조세심판원 심판청구 법인세

매출누락에 대한 과세처분이 이미 이루어졌음에도 재차 과세한 처분은 이중과세라는 청구주장의 당부 등

사건번호 조심-2018-서-0764 선고일 2019.03.18

조사공무원이 쟁점거래처로부터 확보한 자료는 신빙성 있는 과세자료로 보이는 점, 이 건 과세처분의 기초가 된 쟁점거래처와의 매출누락액에 대하여 청구법인은 이에 대한 구체적인 주장 및 입증을 할 수 있었을 것으로 보이는 점 등에 비추어 처분청이 이 건 부가가치세 및 법인세를 과세한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단됨

[주 문] 심판청구를 기각한다. [이 유]

1. 처분개요
  • 가. 청구법인은 OOO시장에서 원단을 제조‧가공하여 판매하는 사업을 영위할 목적으로 OOO 설립된 법인이다.
  • 나. OOO(이하 “조사청”이라 한다)은 2014.7.17.부터 2014.8.25. 까지 청구법인의 2012‧2013년 과세기간에 대한 세무조사(이하 “1차조사”라 한다)를 실시하여 청구법인의 현금매출누락분에 대한 과세자료를 처분청에 통보하였고, 이에 처분청은 청구법인에게 해당 과세기간에 대한 부가가치세 및 법인세를 경정‧고지하였다.
  • 다. 조사청은 OOO이 ‘OOO’, ‘OOO’이라는 상호로 운영하는 사업장(이하 “쟁점거래처”라 한다)에 대한 개인통합조사를 실시하여 청구법인의 매출 과소신고 과세자료를 처분청에 통보하였고, 이에 처분청은 2017.7.10.부터 2017.9.17.까지 청구법인에 대한 세무조사OOO를 실시한 결과, 2017.12.6. 청구법인에게 2012년 제2기~2014년 제2기 부가가치세 합계 OOO원 및 2012~2014사업연도 법인세 합계 OOO원을 각 경정‧고지하였다.
  • 라. 청구법인은 이에 불복하여 2018.1.19. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

  • 가. 청구법인 주장

(1) 처분청은 쟁점거래처에 대한 조사 결과 쟁점거래처 직원이 작성한 엑셀파일을 근거로 청구법인에 대한 2차조사를 실시하였고, 그 결과 1차조사시 발견된 매출누락 외에 쟁점거래처와의 거래계약서, 거래명세서, 금융거래내역 등 추가적인 매출누락 사실에 대한 증거가 없음에도 불구하고 이 건 부가가치세 및 법인세를 과세한 처분은 부당하다.

(2) 처분청은 1차조사 당시 청구법인의 2011년부터 2013년까지의 업무일지를 조사한 결과 매출신고 누락을 발견하였고, 청구법인의 모든 금융거래 내역을 조사한 후 관련 세금을 부과한 것으로 1차조사에서 발견된 매출누락 외에는 다른 매출누락 사항은 없고, 1차조사에서 이미 과세된 2012‧2013년에 해당하는 매출누락분에 이미 포함된 쟁점거래처와의 매출누락을 2차조사를 통해 재차 과세하는 것은 부당하다.

(3) 국세기본법제81조의4에 의하면 같은 세목 및 같은 과세기간에 대하여 재조사를 할 수 없다고 규정하고 있는데 2012‧2013년 과세기간에 대한 세무조사인 1차조사와 이 건 2012‧2013‧2014년 과세기간에 대한 세무조사인 2차조사는 같은 세목 및 같은 과세기간에 대한 세무조사로서 위법한 중복조사에 해당하고, 국세기본법제81조의4 제2항의 예외사유에 해당하지 않으므로 이 건 과세처분은 위법한 세무조사에 따른 위법한 처분에 해당한다.

(4) 국세기본법제81조의7에 의하면 세무조사를 실시할 경우 조사사유를 조사 받을 납세자에게 사전통지하도록 규정하고 있는바, 중복세무조사는 예외적으로만 허용되는 것으로서 중복세무조사 사유도 사전통지에 기재되어 있어야 한다. 그런데 처분청은 2차조사에 대한 사전통지를 하면서 중복세무조사사유를 통지하지 아니하였으므로 2차조사는 위법한 세무조사에 해당한다.

  • 나. 처분청 의견

(1) 이 건 과세자료로 활용된 엑셀자료는 쟁점거래처에 대한 세무조사 당시 쟁점거래처의 사무실에서 발견되었고, 이는 실제거래사실에 따라 작성된 신뢰도 높은 증빙이다. 쟁점거래처의 OOO은 조세범칙조사 후 조세포탈 혐의로 고발이 되어 형사소송이 진행 중이고, 불복청구를 제기하여 현재 행정소송 2심이 진행 중인바, 형사소송이 진행 중이라는 것은 공소가 제기되었다는 것이고, 공소를 제기했다는 것은 OOO이 조세포탈범 혐의가 짙다는 것이며, 그에 따라 OOO에 대한 조사로 파생된 과세자료는 신빙성이 있다. 또한, 행정소송 1심에서 이미 과세처분이 유지되었고, 2심이 진행 중인데 행정소송 1심에서 승소하였다는 것은 당초 조사결과가 타당하다는 것으로, 동 조사로 인하여 파생된 과세자료는 객관성과 합리성이 뒷받침되는 자료로서 신빙성 있는 자료라 할 것이며 실지조사의 근거로 충분한 자료에 해당한다. 그러므로 위 과세자료에 의해 세무조사를 하는 것은 국세기본법 제81조의4 제2항 에서 규정하고 있는 조세탈루의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우에 해당한다.

(2) 청구법인은 해당 과세기간에 대하여 이미 1차조사를 통해 과세가 되었는바, 2차조사 결과 매출누락 혐의 금액이 1차조사시 과세된 매출누락 금액 외의 것인지 명확하게 입증하여야 함에도 단순히 파생자료에 따라 과세한 처분은 부당하다고 주장하고 있으나, 이 건 매출누락액은 1차조사시 포함되지 않았다. 청구법인에 대한 1차조사시 작성된 문답서에 의하면, 법인통합조사와 관련하여 적출된 금액은 매장의 소비자 관련 불특정 다수인에게 현금 매출한 금액을 신고 누락한 금액으로 확인되고, 쟁점거래처와의 거래와 관련하여 적출된 매출누락 금액은 없는 것으로 확인되었으며, 1차조사시 작성된 확인서에도 OOO에서 수취한 현금수입금액을 신고 누락한 것임을 확인한다고 기재되어 있을 뿐 쟁점거래처와의 매출을 신고 누락하였다는 내용이 나타나지 않는다. 만약 2차조사시 적출된 매출누락액이 1차조사시 추징이 되었다면 해당 증빙서류를 청구법인이 제시하여야 함에도 불구하고 청구법인은 소명자료를 제시하지 못하고 있고, 특히 청구법인의 대표자가 동일쟁점으로 다투었던 심판청구OOO에서도 이에 대한 증명책임이 납세자에게 있다고 결정한 사실이 있다.

(3) 처분청은 2차조사를 착수할 당시 세무조사 사전통지서를 국세기본법에 따라 적법하게 교부하였으므로 당초 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단
  • 가. 쟁점

① 이 건 과세처분은 근거과세의 원칙에 위배된다는 청구주장의 당부

② 이 건 세무조사가 2014년에 실시한 세무조사와 중복조사인지 여부

③ 세무조사 사전통지에 중복조사 예외사유를 기재하지 아니한 것이 부적법하다는 청구주장의 당부

④ 2012~2013 과세기간 중 매출누락에 대한 과세처분이 이미 이루어졌음에도 재차 과세한 처분은 이중과세라는 청구주장의 당부

  • 나. 관련 법령

(1) 국세기본법 제16조[근거과세] ① 납세의무자가 세법에 따라 장부를 갖추어 기록하고 있는 경우에는 해당 국세 과세표준의 조사와 결정은 그 장부와 이에 관계되는 증거자료에 의하여야 한다.

② 제1항에 따라 국세를 조사·결정할 때 장부의 기록 내용이 사실과 다르거나 장부의 기록에 누락된 것이 있을 때에는 그 부분에 대해서만 정부가 조사한 사실에 따라 결정할 수 있다.

③ 정부는 제2항에 따라 장부의 기록 내용과 다른 사실 또는 장부 기록에 누락된 것을 조사하여 결정하였을 때에는 정부가 조사한 사실과 결정의 근거를 결정서에 적어야 한다. 제81조의4[세무조사권 남용 금지] ① 세무공무원은 적정하고 공평한 과세를 실현하기 위하여 필요한 최소한의 범위에서 세무조사를 하여야 하며, 다른 목적 등을 위하여 조사권을 남용해서는 아니 된다.

② 세무공무원은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우가 아니면 같은 세목 및 같은 과세기간에 대하여 재조사를 할 수 없다.

1. 조세탈루의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우

2. 거래상대방에 대한 조사가 필요한 경우

3. 2개 이상의 사업연도와 관련하여 잘못이 있는 경우

4. 제65조 제1항 제3호(제66조 제6항과 제81조에서 준용하는 경우를 포함한다)에 따른 필요한 처분의 결정에 따라 조사를 하는 경우

5. 그 밖에 제1호부터 제4호까지와 유사한 경우로서 대통령령으로 정하는 경우 제81조의7[세무조사의 통지와 연기신청] ① 세무공무원은 세무조사(조세범 처벌절차법에 따른 조세범칙조사는 제외한다)를 하는 경우에는 조사를 받을 납세자(납세자가 제82조에 따라 납세관리인을 정하여 관할 세무서장에게 신고한 경우에는 납세관리인을 말한다. 이하 이 조에서 같다)에게 조사를 시작하기 15일 전에 조사대상 세목, 조사기간 및 조사 사유, 그 밖에 대통령령으로 정하는 사항을 통지(이하 이 조에서 "사전통지"라 한다)하여야 한다. 다만, 사전통지를 하면 증거인멸 등으로 조사 목적을 달성할 수 없다고 인정되는 경우에는 그러하지 아니하다. (2) 국세기본법 시행령 제63조의2[중복조사의 금지] 법 제81조의4 제2항 제5호에서 "대통령령으로 정하는 경우"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

1. 부동산투기, 매점매석, 무자료거래 등 경제질서 교란 등을 통한 탈세혐의가 있는 자에 대하여 일제조사를 하는 경우

2. 각종 과세자료의 처리를 위한 재조사나 국세환급금의 결정을 위한 확인조사 등을 하는 경우

3. 법 제81조의5 및 제81조의12에 따른 부과처분을 위한 실지조사를 하지 아니하고 재경정하는 경우 제63조의6[세무조사의 통지] ① 법 제81조의7 제1항에 따라 납세자 또는 납세관리인에게 세무조사에 관한 사전통지를 하는 경우에는 다음 각 호의 사항을 적은 문서로 하여야 한다.

1. 납세자 또는 납세관리인의 성명과 주소 또는 거소

3. 조사대상 세목 및 조사 사유

4. 법 제81조의11 제3항에 따른 부분조사를 실시하는 경우에는 해당 부분조사의 범위

5. 그 밖에 필요한 사항

② 법 제81조의7 제4항 각 호 외의 부분 단서에서 "폐업 등 대통령령으로 정하는 경우"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

1. 납세자가 세무조사 대상이 된 사업을 폐업한 경우

2. 납세자가 납세관리인을 정하지 아니하고 국내에 주소 또는 거소를 두지 아니한 경우

3. 납세자 또는 납세관리인이 세무조사통지서의 수령을 거부하거나 회피하는 경우

  • 다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청이 쟁점거래처로부터 확보한 엑셀파일과 관련하여 아래와 같은 사실들이 나타난다. (가) 처분청이 제시한 엑셀파일에는 청구법인을 포함한 거래처별 매입 실거래금액과 세금계산서 수취내역이 나타나고, 처분청은 이를 통해 아래 <표>와 같이 청구법인의 매출누락액을 산정하였다. (나) 쟁점거래처의 사업자인 OOO의 심문조서 내용은 아래와 같이 제시하였다. 아래 심문조서는 OOO 세무사를 세무대리인으로 참여시키고 작성된 후 30분 동안 열람이 되었으며, 진술한 내용대로 작성된 후 잘못 기재된 부분은 없다고 기재되어 있고, 간인 후 서명날인이 되어 있다.

(2) 1차조사시 작성된 문답서OOO에 의하면, 처분청은 당초 적출된 금액은 매장의 소비자 관련 불특정 다수인에게 현금 매출한 금액을 신고 누락한 금액으로 확인되고, 쟁점거래처와의 거래와 관련하여 적출된 매출누락 금액은 없는 것으로 확인된다는 의견이나 제출된 문답서에 의하면 월별결제내역과 신고내역의 차이가 현금매출이라고 청구법인의 대표이사 OOO의 진술은 있었으나 매출누락액에 쟁점거래처에 대한 매출누락 금액 포함 여부가 문답서에는 기재되어 있지 아니한 것으로 나타난다. 또한 1차조사시 청구법인의 대표이사 OOO이 제출한 확인서는 아래와 같다. 처분청은 2차조사 결과 적출된 쟁점거래처와의 매출누락액을 2012년 제2기 OOO원, 2013년 제1기 OOO원, 2013년 제2기 OOO원, 2014년 제1기 OOO원, 2014년 제2기 OOO원으로 제시하였다.

(3) 조사청은 쟁점거래처의 대표 OOO이 2011년~2014년 기간 동안 세금계산서를 수취하지 않고 OOO원을 매입하였다가 OOO원 상당액(매출총이익율로 환산함)을 현금매출하였으나 이를 누락한 것으로 보아 2015.5.14. 2011년 제1기~2014년 제2기 부가가치세 합계 OOO원 및 2011년 및 2012년 귀속 종합소득세 합계 OOO원을 경정․고지하였고, OOO은 2015.7.30. 심판청구OOO를 제기하였으나 기각되어, 현재 행정소송이 계속중인 것으로 나타난다.

(4) 1차조사에 대한 세무조사 사전통지서는 제출되지 아니하였고, 세무조사 결과통지서OOO에 의하면 청구법인에 대한 법인통합조사가 2012년 1월부터 2013년 12월을 대상으로 이루어졌으며, 예상고지세액으로 법인세‧소득세 OOO원, 부가가치세 OOO원으로 기재되어 있으며 청구법인의 대표이사인 OOO에 대해서는 상여로 소득처분할 금액 OOO원이 기재되어 있다. 2차조사시 처분청이 청구법인에 통지한 세무조사 사전통지서에 의하면 2017.7.10.부터 2017.9.17.까지 2012.1.1.부터 2014.12.31.까지 부가가치세에 대한 세무조사로서 2012년 제1기부터 2014년 제2기 과세기간 동안 쟁점거래처에 재화를 공급한 후 세금계산서 미발급하고 매출신고 누락한 혐의에 대해 부가가치세 부분조사를 실시한다고 조사사유가 기재되어 있다.

(5) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여, (가) 먼저, 쟁점①에 대하여 살피건대, 청구법인은 쟁점거래처의 세무조사 결과 파생된 자료는 신빙성이 없으므로 이를 기초로 한 과세처분은 부당하다고 주장하나, 조사청이 쟁점거래처에 대한 세무조사를 실시하여 확보한 매입자료에는 일자별‧거래처별 실거래금액, 거래내용 및 실제 세금계산서 수취내역이 기재되어 있고, 청구법인이 교부한 세금계산서가 매입자료에 나타나는 금액과 일치하는 것으로 보이는 점, 쟁점거래처의 대표자가 현금결제 및 세금계산서 미수취 사실을 인정한 점 등에 비추어 처분청이 거래상대방에 대한 세무조사 결과 파생된 과세자료를 근거하여 부가가치세 및 법인세를 과세한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다. (나) 다음으로 쟁점②와 쟁점③에 대하여 살피건대, 청구법인은 국세기본법제81조의4에 따른 중복조사의 예외사유가 존재하지 아니함에도 불구하고 동일한 과세기간과 동일한 세목에 대한 재조사를 한 이 건 2차조사는 위법한 중복조사에 해당하고, 세무조사 사전통지서에 중복세무조사 사유가 기재되어 있지 않아 위법하다고 주장하나, 쟁점거래처로부터 입수한 자료는 청구법인과의 실제거래내역이 상세히 기재되어 있어 조세탈루의 혐의를 인정할만한 명백한 자료가 있는 경우에 해당하는 것으로 보이므로 중복조사의 예외사유가 존재하고, 세무조사 사전통지서에 중복조사 사유가 필요적 기재사항으로 볼 근거가 부족할 뿐만 아니라 설령 세무조사의 사전통지절차 등의 위반이 있었다 하더라도, 조세법은 강행규정이므로 세법이 정한 과세요건을 충족하면 과세관청은 세법이 정하는 바에 의하여 징수하여야 하고, 조세의 탈루사실이 확인되는데도 이를 과세하지 않는다면 세법에 규정된 과세소득에 대하여 임의로 과세하지 아니하는 결과가 초래되는바 이는 합법성의 원칙을 저해하고 공평과세의 원칙을 위반하는 결과가 되는 것이므로 세무조사 사전통지 등의 절차위반 등을 이유로 그에 기초한 처분이 무효가 되거나 당해 처분을 취소하기는 어려운 것으로 판단된다. (다) 마지막으로 쟁점④에 대하여 살피건대, 과세요건사실에 관한 증명책임은 과세권자에게 있으나 경험칙에 비추어 과세요건사실을 인정할 수 있는 간접사실이 밝혀진 이상, 과세처분의 상대방이 당해 사실은 경험칙의 적용대상이 되지 못한다거나 당해 사건에서 그와 같은 경험칙의 적용을 배제하여야 할 만한 특별한 사정이 있다는 점을 증명하지 않는 한, 당해 과세처분이 과세요건을 충족시키지 못한 위법한 처분이라고 단정할 수는 없는 것인바, 조사공무원이 쟁점거래처로부터 확보한 엑셀파일(일종의 비망장부)은 쟁점거래처의 세무조사 착수 당시 사무실에서 발견된 것으로서 거래일자, 상호, 거래금액, 거래내용, 귀속연도, 사업자번호, 실거래금액과 세금계산서상 공급대가와의 차액 등이 상세히 기재되어 있어 신빙성 있는 과세자료로 보이는 점, 이 건 쟁점거래처에 대한 매출누락액과는 달리 당초 과세된 매출누락액은 매장에서 불특정 다수의 고객이 직접 현금으로 결제한 매출인 것으로 보이고, 당초 과세된 매출누락액과 이 건 쟁점거래처에 대한 매출누락액이 금액도 상이한 점, 이 건 과세처분의 기초가 된 쟁점거래처와의 매출누락액이 당초 1차조사로 과세된 매출누락액과 일부 중복되었다면 청구법인은 이에 대한 구체적인 주장 및 입증을 할 수 있었을 것으로 보이는 점 등에 비추어 처분청이 이 건 부가가치세 및 법인세를 과세한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

결정 내용은 붙임과 같습니다.

원본 출처 (국세법령정보시스템)