상당한 기간 동안 부가가치세 과세사업인 임대업에 공할 의도를 가지고 있었음을 부인하기 어려운 점, (사) 청구법인 등이 쟁점건물을 취득한 이후 특수관계가 없는 임차인들OOO의 임차면적(19,600㎡)이 임대한 쟁점건물의 면적(38,766㎡)에서 차지하는 비중이 50.55%이고, 임차인들과의 임대차 계약조건을 보면 대부분 보증금 없이 차임만 부담하는 것으로 약정되어 있으며, 쟁점건물의 주요 임차인 중 하나인 OOO의 2014.11.23.자 내부검토자료에 의하면 32개월간 임차를 전제로 임차료․사무실 관리비․감가상각비 등을 비교한 결과, 쟁점건물로 본사 사옥을 이전할 경우 경비가 OOO 절감되는 것으로 분석한 것으로 나타나는바, 쟁점건물의 임대차는 임대인과 임차인 양측의 경제적 이득 또는 사업상 필요에 의하여 이루어진 것으로 보이고, 설령 청구법인 등이 특수관계에 있는 계열회사와 차임을 과다 또는 과소하게 수수하였다면 부당행위계산부인의 대상이 될 수는 있어도 이를 이유로 청구법인이 쟁점건물을 임대사업에 사용한 사실이 없는 것으로 보기는 어렵다 할 것인 점, (아) 궁극적으로 목적하는 부동산 개발사업의 시행을 위하여 필요한 조건이 장래에 충족될 경우 철거할 것으로 계획한 건물이라 하더라도 그 조건이 충족되는 데에 장기간이 소요되어 이를 취득하여 상당한 기간 동안 부가가치세 과세사업에 사용할 목적 역시 있었고 실제 그러하였다면 위의 두 목적은 양립할 수 있다 할 것인데 처분청의 의견은 전체적으로 그 양립이 불가함을 전제로 하고 있어 수긍하기 어려우며, 처분청의 의견과 반대로 국세청도 부동산개발을 위해 철거예정 건축물을 취득하고 부동산개발사업 절차가 확정될 때까지 상당기간이 소요되어 그 기간까지 부동산 임대에 사용하면서 실제 임대차계약 내용대로 임대업에 공하는 경우, 당해 건축물을 취득하면서 지출한 매입세액을 매출세액에서 공제할 수 있다고 유권해석(국세청 부가-313, 2013.4.9.)한 점, (자) 처분청은 이에 불구하고 기존 건물을 취득한 후 철거시까지 1년 이상 임대 등에 사용한 경우, 건물 취득 관련 매입세액을 공제하고 그렇지 않은 경우에는 토지 관련으로 보아 매입세액 불공제하는 기간기준을 제시하였으나, 이러한 기준은 우리나라 세법상 근거가 없는 것이어서 획일적으로 이러한 기간기준을 적용하는 것은 곤란해 보이는 점 등을 종합적으로 고려할 때, (차) OOO개발사업의 경우 인허가에 상당한 기간이 소요될 것임이 분명하였는데, 청구법인이 총 매매가액이 OOO이 넘는 쟁점건물을 취득한 후 수익을 얻기 위하여 임대사업에 사용할 목적은 없었던 것으로 보거나 그러할 목적이 있었더라도 이를 인정하지 아니하여야 한다는 처분청의 의견은 설득력이 낮아 보이고, 실제 쟁점건물을 취득한 후 상당한 기간 동안 부가가치세 과세사업에 공하여 거액의 수입금액이 발생하였으며, 이를 가장행위로 보거나 그 사실 자체를 부인할만한 객관적인 근거 내지 합당한 이유가 있다고 보기 어려우므로 처분청이 부가가치세법제38조 제1항 제1호 및 제39조 제1항 제7호, 같은 법 시행령 제80조 제2호를 위배하여 쟁점건물 취득 관련 매입세액을 불공제하여 청구법인에게 부가가치세를 부과한 이 건 처분은 잘못이 있다고 판단된다.
이 건 심판청구는 조세심판관합동회의 심리결과 청구주장이 이유 있으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.
OOO세무서장이 2018.2.7. 청구법인에게 한 2014년 제2기, 2015년 제1기, 2015년 제2기 부가가치세 합계 OOO의 부과처분은 이를 취소한다.