청구인들이 운영하는 치과병원을 치과의원으로 보아 조특법상 중소기업특별세액감면을 배제하여 종합소득세를 과세한 처분의 당부

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구인들은 2002.1.1. OOO(이하 “쟁점병원”이라 한다)을 설립하여 운영한 공동사업자로서, 2012〜2015년 과세기간 동안 ｢조세특례제한법｣ 제7조 에 따른 중소기업에 대한 특별세액감면을 적용하여 종합소득세를 신고하였다.
• 나. 처분청은 2017.7.5.부터 2017.8.8.까지 청구인들에 대한 개인사업자 통합조사를 실시한 결과, 쟁점병원이 ｢조세특례제한법｣ 제7조 에서 규정하는 감면업종에 해당하지 않는다고 보아 2017.10.13. 청구인들에게 2012～2015년 귀속 종합소득세 합계 OOO원을 각 경정․고지하였다.
• 다. 청구인들은 이에 불복하여 2017.12.27. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인들 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구인들 주장 (1) ｢조세특례제한법｣ 제7조 제1항 제1호 허목에서 중소기업에 대한 특별세액감면 대상업종으로 “의료법에 따른 의료기관을 운영하는 사업(의원, 치과의원 및 한의원은 제외한다)”을 규정하고 있는바, 쟁점병원은 ｢의료법｣에 따라 설립․허가되었고, ｢의료법｣ 위반으로 영업정지 또는 그 허가가 취소된 바가 없었다. 과세요건은 법률로서 명확하게 규정하여야 하고, 조세법규의 해석에 있어서도 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석하여야 할 것이며, 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용하지 않는바, 조세법률주의 원칙에 따라 쟁점병원을 ｢조세특례제한법｣의 감면업종에서 제외하는 것은 부당하다.

(2) 처분청은 ｢의료법｣ 제3조 의 내용을 들어 입원환자 치료 여부만을 기준으로 병원과 의원을 구분하고, 입원환자에 대한 의료행위가 없는 쟁점병원은 치과의원과 사실상 동일하다는 의견이다. 그러나, ｢의료법｣ 제3조의2 는 병원급 의료기관의 병상요건을 규정하면서 치과병원에 대해서는 최소 병상요건을 제시하지 않고 있는바, 이는 치과의료기관의 특성상 입원치료를 요하는 경우가 드물고 대부분 외래치료가 이루어지는 점을 감안한 것이다. 따라서, 치과의료기관의 경우에는 입원환자 치료 여부를 병원과 의원을 구분하는 기준으로 볼 수 없다. ｢의료법 시행규칙｣ 제34조 및 별표3에서도 병원허가 시설요건을 규정함에 있어 치과의료기관의 경우 치과의원 및 치과병원 모두 입원병실의 개수요건을 두고 있지 않다. 치과병원은 ｢의료법 시행규칙｣ 제34조 및 별표3에 의해 임상검사실, 방사선장치, 의무기록실, 세탁물처리시설, 적축물처리시설 및 자가발전시설 등을 갖추어야 한다. 또한, 환자진료와 관련하여 국민건강보험공단에 보험금 청구시 의원의 경우 총 진료비의 평균 70%를 국민건강보험공단이 부담하는 반면, OOO의 경우 평균 50%만 국민건강보험공단이 부담하는 등 실질적으로 OOO 간에 상당한 차이가 있다. 위와 같이 OOO과 구별되는 여러 가지 차이가 존재함에도 불구하고 단순히 입원환자에 대한 의료행위 여부에 따라서만 OOO을 구분하는 것은 ｢의료법｣에 전혀 근거하지 않은 분류라 할 것이다.

(3) ｢의료법｣은 의료기관의 형식적 분류기준과 실질적 분류기준을 별도로 두고 있지 않다. 처분청은 쟁점병원이 치과병원으로서 허가를 득하여 설립된 것은 인정하지만, 형식적인 요건만을 갖추었을 뿐 입원환자에 대한 의료행위가 없어 치과병원으로서 실질적인 요건을 갖추지 못하였으므로 병원급 의료기관으로 인정할 수 없다는 의견이다. 그러나, ｢조세특례제한법｣은 ｢의료법｣에 따른 의료기관(의원 등 제외)으로 그 감면대상을 정하고 있는바, ｢의료법｣에서 처분청이 주장하는 형식적 분류기준과 실질적 분류기준을 별도로 정의하고 있지 않다. 즉 ｢의료법｣은 개설하고자 하는 의료기관의 형태 및 그 규모에 따라 각각 시설요건과 규격 및 행정적 의무를 규정할 뿐, 의료행위의 대상을 규정하고 있지 않다. 또한, ｢의료법｣ 제3조 를 근거로 병원급 의료기관과 의원급 의료기관을 구분할 경우 “주로 외래환자를 대상으로”, “주로 입원환자를 대상으로”라는 문구에 따라 의료기관을 구분하게 되어 그 구분기준이 모호하게 된다. 뿐만 아니라 입원실을 갖춘 의료기관이라 할지라도 입원환자에 대한 의료행위는 의료기관의 의지보다 의료시장 환경 및 병원간의 경쟁상황에 영향을 받는바, 매년 입원실적에 따라 감면 여부가 결정되어 해당 감면규정의 입법취지와 전혀 부합하지 않는 결과를 초래하게 된다.

• 나. 처분청 의견 (1) ｢의료법｣ 제3조 제2항 제1호 및 제3호에서 OOO가 주로 외래환자를 대상으로 의료행위를 하는 의료기관을 OOO으로, 치과의사가 주로 입원환자를 대상으로 의료행위를 하는 의료기관을 치과병원으로 구분하고 있으므로 입원환자를 대상으로 의료행위를 하지 않고 외래환자만을 대상으로 의료행위를 한 쟁점병원은 실질적으로 치과의원과 동일하다고 봄이 타당하다. ｢의료법｣에 따른 치과병원 허가는 ｢조세특례제한법｣상 중소기업에 대한 특별세액감면을 받기 위한 필요조건일 뿐 충분조건이 아니고, 병원 허가를 얻은 상태에서 실질적으로 병원에 해당하는 의료행위 (입원환자 진료)를 하는 경우에 한하여 세액감면을 적용하여야 한다.

(2) 2002.12.11. ｢조세특례제한법｣을 개정하면서 감면대상에서 개인의원을 제외한 취지는 고소득전문직인 개인의원과 근로소득자의 과세형평을 고려한 것이므로, 고소득전문직인 OOO과 동일하게 오직 외래환자를 대상으로 의료행위를 한 쟁점병원을 감면대상에 포함하지 않는 것이 타당하다. 청구인들의 주장대로 OOO 허가 여부만을 근거로 감면대상 여부를 판단할 경우 실제 사업내용과 관계 없이 모든 소기업 치과병원이 중소기업에 대한 특별세액감면을 받게 되어 ｢조세특례제한법｣의 취지에 부합하지 아니한다.

• 가. 쟁 점 청구인들이 운영하는 OOO으로 보아 ｢조세특례제한법｣상 중소기업에 대한 특별세액감면을 배제하여 종합소득세를 과세한 처분의 당부
• 나. 관련 법령 등: <별지> 기재
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청의 심리자료 및 청구인들의 항변서 등에는 다음과 같은 사실이 나타난다. (가) 처분청의 심리자료에 의하면, 청구인들은 2002.1.1. 쟁점병원을 설립하여 운영한 공동사업자로서, 아래 <표1>과 같이 사업자등록 정정신고를 한 것으로 나타난다. (나) OOO장이 발행한 의료기관 개설허가증(2009.2.5.)에 의하면, 쟁점병원의 명칭은 OOO, 입원실 및 병상은 없는 것으로 나타난다. (다) 청구인이 제출한 쟁점병원 안내판 사진에는 쟁점병원에 OOO이 기재되어 있었던 것으로 나타난다. (라) 건강보험심사평가원 보건의료빅테이터 개방시스템에 의하면, 연도별 OOO의 기관수는 아래 <표2>와 같고, 진료현황은 아래 <표3>과 같은 것으로 나타난다. (마) 청구인들은 OOO이 ｢의료법｣에 따른 시설기준뿐만 아니라 건강보험의 본인부담금 적용에서도 치과의원과 차이가 있다고 주장하며 건강보험심사평가원 사이트에 공시된 요양급여의 본인일부부담금 기준 안내문을 그 입증자료로 제출하였다. (바) 재정경제부가 발간한 2002년 간추린 개정세법 책자에 의하면, 2002.12.11. 법률 제6762호로 ｢조세특례제한법｣ 제7조 를 개정하여 중소기업에 대한 특별세액감면 대상업종에서 개인의원을 제외한 이유에 대하여 개인의원은 고소득 전문직으로서 근로소득자 등과의 과세형평을 감안하여 특별세액감면 대상에서 제외하였다고 기재되어 있다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다. ｢조세특례제한법｣ 제1조 에는 “이 법은 조세(租稅)의 감면 또는 중과(重課) 등 조세특례와 이의 제한에 관한 사항을 규정하여 과세(課稅)의 공평을 기하고 조세정책을 효율적으로 수행함으로써 국민경제의 건전한 발전에 이바지함을 목적으로 한다”고 규정되어 있는데, 이러한 입법취지에 의할 때 쟁점법원은 비록 치과병원으로 허가는 받았지만 치과의원에 비해 이 법에 따른 조세감면을 받을만한 진료행위의 차이가 있다고 보기 어려운 점, 청구인들도 이를 명확히 설명하지 못하고 있고, 2016.3.18. OOO으로 변경된 이후와 비교하여 진료행위 및 시설면에서 사실상 차이가 없음을 인정하고 있는 점, 2002.12.11. 법률 제6762호로 ｢조세특례제한법｣ 제7조 를 개정하여 중소기업에 대한 특별세액감면 대상업종에서 개인의원을 제외하였는데, 재정경제부가 발간한 2002년 간추린 개정세법 책자에서 개정이유에 대하여 개인의원은 고소득 전문직으로서 근로 소득자 등과의 과세형평을 감안하여 특별세액감면 대상에서 제외하였다고 기재되어 있는 점 등에 비추어 볼 때, 처분청이 ｢조세특례제한법｣상 중소기업에 대한 특별세액감면을 배제하여 청구인들에게 종합소득세를 과세한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 ｢국세기본법｣ 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다. <별지> 관련 법령 등 (1) 조세특례제한법 제1조(목적) 이 법은 조세(租稅)의 감면 또는 중과(重課) 등 조세특례와 이의 제한에 관한 사항을 규정하여 과세(課稅)의 공평을 기하고 조세정책을 효율적으로 수행함으로써 국민경제의 건전한 발전에 이바지함을 목적으로 한다. 제7조(중소기업에 대한 특별세액감면) (2002.12.11. 법률 제6762호로 개정되기 전의 것) ① 제조업, 광업, 건설업, 운수업(물류산업과 여객운송업을 말한다. 이하 이 조에서 같다), 어업, 도매업, 소매업, 부가통신업, 연구 및 개발업, 방송업, 엔지니어링사업, 정보처리 및 컴퓨터운용관련업, 종자 및 묘목생산업, 축산업, 의료법에 의한 의료기관을 운영하는 사업(이하 이 조에서 “의료업”이라 한다), 대통령령이 정하는 자동차정비공장을 운영하는 사업(이하 이 조에서 “자동차정비업”이라 한다), 폐기물관리법에 의한 폐기물처리업(동법 제44조의2의 규정에 의하여 신고를 하고 폐기물을 재생처리하는 경우를 포함한다) 및 수질환경보전법에 의한 폐수처리업을 영위하는 중소기업에 대하여는 2003년 12월 31일 이전에 종료하는 과세년도까지 당해 사업에서 발생한 소득에 대한 소득세 또는 법인세에 다음 각 호의 구분에 의한 감면비율을 적용하여 산출한 세액 상당액을 감면한다. 제7조(중소기업에 대한 특별세액감면) (2002.12.11. 법률 제6762호로 개정된 것) ① 중소기업중 다음 제1호의 감면업종을 영위하는 기업에 대하여는 2003년 12월 31일 이전에 종료하는 과세연도까지 당해 사업에서 발생한 소득에 대한 소득세 또는 법인세에 제2호의 감면비율을 적용하여 산출한 세액 상당액을 감면한다.

• 너. 의료법에 의한 의료기관을 운영하는 사업(의원·치과의원 및 한의원을 제외하며, 이하 이 조에서 "의료업"이라 한다) (2) 의료법 제3조(의료기관) ② 의료기관은 다음 각 호와 같이 구분한다.

1. 의원급 의료기관: 의사, 치과의사 또는 한의사가 주로 외래환자를 대상으로 각각 그 의료행위를 하는 의료기관으로서 그 종류는 다음 각 목과 같다.

• 가. 의원
• 나. 치과의원
• 다. 한의원

3. 병원급 의료기관: 의사, 치과의사 또는 한의사가 주로 입원환자를 대상으로 의료행위를 하는 의료기관으로서 그 종류는 다음 각 목과 같다.

• 가. 병원
• 나. 치과병원
• 다. 한방병원
• 라. 요양병원(｢정신건강증진 및 정신질환자 복지서비스 지원에 관한 법률｣ 제3조 제5호 에 따른 정신의료기관 중 정신병원, ｢장애인복지법｣ 제58조 제1항 제2호 에 따른 의료재활시설로서 제3조의2의 요건을 갖춘 의료기관을 포함한다. 이하 같다)
• 마. 종합병원 제3조의2(병원등) 병원･치과병원･한방병원 및 요양병원(이하 “병원등”이라 한다)은 30개 이상의 병상(병원･한방병원만 해당한다) 또는 요양병상(요양병원만 해당하며, 장기입원이 필요한 환자를 대상으로 의료행위를 하기 위하여 설치한 병상을 말한다)을 갖추어야 한다. 제33조(개설 등) ② 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자가 아니면 의료기관을 개설할 수 없다. 이 경우 의사는 종합병원·병원·요양병원 또는 의원을, 치과의사는 치과병원 또는 치과의원을, 한의사는 한 방병원·요양병원 또는 한의원을, 조산사는 조산원만을 개설할 수 있다.

1. 의사, 치과의사, 한의사 또는 조산사

③ 제2항에 따라 의원·치과의원·한의원 또는 조산원을 개설하려는 자는 보건복지부령으로 정하는 바에 따라 시장·군수·구청장에게 신고하여야 한다.

④ 제2항에 따라 종합병원·병원·치과병원·한방병원 또는 요양병원을 개설하려면 보건복지부령으로 정하는 바에 따라 시·도지사의 허가를 받아야 한다. 이 경우 시·도지사는 개설하려는 의료기관이 제36조에 따른 시설기준에 맞지 아니하는 경우에는 개설허가를 할 수 없다. 제36조(준수사항) 제33조 제2항 및 제8항에 따라 의료기관을 개설하는 자는 보건복지부령으로 정하는 바에 따라 다음 각 호의 사항을 지켜야 한다.

1. 의료기관의 종류에 따른 시설기준 및 규격에 관한 사항

2. 의료기관의 안전관리시설 기준에 관한 사항

3. 의료기관 및 요양병원의 운영 기준에 관한 사항

4. 고가의료장비의 설치·운영 기준에 관한 사항

5. 의료기관의 종류에 따른 의료인 등의 정원 기준에 관한 사항

7. 의료기관의 위생 관리에 관한 사항

8. 의료기관의 의약품 및 일회용 주사 의료용품의 사용에 관한 사항

감염병의 예방 및 관리에 관한 법률 제41조 제4항 에 따른 감염병환자등의 진료 기준에 관한 사항 (3) 의료법 시행규칙 제34조(의료기관의 시설기준 및 규격) 법 제36조 제1호에 따른 의료기관의 종류별 시설기준은 별표 3과 같고, 그 시설규격은 별표 4와 같다. [별표 3] 의료기관의 종류별 시설기준(제34조 관련) 시설 종합병원 병원 요양병원 치과병원 한방병원 의원 치과 의원 한의원 조산원

입원환자 100명 이상(병원·요양병원의 경우는 30명 이상)을 수용할 수 있는 입원실 입원환자 30명 이상을 수용할 수 있는 입원실 입원실을 두는 경우 입원환자 29명 이하를 수용할 수 있는 입원실 의원과 같음 의원과 같음 1 (분만실 겸용)

1 (병상이 300개 이상인 종합병원만 해당한다)

1 (외과계 진료과목이 있는 종합병원이나 병원인 경우에만 갖춘다) 1 (외과계 진료과목이 있는 경우에만 갖춘다) 1 (외과계 진료과목이 있는 경우에만 갖춘다) 1 (외과계 진료과목이 있고, 전신마취 하에 수술을 하는 경우에만 갖춘다) 1 (외과계 진료과목이 있고, 전신마취 하에 수술을 하는 경우에만 갖춘다)

1 (병원·요양병원의 경우는 응급의료에 관한 법률에 따라 지정받은 경우에만 갖춘다)

검사실 1 (요양병원의 경우 관련 치과 진료과목이 있는 경우에만 갖춘다) 1 1 (관련 의과 또는 치과 진료 과목이 있는 경우에만 갖춘다)

장치 1 (요양병원의 경우 관련 치과 진료과목이 있는 경우에만 갖춘다) 1 1 (관련 의과 또는 치과 진료 과목이 있는 경우에만 갖춘다)

1 (수술실이 설치되어 있는 경우에만 갖춘다) 1 (수술실이 설치되어 있는 경우에만 갖춘다) 1 (수술실이 설치되어 있는 경우에만 갖춘다) 1 (수술실이 설치되어 있는 경우에만 갖춘다) 1 (수술실이 설치되어 있는 경우에만 갖춘다)

치료실 1 (종합병원에만 갖춘다)

요법실 1 (관련 한의과 진료과목이 있는 경우에만 갖춘다) 1 (관련 한의과 진료과목이 있는 경우에만 갖춘다) 1

해부실 1 (종합병원에만 갖춘다)

1 (조제실을 두는 경우에만 갖춘다) 1 (조제실을 두는 경우에만 갖춘다) 1 (조제실을 두는 경우에만 갖춘다) 1 (조제실을 두는 경우에만 갖춘다) 1 (조제실을 두는 경우에만 갖춘다) 1 (조제실을 두는 경우에만 갖춘다) 1 (조제실을 두는 경우에만 갖춘다) 11의2. 탕전실 1 (관련 한의과 진료과목을 두고 탕전을 하는 경우에만 갖춘다) 1 (관련 한의과 진료과목을 두고 탕전을 하는 경우에만 갖춘다) 1 (탕전을 하는 경우에만 갖춘다) 1 (탕전을 하는 경우에만 갖춘다)

기록실 1 1 1

1 1 1 1 (외래환자를 진료하지 아니하는 의원은 제외한다) 1 1 1

1 (외부 용역업체에 급식을 맡기는 경우에는 적용되지 아니한다) 1 (외부 용역업체에 급식을 맡기는 경우에는 적용되지 아니한다) 1 (외부 용역업체에 급식을 맡기는 경우에는 적용되지 아니한다)

1 (세탁물 전량을 위탁처리하는 경우에는 갖추지 아니하여도 된다) 1 (세탁물 전량을 위탁처리하는 경우에는 갖추지 아니하여도 된다) 1 (세탁물 전량을 위탁처리하는 경우에는 갖추지 아니하여도 된다)

1 (종합병원만 갖춘다)

1 (적출물 전량을 위탁처리하는 경우에는 해당하지 아니한다) 1 (적출물전량을 위탁처리 하는 경우에는 해당하지 아니한다) 1 (적출물전량을 위탁처리 하는 경우에는 해당하지 아니한다)

1 1 1

1 (요양병원은 제외한다)

• 가. 탕전실, 의무기록실, 급식시설, 세탁처리시설 및 적출물소각시설은 의료기관이 공동으로 사용할 수 있다.
• 나. 요양병원은 거동이 불편한 환자가 장기간 입원하는 데에 불편함이 없도록 식당, 휴게실, 욕실, 화장실, 복도 및 계단과 엘리베이터(계단과 엘리베이터는 2층 이상인 건물만 해당하고, 층간 경사로를 갖춘 경우에는 엘리베이터를 갖추지 아니할 수 있다)를 갖추어야 한다.
• 다. 탕전실은 의료기관에서 분리하여 따로 설치할 수 있다.
• 라. 종합병원, 병원, 한방병원, 요양병원은 해당 병원에서 사망하는 사람 등의 장사 관련 편의를 위하여 장사 등에 관한 법률 제29조 에 따른 장례식장을 설치할 수 있다.