청구법인이 결손금 소급공제대상 중소기업에 해당하지 않아 이를 부인하여 법인세를 부과한 처분이 정당한지 여부

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구법인은 2008.3.24. 설립되어 OOO일대의 주택재개발사업(이하 “쟁점재개 발사업”이라 한다)을 시행한 주택재개발정비사업조합(2017.6.26.해산등기, 2017.9.14. 청산종결)으로, 2011.12.30. OOO으로부터 관리처분계획의 인가를 받아 2015.10.29.(준공인가일)까지 OOO[조합원 분양 194세대(비수익사업), 일반분양 606세대(수익사업) 등 총 800세대, 이하 “쟁점아파트”라 한다]의 건축 및 분양사업을 시행하고, 2016사업연도 법인세를 신고하면서 법인세법 제72조 에 따라 결손금 OOO에 대한 소급공제를 신청하여 법인세 OOO을 환급받았다.
• 나. 처분청은 청구법인이 부동산매매업을 영위하여 결손금 소급공제 대상 중소기업에 해당하지 아니한다고 보아 2017.9.20. 청구법인에게 기 환급한 2016사업연도 법인세 OOO을 경정·고지하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2017.11.16. 이의신청을 거쳐 2018.4.17. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 주택재개발사업 중 조합원들이 분양받은 아파트 및 상가는 비수익사업이고 일반 분양하는 아파트, 상가 및 임대주택은 수익사업으로서, 청구법인은 수익사업에서 2015사업연도부터 2017사업연도까지 총 OOO백만원의 과세매출총이익이 발생하였고, 일반분양분 아파트가 분양완료된 2015사업연도의 경우 과세매출총이익이 (-)임에도 조사청의 세무조정(이주비 대출이자를 손금불산입)에 따라 과세소득OOO이 발생하게 되었으며, 이에 청구법인은 결손[과세소득 OOO백만원]이 발생한 2016사업연도의 법인세를 신고하면서 2015사업연도에 과세된 법인세를 환급하여 달라는 결손금 소급 공제에 따른 법인세액 환급신청을 하게 된 것이다. 도시 및 주거환경정비법에 따라 설립되는 주택재개발정비사업조합은 고유목적사업인 재개발사업이 완료되면 당연히 청산되는 일시적·한시적·1회성의 법인으로서, 영리를 목적으로 반복적인 사업을 하는 계속기업인 주식회사와는 근본적으로 다르고, 청구법인은 주택재개발정비사업조합으로서 건설교통부에서 예시한 재개발사업의 표준정관 제2조(목적) 및 제61조(조합의 해산)에서 “조합은 준공인가를 받은 날로부터 1년 이내에 이전고시 및 건축물 등에 대한 등기절차를 완료하고 총회를 소집하여 해산의결을 하여야 한다”고 정하고 있는 바와 같이 쟁점재개발사업을 시행한 후 2017.6.26. 해산등기를 하고 2017.9.14. 청산완료하였는바, 세법을 적용할 때에도 이러한 특수성을 감안하여야 하며, 수익사업의 과세소득을 적용할 때에도 이러한 특수성을 고려하여 재개발사업기간 전체를 1사업연도로 보고 전체적인 입장에서 과세하여야 한다. 전체적으로는 손실인데 재개발사업을 인위적으로 사업연도로 구분하여 금번 사업연도에 과세소득이 발생하였다 하여 차기 사업연도에 결손금이 발생할 것이 예견됨에도 국세를 부과하는 것은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 청구법인은 2015사업연도부터 2017사업연도까지의 총 과세기간을 합산하여 살펴보면 결손이 발생하였음에도 수익이 발생한 2015사업연도만 고려하여 법인세를 부과하는 것은 재개발조합의 사업내용 특성상 불합리하다고 주장하나, 법인세법 상 사업연도는 1년을 초과하지 못하는 1회계기간으로 규정하고 있고 그 사업연도별로 법인의 소득이 인식되어 법인세가 부과되는 것이어서 재개발사업 기간 전체를 1사업 연도로 볼 수 없으며, 청구인은 건설업이 아닌 부동산 매매업을 영위하였으므로 법인세법 제72조 에 따른 결손금 소급공제 대상 중소기업에 해당하지 아니하므로 결손금 소급공제분에 대하여 고지한 이 건 법인세 부과처분은 잘못이 없다.

• 가. 쟁 점 청구법인이 결손금 소급공제대상 중소기업에 해당하지 않는다고 보아 결손금 소급 공제를 부인하여 법인세를 부과한 처분의 당부
• 나. 관련 법령 (1) 국세기본법 제14조(실질과세) ① 과세의 대상이 되는 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 귀속이 명의(名義)일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있을 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다. 제18조(세법 해석의 기준 및 소급과세의 금지) ① 세법을 해석ㆍ적용할 때에는 과세의 형평(衡平)과 해당 조항의 합목적성에 비추어 납세자의 재산권이 부당하게 침해되지 아니하도록 하여야 한다.

(2) 법인세법(2016.12.20. 법률 제14386호로 일부개정되기 전의 것) 제3조(과세소득의 범위) ③ 비영리내국법인의 각 사업연도의 소득은 다음 각 호의 사업 또는 수입(이하 "수익사업"이라 한다)에서 생기 는 소득으로 한다. 제6조(사업연도) ① 사업연도는 법령이나 법인의 정관(定款) 등에서 정하는 1회계기간으로 한다. 다만, 그 기간은 1년을 초과하지 못한다. 제14조(각 사업연도의 소득) ① 내국법인의 각 사업연도의 소득은 그 사업연도에 속 하는 익금(益金)의 총액에서 그 사업연도에 속하는 손금(損金)의 총액을 공제한 금액으로 한다.

② 내국법인의 각 사업연도의 결손금은 그 사업연도에 속하는 손금의 총액이 그 사업연도에 속하는 익금의 총액을 초과하는 경우에 그 초과하는 금액으로 한다. 제25조(접대비의 손금불산입) ① 내국법인이 각 사업연도에 지출한 접대비(제2항에 해당하는 금액은 제외한다)로서 다음 각 호의 금액을 합한 금액을 초과하는 금액은 해당 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입하지 아니한다.

1. 1천200만원[대통령령으로 정하는 중소기업의 경우에는 1천800만원(2016년 12월 31일이 속하는 사업연도까지는 2천400만원)]에 해당 사업연도의 월수를 곱하고 이를 12로 나누어 산출한 금액 제72조(결손금 소급 공제에 따른 환급) ① 제25조 제1항 제1호에 따른 중소기업은 각 사업연도에 제14조 제2항에 따른 결손금이 발생한 경우 그 결손금에 대하여, 직전 사업연도의 소득에 대하여 과세된 법인세액(대통령령으로 정하는 법인세액을 말한다)을 한도로 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액을 환급 신청할 수 있다. 이 경우 그 결손금에 대하여는 제13조 제1호를 적용할 때 이를 공제받은 금액으로 본다.

② 제1항에 따라 법인세액을 환급받으려는 내국법인은 제60조에 따른 신고기한까지 대통령령으로 정하는 바에 따라 납세지 관할 세무서장에게 신청하여야 한다.

③ 납세지 관할 세무서장은 제2항에 따른 신청을 받으면 지체 없이 환급세액을 결정하여 국세기본법 제51조 및 제52조에 따라 환급하여야 한다.

④ 제1항부터 제3항까지의 규정은 해당 내국법인이 제60조에 따른 신고기한 내에 결손금이 발생한 사업연도와 그 직전 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준 및 세액을 각각 신고한 경우에만 적용한다.

⑤ 납세지 관할 세무서장은 다음 각 호의 어느 하나에 해당되는 경우에는 환급세액(제1호 및 제2호의 경우에는 과다하게 환급한 세액 상당액)에 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 이자 상당액을 가산한 금액을 해당 결손금이 발생한 사업연도의 법인세로서 징수한다

1. 제3항에 따라 법인세를 환급한 후 결손금이 발생한 사업연도에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 경정함으로써 결손금이 감소된 경우

2. 결손금이 발생한 사업연도의 직전 사업연도에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 경정함으로써 환급세액이 감소된 경우

3. 제25조 제1항 제1호의 중소기업에 해당하지 아니하는 법인이 법인세를 환급받은 경우

⑥ 결손금의 소급 공제에 따른 환급세액의 계산에 관한 사항과 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (3) 법인세법 시행령(2017.2.3. 대통령령 제27828호로 일부개정되기 전의 것) 제39조(중소기업의 범위 등) ① 법 제25조 제1항 제1호에서 "대통령령으로 정하는 중소기업"이란 조세특례제한법 시행령 제2조 의 규정에 의한 기업(이하 "중소기업"이라 한다)을 말한다. 제110조(결손금 소급공제에 의한 환급세액의 계산) ① 법 제72조 제1항 전단에서 "대통령령으로 정하는 법인세액"이란 직전 사업연도의 법인세 산출세액(법 제55조의2에 따른 토지등양도소득에 대한 법인세를 제외한다. 이하 이 조에서 같다)에서 직전 사업연도의 소득에 대한 법인세로서 공제 또는 감면된 법인세액(이하 "감면세액"이라 한다)을 차감한 금액(이하 이 조에서 "직전 사업연도의 법인세액"이라 한다)을 말한다.

② 법 제72조 제1항 전단에서 "대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액"이란 제1호의 금액에서 제2호의 금액을 차감한 금액을 말한다.

1. 직전 사업연도의 법인세 산출세액

2. 직전 사업연도의 과세표준에서 법 제14조 제2항의 규정에 의한 당해 사업연도의 결손금으로서 소급공제를 받고자 하는 금액(직전 사업연도의 과세표준을 한도로 하며, 이하 이 조에서 "소급공제 결손 금액"이라 한다)을 차감한 금액에 직전 사업연도의 세율을 적용하여 계산한 금액

③ 제72조 제2항의 규정에 의하여 환급을 받고자 하는 법인은 법 제60조의 규정에 의한 신고기한내에 기획재정부령이 정하는 소급공제법인세액환급신청서를 납세지 관할 세무서장에게 제출(국세정보통신망에 의한 제출을 포함한다)하여야 한다.

④ 법 제72조 제5항의 규정에 의하여 결손금이 감소됨에 따라 징수하는 법인세액의 계산은 다음 산식에 의한다. 다만, 법 제14조 제2항의 결손금중 그 일부 금액만을 소급 공제받은 경우에는 소급공제받지 아니한 결손금이 먼저 감소된 것으로 본다. [법 제72조 제3항의 규정에 의한 환급세액(이하 이 조에서 “당초 환급세액”이라 한다)] × 감소된 결손금액으로서 소급공제받지 아니한 결손금을 초과하는 금액 소급공제 결손금액

⑤ 법 제72조 제5항 각 호 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 이자 상당액"이란 제1호의 금액에 제2호의 율을 곱하여 계산한 금액을 말한다.

1. 법 제72조 제5항에 따른 환급세액

2. 당초 환급세액의 통지일의 다음날부터 법 제72조 제5항에 따라 징수하는 법인세액의 고지일까지의 기간에 대하여 1일 1만분의 3의 율. 다만, 납세자가 법인세액을 과다하게 환급받은데 정당한 사유가 있는 때에는 국세기본법 시행령 제43조의3 제2항 에 따른 이자율을 적용한다.

⑥ 납세지 관할세무서장은 당초 환급세액을 결정한 후 당해 환급세액의 계산의 기초가 된 직전 사업연도의 법인세액 또는 과세표준금액이 달라진 경우에는 즉시 당초 환급세액을 재결정하여 추가로 환급하거나 과다하게 환급한 세액상당액을 징수하여야 한다.

⑦ 제6항의 규정에 의하여 당초 환급세액을 재결정함에 있어서 소급공제 결손금액이 과세표준금액을 초과하는 경우 그 초과 결손금액은 소급공제 결손금액으로 보지 아니한다. (4) 조세특례제한법 시행령(2017.2.7. 대통령령 제27848호로 일부개정되기 전의 것) 제2조(중소기업의 범위) ① 조세특례제한법(이하 "법"이라 한다) 제5조 제1항 각 호 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 중소기업"이란 작물재배업, 축산업, 어업, 광업, 제조업(제조업과 유사한 사업으로서 기획재정부령으로 정하는 사업을 포함한다. 이하 같다), 하수·폐기물 처리(재활용을 포함한다)·원료재생 및 환경복원업, 건설업, 도매 및 소매업, 운수업 중 여객운송업, 음식점업, 출판업, 영상·오디오 기록물 제작 및 배급업(비디오물 감상실 운영업은 제외한다), 방송업, 전기통신업, 컴퓨터 프로그래밍·시스템 통합 및 관리업, 정보서비스업, 연구개발업, 광고업, 그 밖의 과학기술서비스업, 포장 및 충전업, 전문디자인업, 전시 및 행사대행업, 창작 및 예술관련 서비스업, 인력공급 및 고용알선업(농업노동자 공급업을 포함한다), 콜센터 및 텔레마케팅 서비스업, 법 제7조 제1항 제1호 커목에 따른 직업기술 분야 학원, 제5조 제6항에 따른 엔지니어링사업, 제5조 제8항에 따른 물류산업, 제6조 제1항에 따른 수탁생산업, 제54조 제1항에 따른 자동차정비공장을 운영하는 사업, 해운법에 따른 선박관리업,의료법에 따른 의료기관을 운영하는 사업, 관광진흥법에 따른 관광사업(카지노, 관광유흥음식점업 및 외국인전용 유흥음식점업은 제외한다), 노인복지법에 따른 노인복지시설을 운영하는 사업, 노인장기요양보험법 제32조 에 따른 재가장기요양기관을 운영하는 사업, 전시산업발전법에 따른 전시산업, 에너지이용 합리화법 제25조 에 따른 에너지절약전문기업이 하는 사업, 근로자직업능력 개발법에 따른 직업능력개발훈련시설을 운영하는 사업, 건물 및 산업설비 청소업, 경비 및 경호 서비스업, 시장조사 및 여론조사업, 사회복지 서비스업, 도시가스사업법 제2조 제4호 에 따른 일반도시가스사업, 무형재산권 임대업(지식재산 기본법 제3조 제1호 에 따른 지식재산을 임대하는 경우로 한정한다), 국가과학기술 경쟁력 강화를 위한 이공계지원 특별법 제2조 제4호 나목에 따른 연구개발지원업, 개인 간병인 및 유사 서비스업, 사회교육시설, 직원훈련기관, 기타 기술 및 직업훈련 학원, 도서관·사적지 및 유사 여가 관련 서비스업(독서실 운영업은 제외한다), 민간임대주택에 관한 특별법에 따른 주택임대관리업, 신에너지 및 재생에너지 개발·이용·보급 촉진법에 따른 신·재생에너지 발전사업 또는 보안시스템 서비스업을 주된 사업으로 영위하는 기업으로서 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 기업(이하 "중소기업"이라 한다)을 말한다. 다만, 자산총액이 5천억원 이상인 경우에는 중 소기업으로 보지 아니한다.

중소기업기본법 시행령 별표 1에 따른 규모 기준("평균매출액등"은 "매출액"으로 보며, 이하 이 조에서 "중소기업기준"이라 한다) 이내일 것

2. 삭제 <2000.12.29>

중소기업기본법 시행령 제3조 제1항 제2호 에 적합할 것. 이 경우 중소기업기본법 시행령 제3조 제1항 제2호 나목의 주식등의 간접소유 비율을 계산할 때 자본시장과 금융투자업에 관한 법률에 따른 집합투자기구를 통하여 간접소유한 경우는 제외하며, 중소기업기본법 시행령 제3조 제1항 제2호 다목을 적용할 때 "평균매출액등이 별표 1의 기준에 맞지 아니하는 기업"은 "매출액이 조세특례제한법 시행령 제2조 제1항 제1호 에 따른 중소기업기준에 맞지 아니하는 기업"으로 본다. 제104조의4(정비사업조합의 수익사업의 범위) 법 제104조의7 제2항을 적용할 때 정비 사업조합이 도시 및 주거환경정비법에 따라 해당 정비사업에 관한 관리처분계획에 따라 조합원에게 종전의 토지를 대신하여 토지 및 건축물을 공급하는 사업은 법인세법 제3조제3항에 따른 수익사업이 아닌 것으로 본다.

(5) 한국표준산업분류표 (가) 한국표준산업분류표 4111 주거용 건물 건설업 41111 단독 주택 건설업 41112 아파트 건설업 41119 기타 공동 주택 건설업 6812 부동산 개발 및 공급업 68121 주거용 건물 개발 및 공급업 68122 비주거용 건물 개발 및 공급업 68129 기타 부동산 개발 및 공급업 (나) 한국표준산업분류 개정 고시자료 F. 건설업(41∼42)

건설활동은 도급․자영 건설업자, 종합 또는 전문 건설업자에 의하여 수행된다. 직접 건설활동을 수행하지 않더라도 건설공사에 대한 총괄적인 책임을 지면서 건설공사 분야별로 도급 또는 하도급을 주어 전체적으로 건설공사를 관리하는 경우에도 건설활동으로 본다. 건설공사에 대한 총괄적인 책임 및 전체 건설공사를 관리하는 활동은 건설공사와 관련한 인력․자재․장비․자금․시공․품질․안전관리 부문 등을 전체적으로 책임지고 관리하는 경우를 나타낸다.

41112 아파트 건설업 주거용 아파트를 건설하는 산업활동을 말한다. 68121 주거용 건물 개발 및 공급업 직접 건설활동을 수행하지 않고 전체 건물 건설공사를 일괄 도급하여 주거용 건물을 건설하고, 이를 분양․판매하는 산업활동을 말한다. 구입한 주거용 건물을 재판매하는 경우도 포함된다. <예 시> ․아파트 위탁개발 분양 ․주택 위탁개발 분양

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인 및 처분청이 제출한 증빙자료에 따르면 다음과 같은 사실이 나타난다. (가) 청구법인은 2008.3.24. 주택신축판매업을 목적사업으로 하여 설립되어 2017.6.26.(해산등기)까지 쟁점재개발사업을 시행한 주택재개발정비사업조합으로, 사업연도가 매년 1.1.∼12.31.인 것으로 확인된다. (나) 청구법인은 OOO으로부터 2009.10.7. 주택재개발 정비사업시행인가를 받고 2011.12.30. 관리처분계획의 인가를 받은 후 OOO에게 쟁점아파트 건설공사를 일괄 도급주어 건설하게 하여 2015.10.29. 준공인가(준공인가 고시일: 2015.11.4.)를 받은 것으로 나타난다. (다) 쟁점재개발사업 시행에 따른 청구법인의 수익사업 과세소득내역은 다음 <표1>과 같다. <표1> 수익사업 과세소득 내역 (단위: %, 백만원) (라) 청구법인의 2012사업연도부터 2016사업연도까지의 법인세 신고내역은 다음 <표2>와 같다. <표3> 청구법인의 법인세 신고내역 (단위: 백만원)

1. 청구법인은 쟁점재개발사업의 시행에 따라 발생한 조합원 이주비에 대한 대출금 이자 OOO(이하 “쟁점이주비대출금이자”라 한다)을 조합원을 대신하여 지출한 후, 이를 공통손금으로 보아 그 중 수익사업 해당분 이자 OOO(이하 “쟁점이자”라 한다)을 2015사업연도의 손금으로 계상하였으나,

2. 조사청은 쟁점이주비대출금이자를 조합원 분양(비수익사업)과 관련하여 발생한 지출로 보아 쟁점이자를 손금불산입하였고, 이에 따라 일반분양분 아파트가 완공 및 분양완료된 2015사업연도의 경우 수익사업부문 매출총이익이 (-)임에도 쟁점이자를 손금불산입함에 따라 과세소득 OOO백만원이 발생하였다.

3. 조사청은 2015사업연도 법인세 OOO을 부과하는 경정결의서(안)을 처분청에게 통보하였고, 처분청은 이에 따라 2017.1.9. 청구법인에게 2015사업연도 법인세 OOO을 부과·고지하였다. (바) 청구법인은 2016사업연도 법인세를 신고하면서 법인세법제72조에 따라 결손금 OOO에 대한 소급공제를 신청하여 법인세 OOO을 환급받았으나, 처분청은 청구법인이 부동산매매업을 영위하여 결손금 소급공제 대상 중소기업에 해당하지 아니한다고 보아 2017.9.20. 청구법인에게 기 환급한 2016사업연도 법인세 OOO을 경정·고지하였다.

(2) 위의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, (가) 청구법인은 쟁점재개발사업기간을 1회계기간으로 보아 전체적인 입장에서 법인세 가 과세되는 소득이 있는지 여부를 판단하여야 한다고 주장하나, 법인세법상 사업연도 는 1년을 초과하지 못하는 1회계기간으로 규정되어 있고 그 사업연도별로 법인의 소득이 인식되어 법인세가 부과되는 점, 이에 따라 청구법인은 매년 1.1.～12.31. 기간을 사업 연도로 신고하였고, 법인세법상 청구법인과 같은 재개발정비사업조합에 대하여 재개발사업 전체기간을 하나의 사업연도로 보도록 하는 특별한 규정이 없는 점 등에 비추어 청구법인이 2015사업연도에 과세소득이 발생한 사실을 부인할 수 없다. (나) 또한, 청구법인이 결손금 소급공제 적용대상에 해당하는지 여부에 관하여 살피건대, 청구법인은 주택재개발사업을 목적으로 설립된 주택재개발정비사업조합으로 주택신축판매업으로 사업자등록을 하고 신축공사를 타 건설업자에게 도급하여 완공하게 한 후 이를 분양·판매하였고, 이는 다른 건설업체에 위탁하거나 타인에게 도급을 주어 건설한 건물 등을 분양하는 경우로서 한국표준산업분류표상 건설업이 아닌 부동산 개발 및 공급업에 해당하는바, 동 업종은 결손금 소급공제 대상 업종을 영위하는 중소기업에 해당하지 아니하므로 처분청에서 청구법인의 결손금 소급공제에 따른 법인세 환급신청을 부인하여 법인세를 부과한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.