쟁점건물의 장부가액을 실제 취득가액으로 볼 수 있는지 여부 등

[주 문] 심판청구를 기각한다. [이 유]

• 가. 청구인은 OOO를 취득하여 1991.4.17. 근린생활시설(지하2층․지상OOO, 이하 “쟁점건물”이라 하고, 위 토지와 함께 이하 “쟁점부동산”이라 한다)을 신축한 후 부동산임대업 등을 영위하던 중 2016.4.28. 쟁점부동산을 양도하고, 쟁점부동산의 취득가액을 OOO으로 산정하여 2016.5.25. 2016년 제1기 부가가치세 OOO원 및 2016.6.30. 2016년 귀속 양도소득세 OOO원을 각 신고․납부하였다.
• 나. OOO지방국세청장(이하 “조사청”이라 한다)은 청구인의 부가가치세․양도소득세 신고내역 등을 검토하여, 양도가액 중 쟁점건물의 구분양도가액이 불분명한 것으로 보아 토지․건물의 기준시가를 기준으로 쟁점건물의 구분양도가액을 OOO원으로 안분계산하는 한편, 쟁점건물의 취득가액도 불분명한 것으로 보아 환산가액으로 취득가액을 OOO원으로 산정하여 과세자료를 통보하였고, 처분청은 청구인에게 2017.9.14. 2016년 귀속 양도소득세 OOO 원 및 2017.9.19. 2016년 제1기 부가가치세 OOO원을 각 경정․고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2017.11.27. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 쟁점부동산 중 토지부분은 OOO년에 취득한 것으로 재무상태표에 기재된 토지가액 OOO원은 쟁점건물 신축과정에서 지하1,2층을 조성하는 토지공사비를 토지가액으로 잡은 것으로 추측되는 등 실제 취득가액으로 보기 어려운 반면, 쟁점건물가액 OOO원(감가상각비 차감전 금액)은 건물신축에 소요된 실질경비를 장부에 계상한 금액인 점, 청구인은 1991.4.17. 쟁점건물을 신축하고 부동산임대업을 영위하면서 복식부기의무자로서 성실하게 장부를 기장하여 종합소득세를 신고납부하였음에도 동 건물의 취득(신축)일부터 약 OOO 경과한 시점에 이르러 건물신축 관련 자료를 보존하고 있지 아니한다는 등의 사유를 들어 합리적 근거 없이 장부가액을 부인하는 것은 부당한 점, 쟁점건물은 평당OOO원으로 장부에 계상되었고 2017년 현재 상가건물신축시 평당 건물가액이 OOO원 정도로 추산되고 있으므로 쟁점건물의 장부가액이 과다계상된 것으로 보기 어려운 점, 처분청이 제시하고 있는 건물 장부가액 변동내역은 임차인 교체과정에서 건물수리 및 임대수익 변동이 발생하여 감가상각비를 조정한 것에 불과한 것으로 보이는 점, 청구인은 이러한 쟁점건물의 장부가액 등을 바탕으로 양수인과 협의한 후 매매계약서에 쟁점건물의 구분양도가액을 기재하고 세금계산서를 발행한 점 등에 비추어 쟁점건물의 취득가액 및 구분양도가액이 각 불분명한 것으로 보아 과세한 이 건 처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 청구인은 쟁점건물을 직접 신축하였음에도 공사도급계약서, 영수증, 세금계산서 등 신축공사와 관련된 증빙을 제출하지 못하고 있고 청구인은 동일 장부에서 건물가액을 신뢰하여야 한다고 주장하면서 토지의 장부가액을 신뢰하지 않는 모순을 보이고 있을 뿐만 아니라 재무상태표상 건물가액 등이 합리적 이유 없이 변동되고 있어 동 장부가액을 건물의 실제 취득가액으로 인정하기 불분명한 점, 토지의 장부가액이 불분명한 경우 장부가액을 기준으로 양도가액을 안분하는 것은 불가하고 청구인이 제시하고 있는 구분양도가액에 의하면 토지부분은 기준시가보다 OOO 높은 반면 건물(쟁점건물)부분은 기준시가의 OOO 불과한 점 등에 비추어 청구주장은 이유 없다.

• 가. 쟁 점

① 쟁점건물의 장부가액을 실제 취득가액으로 볼 수 있는지 여부

② 기준시가를 기준으로 쟁점건물의 구분양도가액을 안분계산하여 과세한 처분의 당부

• 나. 관련 법령 (1) 소득세법 제97조 (양도소득의 필요경비 계산) ① 거주자의 양도차익을 계산할 때 양도가액에서 공제할 필요경비는 다 음 각 호에서 규정하는 것으로 한다.

• 가. 제94조 제1항 각 호의 자산 취득에 든 실지거래가액
• 나. 가목 본문의 경우로서 취득 당시의 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에는 대통령령으로 정하는 매매사례가액, 감정가액 또는 환산가액 제100조(양도차익의 산정) ① 양도차익을 계산할 때 양도가액을 실지거래가액(제96조 제3항에 따른 가액 및 제114조 제7항에 따라 매매사례가액·감정가액이 적 용되는 경우 그 매매사례가액·감정가액 등을 포함한다)에 따를 때에는 취득가액도 실지거래가액(제97조 제7항에 따른 가액 및 제114조 제7항에 따라 매매사례가액·감정가액·환산가액이 적용되는 경우 그 매매사례가액·감정가액·환산가액 등을 포함한다)에 따 르고, 양도가액을 기준시가에 따를 때에는 취득가액도 기준시가 에 따른다.

② 제1항을 적용할 때 양도가액 또는 취득가액을 실지거래가액에 따 라 산정하는 경우로서 토지와 건물 등을 함께 취득하거나 양도한 경우에는 이를 각각 구분하여 기장하되 토지와 건물 등의 가액 구분이 불분명할 때에는 취득 또는 양도 당시의 기준시가 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분계산(按分計算)한다. 이 경우 공통되는 취득가액과 양도비용은 해당 자산의 가액에 비례하여 안분계산한다.

③ 제2항을 적용할 때 토지와 건물 등을 함께 취득하거나 양도한 경우로서 그 토지와 건물 등을 구분 기장한 가액이 같은 항에 따라 안분계산한 가액과 100분의 30 이상 차이가 있는 경우에는 토지와 건물 등의 가액 구분이 불분명한 때로 본다. 제114조(양도소득과세표준과 세액의 결정ㆍ경정 및 통지) ⑦ 제4항부터 제6항까지의 규정을 적용할 때 양도가액 또는 취득가액을 실지거래가액에 따라 정하는 경우로서 대통령령으로 정하는 사유로 장부나 그 밖의 증명서류에 의하여 해당 자산의 양도 당시 또는 취득 당시의 실지거래가액을 인정 또는 확인할 수 없는 경우에는 대통령령 으로 정하는 바에 따라 양도가액 또는 취득가액을 매매사례가액, 감 정가액, 환산가액(실지거래가액·매매사례가액 또는 감정가액을 대통령령으로 정하는 방법에 따라 환산한 취득가액을 말한다) 또는 기준시가 등에 따라 추계조사하여 결정 또는 경정할 수 있다. (2) 소득세법 시행령 제163조 (양도자산의 필요경비) ⑫ 법 제97조 제1항 제1호 나목에서 "대통령령으로 정하는 매매사례가액, 감정가액 또는 환산가액"이란 제176조의2 제2항부터 제4항까지의 규정에 따른 가액을 말한다. 제176조의2(추계결정 및 경정) ① 법 제114조 제7항에서 "대통령령으로 정하는 사유"란 다음 각 호의 어 느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

1. 양도 또는 취득당시의 실지거래가액의 확인을 위하여 필요한 장부·매매계약서·영수증 기타 증빙서류가 없거나 그 중요한 부분이 미비된 경우

2. 장부·매매계약서·영수증 기타 증빙서류의 내용이 매매사례가액, 감 정평가 및 감정평가사에 관한 법률 제2조제4호에 따른 감정평가업 자 (이하 이 조에서 "감정평가업자"라 한다)가 평가한 감정가액 등에 비 추 어 거짓임이 명백한 경우

② 법 제114조 제7항에서 "대통령령으로 정하는 방법에 따라 환산한 취득 가액"이란 다음 각 호의 방법에 따라 환산한 취득가액을 말한다. (3) 부가가치세법 제29조 (과세표준) ⑨ 사업자가 토지와 그 토지에 정착된 건물 또는 구축물 등을 함께 공급하는 경 우에는 건물 또는 구축물 등의 실지거래가액을 공급가액으로 한다. 다만, 실지거래가액 중 토지의 가액과 건물 또는 구축물 등의 가액의 구분이 불분명한 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액을 공급가액으로 한다. (4) 부가가치세법 시행령 제64조 (토지와 건물 등을 함께 공급하는 경우 건물 등의 공급가액 계산) 법 제29조 제9항 단서에 따라 실지거래가액 중 토지의 가액과 건 물 또는 구축물 등(이하 이 조에서 "건물등"이라 한다)의 가액의 구분 이 불분명한 경우에는 다음 각 호의 구분에 따라 계산한 금액을 공급가액으로 한다.

소득세법 제99조 에 따른 기준시가(이하 이 조에서 "기준시가"라 한다)가 모두 있는 경우: 공급계약일 현재의 기준시가에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분(按分) 계산한 금액. 다만, 감정평가가액[제28조에 따른 공급시기 (중간지급조건부 또는 장기할부판매의 경우는 최초 공급시기) 가 속하는 과세기간의 직전 과세기간 개시일부터 공급시기가 속하 는 과세기간의 종료일까지 감정평가 및 감정평가사에 관한 법 률 제2조 제4호에 따른 감정평가업자가 평가한 감정평가가액을 말 한다. 이하 이 조에서 같다]이 있는 경우에는 그 가액에 비례하 여 안분 계산한 금액으로 한다.

2. 토지와 건물등 중 어느 하나 또는 모두의 기준시가가 없는 경 우 로서 감정평가가액이 있는 경우: 그 가액에 비례하여 안분 계산 한 금액. 다만, 감정평가가액이 없는 경우에는 장부가액(장부가액이 없는 경우에는 취득가액)에 비례하여 안분 계산한 후 기준시가가 있는 자산에 대해서는 그 합계액을 다시 기준시가에 의하여 안분 계산한 금액으로 한다.

3. 제1호와 제2호를 적용할 수 없거나 적용하기 곤란한 경우: 국세청장이 정하 는 바에 따라 안분하여 계산한 금액

• 다. 사실관계 및 판단 (1) 청구인은 OOO 쟁점부동산 중 토지를 취득하였고, OOO부동산임대업으로 사업자등록을 하였다가 1991.4.17. 쟁점건물을 신축한 후 2016.4.28. 쟁점부동산을 OOO원에 OOO에 양도하였는바, 일반건축물대장에 의하면 쟁점건물의 신축공사 관련 주요 등재내역은OOO과 같다.

(2) 청구인이 제출한 매매계약서(2016.4.1.)에는 쟁점부동산 중 토지분은 OOO원, 건물(쟁점건물)분은 OOO원으로 구분기재되어 있고 특약사항에 “매매금액에 건물분 부가세는 별도이다”라고 기재되어 있으며, 쟁점부동산의 취득․양도가액에 대한 청구인의 신고 및 처분청의 경정내역은 OOO와 같다.

(3) 청구인은 복식부기의무자로서 종합소득세를 신고하였는바, 표준대차대조표 및 손익계산서상 연도별 쟁점건물의 가액과 감가상각비 내역은 OOO과 같고, 2015.12.31. 현재 재무상태표 및 건물감가상각비명세서에 의하면 쟁점건물은 가액 OOO원이 각 계상되어 있다.

(4) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 먼저, 쟁점①에 대하여 살피건대, 청구인은 쟁점건물을 직접 신축하였음에도 공사도급계약서 및 대금지급내역 등 신축 관련 증빙을 제출하지 못하고 있는 점, 대차대조표상 쟁점건물의 일부 연도의 가액이 이유 없이 변동되고 쟁점건물의 OOO 약 OOO원에 불과하고 정액 상각임에도 1995년～2007년 기간 동안 일관성 없이 임의 계상한 것으로 나타나고 있는 점 등에 비추어 청구인이 제시하는 장부가액을 실제 취득가액으로 인정하여야 한다는 청구주장은 받아들이기 어렵다고 판단된다. 다음으로 쟁점②에 대하여 살피건대, 부가가치세법제29조 제9항 및 같은 법 시행령 제64조 제1호에서 사업자가 토지와 그 토지에 정착된 건물 또는 구축물 등을 함께 공급하는 경우에는 건물 또는 구축물 등의 실지거래가액을 공급가액으로 하되, 실지거래가액 중 토지의 가액과 건물 또는 구축물 등의 가액의 구분이 불분명하고 토지와 건물 등에 관한 기준시가가 모두 있는 경우 공급계약일 현재의 기준시가에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분계산한 금액을 공급가액으로 규정하고 있는바, 청구인이 제시하고 있는 구분양도가액의 경우 토지가액이 기준시가보다 OOO 더 높은 반면 건물가액은 기준시가의 OOO에 불과하고 달리 해당 구분가액이 합리적 기준에 의하여 산정되었다고 인정할 만한 정황이 보이지 아니한 점 등에 비추어 쟁점건물의 구분양도가액이 불분명한 것으로 보아 기준시가를 기준으로 구분양도가액을 안분계산하여 과세한 이 건 처분은 잘못이 없다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.