쟁점주식의 취득가액을 쟁점1거래일 현재의 상증법상 비상장주식의 보충적 평가액으로 계산한 금액으로 보아야 한다는 청구주장의 당부 등

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구법인은 1976.5.21. 설립되어 자동차부품 제조업 등을 영위하고 있고, 2015.8.27. 룩셈부르크 법인인 OOO[OOO, 이하 “OOO”라 한다]로부터 내국법인인 OOO 주식회사(이하 “OOO”라 한다)의 발행주식 11,914,000주(총발행주식 중 50% 상당이고, 이하 “쟁점주식”이라 한다)를 OOO원(1주당 OOO원 상당)에 양수하는 내용의 계약(이하 “쟁점계약”, 관련된 거래를 “쟁점1거래”라 한다)을 체결하고 2015년 9월 OOO에게 해당 금액을 지급한 후, 2016년 2월 처분청에게 OOO가 쟁점주식을 취득한 2009.10.2. 현재 시가인 OOO원[1주당 OOO원,상속세 및 증여세법(이하 “상증법”이라 한다)에 따른 비상장주식의 보충적 평가방법으로 평가한 것]을 동 주식의 취득가액으로 보아 그 양도차익이 없는 것으로 하여 지급명세서를 제출하였다.
• 나. OOO지방국세청장(이하 “조사청”이라 한다)은 2017.8.2.～2017.9.21. 기간 중 청구법인에 대한 법인세 통합조사(대상기간: 2013～2015사업연도)를 실시한 결과, 아래 <그림>과 같이 쟁점주식은 미국 법인인 OOO(OOO, OOO를 지배하는 법인, 이하 “OOO”이라 한다)이 OOO의 설립일인 1984.10.30. OOO원(1주당 액면가액 OOO원)을 출자하여 취득한 후, 1998.12.16. OOO에게 같은 금액으로 현물출자(이하 “쟁점현물출자”라 한다)한 것으로, 2009.10.2. OOO가 OOO에게 무상이전(이하 “쟁점2거래”라 한다)한 후, 2015.8.27. 청구법인에게 양도(쟁점1거래)된 것이라 보아, 지급명세서에 기재된 취득가액(OOO원)을 부인하고 법인세법 시행령제129조 제3항 제2호 단서 외의 본문에 따라 쟁점주식의 당초 증여자인 OOO가 OOO으로부터 받은 쟁점현물출자액(OOO원)을 해당 주식의 쟁점1거래 당시의 취득가액으로 하여 산출된 양도차액(OOO원)에 대하여 법인세를 부과하도록 처분청에게 과세자료를 통보하였으며, 처분청은 이에 따라 2018.4.25. 청구법인에게 2015년 9월분 법인세(원천징수분) OOO원을 경정․고지하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2018.7.16. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 (1)쟁점2거래는 증여가 아니라 통상적인 ‘주식양도’에 해당하므로 쟁점주식의 취득가액은 OOO가 OOO로부터 쟁점주식을 양수한 2009.10.2. 현재 상증법상 비상장주식의 보충적 평가액인 OOO원으로 보아야 한다. 법인세법제98조 제1항 제5호에서 외국법인의 국내원천인 ‘주식 등 유가증권 양도소득’을 지급하는 자가 그 지급액의 10% 상당을 원천징수하도록 규정하되, 같은 법 제92조 제2항 제1호 단서에 따라 해당 유가증권의 취득가액, 양도비용 등이 확인되는 경우에는 위 원천징수세액과 해당 취득가액을 차감한 양도차익의 20% 상당액 중 적은 금액을 원천징수하도록 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제129조 제3항 제2호에서 수증받은 유가증권을 양도한 경우에는 당초 증여자를 해당 유가증권의 양도자로 보아 동 유가증권의 취득가액을 계산하도록 규정하고 있으며, 같은 항 단서 외의 본문 및 제1호에서 유가증권의 취득가액은 출자금․주금납입영수증, 양도증서, 대금지급영수증, 그 밖에 출자 또는 취득․양도에 소요된 금액을 증명하는 자료로 확인되는 것으로서 해당 유가증권의 취득․양도에 실제로 직접 소요된 금액으로 한다고 규정하고 있다. OOO가 2009.10.2. OOO에게 쟁점주식을 이전한 쟁점2거래는 OOO가 미국연방 파산법(chapter 11)의 파산보호절차(Bankruptcy Proceeding)에 따라 거래당사자들 간에 체결된 처분협약(Master Disposition Agreement)에 근거하여 쟁점주식을 포함하여 모든 관계회사들의 발행주식을 양도하였고, 동 처분협약 제3조(매수가격 및 배분)에서 양수자가 양도자인 OOO에게 부채 및 비용을 부담하는 방법으로 양도대상 주식의 대가를 지급하도록 규정하고 있는 점을 감안할 때, OOO가 OOO에게 증여한 것이 아니라 양도한 것으로 보아야 하고, 그렇다면 쟁점2거래일인 2009.10.2. 현재 상증법에 따른 비상장주식의 보충적 평가방법으로 평가한 쟁점주식의 시가(OOO원 상당)를 OOO의 쟁점주식 취득가액으로 하여 처분청에게 제출한 지급명세서가 적법함에도, 처분청에서 이를 부인하고 쟁점2거래를 증여로 단정하여 OOO가 OOO으로부터 받은 쟁점현물출자액을 쟁점1거래에서의 쟁점주식 취득가액으로 보아 청구법인에게 그 양도차액에 대한 법인세 원천분을 부과한 처분은 위법․부당하다. (2)쟁점2거래가 증여에 해당하여 쟁점현물출자 당시(1998.12.16.) 증여자인 OOO의 취득가액을 쟁점1거래 당시의 쟁점주식 취득가액으로 보아야 한다 하더라도 이들 취득가액은 쟁점현물출자일 현재 상증법상 비상장주식의 보충적 평가액인 OOO원 상당으로 보아야 한다. 취득이란 ‘법인에 대한 현물출자’를 포함하여 매매, 교환, 상속․증여, 건축 등과 더불어 이와 유사한 것으로서 원시․승계취득, 유․무상의 모든 취득인 것을 의미하고,법인세법제41조 제1항 제3호의 위임을 받은 같은 법 시행령 제72조 제2항 제3호에서 현물출자로 취득한 자산의 취득가액을 시가로 보도록 규정하고 있으며, 이는 현물출자가 현물이 제공된다는 특성상 그 금액측정이 용이하지 않기 때문임을 감안하면 현물출자도 같은 법에 따른 취득의 범위에 포함되며, 현물출자에 따른 자산의 이전은 증여가 아니라 양도거래에 해당하고 이는 외국법인 간에 현물출자한 경우에도 동일하다 할 것이며(국세청 국총 46017-735, 1998.10.31. 등), 같은 영 제129조에서 취득의 범위를 금전이 지급된 경우로 제한하고 있지 아니하므로 현물출자의 취득도 같은 조항의 취득에 포함된다 할 것이고, 구 법인세법 시행령(1998.5.16. 대통령령 제15797호로 일부개정된 것) 제37조 제1항 제3호에서 타인으로부터 매입한 자산 등을 제외한 자산의 취득가액은 취득 당시의 정상가액으로 보도록 규정하고 있으며,법인세법에서는 외국법인의 국내원천 유가증권양도소득을 계산할 때 수입금액에서 그 취득가액을 공제하도록 규정하면서 증여로 취득한 유가증권의 취득가액에 대한 조항(같은 법 시행령 제129조 제3항 제2호)을 두었을 뿐, 현물출자로 취득한 주식에 대한 제한규정을 두지 않았음을 감안하면 현물출자로 취득한 주식의 취득가액도 양도가액에서 공제할 수 있다 할 것인바, 결국 특수관계인이 아닌 제3자 간의 일반적인 거래가격이 있는지 불분명한 쟁점현물출자 당시의 쟁점주식은 법인세법 시행령 제89조 제2항 제2호 에 따라 상증법에 따른 비상장주식의 보충적 평가방법에 따라 평가한 금액을 시가로 보아야 한다. OOO가 1998.12.16. OOO으로부터 쟁점주식을 쟁점현물출자로 취득한 사실은 동 현물출자 당시(1998.12.16.)인 1998.12.22. OOO과 OOO를 포함한 4개 미국 법인(OOO의 자회사 등) 간에 체결된 분할협약(Master Seperation Agreement) 및 그 부속계약인 초과자본출자승인서(OOO이 1998.12.16. 작성한 것)를 통하여 입증되고, 이는 외국법인의 국내원천 유가증권양소소득을 계산할 때 양도가액에서 공제되는 취득가액을 규정한 법인세법 시행령제129조 상의 ‘그 밖에 출자 또는 취득․양도에 소요된 금액을 증명하는 자료’에 해당되는 점, OOO는 상증법에 따른 비상장주식의 보충적 평가방법으로 OOO가 특수관계인인 OOO의 쟁점현물출자로 취득한 쟁점주식의 취득당시(1998.12.16.)의 시가를 산정하기 위하여 그 취득일과 가장 근접한 1998.12.31.을 평가기준일로 하여 쟁점주식을 OOO원(1주당 OOO원)으로 평가하였고, 이는 OOO가 회계법인에게 의뢰하여 받은 주식평가보고서를 통하여 입증되는 점 등을 감안할 때 OOO가 1998.12.16. OOO으로부터 쟁점현물출자로 받은 쟁점주식의 취득가액은 OOO원 상당으로 보아야 하고, 그렇다면 처분청의 의견대로 쟁점2거래를 증여로 보아 증여자인 OOO의 쟁점주식 취득가액을 수증자인 OOO의 쟁점1거래 당시 동 주식의 취득가액으로 보아야 한다 하더라도 이들 취득가액은 위 OOO원 상당으로 서로 같은바, 쟁점2거래의 쟁점주식 양도가액인 OOO원 상당보다 그 취득가액이 크므로 청구법인이 처분청에게 양도차익이 없는 것으로 하여 지급명세서를 제출한 것은 적법하다. 한편 처분청이 이 건 과세처분을 하면서 양도가액에서 취득가액(액면가액인 OOO원 상당)을 공제하여 쟁점주식의 양도차익을 계산하였음을 감안하면 처분청도 ‘현물출자로 취득한 쟁점주식의 취득가액이 확인되면 이를 그 양도가액에서 공제할 수 있다’는 청구주장에 대해서는 이견이 없다 할 것인데, 처분청은 OOO가 OOO으로부터 쟁점현물출자로 받은 쟁점주식의 가액을 ‘OOO이 OOO 설립(1984.10.30.) 당시 취득가액’인 그 액면가액과 동일하다고 보아 그 가액을 OOO의 그 취득가액으로 보았으나, 위법인세법상의 조항에 의하면 현물출자로 취득한 주식의 취득가액은 시가로 평가하는 것이 타당하다는 점에서 처분청의 의견은 위법․부당하다. 또한 처분청은 청구법인이 OOO가 OOO으로부터 쟁점주식을 쟁점현물출자로 취득할 당시의 시가를 그 취득가액으로 보아야 한다고 보면서 제시한 구 법인세법 시행령제37조 제1항 제3호(매입자산 등을 제외한 자산의 취득가액을 취득당시 정상가액으로 보도록 규정한 것)가 내국법인에게만 적용되고, 외국법인의 국내원천 유가증권양도소득을 계산함에 있어서 취득가액 등 양도비용에 대해서는 같은 영 제129조 제3항 제2호에서 규정하고 있으므로 청구법인의 주장이 이유없다는 의견이나, 후자의 조항에 따라 증여자인 OOO의 쟁점주식 취득가액을 쟁점1거래의 그 취득가액으로 보더라도 OOO는 쟁점현물출자로 동 주식을 취득하였고, 현물출자된 자산의 취득가액은 전자의 조항에 따라 측정되어야 하는 것이므로 두 조항이 서로 상충되는 것이 아닌 점, 앞서 제시한 국세청 예규(국총 46017-735, 1998.10.31.)에서 외국법인 간에 현물출자된 주식의 대가로 교부받은 비상장주식을 평가함에 있어서 그 순자산가액을 내국법인과 동일한 방법으로 평가하도록 해석한 점 등을 감안할 때 처분청의 의견은 부당하다. 나아가 처분청은 OOO가 OOO으로부터 현물출자로 받은 쟁점주식에 대한 과세를 받지 않았으므로 법인세법 시행령제129조 제3항 제2호 단서를 적용받을 수 없다는 의견이나 같은 항 제2호는 수증자산에 대해서는 증여자를 양도자로 본다는 본문과 그 취득가액을 계산함에 있어서 시가를 적용할 수 있는 경우를 규정한 단서만이 규정되어 있으므로 현물출자로 취득한 주식의 취득가액은 그 실제 지출사실을 입증하는 자료를 제출하는 방법으로 공제하도록 규정한 같은 항 제1호가 적용된다고 보아야 하므로, 처분청의 의견은 증여가 아닌 쟁점현물출자도 위 단서조항과 관련되었다고 보는 것으로서 확대․유추해석에 해당하여 세법의 엄격해석원칙에 반하여 위법하다. 또한 처분청은 대법원 2016.9.8. 선고 2016두39290 판결을 근거로 ‘OOO의 쟁점주식 취득가액을 쟁점현물출자액(OOO이 OOO의 설립당시 동 주식을 취득한 액면가액)’으로 보아야 한다는 의견이나 위 판결와 이 건의 사실관계가 서로 유사하더라도 전자의 경우에는 ‘현물출자’가 없고 그 현물출자가 있는 경우에 대한 법원의 판단이 없으므로 이 건에 적용할 수는 없다 할 것이다.
• 나. 처분청 의견 (1)쟁점2거래는 통상적인 ‘주식양도’에 해당하는 것으로 볼 수 없다. 청구법인은 쟁점2거래가 통상적인 주식양도에 해당하므로 그 양수자인 OOO가 쟁점주식을 취득한 2015.8.27. 현재의 상증법상 비상장주식의 보충적 평가액을 그 취득가액으로 보아야 한다고 주장하나, 쟁점2거래가 주식양도에 해당하려면 양수자인 OOO가 양도자인 OOO에게 쟁점주식의 대가를 지급한 사실이 입증되어야 함에도 현재까지 이에 대한 객관적인 증빙자료가 제출되지 아니한 점, OOO가 쟁점2거래일(2009.10.2.) 후인 2009.10.19. OOO세무서장에게 소득유형을 ‘쟁점주식의 무상이전’으로 기재하여 조세조약에 따른 법인세 비과세․면제신청서를 제출하여 비과세를 적용받았음을 감안하면 거래당사자들(OOO)도 쟁점2거래의 실질이 증여(양도대가의 수수없는 무상이전)임을 인지하였다고 보아야 하는 점 등에서 청구법인의 주장은 이유없으므로 처분청이 쟁점2거래를 증여로 보고 OOO의 쟁점주식 취득가액을 쟁점1거래 당시 OOO의 해당 주식 취득가액으로 보아 그 양도차익이 있다고 본 이 건 과세처분은 적법․정당하다. (2)쟁점1거래 당시 쟁점주식 취득가액은 쟁점2거래의 증여자인 OOO가 쟁점현물출자로 취득한 가액인 OOO원 상당(OOO이 OOO 설립당시 액면가액으로 취득한 가액)으로 보아야 한다. 2000.12.29. 대통령령 제17033호로 일부개정되기 전의 법인세법 시행령제121조 제3항 제1호에서 외국법인의 국내원천 유가증권양도소득금액을 계산할 때, 그 양도자가 해당 유가증권과 관련하여 출자금 또는 주금납입영수증, 양도증서, 대금지급영수증, 그 밖에 출자 또는 취득․양도에 소요된 금액을 증명하는 증빙자료를 제출하는 경우에는 해당 금액을 위 유가증권의 취득가액으로 보도록 규정하면서, 같은 항 제2호 본문에서 수증자가 양도한 유가증권의 취득가액은 그 양도자산의 당초 증여자를 해당 유가증권의 양도자로 보고 제1호에 따라 계산한 금액을 그 취득가액으로 보도록 규정하고 있었으나, 위 일부개정 후의 같은 영 제121조 제3항 제2호에 단서를 신설하여 ‘수증자가 양도한 유가증권이 과세된 경우에만 해당 유가증권의 수증당시 시가를 그 취득가액’으로 보도록 규정하였고, 그 취지는 증여받은 주식의 경우 그 수증 당시의 시가로 평가하여 증여세 또는 기타소득으로 과세되고 해당 주식을 양도함에 있어서 그 양도소득금액 계산시 위 증여자의 취득가액을 수증자의 취득가액으로 양도차익을 계산하는 경우에는 이중과세가 발생하는 문제점을 해소하되, 조세조약을 이용한 조세회피 등을 방지하기 위하여 위 증여세 또는 기타소득으로 과세된 경우에만 위 양도소득계산시 수증당시 시가를 그 취득가액으로 인정하기 위한 것인바, 앞서 제시하였듯이 쟁점2거래에서 쟁점주식대금이 수수된 사실이 없고 증여대상인 해당 주식에 대하여 과세된 사실도 없는 점을 감안할 때 쟁점2거래를 증여로 보더라도 그 거래당시 또는 쟁점현물출자 당시를 기준으로 상증법상 비상장주식의 보충적 평가방법으로 평가한 금액(시가)을 쟁점주식의 증여자인 OOO의 취득가액으로 보아야 한다는 청구법인의 주장은 이유없다. 나아가 이 건의 사실관계와 동일한 사례(양도자․수증자가 OOO, 증여자가 OOO)에서 대법원 2016.9.8. 선고 2016두39290 판결에서 법원은 법인세법 시행령제129조 제3항 단서는 증여받은 외국법인이 양도하는 내국법인 발행주식의 취득가액을 수증 당시의 시가로 규정하면서 조세조약을 이용한 조세회피 등을 방지하기 위하여 그 적용범위를 수증소득(위 증여대상 주식에 대한 것)이 과세된 경우로 한정하고 있음을 감안할 때 그 수증소득이 실제로 과세된 바가 없다면 조세조약에 따라 비과세되더라도 위 단서조항을 적용할 수 없으므로 과세관청이 위 사례의 주식이 그 증여 후에 양도됨에 따른 소득금액을 계산함에 있어서 그 취득가액을 위 조항의 본문에 따라 산정한 과세처분이 적법하다고 판단하였는바, 쟁점주식도 증여에 해당하는 쟁점2거래 당시 OOO의 비과세․면제신청서 제출로 그 수증소득에 대하여 비과세가 적용되었음을 감안하면, 처분청이 법인세법 시행령제129조 제3항 제2호 본문에 따라 쟁점2거래의 증여자인 OOO를 쟁점1거래의 양도자로, OOO의 쟁점주식 취득가액을 쟁점현물출자액으로 보아 지급명세서의 취득가액을 부인하고 청구법인에게 경정된 양도차익만큼 법인세를 부과한 것은 적법하다. 한편 청구법인은 쟁점2거래가 증여에 해당하더라도 증여자인 OOO가 OOO으로부터 쟁점주식을 쟁점현물출자로 취득할 당시의 시가를 그 취득가액으로 보아야 한다고 주장하면서 구 법인세법 시행령제37조 제1항 제3호(매입자산 등을 제외한 자산의 취득가액을 취득당시 정상가액으로 보도록 규정한 것)를 제시하였으나, 동 조항은 내국법인에게만 적용되는 것이고, 외국법인의 국내원천 유가증권양도소득을 계산함에 있어서 취득원가 등 양도비용에 대해서는 같은 영 제129조 제3항 제2호에서 규정하고 있는 점에서 청구법인의 주장은 관련 법령을 오인한 것이므로 이유없다.

• 가. 쟁점 쟁점주식이 미국법인 OOO의 OOO의 설립당시 출자․취득 및 OOO에 대한 쟁점현물출자, OOO의 OOO에 대한 증여인 쟁점2거래, 룩셈부르크의 청구법인에 대한 유상양도인 쟁점1거래를 거쳐 각각 이전되었다고 보고, 법인세법 시행령제121조 제3항 제2호 단서 외의 본문에 따라 청구법인에게 법인세(원천징수분)를 부과한 처분에 대하여,

① (주위적 청구) 쟁점2거래가 증여가 아니라 유상양도에 해당하므로 쟁점1거래의 양도자를 OOO, 쟁점주식의 취득가액을 쟁점1거래일 현재의 시가(상증법상 비상장주식의 보충적 평가액)인 OOO원 상당으로 보아야 한다는 청구주장의 당부

② (예비적 청구) 설령 쟁점2거래가 증여에 해당하여 쟁점1거래의 양도자를 쟁점2거래의 증여자인 OOO로 보아야 한다 하더라도, 동 법인의 쟁점주식 취득가액은 처분청이 적용한 OOO의 당초 출자액인 OOO원 상당이 아니라 쟁점현물출자일 현재의 시가(상증법상 비상장주식의 보충적 평가액)인 OOO원 상당으로 보아야 한다는 청구주장의 당부

• 나. 관련 법령 등: <별지> 기재
• 다. 사실관계 및 판단 (1)처분청이 제출한 결의서 등의 심리자료를 보면 청구법인은 1976.5.21. 설립되어 자동차부품 제조업 등을 영위하고 있고, 2015.8.27. OOO로부터 쟁점주식을 OOO원(1주당 OOO원 상당)에 양수하는 내용의 쟁점계약을 체결하고 2015년 9월 OOO에게 해당 금액을 지급한 후, 2016년 2월 처분청에게 OOO가 쟁점주식을 취득한 2009.10.2. 현재 시가인 OOO원(상증법에 따른 비상장주식의 보충적 평가방법으로 평가한 것)을 동 주식의 취득가액으로 보아 그 양도차익이 없는 것으로 하여 지급명세서를 제출하였으나, 조사청은 쟁점주식이 ‘OOO이 OOO의 설립일인 1984.10.30. OOO원(1주당 액면가액 OOO원)을 출자하여 취득’한 후, 1998.12.16. OOO에게 같은 금액으로 쟁점현물출자하였으며(이에 대한 근거는 불명확), 다시 2009.10.2. OOO가 OOO에게 무상이전한 후, 2015.8.27. 청구법인에게 양도된 것이라 보아, 지급명세서에 기재된 취득가액(OOO원)을 부인하 법인세법 시행령제121조 제3항 제2호 단서 외의 본문에 따라 쟁점주식의 당초 증여자인 OOO가 OOO으로부터 받은 쟁점현물출자액(OOO원)을 쟁점1거래 당시의 취득가액으로 하여 산출된 양도차액(OOO원)에 대하여 법인세를 부과하도록 처분청에게 과세자료를 통지하였으며, 처분청은 이에 따라 이 건 과세처분을 한 것으로 나타난다.

(2) 처분청이 확인한 사실관계 등은 아래와 같다. (가) 조사청은 OOO가 1984.10.30. OOO과 OOO이 50대 50 비율로 투자하여 ‘OOO’라는 상호(1989년 10월 ‘OOO’, 2000년 1월 ‘OOO 주식회사’, 청구법인이 쟁점주식을 취득한 2015년 9월 후인 2015년 11월 ‘OOO 주식회사’로 각각 상호 변경)로 설립되었고, 설립당시 OOO의 출자액이 OOO원(액면가액인 1주당 OOO원)인 것으로 조사하였다. (나) 조사청은 OOO이 1998.12.26. 사업부문을 분할하기 위하여 완전자회사인 OOO에게 쟁점현물출자를 하였으나, OOO이 작성한 연결재무제표에 OOO에 대한 것이 포함되어 있어 쟁점현물출자 당시의 쟁점주식가액을 확인할 수 없는 점(OOO의 개별재무제표 또는 주석 등이 없어서 해당 가액 확인불가), 쟁점현물출자와 관련한 국내의 주식양도차익 신고 또는 과세내역도 확인되지 아니하는 점을 이유로 OOO의 쟁점주식 취득가액(OOO원)을 쟁점현물출자액으로 보았다. (다) OOO가 2009.10.12. 미국연방 파산법에 의한 파산보호절차에 따라 OOO에게 쟁점주식을 이전하였고(쟁점2거래), 원천징수의무자인 OOO가 이와 관련하여 2009.10.2. OOO세무서장에게 한․룩셈부르크 조세조약 제21조에 따라 외국법인 기타소득에 대한 비과세․면제신청을 하여 2009.10.19. OOO세무서장으로부터 그 비과세․면제를 받았으며, 동 신청서를 보면 소득유형이 ‘기타 내국법인(OOO) 주식(50%)의 무상이전’으로 기재되어 있다. (라) 청구법인은 2015.8.27. OOO로부터 쟁점주식을 OOO원(1주당 OOO원)에 양수한 후(쟁점1거래), 2016년 2월 처분청에게 쟁점주식을 2009.10.2.을 평가기준일로 하여 상증법상 비상장주식의 보충적 평가방법으로 평가한 금액인 OOO원(1주당 OOO원)을 취득가액으로 보고 양도차익이 없는 것으로 하여 지급명세서를 제출하였다. (마) 조사청은 2017년 12월 과세전적부심사기간 중 청구법인에게 ‘OOO가 원천징수기한(2015.10.10.)까지 청구법인에게 제출한 것으로서 출자금 또는 주금납입영수증․양도증서․대금지급영수증 등 쟁점주식의 취득에 소요된 금액을 증명하는 자료’를 제출할 것을 요청하였고, 청구법인으로부터 OOO와 OOO 간에 작성한 쟁점주식이전협정서, 2009.10.2.자 비과세․면세신청서, 해당 주식에 대한 2009.9.30. 현재 상증법에 따른 비상장주식평가방법 평가보고서 등을 제출하였으나, OOO가 쟁점2거래 당시 쟁점주식의 취득에 소요된 금액을 입증하는 객관적인 증빙자료는 미제출된 것으로 보았다.

(3) 청구법인이 제출한 증빙자료 등은 아래와 같다. (가) 청구법인은 OOO가 1998.12.16. OOO으로부터 쟁점주식을 쟁점현물출자로 취득한 사실이 그 출자당시(1998.12.16.)인 1998.12.22. OOO과 OOO를 포함한 4개 미국 법인(OOO의 자회사 등) 간에 체결된 분할협약(Master Seperation Agreement) 및 그 부속계약인 초과자본출자승인서(OOO이 1998.12.16. 작성한 것)를 통하여 입증된다고 주장하면서 분할협약의 주요 내용 및 승인서를 제출하였고, 분할협약을 보면, 1998.12.22. 미국 델라웨어주의 주식회사인 OOO, 같은 주의 유한책임회사이자 OOO의 완전자회사인 OOO, 같은 주의 주식회사이자 OOO의 완전자회사인OOO 및 OOO 간에 동 협약을 체결하였고, OOO의 이사회가 OOO 사업을 OOO과 완전히 분할하도록 결정하여 OOO이 그 분할을 위하여 OOO을 설립하고, 위 협약 체결 현재 그 모든 발행주식을 소유하고 있으나 그 설립된 법인이 영업활동을 수행하지 않으면서 중요한 자산 및 부채가 없는 상태에서, OOO과 OOO의 각 이사회는 OOO이 사업부 형태로 보유 중인 자산․부채 및 위 사업과 관련한 모든 자산․부채를 직․간접적으로 후자의 법인에게 출자․이전하도록 결정한 것으로 기재되어 있으며, 그 부속계약서인 ‘Schedule A’를 보면 OOO이 OOO에게 OOO이 보유하는 쟁점주식을 출자하는 ‘초과자본출자승인서’의 목록(H-46)이 기재되어 있고, 동 승인서를 보면 OOO이 OOO 사업을 분할하는 사전작업으로 OOO에게 쟁점주식을 초 과자본금(a surplus capital contribution)으로서 현물출자하는 것으로 기재되어 있다. (나) 청구법인은 쟁점주식을 쟁점현물출자일(1998.12.16.)에 근접한 1998년말 현재를 기준으로 상증법상 비상장주식의 보충적 평가방법에 따라 평가한 금액인 OOO원(1주당 OOO원)을 OOO의 취득가액으로 보아야 한다고 주장하면서, 회계법인이 2017.3.3. OOO에게 작성․제출한 1998.12.31. 현재 상증법상 비상장주식 평가보고서를 제출하였고, 이를 보면 회계법인은 OOO로부터 제출받은 자료(1998년말 현재 재무제표, 1996～1998사업연도 감사보고서 및 법인세 신고서)를 근거로 쟁점주식에 대하여 1998.12.31.을 기준으로 상증법상 비상장주식의 보충적 평가방법(1998.12.31. 대통령령 제15971호로 일부개정된 상증법 시행령 제54조 제1항에 따라 동 주식의 1주당 순손익가치 및 순자산가치를 1대 1로 평균)을 적용하여 (OOO원으로 평가한 것으로 나타난다. (다) 청구법인은 쟁점2거래가 ‘OOO가 미국연방 파산법(chapter 11)의 파산보호절차(Bankruptcy Proceeding)에 따라 거래당사자들 간에 체결된 처분협약(Master Disposition Agreement)을 근거로 쟁점주식을 포함하여 OOO가 보유한 관계회사들의 발행주식을 양도한 것’으로, 처분협약 제3조(매수가격 및 배분)에서 그 양수자가 OOO에게 부채 및 비용을 부담하는 방법으로 양도대상 주식의 대가를 지급하도록 규정하고 있다고 주장하면서, 2009.7.30. OOO(OOO, OOO와 같은 것인지 불분명)과 OOO(OOO, OOO이 직․간접으로 지배하는 자회사의 모회사)․OOO 등과 체결한 주처분협약(Master Disposition Agreement) 및 OOO가 2009.9.21. OOO에게 보낸 쟁점주식 이전통지서(Nitice for Transfer of the KDAC Shares)를 제출하였으나, 해당 증빙자료만으로는 처분대상 자산, 양도 및 양수 주체, 구체적인 양수대가의 규모, 지급 시기․방법 등을 특정하기가 어렵다. (라) 청구법인은 쟁점주식을 쟁점2거래일(2009.10.2.)에 근접한 2009.9.30.을 기준으로 상증법상 비상장주식의 보충적 평가방법에 따라 평가한 금액인 OOO원(1주당 OOO원)을 OOO의 취득가액으로 보아야 한다고 주장하면서, 회계법인이 2015.10.19. OOO에게 작성․제출한 2009.9.30. 현재 상증법상 비상장주식 평가보고서를 제출하였고, 이를 보면 회계법인은 상증법상 비상증주식의 보충적 평가방법에 따라 기준시가(OOO로부터 제출받은 평가자료가 있는 경우) 또는 장부가액(재무상태표에 기재된 것)으로 순자산가치와 순손익가치(손익계산서 등에 기재된 당기순이익에서 세무조정 등을 가감한 것)를 3대 2로 가중평균하여 2009.9.30. 현재 쟁점주식을 OOO원으로 평가한 것으로 나타난다.

(4) 2000.12.29. 대통령령 제17033호로 일부개정되기 전의 법인세법 시행령제129조 제3항에서 ‘유가증권의 양도자가 원천징수일까지 원천징수의무자에게 출자금 또는 주금납입영수증 등 출자 또는 취득 및 양도에 소요된 금액을 증명하는 자료에 의하여 확인되는 해당 유가증권의 취득․양도에 실제로 직접 소요된 금액’을 같은 법 제192조 제2항 제2호 단서에 따른 그 유가증권의 취득가액 및 양도비용으로 하되(제1호), ‘수증자가 양도한 유가증권의 취득가액은 해당 양도자산의 당초 증여자를 그 유가증권의 양도자로 보아 제1호에 따라 계산한 금액’으로 하도록(제2호) 규정하고 있었는데, 개정 후에는 제2호 단서에서 수증자가 양도한 유가증권이 같은 법 제93조 제11호 다목에 따라 과세된 경우에는 해당 유가증권이 수증당시의 시가를 그 유가증권의 취득가액으로 보도록 규정하였고, 국세청장이 발간한 2001년 개정세법 해설책자를 보면, 위 시행령 조항의 개정취지는 ‘증여받은 주식의 경우 그 수증당시의 시가로 평가하여 증여 또는 기타소득으로 과세되므로 증여자의 취득가액을 수증자의 취득가액으로 봄으로써 해당 주식의 양도차익 계산시 이중과세가 발생하는 문제점을 해소하되, 조세조약을 이용한 조세회피 등을 방지하기 위하여 증여 또는 기타소득으로 과세된 경우에만 적용하는 것’으로 나타난다.

(5) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여, (가) 먼저 쟁점①(주위적 청구)에 대하여 살피건대, 청구법인은 쟁점2거래가 증여가 아니라 양도에 해당한다고 주장하나, 해당 거래가 자산의 유상이전인 양도에 해당한다고 보려면 OOO(양도자)와 OOO(양수자) 간에 쟁점주식의 대가를 수수한 내역이 입증되어야 할 것인바, 청구법인이 제출한 증빙자료(2009.7.30. OOO과 OOO로 보이는 법인 등 간에 체결된 처분협약 등)만으로는 처분대상 자산의 내역(쟁점주식의 포함 여부를 알 수 없음), 거래대금의 액수, 지급시기, 지급방법 등을 확인할 수 없고, 양수인에 OOO가 포함되어 있는지도 불명확함을 감안하면 쟁점2거래를 양도로 보기 어려운 점, 원천징수의무자인 OOO가 쟁점2거래에 대하여 과세관청으로부터 한․룩셈부르크 조세조약에 따른 법인세의 비과세 ․면제를 적용받았음을 감안하면 거래당사자(OOO)와 OOO가 쟁점2거래를 증여인 것으로 알고 있었던 것으로 보이는 점 등에 비추어 볼 때, 청구법인의 주장은 받아들이기는 어렵다 하겠다. (나) 다음으로 쟁점②(예비적 청구)에 대하여 살펴본다. 법인세법제92조 제2항 제1호 단서, 제93조 제9호 및 제98조 제1항 제5호에서 외국법인의 국내원천소득 중 유가증권양도소득에 대한 원천징수세액은 지급액의 100분의 10 상당액으로 하되, 해당 유가증권의 취득가액 및 양도비용이 확인되는 경우에는 같은 금액 상당액과 양도차익(지급액에서 그 취득가액․양도비용을 공제한 금액)의 100분의 20 상당액 중 적은 금액으로 하도록 규정하고 있고, 같은 법 제92조 제2항 제1호 단서의 위임을 받은 같은 법 시행령 제129조 제3항에서 유가증권의 양도자가 원천징수의무자에게 원천징수일까지 제출하는 출자․취득 및 양도에 소요된 금액을 증명하는 출자금․주금납입영수증, 양도증서 등의 자료에 의하여 그 유가증권의 취득가액 및 양도가액이 확인되는 경우에는 해당 유가증권의 취득․양도에 실제로 직접 소요된 금액(제1호)을 그 유가증권의 취득가액 및 양도비용으로 보며, 수증자 또는 이에 준하는 자가 양도한 유가증권의 취득가액은 해당 양도자산이 당초의 증여자 또는 이에 준하는 자를 해당 유가증권의 양도자로 보아 제1호에 따라 계산한 금액으로 하되, 해당 유가증권이 같은 법 제93조 제10호 다목(국내에 있는 자산을 증여받아 생기는 소득)에 따라 과세된 경우에는 그 수증당시의 시가로 하도록 규정하고 있는 점, 법인세법 시행령제129조 제3항 제2호 단서의 취지는 당초 증여자 또는 이에 준하는 자로부터 증여받은 유가증권의 증여이익이 그 증여 당시와 이후의 양도당시에 이중으로 과세되는 문제를 조정하기 위한 것인 점 등에 비추어 볼 때, 외국법인의 국내원천 유가증권양도소득에 대하여 지급액이 아니라 양도차익(지급액에서 그 취득가액․양도비용을 공제한 것)으로 원천징수를 하기 위해서는 원칙적으로 법인세법 시행령제129조 제3항 제1호에 따라 유가증권을 양도한 외국법인이 원천징수의무자에게 제출한 자료를 통하여 해당 유가증권의 취득․양도에 ‘직접 소요된 취득가액․양도비용’이 확인되거나, 예외적으로 같은 항 제2호에 따라 당초 증여자 또는 이에 준하는 자가 유가증권을 증여할 당시에 ‘해당 유가증권이 과세된 사실’이 확인되는 경우에 한정된다 할 것이다. 청구법인은 처분청에서 당초 증여자인 OOO가 쟁점현물출자 당시(1998.12.16.) 쟁점주식 취득가액으로 본 금액(OOO원)이 법인세법 시행령제129조 제3항에 따라 확인된 금액이 아니라 OOO 설립당시(1984.10.30.) OOO(쟁점현물출자를 한 주체)의 쟁점주식 출자․취득가액이므로 같은 법 시행령 제72조 제2항 제3호 나목 및 제89조 제2항 제2호에 따른 시가를 OOO의 쟁점현물출자 당시 쟁점주식 취득가액으로 보아야 한다고 주장하나, 법인세법 시행령제129조 제3항 제2호에서 ‘증여당시 유가증권이 과세된 경우’에만 그 증여 당시의 시가를 해당 유가증권의 취득가액으로 보도록 규정하고 있을 뿐이지 현물출자에 대한 예외규정은 없으므로 쟁점현물출자 당시의 시가를 OOO의 취득가액으로 볼 수는 없는 점, 청구법인에게 쟁점주식을 양도한 OOO가 조사청의 요청에도 쟁점현물출자 당시 OOO가 OOO으로부터 쟁점주식을 취득한 가액을 입증하지 못한 이상, 처분청에서 OOO이 OOO의 설립당시 출자․취득한 가액(OOO원)으로 쟁점현물출자를 한 것으로 보아 해당 금액을 법인세법 시행령제129조 제3항 제1호에 따른 쟁점1거래(청구법인이 OOO로부터 쟁점주식을 취득한 것) 당시의 쟁점주식 취득가액으로 본 것을 재결청인 우리 원이 부인하기는 어려워 보이는 점(OOO의 해당 출자․취득가액으로 쟁점현물출자가 된 것임을 부인하는 경우 당초 증여자 또는 이에 준하는 자인 OOO의 취득가액이 미확인되므로법인세법제92조 제2항 제1호 및 제98조 제1항 제5호의 각 단서 외의 본문에 따라 쟁점1거래의 원천징수세액으로 ‘지급액의 100분의 10’을 적용하여야 하나 그럴 경우 해당 세액이 이 건 과세처분보다 커지게 됨) 등에 비추어 볼 때, 청구법인의 예비적 청구도 받아들이기 어렵다 하겠다. (다) 따라서 처분청에서 청구법인이 쟁점2거래가 양도라는 전제로 신고한 지급명세서 상의 취득가액(OOO원)을 부인하고, 당초 증여자 또는 이에 준하는 자인 OOO가 OOO의 OOO의 설립당시 출자․취득가액(OOO원)과 같은 금액으로 쟁점현물출자를 받았다고 보아 그 상당액을 쟁점1거래 당시의 쟁점주식 취득가액으로 하여 산출된 양도차액만큼 청구법인에게 법인세(원천징수분)를 부과한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.