매매가액에서 부동산 평가액 및 예금보유액을 차감한 금액을 쟁점주식의 양도가액으로 볼 수 없음

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구인은 그 설립등기일인 2003.11.28.부터 2016.5.26.까지의 기간 동안 OOO 주식회사(연구용 시약 등의 제품을 개발하여 생 명과학 연구시장에 공급하는 사업 영위, 이하 “OOO”이라 한다)의 대표이사로 재직하였고, 2003.11.28.∼2012.5.29. 기간 동안 4회 에 걸쳐 액면가액인 1주당 1만원에 취득한 동 법인의 발행주식 OOO주 (이하 “쟁점주식”이라 한다)와 더불어 다른 주주들 3명의 위임을 받 아 이들이 보유한 같은 주식 OOO주를 합한 OOO주(OOO이 발 행 한 주식의 전부에 해당)를 2016.5.26. OOO(이하 “이 건 양수법인”이라 한다)에게 양도한 후 2016.8.31. 쟁점 주식의 양도가액을 OOO원, 납부할세액을 OOO원 으 로 하여 양도소득세 예정신고를 하였다.
• 나. 이후 청구인은 이 건 양수법인과 체결한 쟁점주식의 매매협약서에 따라 부채가액으로서 매매가액에서 제외하기로 한 법인세 미납액 OOO원과 쟁점주식과 별도로 매매하기로 한 OOO의 사무실과 관련한 부동산의 평가액 OOO원 및 예금보유액 OOO원의 합계액인 OOO원 (이하 “쟁점금액”이라 한다)을 차 감한 OOO원만을 쟁점주식의 양도가액으로 하여야 한다는 이유로 2017.9.11. 양도소득세 OOO원의 환급을 구하는 경정청 구를 하였으나, 처분청은 2017.11.8. 쟁점금액이 포함된 예정신고당시의 양도가액이 양도당시 쟁점주식의 실지거래가액에 해당한다는 이유로 이를 거부하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2018.2.5. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 쟁점주식의 양도가액은 쟁점금액을 제외한 OOO원으로 보아야 한다. 첫째, 거래당사자간의 협약에 따라 부채가액인 법인세 미납액 OOO원을 쟁점주식의 양도가액에서 제외하여야 한다. 청구인은 쟁점주식의 양도 후 양도가액을 OOO원으로 하여 양도소득세 예정신고를 하였으나 2016.4.19. 이 건 양수법인과 체결한 매매협약서에서 부채가액을 제외하기로 약정하였는데도 법인세 미납 액 OOO원을 위 양도가액에서 차감하지 아니한 사실을 위 예정신 고 후에 확인하였다. 둘째, 거래당사자간의 협약에 따라 쟁점주식과 별도로 수수하기 로 한 부동산의 평가액 OOO원과 예금보유액 OOO원 은 기 타소득에 해당하므로 동 주식의 양도가액에서 제외하여야 한다. OOO은 이 건 양수법인의 모회사인 OOO가 제조한 제품(실험용 시약)의 국내대리점으로서 10년 정도의 기간 동안 매년 100%의 매출 성장을 이루었고 동 미국법인으로부터 그 공로를 인정받아 OOO이 발행한 쟁점주식을 위 매매협약의 체결일 전 1년 동안의 매출액 합계인 OOO원으로 평가하기로 하면서, 청구인이 쟁점 주식의 매매가액과 별도로 동 법인의 사무실과 관련한 부동산의 평가 액 OOO원, 위 매매협약 체결 당시 동 법인의 예금보유액 OOO원을 별도로 지급받기로 하였다. 일반적으로 비상장주식의 경우 발행법인의 자산, 부채, 영업권 등으로 평가하는 것이므로 그 자산에 부동산 및 예금보유액도 포함되는 것이 당연하다 할 것이나, 위 부동산의 평가액 및 예금보유액의 경우 청구인이 10년 이상 OOO을 성장하도록 노력한 공로의 대가라 할 것이므로 쟁점주식과 관련한 양도소득이 아니라 소득세법 제21조 제1항 제7호에 따른 기타소득(영업권 등의 양도대가)으로 보아야 한다. 따라서 쟁점주식의 양도가액의 경우 동 주식의 순수한 평가액인 OOO원만이 해당한다 할 것이므로 예정신고한 양도가액에서 쟁점금액만큼 차감하여야 한다.
• 나. 처분청 의견 쟁점주식의 양도가액은 실지거래가액으로서 쟁점금액을 포함한 OOO원으로 보아야 한다. 첫째, 청구인은 이 건 양수법인으로부터 쟁점금액 중 법인세 미 납액을 차감하지 아니한 금액을 쟁점주식의 매매가액으로 받았다. 소득세법 제88조 제1호에서 자산에 대한 등기 등과 무관하게 매도 등을 통하여 자산을 유상으로 사실상 이전하는 것을 양도로 규 정하고 있고, 같은 법 제5호에서 자산의 양도 당시 양도자와 양수자가 실제로 거래한 가액으로서 자산의 양도와 대가관계에 있는 금전 및 그 밖의 재산가액을 실지거래가액으로 규정하고 있으며, 실지거래가 액 이라 함은 객관적인 교환가치를 반영하는 일반적인 시가가 아니라 실지의 거래대금 그 자체를 의미한다(대법원 1989.7.11. 선고 88누120 11 판결). 둘째, 쟁점금액 중 부동산 평가액 및 예금보유액은 쟁점주식의 매매가액에 포함된다. 비상장주식의 양도시 경영권의 양도를 수반하는 것은 해당 주식의 양도에 따른 부수적인 효과에 불과하므로 특별한 사정이 없는 한 경영권 그 자체를 별개의 독립적인 거래의 객체로 볼 수는 없고(국심 1998경1642, 1999.1.15.), 그렇다면 비장장주식을 양도함에 있어 해당 주식의 매매가액 외에 경영권을 별도로 평가하여 주식과 함께 양도 하 는 경우 이들 가액 모두를 양도소득으로 보는 것이 타당한바, 청구 인과 이 건 양수법인 간에 체결된 매매협약서에 의하면 부동산 평가액 및 예금보유액을 청구인이 OOO의 경영을 관리한 것에 대 한 경영권의 평가액(프리미엄)으로 보는 것이 타당하고, 그렇다면 동 평가액을 비상장주식인 쟁점주식의 매매가액과 더불어 양도소득으로 보아야 한다.

• 가. 쟁 점 쟁점주식의 양도가액에서 법인세 미납액과 부동산 평가액 및 예금보유액을 차감하여야 한다는 청구주장의 당부
• 나. 관련 법령

(1) 소득세법(2016.12.20. 법률 제14389호로 일부개정되기 전의 것) 제21조[기타소득]

① 기타소득은 이자소득․배당소득․사업소득․근로소득․연금소득․퇴직소득 및 양도소득 외의 소득으로서 다음 각 호에서 규정하는 것으로 한다.

7. 광업권․어업권․산업재산권․산업정보, 산업상 비밀, 상표권․영업권(대통령령으로 정하는 점포 임차권을 포함한다), 토사석(土砂石)의 채취허가에 따른 권리, 지하수의 개발·이용권, 그 밖에 이와 유사한 자산이나 권리를 양도하거나 대여하고 그 대가로 받는 금 품 제88조[양도의 정의]

① 제4조 제1항 제3호 및 이 장에서 “양도”란 자산에 대한 등기 또는 등록과 관계없이 매도, 교환, 법인에 대한 현물출자 등으로 인하여 그 자산이 유상으로 사실상 이전되는 것을 말한다. (후단 생략) 제94조[양도소득의 범위]

① 양도소득은 해당 과세기간에 발생한 다음 각 호의 소득으로 한다.

3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주식 또는 출자지분(신주인수권과 대통령령으로 정하는 증권예탁증권을 포함한다. 이하 이 장에서 “주식등”이라 한다)의 양도로 발생하는 소득

• 가. 자본시장과 금융투자업에 관한 법률에 따른 주권상장법인(이하 "주권상장법인"이라 한다)의 주식등으로서 소유주식의 비율․시가총액 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 대주주(이하 이 장에서 “대주주”라 한다)가 양도하는 것과 같은 법에 따른 증권시장(이하 "증권시장"이라 한다)에서의 거래에 의하지 아니하고 양도하는 것
• 나. 주권상장법인이 아닌 법인의 주식등 제96조[양도가액]

① 제94조 제1항 각 호에 따른 자산의 양도가액은 그 자산의 양도 당시의 양도자와 양수자 간에 실제로 거래한 가액(이하 “실지거래가액”이라 한다)에 따른다.

(2) 소득세법(2016.12.20. 법률 제14389호로 일부개정된 것) 제88조[정의] 이 장에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

1. “양도”란 자산에 대한 등기 또는 등록과 관계없이 매도, 교환, 법인에 대한 현물출자 등을 통하여 그 자산을 유상(有償)으로 사실상 이전하는 것을 말한다. (후단 생략)

5. “실지거래가액”이란 자산의 양도 또는 취득 당시에 양도자와 양수자가 실제로 거래한 가액으로서 해당 자산의 양도 또는 취득과 대가관계에 있는 금전과 그 밖의 재산가액을 말한다.

• 다. 사실관계 및 판단 (1) 처분청이 제출한 결의서 등의 심리자료를 보면 청구인이 2003. 11.28.∼2016.5.26. 기간 동안 OOO의 대표이사로 재직하였고, 2016.5.26. 쟁점주식과 더불어 다른 주주들 3명의 위임을 받아 이들이 보유한 같은 주식 OOO주를 합한 OOO주를 이 건 양수법인에게 양도 한 후 2016.8.31. 쟁점주식의 양도가액을 OOO원, 납부할세액 OOO원 으로 하여 양도소득세 예정신고를 하였으며, 2017.9.11. 쟁점금액을 차감한 OOO원만을 쟁점주식의 양도가액으로 하여 야 한다는 이유로 양도소득세 OOO원의 환급을 구하는 경정청구를 하였으나, 처분청은 2017.11.8. 쟁점금액이 포함된 예정신고당시의 양 도가액이 양도당시 쟁점주식의 실지거래가액에 해당한다는 이유로 이를 거부한 것으로 나타난다.

(2) 처분청이 확인한 사실관계 등은 아래와 같다. (가) 청구인(쟁점주식 보유) 및 다른 주주들 3명(합계 OOO주 보유) 은 OOO이 발행한 주식 OOO주(비상장주식) 전부를 보유하다 가, 2016.5.26. 이 건 양수법인에게 OOO원에 양도하였다. (나) 청구인의 양도소득세 예정신고 및 이 건 경정청구를 비교하 면 아래 <표1> 기재와 같다. OOO (다) 2016.4.19. 청구인 및 이 건 양수법인 간에 체결된 주식매매협 약서(Share Sale & Purchase Agreement)를 보면 매수인인 이 건 양 수 법인이 매도인인 청구인에게 주식의 평가금액(협약체결일 이전의 가 장 최근 월을 기준으로 산출된 ‘12개월의 순매출액’의 1.0배), OOO 사무실의 부동산에 대한 평가액 OOO원 및 경영관리에 대한 프리미엄 평가액 등의 매입가액을 지급하는 것으로 나타난다. (라) 2016.5.23. 청구인 및 OOO의 다른 주주 3명과 이 건 양수법인 간에 체결된 협정서(Letter Agreement)를 보면 청구인과 위 다른 주주들이 보유한 주식 OOO주(쟁점주식 포함)의 매매가액을 위 ‘ 주식매매협약서’에 따른 주식의 평가금액인 OOO원, 부동산 평가액 OOO원 및 2016.5.23. 현재 위 법인 명의의 예금보유액 OOO원을 합한 OOO원으로 하는 것으로 나타난다. (마) 처분청은 자산의 양도당시 양도자와 양수자가 실제로 거래한 가액으로서 해당 자산의 양도와 대가관계에 있는 금전 등이 실지거래 가액에 해당하는 점, 쟁점금액 중 부동산 평가액 및 예금보유액의 경 우 개인의 일시․우발적 성격인 기타소득이 아니라 OOO이 10 년 이상 계속적으로 매출을 신장함으로써 얻은 동 법인의 가치를 반영한 영업권으로 보아야 하고, 이 건 양수법인에서 청구인이 동 법인을 성 장시킨 공로를 인정하여 쟁점주식의 매매가액에 위 부동산 평가액 및 예금보유액을 포함시킨 점, 청구인이 이 건 양수법인으로부터 쟁점금 액을 포함한 금액을 쟁점주식의 매매가액으로 지급받은 점 등을 감안할 때 청구인이 예정신고한 금액이 쟁점주식의 양도가액에 부합한다고 보았다.

(3) 청구인이 제출한 증빙자료 등은 아래와 같다. (가) 이 건 양수법인이 2016.11.29. 작성한 것으로 보이는 확인서 (Confirmation Letter)를 보면 그 대표이사인 OOO은 2016.4.19. 동 양수법인이 양도자인 청구인과 OOO의 발행주식 전부에 해당하는 OOO주를 양수하는 내용의 협 약 을 체결하였고, 매매가액의 경우 주식의 평가액인 OOO원(직 전 12개월의 순매출액 합계)에 프리미엄인 OOO원[체결일 현재의 OOO의 예금보유액(cash remaning in the Messenger Bio tech's bank account)]을 합하고, 부채액(체결일 현재의 대차대조표상 의 것)을 차감하나 그 금액이 ‘0’이었으며, 사무실의 평가액인 OOO원을 더하여 산정하였음을 확인한 것으로 나타난다. (나) 2016.4.19 체결된 위 쟁점주식의 매매협약서를 보면 OOO의 전체 발행주식 중 OO %를 보유하고 있는 매도인인 청구인이 나머지 주주들의 권리를 행사할 수 있는 권한을 위임받은 것으로 나 타난다.

(4) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여 살피건대, 청구 인 은 이 건 양수법인과 체결한 주식매매협약에 따라 OOO의 법인세 미납액 OOO원 및 부동산 평가액 OOO원과 예금보유액 OOO원(각 금액의 합계: 쟁점금액)을 각각 부채가액 및 쟁점주식과 별도로 수수하기로 한 기타소득으로 보아 2016.8.1. 예정신 고한 양도가액 OOO원에서 쟁점금액을 차감한 OOO원을 쟁점주식의 정당한 양도가액으로 보아야 한다고 주장하나, 소득세법 제96조 제1항에서 자산의 양도가액은 해당 자산의 양도당시의 양도자 와 양수자간에 실제로 거래한 가액에 의한다고 규정하고 있는바, 위 주식매매협약서, 청구인 및 OOO의 다른 주주 3인 과 이 건 양수법인 간에 체결된 협정서를 보면 쟁점주식과 위 주주들이 보유한 주식 OOO주의 평가액, 위 부동산의 평가액 및 예금보유액을 합한 금액을 위 주식 OOO주의 매매가액으로 하기로 한 점, 동 양수법인의 대표이사인 OOO이 작성한 확인서를 보면 그 매매 가액을 산정할 때 동 주식 OOO주의 평가액에 부동산 평가액과 더불 어 프리미엄인 예금보유액을 합하되 위 협약서의 체결당시의 대차대조표상의 부채액을 차감하도록 하였으나 그 금액이 ‘0’인 것으로 나타나는 점, 청구인이 이 건 양수법인으로부터 쟁점금액이 포함된 금액을 쟁 점주식의 매매가액으로 수취한 점 등에 비추어 볼 때, 그 매매가액에서 쟁점금액을 차감한 금액을 쟁점주식의 양도가액으로 보기는 어려우므 로 처분청에서 쟁점금액이 포함된 위 예정신고당시의 OOO원을 쟁점주식의 양도가액으로 보아 이 건 경정청구를 거부한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.