쟁점조특법규정에 따른 감면한도계산시 필요한 투자누계액에 쟁점경작지 등 관련 금액이 포함되는지 여부

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구법인은 황칠나무 등 연구․개발사업(이하 “쟁점사업”이라 한다)을 영위하는 사업자로, 2014.7.1. OOO단지”라 한다)에 입주하였고, 2014～2015사업연도 법인세 신고․납부시 쟁점사업에서 발생한 소득에 대하여 조세특례제한법제121조의8(이하 “쟁점조특법규정”이라 한다)에 따른 ‘OOO첨단과학기술단지 입주기업에 대한 법인세 등의 감면’을 적용하였다.
• 나. 청구법인은 2016년 7월경 처분청으로부터 쟁점사업이 쟁점조특법규정의 감면대상업종이 아니라는 안내를 받고 2016.7.28. 2014～2015사업연도 법인세 합계 OOO을 수정신고하였다가 2017.10.12. 등 쟁점사업이 생명공학육성법제2조 제1호에 따른 생명공학에 해당하는지 여부에 대한 과학기술정보통신부 등의 민원회신을 받아 2018.5.31. 처분청에 쟁점조특법규정에 따른 감면을 적용하여 법인세 2014사업연도분 OOO2015사업연도분 OOO합계 OOO을 환급하여야 한다는 내용의 경정청구를 제기하였다.
• 다. 처분청은 2018.8.28. 쟁점사업에 쟁점조특법규정에 따른 감면을 적용하되, 그 한도액(투자누계액의 50%)을 적용함에 있어 쟁점제주단지내 사업용자산 취득가액(2014사업연도 OOO2015사업연도 OOO)만을 투자누계액을 인정하여 법인세 2014사업연도분 OOO2015사업연도분 OOO을 감액경정․환급하였다.
• 라. 청구법인은 이에 불복하여 2018.11.23. 심판청구를 제기하였음.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 처분청은 당초 쟁점사업이 쟁점조특법규정에 따른 감면대상업종이 아니라는 사유로 수정신고를 안내하였다가, 청구법인이 과학기술정보통신부 등의 민원회신에 따라 제기한 경정청구에 대하여는 감면한도액 산정시 투자누계액으로 쟁점OOO단지내 사업용자산 취득가액만을 인정하고, 청구법인이 주된 업종을 실현하기 위하여 경작에 반드시 필요하여 2014～2015사업연도 중 취득하였으나 쟁점OOO단지 밖에 소재한 OOO의 경작지와 그에 식재한 황칠나무 묘목 등(이하 “쟁점경작지등”이라 한다)에 대하여 ‘사업용 투자자산’으로 볼 수 없다고 판단하였다. 쟁점조특법규정상 투자누계액에 대하여 조세특례제한법 시행규칙제8조의3 제1호에서 ‘해당 사업에 주로 사용하는 사업용 유형자산’으로 규정하고 있는데, 이러한 사업용 유형자산의 범위는 OOO첨단과학기술단지 내에 소재하는 자산만으로 한정할 것이 아니라 해당지역 특구 내로 이전한 법인의 업종․특수성을 고려하여 그 주된 사업을 영위함에 있어 필수불가결한 사업용 유형자산인지 여부에 따라 판단하여야 할 것인바, 쟁점사업을 영위하는 청구법인이 쟁점OOO단지에서 감면대상사업을 영위하기 위해서는 황칠나무 등 수목을 재배할 수 있는 농장이 필요하고 그 규모와 목적에 비추어 쟁점OOO단지 내에 소재하는 것으로 볼 수밖에 없음에도 쟁점경작지등을 사업용 유형자산에서 배제하는 것은 불합리하다. 처분청은 청구법인이 쟁점OOO단지에는 사무실과 부설연구소만 있을 뿐 주연구소는 OOO에 소재하고 있고, 쟁점OOO단지 밖의 소재한 농장에서 황칠나무를 재배하여 파쇄한 후 이를 충청북도 진천시에 소재한 OOO의 공장에서 주문자 생산방식으로 관련제품을 생산하여 방문판매하고 있다는 의견이나, 이는 쟁점조특법규정상 투자누계액에 포함되는 사업용 유형자산에 쟁점경작지등이 포함되는지를 다투는 이 건과 관련성이 적고, 서울에 위치한 청구법인의 연락사무소는 보조적 역할을 수행하기 위해 설치된 것이며, 청구법인이 재배한 황칠나무 등을 어떻게 제조․판매하였는지와 관계없이 청구법인의 모든 주된 영업활동은 쟁점OOO단지 내 본사에서 이루어졌다. 또한, 처분청은 기획재정부와 국세청의 예규(기획재정부 조세특례제도과-267, 2012.3.30. 및 국세청 법인세과-287, 2014.6.27.)를 들어 쟁점OOO단지 외의 투자금액은 투자누계액에 해당되지 않는다는 의견이나, 쟁점조특법규정상 투자누계액에 대하여 조세특례제한법 시행규칙제8조의3 제1호는 ‘해당 사업에 주로 사용하는 사업용 유형자산’으로 규정하고 있고 조세특례제한법등에서 그러한 사업용 유형자산의 구체적 범위에 대한 별도의 입법규정이 없으므로 이는 쟁점OOO단지에 입주한 법인의 업종상 주된 영업활동을 영위하기 위해 투자한 모든 사업용 투자자산으로 해석하는 것이 타당하므로 청구법인의 원재료 생산을 위한 직접요소인 쟁점경작지등은 ‘해당 사업에 주로 사용하는 사업용 유형자산’에 포함된다 할 것이다.
• 나. 처분청 의견 청구법인은 쟁점조특법규정상 감면한도를 적용함에 있어 투자누계액에 포함되는 사업용 유형자산에 쟁점OOO단지 밖에 소재한 쟁점경작지등도 포함되어야 한다고 주장하나, 조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하는 것으로 쟁점OOO단지 외에 투자한 금액을 투자누계액에 포함하는 것은 쟁점조특법규정을 자의적으로 유추해석하는 것이고, 쟁점조특법규정에 따른 감면의 한도로 투자누계액을 둔 취지가 투자금액 및 고용에 비하여 과다하게 조세감면을 받는 사례를 방지하고자 하는 것에 비추어 보아도 쟁점OOO단지 외에 투자한 금액은 투자누계액에서 제외함이 타당하다. 이와 관련하여 기획재정부 예규(조세특례제도과-267, 2012.3.20.)는 쟁점OOO단지에 입주한 내국법인이 영위하는 감면대상사업에서 발생한 소득에 대한 법인세 감면은 해당 단지 내에 입주한 사업장에서 발생한 소득에 대해서만 적용하는 것으로 해석하고 있고, 국세청 예규(법인세과-287, 2014.6.17.)는 쟁점조특법 규정상 투자누계액에 포함되는 해당 사업에 주로 사용하는 유형자산에는 쟁점OOO단지 외의 투자금액이 포함되지 않는 것으로 해석하고 있는 점에 비추어 보아도 쟁점OOO단지 밖에서 투자가 이루어진 쟁점경작지등은 ‘해당 사업에 주로 사용하는 사업용 유형자산’에 포함되지 않는다 할 것이다. 또한, 쟁점OOO단지 내에 소재한 청구법인의 본점 소재지를 방문확인한 바, 사무실(약 150㎡)과 부설연구소(약 21㎡)만 있을 뿐 제조․판매시설은 없고 주연구소는 OOO에 소재하고 있는 것으로 진술하였으며, 청구법인은 쟁점OOO단지 밖에 소재한 OOO에 소재한 농장에서 황칠나무를 재배하여 그 가지 등을 파쇄하여 충청북도 진천시에 소재한 OOO등으로 반출하여 관련 제품을 제조자주문방식으로 생산하여 이를 모두 방문판매를 하고 있는 점에 비추어 청구법인은 쟁점OOO단지 내의 사업장에서 주된 영업활동을 한 것으로 볼 수 없다.

• 가. 쟁점 쟁점조특법규정에 따른 감면한도계산시 필요한 투자누계액에 쟁점경작지등 관련 금액이 포함되는지 여부
• 나. 관련 법령

(1) 조세특례제한법 제121조의8 (제주첨단과학기술단지 입주기업에 대한 법인세 등의 감면) ① 제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법 제216조 에 따라 지정된 제주첨단과학기술단지(이하 이 장에서 "제주첨단과학기술단지"라 한다)에 2015년 12월 31일까지 입주한 기업이 생물산업, 정보통신산업 등 대통령령으로 정하는 사업(이하 이 조에서 "감면대상사업"이라 한다)을 하는 경우 감면대상사업에서 발생한 소득에 대하여 사업개시일 이후 그 사업에서 최초로 소득이 발생한 과세연도(사업개시일부터 5년이 되는 날이 속하는 과세연도까지 해당 사업에서 소득이 발생하지 아니한 경우에는 5년이 되는 날이 속하는 과세연도)의 개시일부터 3년 이내에 끝나는 과세연도에는 법인세 또는 소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하고, 그 다음 2년 이내에 끝나는 과세연도에는 법인세 또는 소득세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다.

② 제1항이 적용되는 감면기간 동안 감면받는 소득세 또는 법인세의 총합계액이 다음 각 호의 금액을 합한 금액을 초과하는 경우에는 그 합한 금액을 한도(이하 이 조에서 "감면한도"라 한다)로 하여 세액을 감면한다.

1. 대통령령으로 정하는 투자누계액의 100분의 50

2. 다음 각 목의 금액 중 적은 금액

• 가. 해당 과세연도의 제주첨단과학기술단지 사업장(이하 이 조에서 "감면대상사업장"이라 한다)의 상시근로자 수 × 1천만원
• 나. 제1호의 투자누계액의 100분의 20

③ 제1항에 따라 각 과세연도에 감면받을 소득세 또는 법인세에 대하여 감면한도를 적용할 때에는 제2항 제1호의 금액을 먼저 적용한 후 같은 항 제2호의 금액을 적용한다. (이하 생략) (2) 조세특례제한법 시행령 제116조의14 (제주첨단과학기술단지 입주기업에 대한 법인세 등의 감면) ① 법 제121조의8 제1항에서 "생물산업·정보통신산업 등 대통령령으로 정하는 사업"이란 다음 각호의 산업을 영위하는 사업을 말한다.

1. 생명공학육성법 제2조 의 규정에 의한 생명공학과 관련된 산업(종자 및 묘목생산업, 수산물부화 및 종묘생산업을 포함한다)

② 법 제121조의8 제2항 제1호에서 "대통령령으로 정하는 투자누계액"이란 법 제121조의8 제1항에 따라 법인세 또는 소득세를 감면받는 해당 과세연도까지의 기획재정부령으로 정하는 사업용자산에 대한 투자 합계액을 말한다. (3) 조세특례제한법 시행규칙 제8조의3 (연구개발특구 등에의 입주기업 등에 대한 법인세 등의 감면 적용 시 사업용자산의 범위) 영 제11조의2 제2항, 제116조의14 제2항, 제116조의15 제4항, 제116조의21 제4항, 제116조의25 제2항 및 제116조의27 제2항에서 "기획재정부령으로 정하는 사업용자산"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자산을 말한다.

1. 해당 사업에 주로 사용하는 사업용 유형자산

3. 법인세법 시행규칙 별표 3에 따른 무형고정자산

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인은 2013.8.1. 설립되어, 2014.6.23. OOO소재한 쟁점OOO단지 입주 및 임대차계약을 체결하 고 2014.7.1. 이 단지에 입주하였으며 2014.7.14. OOO에 농업경영체 등록을 하였다. 쟁점사업은 황칠나무와 가시오가피를 원료로 건강보조식품을 연구․개발하여 생산하는 것으로, 쟁점OOO단지 밖인 OOO에 소재한 농장에서 황칠나무를 재배하여 그 가지를 파쇄한 후 이를 원재료로 하여 충청북도 진천시에 소재한 OOO공장에서 주문자 생산방식으로 관련제품을 생산하여 방문판매하고 있고, 이와 관련하여 청구법인은 황칠나무 추출물을 유효성분으로 함유하는 항비만용 조성물에 대한 특허(2014.8.21.)와 황칠나무 추출물을 유효성분으로 함유하는 면역조절 또는 면역증가용 조성물에 대한 특허(2016.8.18.)를 등록하였고, 2016.9.5. 황칠나무의 원료 생산기반 구축과 산업화를 위한 연구계획서에 대하여 농림축산식품부로부터 정부보조금을 수취하고 있다.

(2) 청구법인이 2014～2015사업연도 중 취득한 쟁점경작지등 중 토지에 대한 취득내역은 아래 <표1>과 같고, 이에 대하여 매도자들과의 계약서 등을 제출하였으며, 쟁점경작지등 중 수목에 대한 취득내역과 관련한 것은 계약일을 기준으로 2014사업연도 중 영농조합법인 OOO등으로부터 합계 9건 OOO2015사업연도 중 OOO등으로부터 합계 16건 OOO으로 누계로 합계 25건 OOO이고, 이와 관련하여 매도자들과의 계약서 등을 제출하였으며, 쟁점경작지등 이외에 청구법인이 2014～2015사업연도 중 취득한 자산의 내역은 아래 <표2>와 같고, 이와 관련하여 전자세금계산서 및 건설기계 등록증 등을 제출하였다. <표1> 청구법인이 취득한 쟁점경작지등 중 토지 내역 (단위: 원) <표2> 청구법인이 취득한 기타자산 내역 (단위: 원) * 비고란에 ‘제외’로 표기된 것은, 이후 처분청이 쟁점조특법규정에 따른 투자누계액을 산정하면서 쟁점OOO단지 밖에서 이루어진 투자로 보아 투자누계액으로 인정하지 아니한 항목이다.

(3) 청구법인은 쟁점OOO단지에 입주한 때가 속하는 2014사업연도와 그 다음 사업연도인 2015사업연도 법인세 신고시 쟁점조특법규정에 따른 법인세 감면을 받았고, 2016년 7월경 처분청이 청구법인에 쟁점사업이 쟁점조특법규정의 감면대상업종이 아니므로 법인세 경정․고지 대상이라는 내용을 안내하자, 2016.7.28. 2014～2015사업연도 법인세 합계 OOO을 수정신고한 바, 쟁점조특법규정에 따른 법인세 감면내용을 적용함에 있어 당초신고와 수정신고시 공제감면세액계산서에 기재한 계산명세 및 감면세액은 아래 <표3>과 같다. <표3> 청구법인의 당초 신고․수정신고시 공제감면세액계산서상 기재한 계산명세 및 감면세액 (단위: 원) * 산출세액에서 최저한세 적용대상 공제감면세액(조세특례제한법제68조에 따른 농업회사법인 감면을 차감한 나머지 세액)이다. ** 각 사업연도의 소득금액으로, 청구법인은 쟁점경작지등의 취득금액이 감면대상세액보다 매우 크므로 그 금액만으로도 모두 감면대상세액을 감면세액으로 감면받을 수 있는 것으로 판단하였다.

(4) 청구법인은 2018.5.31. 처분청에 쟁점사업에 쟁점조특법규정에 따른 감면을 적용하여 2014～2015사업연도 법인세 OOO을 환급하여야 한다는 내용의 경정청구를 제기하였고, 상기 경정청구시 청구법인이 과학기술정보통신부 등에 제기한 민원에 대한 회신을 아래 <표4>와 같이 첨부하였다. <표4> 청구법인이 과학기술정보통신부 등으로부터 받은 민원회신

○ 민원 처리결과 안내(과학기술정보통신부 생명기술과-632, 2017.1.12.)

3. 생명공학육성법 제2조 제1호 에 따르면 생명공학이란 산업적으로 유용한 생산물을 만들거나 생산공정을 개선할 목적으로 생물학적 시스템, 생체, 유전체 또는 그들로부터 유래되는 물질을 연구․활용하는 학문과 기술이라 정의하고 있습니다.

4. 따라서, 농림․축수산 등 생명자원에 대한 연구개발을 통하여 인체에 유용한 식품 등을 생산하는 행위는 생명공학 관련 산업이라 할 수 있습니다.

5. 다만, 귀하가 영위하고 계신 사업이 당해 생명공학 관련 산업인지에 대한 사실관계 여부는 농림축산식품부 또는 국세청을 통해 별도로 판단되어야 할 사항임을 알려드립니다.

○ 국민신문고 민원 회신(농림축산식품부 과학기술정책과-3192, 2017.10.18.)

2. 귀하께서 과기부로 질의하신 내용와 관련하여 과기부에서 귀 사에서 수행하고 있는 연구과제에 대한 지원 여부를 농식품부에서 답변해 줄 것을 요청하여 이에 대한 우리부 검토요건을 알려드립니다.

• 가. 귀 사에서 수행하고 있는 ‘우리나라 고유수종 황칠나무 원료 생산 기반구축과 이를 이용한 산업화’ 연구개발과제는 우리부의 ‘농생명산업기술개발사업’으로 지원되고 있는 연구과제(’16년～’18년)임을 확인해 드립니다. 처분청은 상기 경정청구에 대하여 2018.8.28. 쟁점사업에 따른 법인세액에 쟁점조특법규정에 따른 감면을 적용하되, 그 한도액인 투자누계액의 50%를 적용함에 있어 상기 쟁점경작지등과 상기 <표2>의 기타자산 중 쟁점OOO단지 밖에서 취득한 것을 제외하고, 아래 <표5>의 쟁점OOO단지 안에서 사업용 자산을 취득한 것만을 투자누계액을 산정하여 2014～2015사업연도 법인세 합계 OOO을 감액경정․환급하였으며, 처분청이 산정한 쟁점조특법규정에 따른 투자누계액에 따른 감면한도액과 그에 따라 산정된 감면세액은 아래 <표6>과 같다. <표5> 경정청구에 대하여 처분청이 투자누계액을 인정한 사업용 자산 취득내역 (단위: 원) <표6> 처분청이 산정한 투자누계액과 그에 따른 감면한도 및 감면세액 (단위: 원)

(5) 청구법인은 이 건과 관련하여 2013～2015년말 현재 재무상태표를 제출한바, 쟁점경작지등 및 기타자산과 관련한 부분은 아래 <표7>와 같다. <표7> 청구법인의 2013～2015년말 현재 재무상태표 (단위: 원) 처분청은 청구법인의 쟁점OOO단지내 상시근로자 현황에 대하여 아래 <표8>과 같이, 청구법인의 지점설치 내역에 대하여 아래 <표9>와 같이 제출하였다. <표8> 청구법인의 쟁점OOO단지내 상시근로자 현황 <표9> 청구법인의 지점 설치 내역

(5) 쟁점조특법규정은 조세특례제한법이 2002.4.20. 법률 제6689호로 개정되면서 신설된 것으로 그에 대한 당시 재정경제부 발간 ‘간추린 개정세법’ 내용은 아래 <표10>과 같고, 신설시에는 투자누계액 등을 기준으로 한 감면한도규정이 없었다. <표10> 쟁점조특법규정 신설과 관련한 ‘간추린 개정세법’ 조세특례제한법이 2010.12.27. 법률 제10406호로 개정되면서 쟁점조특법규정상 투자누계액을 기준으로 지원한도를 신설하였는데 그에 대한 당시 재정경제부 발간 ‘간추린 개정세법’ 내용은 아래 <표11>과 같다. <표11> 쟁점조특법규정상 감면한도신설과 관련한 ‘간추린 개정세법’

(6) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 쟁점조특법규정은 2002.4.20. 법률 제6689호로 개정되면서 ‘OOO의 생물자원을 활용한 생명공학 등을 육성하기 위한 첨단과학기술단지의 활성화를 지원할 목적’으로 신설된 것으로 이후 2010.12.27. 법률 제10406호로 개정되면서 지역특구에 대한 세제지원시 투자금액 및 고용에 비하여 과다하게 조세감면을 받는 사례를 방지하고자 투자누계액 등을 기준으로 하는 감면한도가 도입되었고, 조세특례제한법 시행령제116조의14 제2항 및 같은 법 시행규칙 제8조의3은 투자누계액에 대하여 ‘해당 사업에 주로 사용하는 사업용 유형자산’ 등으로 규정하고 있다. 이러한 쟁점조특법규정에 있어 투자누계액을 기준으로 하는 감면한도가 도입된 취지에 비추어 투자누계액에 해당하는 ‘해당 사업에 주로 사용하는 사업용 유형자산’ 등이란 쟁점OOO단지에 입주한 기업이 쟁점OOO단지 안에서 투자한 것으로 해당 사업에 주로 사용하는 사업용 유형자산을 의미한다고 보는 것이 타당하다고 할 것이므로, 청구법인이 해당 사업에 주로 사용하는 사업용 유형자산이라고 하더라도 쟁점OOO단지 밖에 투자한 것이라면 감면한도에 해당하는 투자누계액에는 해당하지 않는다고 판단된다. 따라서 청구법인의 주된 업종을 실현하기 위하여 반드시 필요한 자산이라 하더라도 쟁점OOO단지 밖에서 투자가 이루어진 쟁점경작지등은 투자누계액에 포함하기 어렵다고 보이므로 처분청이 청구법인의 경정청구를 거부한 이 건 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.