대주주가 양도하는 중소기업 비상장주식에 대하여 10%의 양도소득세율을 적용하여야 한다는 청구주장의 당부

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구인은 2016.12.20. 및 2016.12.23. 보유하고 있던 비상장 중소기업인 주식회사 OOO환경(이하 “장산환경”이라 한다) 발행주식 25,000주(지분율 100%)와 OOO환경산업 주식회사(이하 “OOO환경산업”이라 하고 OOO환경과 합하여 “쟁점법인”이라 한다) 발행주식 60,000주(지분율 100%, OOO환경 발행주식 25,000주와 합하여 “쟁점주식”이라 한다)를 OOO유지 등에게 양도한 후, 2017.3.2. 양도소득세 신고시 쟁점주식 양도가액을 OOO원으로 하고 20%의 세율을 적용하여 양도소득세 OOO원을 신고‧납부하였다.
• 나. 처분청은 청구인에 대하여 2018.1.24.～2018.4.5. 기간 동안 양도소득세 세목별 조사를 실시한 결과, 청구인이 허위 양수도계약서를 작성하는 등의 방법으로 쟁점주식 양도소득금액 OOO원(이하 “쟁점금액”이라 한다)을 누락한 사실을 확인하고 과소신고한 쟁점금액에 대하여 20%의 세율을 적용하여 2018.6.5. 청구인에게 2016년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정‧고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2018.8.20. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 쟁점법인은중소기업법상 중소기업에 해당하고자본시장과 금융투자업에 관한 법률에 따른 주권상장법인에 해당하지 않으며 소득세법(2015.12.15. 법률 제13558호로 일부개정되기 전의 것, 이하 “구 소득세법”이라 한다) 제104조 제1항 제11호 나목(이하 “쟁점규정”이라 한다)상 대주주의 정의는 구 소득세법상 대주주에 대하여 정의하고 있는 제94조 제1항 제3호 가목과 동일한 의미라 할 것인데 동 규정은 주권상장법인의 주주를 전제로 하고 있으므로 같은 장에 규정된 쟁점규정상의 대주주도 비상장법인의 주주는 포함되지 않는다고 해석하는 것이 구 소득세법 규정의 문언 및 입법체계 등에 비추어 타당하다. 위 해석은 소득세법령의 개정 경위 및 취지를 밝히고 있는 각종 자료(제19대 국회 세법개정안 주요내용과 쟁점,2016년 세법 개정안 분석)에서도 확인되고,소득세법(2009.12.31. 법률 제9897호로 개정되고, 2010.12.27. 법률 제10408호로 개정되기 전의 것) 제94조 제1항 제3호 가목에서 규정하는 ‘대통령령으로 정하는 대주주’에 관한 헌법재판소 결정에서도 그 의의, 입법취지 및 연혁 등이 설시되어 있는바(헌법재판소 2015.7.30. 선고 2013헌바460 전원재판부 결정), 이에 비추어 보아도 쟁점규정상 대주주는 주권상장법인의 대주주로 제한하여 해석하는 것이 타당하다.
• 나. 처분청 의견 구 소득세법 제94조 제1항 제3호 나목은 양도소득의 범위에 대하여 ‘주권상장법인이 아닌 법인의 주식 등’으로 규정하고 있는바, 비상장주식의 경우에는 대주주와 대주주가 아닌 소액주주를 구분하지 아니하고 모두 양도소득의 범위에 포함하고 있다. 구 소득세법 제94조 제1항 제3호 가목의 위임에 따라 같은 법 시행령 제157조 제4항은 ‘법인의 주식 등을 소유하고 있는 주주 및 주식 등의 양도일이 속하는 사업연도의 직전 사업연도 종료일 현재 소유한 주식 등의 합계액이 해당 법인의 주식 등의 합계액에서 차지하는 비율이 100분의 1 이상인 경우 해당 주주 1인 및 기타주주’(제1호) 내지 ‘주식 등의 양도일이 속하는 사업연도의 직전사업연도 종료일 현재 주주 및 기타주주가 소유하고 있는 해당 법인의 주식 등의 시가총액이 25억원 이상인 경우의 해당 주주 및 기타주주’(제2호)를 ‘대주주’로 규정하고 있어 주권상장법인과 주권비상장법인을 구분하지 아니하고 ‘대주주’의 범위를 정하고 있다. 쟁점규정이 개정(2015.12.15. 법률 제13558호로 일부개정)되면서 중소기업의 주식등에 대하여 10%의 세율이 적용되는 대상이 대주주가 아닌 자가 양도하는 경우로 한정됨에 따라 중소기업 대주주의 양도소득세율이 10%에서 20%로 상향되었다. 이와 관련한 국회의 개정이유를 살펴보아도 이전에는 중소기업 주식의 양도소득에 대하여는 대주주인지 여부와 무관하게 양도소득세의 세율이 적용되고 있었으나 중소기업의 대주주인 경우에는 중소기업과는 별개로 주식양도소득 과세에 있어서도 우대하여야 할 필요성이 낮은 점을 고려하여 일부 중소기업의 대주주에게 주식양도세율을 10%에서 20%로 조정하게 된 것으로 확인된다. 따라서 쟁점규정상 대주주를 “주권발행법인의 대주주”로 한정하여 해석하여야 한다는 청구주장은 입법취지 등을 오해한 것인바, 쟁점금액에 대하여 20%의 양도소득세율을 적용한 이 건 처분은 정당하다.

• 가. 쟁 점 대주주가 양도하는 중소기업 비상장주식에 대하여 10%의 양도소득세율을 적용하여야 한다는 청구주장의 당부
• 나. 관련 법령: <별지> 기재
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 이 건 심리자료에 따르면 청구인은 쟁점주식을 양도한 후, 양도소득세 신고시 쟁점주식 양도에 대하여 20%의 세율을 적용하여 양도소득세를 신고‧납부하였으나, 처분청은 양도소득세 세목별 조사를 실시하여 청구인이 쟁점주식 양도소득금액을 누락한 사실을 확인하고 과소신고한 동 금액에 대하여 20%의 세율을 적용하여 이 건 양도소득세를 부과하였다. (2)소득세법제94조 제1항 제3호 가목과 같은 법 제104조 제1항 제11호의 개정내용을 정리하면 다음 <표1>과 같다. <표1> (3) 소득세법 시행령제157조 제4항 및 제167조의8의 개정내용을 정리하면 다음 <표2>와 같다. <표2>

(4) 2015.12.15.소득세법개정 당시 국회 기획재정위원회 조세위원회 보고서에는소득세법제104조 제1항 제11호 나목의 개정 취지를 다음과 같이 기술하고 있다. ㅇ 중소기업 주식양도세율 조정

• 중소기업 주식의 양도소득에 대해서는 대주주인지 여부와 무관하게 양도소득세의 세율이 적용되고 있으나, 중소기업의 대주주의 경우에는 중소기업과는 별개로 주식양도소득 과세에 있어서도 우대하여야 할 필요성은 낮은 점을 고려하여 일부 중소기업의 대주주에게 적용되는 주식양도세율을 10퍼센트에서 20퍼센트로 조정함

(5) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구인은 쟁점규정에서 “대주주”는 “주권상장법인 중 중소기업의 대주주”를 의미하는 것으로 보아야 하므로 비상장법인 및 중소기업의 발행주식인 쟁점주식에 대하여 10%의 양도소득세 세율이 적용되어야 한다고 주장하나, 쟁점규정의 “대주주”는 구 소득세법 제94조 제1항 제3호 가목에서 그 범위를 대통령령에 위임하고 있는 “대주주”와 동일한 것으로 보아야 할 것이고, 구 소득세법 제94조 제1항 제3호 가목은 양도소득의 범위에 대하여 규정하면서 “주권상장법인의 주식등으로서 소유주식의 비율·시가총액 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 대주주가 양도하는 것”이라고 규정하고 있으므로 문언해석상 동 규정의 “대주주”는 상장법인 및 비상장법인의 대주주를 모두 포함하는 것으로 봄이 타당하다 할 것이다. 따라서 처분청이 비상장 중소기업의 대주주가 양도한 쟁점주식을 20%의 양도소득세율 적용대상으로 보아 청구인에게 양도소득세를 부과한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 ｢국세기본법｣ 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다. <별지> 관련 법령

(1) 소득세법(2015.12.15. 법률 제13558호로 일부개정되기 전의 것) 제94조【양도소득의 범위】① 양도소득은 해당 과세기간에 발생한 다음 각 호의 소득으로 한다.

3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주식 또는 출자지분(신주인수권과 대통령령으로 정하는 증권예탁증권을 포함한다. 이하 이 장에서 "주식등"이라 한다)의 양도로 발생하는 소득 가.자본시장과 금융투자업에 관한 법률에 따른 주권상장법인(이하 "주권상장법인"이라 한다)의 주식등으로서 소유주식의 비율·시가총액 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 대주주(이하 이 장에서 "대주주"라 한다)가 양도하는 것과 같은 법에 따른 증권시장(이하 "증권시장"이라 한다)에서의 거래에 의하지 아니하고 양도하는 것

• 나. 주권상장법인이 아닌 법인의 주식등 제104조【양도소득세의 세율】① 거주자의 양도소득세는 해당 과세기간의 양도소득과세표준에 다음 각 호의 세율을 적용하여 계산한 금액(이하 "양도소득 산출세액"이라 한다)을 그 세액으로 한다. 이 경우 하나의 자산이 다음 각 호에 따른 세율 중 둘 이상에 해당할 때에는 해당 세율을 적용하여 계산한 양도소득 산출세액 중 큰 것을 그 세액으로 하고, 제12호에 따른 세율은 자본시장 육성 등을 위하여 필요한 경우 그 세율의 100분의 50의 범위에서 대통령령으로 인하할 수 있다.

11. 제94조 제1항 제3호에 따른 자산

• 가. 대통령령으로 정하는 중소기업(이하 이 장에서 "중소기업"이라 한다) 외의 법인의 주식등으로서 대주주가 1년 미만 보유한 주식등 양도소득 과세표준의 100분의 30
• 나. 중소기업의 주식등 양도소득 과세표준의 100분의 10
• 다. 그 밖의 주식등 양도소득 과세표준의 100분의 20

(2) 소득세법(2015.12.15. 법률 제13558호로 일부개정된 것) 제104조【양도소득세의 세율】① 거주자의 양도소득세는 해당 과세기간의 양도소득과세표준에 다음 각 호의 세율을 적용하여 계산한 금액(이하 "양도소득 산출세액"이라 한다)을 그 세액으로 한다. 이 경우 하나의 자산이 다음 각 호에 따른 세율 중 둘 이상에 해당할 때에는 해당 세율을 적용하여 계산한 양도소득 산출세액 중 큰 것을 그 세액으로 하고, 제12호에 따른 세율은 자본시장 육성 등을 위하여 필요한 경우 그 세율의 100분의 75의 범위에서 대통령령으로 정하는 바에 따라 인하할 수 있다.

11. 제94조 제1항 제3호에 따른 자산

• 가. 대통령령으로 정하는 중소기업(이하 이 장에서 "중소기업"이라 한다) 외의 법인의 주식등으로서 대주주가 1년 미만 보유한 주식등 양도소득 과세표준의 100분의 30
• 나. 중소기업의 주식등(대주주가 아닌 자가 양도하는 경우로 한정한다) 양도소득 과세표준의 100분의 10
• 다. 그 밖의 주식등 양도소득 과세표준의 100분의 20

(3) 소득세법(2016.12.20. 법률 제14389호로 일부개정된 것) 제94조【양도소득의 범위】① 양도소득은 해당 과세기간에 발생한 다음 각 호의 소득으로 한다.

3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주식등의 양도로 발생하는 소득

• 가. 주권상장법인의 주식등으로서 다음의 어느 하나에 해당하는 주식등 1) 소유주식의 비율·시가총액 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 주권상장법인의 대주주가 양도하는 주식등

2. 1)에 따른 대주주에 해당하지 아니하는 자가자본시장과 금융투자업에 관한 법률에 따른 증권시장(이하 “증권시장”이라 한다)에서의 거래에 의하지 아니하고 양도하는 주식등

• 나. 주권비상장법인의 주식등 제104조【양도소득세의 세율】① 거주자의 양도소득세는 해당 과세기간의 양도소득과세표준에 다음 각 호의 세율을 적용하여 계산한 금액(이하 "양도소득 산출세액"이라 한다)을 그 세액으로 한다. 이 경우 하나의 자산이 다음 각 호에 따른 세율 중 둘 이상에 해당할 때에는 해당 세율을 적용하여 계산한 양도소득 산출세액 중 큰 것을 그 세액으로 한다.

11. 제94조 제1항 제3호에 따른 자산

• 가. 소유주식의 비율·시가총액 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 대주주(이하 이 장에서 "대주주"라 한다)가 아닌 자가 양도하는 주식등으로서 대통령령으로 정하는 중소기업(이하 이 장에서 “중소기업”이라 한다)의 주식등: 양도소득 과세표준의 100분의 10
• 나. 대주주가 1년 미만 보유한 주식등으로서 중소기업 외의 법인의 주식등: 양도소득 과세표준의 100분의 30
• 다. 그 밖의 주식등: 양도소득 과세표준의 100분의 20 (4) 소득세법 시행령(2016.2.17. 대통령령 제26982호로 일부개정되기 전의 것) 제157조【증권예탁증권 및 대주주의 범위】④ 법 제94조 제1항 제3호 가목에서 “대통령령으로 정하는 대주주”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자(이하 이 장에서 “대주주”라 한다)를 말한다.

1. 법인의 주식 또는 출자지분(신주인수권과 제1항에 따른 증권예탁증권을 포함하며, 이하 이 장에서 “주식등”이라 한다)을 소유하고 있는 주주 또는 출자자 1인(이하 이 장에서 “주주 1인”이라 한다) 및 그와 국세기본법 시행령 제1조의2 제1항 및 같은 조 제3항 제1호에 따른 특수관계인(이하 이 장에서 “기타주주”라 한다)이 주식등의 양도일이 속하는 사업연도의 직전사업연도 종료일 현재 해당 법인의 주식등의 합계액의 100분의 2[코스닥시장상장법인[대통령령 제24697호 자본시장과 금융투자업에 관한 법률 시행령 일부개정령 부칙 제8조에 따른 코스닥시장(이하 “코스닥시장”이라 한다)에 상장된 주권을 발행한 법인을 말한다] 또는 코넥스시장상장법인[ 자본시장과 금융투자업에 관한 법률 시행령 제11조 제2항 에 따른 코넥스시장(이하 “코넥스시장”이라 한다)에 상장된 주권을 발행한 법인을 말한다]의 주식등과 자본시장과 금융투자업에 관한 법률 시행령 제178조 제1항 에 따라 거래되는 벤처기업육성에 관한 특별조치법 제2조 제1항에 따른 벤처기업의 주식등의 경우에는 100분의 4. 이하 이 조에서 같다]이상을 소유한 경우의 해당 주주 1인 및 기타주주. 이 경우 직전사업연도 종료일 현재에는 100분의 2에 미달하였으나 그 후 주식등을 취득함으로써 100분의 2 이상을 소유하게 되는 때에는 그 취득일 이후의 주주 1인 및 기타주주를 포함한다.

2. 주식등의 양도일이 속하는 사업연도의 직전사업연도 종료일 현재 주주 1인 및 기타주주가 소유하고 있는 해당 법인의 주식등의 시가총액이 50억원[코스닥시장상장법인의 주식등과 자본시장과 금융투자업에 관한 법률 시행령 제178조 제1항 에 따라 거래되는 벤처기업육성에 관한 특별조치법 제2조 제1항에 따른 벤처기업의 주식등의 경우에는 40억원으로 하고, 코넥스시장상장법인의 주식등의 경우에는 10억원으로 한다] 이상인 경우의 해당 주주 1인 및 기타주주 제167조의8【중소기업의 범위】법 제104조 제1항 제11호 가목에서 “대통령령으로 정하는 중소기업”이란 주식등의 양도일 현재 중소기업기본법 제2조 에 따른 중소기업에 해당하는 기업을 말한다. (5) 소득세법 시행령(2016.2.17. 대통령령 제26982호로 일부개정된 것) 제157조【증권예탁증권 및 대주주의 범위】④ 법 제94조 제1항 제3호 가목에서 “대통령령으로 정하는 대주주”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자(이하 이 장에서 "대주주"라 한다)를 말한다.

1. 법인의 주식 또는 출자지분(신주인수권과 제1항에 따른 증권예탁증권을 포함하며, 이하 이 장에서 "주식등"이라 한다)을 소유하고 있는 주주 또는 출자자 1인(이하 이 장에서 "주주 1인"이라 한다) 및 주식등의 양도일이 속하는 사업연도의 직전 사업연도 종료일 현재 그와 국세기본법 시행령 제1조의2 제1항 및 같은 조 제3항제1호에 따른 특수관계인(이하 이 장에서 "기타주주"라 한다)이 주식등의 양도일이 속하는 사업연도의 직전사업연도 종료일 현재 소유한 주식등의 합계액이 해당 법인의 주식등의 합계액에서 차지하는 비율(이하 이장에서 "소유주식의 비율"이라 한다)이 100분의 1 이상인 경우 해당 주주 1인 및 기타주주. 이 경우 직전사업연도 종료일 현재에는 100분의 1에 미달하였으나 그 후 주식등을 취득함으로써 100분의 1 이상을 소유하게 되는 때에는 그 취득일 이후의 주주 1인 및 기타주주를 포함한다.

2. 주식등의 양도일이 속하는 사업연도의 직전사업연도 종료일 현재 주주 1인 및 기타주주가 소유하고 있는 해당 법인의 주식등의 시가총액이 25억원 이상인 경우의 해당 주주 1인 및 기타주주 제167조의8【중소기업의 범위】법 제104조 제1항 제11호 가목에서 “대통령령으로 정하는 중소기업”이란 주식등의 양도일 현재 중소기업기본법제2조에 따른 중소기업에 해당하는 기업을 말한다. (6) 소득세법 시행령(2017.2.3. 대통령령 제27829호로 일부개정된 것) 제157조【주권상장법인 대주주의 범위】④ 법 제94조 제1항 제3호 가목 1)에서 “대통령령으로 정하는 주권상장법인의 대주주”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자(이하 이 조 및 제167조의8에서 "주권상장법인대주주"라 한다)를 말한다.

1. 주식등을 소유하고 있는 주주 또는 출자자 1인(이하 이 장에서 "주주 1인"이라 한다) 및 주식등의 양도일이 속하는 사업연도의 직전 사업연도 종료일 현재 그와 다음 각 목의 구분에 따른 자(이하 이 장에서 "기타주주"라 한다)가 주식등의 양도일이 속하는 사업연도의 직전사업연도 종료일 현재 소유한 주식등의 합계액이 해당 법인의 주식등의 합계액에서 차지하는 비율(이하 이 조 및 제167조의8에서 "소유주식의 비율"이라 한다)이 100분의 1 이상인 경우 해당 주주 1인 및 기타주주. 이 경우 직전사업연도 종료일 현재에는 100분의 1에 미달하였으나 그 후 주식등을 취득함으로써 100분의 1 이상을 소유하게 되는 때에는 그 취득일 이후의 주주 1인 및 기타주주를 포함한다.

• 가. 주주 1인 및 그와 법인세법 시행령 제43조 제8항 제1호 에 따른 특수관계에 있는 자(이하 이 조에서 "주주 1인등"이라 한 다)의 소유주식 비율의 합계가 해당 법인의 주주 1인등 중에서 최대인 경우: 다음의 어느 하나에 해당하는 자 1) 국세기본법 시행령제1조의2 제1항 각 호의 어느 하나에 해당하는 자 2) 국세기본법 시행령제1조의2 제3항 제1호에 해당하는 자
• 나. 주주 1인등의 소유주식 비율의 합계가 해당 법인의 주주 1인등 중에서 최대가 아닌 경우: 다음의 어느 하나에 해당하는 자

1. 직계존비속 2) 국세기본법 시행령제1조의2 제1항 제3호 또는 제4호에 해당하는 자 3) 국세기본법 시행령제1조의2 제3항 제1호에 해당하는 자

2. 주식등의 양도일이 속하는 사업연도의 직전사업연도 종료일 현재 주주 1인 및 기타주주가 소유하고 있는 해당 법인의 주식등의 시가총액(이하 이 조 및 제167조의8에서 "시가총액"이라 한다)이 다음 각 목의 구분에 따른 금액 이상인 경우의 해당 주주 1인 및 기타주주

• 가. 2018년 3월 31일까지 주식등을 양도하는 경우: 25억원
• 나. 2018년 4월 1일부터 2020년 3월 31일까지의 기간 동안 주식등을 양도하는 경우: 15억원
• 다. 2020년 4월 1일 이후 주식등을 양도하는 경우: 10억원 제167조의8【대주주 및 중소기업의 범위】① 법 제104조 제1항 제11호 가목에서 “대통령령으로 정하는 대주주”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자(이하 이 장에서 “대주주”라 한다)를 말한다.

2. 주권비상장법인의 주주로서 제157조 제4항 각 호의 어느 하나에 해당하는 주주. 다만, 대주주 여부를 판단할 때 소유주식의 비율은 100분의 4 이상으로 하고, 시가총액은 자본시장과 금융투자업에 관한 법률 시행령제178조 제1항에 따라 거래되는 벤처기업육성에 관한 특별조치법제2조 제1항에 따른 벤처기업의 주식등에 한정하여 40억원 이상으로 한다.