재산세와 종합부동산세의 공정시장가액비율 중 적은 비율만을 적용하여 종합부동산세액에서 공제할 재산세액을 계산하여야 한다는 청구주장은 이유 없음

[주 문] 2012년 귀속 종합부동산세 OOO원 및 2013년 귀속 종합부동산세 OOO원의 환급을 구하는 심판청구는 이를 각하하고, 나머지 심판청구는 기각한다. [이 유]

• 가. 청구법인은 2012년～2013년 귀속 종합부동산세와 관련하여 종합부동산세법 제8조 제3항 에 따라 종합부동산세 과세표준 합산대상에서 배제되는 주택의 보유현황을 신고(이하 “합산배제 신고”라 한다)하였으나 과세표준 및 세액은 신고하지 아니하였고, 2014년 귀속분은 종합부동산세 OOO원을 신고․납부하였다.
• 나. 처분청은 2012.11.23. 및 2013.11.25. 청구법인에게 종합부동산세 2012년 귀속분 OOO원 및 2013년 귀속분 OOO원, 합계 OOO원을 결정․고지하였다.
• 다. 청구법인은 2017.9.15. 종합부동산세액에서 공제할 재산세액 계산시 종합부동산세 공정시장가액비율과 재산세 공정시장가액비율을 모두 적용하여 재산세액이 과소공제 되었다면서 종합부동산세 합계 OOO의 환급을 구하는 경정청구를 하였으나, 처분청은 2017.11.20. 청구법인이 종합부동산세 부과처분이 있음을 안 날로부터 90일이 지난 이후 경정청구를 하였다는 사유로 이를 거부하였다.
• 라. 청구법인은 이에 불복하여 2018.2.14. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장

(1) 합산배제 신고 후 고지서로 납부한 경우 과세표준 신고서를 제출한 자로 보아 법정신고기한이 지난 후 5년 이내 경정청구가 가능하다. 관련 판례(서울행정법원 2017.4.7. 선고 2016구합68236 판결)에서는 종합부동산세법 제8조 제3항, 같은 법 시행령 제3조 제8항 및 제4조 제4항, 같은 법 시행규칙 제2조 제1항에 따라 9월 16일부터 30일까지 종합부동산세 합산배제 신고를 한 것은 과세표준을 신고하는 것과 동일한 의미를 갖는 것으로 그러한 자는 국세기본법 제45조의2 제1항 의 “과세표준 신고서를 법정신고기한까지 제출한 자”에 해당한다고 판시하였다. 종합부동산세 납부과정을 보면 납세의무자가 해당연도 9월 30일까지 종합부동산세 합산배제 신고프로그램을 통하여 신고를 하고, 과세관청은 이를 기초로 해당연도 납기개시일 3일전까지 종합부동산세 납부세액을 결정․고지(부과과세)하며, 그 납부기한은 12월 1일부터 12월 15일까지이다. 대부분의 납세자들은 과세관청에서 고지한 종합부동산세액으로 납부하게 되고, 다만, 9월말까지 합산배제 신고를 이행하지 못하여 과세관청이 고지한 세액에 이의가 있는 납세의무자가 합산배제를 반영하기 위하여 신고납부 방식을 택하게 된다. 종합부동산세의 과세표준 및 세액은 홈택스 프로그램에 의하여 기계적으로 산출되는 사항으로 이 과세표준을 정하는 가장 중요한 요소는 합산배제 신고내용이다. 납세의무자가 합산배제 신고를 그 기간인 9월에 이행하여 신고서상 과세표준금액이 명시되지 않았다는 이유로 이를 신고납부로 보지 않고, 종합부동산세 신고납부 기간인 12월에 이행한 것만 신고납부로 보는 처분청의 의견은 납세자 편의를 위하여 선택적 신고납부제도를 도입한 종합부동산세 개정 취지에 부합하지 않는다. 또한, 이는 합산배제 신고내용을 적용한 과세관청의 고지세액에 이의가 없다고 하더라도 본 건과 같이 세법해석의 변경 등 예측 불가능한 상황에서의 경정청구를 위하여 납세의무자에게 불필요한 신고납부 절차의 이행을 강요하게 되는 비합리적인 결과를 초래한다. 따라서, 종합부동산세 합산배제 신고를 한 납세의무자를 국세기본법 제45조의2 제1항 의 “과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자”로 보는 것이 타당하다.

(2) 종합부동산세액에서 공제할 재산세 상당액은 ‘(공시가격-과세기준금액) × 재산세와 종합부동산세의 공정시장가액비율 중 적은 비율 × 재산세율’ 산식을 적용하여 산정되어야 한다. 청구법인은 당초 종합부동산세액을 계산하면서 공제할 재산세 상당액을 ‘(공시가격-과세기준금액) × 종합부동산세 공정시장가액비율 × 재산세 공정시장가액비율 × 재산세 표준세율’의 산식에 따라 산정하였으나, 관련 판례(대법원 2015.6.23. 선고 2012두23334 판결)에서는 이를 ‘(공시가격-과세기준금액) × 재산세와 종합부동산세의 공정시장가액비율 중 적은 비율 × 재산세 표준세율’로 산정해야 한다고 판시하였다.

• 나. 처분청 의견 종합부동산세 합산배제 신고를 한 것이 과세표준 신고를 제출한 것과 동일한 정도의 협력의무를 이행한 것이라고 보기는 어려우므로 청구법인은 국세기본법 제45조의2 제1항 본문의 “과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자”에 해당하지 않는바, 법정신고기한이 지난 후 5년 이내에 경정청구를 할 수 있는 것이 아니라, 같은 항 단서에 따라 ‘결정 또는 경정으로 인하여 증가된 과세표준 및 세액에 대하여 해당 처분이 있음을 안 날부터 90일 이내’에 경정청구를 할 수 있다. 청구법인은 종합부동산세 합산배제 신고가 과세관청에 대한 협력의무를 이행함으로써 종합부동산세 과세표준을 신고하는 것과 동일한 효력을 가진다고 주장하나, 다음과 같이 받아들일 수 없다. 종합부동산세법 시행령 제8조 제2항 에 의하면, 같은 법 제16조 제3항에 따라 종합부동산세의 과세표준과 세액을 신고하는 때에는 종합부동산세 신고서, 과세대상 물건 명세서, 세부담 상한 초과 세액계산명세서를 제출하여야 한다. 이에 반해 합산배제 신고시에는 합산배제 대상 부동산의 목록 및 합산배제 요건 해당 여부를 확인하기 위한 정보만을 기재하면 된다. 이와 같이 종합부동산 과세표준 신고시에는 과세대상 부동산의 목록과 과세표준 및 세액산정에 필요한 모든 정보를 작성․제출하여야 하는 반면, 합산배제 신고시에는 합산배제 대상 부동산의 목록과 합산배제 해당 여부를 확인하기 위한 최소한의 정보만을 작성․제출하도록 하는 이상, 비록 종합부동산세법이 납세의무자에게 합산배제 신고의무를 부여하고 있다 하더라도, 합산배제 신고서를 제출한 것이 과세관청에 대하여 과세표준 신고서를 제출한 것과 동일한 정도의 협력의무를 이행한 것이라고 보기는 어렵다. 설령, 청구법인이 종합부동산세법이 요구하는 협력의무를 이행하여 실질적으로 과세표준 신고를 한 것과 동일하게 평가될 수 있다고 하더라도, 청구법인이 신고한 과세표준 및 세액이 존재하지 아니하는 이상 부과된 세액 전부가 국세기본법 제45조의2 제1항 단서의 ‘결정 또는 경정으로 인하여 증가된 과세표준 및 세액'에 해당한다고 보아야 하므로, 청구법인은 해당 처분이 있음을 안 날로부터 90일 이내에 경정청구를 하여야 한다(서울고등법원 2017.11.22. 선고 2017누45010 판결).

• 가. 쟁점

① 2012～2013년 귀속 종합부동산세OOO와 관련한 심판청구의 적법 여부: 합산배제 신고분 관련

② 재산세와 종합부동산세의 공정시장가액비율 중 적은 비율만을 적용하여 종합부동산세액에서 공제할 재산세액을 계산하여야 한다는 청구주장의 당부

• 나. 관련 법령: <별지> 기재
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인 및 처분청이 제출한 심리자료 등에 따르면 다음의 사실이 나타난다. (가) 청구법인의 2012～2013년 귀속 종합부동산세 과세대상에는 주택뿐만 아니라 토지도 포함되어 있고, 청구법인은 합산배제 신고시 토지분 과세대상 물건명세 신고 등도 하였다. (나) 국세행정시스템 신고서목록(CB06), 청구법인의 종합부동산세 신고서에 따르면 청구법인은 2014.12.10. 종합부동산세 정기신고를 한 것으로 나타난다. (다) 2014.3.14. 기획재정부령 제411호로 개정된 종합부동산세법 시행규칙별지 제3호 서식 부표(2)의 작성방법에는 같은 법 시행령 제4조의2, 제5조의3 제1항 및 제2항의 각 산식 중 분자에 해당하는 ‘(주택, 토지)분 과세표준에 대하여 재산세 표준세율로 계산한 상당액’을 ‘(공시가격 - 기준금액) × 종합부동산세 공정시장가액비율 × 재산세 공정시장가액비율 × 재산세 표준세율’의 산식에 따라 산정하도록 기재되어 있다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 먼저, 쟁점①에 대하여 살피건대, 종합부동산세 신고시에는 과세대상 부동산의 목록과 과세표준 및 세액산정에 필요한 모든 정보를 작성·제출하여야 하는 반면, 합산배제 신고 시에는 합산배제 대상 부동산의 목록과 합산배제 해당 여부를 확인하기 위한 최소한의 정보만을 작성·제출하도록 하는 이상, 비록 종합부동산세법이 납세의무자에게 합산배제 신고의무를 부과하고 있다 하더라도 합산배제 신고서를 제출한 것을 과세표준 신고서의 제출과 동일한 것으로 보기 어려운 점, 청구법인은 2012년 및 2013년 귀속 종합부동산세에 대하여 과세표준 신고서를 제출한 사실이 없고, 처분청으로부터 종합부동산세 납세고지서를 수령한 2012.11.23 및 2013.11.25.로부터 90일을 경과한 2017.9.15. 경정청구를 제기한 점, 경정청구기간이 도과한 후에 제기된 경정청구는 부적법하여 과세관청이 과세표준 및 세액을 결정 또는 경정하거나 거부처분을 할 의무가 없으므로 과세관청이 경정을 거절하였다고 하더라도 이를 불복의 대상이 되는 거부처분으로 볼 수 없는 점, 청구법인은 처분청이 2012년 및 2013년 귀속 종합부동산세 부과처분을 한 2012.11.23. 및 2013.11.25.로부터 90일이 넘은 2018.2.14. 심판청구를 제기하여 심판청구기간을 도과한 점 등에 비추어 OOO원의 환급을 구하는 심판청구는 부적법한 것으로 판단된다(조심 2018구649, 2018.3.19., 같은 뜻임).

(3) 다음으로, 쟁점②에 대하여 살피건대, 청구법인은 종합부동산세액에서 공제할 재산세액 계산시 재산세와 종합부동산세의 공정시장가액비율 중 적은 비율만을 적용하여야 한다고 주장하나, 종합부동산세법 제8조 및 제13조에서 과세기준금액 초과분 공시가격에 종합부동산세 공정시장가액비율을 적용한 금액을 종합부동산세의 과세표준으로, 지방세법 제110조 에서 시가표준액에 재산세 공정시장가액비율을 적용한 금액을 재산세 과세표준으로 하도록 각각 규정하고 있고, 종합부동산세법 시행령 제4조의2, 제5조의3 제1항 및 제2항은 공제될 재산세액 산정의 기준이 되는 금액을 ‘종합부동산세의 과세표준’으로 정하고 있으므로 종합부동산세법 시행령 제4조의2, 제5조의3 제1항 및 제2항의 각 산식 중 분자에 해당하는 ‘주택분/토지분 과세표준에 대하여 주택분/토지분 재산세 표준세율로 계산한 재산세 상당액’이라 함은 과세기준금액 초과분 공시가격에 종합부동산세 공정시장가액비율을 곱하여 산정한 종합부동산세 과세표준 상당액에 다시 재산세 공정시장가액비율 및 재산세 표준세율을 적용한 금액이라고 할 것이므로 청구주장을 받아들이기 어려운 것으로 판단된다(조심 2015서4053, 2015.10.13. 외 다수, 같은 뜻임).

이 건 심판청구는 심리결과 부적법한 청구에 해당하거나, 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조, 제65조 제1항 제1호 및 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.