각 청구기한이 지난 후에 제기된 이 건 경정청구를 국세기본법 제45조의2 제1항에 따른 통상적인 경정청구로 인정할 수도 없는 점 등에 비추어 볼 때 이 건 경정청구를 적법한 것으로 인정할 수는 없다 할 것이므로 처분청이 동 경정청구를 거부한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.
각 청구기한이 지난 후에 제기된 이 건 경정청구를 국세기본법 제45조의2 제1항에 따른 통상적인 경정청구로 인정할 수도 없는 점 등에 비추어 볼 때 이 건 경정청구를 적법한 것으로 인정할 수는 없다 할 것이므로 처분청이 동 경정청구를 거부한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.
[주 문] 심판청구를 기각한다. [이 유]
가.청구법인은 1989.5.1. 설립하여 주택신축판매업을 영위하는 주택건설사업자로, 2009.12.9. 2009년 귀속 종합부동산세 과세표준신고를 하면서 OOO외 13필지 38,256㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)가조세특례제한법 (이하 “조특법”이라 한다) 제104조의19 제1항에 따른 과세특례인 ‘주택건설사업자가 주택을 건설 하기 위하여 취득한 토지로서 취득일부터 5년 이내에주택법에 따른 사업계획의 승인을 받을 것’에 해당한다고 보아 종합부동산세 합산배제신청을 하였고, 이에 따라 쟁점토지가 2010년～2012년 귀속 종합부동산세 과세대상에서 배제되었다.
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
(2) 청구법인과 처분청이 제출한 증빙자료 등은 아래와 같다. (가) 국세청 전산자료에 의하면 청구법인이 2010년～2013년 귀속 종합부동산의 과세표준신고(쟁점토지 및 다른 토지에 대한 것) 를 하지 아니하였고, 2009년 귀속분의 경우 당초 2009.11.16. 정기분 고지를 받 았다가, 2009.12.9. 과세표준신고를 하였으나 쟁점토지에 대한 합산배제신청에 기인하여 과세표준이 ‘0원’이었으며, 2009.12.17. 처분청이 위 고지를 결정취소한 것으로 나타나고, 청구법인은 쟁점외세액 외에 쟁점세액에 대한 불복(이의신청, 심판청구)을 제기한 사실이 없다. (나) 쟁점토지의 등기부등본을 보면 청구법인은 2008.3.31. 쟁점토 지의 소유권이전등기의 접수(등기원인: 2007.7.25. 매매)를 하고, 동 접수일에 쟁점토지를 OOO 주식회사 앞으로 신탁을 원인으로 소유권이전등기하였다가, 2009.4.30. OOO 주식회사로 수탁자를 변 경한 것으로 나타난다. (다)2010년～2012년 기간의 재산세 과세자료(2009년․2013년분 재산세 과세자료 미제출)를 보면 OOO은 쟁점토지의 납세의무자를 청구법인으로 하고, 쟁점토지를 종합합산과세대상으로 보아 재산세를 부과한 것으로 나타난다. (라)청구법인이 2007.7.25. 전소유자인 재단법인OOO와 체결한 쟁점토지의 매매계약서에 의하면 매매대금이 총 OOO이 고, 관련된 금융거래내역에 의하면 위 매매대금이 2007.7.25.～2008.3.31. 기간 중 지급된 것으로 나타난다. (마)청구법인의 쟁점토지 취득과정은 아래 <표3> 기재와 같다. OOO (바)청구법인이 쟁점토지의 취득일을 ‘2012.12.11. 이후’로 보아야 한다고 주장하면서 제시한 쟁점판결 중 1심 판결문(OOO판결, 2심에서도 동일한 취지로 판시하였고, 처분청은 상고심을 제기하지 아니함)을 보면 법원은 청구법인이 처분 청을 상대로 제기한 쟁점외세액의 취소소송에 대하여, “원고(청구법인)와 재단법인 OOO(전소유자) 사이에 무효인 2008.3.31.자 소유권이전등기를 유용 하기로 하는 합의가 있었다고 하더라도, 무효등기 유용의 효과가 최초 등기시점으로 소급한다고 볼 수 없고, 구 소득세법 시행령제162조 제1항 제1호․제2호에 규정된 ‘등기접수일’에 유용하 기로 한 무효등기의 접수일이 포함된다고 할 수 없으므로, 위 2008.3.31.자 소유권이전등기는 쟁점토지의 처분에 관한 주무관청의 유효한 허가가 있는 때에 비로소 실체관계에 부합하는 등기가 되어 원고가 쟁점토지의 소유권을 취득하게 된다고 봄이 상당하고, 따라서 원고는 적어도 쟁점토지 등의 처분에 관한OOO의 정관변경허가가 있었던 2012.12.11. 이전에는 쟁점토지의 소유권을 취득하였다고 볼 수 없다”는 이유로 쟁점외세액의 부과처분이 위법하다고 판시한 것으로 나타난다. 한편 위 판결문의 주석(10쪽)을 보면 법원은 OOO의 2011.12.11.자 정관변경허가 후 법원이 OOO판결)에서는 ‘쟁 점토지에 대한 매매계약 및 2008.3.31.자 소유권이전등기가 위 정관변경허가를 받음으로써 유효하게 되었다고 판시한 반면에, 이후 제기된 OOO의 1심 판결(OOO판결)에서는 위 정관변경과 관련한 이사회결의가 무효여서 이 를 기본행위로 한 해당 정관변경허가도 무효라고 판시하였는데, 현재 그 항소심(OOO)이 계속 중이므로 위 이사회결의 및 정관변경허가의 효력 유무를 단정하기는 어렵다’고 본 것으로 나 타나고, 대법원 홈페이지(나의 사건검색)에 의하면 쟁점2민사소송의 2심(항소심)에서 위 1심 판결과 다르게 원고인 재단법인 OOO의 청구를 기각하는 판결을 한 후 현재 상고심(OOO이 진행 중인 것으로 나타난다. (사)OOO쟁점토지를 청구법인으로부터 수탁받은 OOO등을 상대로 제기한 건 물 철거 및 토지인도 소송)의 2심 판결문(OOO 판결, 대법원이 2013.10.17. 심리불속행으로 확정 한 것)을 보면, 법원은 ‘재단법인의 기본재산의 처분은 재단법인의 정관 의 변경을 초래하므로 정관의 변경이 이루어지지 아니하면 재단의 기본 재산에 관한 처분행위는 그 효력이 발생할 수 없다고 할 것이고, 정 관 의 변경은 주무관청의 허가를 얻지 아니하면 그 효력이 없으므로 주 무 관청의 허가가 없는 재단법인의 기본재산의 매매계약은 그 효력이 발생할 여지가 없다고 할 것이나(대법원 1974.6.11. 선고 73다1975 판 결, 대법원 1974.4.23. 선고 73다544 판결 참조), 그 허가는 반드시 기 본 재산의 처분 전에 받아야만 하는 것은 아니고, 매매 등 계약 성립 후 에 받더라도 그 매매 등 계약이 유효하게 되는바(대법원 1998.7.24. 선고 96다27988 판결, 대법원 2011.9.8. 선고 2010다108289 판결 등 참조), 전소유자인 재단법인 OOO가 2007.7.25. 쟁점토지를 처분할 당시에는 주무관청의 유효한 허가가 없었으나, OOO가 쟁점토지에 관한 청구법인과의 소유권분쟁을 종식시키기로 하여 2011.12.23. 청구법인이 OOO억원을 지급하고, OOO가 쟁점토지의 처분에 관한 정관변경 허가신청 절차를 이행하고 관련된 매매계약을 추인한다는 내용의 약정을 체결한 점, OOO가 2012.10.29.까지 위 약정에 따른 대금OOO억원을 모두 지급받은 점, OOO가 2012.11.21. 이사회에서 쟁점토지의 처분에 관한 정관변경 허가신청을 하여 정관변경 허가 없 이 이루어진 2007.7.25.자 이 사건 매매계약의 하자를 치유하기로 한다는 내용의 결의를 한 다음, 2012.11.27.경 정관변경 허가신청을 한 점, 동작구청장이 2012.12.11. 쟁점토지의 기본재산 처분에 관한 정관변경을 허가한 점 등을 감안할 때 위 매매계약은 위 정관변경 허가를 받음으로써 유효하게 되었다고 할 것이고, 따라서 쟁점토지에 관하여 동 매매계약을 원인으로 하여 청구법인 앞으로 경료된 각 소유권이전등기 등이 실체관계에 부합하는 것으로서 유효하다’고 판시한 것으로 나타난다. (3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법 인은 쟁점판결에 의하여 쟁점토지의 취득일이 ‘2012.12.11. 이후’로 확정에 따라 처분청이 그 취득일을 2008.3.31.로 전제하여 청구법인에 게 부과한 쟁점외세액을 결정취소한 이상, 동일한 전제로 부과된 쟁점세 액에 대해서도 쟁점판결에 의하여 그 과세표준 등과 관련된 거래 또는 행위 등이 다른 것으로 확정되었으므로 이 건 경정청구를 국 세 기본법」제45조의2 제2항 제1호에 따른 후발적인 사유에 기한 것으 로 보거나 같은 조 제1항에 따른 통상적인 경정청구로 보아 결정취소되 어야 한다고 주장하나, 국세기본법제45조의2 제2항 제1호에서 규정하는 ‘판결’이란 과세처분과 관련한 과세표준 및 세액산출의 근거가 된 거래 또는 행 위에 관한 ‘해당 소송’에 한정된다 할 것이나, 쟁점판결의 대상인 쟁점외세액이 2010년～2012년 귀속분 종합부동산세인 쟁점외세액인 반면, 이 건 경정청구의 대상인 쟁점세액은 2009년․2013년 귀속분이어서 서 로 귀속연도가 다른바, 쟁점판결을 ‘쟁점세액의 부과처분과 관련한 과세표준 등의 근거가 된 거래 또는 행위에 대한 해당 소송’으로 보 기 는 어려우므로 이 건 경정청구를 위 조항에서 규정하는 후발적 사유 에 기한 것으로 인정할 수는 없는 점, 2009년 귀속분의 경우 청구법인이 종합부동산세 과세표준신고를 하였으나 그 과세표준신고의 법정신고기한인 2009.12.15.부터 3년 이내에 경정청구를 제기하지 아니하였고, 2010년～2013년 귀속분의 경우 청구법인이 그 과세표준신고가 아니라 처분청으로부터 결정고지를 받았으나 해당 고지일부터 90일 이내에 경정청구를 제기하지 아니하였으므로 각 청구기한이 지난 후에 제기 된 이 건 경정청구를국세기본법제45조의2 제1항에 따른 통상적인 경정청구로 인정할 수도 없는 점 등에 비추어 볼 때 이 건 경정청구 를 적법한 것으로 인정할 수는 없다 할 것이므로 처분청이 동 경정청구 를 거부한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.
결정내용은 붙임과 같습니다.