쟁점토지를 비사업용토지로 보아 쟁점토지의 양도에 대하여 청구법인에게 법인세를 과세한 처분의 당부 등

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구법인은 2014.10.20. 농산물의 유통, 가공, 판매 등의 목적으로 OOO을 사업장으로 하여 설립된 농업회사법인으로, 2015사업연도 중 아래 <표>와 같이 OOO를 양도하고 쟁점토지를 사업용토지로 보아 쟁점토지의 양도차익에 대하여 법인세를 신고ㆍ납부하지 아니하였다.
• 나. 처분청은 쟁점토지를 농업을 주된 사업으로 하지 아니하는 법인이 소유한 토지로서 법인세법OOO 제55조의2에서 규정하고 있는 부동산양도 목적으로 취득한 비사업용 토지로 보아 2017.12.5. 청구법인에게 2015사업연도 법인세 OOO을 경정ㆍ고지하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2018.3.2. 심판청구를 제기하였다

• 가. 청구법인 주장

(1) 청구법인은 작물재배업을 주목적으로 설립된 농업회사법인으로, 쟁점토지를 재촌자경하였으므로 쟁점토지는 비사업용 토지가 아니다. 청구법인의 대표이사 김OOO은 은퇴 후 제주도에서 농지를 매입하여 농업회사를 운영하는 것이 평소 희망이었는데 2005년 은퇴 후 실제 OOO로 이주하였고, 농업을 경영하기 위하여 OOO에 토지를 매입하게 되었으며, 농업에 대하여 여러 교육기관 등에서 교육을 받던 중 농업회사를 운영할 생각을 가지게 되었고, 이에 따라 2014년말부터 개인적으로 소유하고 있던 쟁점토지를 청구법인에 현물출자하여 청구법인을 설립하였다. 처음에는 농사가 서툴러 한 해 농사를 통째로 망치기도 하였지만 평소 원하던 일이라 농사에 전념하였고, 자녀인 김OOO와 김OOO을 OOO로 불러들여 청구법인의 운영에 돕게 하였다. 청구법인은 귤, 보리 등을 생산하여 소비자들에게 통신판매를 통하여 직접 판매하거나 OOO 소재 판매점을 통하여 관광객 등에게 판매하고 있으며, 현재는 관광농원OOO을 준비 중에 있다. 청구법인의 대표이사 김OOO 등이 쟁점토지를 재촌자경하였다는 사실은 OOO이 발행한 조합원 증명서, 농지원부, 농약구입내역, 농기계 등 구입내역, 수목 등 작물판매영수증, 농기계현장이용기술 교육이수확인서, 귀농귀촌교육이수확인서, 농업경영체등록확인서 등을 통해 확인된다. 따라서, 처분청이 쟁점토지를 비사업용 토지로 보아 쟁점토지의 양도에 대하여 청구법인에게 법인세를 과세한 처분은 부당하다.

(2) 청구법인은 작물재배업을 주업으로 하는 중소기업에 해당하므로 쟁점토지의 양도소득에 대하여 법인세 납세의무가 없다. 법인세법부칙 제8조 단서에서 중소기업이 비사업용 토지를 2015.12.31.까지 양도하는 경우에는 토지등 양도소득에 대한 법인세 납세의무가 없는 것으로 규정하고 있는바, 청구법인은 작물재배업을 주업으로 하는 중소기업에 해당하고 이러한 사실은 사업자등록증의 업종, 법인세신고서 및 중소기업기준검토표, 정관 등에서 확인된다. 따라서, 청구법인은 작물재배업을 주업으로 하는 중소기업에 해당하므로 처분청이 청구법인에게 법인세를 과세한 처분은 부당하다.

• 나. 처분청 의견 <주위적 청구> 청구법인은 작물재배업을 영위하는 법인이 아닌 부동산매매업을 주로 영위한 법인이고, 쟁점토지는 이와 같이 농업을 주된 사업으로 하지 아니하는 법인이 소유한 토지로서 비사업용 토지이다. 청구법인은 2014.10.22. 사업자신고 당시 주업태를 부동산업으로, 주종목을 택지분양으로 신고하였고, 청구법인의 주주인 김OOO로부터 쟁점토지를 취득한 후 필지를 분할하여 1년 이내 단기양도하였다. 또한, 청구법인이 신고한 2015사업연도 법인세 신고내역의 손익계산서를 보면, 작물재배업 매출은 OOO에 불과(동 매출도 계산서 매출이 아닌 현금매출로 실질 확인이 불가능)한 반면, 유형자산(토지) 처분이익이 OOO에 이르는 등 청구법인은 부동산매매업을 주업으로 하는 법인으로 확인되며, 아울러 청구법인의 2015사업연도 매입세금계산서를 확인해 보아도 농약, 비료 등 작물재배관련 내역이 나타나지 않는다. 한편, 청구법인은 2016.1.29. 사업자등록정정신고를 하면서 주업태 항목에서 부동산업을 삭제하고, 농업(작물재발/축산/수렵)을 추가하였으며, 주종목 항목에서 부동산매매를 삭제하고 채소, 화훼, 종묘 과실 및 기타 작물재배업을 추가하였다. 따라서, 쟁점토지는 재촌재경한 농지가 아닌 부동산양도 목적으로 취득한 농지에 해당하여 비사업용 토지로서 처분청이 청구법인에게 토지등 양도소득에 대한 법인세를 과세한 처분은 정당하다. <예비적 청구> 청구법인은 작물재배업을 주업으로 하는 중소기업에 해당하여 중소기업이 비사업용 토지를 2015.12.31.까지 양도하는 경우에는 토지등 양도소득에 대한 법인세 신고의무가 없다고 주장하나, 조세특례제한법 시행령 제2조 의 규정에 따라 부동산업, 부동산 매매업을 영위하는 청구법인은 중소기업에 해당하지 않는다.

• 가. 쟁점

① (주위적 청구) 쟁점토지를 비사업용토지로 보아 쟁점토지의 양도에 대하여 청구법인에게 법인세를 과세한 처분의 당부

② (예비적 청구) 청구법인이 “작물재배업”을 주업으로 하는 “중소기업”에 해당하므로 쟁점토지의 양도차익에 대하여 법인세 납세의무가 없다는 청구주장의 당부

• 나. 관련법령

(1) 법인세법(2015.12.15. 법률 제13555호로 개정되기 전의 것) 제55조의2(토지등 양도소득에 대한 과세특례) ① 내국법인이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지 및 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함하며, 이하 이 조 및 제95조의2에서 "토지등"이라 한다)을 양도한 경우에는 해당 각 호에 따라 계산한 세액을 토지등 양도소득에 대한 법인세로 하여 제13조에 따른 과세표준에 제55조에 따른 세율을 적용하여 계산한 법인세액에 추가하여 납부하여야 한다. 이 경우 하나의 자산이 다음 각 호의 규정 중 둘 이상에 해당할 때에는 그 중 가장 높은 세액을 적용한다.

3. 비사업용 토지를 양도한 경우에는 토지등의 양도소득에 100분의 10(미등기 토지등의 양도소득에 대하여는 100분의 40)을 곱하여 산출한 세액

② 제1항 제3호에서 "비사업용 토지"란 토지를 소유하는 기간 중 대통령령으로 정하는 기간 동안 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지를 말한다.

1. 논밭 및 과수원(이하 이 조에서 "농지"라 한다)으로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 것

• 가. 농업을 주된 사업으로 하지 아니하는 법인이 소유하는 토지. 다만, 농지법이나 그 밖의 법률에 따라 소유할 수 있는 농지로서 대통령령으로 정하는 농지는 제외한다. 부 칙 <법률 제12166호, 2014.1.1.> 제8조(토지등 양도소득에 대한 과세특례에 관한 적용례) 제55조의2의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 양도하는 분부터 적용한다. 다만, 제25조 제1항 제1호에 따른 중소기업이 주택 또는 비사업용 토지(미등기 토지등은 제외한다)를 2015년 12월 31일까지 양도하는 경우에는 제55조의2 제1항을 적용하지 아니한다. (2) 법인세법 시행령(2016.2.12. 대통령령 제26981호로 개정되기 전의 것) 제39조(중소기업의 범위 등) ① 법 제25조 제1항 제1호에서 "대통령령으로 정하는 중소기업"이란 조세특례제한법 시행령제2조의 규정에 의한 기업(이하 "중소기업"이라 한다)을 말한다. (3) 조세특례제한법 시행령(2016.2.5. 대통령령 제26959호로 개정되기 전의 것) 제2조(중소기업의 범위) ①조세특례제한법(이하 "법"이라 한다) 제5조 제1항 각 호 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 중소기업"이란 작물재배업, 축산업, 어업, 광업, 제조업(제조업과 유사한 사업으로서 기획재정부령으로 정하는 사업을 포함한다. 이하 같다), 하수·폐기물 처리(재활용을 포함한다)·원료재생 및 환경복원업, 건설업, 도매 및 소매업, 운수업 중 여객운송업, 음식점업, 출판업, 영상·오디오 기록물 제작 및 배급업(비디오물 감상실 운영업은 제외한다), 방송업, 전기통신업, 컴퓨터 프로그래밍·시스템 통합 및 관리업, 정보서비스업, 연구개발업, 광고업, 그 밖의 과학기술서비스업, 포장 및 충전업, 전문디자인업, 전시 및 행사대행업, 창작 및 예술관련 서비스업, 인력공급 및 고용알선업(농업노동자 공급업을 포함한다), 콜센터 및 텔레마케팅 서비스업, 법 제7조 제1항 제1호 커목에 따른 직업기술 분야 학원, 제5조 제6항에 따른 엔지니어링사업, 제5조 제8항에 따른 물류산업, 제6조 제1항에 따른 수탁생산업, 제54조 제1항에 따른 자동차정비공장을 운영하는 사업, 해운법에 따른 선박관리업,의료법에 따른 의료기관을 운영하는 사업, 관광진흥법에 따른 관광사업(카지노, 관광유흥음식점업 및 외국인전용 유흥음식점업은 제외한다), 노인복지법에 따른 노인복지시설을 운영하는 사업, 노인장기요양보험법 제32조 에 따른 재가장기요양기관을 운영하는 사업, 전시산업발전법에 따른 전시산업, 에너지이용 합리화법 제25조 에 따른 에너지절약전문기업이 하는 사업, 근로자직업능력 개발법에 따른 직업능력개발훈련시설을 운영하는 사업, 건물 및 산업설비 청소업, 경비 및 경호 서비스업, 시장조사 및 여론조사업, 사회복지 서비스업, 도시가스사업법 제2조 제4호 에 따른 일반도시가스사업, 무형재산권 임대업(지식재산 기본법 제3조 제1호 에 따른 지식재산을 임대하는 경우로 한정한다), 국가과학기술 경쟁력 강화를 위한 이공계지원 특별법 제2조 제4호 나목에 따른 연구개발지원업, 개인 간병인 및 유사 서비스업, 사회교육시설, 직원훈련기관, 기타 기술 및 직업훈련 학원, 도서관·사적지 및 유사 여가 관련 서비스업(독서실 운영업은 제외한다), 주택법에 따른 주택임대관리업, 신에너지 및 재생에너지 개발·이용·보급 촉진법에 따른 신·재생에너지 발전사업을 주된 사업으로 영위하는 기업으로서 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 기업(이하 "중소기업"이라 한다)을 말한다. 다만, 자산총액이 5천억원 이상인 경우에는 중소기업으로 보지 아니한다.
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제시한 심리자료에 의하면 아래와 같은 사실이 나타난다. (가) 청구법인은 2015.12.31. 현재 대표이사 김OOO이 75.58%, 그 배우자인 조OOO가 20.31%, 자(子)인 김OOO가 6.11%의 주식을 소유하고 있다. (나) 청구법인은 2014.10.22. 주업태를 ‘부동산업’으로, 주종목을 ‘택지분양’으로 하여 사업자등록신청을 한 후, 2016.1.29. 주업태를 ‘부동산업’에서 ‘농업(작물재발/축산/수렵)’으로, 주종목을 ‘택지분양’에서 ‘채소, 화훼, 종묘 과실 및 기타 작물재배업’으로 사업자등록정정신고를 하였다. (다) 청구법인의 2015년 제1기 및 제2기 부가가치세 매입처별 전자세금계산서 합계표 명세목록 및 관련 세금계산서에 작물재배 관련 품목은 나타나지 않는다. (라) 처분청은 청구법인의 2015사업연도 및 2016사업연도 법인세 신고내역을 토대로 청구법인이 농업관련 매출액OOO보다 유형자산처분이익OOO이 많아 일반적인 농업회사법인과는 다른 업황의 성격을 가진 법인인 것으로 보았다. (마) 청구법인은 농업을 주된 사업으로 하는 법인으로 중소기업에 해당한다고 주장하며, 청구법인 대표이사 김OOO의 조합원 증명서OOO, 농지원부OOO, 2012.1.1.～2018.1.25. 거래자별 매출 상세내역OOO, 거래명세표, 자(子) 김OOO의 교육이수확인서OOO, 배우자 조OOO의 교육이수확인서OOO, 김OOO의 이수증OOO 등을 제출하였다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 주위적 청구와 예비적 청구에 대하여 살피건대, 청구법인은 쟁점토지가 농업을 주된 사업으로 하는 농업회사법인인 청구법인이 소유하는 토지로 비사업용 토지가 아니며, 설령 쟁점토지를 비사업용 토지로 보더라도 같은 법 부칙 제8조에 따라 작물재배업을 영위하는 중소기업인 청구법인이 2015.12.31. 이전에 쟁점토지를 모두 양도하였으므로 쟁점토지의 양도차익은 법인세 과세대상이아니라고 주장하나, 청구법인의 2015사업연도 법인세 신고내역 중 손익계산서상 작물재배업 매출은 현금 OOO에 불과한 반면, 유형자산(토지) 처분이익이 OOO으로 나타나는 점, 청구법인의 2015사업연도 매입세금계산서 상에서 농약, 비료 등 작물재배 관련 매입내역이 나타나지 않는 점, 청구법인은 설립당시 부동산업 및 택지분양을 주업태 및 주종목으로 사업자등록을 하여 쟁점토지 양도당시에도 유지되고 있었던 점, 주업태 및 주종목을 농업 및 작물재배업으로 사업자정정신고를 하였으나 정정신고시점이 쟁점토지를 양도(2015년)한 이후(2016년)인 점, 청구법인의 대표이사 김OOO과 배우자 조OOO가 5필지의 토지를 현물출자하여 법인을 설립한 후 단기간에 필지를 분할하여 양도한 점 등에 비추어 청구법인은 쟁점토지 양도당시 법인세법 제55조의2 제2항 제1호 가목에서 규정하고 있는 ‘농업을 주된 사업으로 하지 아니하는 법인’에 해당된다고 볼 수 있고, 또한 위와 같은 취지로 청구법인을 작물재배업을 주된 사업으로 영위하는 중소기업으로 보기 어렵다. 그렇다면, 쟁점토지 양도당시 쟁점토지는 농업을 주된 사업으로 하지 아니하는 청구법인이 소유한 비사업용 토지로서 쟁점토지의 양도차익은 법인세법 제55조의2 에 의한 토지등 양도소득에 대한 과세특례 대상이고, 또한 청구법인이 작물재배업을 주된 사업으로 영위하지 아니하는 등 조세특례제한법 시행령제2조의 중소기업에 해당하지 아니하여 법인세법 부칙 제8조 적용대상으로 보기도 어렵다 할 것이다. 따라서, 처분청이 청구법인에게 법인세를 과세한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.