쟁점토지의 양도가 양도소득세 감면 한도 2억원을 적용받을 수 있는 조세특례제한법 부칙이 정한 요건을 갖추고 있는지 여부

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구인은 OOO필지(이하 “쟁점토지”라 한다)가 2017.5.16. OOO(사업시행자: OOO시장, 사업인정고시일: 2009.3.12., 수용가액: OOO)으로 수용되어 2017.6.27. 조세특례제한법(이하 “조특법”이라 한다) 제69조에 따른 자경농지에 대한 양도소득세 감면한도를 OOO을 적용하여 OOO원의 양도소득세를 신고하였다.
• 나. 청구인은 2017.11.22. 쟁점토지의 양도가 조특법에 따른 쟁점토지를 양도한 날이 속한 과세기간의 감면한도 2억원 및 5년간 감면한도 3억원에 해당하여 2017년 귀속 양도소득세 OOO원을 감액경정해야 한다는 취지의 경정청구를 하였으나, 처분청은 2017.12.14. 쟁점토지의 양도가 조특법 부칙에 따른 경과규정 적용대상이 아닌 것으로 보아 경정청구를 거부하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2018.1.4. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 쟁점토지는 2017년 5월 OOO사업에 수용되어 자경감면액 1억원을 적용하여 양도소득세를 신고‧납부하였고, 2015년말까지 전체사업부지의 50%이상을 시행자가 취득한 경우 2017년말까지 양도하는 부분에 대해 2억원의 양도소득세 감면 한도를 적용하고 있다. 그런데 대왕암공원조성사업부지는 국가와 지방자치단체가 소유하고 있는 토지가 방대하여 사유지 수용대상 면적의 65%가 수용되었음에도 불구하고 전체 사업부지의 50%에는 이르지 못하였으나 국유지는 양도소득세 대상이 아닌 이유로 감면규정을 적용받지 못하는 것은 부당하고, 감면규정의 취지는 지주들간의 형평성 확보임에도 불구하고 국유지 때문에 이를 적용받지 못하게 되는 것은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규는 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고, 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하며, 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다. 청구인은 2015.12.31. 이전에 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률 제2조 에 따라 사업인정고시가 된 사업시행자가 2015.12.31 현재 취득한 토지면적이 전체 사업지역이 아니라 수용대상 사유지 면적의 2분의 1 이상인 경우 2017.12.31.까지 사업지역내 토지를 사업시행자에게 양도하는 경우에만 종전의 규정(감면한도 2억)을 적용하는 규정을 자의적으로 확대 유추해석하고 있다. 쟁점토지의 사업시행자인 OOO시장이 제출한 OOO사업과 관련한 2015.12.31. 이전 토지수용현황을 보면 전체면적 942,000㎡ 중 20.11%에 해당하는 189,456㎡만 보상 수용된 경우로, 이는 조특법 부칙 제13560호(2015.12.15.) 제63조 및 조특령 부칙 제26959호(2016.2.5.) 제39조에 따르면 사업인정고시가 된 사업지역 중 2015.12.31 현재 사업지역 내에서 사업시행자가 취득한 토지면적이 전체 사업지역 면적의 2분의 1 이상인 사업지역내 토지를 2017.12.31. 전에 해당 공익사업 시행자에게 양도하는 경우에만 종전의 규정(감면한도 2억)을 적용하는 규정에 부합되지 않는 것을 볼 때, 청구인이 조특법 부칙을 적용하여 양도소득세를 감면 해달라는 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 없다.

• 가. 쟁 점 쟁점토지의 양도가 양도소득세 감면 한도 2억원을 적용받을 수 있는 조세특례제한법 부칙이 정한 요건을 갖추고 있는지 여부
• 나. 관련 법령 등:

(1) 조세특례제한법(2015.12.15. 법률 제13560호로 개정되기 전의 것) 제133조[양도소득세 및 증여세 감면의 종합한도] ① 개인이 제33조, 제43조, 제66조부터 제69조까지, 제69조의2, 제70조, 제77조, 제77조의3, 제85조의10 또는 법률 제6538호 부칙 제29조에 따라 감면받을 양도소득세액의 합계액 중에서 다음 각 호의 금액 중 큰 금액은 감면하지 아니한다. 이 경우 감면받는 양도소득세액의 합계액은 자산양도의 순서에 따라 합산한다.

1. 과세기간별로 계산된 다음 각 목의 금액 중 큰 금액

• 나. 제33조, 제43조, 제66조부터 제69조까지, 제69조의2, 제70조, 제77조, 제77조의3, 제85조의10 또는 법률 제6538호 부칙 제29조에 따라 감면받을 양도소득세액의 합계액이 과세기간별로 2억원을 초과하는 경우에는 그 초과하는 부분에 상당하는 금액

(2) 조세특례제한법(2015.12.15. 법률 제13560호로 개정된 것) 제133조[양도소득세 및 증여세 감면의 종합한도] ① 개인이 제33조, 제43조, 제66조부터 제69조까지, 제69조의2, 제70조, 제77조, 제77조의2, 제77조의3, 제85조의10 또는 법률 제6538호 부칙 제29조에 따라 감면받을 양도소득세액의 합계액 중에서 다음 각 호의 금액 중 큰 금액은 감면하지 아니한다. 이 경우 감면받는 양도소득세액의 합계액은 자산양도의 순서에 따라 합산한다.

1. 제33조, 제43조, 제66조부터 제69조까지, 제69조의2, 제70조, 제77조, 제77조의2, 제77조의3, 제85조의10 또는 법률 제6538호 부칙 제29조에 따라 감면받을 양도소득세액의 합계액이 과세기간별로 1억원을 초과하는 경우에는 그 초과하는 부분에 상당하는 금액

2. 5개 과세기간의 합계액으로 계산된 다음 각 목의 금액 중 큰 금액. 이 경우 5개 과세기간의 감면받을 양도소득세액의 합계액은 당해 과세기간에 감면받을 양도소득세액과 직전 4개 과세기간에 감면받은 양도소득세액을 합친 금액으로 계산한다.

• 가. 5개 과세기간의 제70조에 따라 감면받을 양도소득세액의 합계액이 1억원을 초과하는 경우에는 그 초과하는 부분에 상당하는 금액
• 나. 5개 과세기간의 제66조부터 제69조까지, 제69조의2부터 제69조의4까지, 제70조, 제77조 또는 제77조의2에 따라 감면받을 양도소득세액의 합계액이 2억원을 초과하는 경우에는 그 초과하는 부분에 상당하는 금액 <부칙> 제1조[시행일] 이 법은 2016년 1월 1일부터 시행한다.(이하 생략) 제2조[일반적 적용례] ① 이 법 중 소득세(양도소득세는 제외한다) 및 법인세에 관한 개정규정은 이 법 시행 이후 개시하는 과세연도 분부터 적용한다.

③ 이 법 중 양도소득세 및 증권거래세에 관한 개정규정은 이 법 시행 이후 양도하는 경우부터 적용한다. 제63조[자경농지에 대한 양도소득세 감면한도에 대한 경과조치] 법 제69조에 따라 양도소득세 감면을 적용받는 경우로서 이 법 시행 전에 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률제22조에 따라 사업인정고시가 된 사업지역 중 사업시행자의 토지 취득 비율 등 대통령령으로 정하는 요건을 충족하는 사업지역 내 토지를 2017년 12월 31일 이전에 해당 공익사업의 시행자에게 양도하는 경우에는 제133조 제1항 제1호의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정을 적용한다. (3) 조세특례제한법 시행령(2016.2.5. 대통령령 제26959호로 개정된 것) <부칙 > 제1조[시행일] 이 영은 공포한 날부터 시행한다. 다만, 제109조의3의 개정규정은 2016년 4월 1일부터 시행한다. 제39조[자경농지에 대한 양도소득세 연간 감면한도가 적용되는 사업지역의 범위] 법률 제13560호 조세특례제한법 일부개정법률 부칙 제63조에서 "대통령령으로 정하는 요건을 충족하는 사업지역"이란 해당 공익사업의 시행자가 2015년 12월 31일 현재 전체 사업지역 면적의 2분의 1 이상의 토지를 취득한 사업지역을 말한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 아래와 같은 사실이 나타난다. (가) 청구인이 제출한 양도소득세 납부영수증(2017.7.22.)에 의하면 청구인은 2017년 귀속 양도소득세OOO원을 납부한 사실이 있는 것으로 나타난다. (나) 청구인은 2017.8.25. OOO의 전체사업면적 중 2015년 말까지 수용된 사유토지의 면적과 미수용면적, 보상비율 등에 대한 정보공개를 청구하였고, 이에 OOO시장은 아래와 같은 회신을 하였다. OOO 담당공무원은 2015.12.31. 현재 사업시행자인 OOO시장은 전체 사업부지 942,000㎡ 중 공유지 191,000㎡와 사유지 189,456㎡를 취득하였고, OOO사업의 사업인정고시는 2009.3.12.에 있었음을 확인하였다. (다) OOO사업의 사업시행자는 OOO시장이고, 위 정보공개청구에 대한 회신문에 기재된 공유지는 사업시행자의 소유로서 2015.12.31. 현재 전체 사업부지 942,000㎡ 중 사업시행자가 취득하지 못한 토지 면적은 국유지 461,000㎡와 사유지 중 미수용된 100,544㎡이므로 사업시행자의 취득비율은 OOO으로 나타난다. (라) 이 건 경정청구 검토조서에 의하면 청구인의 과거 5년간 감면신고 현황은 아래 <표1>과 같고, 사업시행자인 OOO시장은 전체 사업면적 942,000㎡ 중 20.11%에 해당하는 189,456㎡를 보상 수용하여 조특법에 따른 양도소득세 추가감면요건을 갖추지 못한 것으로 보아 경정청구를 거부한 것으로 나타난다.

(2) 이 건 경정청구 거부처분과 관련한 법령 내용은 아래와 같다. (가) 2015.12.15. 개정된 조특법 제133조(이하, “쟁점조특법개정규정”이라 한다)는 2016년 양도분부터 같은 법 제69조에 따른 자경농지의 연간감면한도가 1억원으로 조정되었고, 쟁점조특법개정규정의 부칙 제63조(이하 “쟁점조특법개정부칙규정”이라 한다)는 “대통령령으로 정하는 요건을 충족하는 사업지역내 토지를 2017.12.31. 이전에 해당 공익사업의 시행자에게 양도하는 경우에는 종전 규정에 따라 연간 감면한도를 2억원으로 한다”라고 규정하고 있다. (나) 조특법 시행령(2016.2.5. 대통령령 제26959호로 개정된 것) 부칙 제16조(신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 감면에 관한 적용례) 및 제17조(농어촌주택등 취득자에 대한 양도소득세 과세특례에 관한 적용례) 등의 경우에는 같은 개정규정에 대하여 “법률 제13560호 조세특례제한법 일부개정법률 시행이후 양도하는 분부터 적용한다”라고 적용시기를 규정하면서도 위 시행령 부칙(이하 “쟁점조특법개정부칙규정”이라 한다)에서는 대통령령으로 정하는 요건을 충족하는 사업지역은 해당 공익사업의 시행자가 2015년 12월 31일 현재 전체 사업지역 면적의 2분의 1이상의 토지를 취득한 사업지역을 말한다”고 규정하고 있다. (다) 국회 기획재정위원회 조의섭 전문위원의 조세특례제한법 일부개정법률안 검토보고서에 따른 쟁점조특법개정부칙규정의 입법취지는 8년 이상 자경농지에 대한 양도소득세 감면한도는 2015.12.15. 세법 개정시 종전 연간 2억원에서 1억원으로 감면한도가 축소되었으나, 경과규정을 두어 공익사업을 위해 2015.12.31. 현재 사업인정고시가 된 사업지역 내 8년 이상의 자경농지(사업지역 전체 토지면적의 50% 이상에 대해 보상이 이루어진 경우에 한함)를 2017.12.31.까지 사업시행자에게 양도하는 경우 양도소득세액을 종전과 같이 2억원까지 감면할 수 있도록 하고 있다.

(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구인은 2015.12.31. 이전 공익사업 시행자의 토지 취득 면적 요건에 국유지를 제외하면 사유지 수용률이 65%에 달해 개정 전 감면한도액인 2억원을 적용할 수 있다고 주장하나, 종전 수용지역 지주들과의 형평성 확보를 위해 조세특례제한법의 위임을 받아 2016.2.5. 같은 법 시행령이 개정되면서 부칙으로 개정 전 규정을 적용할 수 있는 요건으로서 전체 사업지역 면적의 2분의 1 이상의 토지를 사업시행자가 2015.12.31. 이전에 취득한 지역으로 한정하고 있고, 조세의 감면에 관한 구체적인 명문의 규정이 없는 한 자의적으로 확장하여 조세채무를 감면할 수 없는 점, 쟁점토지가 포함된 사업지역의 2015.12.31. 기준 사업시행자 토지 취득면적은 380,456㎡로 사업지역 전체면적인 942,000㎡의 40.39%에 해당하여 2015.12.31. 기준으로 사업시행자의 토지 취득비율이 2분의 1에 미치지 못하는 것으로 보이는 점 등에 비추어 볼 때, 처분청이 쟁점토지의 양도에 쟁점조특법개정부칙규정의 경과규정 적용을 배제하여 양도소득세 감면한도액을 1억원으로 보아 이 건 양도소득세 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.