조세심판원 심판청구 양도소득세

쟁점건물 부수토지 기준 초과분을 비사업용토지로 보아 장기보유특별공제의 적용을 배제한 처분의 당부

사건번호 조심-2018-부-0532 선고일 2018.04.10

사업이 구획 단위로 사실상 완료되어 건축이 가능하게 된 날까지의 기간 및 건축이 가능한 날로부터 2년간은 ‘사업용으로 사용한 기간’으로 보는 것인 점 등 쟁점토지 사업용 사용기간 비율이 60% 미만이므로 쟁점토지 전체가 사업용토지에 해당한다는 청구주장을 받아들이기 어려움

주 문

심판청구를 기각한다.

1. 처분개요
  • 가. 청구인은 2001.7.11. 배우자인 김OOO으로부터 OOO광역시 OOO토지 2,370㎡(이하 “종전토지”라 한다)를 상속받은 후 토지구획정리사업 종료에 따른 환지처분으로 같은 곳 OOO 토지 1,122.3㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 취득하였고, 2008.8.26. 그 지상에 경량철골구조의 건물(이하 “쟁점건물”이라 하고 쟁점토지와 더하여 “쟁점부동산”이라 한다)을 신축하였으며, 2016.5.17. 쟁점부동산을 양도한 후 쟁점토지 전부를 사업용토지로 보아 양도소득세 신고․납부를 하였다.
  • 나. 처분청은 2017.4.7.부터 2017.4.17.까지 청구인에 대한 양도소득세 세무조사를 실시하여, 쟁점토지 중 쟁점건물의 부수토지 기준면적인 321.6㎡(건물면적의 4배로 이하 “건물부수토지”라 한다)를 초과한 800.7㎡(이하 “건물부수토지 기준 초과분”이라 한다)는 비사업용토지에 해당하여 장기보유특별공제 적용대상이 아니라고 보아 2017.6.7. 청구인에게 2016년 귀속 양도소득세OOO원을 경정․고지하였다.
  • 다. 청구인은 이에 불복하여 2017.8.16. 이의신청을 거쳐 2017.12.27. 심판청구를 제기하였다.
2. 청구인 주장 및 처분청 의견
  • 가. 청구인 주장

(1) 종전토지는 1969년경부터 청구인의 배우자인 김OOO이 줄곧 재촌자경하였던 농지로서 1999.9.10.까지 농지로 사용되었고, 2000년경 토지구획정리사업이 시행되어 2010년 2월에 구획정리사업이 완료되었다. 그 사이인 2001.7.11. 김OOO이 사망하여 청구인이 종전토지를 상속받았으며 청구인은 상속개시일 전에도 배우자와 함께 종전농지를 재촌자경하여 왔다. 더구나 종전토지는 배우자 이전에도 조상대대로 300년 이상 재촌자경하던 농지로 사용되다가 2000년경부터 토지구획정리사업이 진행되던 중 배우자가 사망하여 부득이하게 소유권이 청구인에게 상속이전되었을 뿐이다. 처분청은 2008.2.22. 대통령령 20618호로 소득세법 시행령제168조의14가 개정되어 상속받은 농지는 상속받은 날부터 사용기간을 따져 사업용으로 사용한 기간을 검토하여야 한다는 의견이나, 개정 취지는 상속을 제외한 매입취득, 증여취득 등 소유자의 선택에 따른 소유권 취득의 경우 취득 전에 이미 사용이 금지 또는 제한되었던 토지는 전체기간을 사업용 사용기간 계산에서 제외시킨다는 의미이나, 상속 취득의 경우 사용자의 의사와는 상관없이 피상속인의 사망으로 인하 여 부득이하게 취득되는 것으로서 매입취득이나 증여취득과 그 성격이 다르므로 비록 상속 전에 이미 사용이 금지 또는 제한된 토지일지라도 상속개시일 이후 사업용 사용기간을 인정해준다는 취지인 것으로 판단된다. (2) 상속개시일부터 양도일까지의 기간 중 실제 사업용으로 사용된 기간을 따져야 한다는 처분청 의견에 따라 사업용 사용기간비율을 계산해 보면, 상속개시일부터 양도일까지 청구인의 쟁점토지 보유기간은 총 5,425일(2001.7.11.~2016.5.17.)이고, 쟁점토지의 건축이 가능한 날은 건축물대장에서 확인되는 건축허가일인 2008.6.17.로 소득세법 시행규칙제83조의5 제1항 제8호에 따라 2008.6.17.부터 2년은 사업용토지에 해당되어 청구인의 쟁점토지 사업용 사용기간은 총 3,264일(2001.7.11.~2010.6.17.)이다. 따라서, 청구인의 쟁점토지 사업용 사용기간비율은 약 60.16%(=3,264일/5,425일)로 비사업용토지에 해당하지 않는다. 그러나, 처분청은 토지구획정리사업 내 토지에서 건축물허가를 받기 위해서는 해당 조합의 승인을 받아야 하므로, 건축물대장상 허가일인 2008.6.17.이 아닌 조합으로부터 승인을 받은 2008.5.23.이 건축이 가능한 날에 해당하고, 이 날을 기준으로 사업용 사용기간비율을 59.7%[3,239일(2001.7.11.~ 2010.5.23.)/5,425일(2001.7.11.~ 2016.5.17.)]로 계산하였다. 또한, OOO 일대가 이미 오래전부터 OOO 등의 건축행위가 이루어지고 있는 등 사용가능한 토지였기 때문에 기간계산기준을 적용하면 건축물 부속토지를 제외하고는 대부분이 비사업용토지에 해당한다고 하였으나, 이는 각 구획단위별로 건축가능한 시기를 살펴보아야 하므로 설득력이 없는 주장이라 할 것이다.

  • 나. 처분청 의견

(1) 청구인은 쟁점토지를 1969.10.5.부터 2016.5.17.까지 약 30년 이상 재촌자경하였고, 토지구획정리사업에 따라 사용금지된 기간의 종료일을 건축물대장상 건축허가일로 보아 사업용사용기간을 계산하면 쟁점토지는 사업용토지에 해당한다고 주장하나, 쟁점토지는 대안2지구 토지구획정리지구내에 소재한 토지로 소득세법 시행령제168조의14에 따라 배우자의 상속으로 취득한 쟁점토지는 배우자의 상속개시일(2001.7.11.)부터 양도일까지 토지의 사업용 사용기간 비율로 비사업용토지인지 여부를 판단하여야 한다.

(2) 쟁점토지의 사실상 건축이 가능한 날을 판단하기 위해 대안2지구 토지구획정리사업 연혁을 확인한바, 1993.1.8. 환지예정지로 인가를 받았고 만약 기반시설이 완비되었다면 환지예정지로 인가받은 날부터 사실상 건축이 가능한 것으로 확인되고, 쟁점토지의 토지구획정리조합장을 지낸 임OOO을 통해 확인한바, 2005.5.25. 사실상 토지구획정리사업이 완료되어 OOO토지구획정리조합 총회를 개최하였고, 공부상 2010.12.21.에 구획정리가 완료된 것으로 기재된 것은 사업과정에서 법적인 분쟁으로 소송기간이 길어졌기 때문으로 확인되었으며, 토지구획정리사업 내 토지에서 건축물허가를 받기 위해서는 해당 조합에 승인을 받아야 하고, 쟁점건물의 건축허가일은 2008.6.17.이나 조합의 승인일은 2008.5.23.로 확인된다. 따라서, 쟁점토지에서 건축이 가능한 날은 OOO 토지구획정리조합 총회를 개최한 2005.5.25.로 보아야 하고, 쟁점건물에 대해 해당 조합에서 사용승인한 2008.5.23.을 건축가능일로 본다 하더라도 취득일부터 양도일까지의 사업용 사용기간비율이 사업용토지 요건에 미치지 못하므로 청구주장을 받아들일 수 없다 할 것이다.

3. 심리 및 판단
  • 가. 쟁 점 쟁점건물 부수토지 기준 초과분을 비사업용토지로 보아 장기보유특별공제의 적용을 배제한 처분의 당부
  • 나. 관련 법령

(1) 소득세법 제95조【양도소득금액】

① 양도소득금액은 제94조에 따른 양도소득의 총수입금액(이하 “양도가액”이라 한다)에서 제97조에 따른 필요경비를 공제하고, 그 금액(이하 “양도차익”이라 한다)에서 장기보유 특별공제액을 공제한 금액으로 한다.

② 제1항에서 “장기보유 특별공제액”이란 제94조 제1항 제1호에 따른 자산(제104조 제3항에 따른 미등기양도자산은 제외한다)으로서 보유기간이 3년 이상인 것 및 제94조 제1항 제2호 가목에 따른 자산 중 조합원입주권(조합원으로부터 취득한 것은 제외한다)에 대하여 그 자산의 양도차익(조합원입주권을 양도하는 경우에는 도시 및 주거환경정비법제74조에 따른 관리처분계획 인가 및 빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법제29조에 따른 사업시행계획인가 전 토지분 또는 건물분의 양도차익으로 한정한다)에 다음 표 1에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다. 다만, 대통령령으로 정하는 1세대 1주택(이에 딸린 토지를 포함한다)에 해당하는 자산의 경우에는 그 자산의 양도차익에 다음 표 2에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다. 제104조의3【비사업용 토지의 범위】

① 제96조 제2항 제8호 및 제104조 제1항 제8호에서 “비사업용 토지”란 해당 토지를 소유하는 기간 중 대통령령으로 정하는 기간 동안 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지를 말한다.

4. 농지, 임야 및 목장용지 외의 토지 중 다음 각 목을 제외한 토지

  • 나. 지방세법제106조 제1항 제2호 및 제3호에 따른 재산세 별도합산과세대상 또는 분리과세대상이 되는 토지

② 제1항을 적용할 때 토지 취득 후 법률에 따른 사용 금지나 그 밖에 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있어 그 토지가 제1항 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 그 토지를 비사업용 토지로 보지 아니할 수 있다. (2) 소득세법 시행령 제168조의6【비사업용 토지의 기간 기준】 법 제104조의3 제1항 각 호 외의 부분에서 “대통령령으로 정하는 기간”이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 기간을 말한다. 이 경우 기간의 계산은 일수로 한다.

1. 토지의 소유기간이 5년 이상인 경우에는 다음 각 목의 모두에 해당하는 기간

  • 가. 양도일 직전 5년 중 2년을 초과하는 기간
  • 나. 양도일 직전 3년 중 1년을 초과하는 기간
  • 다. 토지의 소유기간의 100분의 40에 상당하는 기간을 초과하는 기간 제168조의14【부득이한 사유가 있어 비사업용 토지로 보지 아니하는 토지의 판정기준 등】

① 법 제104조의3 제2항에 따라 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지는 해당 각 호에서 규정한 기간 동안 법 제104조의3 제1항 각 호의 어느 하나에 해당하지 아니하는 토지로 보아 같은 항에 따른 비사업용 토지(이하 “비사업용 토지”라 한다)에 해당하는지 여부를 판정한다.

1. 토지를 취득한 후 법령에 따라 사용이 금지 또는 제한된 토지: 사용이 금지 또는 제한된 기간

2. 토지를 취득한 후 문화재보호법에 따라 지정된 보호구역 안의 토지: 보호구역으로 지정된 기간

3. 제1호 및 제2호에 해당되는 토지로서 상속받은 토지: 상속개시일부터 제1호 및 제2호에 따라 계산한 기간

4. 그 밖에 공익, 기업의 구조조정 또는 불가피한 사유로 인한 법령상 제한, 토지의 현황ㆍ취득사유 또는 이용상황 등을 감안하여 기획재정부령으로 정하는 부득이한 사유에 해당되는 토지: 기획재정부령으로 정하는 기간 (3) 소득세법 시행규칙 제83조의5【부득이한 사유가 있어 비사업용 토지로 보지 아니하는 토지의 판정기준 등】

① 영 제168조의14 제1항 제4호에 따라 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지는 해당 각 호에서 규정한 기간 동안 법 제104조의3 제1항 각 호의 어느 하나에 해당하지 아니하는 토지로 보아 같은 항에 따른 비사업용 토지에 해당하는지 여부를 판정한다. 다만, 부동산매매업(한국표준산업분류에 따른 건물건설업 및 부동산공급업을 말한다)을 영위하는 자가 취득한 매매용부동산에 대하여는 제1호 및 제2호를 적용하지 아니한다. 중단한 경우에는 중단한 기간을 포함한다)

8. 도시개발법에 따른 도시개발구역 안의 토지로서 환지방식에 따라 시행되는 도시개발사업이 구획단위로 사실상 완료되어 건축이 가능한 토지: 건축이 가능한 날부터 2년

(4) 지방세법 제106조 【과세대상의 구분 등】

① 토지에 대한 재산세 과세대상은 다음 각 호에 따라 종합합산과세대상, 별도합산과세대상 및 분리과세대상으로 구분한다.

2. 별도합산과세대상: 과세기준일 현재 납세의무자가 소유하고 있는 토지 중 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 토지. 다만, 제1호 가목 및 나목에 따른 토지는 별도합산과세대상으로 보지 아니한다.

  • 가. 공장용 건축물의 부속토지 등 대통령령으로 정하는 건축물의 부속토지

3. 분리과세대상: 과세기준일 현재 납세의무자가 소유하고 있는 토지 중 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 토지

  • 다. 제13조 제5항에 따른 골프장(같은 항 각 호 외의 부분 후단은 적용하지 아니한다)용 토지와 같은 항에 따른 고급오락장용 토지로서 대통령령으로 정하는 토지 (5) 지방세법 시행령 제101조【별도합산과세대상 토지의 범위】

① 법 제106조 제1항 제2호 가목에서 “공장용 건축물의 부속토지 등 대통령령으로 정하는 건축물의 부속토지”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 건축물의 부속토지를 말한다. 다만, 건축법등 관계 법령에 따라 허가 등을 받아야 할 건축물로서 허가 등을 받지 아니한 건 축물 또는 사용승인을 받아야 할 건축물로서 사용승인(임시사용승인을 포함한다)을 받지 아니하고 사용중인 건축물의 부속토지는 제외한다.

2. 건축물(제1호에 따른 공장용 건축물은 제외한다)의 부속토지 중 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 건축물의 부속토지를 제외한 건축물의 부속토지로서 건축물의 바닥면적(건축물 외의 시설의 경우에는 그 수평투영면적을 말한다)에 제2항에 따른 용도지역별 적용배율을 곱하여 산정한 면적 범위의 토지

  • 가. 법 제106조 제1항 제3호 다목에 따른 토지 안의 건축물의 부속토지
  • 나. 건축물의 시가표준액이 해당 부속토지의 시가표준액의 100분의 2에 미달하는 건축물의 부속토지 중 그 건축물의 바닥면적을 제외한 부속 토지

② 제1항에 적용할 용도지역별 적용배율은 다음과 같다.

(6) 도시구획정리사업법(1999.2.8. 법률 제5911호로 일부개정된 것) 제39조【건축행위의 제한등 】① 제13조 또는 제14조 제2항(제31조 제1항․제34조 또는 제35조의 규정에 의하여 준용되는 경우를 포함한다)의 규정에 의한 공고(이하 “구획정리사업시행 등의 공고”라 한다)가 있은 날로부터 제61조 제5항의 규정에 의한 공고(이하 “환지처분의 공고”가 있을 날까지는 시행지구안에 있어서 구획정리사업의 시행에 장애가 될 토지의 형질의 변경, 건축물 기타의 공작물의 신축․개축 또는 증축이나 대통령령이 정하는 물건의 설치 또는 퇴적을 행하고자 하는 자는 관할시장 또는 군수의 허가를 얻어야 한다.

  • 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인과 처분청이 제출한 심리자료 등에 의하면 다음과 같은 사실들이 나타난다. (가) 청구인의 배우자인 김OOO은 1969.10.5. 매매를 원인으로 종전토지를 취득하였고, 청구인은 김OOO의 사망에 따라 2001.7.11. 종전토지를 상속(토지구획정리사업에 의한 환지를 원인으로 2010.2.1. 같은 리 OOO 대지 1,122.3㎡로 변경등기)받은 후 2008년 8월경 그 지상에 쟁점건물을 신축하였다가 2016.5.17. 쟁점부동산을 양도한 사실이 종전토지 및 쟁점토지 등기사항전부증명서, 쟁점건물 건축물 관리대장 등에 나타난다. (나) 쟁점건물은 지상 1층의 제2종근린생활시설(일반음식점)로, 건축허가일은 2008.6.17., 착공일은 2008.6.19., 사용승인일은 2008.8.26.인 사실이 쟁점건물 건축물관리대장에 나타난다. (다) OOO 토지구획정리사업의 주요 내용은 다음과 같다. OOO (라) 청구인은 2008.5.23. OOO지구 토지구획정리조합의 조합장 임OOO에게 “OOO지구 토지구획정리 지구 내 24블록 1놋트 본인의 소유지에 대한 환지예정지 사용원을 제출하니 승인하여 달라”는 내용의 신청서 및 환지예정지 사용원을 제출하였고, 같은 날 OOO지구 토지구획정리조합은 이를 승인하였다. (마) 토지이용계획확인서에 의하면, 쟁점토지는 도시지역의 제2종 일반주거지역에 해당하여 지방세법제106조 및 같은 법 시행령 제101조에 따라 쟁점건물 정착면적의 4배인 321.6㎡는 지방세 별도합산과세 대상인 것으로 확인된다. (바) 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실이 확인된다.

1. 청구인에 대한 양도소득세 조사종결 보고서의 주요 내용은 다음과 같다. OOO

2. 2005.7.26.부터 2010.12.31.까지 OOO지구 토지구획정리조합의 조합장이었던 임OOO은 “본인이 조합장을 맡았던 2005년 7월경에는 OOO지구 토지구획정리 구역에서는 모든 기반시설이 완비되어 건축이 가능한 상태였으며, 국도건설 주식회사 채권자 등의 법정분쟁으로 구획정리사업이 2010년까지 길어졌으며 사실상은 2005년경에 마무리된 구획정리사업이다”라는 내용의 확인서를 2017.4.3. 처분청에 제출하였다.

3. OOO광역시 OOO군수는 2004.10.14. OOO광역시장에게 OOO 토지구획정리 사업 공사완료 보고(도시과-13353)를 하였고, 2004.10.26. 대안2지구 토지구획정리조합에게 대안2지구 토지구획정리사업 공사완료보고서 처리결과를 통보(도시과-13773)한 사실이 처분청의 이의신청 결정서에 나타난다. (사) 2008.2.22. 대통령령 20618호로 개정된 소득세법 시행령제168조의14의 개정취지 및 내용은 다음과 같다.

○ 부득이한 경우 비사업용 토지 판정기준 보완(소득세법 시행령제168조의14)

  • 가. 개정취지 ◦ 사용금지․제한 기간 중 상속받은 불가피성을 감안

• 피상속인 보유 토지가 법령에 의하여 사용이 금지․제한된 경우 비사업용에서 예외를 인정하는바, 동 기간 중에 상속받은 경우 잔여기간 동안은 예외 인정

  • 나. 개정내용 종 전 개 정 ◦ 부득이한 사유가 있는 경우 비사업용토지에서 제외되는 기간

• 토지취득 후 법령에 의하여 사용 금지 또는 제한된 토지: 사용이 금지 또는 제한된 기간

• 토지취득 후 문화재보호법에 따라 지정된 보호구역 안의 토지: 지정된 기간

• 기타: 건축제한기간, 착공제한기간 등

• 법령에 의한 사용금지ㆍ제한기간 중에 있는 토지를 상속받은 경우 잔여 금지ㆍ제한기간 동안 비사업용에서 제외

  • 다. 적용시기 및 적용례 ◦ 2008.2.22. 이후 양도하는 분부터 적용 (아) 청구인의 대리인은 2018.4.3. 개최된 조세심판관회의에 참석하여 “사용이 금지 또는 제한되기 전에 사업용으로 사용되었던 토지는 상속이 개시되더라도 상속 전․후 사업용 사용기간을 통산하여 사업용 사용기간비율을 계산하여야 하고, 이렇게 계산할 경우 쟁점토지의 사업용 사용기간비율은 다음 <표>와 같이 61.87%로 계산된다”고 의견진술하였다. OOO

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구인은 사용이 금지 또는 제한된 토지가 아닌 실제로 사업용으로 사용되어 왔던 토지는 상속이 개시되더라도 상속 전 사업용 사용기간과 상속 후 사업용 사용기간을 통산하여 사업용 사용기간비율을 계산하여야 하고, 건축물대장에서 확인되는 건축허가일을 쟁점토지의 건축이 가능한 날로 볼 경우 사업용 사용기간비율이 60%를 넘어 쟁점토지 전체가 사업용토지에 해당한다고 주장하나, 피상속인이 토지를 취득한 후 토지구획정리지구로 지정되어 환지방식으로 토지구획정리사업이 시행 중인 토지를 상속받은 경우에는 소득세법 시행령제168조의14 제1항 제3호에 따라 상속개시일부터 사업이 구획 단위로 사실상 완료되어 건축이 가능하게 된 날까지의 기간 및 건축이 가능한 날로부터 2년간은 ‘사업용으로 사용한 기간’으로 보는 것인 점, 토지구획정리사업의 건축이 가능한 날이란 구획정리사업에 관한 공사의 완료를 공고한 날, 공사의 완료를 공고하기 전에 사업시행자로부터 사용허가를 받은 토지는 허가일로 보는 것으로, 이 건 쟁점토지의 경우 청구인이 구획정리사업에 관한 공사완료 공고가 있기 전인 2008.5.23. OOO 토지구획정리사업의 시행자인 해당 조합으로부터 환지예정지 사용승인을 받은 사실이 확인되는바, 청구인이 쟁점토지를 상속받은 날인 2001.7.11.부터 환지예정지 사용승인일(2008.5.23.)부터 2년이 되는 날인 2010.5.23.까지를 비사업용 기간에서 제외하는 것이 타당하다 할 것이다. 따라서, 청구인의 쟁점토지 사업용 사용기간 비 율은 59.7%[3,239일(2001.7.11.~2010.5.23.)/5,425일(2001.7.11.~2016.5.17.)] 로 사업용 사용기간비율이 60%에 미치지 못하므로 쟁점토지 전체가 사업용토지에 해당한다는 청구주장을 받아들이기 어렵다고 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

결정내용은 붙임과 같습니다.

원본 출처 (국세법령정보시스템)