쟁점용역이 부가가치세 면세 대상인지 여부

심판청구를 이를 기각한다.

• 가. 청구법인은 1993.4.1.부터 2017.12.31.까지 OOO에서 OOO으로부터 사업장생활계폐기물 중간재활용업 허가 등을 받아 부산시내 농산물 도매시장과 재래시장에서 발생하는 농산물 폐기물의 처리 및 수집․운반업(이하 “쟁점용역”이라 한다)을 영위하였다.
• 나. 처분청은 2017.8.30.～2017.9.28. 기간 동안 청구법인의 2012～2016사업연도에 대한 법인통합조사를 실시하여, 청구법인이 대표이사 OOO 명의 계좌로 입금된 현금매출을 신고누락한 사실 등을 확인하고, 2017.11.3. <표1> 기재와 같이 청구법인에게 2012년 제1기～2016년 제2기 부가가치세 합계 OOO원, 2012～2016사업연도 법인세 합계 OOO원 및 원천세 OOO원을 각 경정 ․고지하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2018.2.1. 이의신청을 제기하였고, 2018.4.11. 일부 인용결정에 따라 처분청은 2018.4.17. 청구법인에 대한 관련 제세를 감액경정하였다.
• 라. 청구법인은 이에 불복하여 2018.5.17. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구인들 주장 (1) 청구법인이 수집․운반 및 처리하는 사업장생활계폐기물은 성상이 생활폐기물과 유사하여 생활폐기물로 분류되므로, 부가가치세 면제대상에 해당한다. 부가가치세법 제12조 및 같은 법 시행령 제29조 제11호는 폐기물 관리법 제25조 의 규정에 의하여 폐기물처리업 허가를 받은 사업자가 공급하는 생활폐기물 수집․운반 및 처리용역과 같은 법 제29조의 규정에 의하여 폐기물처리시설의 설치승인을 얻거나 그 설치의 신고를 한 사업자가 공급하는 생활폐기물의 재활용 용역을 부가가치세 면제대상으로 규정하고 있다. 2016년 환경부에서 발간한 ‘2016 환경연계통감’ 487페이지 주석에 의하면 폐기물은 발생 원인에 따라 크게 생활폐기물과 사업장폐기물로 구분되며, 사업장폐기물은 사업장생활계폐기물, 사업장배출시설계폐기물, 건설폐기물, 지정폐기물로 분류되는데, 가정에서 배출되는 생활폐기물과 사업장에서 발생하는 생활계폐기물을 합하여 생활폐기물 처리량을 산정한다고 기재하고 있다. 또한, 2014년 1월 한국지방세연구원이 발간한 ‘사업장폐기물에 대한 지방세과세방안’에 의하면, 사업장폐기물은 생활계폐기물, 배출시설계폐기물, 건설폐기물, 지정폐기물로 나누어지며, 가정폐기물과 사업장폐기물 중 생활계폐기물을 합하여 생활폐기물로 부르고, 사업장폐기물 중 사업장생활계폐기물을 제외한 나머지를 사업장폐기물로 규정한다고 기술하고 있다. 2000.12.29. 폐기물관리법 시행규칙 [별표7] 폐기물처리업을 하고자 하는 자가 갖추어야 할 시설․장비․기술능력의 기준 규정이 개정되어 생활폐기물과 사업장생활폐기물의 허가조건이 동일하게 변경된 사실을 확인할 수 있다. 즉, 청구법인이 수집․운반 및 처리하는 사업장생활계폐기물은 성상이 생활폐기물과 유사하여 생활폐기물로 분류되므로, 부가가치세 면제대상에 해당한다. 이와 관련하여 국세청 예규 역시 생활폐기물의 폐기물처리업 허가를 받은 사업자가 사업장에서 발생하는 폐기물로서 생활폐기물성상이 유사한 생활폐기물의 기준 및 방법으로 수집ㆍ운반할 수 있는 폐기물을 시ㆍ군ㆍ구의 조례가 정하는 바에 따라 처리하는 경우 당해 용역에 대하여 2001.1.9일 이후 공급하는 분부터 부가가치세가 면제되는 것 (부가46015-1235, 2001.9.12.)이라고 규정하고 있다.

(2) 2000.12.29. 부가가치세법 시행령 제29조 개정 이후에는 폐기물관리법 제25조 및 같은 법 시행규칙 제17조 제1항 관련 [별표7] 허가기준에 의해 생활폐기물인지 여부가 결정되는 것이므로, 사업장생활계폐기물 또한 생활폐기물에 포함되어 부가가치세가 면제되는 것이다. 당초 부가가치세법 시행령 제29조 는 부가가치세가 면제되는 의료보건용역의 범위에 대해 단순히 폐기물 관리법에 의한 생활폐기물로 규정하고 있었으나, 2000.12.29. 개정된 부가가치세법 시행령 제29조 제11호 는 폐기물 관리법 제25조 의 규정에 의하여 폐기물처리업 허가를 받은 사업자가 공급하는 생활폐기물 수집․운반 및 처리용역 등으로 관련 규정이 개정되었다. 즉, 2000.12.29. 개정 전의 경우 폐기물관리법에서 정한 생활폐기물의 정의(제2조)에 따라 사업장생활계폐기물은 부가가치세가 과세되지만, 시행령 개정 이후는 폐기물관리법 제25조 및 같은 법 시행규칙 제17조 제1항 관련 [별표7] 허가기준에 의해 생활폐기물인지 여부가 결정되는 것이므로, 사업장생활계폐기물 또한 생활폐기물에 포함되어 부가가치세가 면제되는 것이다. (3) 청구법인의 거래처는 ‘사단법인 OOO’ 등이 아닌 그에 소속된 개인사업자들로 폐기물을 1일 평균 300킬로그램 이상 배출하는 사업장이 아니므로, 청구법인이 제공하는 용역은 부가가치세법 제12조 등에서 규정하는 부가가치세 면제 대상용역에 해당한다.

• 나. 처분청 의견 부가가치세법은 부가가치세가 면제되는 용역을 관련 법령에 제한적으로 열거하고 있는바, 부가가치세법 시행령 제29조 에 따르면 ‘ 폐기물관리법 제25조 에 따라 생활폐기물의 폐기물처리업 허가를 받은 사업자가 공급하는 생활폐기물의 수집․운반 및 처리용역’을 면세로 한다고 그 대상을 한정하고 있다. 따라서 부가가치세가 면제되기 위해서는 청구법인이 처리하는 폐기물이 생활폐기물에 해당하여야 하는데, 폐기물관리법 제2조 에 의하면 사업장폐기물은 1일 평균 300킬로그램 이상 배출하는 사업장에서 발생하는 폐기물을 말하고, 사업장폐기물외의 폐기물이 생활폐기물로 인정된다. 청구법인은 ‘사업장생활계폐기물’ 수집․운반 허가를 받은 것으로 확인되는바, 폐기물관리법 제25조 에 의하면 생활폐기물과 사업장생활계폐기물을 구분하여 허가하고 있는 것을 확인할 수 있으므로, 청구법인이 처리하는 폐기물을 부가가치세가 면제되는 생활폐기물로 인정할 수 없다. 더욱이 청구법인의 주요거래처는 농산물도매시장과 재래시장으로 동 거래처는 1일 평균 300킬로그램 이상의 폐기물을 배출하는 사업장이다. 청구법인은 쟁점용역의 거래처가 세금계산서상 공급받는자로 기재된 ‘사단법인 OOO’ 등의 재래시장이 아니라 재래시장 등에 소속된 개인 사업자라고 주장하나, 청구법인이 제출한 전자세금계산서에 의하면 용역을 공급받는 자를 ‘사단법인 OOO’ 등으로 기재하고 있고, 전자세금계산서 발행금액 중 96%가 1일 300킬로그램 이상 폐기물을 처리하는 사업자로부터 발행된 것으로 확인되므로, 청구법인이 처리하는 폐기물을 부가가치세가 면제되는 생활폐기물로 인정할 수 없다.

• 가. 쟁점 쟁점용역이 부가가치세 면세대상인지 여부
• 나. 관련 법령: <별지> 기재
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인은 OOO으로부터 1997.12.26. 폐기물 중간재활용업 및 2013.8.20. 폐기물 수집․운반업 허가를 받고, OOO 등에게 쟁점용역을 제공하고 세금계산서를 발급하였다. (가) 청구법인은 2012년 제1기분부터 2016년 제2기분까지 부가가치세 신고를 함에 있어 쟁점용역을 과세용역으로 신고한 것으로 확인된다. (나) 청구법인이 제출한 폐기물 중간재활용업 허가증 및 폐기물 수집․운반업 허가증에 의하면, 폐기물 중간재활용업 및 폐기물 수집․운반업 허가 당시 영업대상 폐기물을 “사업장생활계폐기물”로 하여 허가받은 사실이 확인된다. (다) 쟁점용역을 공급받는자가 ‘폐기물을 1일 평균 300킬로그램 이상 배출하는 사업장’에 해당하는지 여부와 관련하여, 청구법인과 처분청이 제출한 자료에 의하면 다음과 같은 사실이 확인된다.

1. 청구법인은 쟁점용역을 공급받는 자 는 ‘사단법인 OOO’ 등이 아닌 그에 소속된 개인사업자들로 폐기물을 1일 평균 300킬로그램 이상 배출하는 사업장이 아니라고 주장하며, 다음과 같은 자료를 제출하였다.

• 가) ‘2017년 10월, 11월, 12월 쓰레기비용 내역’에 의하면, OOO 주식회사에 속하는 중매인들이 쓰레기 처리비용을 월 OOO원으로 분담하여 지급하고 있다는 내용이 기재되어 있으며, 소속 중매인들의 이름은 익명화되어 있다.
• 나) ‘OOO과 OOO의 쓰레기 분담금’ 내역에 의하면, OOO과 OOO에 소속된 OOO 등이 2016.4.1. 청소비로 각 OOO원을 지급한 내역이 기재되어 있다.

2. 2016년 12월 및 2017년 12월 전자세금계산서에 의하면 쟁점용역을 공급받는 자를 ‘사단법인 OOO’ 등으로 기재하고 있고, 전자세금계산서 발행금액 중 96%가 1일 300킬로그램 이상 폐기물을 처리하는 사업자로부터 발행된 것으로 확인(폐기물 처리단가 1kg당 OOO원×300kg×30일=OOO원)된다. (라) OOO의 ‘사상구 폐기물관리 및 수수료 등에 관한 조례’에 의하면 생활폐기물과 사업장생활계폐기물을 구분하여 정의하고 있는 것을 확인할 수 있다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다. 청구법인은 청구법인이 수집․운반 및 처리하는 사업장생활계폐기물은 성상이 생활폐기물과 유사하여 생활폐기물로 분류되는 것이고, 청구법인의 거래처는 ‘사단법인 OOO’ 등이 아닌 그에 소속된 개인사업자들로 폐기물을 1일 평균 300킬로그램 이상 배출하는 사업장이 아니므로, 청구법인이 제공하는 용역은 부가가치세법 제12조 등에서 규정하는 부가가치세 면제 대상용역에 해당한다고 주장한다. 면세는 부가가치세의 기본적 과세원칙에 대한 예외이므로 부가가치세법 제12조 는 특정재화 또는 용역의 공급과 특정재화의 수입에 대하여만 면세한다고 제한적으로 열거하고 있고, 면세대상도 특정사업자 등의 사업주체 개념뿐만 아니라 거래되는 재화와 용역의 공급 등과 같은 사업객체의 개념도 함께 규정하고 있기 때문에 일반적으로 조세법상의 열거주의에 의한 다른 조문과 같이 엄격하고 제한적으로 해석하여야 한다(국심 2002서3107, 2003.1.29.). 청구법인은 사업장생활계폐기물 중간재활용업 허가 등을 받아 OOO내 농산물 도매시장과 재래시장에서 발생하는 농산물 폐기물의 처리 및 수집․운반업을 영위하였고, 쟁점용역을 제공하고 부가가치세를 계속적으로 거래징수하여 왔 다는 점에 대해서는 다툼이 없는 바, 폐기물관 리법 제2조(정의) 에서 생활폐기물과 사업장 폐기물로 분류하고 있으며, 동법 시행령 에서 배출량이 1일 평균 300킬로그램 이상인 사업장에 대하여 사업장 폐기물로 본다고 규정 하고 있는 점, OOO의 조례에서도 생활 폐기물과 사업장생활계폐기물을 구별하여 정의하고 있고 종량제봉투 등도 구분하여 사용하고 있는 것으로 확인되며, 허가권자는 생활폐기물과 사업장생활폐기물을 구별하여 허가하고 있는데 생활폐기물의 경우 처리 책임자 및 영업구역 등의 제한이 있어 사업장생활계폐기물 허가와 구별할 실익이 있어 보이는 점, 청구법인이 제출한 전자세금계산서에 의하면 용역을 공급받는 자를 ‘사단법인 OOO’ 등으로 기재하고 있고, 전자세금계산서 발행금액 중 96%가 1일 300킬로그램 이상 폐기물을 처리하는 비용(킬로그램당 OOO원, 월 OOO원)을 초과하는 것으로 확인되므로, 쟁점용역의 거래처는 폐기물을 1일 평균 300킬로그램 이상 배출하는 사업장에 해당하여 청구법인이 처리하는 폐기물을 부가가치세가 면제되는 생활폐기물로 인정하기 어려운 점 등에 비추어 볼 때, 청구주장을 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다. <별지> 관련 법령

(1) 부가가치세법 제26조[재화 또는 용역의 공급에 대한 면세] ① 다음 각 호의 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다.

5. 의료보건 용역(수의사의 용역을 포함한다)으로서 대통령령으로 정하는 것과 혈액 (2) 부가가치세법 시행령 제35조[의료보건용역의 범위] 법 제26조 제1항 제5호에 규정하는 의료보건용역은 다음 각 호의 용역(의료법 또는 수의사법에 따라 의료기관 또는 동물병원을 개설한 자가 제공하는 것을 포함한다)으로 한다.

12. 폐기물관리법 제25조의 규정에 의하여 생활폐기물 또는 의료폐기물의 폐기물처리업 허가를 받은 사업자가 공급하는 생활폐기물 또는 의료폐기물의 수집·운반 및 처리용역과 같은 법 제29조의 규정에 의하여 폐기물처리시설의 설치승인을 얻거나 그 설치의 신고를 한 사업자가 공급하는 생활폐기물의 재활용용역

(3) 폐기물관리법 제2조[정의] 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

2. "생활폐기물"이란 사업장폐기물 외의 폐기물을 말한다.

3. "사업장폐기물"이란 대기환경보전법, 수질 및 수생태계 보전에 관한 법률 또는 소음·진동관리법에 따라 배출시설을 설치·운영하는 사업장이나 그 밖에 대통령령으로 정하는 사업장에서 발생하는 폐기물을 말한다. 제14조[생활폐기물의 처리 등] ① 특별자치시장, 특별자치도지사, 시장·군수·구청장은 관할 구역에서 배출되는 생활폐기물을 처리하여야 한다. 다만, 환경부령으로 정하는 바에 따라 특별자치시장, 특별자치도지사, 시장·군수·구청장이 지정하는 지역은 제외한다.

② 특별자치시장, 특별자치도지사, 시장·군수·구청장은 해당 지방자치단체의 조례로 정하는 바에 따라 대통령령으로 정하는 자에게 제1항에 따른 처리를 대행하게 할 수 있다. 제25조[폐기물처리업] ① 폐기물의 수집·운반, 재활용 또는 처분을 업(이하 "폐기물처 리업"이라 한다)으로 하려는 자(음식물류 폐기물을 제외한 생활폐기물을 재활용하려는 자와 폐기물처리 신고자는 제외한다)는 환경부령으로 정하는 바에 따라 지정폐기물을 대상으로 하는 경우에는 폐기물 처리 사업계획서를 환경부장관에게 제출하고, 그 밖의 폐기물을 대상으로 하는 경우에는 시·도지사에게 제출하여야 한다. 환경부령으로 정하는 중요 사항을 변경하려는 때에도 또한 같다.

② 환경부장관이나 시·도지사는 제1항에 따라 제출된 폐기물 처리사업계획서를 다음 각 호의 사항에 관하여 검토한 후 그 적합 여부를 폐기물처리사업계획서를 제출한 자에게 통보하여야 한다.

③ 제2항에 따라 적합통보를 받은 자는 그 통보를 받은 날부터 2년(제5항 제1호에 따른 폐기물 수집·운반업의 경우에는 6개월, 폐기물처리업 중 소각시설과 매립시설의 설치가 필요한 경우에는 3년) 이내에 환경부령으로 정하는 기준에 따른 시설·장비 및 기술능력을 갖추어 업종, 영업대상 폐기물 및 처리분야별로 지정폐기물을 대상으로 하는 경우에는 환경부장관의, 그 밖의 폐기물을 대상으로 하는 경우에는 시·도지사의 허가를 받아야 한다. 이 경우 환경부장관 또는 시·도지사는 제2항에 따라 적합통보를 받은 자가 그 적합통보를 받은 사업계획에 따라 시설·장비 및 기술인력 등의 요건을 갖추어 허가신청을 한 때에는 지체 없이 허가하여야 한다.

⑤ 폐기물처리업의 업종 구분과 영업 내용은 다음과 같다.

1. 폐기물 수집·운반업: 폐기물을 수집하여 재활용 또는 처분 장소로 운반하거나 폐기물을 수출하기 위하여 수집·운반하는 영업

2. 폐기물 중간처분업: 폐기물 중간처분시설을 갖추고 폐기물을 소각 처분, 기계적 처분, 화학적 처분, 생물학적 처분, 그 밖에 환경부장관이 폐기물을 안전하게 중간처분할 수 있다고 인정하여 고시하는 방법으로 중간처분하는 영업

3. 폐기물 최종처분업: 폐기물 최종처분시설을 갖추고 폐기물을 매립 등(해역 배출은 제외한다)의 방법으로 최종처분하는 영업

4. 폐기물 종합처분업: 폐기물 중간처분시설 및 최종처분시설을 갖추고 폐기물의 중간처분과 최종처분을 함께 하는 영업

5. 폐기물 중간재활용업: 폐기물 재활용시설을 갖추고 중간가공 폐기물을 만드는 영업

6. 폐기물 최종재활용업: 폐기물 재활용시설을 갖추고 중간가공 폐기물을 제13조의2에 따른 용도 또는 방법으로 재활용하는 영업

7. 폐기물 종합재활용업: 폐기물 재활용시설을 갖추고 중간재활용업과 최종재활용업을 함께 하는 영업

⑥ 제5항 제2호부터 제7호까지의 규정에 해당하는 폐기물처리업 허가를 받은 자는 같은 항 제1호에 따른 폐기물 수집·운반업의 허가를 받지 아니하고 그 처리 대상 폐기물을 스스로 수집·운반할 수 있다. (4) 폐기물관리법 시행령 제2조[사업장의 범위] 폐기물관리법(이하 "법"이라 한다) 제2조제3호에서 "그 밖에 대통령령으로 정하는 사업장"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사업장을 말한다.

7. 폐기물을 1일 평균 300킬로그램 이상 배출하는 사업장