2015.12.15. 개정된 소득세법 제104조 제1항 제11호 나목의 “대주주”는 쟁점규정에서 그 범위를 대통령령에 위임하고 있는 “대주주”와 동일한 것으로 보아야 할 것인바, 쟁점규정의 위임을 받은 소득세법 시행령 제157조 제4항 및 각 호에서는 “대주주”를 상장주식의 주주로만 한정하고 있지 아니함.
2015.12.15. 개정된 소득세법 제104조 제1항 제11호 나목의 “대주주”는 쟁점규정에서 그 범위를 대통령령에 위임하고 있는 “대주주”와 동일한 것으로 보아야 할 것인바, 쟁점규정의 위임을 받은 소득세법 시행령 제157조 제4항 및 각 호에서는 “대주주”를 상장주식의 주주로만 한정하고 있지 아니함.
심판청구를 기각한다.
(1) 2015.12.15. 법률 제13558호로 개정된 ｢소득세법｣ 제104조 제1항 제11호 의 대주주의 범위는 그 문리해석상 동법 제94조 제1항 제3호 가목(이하 “쟁점규정”이라 한다)에서 정하고 있는데, 쟁점규정에 따르면 “대주주”는 주권상장법인의 대주주만을 의미하므로, 제94조 제1항 3호 “나목”의 적용을 받는 비상장 중소기업의 모든 주주는 ｢소득세법｣ 제104조 제1항 제11호 를 적용함에 있어 대주주가 아닌 자에 해당되어 10%의 양도소득세율이 적용된다.
(2) 2000년말 소득세법 개정시 주권비상장법인의 대주주 개념을 삭제하고 대주주의 범위를 주권상장법인으로 한정한 개정연혁을 고려할 때, 동 개정 이후 ｢소득세법｣(법률 제13558호) 제3장 제94조 제1항 3호 “가목”에서 규정하고 있는 대주주는 주권상장법인의 주주에 한하여 적용됨이 명확하다. (가) 2000년 이전에 적용되었던 (구)｢소득세법｣(법률 제6292호로 개정되기 전)에 따르면, 비상장법인의 경우 기본적으로 모든 주주에 대해 양도소득세 과세대상이었으며 "예외적"으로 상장을 준비하거나 상장에 준하는 비상장법인 주주의 주식양도에 대해서는 소액주주는 비과세하고 대주주에 대해서만 "해당 비상장법인 대주주"의 범위를 시행령에 별도로 규정하여 양도소득세 과세대상으로 구분하여 왔다. (나) 하지만 2000년말 세법개정으로 2001년부터는 비상장법인의 경우 "예외 없이" 모든 주주가 주식 양도소득세 과세대상에 해당되는 것으로 그 적용 범위가 확대 개정되었고 이에 따라 ｢소득세법｣상 대주주의 개념은 상장법인에게만 필요하게 되어 상장법인에 한하여 적용되는 대주주 개념을 법률에 직접 규정하기에 이르렀고(법률 제6292호 (구) ｢소득세법｣ 제94조 제1항 3호), 이러한 세법개정의 과정에서 법률 제6051호 (구) ｢소득세법｣ 제94조 제4호 및 대통령령 제16664호 (구) ｢소득세법 시행령｣ 제157조 제5항 제2호 및 동 시행령 제167조의 2 제2항에서 별도로 규정되었던 기존의 비상장법인 대주주 관련 조항은 삭제되어 2001년도 이후부터는 비상장법인의 경우 대주주의 개념 자체가 법문에서 존재하지 않게 되었다. (다) 따라서 2016년도에 적용되는 쟁점규정의 “대주주”는 과거 ｢소득세법｣ 개정 연혁으로 볼 때도 주권상장법인의 대주주만을 의미하는 것이 확인되며 동법 “나목”의 적용을 받는 비상장 중소기업의 모든 주주는 ｢소득세법｣ 제104조 를 적용함에 있어 대주주가 아닌 자에 해당되어 10% 세율이 적용되는 것이 타당하다.
(3) 대주주의 범위에 비상장법인 주주가 포함되지 않는 문제점을 치유하기 위하여 2016년말 개정된 현행 ｢소득세법｣(법률 제14389호) 제104조 제1항 제11호 및 현행 ｢소득세법 시행령｣(대통령령 제27829호) 제167조의8 제1항 개정규정에서 주권비상장법인 대주주에 대한 개념을 새로이 신설하였으며, 이러한 세법개정에 대해 2016년 10월 국회예산정책처가 발간한 <2016년 세법개정안 분석보고서>에서도, “2016년도말까지 기존 ｢소득세법｣과 동법 시행령에는 상장주식의 대주주 기준만 규정되어 있을 뿐 비상장주식의 대주주 기준에 관한 규정이 없어 비상장주식의 대주주를 상장주식의 대주주 기준과 동일하게 해석하는 것은 조세법 원칙인 과세요건명확주의에 부합하지 않는 것으로 보인다”고 판단하고, “정부가 2016년 말과 2017년 초 소득세법령 개정 추진 중인 비상장주식의 대주주 기준 마련은 적정한 것으로 보인다”고 분석하고 있는 점을 미루어 볼 때, 2016년도에 양도된 쟁점주식에 대한 양도소득세율은 10%가 적용되는 것이 타당하다.
(1) 법령에 비상장 중소기업 대주주 요건이 규정되어 있지 않다는 주장 관련 청구인들은 쟁점규정에서의 “대주주”는 주권상장법인의 대주주만을 의미하는 것이므로 같은 호 나목의 규정을 적용받는 비상장 중소기업의 모든 주주는 ｢소득세법｣(법률 제13558호) 제104조 제1항 제11호를 적용함에 있어 대주주가 아닌 자에 해당되어 10%의 양도소득세율을 적용하는 것이 타당하다고 주장하나, 쟁점규정에서 “소유주식의 비율ㆍ시가총액 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 대주주(이하 이 장에서 ‘대주주’라 한다)”라고 규정하고 있고, 이의 위임을 받은 시행령(대통령령 26982호) 제157조 제4항에서 대주주에 대한 요건을 규정하고 있으므로 비상장 중소기업의 대주주 요건이 법령에 규정되어 있지 않다는 청구인의 주장은 이유 없다.
(2) 2000.12.27. ｢소득세법｣ 개정 이후 ｢소득세법｣ 제94조 에서 규정된 대주주는 주권상장법인의 대주주라는 주장 관련 (구)｢소득세법｣(2000.12.29. 법률6292호로 개정된 것) 제94조 제1항 제3호 가목에서 ‘소유주식의 비율ㆍ시가ㆍ총액 등을 감안하여 대통령령이 정하는 대주주’라고 규정하고 있고, (구) ｢소득세법 시행령｣(2000.12.29. 대통령령 17032호로 개정된 것) 제157조 제4항 제2호에서 대주주의 시가총액 기준 요건을 정의하고 있고, 동조 제6항 제2호에서 비상장주식의 경우 동조 제4항 제2호 적용방법에 대하여 규정하고 있어 법 개정 이후에도 법령에서 비상장법인 대주주 요건을 규정하고 있어 청구인의 주장은 이유 없다.
(3) 국회예산처의 <세법개정안 분석보고서> 관련 청구인들은 국회예산처의 <2016년 세법개정안 분석보고서>에 따르면 상장법인의 대주주 기준만 명시되어 있다는 주장이나, 국회예산처의 <2015년 세법개정안 분석보고서>에 따르면 “정부는 세법개정안을 통해 기존 10% 세율을 적용받던 중소기업 대주주에 대해 2016년 1월 1일부터 세율을 20%로 인상하고자 한다”고 하였고, 동 분석보고서 ‘[표25] 주식 양도소득세율: 현행 vs 세법개정안’에서는 “비상장중소기업 대주주의 양도소득세율을 10%에서 20%로 한다”고 작성하고 있으므로 청구주장은 이유 없다.
(1) 소득세법(2015.12.15. 법률 제13558호로 개정되고, 2016.12.20. 법률 제14389호로 개정되기 전의 것) 제94조(양도소득의 범위) ① 양도소득은 해당 과세기간에 발생한 다음 각 호의 소득으로 한다.
3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주식 또는 출자지분(신주인수권과 대통령령으로 정하는 증권예탁증권을 포함한다. 이하 이 장에서 "주식등"이라 한다)의 양도로 발생하는 소득
11. 제94조 제1항 제3호에 따른 자산
(2) 소득세법(2016.12.20. 법률 제14389호로 일부개정된 것) 제94조(양도소득의 범위) ① 양도소득은 해당 과세기간에 발생한 다음 각 호의 소득으로 한다.
3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주식등의 양도로 발생하는 소득
1. 소유주식의 비율·시가총액 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 주권상장법인의 대주주가 양도하는 주식등
2. 1)에 따른 대주주에 해당하지 아니하는 자가 ｢자본시장과 금융투자업에 관한 법률｣에 따른 증권시장(이하 “증권시장”이라 한다)에서의 거래에 의하지 아니하고 양도하는 주식등
11. 제94조 제1항 제3호에 따른 자산
1. 법인의 주식 또는 출자지분(신주인수권과 제1항에 따른 증권예탁증권을 포함하며, 이하 이 장에서 “주식등”이라 한다)을 소유하고 있는 주주 또는 출자자 1인(이하 이 장에서 “주주 1인”이라 한다) 및 그와 ｢국세기본법 시행령｣ 제1조의2 제1항 및 같은 조 제3항 제1호에 따른 특수관계인(이하 이 장에서 “기타주주”라 한다)이 주식등의 양도일이 속하는 사업연도의 직전사업연도 종료일 현재 해당 법인의 주식등의 합계액의 100분의 2(괄호생략) 이상을 소유한 경우의 해당 주주 1인 및 기타주주. 이 경우 직전사업연도 종료일 현재에는 100분의 2에 미달하였으나 그 후 주식등을 취득함으로써 100분의 2 이상을 소유하게 되는 때에는 그 취득일 이후의 주주 1인 및 기타주주를 포함한다.
2. 주식등의 양도일이 속하는 사업연도의 직전사업연도 종료일 현재 주주 1인 및 기타주주가 소유하고 있는 해당 법인의 주식등의 시가총액이 50억원(괄호생략) 이상인 경우의 해당 주주 1인 및 기타주주 (4) 소득세법 시행령(2016.2.17. 대통령령 제26982호로 일부개정된 것) 제157조(증권예탁증권 및 대주주의 범위) ④ 법 제94조 제1항 제3호 가목에서 “대통령령으로 정하는 대주주”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자(이하 이 장에서 "대주주"라 한다)를 말한다.
1. 법인의 주식 또는 출자지분(신주인수권과 제1항에 따른 증권예탁증권을 포함하며, 이하 이 장에서 "주식등"이라 한다)을 소유하고 있는 주주 또는 출자자 1인(이하 이 장에서 "주주 1인"이라 한다) 및 주식등의 양도일이 속하는 사업연도의 직전 사업연도 종료일 현재 그와 ｢국세기본법 시행령｣ 제1조의2 제1항 및 같은 조 제3항 제1호에 따른 특수관계인(이하 이 장에서 "기타주주"라 한다)이 주식등의 양도일이 속하는 사업연도의 직전사업연도 종료일 현재 소유한 주식등의 합계액이 해당 법인의 주식등의 합계액에서 차지하는 비율(이하 이장에서 "소유주식의 비율"이라 한다)이 100분의 1 이상인 경우 해당 주주 1인 및 기타주주. 이 경우 직전사업연도 종료일 현재에는 100분의 1에 미달하였으나 그 후 주식등을 취득함으로써 100분의 1 이상을 소유하게 되는 때에는 그 취득일 이후의 주주 1인 및 기타주주를 포함한다.
2. 주식등의 양도일이 속하는 사업연도의 직전사업연도 종료일 현재 주주 1인 및 기타주주가 소유하고 있는 해당 법인의 주식등의 시가총액이 25억원 이상인 경우의 해당 주주 1인 및 기타주주
○ 소득세법 시행령 부칙 <제26982호, 2016.2.17> 제1조(시행일) 이 영은 공포한 날부터 시행한다. 다만, 제26조의2 제1항, 제78조의3제5항(괄호생략) 및 제157조 제4항(｢자본시장과 금융투자업에 관한 법률｣에 따른 주권상장법인이 아닌 법인의 주식 등에 해당 하는 경우는 제외한다)ㆍ제5항의 개정규정은 2016년 4월 1일부터 시행하고, 제40조의4의 개정규정은 2016년 6월 1일부터 시행하며, (…중략…) 제157조 제4항(｢자본시장과 금융투자업에 관한 법률｣에 따른 주권상장법인이 아닌 법인의 주식등에 해당하는 경우에 한정한다), 제211조 제7항부터 제12항까지 및 제211조의2의 개정규정은 2017년 1월 1일부터 시행하며, (이하 생략) (5) 소득세법 시행령(2017.2.3. 대통령령 제27829호로 일부개정된 것) 제167조의8(대주주 및 중소기업의 범위) ① 법 제104조 제1항 제11호 가목에서 “대통령령으로 정하는 대주주”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자(이하 이 장에서 “대주주”라 한다)를 말한다.
2. 주권비상장법인의 주주로서 제157조 제4항 각 호의 어느 하나에 해당하는 주주. (단서생략)
(1) 쟁점주식이 중소기업 비상장법인의 주식에 해당한다는 점에 대하여는 양측 간 다툼이 없다.
(2) 2015.12.15. 법률 제13558호로 일부개정되기 전 ｢소득세법｣ 제104조 제1항 제11호 나목은 모든 중소기업 주식의 양도소득에 대하여 10%의 양도소득세 세율이 적용되는 것으로 규정하였다가, 2015.12.15. 개정되면서 중소기업 주식 중 “대주주가 아닌 자가 양도하는 경우”에만 10%의 양도소득세 세율이 적용되는 것으로 규정하였고, 이와 관련하여 쟁점규정(2015.12.15. 법률 제13558호로 개정된 ｢소득세법｣ 제94조 제1항 제3호 가목) 은 양도소득의 범위에 대하여 규정하면서 “주권상장법인의 주식등으로서 소유주식의 비율·시가총액 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 대주주가 양도하는 것”을 양도소득 과세대상으로 규정하면서 “이하 이 장에서 ‘대주주’라 한다”고 하여 제3장 ‘거주자의 양도소득에 대한 납세의무’에서 사용하고 있는 ‘대주주’는 모두 쟁점규정의 ‘대주주’와 동일한 의미인 것으로 규정하고 있다.
(3) 쟁점규정의 위임을 받은 ｢소득세법 시행령｣(2016.2.17. 대통령령 제26982호로 일부개정되기 전의 것) 제157조 제4항에서는 “대통령령으로 정하는 대주주란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자를 말한다”고 하면서, 제1호에서 “법인의 주식등을 소유하고 있는 주주 1인 및 그와 특수관계인이 양도일 직전 사업연도 종료일 현재 해당법인의 주식등을 100분의 2 이상을 소유한 경우 주주 1인과 그의 특수관계인”이라고 규정하는 등, 각 호는 ‘대주주를 상장주식의 주주에 한정한다’는 명시적 규정을 두고 있지는 아니하다.
(4) 국회예산정책처의 <2015년 세법개정안 분석>에 따르면 ｢소득세법｣ 제104조 제1항 의 개정과 관련하여 “정부는 세법개정안을 통해 기존 10% 세율을 적용받던 중소기업 대주주에 대해 2016년 1월 1일부터 세율을 20%로 인상하고자 한다”고 하면서 그 대상이 ‘상장 중소기업주식’과 ‘비상장 중소기업주식’임을 밝히고 있다.(50쪽 참조)
(5) 기획재정부 발간 ｢2015 간추린 개정세법｣을 보면 2015.12.15. 법률 제13558호로 개정된 ｢소득세법｣ 제104조 제1항 제11호 나목의 개정이유에 대해 “대주주 세율 단일화”라고 밝히고 있고, 또한 2016.2.17. 대통령령 제26982호로 ｢소득세법 시행령｣ 제157조 제4항 이 개정되면서 대주주 범위가 강화(ex> 보유비율 2%→1%)된 것에 대해서는 동 개정안의 시행시기를 영 부칙 제1조 단서에서 상장주식(2016.4.1.부터)과 비상장주식(2017.1.1.부터)을 달리 구분하고 있다.
(6) 2016.12.20. 개정된 ｢소득세법｣ 제94조 제1항 제3호 가목은 종전 “대통령령으로 정하는 대주주”를 “1) 대통령령으로 정하는 주권상장법인의 대주주”로 개정하였고, 이와 함께 같은 법 제104조 제1항 제11호 가목에서 “소유주식의 비율․시가총액 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 대주주(이하 이 장에서 “대주주”라 한다)”를 새로이 규정하고 이의 위임을 받은 ｢소득세법 시행령｣(2017.2.3. 개정된 것) 제167조의8 제1항에서 “대통령령으로 정하는 대주주란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자를 말한다”고 하면서 제1호에서 “주권상장법인의 대주주”를, 제2호에서 “주권비상장법인의 대주주”를 각각 규정하였다.
(7) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구인들은 2015.12.15. 개정된 ｢소득세법｣ 제104조 제1항 제11호 나목의 “대주주”는 “주권상장법인 중 중소기업의 대주주”를 의미하는 것으로 보아야 할 것이므로 비상장법인으로서 중소기업의 주식인 쟁점주식에 대하여는 10%의 양도소득세 세율이 적용되어야 한다고 주장하나, 2015.12.15. 개정된 ｢소득세법｣ 제104조 제1항 제11호 나목의 “대주주”는 쟁점규정에서 그 범위를 대통령령에 위임하고 있는 “대주주”와 동일한 것으로 보아야 할 것인바, 쟁점규정은 양도소득의 범위에 대하여 규정하면서 “주권상장법인의 주식 등으로서 소유주식의 비율·시가총액 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 대주주가 양도하는 것”이라고 규정하고 있고, 쟁점규정의 위임을 받은 ｢소득세법 시행령｣ 제157조 제4항 및 각 호에서는 “대통령령으로 정하는 대주주”를 “주주 1인과 그의 특수관계인이 해당법인의 주식등을 2% 이상 소유한 경우” 등으로 규정하였을 뿐, “대주주”를 상장주식의 주주로만 한정하고 있지 아니한 점, 국회예산정책처의 <2015년 세법개정안 분석>에 따르면 기존 10%의 세율을 적용받던 중소기업 대주주에 대해 2016년 1월 1일부터 20%의 세율이 적용됨을 설명하면서 그 대상이 ‘상장 중소기업주식’과 ‘비상장 중소기업주식’임을 밝히고 있는 점, 2016.2.17. ｢소득세법 시행령｣ 제157조 제4항 이 개정되면서 대주주의 범위가 확대되었는데 영 부칙 제1조 단서에서 상장주식의 경우(2016.4.1.부터 시행)와 비상장주식의 경우(2017.1.1.부터 시행)를 별도 구분하여 개정안의 시행시기를 정하고 있으므로 “대통령령으로 정하는 대주주”란 상장․비상장을 모두 포함하는 개념으로 보아야 할 것인 점, 2016.12.20. 개정된 ｢소득세법｣ 제104조 제1항 제11호 가목에서 “소유주식의 비율․시가총액 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 대주주”를 새로이 규정하고, 이의 위임을 받은 ｢소득세법 시행령｣(2017.2.3. 개정된 것) 제167조의8 제1항 제1호에서 “주권 상장법인 대주주”를, 제2호에서 “주권 비상장법인의 대주주”를 규정하여 이들의 주식양도소득에 대해서는 세율이 중과됨을 명확히 한 점 등에 비추어 처분청이 비상장주식인 쟁점주식의 경우에도 대주주가 양도하는 중소기업 주식은 20%의 양도소득세율 적용 대상이라고 보아 청구인들의 경정청구를 거부한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.