대주주가 양도하는 중소기업 비상장주식에 대하여 양도세율 10%를 적용해야 한다는 청구주장의 당부

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구인은 비상장 중소기업인 OOO 주식회사 발행주식 OOO주(이하 “쟁점주식”이라 한다)를 유상증자로 취득한 후 2016.7.5. 주식회사 OOO와 주식양수도계약을 체결하였고, 2016.8.24. ㈜OOO로부터 양수도계약상 양수인의 지위 및 권리의무를 이전받은 OOO 주식회사에 쟁점주식을 OOO에 양도한 후 소득세법(법률 제14389호로 개정되기 전의 것) 제104조 제1항 제11호 다목에 따른 OOO%의 양도소득세율을 적용하여 양도소득세 신고를 하였다.
• 나. 이후 청구인은 소득세법에서 주권상장법인 대주주만을 규정하고 있으므로 비상장 중소기업의 경우 대주주 여부에 관계없이 양도소득세율 OOO%가 아니라 OOO%(소득세법제104조 제1항 제11호 나목)를 적용하여야 한다면서 2016년 귀속 양도소득세 OOO원의 환급을 구하는 경정청구를 제기하였으나, 처분청은 소득세법제94조에 규정된 ‘대주주’를 주권상장법인만을 의미하는 것으로 볼 수 없다는 이유로 2017.11.20. 이를 거부하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2018.1.30. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 2016년도에 양도된 쟁점주식에 대한 양도소득세율을 적용함에 있어, 다음과 같은 사유로 (구)소득세법(법률 제13558호로 개정된 것) 제104조 제1항 제11호 나목에 따른 양도소득세율 10%를 적용하는 것이 타당하다. 첫째, 2016년에 적용되는 (구)소득세법제104조 제1항 제11호의 대주주의 범위는 그 문리해석상 같은 법 제94조 제1항 제3호 “가목”에서 정하고 있는데, 동 조문에 따르면 제94조 제1항 3호 “가목”에서 규정하고 있는 대주주는 주권상장법인의 대주주만을 의미하므로, 제94조 제1항 제3호 “나목”의 적용을 받는 비상장 중소기업의 모든 주주는 (구)소득세법제104조 제1항 제11호를 적용함에 있어 ‘대주주가 아닌 자’에 해당되어 OOO%의 양도소득세율이 적용되는 것이 타당하다. 둘째, 2000년말 세법개정으로 2001년부터는 비상장법인의 경우 "예외 없이" 모든 주주가 주식 양도소득세 과세대상에 해당되는 것으로 그 적용 범위가 확대 개정되면서 기존 비상장법인 대주주 관련 조항은 삭제되어 2001년도 이후부터는 비상장법인의 경우 대주주의 개념 자체가 법문에서 존재하지 않게 된 과거 소득세법개정연혁으로 볼 때 2016년도에 양도된 쟁점주식에 대한 양도소득세율은 10%가 적용되는 것이 타당하다. 셋째, 대주주의 범위에 비상장법인 주주가 포함되지 않는 문제점을 치유하기 위하여 2016년말 개정된 현행 소득세법(법률 제14389호로 개정된 것) 제104조 제1항 제11호 및 같은 법 시행령(대통령령 제27829호로 개정된 것) 제167조의8 제1항 개정 규정에서 주권비상장법인 대주주에 대한 개념을 새로이 신설하였으며, 이러한 세법개정에 대하여 2016년 10월 국회예산정책처가 발간한 2016년 세법개정안 분석보고서에서도 2016년도말까지 기존 소득세법령에는 상장주식의 대주주 기준만 규정되어 있을 뿐 비상장주식의 대주주 기준에 관한 규정이 없어 비상장주식의 대주주를 상장주식의 대주주 기준과 동일하게 해석하는 것은 조세법 원칙인 과세요건 명확주의에 부합하지 않는 것으로 보인다고 판단하고, 정부가 2016년말과 2017년초 소득세법령 개정 추진 중인 비상장주식의 대주주 기준 마련은 적정한 것으로 보인다고 분석하고 있는 점 등을 미루어 볼 때, 2016년에 양도된 쟁점주식의 양도소득세율은 OOO%가 적용되는 것이 타당하다.
• 나. 처분청 의견 청구인은 쟁점주식을 양도한 2016년에 적용되는 소득세법(법률 제13558호로 개정된 것) 제94조 제1항 제3호 가목에서 규정하는 ‘대주주’는 주권상장법인의 대주주만을 의미하고 비상장 중소기업 대주주 요건이 규정되어 있지 아니하므로 쟁점주식에 대한 양도소득세율 OOO%를 적용하여야 한다고 주장하나, 같은 법 제94조 제1항 제3호 가목에서 ‘소유주식의 비율․시가총액 등을 고려하여 대통령령이 정하는 대주주’라고 규정하고 있고, 같은 법 시행령(대통령령 제26982호로 개정된 것) 제157조 제4항에서 대주주에 대한 요건을 규정하고 있는바, 쟁점주식 양도 당시 비상장 중소기업의 대주주 요건이 규정되어 있지 아니하다는 청구인의 주장은 받아들이기 어렵다. 또한, 중소기업이 아닌 비상장법인의 대주주가 주식을 1년 미만 보유하고 양도하는 경우 OOO% 세율을 적용하도록 기존에도 해석하고 있으므로OOO,소득세법제94조에 규정된 대주주가 주권상장법인의 대주주만을 의미한다는 청구인의 주장은 타당하지 아니하다.

• 가. 쟁점 청구인은 쟁점주식(비상장 중소기업 발행주식) 양도 당시 소득세법령에 따른 ‘대주주’에 해당되지 아니하므로 양도소득세율 OOO%를 적용하여야 한다는 청구주장의 당부
• 나. 관련 법령

(1) 소득세법(2012.12.15. 법률 제13558호로 일부개정된 것/시행일 2016.1.1.) 제94조(양도소득의 범위) ① 양도소득은 해당 과세기간에 발생한 다음 각 호의 소득으로 한다.

3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주식 또는 출자지분(신주인수권과 대통령령으로 정하는 증권예탁증권을 포함한다. 이하 이 장에서 "주식등"이라 한다)의 양도로 발생하는 소득

• 가. 자본시장과 금융투자업에 관한 법률에 따른 주권상장법인(이하 "주권상장법인"이라 한다)의 주식등으로서 소유주식의 비율·시가총액 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 대주주(이하 이 장에서 "대주주"라 한다)가 양도하는 것과 같은 법에 따른 증권시장(이하 "증권시장"이라 한다)에서의 거래에 의하지 아니하고 양도하는 것
• 나. 주권상장법인이 아닌 법인의 주식등 제104조(양도소득세의 세율) ① 거주자의 양도소득세는 해당 과세기간의 양도소득과세표준에 다음 각 호의 세율을 적용하여 계산한 금액(이하 "양도소득 산출세액"이라 한다)을 그 세액으로 한다. 이 경우 하나의 자산이 다음 각 호에 따른 세율 중 둘 이상에 해당할 때에는 해당 세율을 적용하여 계산한 양도소득 산출세액 중 큰 것을 그 세액으로 하고, 제12호에 따른 세율은 자본시장 육성 등을 위하여 필요한 경우 그 세율의 100분의 75의 범위에서 대통령령으로 정하는 바에 따라 인하할 수 있다.

11. 제94조 제1항 제3호에 따른 자산

• 가. 대통령령으로 정하는 중소기업(이하 이 장에서 "중소기업"이라 한다) 외의 법인의 주식등으로서 대주주가 1년 미만 보유한 주식등 양도소득 과세표준의 100분의 30
• 나. 중소기업의 주식등(대주주가 아닌 자가 양도하는 경우로 한정한다) 양도소득 과세표준의 100분의 10
• 다. 그 밖의 주식등 양도소득 과세표준의 100분의 20 (2) 소득세법 시행령(2016.8.11. 대통령령 제27444호로 개정된 것, 시행일 2016.8.12.) 제157조(증권예탁증권 및 대주주의 범위) ④ 법 제94조 제1항 제3호 가목에서 "대통령령으로 정하는 대주주"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자(이하 이 장에서 "대주주"라 한다)를 말한다.

1. 법인의 주식 또는 출자지분(신주인수권과 제1항에 따른 증권예탁증권을 포함하며, 이하 이 장에서 "주식등"이라 한다)을 소유하고 있는 주주 또는 출자자 1인(이하 이 장에서 "주주 1인"이라 한다) 및 주식등의 양도일이 속하는 사업연도의 직전 사업연도 종료일 현재 그와 다음 각 목의 구분에 따른 자(이하 이 장에서 "기타주주"라 한다)가 주식등의 양도일이 속하는 사업연도의 직전사업연도 종료일 현재 소유한 주식등의 합계액이 해당 법인의 주식등의 합계액에서 차지하는 비율(이하 이장에서 "소유주식의 비율"이라 한다)이 100분의 1 이상인 경우 해당 주주 1인 및 기타주주. 이 경우 직전사업연도 종료일 현재에는 100분의 1에 미달하였으나 그 후 주식등을 취득함으로써 100분의 1 이상을 소유하게 되는 때에는 그 취득일 이후의 주주 1인 및 기타주주를 포함한다.

• 가. 주주 1인 및 그와 법인세법 시행령제43조 제8항 제1호에 따른 특수관계에 있는 자(이하 이 조에서 "주주 1인등"이라 한다)의 소유주식 비율의 합계가 해당 법인의 주주 1인등 중에서 최대인 경우: 다음의 어느 하나에 해당하는 자 1) 국세기본법 시행령제1조의2 제1항 각 호의 어느 하나에 해당하는 자 2) 국세기본법 시행령제1조의2 제3항 제1호에 해당하는 자
• 나. 주주 1인등의 소유주식 비율의 합계가 해당 법인의 주주 1인등 중에서 최대가 아닌 경우: 다음의 어느 하나에 해당하는 자

1. 직계존비속 2) 국세기본법 시행령제1조의2 제1항 제3호 또는 제4호에 해당하는 자 3) 국세기본법 시행령제1조의2 제3항 제1호에 해당하는 자

2. 주식등의 양도일이 속하는 사업연도의 직전사업연도 종료일 현재 주주 1인 및 기타주주가 소유하고 있는 해당 법인의 주식등의 시가총액이 25억원 이상인 경우의 해당 주주 1인 및 기타주주

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 쟁점주식 발행법인인 OOO 주식회사가 중소기업기본법상 ‘중소기업’에 해당하고, ‘비상장법인’이라는 점에 대하여는 청구인과 처분청 사이에 다툼이 없다.

(2) 2015.12.15. 법률 제13558호로 개정되기 전의 소득세법제104조 제1항 제11호 나목은 모든 중소기업 주식의 양도소득에 대하여 OOO%의 양도소득세 세율이 적용되는 것으로 규정하였다가 2015.12.15. 개정되면서 중소기업 주식 중 “대주주가 아닌 자가 양도하는 경우”에만 OOO%의 양도소득세 세율이 적용되는 것으로 규정하였고, 이와 관련하여 소득세법제94조 제1항 제3호 가목은 양도소득의 범위에 대하여 규정하면서 2015.12.15. 개정 전․후 모두 “주권상장법인의 주식등으로서 소유주식의 비율·시가총액 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 대주주가 양도하는 것”이라고 하여 “대주주”에 대하여 규정하면서 “제3장 거주자의 양도소득에 대한 납세의무”에서 사용하고 있는 “대주주”는 모두 위 제94조 제1항 제3호 가목의 “대주주”와 동일한 의미로 사용하는 것으로 규정하고 있다.

(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구인은 2015.12.15. 개정된 소득세법제104조 제1항 제11호 나목의 “대주주”는 “주권상장법인 중 중소기업의 대주주”를 의미하는 것으로 보아야 하므로 비상장법인으로서 중소기업의 주식인 쟁점주식에 대하여는 OOO%의 양도소득세 세율이 적용되어야 한다고 주장하나, 2015.12.15. 개정된 소득세법제104조 제1항 제11호 나목의 “대주주”는 같은 법 제94조 제1항 제3호 가목에서 그 범위를 대통령령에 위임하고 있는 “대주주”와 동일한 것으로 보아야 할 것인바, 위 소득세법제94조 제1항 제3호 가목은 양도소득의 범위에 대하여 규정하면서 “주권상장법인의 주식등으로서 소유주식의 비율·시가총액 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 대주주가 양도하는 것”이라고 규정하고 있으므로 문언해석상 동 규정의 “대주주”는 상장법인 및 비상장법인의 대주주를 모두 포함하는 것으로 봄이 타당하다. 따라서, 처분청이 비상장주식인 쟁점주식의 경우에도 대주주가 양도하는 중소기업 주식은 OOO%의 양도소득세 세율 적용대상이라고 보아 청구인의 경정청구를 거부한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다