쟁점주식의 교환이 조세특례제한법 제46조의7에 따라 과세특례가 적용되는 전략적 제휴를 위한 비상장주식의 교환이라는 청구주장의 당부

[주 문] 심판청구를 기각한다. [이 유]

• 가. 청구인은 OOO에서 보트 건조 및 수리업을 영위하는 비상장 중소기업인 주식회사 OOO(OOO, 이하 "쟁점법인”이라 한다)의 주식 OOO(이하 “쟁점주식”이라 한다)를 보유한 주주였다.
• 나. 쟁점법인은 2014.7.1. 그 발행주식 전부OOO를 OOO(이하 “OOO”라고 한다)에게 이전하고, OOO는 신주 OOO를 쟁점법인의 주주들에게 발행하기로 하는 내용의 주식교환매입계약을 OOO와 체결하였다.
• 다. 청구인은 이에 따라 쟁점주식을 OOO의 신주와 교환․이전하였으나 양도소득세를 신고하지 아니하였다.
• 라. OOO지방국세청장은 2017.3.30.～2017.5.19. 기간 동안 쟁점법인에 대한 주식변동조사를 실시하여 청구인이 2014년 중 쟁점주식을 교환을 원인으로 양도한 후 양도소득세를 무신고하였다는 조사결과를 처분청에 통보하였고, 처분청은 이에 따라 2017.9.13. 청구인에게 2014년 귀속 양도소득세 OOO을 결정․고지하였다.
• 마. 청구인은 이에 불복하여 2017.12.1. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 쟁점법인의 매출처가 한정되어 있고 자금압박을 겪고 있던 상황에서 2014.7.1. OOO에 소재하고 있는 동종업체 OOO와 쟁점주식을 교환한 것은 기술이전 및 매출처 확보를 통하여 경영을 정상화하기 위한 것이다. 조세특례제한법(이하 “조특법”이라 한다) 제46조의7에 따른 과세이연 요건과 관련하여 ① 청구인은 교환으로 취득한 OOO 주식을 1년 이상 보유하고 있고, ② 쟁점법인이 생산성 향상과 경쟁력 강화 등을 목적으로 OOO와 전략적 제휴계약을 체결하였으며, ③ 제휴대상 사업내용이 실현가능하고 구체적인 한편, ④ 제휴사업에서 발생하는 손익의 분배방법이 정해져 있을 뿐만 아니라, ⑤ 제휴계약에 기술․정보․시설․인력 및 자본 등의 협업에 관한 사항이 포함되어 있으므로 이 건은 과세특례의 요건을 충족한다.
• 나. 처분청 의견 벤처투자 지원을 위하여 과세이연 제도를 규정한 조특법 제46조의7은 비상장 벤처기업의 주주(지분율 10% 이상 보유한 주주)가 소유하는 벤처기업 등의 주식을 전략적 제휴요건을 갖추어 제휴법인이 보유한 자기주식 또는 제휴법인의 주주(지분율 10% 이상 보유한 주주)의 주식과 교환함으로써 발생하는 양도차익에 대해서 과세이연을 적용받을 수 있다고 규정하고 있는바, 쟁점주식의 교환은 쟁점법인의 주주가 소유주식 전부를 외국법인인 OOO에 이전하고 OOO의 주식을 받는 것(완전자회사로 편입)인바, 이는 상법제360조의2에서 규정하고 있는 ‘주식의 포괄적 교환에 의한 완전모회사의 설립’으로 봄이 타당하고, 이를 전략적 제휴를 위하여 쟁점주식을 교환한 것이라고 볼 수 없다.

• 가. 쟁점 쟁점주식의 교환이 조세특례제한법 제46조의7 에 따라 과세특례가 적용되는 전략적 제휴를 위한 비상장주식의 교환이라는 청구주장의 당부
• 나. 관련 법령 (1) 조세특례제한법 제46조의7 [전략적 제휴를 위한 비상장 주식교환 등에 대한 과세특례] ① 자본시장과 금융투자업에 관한 법률에 따른 주권상장법인을 제외한 벤처기업(대통령령으로 정하는 매출액 대비 연구·인력개발비 투자 비중이 5퍼센트 이상인 중소기업을 포함하며, 이하 이 조에서 "벤처기업 등"이라 한다)의 주주(그 법인의 발행주식 총수의 100분의 10 이상을 보유한 주주를 말한다. 이하 이 조에서 같다)가 소유하는 벤처기업 등의 주식을 다음 각 호의 요건을 갖추어 2015년 12월 31일 이전에 주식회사인 법인(이하 이 조에서 "제휴법인"이라 한다)이 보유한 자기주식 또는 제휴법인의 주주(발행주식 총수의 100분의 10 이상을 보유한 주주를 말한다. 이하 이 조에서 같다)의 주식과 교환하거나 제휴법인에 현물출자하고 그 제휴법인으로부터 출자가액에 상당하는 주식을 새로 받음으로써 발생하는 양도차익에 대해서는 대통령령으로 정하는 바에 따라 그 주주가 주식교환 또는 현물출자(이하 이 조에서 "주식교환 등"이라 한다)로 인하여 취득한 제휴법인의 주식을 처분할 때까지 양도소득세의 과세를 이연받을 수 있다.

1. 대통령령으로 정하는 바에 따라 벤처기업 등과 제휴법인 간의 전략적 제휴계획을 추진하고 그 계획에 따라 주식교환 등이 이루어질 것

2. 벤처기업 등의 주주 1인과 대통령령으로 정하는 특수관계인이 제휴법인의 대통령령으로 정하는 최대주주와 대통령령으로 정하는 특수관계에 있지 않을 것

3. 벤처기업 등의 주주가 주식교환 등으로 인하여 취득한 주식과 제휴법인 또는 제휴법인의 주주가 주식교환 등으로 취득한 주식을 각각 1년 이상 보유하도록 하는 계약을 벤처기업 등과 제휴법인 간에 체결할 것

② 제1항에 따라 양도소득세의 과세를 이연받은 벤처기업 등의 주주는 제1항 제3호의 계약을 위반하는 사유가 발생하면 대통령령으로 정하는 바에 따라 그 이연받은 양도소득세를 납부하여야 한다.

③ 제1항에 따라 양도소득세의 과세를 이연받으려는 자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 신청하여야 한다. (2) 조세특례제한법 시행령 제43조의7 [전략적 제휴를 위한 비상장 주식교환 등에 대한 과세특례] ② 법 제46조의7 제1항 각 호 외의 부분에 따른 발행주식 총수의 100분의 10 이상을 보유한 주주는 해당 법인의 의결권 있는 발행주식 총수의 100분의 10 이상을 보유한 주주로 한다.

③ 법 제46조의7 제1항 제1호에 따른 전략적 제휴계획은 벤처기업(제1항에 따른 중소기업을 포함하며, 이하 이 조에서 "벤처기업 등"이라 한다)이 생산성 향상과 경쟁력 강화 등을 목적으로 2015년 12월 31일 이전에 주식회사인 법인(이하 이 조에서 "제휴법인"이라 한다)과의 계약을 통하여 협력관계를 형성하려는 계획을 말한다.

④ 제3항에 따른 계약은 다음 각 호의 요건을 갖추어야 한다.

1. 벤처기업 등과 제휴법인이 계약당사자가 될 것

2. 제휴 대상 사업내용이 실현가능하고 구체적일 것

3. 제휴 사업에서 발생하는 손익의 분배방법을 정할 것

4. 기술·정보·시설·인력 및 자본 등의 협력에 관한 사항을 포함하고 있을 것

⑨ 법 제46조의7 제3항에 따라 양도소득세의 과세이연 신청을 하려는 자는 주식교환 등을 한 날이 속하는 분기의 말일부터 2개월 이내에 과세표준신고와 함께 기획재정부령으로 정하는 비상장기업주식교환 등 주식양도차익과세이연신청서에 전략적 제휴계획, 주식교환계약서와 세제지원대상 여부를 확인할 수 있는 서류로서 기획재정부령으로 정하는 서류를 첨부하여 납세지 관할 세무서장에게 제출하여야 한다. (3) 상법 제360조의2 [주식의 포괄적 교환에 의한 완전모회사의 설립] ② 주식의 포괄적 교환(이하 이 관에서 “주식교환”이라 한다)에 의하여 완전자회사가 되는 회사의 주주가 가지는 그 회사의 주식은 주식을 교환하는 날에 주식교환에 의하여 완전모회사가 되는 회사에 이전하고, 그 완전자회사가 되는 회사의 주주는 그 완전모회사가 되는 회사가 주식교환을 위하여 발행하는 신주의 배정을 받음으로써 그 회사의 주주가 된다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 쟁점법인은 2014.7.1. 그 발행주식의 전부인 OOO를 OOO의 신주 OOO와 교환하기로 하는 주식교환매입계약을 체결하였고 그 주요내용은 아래와 같다.

(2) 위 주식교환매입계약을 체결하기 전인 2014.6.25. 작성된 쟁점법인의 주주명부는 아래 <표2>와 같고, 청구인은 주식교환 전에 쟁점법인의 주식 OOO를 보유한 것으로 나타난다. <표2> 2014.6.25. 현재 쟁점법인의 주주명부

(3) 청구인은 2017.7.5. 과세전적부심사 청구시 쟁점법인과 OOO 간에 2014.7.1. 체결한 전략적 제휴계약서를 제출하였고, 그 주요내용은 아래와 같다.

(4) 청구인은 이 건 심판청구시 아래와 같이 OOO와 청구인 간에 2014.7.10. 체결한 합의서를 제출하였다.

(5) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다. 청구인은 쟁점주식의 교환이 전략적 제휴계약에 따른 주식교환이므로 그 양도차익에 대하여 조특법 제46조의7에 따른 과세특례가 적용되어야 한다고 주장하나, 주식양도차익 과세이연 요건으로 조특법 제46조의7 제1항 제3호에서 벤처기업 등의 주주가 주식교환 등으로 인하여 취득한 주식과 제휴법인 또는 제휴법인의 주주가 주식교환 등으로 취득한 주식을 각각 1년 이상 보유하도록 하는 계약을 벤처기업 등과 제휴법인 간에 체결할 것을 규정하고 있는바, 이 건에서 쟁점법인과 OOO 간에 2014.7.1. 체결된 주식교환매입계약서 또는 전략적 제휴계약서에는 교환으로 취득한 주식에 대한 의무보유기간에 대한 약정이 없어 쟁점주식의 교환이 과세이연 요건을 충족한다고 보기 어려운 점, 쟁점법인과 OOO 간에 체결한 전략적 제휴계약서에는 제휴업무로 두 회사 간의 협조, 지원, 제품홍보 및 공동기술개발 추진 등의 추상적․포괄적인 내용이 기재되어 있을 뿐 구체적인 제휴사업이 특정되어 있지 아니하고, 공동으로 추진하는 제휴사업에서 발생하는 수익의 분배방법이 정해져 있지 아니한바(전략적 제휴계약서 제5조에서 규정한 수익배분의 내용은 쟁점법인의 배당에 관한 것일 뿐 제휴사업의 손익 분배방법은 아닌 것으로 보인다), 이 건 주식교환은 두 법인 간에 전략적 제휴관계를 형성하여 제휴사업을 영위하기 위한 것이라기보다는 OOO가 쟁점법인을 완전자회사로 지배하기 위한 기업지배구조 개편의 일환으로 보이는 점 등에 비추어 청구인이 쟁점주식을 교환․양도하여 발생한 양도차익은 조특법 제46조의7에 따른 과세특례의 요건을 충족하지 못한다 할 것이므로 청구주장을 받아들이기는 어렵다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.