쟁점신축주택의 양도소득금액 전부를 양도소득세 감면대상금액으로 산정하여야 한다는 청구주장의 당부

OOO이 2017.11.9. 청구인에게 한 2016년 귀속 양도소득세 OOO원의 부과처분은 이를 취소한다.

• 가. 청구인은 1992.11.18. OOO(이하 “종전주택”이라 한다)을 취득하였다가 2005.3.2. 종전주택의 재건축을 통해 OOO(이하 “쟁점신축주택”이라 한다)을 취득한 후 2016.1.14. 쟁점신축주택을 OOO원에 양도하고, 2016년 2월 양도소득세 예정신고를 하면서 쟁점신축주택의 양도 당시 기준시가OOO가 쟁점신축주택 취득일부터 5년이 되는 날의 기준시가OOO보다 적다는 사유를 들어 조세특례제한법(이하 “조특법”이라 한다) 제99조의3에 의하여 양도소득금액 전액OOO에 대하여 양도소득세 감면신청을 하였다.
• 나. 처분청은 조특법 시행령 제99조의3 제2항 제2호에서 규정하고 있는 감면대상 양도소득금액 계산식의 분모를 쟁점신축주택의 양도당시 기준시가OOO에서 종전주택의 취득당시 기준시가OOO를 차감한 금액으로 보아 감면대상 양도소득금액을 재계산OOO하여 2017.11.9. 청구인에게 2016년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정․고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2018.2.2. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 쟁점신축주택 양도의 경우 조특법 제99조의3에 의한 신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례 적용대상에 해당하나 같은 법 시행령 제98조의3 제1항 각 호에 따른 신축주택의 경우에 해당하지 아니하고, 2016.2.5. 개정된 조특법 시행령 제99조의3 제2항 제2호(이하 “쟁점규정”이라 한다)에서 규정하고 있는 감면대상 양도소득금액 계산식에 의하면 양도소득금액 전체가 감면대상에 해당하는 것으로 나타나므로 이 건 양도소득세 과세처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 2016.2.5. 대통령령 제26959호로 개정된 조특법 시행령 제99조의3 제2항 제2호 계산식 분모에서 ‘제98조의3’이라고 명시되어 있으나 이는 신축주택을 취득시 양도소득세 감면대상금액 계산방법을 명확히 규정하고자 하는 본래 입법취지 등을 감안하면 ‘법 제98조의3’을 의미하는 것으로 해석함이 타당하므로 쟁점신축주택에 대하여 조특법 제99조의3에 재건축으로 취득한 감면대상 신축주택을 취득일부터 5년이 경과하여 양도한 경우 감면대상 양도소득금액을 계산함에 있어 양도당시 기준시가에서 ‘신축주택’이 아닌 ‘종전주택’ 취득당시 기준시가를 차감한 금액을 쟁점규정의 계산식 분모에 해당하는 것으로 보아 이 건 양도소득세를 과세한 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 조특법 제99조의3에 따라 쟁점신축주택의 양도소득금액 전부를 양도소득세 감면대상금액으로 산정하여야 한다는 청구주장의 당부
• 나. 관련 법령 등

(1) 조세특례제한법(2015.12.15. 법률 제13560호로 개정된 것) 제98조의3(미분양주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례) ② 제1항을 적용할 때 자기가 건설한 신축주택으로서 2009년 2월 12일부터 2010년 2월 11일까지의 기간 중에 공사에 착공(착공일이 불분명한 경우에는 착공신고서 제출일을 기준으로 한다)하고, 사용승인 또는 사용검사(임시사용승인을 포함한다)를 받은 주택을 포함한다. 다만, 다음 각 호의 경우에는 이를 적용하지 아니한다.

1. 도시 및 주거환경정비법에 따른 주택재개발사업 또는 주택재건축사업을 시행하는 정비사업조합의 조합원이 해당 관리처분계획에 따라 취득하는 주택

2. 거주하거나 보유하는 중에 소실·붕괴·노후 등으로 인하여 멸실되어 재건축한 주택 제99조의3(신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례) ① 거주자(주택건설사업자는 제외한다)가 전국소비자물가상승률 및 전국주택매매가격상승률을 고려하여 부동산 가격이 급등하거나 급등할 우려가 있는 지역으로서 대통령령으로 정하는 지역 외의 지역에 있는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 신축주택(그 주택에 딸린 토지로서 해당 건물 연면적의 2배 이내의 것을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 취득하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도하는 경우에는 그 신축주택을 취득한 날부터 양도일까지 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 빼며, 해당 신축주택을 취득한 날부터 5년이 지난 후에 양도하는 경우에는 그 신축주택을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 뺀다.(단서 생략)

1. 주택건설사업자로부터 취득한 신축주택의 경우: 2001년 5월 23일부터 2003년 6월 30일까지의 기간(이하 이 조에서 "신축주택취득기간"이라 한다) 중에 주택건설업자와 최초로 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 자가 취득한 신축주택(주택법에 따른 주택조합 또는 도시 및 주거환경정비법에 따른 정비사업조합을 통하여 취득하는 주택으로서 대통령령으로 정하는 주택을 포함한다). 다만, 매매계약일 현재 입주한 사실이 있거나 신축주택취득기간 중 대통령령으로 정하는 사유에 해당하는 사실이 있는 주택은 제외한다.

④ 제1항에 따라 양도소득세 과세대상소득금액에서 빼는 양도소득금액의 계산 및 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 부칙 제1조(시행일) 이 법은 2016년 1월 1일부터 시행한다.(단서 생략) 부칙 제2조(일반적 적용례) ③ 이 법 중 양도소득세 및 증권거래세에 관한 개정규정은 이 법 시행 이후 양도하는 경우부터 적용한다. (2) 조세특례제한법 시행령(2016.2.5. 대통령령 제26959호로 개정된 것) 제98조의3(미분양주택 취득자에 대한 양도소득세 과세특례) ① 법 제98조의3 제1항 전단에서 "대통령령으로 정하는 미분양주택"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 주택(이하 이 조에서 "미분양주택"이라 한다)을 말한다.(단서 생략)

1. 주택법제38조에 따라 주택을 공급하는 사업주체(이하 이 항에서 "사업주체"라 한다)가 같은 조에 따라 공급하는 주택으로서 해당 사업주체가 입주자모집공고에 따른 입주자의 계약일이 지난 주택단지에서 2009년 2월 11일까지 분양계약이 체결되지 아니하여 2009년 2월 12일 이후 선착순의 방법으로 공급하는 주택

2. 주택법제16조에 따른 사업계획승인(건축법제11조에 따른 건축허가를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 받아 해당 사업계획과주택법제38조에 따라 사업주체가 공급하는 주택(2009년 2월 12일 이후 입주자모집공고에 따른 입주자의 계약일이 도래하는 주택에 한정한다)

3. 주택건설사업자(20호 미만의 주택을 공급하는 자를 말하며, 제1호와 제2호에 해당하는 사업주체는 제외한다)가 공급하는 주택(2009년 2월 11일까지 매매계약이 체결되지 아니한 주택을 포함한다)

4. 주택도시기금법에 따른 주택도시보증공사(이하 이 조에서 "주택도시보증공사"라 한다)가 같은 법 시행령 제22조 제1항 제1호 가목에 따라 매입한 주택으로서 주택도시보증공사가 공급하는 주택

5. 주택의 시공자가 해당 주택의 공사대금으로 받은 주택으로서 해당 시공자가 공급하는 주택

6. 법인세법 시행령제92조의2 제2항 제1호의5에 따른 기업구조조정부동산투자회사등이 취득한 주택으로서 해당 기업구조조정부동산투자회사등이 공급하는 주택

7. 주택 외의 시설과 주택을 동일건축물로 건설·공급하는 건축주가 2004년 3월 30일 전에건축법제11조에 따라 건축허가를 신청하여 건설한 주택(2009년 2월 11일까지 매매계약이 체결되지 아니한 주택에 한정한다)으로서 해당 건축주가 공급하는 주택

8. 자본시장과 금융투자업에 관한 법률에 따른 신탁업자가 법인세법 시행령제92조의2 제2항 제1호의7에 따라 취득한 주택으로서 해당 신탁업자가 공급하는 주택

② 제1항을 적용할 때 다음 각 호의 주택은 제외한다.

1. 매매계약일 현재 입주한 사실이 있는 주택

2. 2009년 2월 12일부터 2010년 2월 11일까지의 기간(이하 이 조에서 "미분양주택 취득기간"이라 한다) 중에 사업주체(제1항제3호에 따른 주택건설사업자, 같은 항 제4호에 따른 주택도시보증공사, 같은 항 제5호에 따른 시공자, 같은 항 제6호에 따른 기업구조조정부동산투자회사등, 같은 항 제7호에 따른 건축주 및 같은 항 제8호에 따른 신탁업자를 포함한다. 이하 제3호, 제6항·제8항 및 제10항에서 같다)와 매매계약을 체결한 매매계약자가 해당 계약을 해제하고 매매계약자 또는 그 배우자(매매계약자 또는 그 배우자의 직계존비속 및 형제자매를 포함한다)가 당초 매매계약을 체결하였던 주택을 다시 매매계약하여 취득한 주택

3. 미분양주택 취득기간 중에 해당 사업주체로부터 당초 매매계약을 체결하였던 주택에 대체하여 다른 주택을 매매계약하여 취득한 주택 제99조의3(신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례) ② 법 제99조의3 제1항에 따른 양도소득세 과세대상소득금액에서 빼는 양도소득금액(이하 이 조에서 "감면대상 양도소득금액"이라 한다)은 다음 각 호의 구분에 따라 계산한다. 이 경우 새로운 기준시가가 고시되기 전인 경우에는 직전의 기준시가를 적용한다.

2. 취득일부터 5년 후에 양도하는 경우 감면대상 양도소득금액은 다음 계산식에 따라 계산한 금액으로 한다. 소득세법 제95조 제1항에 따라 계산한 양도소득금액 × 신축주택 취득일부터 5년이 되는 날의 기준시가

• 신축주택 취득 당시 기준시가 양도 당시 기준시가

• 신축주택 취득 당시 기준시가(다만, 종전주택을 재개발․재건축하여 취득한 제98조의3 제1항 각 호에 따른 신축주택의 경우 종전주택 취득 당시 기준시가) 부칙 제1조(시행일) 이 영은 공포한 날부터 시행한다.(단서 생략) 부칙 제2조(일반적 적용례) ③ 이 영 중 양도소득세 및 증권거래세에 관한 개정규정은 이 영 시행 이후 양도하는 분부터 적용한다. 부칙 제16조(신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 감면에 관한 적용례) 제99조 제1항 및 제99조의3 제2항의 개정규정은 법률 제13560호 조세특례제한법 일부개정법률 시행 이후 양도하는 분부터 적용한다. (3) 조세특례제한법 시행령(2017.2.7. 대통령령 제27848호로 개정된 것) 제99조의3(신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례) ② 법 제99조의3 제1항에 따른 양도소득세 과세대상소득금액에서 빼는 양도소득금액(이하 이 조에서 "감면대상 양도소득금액"이라 한다)은 다음 각 호의 구분에 따라 계산한다. 이 경우 새로운 기준시가가 고시되기 전인 경우에는 직전의 기준시가를 적용한다.

2. 취득일부터 5년 후에 양도하는 경우 감면대상 양도소득금액은 다음 계산식에 따라 계산한 금액으로 한다. 소득세법 제95조 제1항에 따라 계산한 양도소득금액 × 신축주택 취득일부터 5년이 되는 날의 기준시가

• 신축주택 취득 당시 기준시가 양도 당시 기준시가

• 신축주택 취득 당시 기준시가(종전주택을 재개발․재건축하여 취득한 법 제98조의3 제2항 각 호에 따른 신축주택의 경우 종전주택 취득 당시 기준시가) 부칙 제1조(시행일) 이 영은 공포한 날부터 시행한다. 부칙 제2조(일반적 적용례) ③ 이 영 중 양도소득세 및 증권거래세에 관한 개정규정은 이 영 시행 이후 양도하는 분부터 적용한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 청구인은 1 992.11.18. 종전주택을 취득하고 2002.4.27. 분양공급계약을 체결한 후 2005.3.2. 쟁점신축주택을 취득하여 5년 이후인 2016.1.14. 이를 양도하였는데, 쟁점신축주택의 양도소득금액은 OOO원이고 기준시가는 각각 쟁점신축주택의 취득당시는 OOO원, 동 주택의 취득일부터 5년이 되는 날은 OOO원, 양도당시는 OOO원, 종전주택의 취득당시는 OOO원인 것으로 나타나고 있으며, 감면대상 양도소득금액 계산내역은 아래 <표1>과 같다.

(2) 한편, 2016.2.5. 및 2017.2.7. 각 개정된 쟁점규정(조특법 시행령 제99조의3 제2항 제2호)의 감면대상 양도소득금액 계산식은 각각 아래 <표2>와 같고, 처분청은 쟁점신축주택이 조특법 시행령 제98조의3 제1항 각 호의 미분양주택에는 해당한다고 인정할 만한 자료를 제출하지 못하고 있다. <표2> 쟁점규정 계산식 [2016.2.5. 개정] 소득세법 제95조 제1항에 따라 계산한 양도소득금액 × 신축주택 취득일부터 5년이 되는 날의 기준시가

• 신축주택 취득 당시 기준시가 양도 당시 기준시가

• 신축주택 취득 당시 기준시가(다만, 종전주택을 재개발․재건축하여 취득한 제98조의3 제1항 각 호에 따른 신축주택의 경우 종전주택 취득 당시 기준시가) [2017.2.7. 개정] 소득세법 제95조 제1항에 따라 계산한 양도소득금액 × 신축주택 취득일부터 5년이 되는 날의 기준시가

• 신축주택 취득 당시 기준시가 양도 당시 기준시가

• 신축주택 취득 당시 기준시가(종전주택을 재개발․재건축하여 취득한 법 제98조의3 제2항 각 호에 따른 신축주택의 경우 종전주택 취득 당시 기준시가)

(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 조세법률주의 원칙상 과세요건이나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니한다 할 것인바(대법원 2004.5.28. 선고 2003두7392 판결, 같은 뜻임), 처분청은 양도당시 기준시가에서 종전주택 취득당시 기준시가를 차감한 금액을 조특법 시행령 제99조의3 제2항 제2호(쟁점규정)에서 규정하고 있는 계산식의 분모에 적용하여 쟁점신축주택의 양도에 대한 감면대상 소득금액을 산정하여야 한다는 의견이나, 2016.2.5. 개정된 쟁점규정에 의하면 양도당시 기준시가에서 신축주택 취득당시 기준시가를 차감한 금액을 동 규정의 계산식 분모로 적용하되 다만, ‘제98조의3 제1항 각 호에 따른 신축주택의 경우’에는 양도당시 기준시가에서 종전주택 취득당시 기준시가를 차감한 금액을 분모로 적용할 수 있는 것으로 규정하고 있는 반면, 쟁점신축주택이 조특법 시행령 제98조의3 제1항 각 호에 따른 신축주택에 해당한다고 인정할 만한 자료를 제출하지 못하고 있는 점, 쟁점신축주택의 양도일은 2016.1.14.이고 처분청이 제시하고 있는 2017.2.7. 개정된 쟁점규정의 계산식은 2017.2.7. 이후 양도하는 분부터 적용하는 것으로 규정하고 있어 위 개정 계산식이 적용되는 것으로 해석하기도 어려운 점, 양도당시 기준시가에서 신축주택 취득당시 기준시가를 차감한 금액을 쟁점규정의 계산식 분모로 적용하여 감면대상 양도소득금액을 계산할 경우 양도소득금액 전액이 감면대상에 해당하는 것으로 나타나고 있는 점 등에 비추어 양도당시 기준시가에서 ‘신축주택’이 아닌 ‘종전주택’ 취득당시 기준시가를 차감한 금액을 쟁점규정의 계산식 분모에 해당하는 것으로 보아 이 건 양도소득세를 과세한 처분은 잘못이 있다고 판단된다(조심 2017서2194, 2017.8.23. 같은 뜻임).

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.