토지와 건물의 가액이 불분명하다고 보아 기준시가로 안분계산하여 부가가치세를 과세한 처분의 당부

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구인들은 1995.1.3.부터 ‘OOO빌딩’이란 상호로 OOO 대 488.8㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)와 그 지상의 건물 2,060.05㎡(이하 “쟁점건물”이라 하고, 쟁점토지와 합하여 “쟁점부동산”이라 한다)에 대한 임대업을 영위하다가 2016.1.5. 쟁점부동산을 OOO원에 OOO(이하 “OOO”이라 한다)에 양도하고 쟁점부동산 매매계약서상의 쟁점건물 가액 OOO원에 대하여 세금계산서를 발행하고 2016년 제1기 부가가치세 신고․납부하였다.
• 나. 처분청은 쟁점부동산 매매계약서상 쟁점토지와 쟁점건물의 매매가액의 구분이 객관적인 산정근거가 없고 쟁점건물의 가액이 기준시가 대비 현저하게 낮아 그 가액이 불분명하다고 보아 쟁점토지와 쟁점건물의 가액을 기준시가로 안분계산하여 2017.10.18. 청구인에게 2016년 제1기 부가가치세 OOO원을 경정․고지하였다.
• 다. 청구인들은 이에 불복하여 2017.12.14. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인들 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구인들 주장 쟁점부동산의 매매계약서에는 쟁점토지와 쟁점건물의 매매가액이 분명하게 기재되어 있고, 쟁점건물의 가액은 청구인들과 바나플의 의사의 합치에 따른 것이며, 청구인들과 OOO 모두 쟁점건물의 가액을 허위로 기재할 동기나 이유가 전혀 없었으므로 처분청이 쟁점토지와 쟁점건물의 가액이 불분명하다고 보아 이 건 부가가치세를 과세한 처분은 잘못이 있다.

(1) 대법원은 사업자가 토지와 건물을 함께 공급하였으나 각 공급가액을 구분 기장한 사안에서 장부 기타 증빙서류에 건물가액이 구분 기장되어 있는 경우 그 기재에 허위 또는 누락이 있다고 인정되는 특별한 사정이 없는 한 보충적 계산기준은 적용되지 아니한다는 취지로 판단한 바가 있고(대법원 1989.12.26. 선고 89누169 판결), 매매계약서 등에 건물의 가액과 토지의 가액이 구분 기재되어 있는 사안에서 실질거래가액이라 함은 실지의 거래대금 그 자체 또는 거래시 급부의 대가로 실지 약정된 금액을 의미한다고 하면서 거래당사자들 사이에서는 매매계약서 내지 세금계산서에 표시된 가액을 각 건물의 매매대금으로 삼기로 하는 의사의 합치가 있었다고 할 것이므로 이를 각 건물의 실지거래가액으로 보는 것이 타당하다고 판시한 바가 있다(대법원 2014.3.14. 선고 2013두25450 판결, 같은 뜻임). 또한, OOO 2008.4.17. 선고 2007누21039 판결, OOO법원 2009.6.18. 선고 2008구합3556 판결 등에서 실지거래가액이라 함은 실지의 거래대금 그 자체 또는 거래당시 급부의 대가로 실지 약정된 금액을 의미하는바, 객관적인 교환가치를 반영하는 일반적인 시가를 의미하지 않는다고 판시하였다.. 쟁점부동산 매매계약서상 쟁점건물의 실지거래가액이 명시되어 있음에도 불구하고 건물의 가액이 기준시가 등을 고려하여 합리적인 가액 구분이라고 할 수 없다는 등의 사정을 이유로 하여 건물의 실지거래가액의 존재를 부정할 수 없다. 따라서 쟁점부동산의 매매계약서상 명확하게 구분하여 기재되어 있는 OOO원을 쟁점건물의 가액으로 보아야 한다.

(2) 쟁점건물은 1995.12.7. 신축된 것으로서 이미 건립된 지 20여년이 지난 노후 건물이고 쟁점건물의 주차시설은 옥외 1대, 옥내 17대만 수용할 수 있을 정도로 매우 협소하여 임차인들과 이용자들의 불만이 많았던 것도 사실이다. 특히 쟁점건물은 노후화로 인하여 벽의 균열과 누수가 많이 발생하고 있는 상태인바, 쟁점건물과 같이 지어진지 10년이 넘어가는 건물의 경우 실제 부동산 거래에서는 건물가격 자체를 인정하지 아니하는 경우도 많다. 청구인들과 OOO은 위와 같은 쟁점건물의 상태를 고려하여 건물가액을 세무법인이 보유하고 있는 건물 장부가액에 근접한 금액인OOO원으로 정하였다. 더구나 쟁점부동산 소재지는 OOO 사거리에 위치하고 있고 지목은 대, 용도지역은 일반상업지역에 해당하는바, 대지인 토지의 가액이 매우 높은 지역이다. 쟁점토지의 경우 청구인들과 양수인은 쟁점토지의 매매가액을 ㎡당 OOO원(=OOO원÷OOO㎡)으로 정하였는바, 국토교통부 실거래가 공개시스템에 따르면 2012년부터 2017년까지 쟁점부동산 인근 일반상업지역에 위치한 대지의 실거래가는 최저 ㎡당 OOO원에서 최고 ㎡당 OOO원에 이르고 있다는 점에서 쟁점토지의 매매가액 역시 충분히 합리적이라 할 것이다.

(3) 쟁점부동산의 매매계약에서 총 매매대금 중 토지가액과 건물가액을 어떻게 정하든지 그 합계액은 OOO억원으로 동일하기 때문에 토지가액과 건물가액의 비율을 불문하고 청구인들이 얻는 수입은 일정하다. 매수인인 OOO의 입장에서도 건물가액의 많고 적음에 따라 부가가치세액이 달라질 수 있으나 OOO은부가가치세법상 사업자로서 쟁점건물을 취득하면 징수당한 부가가치세를 조기환급받게 될 것이므로 일부러 건물가액을 낮추어 허위로 기재할 동기나 이유가 전혀 없다.

(4) 처분청은 양도소득세와 관련하여 통상의 거래관행을 벗어나 합리적인 가액 구분이라고 볼 수 없는 경우도소득세법상 토지와 건물의 가액 구분이 불분명한 때에 해당한다고 해석하는 대법원 판례를 근거로 쟁점부동산 매매계약 역시 기준시가를 고려할 때 합리적인 가액 구분이라고 볼 수 없어 토지와 건물의 가액 구분이 불분명한 때라는 의견이나, 이는부가가치세법제29조 및 같은 법 시행령 제64조의 법리를 오해하고 근거과세의 원칙에 반하는 것으로 위법․부당하다 할 것이다.

• 나. 처분청 의견 쟁점부동산 매매계약서상의 쟁점건물의 가액은 통상의 거래관행을 벗어나 합리적인 가액 구분으로 볼 수 없고,소득세법제100조 제3항에는 토지와 건물 등을 함께 취득하거나 양도한 경우로서 그 토지와 건물 등을 구분 기장한 가액이 기준시가 등에 따라 안분계산한 가액과 100분의 30 이상 차이가 있는 경우에는 토지와 건물 등의 가액 구분이 불분명한 때로 보도록 규정하고 있으므로 당초 과세처분은 정당하다.

(1) 청구인들은 쟁점부동산 매매계약서에 쟁점토지와 쟁점건물이 명확하게 구분 기재되어 있고, 이는 쟁점건물의 노후화를 고려하여 OOO과의 의사 합치에 의해 결정된 실지거래가액이라고 주장하나, 건물의 노후화에 대한 감정평가액 또는 이를 뒷받침할 수 있는 객관적인 증빙자료를 제출하지 않았고 쟁점토지 가액이 기준시가 대비 252.2%인데 비하여 쟁점건물의 가액은 기준시가 대비 68.1%에 불과하고, 청구인들이 2015년 귀속 종합소득세 신고시 계상한 장부가액을 살펴보면 쟁점건물 가액이 전체 장부가액의 25.3%를 구성하고 있음에도 쟁점부동산 매매계약서 상의 쟁점건물 가액은 전체 매매가액 중 5.4%에 불과하다. 또한, 과세처분일 현재 쟁점부동산의 건축물 대장을 보아도 OOO이 쟁점부동산을 취득 후 건물을 개축, 신축 또는 증축 등 변경한 내역 없이 사무실 및 임대로 활용하는 등 양도시점의 건물과 사용내역이 거의 같은 것으로 확인되는바, 건물의 노후화만을 이유로 건물가액을 낮게 책정한 청구인들의 주장은 근거가 없다. (2)부가가치세법제29조 제9항은 건물 또는 구축물 등을 함께 공급하는 경우 실지거래가액을 공급가액으로 하되, 실지거래가액 중 토지의 가액과 건물 또는 구축물 등의 가액이 불분명한 경우에는 같은 법 시행령 제64조에 의한 공급계약일 현재의 기준시가에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분계산한 금액을 공급가액으로 하게 되어 있으며,소득세법제100조에도 양도차익 산정시 양도가액 또는 취득가액을 실지거래가액으로 하되 토지와 건물을 함께 취득·양도하는 경우 가액 구분이 불분명할 때에는 기준시가 등을 고려하여 안분계산하게 되어 있고, “토지와 건물 등을 구분 기장한 가액이 안분계산한 가액과 100분의 30이상 차이가 있는 경우에는 토지와 건물 등의 가액 구분이 불분명한 때로 본다”고 규정하고 있다. 위 관련법령에서 규정하고 있는 가액 구분이 불분명하다는 것은 구분표시된 가액이 토지와 건물의 규모와 형태, 사회통념 등에 비추어 합당한 것을 의미하며, 단순히 청구인들이 주장하는 매매가액을 허위로 기재할 동기나 이유가 없는 점이나 매수자와의 의사 합치만을 의미하는 것은 아니다.

• 가. 쟁점 토지와 건물의 가액이 불분명하다고 보아 기준시가로 안분계산하여 부가가치세를 과세한 처분의 당부
• 나. 관련 법령 (1) 부가가치세법 제29조 (과세표준) ⑨ 사업자가 토지와 그 토지에 정착된 건물 또는 구축물 등을 함께 공급하는 경우에는 건물 또는 구축물 등의 실지거래가액을 공급가액으로 한다. 다만, 실지거래가액 중 토지의 가액과 건물 또는 구축물 등의 가액의 구분이 불분명한 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액을 공급가액으로 한다. (2) 부가가치세법 시행령 제64조 (토지와 건물 등을 함께 공급하는 경우 건물 등의 공급가액 계산) 법 제29조 제9항 단서에 따라 실지거래가액 중 토지의 가액과 건물 또는 구축물 등(이하 이 조에서 “건물등”이라 한다)의 가액의 구분이 불분명한 경우에는 다음 각 호의 구분에 따라 계산한 금액을 공급가액으로 한다.

소득세법 제99조 에 따른 기준시가(이하 이 조에서 “기준시가”라 한다)가 모두 있는 경우: 공급계약일 현재의 기준시가에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분(按分) 계산한 금액. 다만, 감정평가가액[제28조에 따른 공급시기(중간지급조건부 또는 장기할부판매의 경우는 최초 공급시기)가 속하는 과세기간의 직전 과세기간 개시일부터 공급시기가 속하는 과세기간의 종료일까지 감정평가 및 감정평가사에 관한 법률 제2조 제4호 에 따른 감정평가업자가 평가한 감정평가가액을 말한다. 이하 이 조에서 같다]이 있는 경우에는 그 가액에 비례하여 안분 계산한 금액으로 한다. (3) 소득세법 제100조 (양도차익의 산정) ① 양도차익을 계산할 때 양도가액을 실지거래가액(제96조 제3항에 따른 가액 및 제114조 제7항에 따라 매매사례가액·감정가액이 적용되는 경우 그 매매사례가액·감정가액 등을 포함한다)에 따를 때에는 취득가액도 실지거래가액(제97조 제7항에 따른 가액 및 제114조 제7항에 따라 매매사례가액·감정가액·환산가액이 적용되는 경우 그 매매사례가액·감정가액·환산가액 등을 포함한다)에 따르고, 양도가액을 기준시가에 따를 때에는 취득가액도 기준시가에 따른다.

② 제1항을 적용할 때 양도가액 또는 취득가액을 실지거래가액에 따라 산정하는 경우로서 토지와 건물 등을 함께 취득하거나 양도한 경우에는 이를 각각 구분하여 기장하되 토지와 건물 등의 가액 구분이 불분명할 때에는 취득 또는 양도 당시의 기준시가 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분계산(按分計算)한다. 이 경우 공통되는 취득가액과 양도비용은 해당 자산의 가액에 비례하여 안분계산한다.

③ 제2항을 적용할 때 토지와 건물 등을 함께 취득하거나 양도한 경우로서 그 토지와 건물 등을 구분 기장한 가액이 같은 항에 따라 안분계산한 가액과 100분의 30 이상 차이가 있는 경우에는 토지와 건물 등의 가액 구분이 불분명한 때로 본다.

④ 양도차익을 산정하는 데에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청과 청구인이 제출한 심리자료 등에 의하면 아래와 같은 사실이 나타난다. (가) 쟁점부동산 매매계약서상 쟁점부동산의 매매대금은 OOO억원이고, 쟁점토지는 OOO원, 쟁점건물은OOO원(건물분 부가가치세 별도)으로 구분 기재되어 있다. OOO (다) 처분청은 기준시가에 따라 쟁점토지와 쟁점건물을 안분계산을 하였는바, 그 내역은 아래 <표2>와 같다. OOO (라) 청구인들은 쟁점부동산 매매계약서상의 토지와 건물의 안분계산금액에 따라 산정한 양도소득세 OOO원을 신고․납부하였고, 관할세무서장은 이에 대하여 신고시인하면서 처분청에 과세자료를 통보하였으며, 처분청은 이에 따라 쟁점토지와 쟁점건물의 가액을 기준시가로 안분계산하여 이 건 부가가치세를 경정․고지하였다. OOO

(2) 청구인들이 제시한 증빙은 다음과 같다. (가) 청구인들은 신축된지 10년이 경과한 건물 매매의 경우 건물자체의 가격을 인정하지 아니하는 경우가 많다고 주장하며, 쟁점부동산 중개대상물확인․설명서와 YEL 부동산연구소 양OOO 대표의 조선일보 칼럼을 제시하고 있다. (나) 이외에도 쟁점부동산 인근 일반상업지역의 국토교통부 실거래가조회 결과 및 토지대장 및 건축물대장 등을 제시하고 있다.

(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 부가가치세법제29조는 토지와 건물의 가액이 매매계약서 등에 구분 기재가 있더라도 그 구분 표시된 가액이 토지 및 건물의 규모와 형태, 사회통념 등에 비추어 합당하지 아니한 경우에는 기준시가 등에 따라 계산한 가액에 의하여 안분계산한 가액을 공급가액으로 할 수 있다는 것이 취지인바, OOO은 쟁점부동산을 매수하고 쟁점건물의 멸실, 개축 및 증축 없이 사무실 등으로 사용하고 있고, 쟁점부동산의 매매계약서에 구분 기재된 쟁점건물 가액(OOO원)이 총매매대금의 5.48%에 불과하며, 기준시가에 의하여 안분계산한 건물 가액(OOO OOO원)과 차이가 상당한 반면 그 차이에 대한 합리적인 사유가 있어 보이지 않는 점 등에 비추어 쟁점토지와 쟁점건물의 가액이 불분명한 경우에 해당한다고 보이므로 이에 대하여 기준시가로 안분계산하여 이 건 부가가치세를 과세한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 ｢국세기본법｣ 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.