처분청에서 청구법인이 20xx사업연도부터 20xx사업연도까지 성실공익법인등에 해당하지 아니한다고 보아 증여세를 부과한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단됨
처분청에서 청구법인이 20xx사업연도부터 20xx사업연도까지 성실공익법인등에 해당하지 아니한다고 보아 증여세를 부과한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단됨
심판청구를 기각한다.
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
(1) 초과보유가산세에 관한 규정(상증법 제78조 제4항)은 일몰기한이 경과(1999.12.31. 혹은 2001.12.31.부터 10년이 되는 2008.12.31. 혹은 2010.12.31.)되었으므로 이 건에 적용될 수 없고, 1996.12.31. 이전에 취득한 쟁점주식에 대하여 2008.2.22. 이후 공익법인등에 주식을 출연하거나 공익법인등이 주식등을 취득하는 분부터 적용되도록 한 성실공익법인 요건을 적용하는 것은 소급과세금지원칙에 위배된다. (가) 초과보유가산세에 관한 규정의 일몰
1. 상증법이 1996.12.30. 법률 제5193호로 전부개정되면서 공익법인이 지주회사화되는 것을 방지하기 위하여 동일종목의 주식을 5% 초과하여 보유하는 경우 유예기간 내에 이를 처분하도록 의무화하면서 성실공익법인에 대하여는 이를 적용하지 않는 것으로 규정하였고(상증법 제49조 제1항 단서) 동 규정은 이후 유예기간을 구체화(5% 초과 20% 이하인 경우 1999.12.31.까지, 20% 초과인 경우 2001.12.31.까지)하였을 뿐 종전 내용은 그대로 유지되었다. 위 상증법 전부개정시 신설한 초과보유가산세 규정(상증법 제78조 제4항)에 의하면, 공익법인이 유예기간 종료일 현재 5%를 초과하여 보유한 주식에 대하여는 그 액면가액의 20%를 1회에 한하여 가산세를 부과하되 성실공익법인의 경우에는 성실공익법인의 자격에 미달하는 사업연도 종료일 현재 초과보유한 주식에 대하여 적용하는 것으로 규정되었고, 동 조항은 1999.12.28. 유예기간 종료일 현재 5%를 초과하여 보유하는 주식에 대하여 유예기간 이후 매 사업연도 마다 당해 사업연도 종료일 현재 시가의 5%에 상당하는 금액을 가산세로 징수하되 부과기간은 10년을 초과하지 못하도록 개정되었다.
2. 성실공익법인이 그 자격을 상실하여 일반공익법인이 되는 경우 초과보유가산세 부과대상이 되고, 그 대상은 일반공익법인으로 전환된 사업연도 종료일 현재의 5% 초과주식이며, 가산세 부과기간의 기산일은 처분청의 의견처럼 성실공익법인이 일반공익법인으로 전환된 때가 아니라, 일반공익법인과 마찬가지로 상증법 제49조 제1항 단 서의 유예기간 종료일(5% 초과 20% 미만인 경우 1999.12.31.까지)이며, 이 때로부터 10년이 되는 2008.12.31.까지 가산세를 부과할 수 있다. 즉, 유예기간 종료일 현재 일반공익법인인지, 아니면 성실공익법인이었다가 이후 일반공익법인이 되었는지와 상관없이 초과보유한 주식이 5% 초과 20% 미만인 경우 유예기간 종료일(1999.12.31.)로부터 10년이 되는 2008.12.31.까지 부과할 수 있는 것으로 해석하여야 한다.
3. 구체적으로 법률규정을 보면, 1999.12.28. 법률 제6048호로 일부개정된 상증법 제78조 제4항은 "① 세무서장등은 공익법인등이 제49조 제1항 각 호의 1에 규정된 기한경과 후 동항의 규정에 의한 주식등의 보유기준을 초과하여 보유하는 경우에는 ② 동항 각 호의 1에 규정된 기한의 종료일 현재(동항 단서의 규정을 적용받는 경우에는 그 기준에 미달하는 소득세 과세기간 또는 법인세 사업연도 종료일 현재) 그 보유기준을 초과하는 주식등에 대하여 매년말 현재 시가의 100분의 5에 상당하는 금액을 대통령령이 정하는 바에 따라 당해 공익법인등이 납부할 세액에 가산하여 부과한다.
③ 이 경우 가산세의 부과기간은 10년을 초과하지 못한다"고 규정하고 있는바,
① 에서 '세무서장등은 공익법인등이 제49조 제1항 각 호의 1에 규정된 기한경과 후'란 일반공익법인에 대한 가산세 부과가 시작되는 때를 의미하고, ②에서는 일반공익법인에 대한 가산세 납세의무 성립의 시기와 가산세 부과대상 금액의 범위, 세율 등을 규정하고 있는데, 성실공익법인이었던 법인이 기준에 미달하여 일반공익법인에 해당하는 경우 괄호 안의 규정에 의하여 초과보유가산세 부과대상이 되고, 여기서 성실공익법인이었다가 전환된 일반공익법인에 대하여는 유예기간을 별도로 정한 바가 없으므로 일반공익법인의 유예기간 종료일인 1999.12.31. 또는 2001.12.31.을 동일하게 적용하여야 하며, ③은 가산세 납세의무성립의 종기를 규정한 것으로, 가산세 성립의무는 유예기간 종료 후 매사업연도 종료일에 발생하며 그 기간은 10년을 초과하지 못한다는 의미이다. 즉, 유예기간(1999.12.31. 또는 2001.12.31.)이 종료된 후 이때부터 10년이 지나면 일반공익법인은 가산세 납부의무가 소멸되고, 유예기간 종료일에 성실공익법인이었던 법인에 대하여 불리하게 해석할 이유가 없으므로 성실공익법인이 일반공익법인으로 전환된 경우에도 일반공익법인과 마찬가지로 유예기간이 종료된 후 10년이 되는 2008.12.31. 또는 2010.12.31.를 경과하면 초과보유가산세를 부과할 수 없다. (나) 소급과세금지원칙 위반
1. 2008.2.22. 대통령령 제20621호로 개정된 상증법 시행령 제13조 제3항 제2호는 성실공익법인의 요건으로 출연자와 그 특수관계인이 이사 현원의 5분의 1을 초과하지 않도록 이사선임요건을 추가하였는데, 이와 관련된 부칙규정(제3조, 공익법인등의 주식 출연․취득에 관한 적용례)에서 '이 영 시행 후 최초로 공익법인등에 주식등을 출연하거나 공익법인등이 주식등을 취득하는 분부터 적용한다'는 경과규정을 두고 있다.
2. 또한, 2012.2.2. 대통령령 제23591호로 개정된 상증법 시행령 제12조의2 제1항 제3호 가목은 특수관계인의 범위에 '퇴직 후 5년이 지나지 아니한 그 임원이었던 자'를 규정하였는데, 이와 관련한 부칙규정(제2조, 일반적 적용례)은 ‘이 영은 이 영 시행 후 최초로 상속이 개시되거나 증여받은 것부터 적용한다’고 규정하고 있다.
3. 따라서, 성실공익법인과 관련하여 이사선임요건과 이를 위한 특수관계인의 범위에 관한 규정은 2008.2.22. 또는 2012.2.2. 각각 개정되었으므로, 개정 시행령 부칙에 따라 상속이 개시되거나 증여받은 것부터 적용되어야 하고 1996.12.31. 이전에 취득한 쟁점주식에 대하여 적용하는 것은 소급과세금지원칙에도 반하므로 이 건 처분은 취소되어야 한다. (다) 처분청은 청구법인이 2013～2014사업연도에 주무관청을 통하여 기획재정부로부터 성실공익법인으로 확인을 받지 못하였으므로 성실공익법인에 해당하지 아니한다는 의견이나, 앞서 설명한 바와 같이 이사선임요건은 2008.2.22. 상증법 시행령 제13조 제3항을 개정하면서 추가되었고, 부칙에 따라 2008.2.22. 이후 출연받은 주식에 대하여만 적용되므로 그 전에 출연받은 쟁점주식에 대하여 적용하는 것은 타당하지 아니하며, 성실공익법인 해당 여부는 상증법 시행령 제13조 제3항 각 호에 규정된 요건을 충족하였는지 여부에 따라 판단하는 것으로, 확인절차를 이행하였는지 여부에 따라 판단할 것은 아니다.
(2) 쟁점임원들이 2014.10.30. 퇴임하여 2014년말 기준으로 청구법인은 성실공익법인에 해당되므로 적어도 2014.12.31. 증여분 증여세는 취소되어야 한다. (가) 2008.2.22. 대통령령 제20621호로 개정되기 전의 상증법 시행령 제42조 제1항은 성실공익법인의 요건으로 '직접 공익목적사업에 사용한 운용소득의 비율' 등을 규정하고 있었고, 동조 제3항에서 성실공익법인의 판정은 과세기간 또는 사업연도의 종료일 현재를 기준으로 한다고 규정하고 있었으나, 2008.2.22. 대통령령 제20621호로 개정된 시행령 제13조 제3항에 이사선임요건 등을 성실공익법인의 요건으로 추가하면서 성실공익법인 판정시점에 대한 같은 법 시행령 제42조 제3항을 삭제하였다. (나) 법률이 일부 개정인 경우에는 전부개정과 달리 종전의 규정 모두를 폐지하는 것은 아니므로 개정되지 아니하거나 무력화하는 규정을 두지 않는 한 종전의 규정은 모두 소멸하지 않고 효력을 지니는 것이므로 이 건의 경우 청구법인이 1996.12.31. 이전에 취득한 쟁점주식에 관하여 삭제된 구 상증법 시행령(2008.2.22. 대통령령 제20621호로 개정되기 전의 것) 제42조 제3항에 따라 사업연도 종료일 기준으로 성실공익법인 해당여부를 판정함이 타당하다. (다) 청구법인의 경우 2014.10.30. 특수관계자인 쟁점임원들이 퇴임하여 해당 사업연도 종료일 기준으로 특수관계인 임원이 전체 임원의 1/6이 되어 성실공익법인의 요건을 모두 갖추었으므로 적어도 2014.12.31. 증여분 증여세(초과보유가산세)는 취소되어야 한다.
(1) 초과보유가산세 규정(상증법 제78조 제4항)을 일몰규정이라고 해석하는 것은 타당하지 아니하고, 이 건 처분은 관련 법령 개정 이후 발생한 과세요건 사실에 대하여 개정된 법령을 적용한 것이므로 소급과세원칙에 위배되지 아니한다. (가) 초과보유가산세 규정이 일몰규정인지 여부
1. 초과보유가산세에 관한 규정(상증법 제78조 제4항)은 당초 위반 사업연도에 1회에 한하여 주식 액면가액의 20% 상당의 가산세를 부과하던 것을 1999.12.28. 공익법인을 통한 계열회사 지배를 억제하도록 하기 위하여 매년말 현재 주식 시가의 5% 상당액의 가산세를 부과하되 10년까지 부과하는 것으로 개정되었다(1999년 기획재정부 간추린 개정세법 참조).
2. 이러한 개정 취지를 고려할 때, 상증법 제78조 제4항의 초과보유가산세는 위반이 계속될 경우 5%의 가산세를 10회(10년)까지 누적하여 부과하고자 한 것이며, 국세청은 보유한도를 초과하여 동일한 내국법인의 주식을 보유한 경우, 처분유예기간 종료일부터 10년간 매년 1회, 총 10회의 가산세를 부과할 수 있는 것으로 해석하여 집행하고 있다(기준-2016-법령해석기본-0829, 2016.12.26.).
3. 청구주장과 같이 상증법 제49조 제1항 각 호가 정한 유예기간 종료일인 1999.12.31. 또는 2001.12.31.로부터 10년이 되는 날까지만 상증법 제78조 제4항에 따른 가산세 부과가 가능하다면, 2001.12.31.로부터 10년 이상이 경과하였음이 명백한 심리일 현재까지 동 조항이 존치될 이유가 없으며, 동 규정은 별도로 일몰시한이 명시되어 있지도 아니하다. 같은 법 제78조 제4항이 1999.12.28. 법률 제6048호로 개정될 당시의 개정이유인 공익법인을 통한 계열회사 지배 억제의 필요성은 지금도 변함이 없을 뿐만 아니라 그 중요성이 더욱 강조되고 있는바, 동 규정의 효력을 제한하거나 상실시키는 해석은 타당하지 아니하다. (나) 소급과세금지원칙 위반 여부
1. 2008.2.22. 대통령령 제20621호로 개정된 상증법 시행령 제13조 제3항에서 ‘성실공익법인 요건으로 이사선임요건이 추가’되었고, 2012.2.2. 대통령령 제23591호로 개정된 상증법 시행령 제12조의2 제1항 제3호 가목에서 ‘계열회사에서 퇴직한 후 5년이 지나지 아니한 자가 특수관계인인 것으로 포함’되었으며, 이후 청구법인은 2012.2.22. 출연자의 특수관계인인 OOO를 이사장으로 선임하고, 2012.7.4. OOO계열회사 퇴직 후 5년 이내인 쟁점임원들을 이사로 선임하면서 성실공익법인 요건을 충족하지 아니하였는바, 이처럼 조세법령이 개정된 후 발생한 과세요건에 대하여 개정된 법령을 적용한 것이므로 소급과세금지원칙에 위반되지 아니한다.
2. 청구법인은 성실공익법인 요건에 관한 상증법 시행령 규정(제13조 제3항)이 2008.2.22. 개정될 때, “이 영은 시행 후 최초로 공익법인등에 주식등을 출연하거나 공익법인등이 주식등을 취득하는 분부터 적용한다”는 부칙을 두고 있으므로 1996.12.31. 이전에 취득한 쟁점주식에 대해서는 적용될 수 없다고 주장하나, 동 부칙은 상속 또는 증여 사실을 과세요건으로 하는 처분 등을 대상으로 하는 적용례이므로 상속 또는 증여 사실이 아니라 주식보유사실을 과세요건으로 하는 초과보유가산세 부과처분에까지 적용된다고 할 수 없다.
3. 초과보유가산세는 1996.12.30. 법률 제5193호로 개정된 상증법 제78조 제4항에서 최초로 규정되었는데, 당시 부칙 제2조에 “이 법은 이 법 시행 후 최초로 상속이 개시되거나 증여하는 것부터 적용한다”는 일반적 적용례를 두고 있었는바, 이러한 일반례에 관한 부칙을 청구법인의 주장처럼 무차별적으로 적용한다면, 공익법인이 1996.12.31. 이전에 취득하여 보유하고 있는 주식을 대상으로 초과보유가산세를 부과하는 상증법 제78조 제4항을 동 법 시행일인 1997.1.1. 이후에 상속 또는 증여받은 주식에 한하여만 적용해야 하는 불합리한 모순을 초래한다.
4. 2008.2.22. 개정된 상증법 시행령 제42조 제1항은 상증법 제49조 제1항 단서 전단의 위임에 따라 주식보유기준을 적용받지 않는 공익법인등의 요건에 관하여, ... 성실공익법인등을 말한다.라고만 규정하였는데, 동 시행령상 ‘성실공익법인등’을 정의하고 있는 규정은 제13조 제5항이고, 위 제13조 제5항은 성실공익법인등의 요건으로서 제13조 제3항의 요건을 모두 갖출 것을 요구하고 있다. 그러므로 2008.2.22. 개정된 상증법 시행령 제13조 제3항 제2호가 정한 이사선임요건 또한 2008.2.22. 개정된 상증법 시행령 제42조 제1항에 따라 상증법 제49조 제1항 단서 전단에 적용된다. 만약, 2008.2.22. 개정된 상증법 시행령 부칙 제3조 규정으로 인하여 공익법인이 2008.2.22. 이전에 취득하여 보유하고 있는 주식에 대하여는 2008.2.22. 개정된 시행령 제13조가 정한 성실공익법인 요건을 적용할 수 없다고 한다면, 2008.2.22. 개정된 상증법 시행령 제42조 제1항이 형해화되어 상증법 제49조 제1항 단서 전단에 적용할 기준이 존재하지 아니하는 법적 공백이 발생한다.
5. 따라서, 1996.12.31. 이전에 초과취득한 주식 등을 유예기간 내에 처분하지 아니한 경우 부과되는 초과보유가산세 규정은 상증법 시행령 부칙의 적용대상이라고 보기 어려우므로 소급금지과세원칙을 위반하였다는 청구주장은 타당하지 아니하다. (다) 2013.2.15. 대통령령 제24358호로 개정된 상증법 시행령 제13조 제5항에 의하면, “법 제16조 제2항 각 호 외의 부분 본문에 따른 성실공익법인 등은 해당 요건을 모두 충족하였는지 여부를 주무관청을 통하여 기획재정부장관에게 확인받아야 하고, 이후 5년마다 재확인받아야 한다”고 규정하고 있는바, 2013년부터 성실공익법인 등은 해당 요건을 모두 충족하였는지 여부를 주무관청을 통하여 기획재정부장관으로부터 확인을 받아야 비로소 성실공익법인으로 인정됨에도 청구법인은 이사선임요건을 충족하지 못하였을 뿐 아니라 기획재정부장관의 확인도 받지 아니하였으므로 이런 측면에서도 2013～2014년 초과보유가산세를 부과한 처분은 타당하다.
(2) 성실공익법인 요건은 과세기간 전체에 걸쳐 유지되어야 함에도 청구법인은 2014년 10월까지 이사선임요건을 충족하지 못하였으므로 2014년에 성실공익법인에 해당하지 아니한다. (가) 2014사업연도에는 성실공익판단시점에 대한 명시적인 규정이 존재하지 아니하므로 관련 규정의 합리적인 해석을 통해 판단하여야 하는바, 공익법인을 통한 계열회사 지배를 억제하고자 하는 입법 목적과 이사선임요건을 사업연도 중 특정시점에만 충족하면 족하다고 보는 경우에는 특수관계인이 사업연도 중에 무제한적으로 공익법인 이사에 취임하여 의결에 참여한 후 사임하여 사업연도 말에만 성실공익법인 요건에 부합하는 외관을 형성하는 탈법을 방지할 방법이 없으므로 이사선임요건은 사업연도 전체에 대하여 갖추어야 하는 것으로 해석하는 것이 타당하다. (나) 2015.2.3. 대통령령 제26069호로 개정된 구 상증법 시행령 제13조 제6항이 "제5항에 따른 성실공익법인등이 해당 요건을 모두 충족하였는지의 여부는 대상 사업연도 전체를 기준으로 판단한다"라고 명시적으로 규정함으로써 이러한 해석의 타당성이 확인되었다.
① 청구법인이 성실공익법인 요건을 충족하지 못한 것으로 보아 초과보유가산세를 과세한 처분의 당부
② 2014사업연도 종료일 현재 성실공익법인 요건을 충족하나 사업연도 중에 이사선임 요건을 충족하지 못한 것을 이유로 2014년 증여세를 과세한 처분은 부당하다는 청구주장의 당부
(1) 처분청과 청구법인이 제출한 심리자료에 의하면, 아래와 같은 사실이 나타난다. (가) 청구법인은 지분보유한도 규제가 없던 1990.12.31. 이전에 출연받은 쟁점주식 등을 보유하고 있다. (나) 청구법인은 2011년까지는 성실공익법인등에 해당되었으나, 2012.2.8. 출연자 OOO의 장녀인 OOO가 이사장으로 취임OOO하고, OOO그룹의 소속기업에서 임원으로 근무하다 퇴직한 후 5년이 지나지 아니한 쟁점임원들이 2012.7.4. 이사로 취임하면서 성실공익법인 요건을 충족하지 아니하였고, 이후 쟁점임원들은 2014년 10월 사임하였다. (다) 출연자인 OOO와 쟁점임원들은 상증법 시행령 제12조의2 제1항 제3호 가목에 따른 특수관계인에 해당하여 이사 현원 6명 중 출연자의 특수관계인이 3명(OOO, 쟁점임원들)으로 상증법 시행령 제13조 제3항 제2호에서 규정하는 성실공익법인 요건(출연자와 특수관계인이 이사 현원의 5분의 1을 초과할 수 없음)을 위반하였다. (라) 성실공익법인이 일반공익법인에 비해 추가적인 세제혜택을 받으므로 이에 상응하는 공익성과 투명성이 필요하여 자격요건을 강화함과 동시에 요건 충족여부를 확인받도록 2013년 상증법(2013.1.1. 법률 제11609호로 개정된 것) 제16조 제2항, 같은 법 시행령(2013.2.15. 대통령령 제24358호로 개정된 것) 제13조 제3항 및 동조 제5항에 따라 아래 <표2>와 같이 성실공익법인으로 확인받는 제도가 도입되었는바, 청구법인은 2014사업연도를 대상으로 확인신청하였다가 취하하고, 2014년 10월 쟁점임원들이 사임하고 난 후 2015사업연도를 대상으로 확인신청을 하여 기획재정부장관으로부터 ‘성실공익법인’으로 확인받았다. <표2> 성실공익법인 확인제도 주무관청을 통해 기획재정부장관의 확인을 받는 제도로, 2013.2.15.이 속하는 연도에 최초로 개시하는 사업연도분부터 적용하되 2013.2.15. 당시 종전 규정에 따른 성실공익법인에 해당하는 경우에는 2013.2.15.이 속하는 연도에 최초로 개시한 사업연도가 종료될 때까지 성실공익법인으로 봄(5년마다 재확인 필요). (마) OOO국세청장은 이 건 초과보유가산세 과세여부에 대해 2017.7.4. 국세청에 과세기준자문을 신청하였고, 국세청은 2017.10.20. “종전 성실공익법인이 상증법 시행령(2008.2.22. 대통령령 제20621호로 개정된 것) 제13조 제3항 제2호의 성실공익법인등 요건이 신설됨에 따라 성실공익법인에 해당되지 않게 된 경우 2010.1.1. 법률 제9916호로 개정된 상증법 제78조 제4항에 따라 제49조 제1항의 보유기준을 초과하는 주식 등에 대하여 성실공익법인등에 해당하지 않는 연도의 매년 말 현재 시가의 100분의 5에 상당하는 가산세로 부과한다”고 회신하였다.
(2) 공익법인의 주식 초과보유시 가산세 부과와 성실공익법인 요건과 관련된 상증법 규정의 개정연혁은 다음과 같다. (가) 1996.12.30. 법률 제5193호로 개정된 상증법 제49조(공익법인등의 주식등의 보유기준)는 공익법인등이 1996.12.31. 발행주식총수 등의 5%를 초과하는 동일한 내국법인의 주식등을 보유하고 있는 경우, 5% 초과 20% 이하인 경우에는 1997.1.1.부터 3년 이내, 20% 초과인 경우에는 1997.1.1.부터 5년 이내에 초과하여 보유하지 않도록 개정하면서 같은 법 제78조 제4항은 상기 기한이 경과한 후에도 주식등의 보유기준을 초과하여 보유하는 경우에는 상기 기한의 종료일 현재 그 보유기준을 초과하는 주식등의 액면가액의 100분의 20에 상당하는 금액을 가산세로 부과하는 규정이 신설되었고, 동 조항은 1999.12.28. 유예기한이 경과한 후에도 주식등의 보유기준을 초과하여 보유하는 경우에는 상기 기한의 종료일 현재(동항 단서의 규정을 적용받는 경우에는 그 기준에 미달하는 소득세 과세기간 또는 법인세 사업연도 종료일 현재) 그 보유기준을 초과하는 주식등에 대하여 매년말 현재 시가의 100분의 5에 상당하는 금액을 대통령령이 정하는 바에 따라 당해 공익법인등이 납부할 세액에 가산하여 부과하되, 이 경우 가산세의 부과기간은 10년을 초과하지 못한다고 개정되었다. (나) 1996.12.31. 대통령령 제15193호로 개정된 상증법 시행령 제42조는 성실공익법인을 ‘운용소득중 수익사업등에 발생한 소득금액등의 80%’와 ‘출연재산가액의 5%’ 중 큰 금액이상을 직접공익목적사업에 사용한 공익법인등으로 규정하였고, 이후 일부 요건이 개정되다가 2008.2.22. 대통령령 제20621호로 개정된 상증법 시행령 제42조 제1항 은 성실공익법인 요건을 ‘같은 법 시행령 제13조 제5항’의 요건(1. 외부감사를 이행한 공익법인등, 2. 전용계좌를 개설하여 사용하고 있는 공익법인등, 3. 결산서류등의 공시를 이행한 공익법인등, 4. 운용소득의 90% 이상을 직접공익목적사업에 사용한 공익법인등, 5. 출연자 또는 그와 특수관계에 있는 자가 공익법인등의 이사 현원의 5분의 1을 초과하지 아니하는 공익법인등)을 따르도록 개정되었다. (3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 (가) 먼저 쟁점①에 대하여 살피건대, 청구법인은 상증법 제78조 제4항의 초과보유가산세에 관한 규정은 일몰기한이 경과(2008.12.31. 또는 2010.12.31.)되었으므로 이 건에 적용될 수 없고 1996.12.31. 이전에 취득한 쟁점주식에 대하여 2008.2.22. 이후 공익법인등에 주식을 출연하거나 공익법인등이 주식등을 취득하는 분부터 적용되도록 한 성실공익법인 요건을 적용하는 것은 소급과세금지원칙에 위배된다고 주장하나, 청구법인은 1996.12.31. 이전에 출연받은 쟁점주식을 보유하고 있다가 2012.2.8.부터 2012.7.4.까지 출연자 OOO의 특수관계인인 OOO와 쟁점임원들이 이사로 취임하면서 이 때부터 2008.2.22. 대통령령 제20621호로 개정된 상증법 시행령 제13조 제3항 제2호의 성실공익법인의 요건(출연자와 그 특수관계인이 이사 현원의 5분의 1을 초과할 수 없음)을 충족하지 아니하였고, 이후 2014년 10월 쟁점임원들이 사임하여 2015사업연도부터 성실공익법인의 요건을 충족한 것으로 나타나며, 2011.12.31. 법률 제11130호로 일부개정된 상증법 제78조 제4항 은 유예기간 종료일 현재 성실공익법인이었다가 그 기준에 미달하게 된 경우 기준에 미달하는 법인세 사업연도 종료일 현재 그 보유기준을 초과하는 주식등에 대하여 매년 말 현재 시가의 100분의 5에 상당하는 금액을 가산세로 부과하되, 다만 그 부과기간은 10년을 초과하지 못하는 것으로 해석하는 것이 문언해석상 타당하고, 청구법인은 2012년부터 성실공익법인의 요건에 미달하게 되었으므로 이 때부터 매년 말 현재 시가의 100분의 5에 상당하는 초과보유가산세를 3년간(2012∼2014사업연도) 부과한 이 건 처분을 부당한 처분으로 보기 어렵다. 또한, 소급과세금지의 원칙은 조세법령의 제정 또는 개정이나 과세관청의 법령에 대한 해석 또는 처리지침 등의 변경이 있는 경우 그 효력 발생 전에 종결한 과세요건사실에 대하여 당해 법령 등을 적용할 수 없다는 것이지, 그 이전부터 계속되어 오던 사실이나 그 이후에 발생한 과세요건사실에 대하여 새로운 법령 등을 적용하는 것을 제한하는 것은 아니라 할 것인바(대법원 1998.12.23. 선고 97누6476 판결), 2008.2.22. 대통령령 제20621호로 개정된 상증법 시행령 제13조 제3항에서 성실공익법인 요건으로 이사선임요건이 추가되고, 2012.2.2. 대통령령 제23591호로 개정된 상증법 시행령 제12조의2 제1항 제3호 가목에서 ‘계열회사에서 퇴직 후 5년이 지나지 아니한 자가 특수관계인으로 포함’된다는 규정이 시행된 후 청구법인은 쟁점임원들을 이사로 선임하여 위 개정된 성실공익법인 요건을 충족하지 못한 것이므로 소급과세금지원칙에 위반되었다고 보기 어렵고, 2007.12.31. 상증법 제16조 제2항과 같은 법 제48조 제1항을 개정하면서 부칙 제3조에 “제16조 제2항 각 호 외의 부분 본문과 제48조 제1항 각 호 외의 부분 단서(생략)의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 공익법인등에 주식등을 출연하거나 공익법인등이 주식등을 취득하는 분부터 적용한다”고 규정하고 있고, 동 법이 개정됨에 따라 함께 2008.2.22. 상증법 시행령 제13조 제3항 및 제5항을 개정하면서 부칙 제3조에 “제13조 제3항·제5항(생략) 제42조의 개정규정은 이 영 시행 후 최초로 공익법익등에 주식등을 출연하거나 공익법인등이 주식등을 취득하는 분부터 적용한다”고 규정하고 있는데, 동 법률과 시행령의 부칙은 ‘공익법인등의 주식등의 출연·취득에 관한 적용례’로, 상증법 부칙 제3조에 열거된 상증법 제16조 제2항 및 제48조 제1항(주식을 출연 또는 취득시 상속세 또는 증여세 과세 규정) 등에 적용하기 위한 경과규정인 것으로 보이며, 매각유예기한까지 보유기준을 초과한 주식을 매각하지 아니할 경우 적용되는 초과보유가산세 규정(상증법 제49 조 및 제78조 제4항)은 동 상증법 부칙이 적용되는 조항으로 열거되어 있지 아니하므로 이를 이유로 초과보유가산세를 부과하면서 강화된 성실공익법인의 요건을 배제하는 것으로 해석하기는 어려워 보인다. 따라서, 처분청에서 청구법인이 2012사업연도부터 2014사업연도까지 성실공익법인등에 해당하지 아니한다고 보아 증여세(주식초과보유가산세)를 부과한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다. (나) 다음으로 쟁점②에 대하여 살피건대, 청구법인은 2014사업연도 중에 이사선임요건을 위반하였으나 사업연도 종료일 현재 성실공익법인요건을 충족하였으므로 이 건 증여세 과세처분은 부당하다고 주장하나, 상증법 시행령(2008.2.22. 대통령령 제20621호로 개정된 것) 제42조 제1항에서 성실공익법인 요건을 ‘같은 법 시행령 제13조 제5항’의 요건(1. 외부감사를 이행한 공익법인등, 2. 전용계좌를 개설하여 사용하고 있는 공익법인등, 3. 결산서류등의 공시를 이행한 공익법인등, 4. 운용소득의 90% 이상을 직접공익목적사업에 사용한 공익법인등, 5. 출연자 또는 그와 특수관계에 있는 자가 공익법인등의 이사 현원의 5분의 1을 초과하지 아니하는 공익법인등)을 따르도록 개정하면서 판단시점을 따로 규정하지 않은 것은 성실공익법인의 공익성과 투명성을 확보하기 위하여 그 요건을 강화하면서 그 판단시점 역시 특정시점에 한정하여 판단할 것이 아니라 사업연도 전체를 기준으로 판단하여야 한다는 취지로 보이고, 2015.2.3. 개정된 상증법 시행령에서 성실공익법인 요건의 판단시점을 비로소 대상 사업연도 전체를 기준으로 하는 규정이 신설되었다고 하더라도 이는 확인적 규정에 불과한 것으로 보이며, 사업연도 중 이사선임 요건을 충족하지 못하였다가 사업연도 종료일 현재만 충족하는 경우에도 성실공익법인에 해당하는 것으로 판단하는 경우 비영리재단을 통한 계열회사를 지배하는 것을 방지하기 위하여 이사선임요건을 두고 있는 입법취지에 부합하지 아니 하는 점 등에 비추어 청구주장을 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.
결정내용은 붙임과 같습니다.