이 건이 후발적 경정청구 대상에 해당하는지 여부

OOO세무서장이 2017.9.29. 청구인에게 한 종합소득세 2008년 귀속분 OOO원의 경정청구거부에 대한 심판청구는 각하하고, 2005년 귀속분 OOO원, 2006년 귀속분 OOO원의 경정청구거부에 대한 심판청구는 기각한다.

• 가. 청구인은 2005.4.16.부터 2009.5.4.까지 강원도 OOO에서 OOO 도매업을 영위하던 사업자로, 전시판매장 방문자에게 제품을 판매하고 계좌입금 등의 방법으로 대금을 수취한 후 관련 부가가치세 및 종합소득세를 신고․납부하였다.
• 나. 청구인의 사업장 관할 세무서장인 OOO세무서장은 청구인이 현금매출을 누락한다는 탈세제보에 따라 현지확인을 한 후 타인 명의 계좌로 제품 판매대금을 송금 받고 부가가치세 등을 누락한 것으로 보아 세무조사를 실시하였고, 수입금액 누락을 확인하여 청구인에게 2005년 제1기～2008년 제1기 부가가치세 합계 OOO원 및 2005년～2007년 종합소득세 합계 OOO원을 과세하였으며, 이후 청구인은 부가가치세에 대하여 소송을 제기하여 위 현지확인은 사실상 세무조사이므로 그 이후에 이루어진 세무조사는 금지되는 재조사(중복 조사)에 해당한다는 판결(대법원 2017.3.16. 선고 2014두8360)을 받았다.
• 다. 이에 OOO세무서장은 위 대법원 및 서울고등법원(2017.8.21. 선고 2017누317)의 판결에 따라 부가가치세를 일부 감액하였고, 청구인은 2017.8.25. 부가가치세가 감액되었으므로 종합소득세 2005년～2008년 귀속분 합계 OOO원(2005년 귀속분 OOO원, 2007년 귀속분 OOO원)도 경정하여야 한다는 취지로 경정청구를 제기 하였으나 처분청은 2017.9.29. 국세기본법제45조의2 제2항의 후발적 경정청구의 대상에 해당하지 않는다는 취지의 거부처분을 하였다.
• 라. 청구인은 이에 불복하여 2017.10.10. 이의신청을 거쳐 2017.11.28. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 처분청은 대법원의 판결에 의하여 부가가치세만 감액하였는바 그에 따른 종합소득세도 감액하여야 할 것이고, 몸통인 부가가치세가 감액되었는데 그에 부수되는 꼬리인 종합소득세가 감액되지 않는 것은 부당하다. 또한 후발적 경정청구제도를 둔 취지는 납세의무의 성립 후 일정한 사유의 발생으로 과세표준 및 세액 산정에 변동이 생긴 경우에 감액 청구를 할 수 있도록 함으로써 납세자의 권리구제를 확대하려는데 그 목적이 있다 할 것이다. 이 건은 종합소득세의 전단계인 부가가치세가 법원의 판결로 감액되어 논리필연적인 결과로 종합소득세 부과처분의 근거가 없어졌다 할 것이고, 부가가치세 감액에 대한 판결은 과세표준과 세액의 계산근거에 직접적인 영향을 주는 것이므로 종합소득세는 후발적 경정청구 사유로 감액되어야 할 것이다.
• 나. 처분청 의견 부가가치세 처분에 대한 대법원의 판결은 종합소득세 처분과는 별개의 처분을 대상으로 한 것으로 법원 판결의 기판력은 부가가치세에 한정되므로 이 건 종합소득세와는 관련이 없다. 비록 부가가치세 및 소득세 처분이 동일한 중복조사에 기초하여 이루어졌고 그 중 부가가치세 처분이 절차적 위법성을 이유로 취소되어야 한다고 하더라도, 그 판결로 인하여 종합소득세 처분 당시 과세의 기초가 된 거래 또는 행위자체 여부 및 과세표준에 변동이 생겼다고 볼 수는 없으므로 이 건은 국세기본법제45조의2 제2항에 의한 후발적 경정청구 사유에 해당하지 아니한다. 또한 2008년 귀속 종합소득세는 처분청이 과세한 내용이 아닌 청구인이 자진신고한 것이므로 이 건 세무조사 및 대법원 판결과는 관련이 없다 할 것이다.

• 가. 쟁점 이 건이 후발적 경정청구 대상에 해당하는지 여부
• 나. 관련 법률

(1) 국세기본법(2010.12.27. 대통령령 제10405호로 개정된 것) 제45조의2[경정 등의 청구] ① 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당할 때에는 최초신고 및 수정신고한 국세의 과세표준 및 세액의 결정 또는 경정을 법정신고기한이 지난 후 3년 이내에 관할 세무서장에게 청구할 수 있다. 다만, 결정 또는 경정으로 인하여 증가된 과세표준 및 세액에 대하여는 해당 처분이 있음을 안 날(처분의 통지를 받은 때에는 그 받은 날)부터 90일 이내(법정신고기한이 지난 후 3년 이내에 한한다)에 경정을 청구할 수 있다.

1. 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액(각 세법에 따라 결정 또는 경정이 있는 경우에는 해당 결정 또는 경정 후의 과세표준 및 세액을 말한다)이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과할 때

(2) 국세기본법(2016.12.20. 대통령령 제14382호로 개정된 것) 제45조의2[경정 등의 청구] ② 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자 또는 국세의 과세표준 및 세액의 결정을 받은 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생하였을 때에는 제1항에서 규정하는 기간에도 불구하고 그 사유가 발생한 것을 안 날부터 3개월 이내에 결정 또는 경정을 청구할 수 있다.

1. 최초의 신고·결정 또는 경정에서 과세표준 및 세액의 계산 근거가 된 거래 또는 행위 등이 그에 관한 소송에 대한 판결(판결과 같은 효력을 가지는 화해나 그 밖의 행위를 포함한다)에 의하여 다른 것으로 확정되었을 때

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 당초 청구인에게 과세된 부가가치세 과세표준 및 대법원의 판결 후 감액경정된 과세표준의 내역은 아래 <표1>과 같다.

(2) 이 건 종합소득세에 대하여 당초 신고한 내역, 조사 이후 고지된 내역, 청구인이 경정청구한 내역은 아래 <표2>와 같고, 처분청이 2008년 귀속 종합소득세에 대하여 세무조사에 따른 과세를 한 내역은 없으며, 청구인이 자진신고한 것으로 나타난다.

(3) 이 건 부가가치세와 관련한 대법원 판결(2017.3.16. 선고 2014두8360)에서, 처분청 소속 세무공무원이 국세청 훈령인 구 조사사무처리규정에서 정한 ‘현지확인’의 절차에 따라 이 사건 1차 조사를 하였다고 하더라도, 그것은 실질적으로 청구인의 총 매출누락 금액을 확인하기 위하여 청구인의 사업장에서 청구인이나 그 직원들을 직접 접촉하여 9일간에 걸쳐 2005년 제1기부터 2008년 제1기까지의 매출사실에 대하여 포괄적으로 질문조사권을 행사하고 과세자료를 획득하는 것이어서, 재조사가 금지되는 ‘세무조사’로 보아야 할 것이므로 이 사건 2차(세무) 조사는 구 국세기본법제81조의4 제2항에 따라 금지되는 재조사에 해당하므로 그에 기초하여 이루어진 이 사건 처분은 위법하다는 내용이 나타난다.

(4) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여 살피건대, 우선 청구인의 2008년 귀속 종합소득세에 대하여 보면, 처분청은 현지확인 및 세무조사를 실시하여 2008년 제1기분 매출누락액에 관하여 부가가치세는 과세하였으나 2008년 귀속 종합소득세를 과세한 내역은 없는 것으로 나타나므로 청구인은 2008년 귀속 종합소득세의 법정신고기한인 2009.5.31.을 기준으로 경정청구의 기간(3년)을 도과하여 이 건 경정청구(2017.8.25.)를 한 것으로 나타나는바, 이는 부적법한 경정청구로서 이에 대한 처분청의 거부회신은 민원회신에 불과하여 동 거부처분을 근거로 한 이 건은 부적법한 심판청구로 판단된다. 또한 2005년～2007년 귀속 종합소득세에 대하여 보면, 처분청은 청구인의 수입금액 누락을 확인하여 그 누락액에 대하여 부가가치세 및 종합소득세를 각각 과세하였는바 종합소득세는 부가가치세와는 별개의 세목으로 청구인은 부가가치세에 대해서만 소송을 제기한 점, 대법원 판결 등은 ‘절차적 하자(중복조사)’로 인하여 부가가치세가 감액된 것에 불과하므로 이 판결로 인하여 청구인이 수입금액을 신고누락한 사실 및 그 가액이 달라진 것은 아니므로 누락된 매출액에 대한 ‘과세표준과 세액의 계산 근거가 된 거래 또는 행위 등이 다른 것으로 확정’된 것으로 보기 어려운 점 등에 비추어 위 대법원 판결 등이 국세기본법제45조의2 제2항의 후발적 경정청구 사유에 해당한다는 청구주장을 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 부적합한 청구에 해당하거나, 청구주장이 이유 없으므로국세기본법제81조, 제65조 제1항 제1호 및 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.