대주주가 양도하는 중소기업 비상장주식에 대하여 양도세율 20%를 적용은 정당함

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구인은 2015.12.31. 현재 (주)OOO의 총 발행주식 OOO주(지분율 68.25%)를 소유하다가 2016.10.17.OOO주(지분율 58.25%, 이하, “쟁점주식”이라 한다)를 양도하고, 2017.2.28. 쟁점주식의 양도소득에 대한 양도소득세액를 산정하면서 20% 세율을 적용하여 OOO원을 예정신고․납부하였다가, 2017.11.27. 구 소득세법(2016.12.20. 법률 제14389호로 개정되기 전의 것, 이하 “구 소득세법”이라 한다) 제104조 제1항 제11호 나목(이하, “쟁점규정”이라 한다)에서 규정하는 대주주에는 비상장 중소기업의 대주주가 포함되지 않으므로 양도소득세율 10%를 적용하여야 한다”는 취지의 경정청구를 제기하였다.
• 나. 처분청은 2018.1.12. 청구인의 경정청구에 대하여 “쟁점규정상 대주주에는 비상장 중소기업의 대주주도 포함되므로 청구인의 당초 신고가 정당하고 경정할 이유가 없다”고 보아 경정청구를 거부(이하, “쟁점처분”이라 한다)하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2018.2.9. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 (주)OOO는 중소기업기본법상 중소기업에 해당하고, 자본시장과 금융투자업에 관한 법률에 따른 주권상장법인에 해당하지 않으며, 쟁점규정에서의 대주주의 정의는 구 소득세법에서 대주주에 대하여 정의하고 있는 제94조 제1항 제3호 가목과 동일한 의미라 할 것인데, 같은 규정에서 “자본시장과 금융투자업에 관한 법률에 따른 주권상장법인의 주식등으로서”라는 제한적 문구를 두고 있으므로, 그 법문대로 쟁점규정에서의 대주주도 비상장법인의 주주는 포함되지 않는다고 해석하는 것이 타당하고, 구 소득세법(2009.12.31. 법률 제9897호로 개정되고, 2010.12.27. 법률 제10408호로 개정되기 전의 것) 제94조 제1항 제3호 가목의 “대통령령으로 정하는 대주주”에 관한 헌법재판소의 결정(헌재 2015.7.30. 선고 2013헌바460 결정)에서 구 소득세법 규정의 의의, 입법취지 및 연혁 등을 제시하고 있는 바, 이에 비추어 보아도 쟁점규정상의 “대주주”란 “주권상장법인의 대주주”로 제한하여 해석해야 할 것이다.
• 나. 처분청 의견 청구인은 구 소득세법 제94조 제1항 제3호 가목에서 정의하고 있는 “대주주”와 관련하여서 “주권상장법인의 주식 등으로서”라고 한정하고 있으므로 이러한 한정이 쟁점규정에서의 대주주에도 동일하게 전제되어야 한다는 취지로 주장하나, 2015.12.15. 법률 제13558호로 소득세법 제104조 제1항 제11호 나목이 개정되어 중소기업의 주식등으로서 10% 세율이 적용되는 대상이 대주주가 아닌 자가 양도하는 경우로 한정됨에 따라 중소기업 대주주의 양도소득세율이 10%에서 20%로 상향되었다. 이와 관련한 국회의 개정이유를 보아도, 이전에는 중소기업 주식의 양도소득에 대해서는 대주주인지 여부와 무관하게 양도소득세의 세율이 적용되고 있었으나 중소기업의 대주주인 경우에는 중소기업과는 별개로 주식양도소득 과세에 있어서도 우대하여야 할 필요성이 낮은 점을 고려하여 일부 중소기업의 대주주에게 주식양도세율을 10%에서 20%로 조정하게 된 것이므로, 쟁점규정에서 대주주를 “주권발행법인의 대주주”로 한정하여 해석하여야 한다는 청구주장은 입법취지 등을 오해한 것으로 쟁점처분은 정당하다.

• 가. 쟁 점 대주주가 양도하는 중소기업 비상장주식에 대하여 양도세율 10%를 적용해야 한다는 청구주장의 당부
• 나. 사실관계 및 판단

(1) 쟁점주식의 양도소득과세표준 신고 및 납부계산서와 쟁점주식의 ‘주식 및 경영권 양수도계약서’에 따르면 청구인은 2016.10.17. 쟁점주식을 주당 OOO원에 양도하고 2017.2.28. 처분청에 그 양도소득에 대한 양도소득세를 예정신고․납부하면서, 그 세율을 20%로 적용하였다.

(2) 청구인이 제출한 경정청구서와 처분청의 양도소득세 경정청구 검토서와 경정청구 대한 거부통지에 따르면, 2017.11.27. 청구인은 상기 양도소득세 신고에 대하여 “쟁점규정상 대주주에는 비상장회사의 주주는 포함되지 않으므로 10%의 세율을 적용하여야 한다”는 취지의 경정청구서를 처분청에 제출하였고, 2018.1.12. 처분청은 상기 경정청구에 대하여 “쟁점주식의 발행법인은 중소기업에 해당하나 쟁점규정과 구 소득세법 시행령 제157조 제4항 에 비추어 비상장 중소기업의 대주주도 포함된다”는 취지로 경정청구를 거부하였다.

(3) 소득세법제94조 제1항 제3호 가목과 같은 법 제104조 제1항 제11호의 개정내용을 정리하면 아래와 같다. 구 분 2015.12.15. 개정 전 2015.12.15. 개정 후 2016.12.20. 개정 후 제94조 제1항 제3호 가목 주권상장법인의 주식등으로서 소유주식의 비율·시가총액 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 대주주(이하 이 장에서 “대주주”라 한다)가 양도하는 것 (이하 생략) (좌동) 주권상장법인의 주식등으로서 다음의 어느 하나에 해당하는 주식등

1. 소유주식의 비율·시가총액 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 주권상장법인의 대주주가 양도하는 주식등

2. (생략) 제104조 제1항 제11호

• 가. 대통령령으로 정하는 중소기업(이하 이 장에서 "중소기업"이라 한다) 외의 법인의 주식등으로서 대주주가 1년 미만 보유한 주식등: 양도소득 과세표준의 100분의 30
• 나. 중소기업의 주식등: 양도소득 과세표준의 100분의 10
• 다. 그 밖의 주식등: 양도소득 과세표준의 100분의 20
• 가. (좌동)
• 나. 중소기업의 주식등(대주주가 아닌 자가 양도하는 경우로 한정한다): 양도소득 과세표준의 100분의 10
• 다. (좌동)
• 가. 소유주식의 비율·시가총액 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 대주주(이하 이 장에서 "대주주"라 한다)가 아닌 자가 양도하는 주식등으로서 대통령령으로 정하는 중소기업(이하 이 장에서 “중소기업”이라 한다)의 주식등: 양도소득 과세표준의 100분의 10
• 나. 대주주가 1년 미만 보유한 주식등으로서 중소기업 외의 법인의 주식등: 양도소득 과세표준의 100분의 30
• 다. 그 밖의 주식등: 양도소득 과세표준의 100분의 20 (4) 소득세법 시행령제157조 제4항과 제167조의8의 개정내용을 정리하면 아래와 같다. 구 분 2016.2.17. 개정 전 2016.2.17. 개정 후 2017.2.3. 개정 후 제157조 제4항 법 제94조 제1항 제3호 가목에서 “대통령령으로 정하는 대주주”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자(이하 이 장에서 “대주주”라 한다)를 말한다. 법 제94조 제1항 제3호 가목에서 “대통령령으로 정하는 대주주”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자(이하 이 장에서 "대주주"라 한다)를 말한다. 법 제94조 제1항 제3호 가목 1)에서 “대통령령으로 정하는 주권상장법인의 대주주”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자(이하 이 조 및 제167조의8에서 "주권상장법인대주주"라 한다)를 말한다. 제167조의8 법 제104조 제1항 제11호 가목에서 “대통령령으로 정하는 중소기업”이란 주식등의 양도일 현재 중소기업기본법 제2조 에 따른 중소기업에 해당하는 기업을 말한다. 법 제104조 제1항 제11호 가목에서 “대통령령으로 정하는 중소기업”이란 주식등의 양도일 현재 중소기업기본법 제2조 에 따른 중소기업에 해당하는 기업을 말한다.

① 법 제104조 제1항 제11호 가목에서 “대통령령으로 정하는 대주주”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자(이하 이 장에서 “대주주”라 한다)를 말한다.

2. 주권비상장법인의 주주로서 제157조 제4항 각 호의 어느 하나에 해당하는 주주. 다만, 대주주 여부를 판단할 때 소유주식의 비율은 100분의 4 이상으로 하고, 시가총액은 자본시장과 금융투자업에 관한 법률 시행령 제178조 제1항 에 따라 거래되는 벤처기업육성에 관한 특별조치법 제2조 제1항에 따른 벤처기업의 주식등에 한정하여 40억원 이상으로 한다.

(5) 2015.12.15.소득세법개정 당시 국회 기획재정위원회 조세위원회 보고서에는소득세법제104조 제1항 제11호 나목의 개정 취지를 아래와 같이 기술하고 있다. ㅇ 중소기업 주식양도세율 조정 중소기업 주식의 양도소득에 대해서는 대주주인지 여부와 무관하게 양도소득세의 세율이 적용되고 있으나, 중소기업의 대주주의 경우에는 중소기업과는 별개로 주식양도소득 과세에 있어서도 우대하여야 할 필요성은 낮은 점을 고려하여 일부 중소기업의 대주주에게 적용되는 주식양도세율을 10퍼센트에서 20퍼센트로 조정함

(6) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구인은 쟁점규정에서 “대주주”는 “주권상장법인 중 중소기업의 대주주”를 의미하는 것으로 보아야 하므로 비상장법인 및 중소기업의 발행주식인 쟁점주식에 대하여 10%의 양도소득세 세율이 적용되어야 한다고 주장하나, 쟁점규정의 “대주주”는 구 소득세법 제94조 제1항 제3호 가목에서 그 범위를 대통령령에 위임하고 있는 “대주주”와 동일한 것으로 보아야 할 것이고, 구 소득세법 제94조 제1항 제3호 가목은 양도소득의 범위에 대하여 규정하면서 “주권상장법인의 주식등으로서 소유주식의 비율·시가총액 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 대주주가 양도하는 것”이라고 규정하고 있으므로 문언해석상 동 규정의 “대주주”는 상장법인 및 비상장법인의 대주주를 모두 포함하는 것으로 봄이 타당하다 할 것이다. 따라서 처분청이 비상장법인이자 중소기업이 발행한 쟁점주식에 대하여 20%의 양도소득세 세율 적용 대상이라고 보아 청구인의 경정청구를 거부한 쟁점처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.