「조세특례제한법」제99조의3에 따라 쟁점신축주택의 양도소득금액 전부를 양도소득세 감면대상금액으로 하여야 한다는 청구주장의 당부

OOO장이 2017.11.8. 청구인에게 한 2016년 귀속 양도소득세 OOO원의 부과처분은 이를 취소한다.

• 가. 청구인은 1994.4.7. OOO(이하 “종전주택”이라 한다)를 취득하였다가 재건축을 통해 OOO(이하 “쟁점신축주택”이라 한다)를 2005.1.28. 취득한 후 2016.2.2. 이를 양도하였으며, 2016년 2월 양도소득세 예정신고를 하면서 쟁점신축주택의 양도당시 기준시가OOO가 쟁점신축주택 취득일부터 5년이 되는 날의 기준시가OOO보다 적다는 사유로 조세특례제한법(이하 “조특법”이라 한다) 제99조의3에 의하여 양도소득금액 전액OOO에 대하여 양도소득세 감면신청을 하였다.
• 나. 처분청은 조특법 시행령 제99조의3 제2항 제2호에서 규정하고 있는 감면대상 양도소득금액 계산식의 분모를 쟁점신축주택의 양도당시 기준시가OOO에서 종전주택의 취득당시 기준시가OOO를 차감한 금액으로 보아 감면대상 양도소득금액을 재계산OOO하여 2017.11.8. 청구인에게 2016년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정․고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2018.2.1. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 쟁점신축주택의 양도는 조특법 제99조의3에 의한 신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례 적용대상에 해당하나 같은 법 시행령 제98조의3 제1항 각 호에 따른 신축주택(미분양주택)에 해당하지 아니하고, 2016.2.5. 개정된 조특법 시행령 제99조의3 제2항 제2호(이하 “쟁점규정”이라 한다)에서 규정하고 있는 감면대상 양도소득금액 계산식에 의하면 양도소득금액 전체가 감면대상에 해당하는 것으로 나타나므로 이 건 양도소득세 과세처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 관련 유권해석(기획재정부 재산세제과-445, 2017.7.21.)에 따르면, ‘재개발․재건축으로 취득한 신축주택을 2016년 이후 양도하는 경우로서 해당 신축주택의 취득일부터 5년이 지난 후에 양도하여 감면대상 양도소득금액을 계산하는 경우 분모에 적용되는 양도당시 기준시가에서 차감하는 기준시가는 종전주택의 취득당시 기준시가’로 회신하고 있고, 쟁점규정이 ‘재개발․재건축을 통한 취득은 분모에 적용되는 양도당시 기준시가에서 차감하는 기준시가는 종전주택의 취득당시 기준시가’로 개정(2016.2.5.) 되어 2016.1.1. 이후 양도하는 분부터 적용된 점(개정취지: 신축주택 취득시 양도소득세 감면대상금액 계산방법 명확화) 등으로 미루어 보아 청구인의 주장은 받아들이기 어렵다.

• 가. 쟁점 조세특례제한법제99조의3에 따라 쟁점신축주택의 양도소득금액 전부를 양도소득세 감면대상금액으로 하여야 한다는 청구주장의 당부
• 나. 관련 법령

(1) 조세특례제한법(2015.12.15. 법률 제13560호로 개정된 것, 시행일 2016.1.1.) 제98조의3(미분양주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례) ② 제1항을 적용할 때 자기가 건설한 신축주택으로서 2009년 2월 12일부터 2010년 2월 11일까지의 기간 중에 공사에 착공(착공일이 불분명한 경우에는 착공신고서 제출일을 기준으로 한다)하고, 사용승인 또는 사용검사(임시사용승인을 포함한다)를 받은 주택을 포함한다. 다만, 다음 각 호의 경우에는 이를 적용하지 아니한다.

1. 도시 및 주거환경정비법에 따른 주택재개발사업 또는 주택재건축사업을 시행하는 정비사업조합의 조합원이 해당 관리처분계획에 따라 취득하는 주택

2. 거주하거나 보유하는 중에 소실·붕괴·노후 등으로 인하여 멸실되어 재건축한 주택 제99조의3(신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례) ① 거주자(주택건설사업자는 제외한다)가 전국소비자물가상승률 및 전국주택매매가격상승률을 고려하여 부동산 가격이 급등하거나 급등할 우려가 있는 지역으로서 대통령령으로 정하는 지역 외의 지역에 있는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 신축주택(그 주택에 딸린 토지로서 해당 건물 연면적의 2배 이내의 것을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 취득하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도하는 경우에는 그 신축주택을 취득한 날부터 양도일까지 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 빼며, 해당 신축주택을 취득한 날부터 5년이 지난 후에 양도하는 경우에는 그 신축주택을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 뺀다. 다만, 해당 신축주택이 소득세법제89조 제1항 제3호에 따라 양도소득세의 비과세대상에서 제외되는 고가 주택에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다.

1. 주택건설사업자로부터 취득한 신축주택의 경우: 2001년 5월 23일부터 2003년 6월 30일까지의 기간(이하 이 조에서 "신축주택취득기간"이라 한다) 중에 주택건설업자와 최초로 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 자가 취득한 신축주택(주택법에 따른 주택조합 또는 도시 및 주거환경정비법에 따른 정비사업조합을 통하여 취득하는 주택으로서 대통령령으로 정하는 주택을 포함한다). 다만, 매매계약일 현재 입주한 사실이 있거나 신축주택취득기간 중 대통령령으로 정하는 사유에 해당하는 사실이 있는 주택은 제외한다.

④ 제1항에 따라 양도소득세 과세대상소득금액에서 빼는 양도소득금액의 계산 및 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (2) 조세특례제한법 시행령 (가) 2016.2.5. 대통령령 제26959호로 개정되기 전의 것 제40조(구조조정대상부동산의 취득자에 대한 양도소득세의 감면 등) ① 법 제43조 제1항에 따른 구조조정대상부동산을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액은소득세법제95조 제1항에 따른 양도소득금액 또는법인세법제55조의2 제1항에 따른 양도소득(이하 이 항에서 "양도소득금액"이라 한다)으로서 다음 계산식에 따라 계산한 금액으로 한다. 이 경우 새로운 기준시가가 고시되기 전에 취득 또는 양도하거나 취득일부터 5년이 되는 날이 도래하는 경우에는 직전의 기준시가를 적용한다. 양도소득금액 × 취득일부터 5년이 되는 날의 기준시가

• 취득당시 기준시가 양도 당시 기준시가

• 취득당시 기준시가 제99조의3(신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례) ② 법 제99조의3 제1항 각 호 외의 부분을 적용함에 있어서 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액은 제40조 제1항의 규정을 준용하여 계산한 금액으로 한다.

③ 법 제99조의3 제1항 제1호에서 "대통령령으로 정하는 주택"이란 다음 각 호의 1에 해당하는 주택을 말한다.

1. 주택법에 의한 주택조합 또는 도시 및 주거환경정비법에 의한 정비사업조합(이하 이 조에서 "주택조합등"이라 한다)이 그 조합원에게 공급하고 남은 주택(이하 이 조에서 "잔여주택"이라 한다)으로서 법 제99조의3 제1항 제1호의 규정에 의한 신축주택취득기간(이하 이 조에서 "신축주택취득기간"이라 한다) 이내에 주택조합등과 직접 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 자가 취득하는 주택

2. 조합원(도시 및 주거환경정비법제48조의 규정에 의한 관리처분계획의 인가일(주택재건축사업의 경우에는 제28조의 규정에 의한 사업시행인가일을 말한다. 이하 이 조에서 같다) 또는 주택법제16조의 규정에 의한 사업계획의 승인일 현재의 조합원을 말한다. 이하 이 호에서 같다)이 주택조합등으로부터 취득하는 주택으로서 신축주택취득기간 경과후에 사용승인 또는 사용검사를 받는 주택. (단서 생략) (나) 2016.2.5. 대통령령 제26959호로 개정된 것 제98조의3(미분양주택 취득자에 대한 양도소득세 과세특례) ① 법 제98조의3 제1항 전단에서 "대통령령으로 정하는 미분양주택"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 주택(이하 이 조에서 "미분양주택"이라 한다)을 말한다.(단서 생략)

1. 주택법제38조에 따라 주택을 공급하는 사업주체(이하 이 항에서 "사업주체"라 한다)가 같은 조에 따라 공급하는 주택으로서 해당 사업주체가 입주자모집공고에 따른 입주자의 계약일이 지난 주택단지에서 2009년 2월 11일까지 분양계약이 체결되지 아니하여 2009년 2월 12일 이후 선착순의 방법으로 공급하는 주택

2. 주택법제16조에 따른 사업계획승인(건축법제11조에 따른 건축허가를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 받아 해당 사업계획과주택법제38조에 따라 사업주체가 공급하는 주택(2009년 2월 12일 이후 입주자모집공고에 따른 입주자의 계약일이 도래하는 주택에 한정한다)

3. 주택건설사업자(20호 미만의 주택을 공급하는 자를 말하며, 제1호와 제2호에 해당하는 사업주체는 제외한다)가 공급하는 주택(2009년 2월 11일까지 매매계약이 체결되지 아니한 주택을 포함한다)

4. 주택도시기금법에 따른 주택도시보증공사(이하 이 조에서 "주택 도시보증공사"라 한다)가 같은 법 시행령 제22조 제1항 제1호 가목에 따라 매입한 주택으로서 주택도시보증공사가 공급하는 주택

5. 주택의 시공자가 해당 주택의 공사대금으로 받은 주택으로서 해당 시공자가 공급하는 주택

6. 법인세법 시행령제92조의2 제2항 제1호의5에 따른 기업구조조정부동산투자회사등이 취득한 주택으로서 해당 기업구조조정부동산투자회사등이 공급하는 주택

7. 주택 외의 시설과 주택을 동일건축물로 건설·공급하는 건축주가 2004년 3월 30일 전에건축법제11조에 따라 건축허가를 신청하여 건설한 주택(2009년 2월 11일까지 매매계약이 체결되지 아니한 주택에 한정한다)으로서 해당 건축주가 공급하는 주택

8. 자본시장과 금융투자업에 관한 법률에 따른 신탁업자가 법인세법 시행령제92조의2 제2항 제1호의7에 따라 취득한 주택으로서 해당 신탁업자가 공급하는 주택 제99조의3(신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례) ② 법 제99조의3 제1항에 따른 양도소득세 과세대상소득금액에서 빼는 양도소득금액(이하 이 조에서 "감면대상 양도소득금액"이라 한다)은 다음 각 호의 구분에 따라 계산한다. 이 경우 새로운 기준시가가 고시되기 전인 경우에는 직전의 기준시가를 적용한다.

2. 취득일부터 5년 후에 양도하는 경우 감면대상 양도소득금액은 다음 계산식에 따라 계산한 금액으로 한다. 소득세법 제95조 제1항에 따라 계산한 양도소득금액 × 신축주택 취득일부터 5년이 되는 날의 기준시가

• 신축주택 취득당시 기준시가 양도 당시 기준시가

• 신축주택 취득당시 기준시가(다만, 종전주택을 재개발․재건축하여 취득한 제98조의3 제1항 각 호에 따른 신축주택의 경우 종전주택 취득 당시 기준시가) < 부칙 > 제1조(시행일) 이 영은 공포한 날부터 시행한다.(단서 생략) 제2조(일반적 적용례) ③ 이 영 중 양도소득세 및 증권거래세에 관한 개정규정은 이 영 시행 이후 양도하는 분부터 적용한다. 제16조(신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 감면에 관한 적용례) 제99조 제1항 및 제99조의3 제2항의 개정규정은 법률 제13560호 조세특례제한법 일부개정법률 시행 이후 양도하는 분부터 적용한다. (다) 2017.2.7. 대통령령 제27848호로 개정된 것 제99조의3(신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례) ② 법 제99조의3 제1항에 따른 양도소득세 과세대상소득금액에서 빼는 양도소득금액(이하 이 조에서 "감면대상 양도소득금액"이라 한다)은 다음 각 호의 구분에 따라 계산한다. 이 경우 새로운 기준시가가 고시되기 전인 경우에는 직전의 기준시가를 적용한다.

2. 취득일부터 5년 후에 양도하는 경우 감면대상 양도소득금액은 다음 계산식에 따라 계산한 금액으로 한다. 소득세법 제95조 제1항에 따라 계산한 양도소득금액 × 신축주택 취득일부터 5년이 되는 날의 기준시가

• 신축주택 취득 당시 기준시가 양도 당시 기준시가

• 신축주택 취득 당시 기준시가(종전주택을 재개발․재건축하여 취득한 법 제98조의3 제2항 각 호에 따른 신축주택의 경우 종전주택 취득 당시 기준시가) < 부칙 > 제1조(시행일) 이 영은 공포한 날부터 시행한다. 제2조(일반적 적용례) ③ 이 영 중 양도소득세 및 증권거래세에 관한 개정규정은 이 영 시행 이후 양도하는 분부터 적용한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실이 나타난다. (가) 청구인은 1994.4.7. 종전주택을 취득하여 재건축한 후 2005.1.28. 쟁점신축주택을 취득하여 5년 이후인 2016.2.2. 양도하였고, 쟁점신축주택 분양공급계약일은 2001.8.10.이므로 조특법 제99조의3 제1항 제1호의 신축주택취득기간(2001년 5월 23일부터 2003년 6월 30일까지) 중에 주택건설업자와 최초로 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 경우에 해당하는 것으로 나타난다. (나) 쟁점신축주택의 양도소득금액은 OOO원, 쟁점신축주택의 취득일부터 5년이 되는 날의 기준시가는 OOO원, 쟁점신축주택의 취득당시 기준시가는 OOO원 1), 쟁점신축주택 양도당시 기준시가는 OOO원, 종전주택의 취득당시 기준시가는 OOO원인바, 쟁점신축주택의 감면대상 양도소득금액 계산내역은 아래 <표1>과 같다. <표1> 감면대상 소득금액 계산내역 (다) 2016.2.5. 및 2017.2.7. 개정된 쟁점규정(조특법 시행령 제99조의3 제2항 제2호)의 감면대상 양도소득금액 계산식은 아래 <표2>와 같다. <표2> 쟁점규정 계산식 [2016.2.5. 개정]: 2016.1.1. 이후 양도분부터 적용(부칙 제16조) 소득세법 제95조 제1항에 따라 계산한 양도소득금액 × 신축주택 취득일부터 5년이 되는 날의 기준시가

• 신축주택 취득 당시 기준시가 양도 당시 기준시가

• 신축주택 취득 당시 기준시가(다만, 종전주택을 재개발․재건축하여 취득한 제98조의3 제1항 각 호에 따른 신축주택의 경우 종전주택 취득 당시 기준시가) [2017.2.7. 개정]: 2017.2.7. 이후 양도분부터 적용(부칙 제2조) 소득세법 제95조 제1항에 따라 계산한 양도소득금액 × 신축주택 취득일부터 5년이 되는 날의 기준시가

• 신축주택 취득 당시 기준시가 양도 당시 기준시가

• 신축주택 취득 당시 기준시가(종전주택을 재개발․재건축하여 취득한 법 제98조의3 제2항 각 호에 따른 신축주택의 경우 종전주택 취득 당시 기준시가) (2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 조세법률 주의 원칙상 과세요건이나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니한다 할 것인바(대법원 2004.5.28. 선고 2003두7392 판결, 같은 뜻임), 처분청은 양도당시 기준시가에서 종전주택 취득당시 기준시가를 차감한 금액을 조특법 시행령 제99조의3 제2항 제2호(쟁점규정)에서 규정하고 있는 계산식의 분모에 적용하여 쟁점신축주택의 양도에 대한 감면대상 소득금액을 산정하여야 한다는 의견이나, 2016.2.5. 개정된 쟁점규정에 의하면 양도당시 기준시가에서 신축주택 취득당시 기준시가를 차감한 금액을 동 규정의 계산식 분모로 적용하되 다만, ‘제98조의3 제1항 각 호에 따른 신축주택의 경우’에는 양도당시 기준시가에서 종전주택 취득당시 기준시가를 차감한 금액을 분모로 적용할 수 있는 것으로 규정하고 있는 반면, 처분청은 쟁점신축주택이 조특법 시행령 제98조의3 제1항 각 호에 따른 신축주택에 해당한다고 인정할 만한 자료를 제출하지 못하고 있는 점, 쟁점신축주택의 양도일은 2016.2.2.이고 처분청이 제시하고 있는 2017.2.7. 개정된 쟁점규정의 계산식은 2017.2.7. 이후 양도하는 분부터 적용하는 것으로 규정하고 있어 위 개정 계산식이 적용되는 것으로 해석하기도 어려운 점, 양도당시 기준시가에서 신축주택 취득당시 기준시가를 차감한 금액을 쟁점규정의 계산식 분모로 적용하여 감면대상 양도소득금액을 계산할 경우 양도소득금액 전액이 감면대상인 것으로 나타나는 점 등에 비추어 양도당시 기준시가에서 ‘신축주택’이 아닌 ‘종전주택’ 취득당시 기준시가를 차감한 금액을 쟁점규정의 계산식 분모에 해당하는 것으로 보아 이 건 양도소득세를 과세한 처분은 잘못이 있다고 판단된다(조심 2017서2194, 2017.8.23. 같은 뜻임).

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다. 1) 청구인은 쟁점신축주택 취득당시 기준시가(환산)를 OOO원으로 산정