쟁점주식을 상증법상 보충적 평가방법에 따라 순자산가치로 평가하여 양도소득세를 부과한 처분의 당부

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구인은 2016.4.11. 주식회사 OOO와 청구인의 형 강OOO이 보유하고 있던 OOO교환하고 소득세법에 따른 기준시가를 적용하여 산정한 양도가액OOO과 취득가액OOO으로 하여 2016년 귀속 양도소득세 OOO을 신고하였다.
• 나. 처분청이 2017.9.25.～2017.10.24. 기간 동안 조사를 실시한 결과, 상속세 및 증여세법(이하 “상증법”이라 한다)에 따른 비상장주식 평가방법을 적용하여 산정한 양도가액OOO과 취득가액 OOO으로 하여 2017.11.9. 청구인에게 2016년 귀속 양도소득세 OOO을 경정·고지하였고, 쟁점주식의 양도소득세 과세표준에 대한 적용세율을 기타주식의 양도에 따른 세율(20%)로 하여 양도소득세의 환급을 구하기 위하여 2017.12.20. 제기된 청구인의 경정청구를 받아들여 2018년 1월경 2016년 귀속 양도소득세 OOO을 감액경정하였다.
• 다. 청구인은 쟁점주식의 양도가액을 OOO으로 하여 양도소득세를 부과한 처분에 불복하여 2018.1.31. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우 양도가액 또는 취득가액의 결정은 소득세법 제114조 에 따른 매매사례가액, 감정가액, 환산가액 또는 기준시가 등에 따라 추계조사하여 결정할 수 있는 것으로 되어 있고, 같은 법 시행령 제176조의2에 의하면 양도가액의 순서를 규정하고 있으며, 소득세법 집행기준 96-162의 2-1 표에 의하면 시가가 없는 경우에는 기준시가로 하여 양도가액을 산정하도록 규정하고 있다. 따라서, 쟁점주식의 양도가액은 실지거래가액 뿐만 아니라 매매사례가액, 감정가액 등이 존재하지 아니하므로 기준시가를 적용하여 산정한 가액으로 결정하여야 하고, 쟁점주식의 취득가액은 소득세법 제100조 제1항 에 따르면 “양도가액을 기준시가에 따를 때에는 취득가액도 기준시가에 따른다.”라고 규정하고 있으므로 양도가액의 산정과 동일하게 기준시가로 하여야 한다. 기준시가의 산정은 소득세법 제99조 및 같은 법 시행령 제165조에서 규정하는 바와 같이 주식회사 OOO는 자산가액 대비 부동산가액 비율이 50% 이상인 법인이므로 순손익가치와 순자산가치의 비율을 각각 2:3으로 하여 쟁점주식 가액을 산정하여야 하나, 처분청은 특 수관계자 간의 거래라 하여 상증법상 기준시가로 하여 양도가액을 산정하였는바, 청구인에게 양도소득세를 부과한 이 건 처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 소득세법 제99조 제1항 제4호 에 따르면 비상장주식의 기준시가 산정에 대하여 상증법 제63조 제1항 제1호 다목을 준용하여 평가한 가액으로 되어 있는바, 이 경우 “평가기준시기 및 평가액은 대통령령으로 정하는 바에 따르되, 장부분실 등으로 취득 당시의 기준시가를 확인할 수 없는 경우에는 액면가액을 취득할 당시의 기준시가로 한다.”라고 규정함으로써 대통령령으로 규정하지 아니한 사항에 상증법을 준용하도록 하고 있다. 또한, 같은 법 시행령 제165조 제4항 제1호에 의하면 “1주당 가액의 평가는 가목의 계산식에 따라 평가한 가액(이하 이 항에서 “순손익가치”라 한다)과 나목의 계산식에 따라 평가한 가액(이하 이 항에서 “순자산가치”라 한다)을 각각 3과 2의 비율로 가중평균한 가액으로 한다. 다만, 소득세법 시행령 제158조 제1항 제1호 가목에 해당하는 법인의 경우에는 순손익가치와 순자산가치의 비율을 각각 2와 3으로 한다.”라고 되어 있고, 같은 법 시행령 제158조 제1항 제5호 가목에 해당하는 법인은 ‘해당 법인의 자산총액 중 토지·건물·부동산에 관한 권리의 자산가액 등이 차지하는 비율이 100분의 80 이상인 법인’의 주식평가는 상증법 시행령 제54조 제4항에 따라 순자산가치로 평가하여야 한다. 결국, 소득세법 시행령 제165조 에 따르면 50% 이상 부동산 과다보유법인에 대하여만 ‘순손익가치와 순자산가치의 비율을 각각 2와 3으로 한다.’라고 되어 있을 뿐, 80% 이상 부동산과다보유법인에 대하여는 별도의 규정이 없고 소득세법 제99조 에서 상증법을 준용하도록 되어 있으므로 순자산가액으로 평가하여 양도소득세를 부과한 이 건 처분은 정당하다.

• 가. 쟁 점 쟁점주식을 상증법 상 보충적 평가방법에 따라 순자산가치로 평가하여 양도소득세를 부과한 처분의 당부
• 나. 관련 법령

(1) 소득세법 제94조[양도소득의 범위]

① 양도소득은 해당 과세기간에 발생한 다음 각 호의 소득으로 한다.

1. 토지[공간정보의 구축 및 관리 등에 관한 법률에 따라 지적공부(地籍公簿)에 등록하여야 할 지목에 해당하는 것을 말한다] 또는 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함한다)의 양도로 발생하는 소득

2. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 부동산에 관한 권리의 양도로 발생하는 소득

• 가. 부동산을 취득할 수 있는 권리(건물이 완성되는 때에 그 건물과 이에 딸린 토지를 취득할 수 있는 권리를 포함한다)
• 나. 지상권
• 다. 전세권과 등기된 부동산임차권

3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주식 또는 출자지분(신주인수권과 대통령령으로 정하는 증권예탁증권을 포함한다. 이하 이 장에서 “주식 등”이라 한다)의 양도로 발생하는 소득

• 가. 자본시장과 금융투자업에 관한 법률에 따른 주권상장법인(이하 “주권상장법인”이라 한다)의 주식 등으로서 소유주식의 비율·시가총액 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 대주주(이하 이 장에서 “대주주”라 한다)가 양도하는 것과 같은 법에 따른 증권시장(이하 “증권시장”이라 한다)에서의 거래에 의하지 아니하고 양도하는 것
• 나. 주권상장법인이 아닌 법인의 주식 등

4. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 자산(이하 이 장에서 “기타자산”이라 한다)의 양도로 발생하는 소득

• 다. 주식 등의 주권 또는 출자증권을 발행한 법인의 주주의 구성, 부동산의 보유 현황 또는 사업의 종류 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 자산 제96조[양도가액] ① 제94조 제1항 각 호에 따른 자산의 양도가액은 그 자산의 양도 당 시의 양도자와 양수자 간에 실제로 거래한 가액(이하 “실지거래가액”이라 한다)에 따른다. 제99조[기준시가의 산정]

① 제96조 제1항 본문, 제97조 제1항 제1호 가목 본문, 제100조 및 제114조 제5항의 규정에 의한 기준시가는 다음 각호에서 정하는 바에 의한다.

4. 제3호에 따른 대통령령으로 정하는 주권상장법인의 주식 등 중 제3호에 해당하지 아니하는 것과 제94조 제1항 제3호 나목에 따른 주식 등 상속세 및 증여세법 제63조 제1항 제1호 다목을 준용하여 평가한 가액. 이 경우 평가기준시기 및 평가액은 대통령령으로 정하는 바에 따르되, 장부 분실 등으로 취득당시의 기준시가를 확인할 수 없는 경우에는 액면가액을 취득 당시의 기준시가로 한다.

6. 제94조 제1항 제4호에 따른 기타자산 양도자산의 종류, 규모, 거래상황 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 방법에 따라 평가한 가액 제100조[양도차익의 산정] ① 양도차익을 계산할 때 양도가액을 실지거래가액(제96조 제3항에 따른 가액 및 제114조 제7항에 따라 매매사례가액·감정가액이 적용되는 경우 그 매매사례가액·감정가액 등을 포함한다)에 따를 때에는 취득가액도 실지거래가액(제97조 제7항에 따른 가액 및 제114조 제7항에 따라 매매사례가액·감정가액·환산가액이 적용되는 경우 그 매매사례가액·감정가액·환산가액 등을 포함한다)에 따르고, 양도가액을 기준시가에 따를 때에는 취득가액도 기준시가에 따른다. 제114조[양도소득과세표준과 세액의 결정·경정 및 통지] ⑦ 제4항부터 제6항까지의 규정을 적용할 때 양도가액 또는 취득가액을 실지거래가액에 따라 정하는 경우로서 대통령령으로 정하는 사유로 장부나 그 밖의 증명서류에 의하여 해당 자산의 양도 당시 또는 취득 당시의 실지거래가액을 인정 또는 확인할 수 없는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 양도가액 또는 취득가액을 매매사례가액, 감정가액, 환산가액(실지거래가액·매매사례가액 또는 감정가액을 대통령령으로 정하는 방법에 따라 환산한 취득가액을 말한다) 또는 기준시가 등에 따라 추계조사하여 결정 또는 경정할 수 있다. (2) 소득세법 시행령 제158조[기타자산의 범위]

① 법 제94조 제1항 제4호 다목에서 “대통령령으로 정하는 자산”이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다.

1. 다음 가목 및 나목에 해당하는 법인의 주주 1인 및 기타 주주가 그 법인의 주식 등의 합계액의 100분의 50 이상을 주주 1인 및 기타 주주 외의 자에게 양도하는 경우의 해당 주식 등

• 가. 해당 법인의 자산총액 중 법 제94조 제1항 제1호 및 제2호의 자산가액과 다음 계산식에 따라 계산한 해당 법인이 보유한 다른 법인(제158조 제1항 제1호 또는 제5호의 요건에 해당하는 법인에 한정한다)의 주식가액의 합계액이 차지하는 비율이 100분의 50 이상인 법인 (중략)

5. 다음 가목 및 나목에 해당하는 법인의 주식 등을 양도하는 경우의 해당 주식 등

• 가. 해당 법인의 자산총액 중 법 제94조 제1항 제1호 및 제2호의 자산가액과 다음 계산식에 따라 계산한 해당 법인이 보유한 다른 법인(제158조 제1항 제1호 또는 제5호의 요건에 해당하는 법인에 한정한다)의 주식가액의 합계액이 차지하는 비율이 100분의 80 이상인 법인 (중략) 제165조[토지ㆍ건물외의 자산의 기준시가 산정] ④ 법 제99조 제1항 제4호 후단에 따른 평가기준시기 및 평가액은 다음 각 호에 정하는 바에 따른다.

1. 1주당 가액의 평가는 가목의 계산식에 따라 평가한 가액(이하 이 항에서 “순손익가치”라 한다)과 나목의 계산식에 따라 평가한 가액(이하 이 항에서 “순자산가치”라 한다)을 각각 3과 2의 비율로 가중평균한 가액으로 한다. 다만, 제158조 제1항 제1호 가목에 해당하는 법인의 경우에는 순손익가치와 순자산가치의 비율을 각각 2와 3으로 한다.

• 가. 양도일 또는 취득일이 속하는 사업연도의 직전 사업연도의 1주당 순손익액 ÷ 금융실명거래 및 비밀보장에 관한 법률 제2조 제1호 에 따른 금융기관이 보증한 3년 만기 회사채의 유통수익률을 고려하여 기획재정부장관이 정하여 고시하는 이자율
• 나. 양도일 또는 취득일이 속하는 사업연도의 직전 사업연도 종료일 현재 해당 법인의 장부가액(토지의 경우는 법 제99조 제1항 제1호가목에 따른 기준시가) ÷ 발행주식총수

⑧ 법 제99조 제1항 제6호에서 “대통령령으로 정하는 방법에 따라 평가한 가액”이란 다음 각 호에 따라 평가한 가액을 말한다.

1. 제158조 제1항 제1호ㆍ제5호 및 법 제94조 제1항 제4호 나목에 따른 주식 등 법 제99조 제1항 제3호 및 제4호에 따라 평가한 가액 제176조의2[추계결정 및 경정] ① 법 제114조 제7항에서 “대통령령으로 정하는 사유”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

1. 양도 또는 취득당시의 실지거래가액의 확인을 위하여 필요한 장부ㆍ매매계약서ㆍ영수증 기타 증빙서류가 없거나 그 중요한 부분이 미비된 경우

(3) 상속세 및 증여세법 제63조 [유가증권 등의 평가] ① 유가증권 등의 평가는 다음 각 호의 어느 하나에서 정하는 방법으로 한다.

• 다. 나목 외의 주식 및 출자지분으로서 거래소에 상장되지 아니한 주식 및 출자지분은 해당 법인의 자산 및 수익 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 방법으로 평가한다. (4) 상속세 및 증여세법 시행령 제54조 [비상장주식의 평가] ① 법 제63조 제1항 제1호 다목에 따른 거래소에 상장되지 아니한 주식 및 출자지분(이하 이 조 및 제56조의2에서 “비상장주식”이라 한다)은 다음의 계산식에 따라 평가한 가액(이하 “순손익가치”라 한다)과 1주당 순자산가치를 각각 3과 2의 비율로 가중평균한 가액으로 한다. 다만, 부동산과다보유법인(소득세법 시행령 제158조제1항 제1호 가목에 해당하는 법인을 말한다)의 경우에는 1주당 순손익가치와 순자산가치의 비율을 각각 2와 3으로 한다.

② 제1항의 규정에 의한 1주당 순자산가치는 다음의 산식에 의하여 평가한 가액으로 한다. 1주당 가액 ＝ 당해법인의 순자산가액 ÷ 발행주식총수(이하 “순자산가치”라 한다)

④ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 제1항에도 불구하고 제2항에 따른 순자산가치에 따른다.

4. 소득세법 시행령 제158조 제1항 제5호 가목에 해당하는 법인의 주식 등

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 쟁점주식의 양도일 현재 주식회사 OOO의 전체 자산가액 대비 보유부동산 비율이 80% 이상으로서 주식회사 OOO가 부동산과다보유법인이라는 것과 쟁점주식에 대하여 별도의 시가감정을 하지 않은 것에 대하여는 다툼이 없다.

(2) 조사종결보고서(2017년 10월) 등 처분청의 심리자료에 의하면 다음의 사실이 나타난다. (가) 청구인은 쟁점주식 OOO를 청구인의 형 강OOO 소유 부동산과 교환하고 교환재산권을 상증법상 기준시가로 평가하여 교환차액 OOO을 현금으로 받기로 하고 교환대상 목적물의 시가감정을 거치지 않았으므로 당해 교환거래는 실지거래가액이 없는 경우로 보아 소득세법상 기준시가OOO인 OOO으로 양도가액을 신고하였다. (나) 주식회사 OOO는 양도일 현재 자산총액 중 부동산 등 자산비율이 93.26%로 상증법상 부동산과다보유법인이고 상증법상 보충적평가액은 주당 OOO이므로 소득세법상 기준시가와는 주당 OOO의 평가차이가 발생하였다.

(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대 청구인은 비상장주식의 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우 양도가액 등의 결정은 소득세법 제114조 에서 매매사례가액, 감정가액, 환산가액 또는 기준시가 등에 따라 추계조사하여 결정할 수 있다고 규정하고 있고, 쟁점주식의 양도가액은 실지거래가액 뿐만 아니라, 매매사례가액, 감정가액 등이 존재하지 아니하므로 기준시가를 적용하여 산정한 가액으로 결정되어야 하는바, 소득세법 제99조 및 같은 법 시행령 제165조에서 규정하는 바와 같이 주식회사 OOO는 자산가액 대비 부동산가액 비율이 50% 이상인 법인이므로 순손익가치와 순자산가치의 비율을 각각 2:3으로 하여 쟁점주식의 가액을 산정하여야 한다고 주장하나, 소득세법 제99조 제1항 제4호 에 따르면 비상장주식의 기준시가를 산정할 경우 상증법 제63조 제1항 제1호 다목의 규정을 준용하도록 되어 있고, 상증법 제63조 제1항 제1호 다목 및 같은 법 시행령 제54조 제4항 제4호에 의하면 부동산가액이 총자산가액의 80% 이상인 경우 비상장법인은 순자산가치로 주식가치를 평가하도록 규정하고 있는 점, 만일 청구주장에 따를 경우 상증법 규정을 준용하여 비상장주식의 평가를 하도록 되어 있는 소득세법 제99조 제1항 제4호 의 규정은 단순히 선언적 규정에 불과해지는 점, 청구인이 쟁점주식을 양도하고 교환가액을 산정하면서 주식회사 OOO가 부동산과다보유법인(부동산보유비율 80% 이상)이라는 이유로 상증법상 보충적 평가방법을 적용하여 쟁점주식의 평가액을 주식회사 OOO의 순자산가치로 산정하였으므로 이를 쟁점주식의 양도가액으로 보는 것이 합리적인 점 등에 비추어 처분청이 주식회사 OOO를 부동산과다보유법인으로 보아 쟁점주식을 순자산가치로 평가(산정)하여 청구인에게 양도소득세를 부과한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.