[요지] 본사는 공장 등 개별 사업장과 달리 법인 전체 사업을 총괄․관리하는 역할이므로, 본사에 국한된 소득(매출 및 비용을 구분 경리)을 계산하는 기준이 정립되었다고 보기 어렵고, 본사의 소득을 구분하는 방법에는 지방으로 이전한 인원의 비율 외에도 사업장별 매출 및 비용 발생 비율 또는 보유자산 비율 등 여러 기준으로 계산이 가능하므로, 지방으로 이전된 인원 비율로 안분하여 계산된 금액이 본사에 귀속된 소득이라고 단정하기 어려운 점, 법인세법상 구분경리도 각 사업별로 발생한 익금과 손금을 별도로 구분하여 독립적으로 회계처리를 하여야 할 것인데, 쟁점구분소득은 법인의 익금․손금을 하나의 사업으로 보아 회계처리한 소득을 지방으로 이전한 인원비율로 안분한 것에 불과한바, 사업별로 구분경리된 소득으로 볼 수 없는 점 등에 비추어 처분청이 청구법인의 경정청구를 거부한 처분에는 달리 잘못이 없다고 판단됨.
[주 문] 심판청구를 기각한다.
[이 유]
1. 처분개요
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
(1) 공장의 지방이전에 대한 세액감면(조특법 제63조의2 제2항 제1호)과 세액공제등을 동시에 적용하더라도 지방으로 이전한 공장에서 발생한 소득을 구분경리하여 그 소득에 대하여는 세액감면만 적용하고, 그 외의 소득에 귀속되는 세액에 한정하여 세액공제등을 적용하면 조세지원 간 실질적인 중복이 발생되지 아니하므로 동시 적용이 가능(대법원 2015.5.14. 선고 2014두47662 판결과 같은 뜻)하다.
(2) 본 건 쟁점세액감면의 경우 공장이 아닌 본사가 이전된 사실만 다를 뿐, 쟁점세액감면을 적용하기 위해 지방으로 이전한 인원의 비율에 근거하여 법인의 전체소득 중 일부분만을 구분하여야 하는 점은 동일하다. 따라서 본사의 소득으로 구분된 부분(이하 “쟁점구분소득”이라 한다)에 대하여 쟁점세액감면을 적용하고 있다 하더라도, 그 소득을 제외한 나머지 소득에 귀속되는 세액에 대하여는 세액공제등을 적용할 수 있다고 봄이 타당하다.
(1) 공장의 지방이전에 대한 세액감면은 지방으로 이전한 사업장(공장)에서 발생된 소득에 한하여 세액감면이 적용되므로 감면대상소득이 명확하게 구분된다.
(2) 그러나 본 건 쟁점세액감면은 공장이 아닌 본사의 지방이전에 대한 세액감면으로 법인의 전체 소득이 감면대상소득에 해당하는바, 이미 전체 소득에 대하여 쟁점세액감면을 적용한 결과가 되므로, 추가로 세액공제등을 적용할 경우 동일한 소득에 세액감면과 세액공제를 동시에 적용하게 되는바, 조특법 제127조 제4항에 따라 동시 적용은 불가하다.
3. 심리 및 판단
(1) 청구법인은 2014.3.27. 공공기관 지방이전에 따른 혁신도시 건설 및 지원에 관한 특별법에 따라 본사를 OOO로 이전하였으나, 본사를 제외한 그 밖에 5개 사업장은 이전 없이 기존 사업장에서 사업을 계속 영위하고 있으며, 그 현황은 다음 ＜표1＞과 같다. ＜표1＞ 청구법인의 사업장 현황
(2) 쟁점세액감면은 쟁점구분소득을 다음과 같이 계산한 후 세액감면율을 적용하는데, 청구법인은 쟁점구분소득도 세액감면 적용을 위해 구분경리된 소득이며, 쟁점세액감면을 적용한 2014～2017사업연도 중 다른 기존 사업장(5개)에서 발생한 각종 투자금액에 대한 세액공제등을 적용하더라도 실질적인 조세지원의 중복은 발생하지 않아, 중복 적용이 가능함에도 그간 적용해오지 않았다면서, 과거 투자액에 대한 세액공제등을 적용하여 경정해 줄 것을 주장하고 있다. (해당 사업연도 과세표준 - 부동산 양도차익 등 일정 소득) × 이전비율 Min (㉮․㉯) × 위탁가공무역 외 매출비율 * 이전비율 ㉮ 이전한 본사 근무인원의 급여총액 ÷ 법인 전체인원의 급여총액㉯ 이전한 본사 근무인원 ÷ 법인 전체인원
(3) 일반적으로 법인의 감면대상사업에서 발생한 소득과 그 밖의 사업에서 발생한 소득을 회계적으로 서로 구분경리할 수 있고, 그에 따라 그 법인의 산출세액 중 각 사업별로 귀속되는 세액도 합리적으로 구분할 수 있는 경우에는 감면대상사업에서 세액감면을 적용하고 있다 하더라도 그 밖의 사업과 관련하여 투자한 금액에 대한 투자세액공제액은 그 밖의 사업에 귀속되는 세액을 한도로 공제할 수 있다 할 것이다(대법원 2015.5.14. 선고 2014두47662 판결, 같은 뜻임).
(4) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 쟁점세액감면(본사의 지방이전에 대한 세액감면)의 적용대상인 쟁점구분소득도 법인의 전체 소득(과세표준)을 기준으로 지방으로 이전한 인원비율로 안분하여 계산한 것으로, 전체 소득 중 일정 부분만을 구분한 소득에 해당하므로, 그 구분된 소득을 제외한 다른 소득에 대하여 그 다른 소득에 귀속되는 세액을 한도로 세액공제등을 적용하면 조세지원의 실질적인 중복은 발생하지 아니한다고 주장하나, 조특법상 세액감면 대상은 특정소득 단위가 아니라 특정사업 단위라 할 것인바, 동일 사업의 일부 소득을 구분하였다 하더라도 이를 조특법상 구분경리된 소득으로 볼 수 없고, 이러한 점은 조특법 제143조 제1항에서 “감면대상사업과 그 밖의 사업을 겸업하는 경우 구분하여 경리하여야 한다”라고 규정하여 명시적으로 확인되는 점, 쟁점세액감면의 감면대상사업은 법인의 전체 사업이라 할 것인바(법인의 전체 인원이 지방으로 이전할 경우 전체 소득이 감면대상소득이 될 수 있다는 점에서 이러한 점이 확인된다 할 것이다), 감면대상소득 또한 법인의 전체 소득으로 보아야 하며, 쟁점구분소득은 법인의 전체 사업에서 발생한 전체 소득의 일부를 별도의 특정 기준(지방으로 이전한 인원비율)을 사용하여 안분한 것에 해당할 뿐, 특정 감면대상사업에서 발생한 소득으로 보기 어려운 점, 본사는 공장 등 개별 사업장과 달리 법인 전체 사업을 총괄․관리하는 역할이므로, 본사에 국한된 소득(매출 및 비용을 구분 경리)을 계산하는 기준이 정립되었다고 보기 어렵고, 본사의 소득을 구분하는 방법에는 지방으로 이전한 인원의 비율 외에도 사업장별 매출․비용 발생 비율 또는 보유자산 비율 등 여러 기준으로 계산이 가능하므로, 지방으로 이전된 인원 비율로 안분하여 계산된 금액을 본사에 귀속된 소득이라고 단정하기 어려운 점, 쟁점구분소득을 지방으로 이전한 인원 비율로 안분 계산하는 것은 법인의 전체 소득 중 지방 이전 기여분을 구하기 위한 것으로, 특정 감면사업 소득을 계산한 것이라기보다는 세액감면율을 보완하여 조정(지방으로 이전한 인원이 적을수록 실효 감면율이 낮아지는 효과)하는 개념으로 봄이 타당한 점, 법인세법상 구분경리도 각 사업별로 발생한 익금과 손금을 별도로 구분하여 독립적으로 회계처리를 하여야 할 것인데, 쟁점구분소득은 법인의 익금․손금을 하나의 사업으로 보아 회계처리한 소득을 지방으로 이전한 인원비율로 안분한 것에 불과한바, 사업별로 구분경리된 소득으로 볼 수 없는 점, 청구법인은 공기업인 OOO의 자회사로서 공공기관 지방이전에 따른 혁신도시 건설 및 지원에 관한 특별법에 따라 의무적으로 지방으로 이전한 것으로, 쟁점세액감면이라는 조세감면의 유인 효과였다고 보기 어려워 조세지원의 정당성과 당위성이 높다고 보기 어려운 점 등에 비추어, 처분청이 청구법인의 경정청구(쟁점세액감면을 적용받던 중 세액공제등을 추가로 적용)를 거부한 처분에는 달리 잘못이 없다고 판단된다.
4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다. ＜별지＞ 관련 법령
(1) 조세특례제한법 제63조의2(법인의 공장 및 본사를 수도권 밖으로 이전하는 경우 법인세 등 감면) ① 다음 각 호의 요건을 갖춘 법인(이하 이 조에서 "지방이전법인"이라 한다)은 제2항부터 제4항까지의 규정에 따라 법인세를 감면받을 수 있다. 다만, 대통령령으로 정하는 부동산업, 건설업, 소비성서비스업, 무점포판매업 및 해운중개업을 경영하는 법인의 경우에는 그러하지 아니하다.
1. 수도권과밀억제권역에 3년 이상 계속하여 공장시설을 갖추고 사업을 하거나 3년 이상 계속하여 본점 또는 주사무소(이하 이 조에서 “본사”라 한다)를 둔 법인일 것
2. 공장시설의 전부 또는 본사를 수도권 밖(공장시설을 광역시로 이전하는 경우에는 산업입지 및 개발에 관한 법률에 따른 산업단지만 해당한다. 이하 이 조에서 같다)으로 대통령령으로 정하는 바에 따라 2020년 12월 31일까지 이전하여 사업을 개시하거나, 수도권 밖에 2023년 12월 31일까지 공장 또는 본사를 신축하여 사업을 개시할 것(공장 또는 본사의 부지를 2020년 12월 31일까지 보유하고 2020년 12월 31일이 속하는 과세연도의 과세표준신고를 할 때 이전계획서를 제출하는 경우만 해당한다)
② 지방이전법인은 제1호부터 제3호까지의 소득에 대하여 이전일 이후 지방이전법인에서 최초로 소득이 발생한 과세연도(이전일부터 5년이 되는 날이 속하는 과세연도까지 소득이 발생하지 아니한 경우에는 이전일부터 5년이 되는 날이 속하는 과세연도)와 그 다음 과세연도의 개시일부터 6년(수도권 외 지역에 소재하는 광역시 및 대통령령으로 정하는 지역으로 이전하는 경우에는 4년) 이내에 끝나는 과세연도까지는 법인세의 전액을, 그 다음 3년(수도권 외 지역에 소재하는 광역시 및 대통령령으로 정하는 지역으로 이전하는 경우에는 2년) 이내에 끝나는 과세연도에는 법인세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다.
1. 공장을 이전한 경우에는 그 공장에서 발생하는 소득
2. 본사를 이전한 경우에는 과세연도별로 가목의 금액에 다목의 비율과 라목의 비율을 곱하여 산출한 금액에 상당하는 소득
3. 공장과 본사를 함께 이전한 경우에는 제1호 및 제2호의 소득을 합하여 산출한 금액에 상당하는 소득. 다만, 해당 과세연도의 소득금액을 한도로 한다. 제127조(중복지원의 배제) ④ 내국인이 동일한 과세연도에 제6조, 제7조, 제12조의2, 제31조 제4항·제5항, 제32조 제4항, 제33조의2, 제62조제4항, 제63조, 제63조의2 제2항, 제64조, 제66조부터 제68조까지, 제85조의6 제1항·제2항, 제104조의24 제1항, 제121조의8, 제121조의9 제2항, 제121조의17 제2항, 제121조의20 제2항, 제121조의21 제2항 및 제121조의22제2항에 따라 소득세 또는 법인세가 감면되는 경우와 제5조, 제8조의3, 제11조, 제13조의2, 제24조, 제25조, 제25조의2부터 제25조의6까지, 제26조, 제30조의4(제7조와 동시에 적용되는 경우는 제외한다), 제94조, 제104조의14, 제104조의15, 제104조의18 제2항, 제104조의22, 제104조의25, 제122조의4 제1항 및 제126조의7 제8항에 따라 소득세 또는 법인세가 공제되는 경우를 동시에 적용받을 수 있는 경우에는 그 중 하나만을 선택하여 적용받을 수 있다. 다만, 제6조 제7항에 따라 소득세 또는 법인세를 감면받는 경우에는 제29조의7을 동시에 적용하지 아니한다.
⑩ 제3항과 제4항을 적용할 때 제143조에 따라 세액감면을 적용받는 사업과 그 밖의 사업을 구분경리하는 경우로서 그 밖의 사업에 공제규정이 적용되는 경우에는 해당 세액감면과 공제는 중복지원에 해당하지 아니한다. 제143조(구분경리) ① 내국인은 이 법에 따라 세액감면을 적용받는 사업(감면비율이 2개 이상인 경우 각각의 사업을 말하며, 이하 이 조에서 “감면대상사업”이라 한다)과 그 밖의 사업을 겸영하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 구분하여 경리하여야 한다.
② 소비성서비스업과 그 밖의 사업을 함께 하는 내국인은 대통령령으로 정하는 바에 따라 자산·부채 및 손익을 각각의 사업별로 구분하여 경리하여야 한다.
③ 감면대상사업의 소득금액을 계산할 때 제1항 및 제2항에 따라 구분하여 경리한 사업 중 결손금이 발생한 경우에는 해당 결손금의 합계액에서 소득금액이 발생한 사업의 소득금액에 비례하여 안분계산한 금액을 공제한 금액으로 한다.
(2) 조세특례제한법 시행령 제136조(구분경리) ① 법 제143조의 규정에 의한 구분경리에 관하여는 법인세법 제113조의 규정을 준용한다.
② 법 제143조의 규정에 의한 감면사업의 사업별 소득금액은 소득세법 제19조의 규정을 준용하여 계산한다.
(3) 법인세법 제113조(구분경리) ① 비영리법인이 수익사업을 하는 경우에는 자산ㆍ부채 및 손익을 그 수익사업에 속하는 것과 수익사업이 아닌 그 밖의 사업에 속하는 것을 각각 다른 회계로 구분하여 기록하여야 한다.
② 자본시장과 금융투자업에 관한 법률의 적용을 받는 법인은 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 신탁재산에 귀속되는 소득과 그 밖의 소득을 각각 다른 회계로 구분하여 기록하여야 한다.
③ 다른 내국법인을 합병하는 법인은 다음 각 호의 구분에 따른 기간 동안 자산ㆍ부채 및 손익을 피합병법인으로부터 승계받은 사업에 속하는 것과 그 밖의 사업에 속하는 것을 각각 다른 회계로 구분하여 기록하여야 한다.
(4) 법인세법 시행령 제156조(구분경리) ① 법 제113조 제1항부터 제5항까지의 규정에 해당하는 법인은 구분하여야 할 사업 또는 재산별로 자산·부채 및 손익을 법인의 장부상 각각 독립된 계정과목에 의하여 기획재정부령으로 정하는 바에 따라 구분경리하여야 한다.
② 법 제113조 제3항 단서 및 같은 조 제4항 단서에 따른 중소기업의 판정은 합병 또는 분할합병 전의 현황에 따르고, 동일사업을 영위하는 법인(분할법인의 경우 승계된 사업분에 한정한다)의 판정은 실질적으로 동일한 사업을 영위하는 것으로서 기획재정부령으로 정하는 경우 외에는 한국표준산업분류에 따른 세분류에 따른다. 이 경우 합병법인 또는 피합병법인이나 분할법인(승계된 사업분에 한정한다) 또는 분할합병의 상대방법인이 2 이상의 세분류에 해당하는 사업을 영위하는 경우에는 사업용 고정자산가액 중 동일사업에 사용하는 사업용 고정자산가액의 비율이 각각 100분의 70을 초과하는 경우에만 동일사업을 영위하는 것으로 본다.
(5) 법인세법 시행규칙 제75조(구분경리의 범위) ① 영 제156조의 규정에 의한 구분경리를 할 때에는 구분하여야 할 사업 또는 재산별로 자산·부채 및 손익을 각각 독립된 계정과목에 의하여 구분기장하여야 한다. 다만, 각 사업 또는 재산별로 구분할 수 없는 공통되는 익금과 손금은 그러하지 아니하다.
② 법률에 의하여 법인세가 감면되는 사업과 기타의 사업을 겸영하는 법인은 제1항과 제76조 제6항 및 제7항의 규정을 준용하여 구분경리하여야 한다. 이 경우 제76조 제6항 제2호 및 제3호의 규정에 의한 업종의 구분은 한국표준산업분류에 의한 소분류에 의하되, 소분류에 해당업종이 없는 경우에는 중분류에 의한다. 제76조(비영리법인의 구분경리) ① 비영리법인이 법 제113조 제1항의 규정에 의하여 구분경리하는 경우 수익사업과 기타의 사업에 공통되는 자산과 부채는 이를 수익사업에 속하는 것으로 한다.
② 비영리법인이 구분경리를 하는 경우에는 수익사업의 자산의 합계액에서 부채(충당금을 포함한다)의 합계액을 공제한 금액을 수익사업의 자본금으로 한다.
③ 비영리법인이 기타의 사업에 속하는 자산을 수익사업에 지출 또는 전입한 경우 그 자산가액은 자본의 원입으로 경리한다. 이 경우 자산가액은 시가에 의한다.
④ 비영리법인이 수익사업에 속하는 자산을 기타의 사업에 지출한 경우 그 자산가액 중 수익사업의 소득금액(잉여금을 포함한다)을 초과하는 금액은 자본원입액의 반환으로 한다. 이 경우 조세특례제한법 제74조 제1항 제1호의 규정을 적용받는 법인이 수익사업회계에 속하는 자산을 비영리사업회계에 전입한 경우에는 이를 비영리사업에 지출한 것으로 한다.
⑤ 비영리법인의 경우 법 제112조의 규정에 의한 장부의 기장은 제1항 내지 제4항의 규정에 의한다.
⑥ 비영리법인이 법 제113조 제1항의 규정에 의하여 수익사업과 기타의 사업의 손익을 구분경리하는 경우 공통되는 익금과 손금은 다음 각호의 규정에 의하여 구분계산하여야 한다. 다만, 공통익금 또는 손금의 구분계산에 있어서 개별손금(공통손금외의 손금의 합계액을 말한다. 이하 이 조에서 같다)이 없는 경우나 기타의 사유로 다음 각호의 규정을 적용할 수 없거나 적용하는 것이 불합리한 경우에는 공통익금의 수입항목 또는 공통손금의 비용항목에 따라 국세청장이 정하는 작업시간·사용시간·사용면적 등의 기준에 의하여 안분계산한다.
1. 수익사업과 기타의 사업의 공통익금은 수익사업과 기타의 사업의 수입금액 또는 매출액에 비례하여 안분계산
2. 수익사업과 기타의 사업의 업종이 동일한 경우의 공통손금은 수익사업과 기타의 사업의 수입금액 또는 매출액에 비례하여 안분계산
3. 수익사업과 기타의 사업의 업종이 다른 경우의 공통손금은 수익사업과 기타의 사업의 개별 손금액에 비례하여 안분계산
⑦ 제6항의 규정에 의한 공통되는 익금은 과세표준이 되는 것에 한하며, 공통되는 손금은 익금에 대응하는 것에 한한다.