쟁점시스템 위탁개발비가 조특법 시행령에 따른 ‘전사적 기업자원 관리설비(ERP) 등 시스템 개발을 위한 위탁비용’에 해당하는 것인지 여부

심판청구를 기각한다. 요 지 쟁점시스템 개발의 주된 목적이 청구법인 내부의 인적?물적 자원을 전자적 형태로 관리하기 위한 것으로 보이는 점, 2010년 개정된 쟁점별표조항에서 위탁 및 공동연구개발비용 중 ERP 등 시스템 개발을 위한 위탁비용은 제외한다고 규정하였는데, 이는 세액공제 대상에서 제외한다는 취지로 규정한 것으로 보이고, 입법기술상 그 내용을 일일이 열거하기는 어려웠던 것으로 보이는 점, 쟁점시스템 개발서비스 관련 위탁비용은 원천적으로 세액공제의 대상에서 배제되는 것이 타당한 점 등에 비추어 볼 때 쟁점시스템의 개발은 ERP 또는 이와 유사한 시스템에 해당하는 것으로 보이므로 처분청이 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 없음

• 가. 청구법인(변경 전의 상호는 ‘OOO 주식회사’)은 1988.6.

1. 개업하여 생명보험업을 영위하고 있고, 2010.1.7. OOO 주식회 사에게 ‘OOO 차세대 아이티시스템 구축사업’이라는 명칭의 전산시스템(사업기간: 2010.1.13.～2012.11.28.) 구축을 위탁하는 계약 을 체결하는 등의 절차를 거쳐 차세대 스마트시스템(이하 “쟁점시스템”이라 한다)을 구축하였으며, 법인세 신고를 할 때 2011․2013사업연도 중 발생한 아래 <표1> 기재의 위탁개발비용 합계 10,8OOO원 (이 하 “쟁점시스템 위탁개발비”라 한 다) 에 대하여 조세특례제한법 제10조에 따른 연구․인력개발비에 대한 세액공제(이하 “연구인력개발비 세액공제”라 한다)를 적용하지 아니 하였다가, 2017.6.28. 처분청 에게 동 비용이 해당 세액공제에 해당한다는 이유로 합계 OOO원의 세액공제(이월공제)를 구하는 경정청구를 제기하였다.

• 나. 처분청은 2017.9.4. 쟁점시스템 위탁개발비가 조특법 제9조 제2항 제1호 및 2010.2.18. 대통령령 제22037호로 일부개정(이하 “2010년 개정 ”이라 한다)된 조특법 시행령 제8조 제1항 및 별표6 제1호 나목

① (이하 “쟁점별표조항”이라 한다)에 따라 연구․인력개발비에서 제 외되는 ‘전사적(全社的) 기업자원 관리설비(이하 “ERP”라 한다) 등 시 스템 개발을 위한 위탁비용’에 해당한다는 이유로 연구인력개발비 세 액공제의 대상이 아니라고 보아 청구법인의 경정청구를 거부하였다.

• 다. 청구인은 이에 불복하여 2017.11.22. 심 판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 쟁점시스템 위탁개발비는 ERP 등 시스템 개발을 위한 위탁비용에 해당하지 아니하므로 연구인력개발비 세액공제의 대상으로 보아야 한다. 첫째, 기술적인 진전을 이루기 위한 전산시스템의 구축비용은 연 구인력개발비에 해당한다. 2011.12.31. 법률 제11133호로 개정되기 전의 조특법 제10조에서 전산시스템의 위탁개발비 및 인력개발비에 대하여 증가분 방식 또는 당기분 방식 중 납 세자 가 선택하여 연구인력개발비 세액공제를 적용 받을 수 있도록 규정하였고, 전산시스템의 구축은 기술적인 진전을 이루기 위한 활동에 해당하므로 그 위탁개발비는 조특법 제10조에 따른 연구개발비에 해당된다 할 것이다(대법원 2014.5.29. 선고 2014두2348 판결, 서울행정법원 2013.8.22. 선고 2012구합31885 판결 등). 둘째, 2010년 개정된 쟁점별표조항에서 제외하려는 위탁비용은 단순한 자산취득비용만으로 한정된다고 보아야 한다. 2010년 개정된 쟁점별표조항에서 국내․외 기업의 연구기관 또는 전담부서에게 과학기술 분야의 연구개발용역을 위탁함에 따른 비용 등을 연구인력개발비 세액공제로 하되, ERP 등 시스템 개발을 위한 위탁비용은 제외하도록 규정함으로써 그 개정 전의 해당 조항과 비교 하면 ERP 등 시스템 개발을 위한 위탁비용이 연구인력개발비 세액 공제의 대상에서 제외되었는데, 쟁점시스템 위탁개발비와 같은 금융회사의 차세대시스템의 개발비가 2010년 개정된 쟁점별표조항의 개정 취지대로 단순한 자산의 취득행위에 해당한다면 해당 개정 이전의 지 출분도 연구인력개발비 세액공제의 대상에 해당하지 않았어야 하나 그 개정 이전에도 컴퓨터 및 범용소프트웨어 구입비용이 연구인력 개발비 세액공제의 대상에서 제외된 점(국세청 법규-2998, 2007.6.15, 조심 2010서979, 2011.12.28. 등), 전산개발비가 기업의 자원을 효율적 으로 관리하여 그 경쟁력을 강화시킴으로써 기술개발 촉진에 따른 기 업경쟁력 강화라는 세액공제의 목적을 달성하는 지출로 인정된 점 (조심 2012서3991, 2013.7.23. 등), 위 개정 이후에도 금융회사의 차세 대 개발비가 지식정보기술을 바탕으로 복합금융 등 선진금융서비스를 구 현하기 위한 것으로서 단순한 범용 소프트웨어의 구입이나 단순한 시스템의 변경에 해당하지 아니한다는 이유로 세액공제 대상임을 인정한 점(조심 2013서1475, 2014.2.25. 등) 등을 감안할 때 2010년 개 정된 쟁점별표조항의 취지는 ‘ERP 등 시스템개발을 위한 위탁비용’ 을 소프트웨어 구입비용의 일종으로서 단순한 자산의 취득행위에 해당하 는 것으로 보아 연구인력개발비 세액공제 대상에서 제외하려는 것(조심 2009서3678, 2010.9.1.)으로 보아야 한다. 나아가 2010년 개정된 쟁점별표조항의 ‘시스템 개발을 위한 위탁비용은 제외’한다는 규정을 엄격하게 적용하여 모든 시스템 개발비를 단순한 자산의 취득성격으로서 연구인력개발비 세액공제의 대상이 아니라고 보는 것은 시스템 개발의 기술적인 진전 목적을 인정한 기존의 심판결정례 등에 배치되고, 특히 장기간에 걸쳐 개발이 진행되는 차세대시스템 개발의 특성상 동일한 해당 개발에 대해서도 2010년 이전의 지출분의 경우 기술적 진전을 이루기 위한 활동에 해당한다는 이유로 연구인력개발비 세액공제의 대상으로 인정되었으나, 그 이후 지출분의 경우 단순한 자산의 취득행위에 해당한다는 이유로 세액 공 제를 적용받지 못하는 모순이 발생하는 점, 쟁점별표조항은 2010년 개정 전에도 범 용 소프트웨어 구입비용이 연구인력개발비 세액공제의 대상에서 제외 되었고 해당 개정의 취지가 단순한 자산의 취득행위에 대하여 연구인력개발비 세액공제를 인정하지 아니하겠다는 것인 점 등을 볼 때 2010년 개정된 쟁점별표조항은 창설적인 규정이라기보다는 연구개발비의 범위를 해석함에 있어 기존 예규와 심판결정례의 입장 을 명문화한 확인적인 규정으로 보는 것이 합리적이므로 시스템 개발비 중 연구인력개발비 세액공제의 취지에 부합하는 지출은 그 개정 이후에도 공제대상으로 인정하여야 한다. 셋째, 쟁점시스템(차세대시스템)은 상용화된 범용소프트웨어를 이 식한 것이 아니므로 연구인력개발비 세액공제의 대상으로 인정되어야 한다. 전산시스템 도입방식은 개발과정에서 시스템에 주변환경 및 기업 의 고유한 특성․요구를 반영할 수 있다는 장점이 있는 ‘자체개발(위탁개 발 포함)’과 업종별로 표준화된 패키지 소프트웨어에 약간의 커스터마이징(맞춤제작)을 거쳐 도입함으로써 저렴한 비용 및 유지관리의 편리함 등이 장점인 ‘패키지 소프트웨어 구매’로 구분되고, ERP의 경 우 에스에이피(SAP) 등 외국계 업체의 패키지 소프트웨어로 도입된 것 으로, 초기에는 현지화의 어려움 및 기업의 기존 시스템, 업무프로세 스 와의 충돌 등의 문제로 자체개발되거나 고도의 커스터마이징을 거치 는 비중이 매우 높았고, 따라서 상용화된 범용소트트웨어 도입이 아니라 고 인정되는 자체개발 등에 대해서는 연구인력개발비 세액공제의 대상 으로 인정되어 오다가, 현재는 ERP 산업의 성숙, 표준화된 전산시스 템 의 중요성 및 패키지 도입의 경제성으로 대부분 약간의 커스터마이징 을 거친 패키지 소프트웨어 방식으로 도입되고 있는데, 이러한 흐름을 반영하여 2010년 개정된 쟁점별표조항에서 단순한 자산의 취득행위에 해당하는 시스템 개발의 대표적인 예로 ERP를 규정하였는바, 전산 개발비 중에서 커스터마이징 비중이 적은 패키지 소프트웨어 방식으 로 도입되는 것은 상용화된 범용소프트웨어로 보아 세액공제를 배제함이 타당하지만, 쟁점시스템과 같이 기업이 스스로 판단한 필요성에 의하 여 자체개발(위탁개발 포함)한 것은 기술적인 진전을 이루기 위한 활동으로 보아 세액공제를 적용하여야 하며, 2010년 개정된 쟁점별표조항과 무관한 것으로 보아야 한다. 또한 쟁점시스템과 같은 차세대시스템은 각 금융기관별로 도입목 표 에 따라 다양한 벤더(Vendor)를 투입하여 2～3년 동안 여러 단계[분 석 (컨설팅)→ 설계→ 개발→ 테스트→ 오픈)]를 거쳐 구축하게 되는 데, 이 중에서도 다른 회사에서 개발이 이루어진 패키지를 커스터마이징 을 거쳐 이식하는 경우도 있으나, 일반적으로는 금융시스템의 복잡함 및 자사에 최적화되고 타사보다 발전된 시스템을 도입하려는 필요성을 감안하여 자체개발되고 있고, 쟁점시스템도 수년에 걸쳐 수많은 인력 이 투입되어 청구법인이 제공하는 서비스, 환경 등을 고려하여 가장 적 절한 전산시스템을 구축한 것으로, 기술적인 진전을 위한 시스템개발에 해당하는 점, 쟁점시스템 중 개발의 기반이 된 범용소프트웨어도 일 부 포함되어 있으나 관련된 개발비(이 건 경정청구시 제외)가 그 개발비 의 전체 금액에서 차지하는 비중이 매우 낮으므로 그 전부에 대하여 범 용 소프트웨어를 커스터마이징한 것으로 볼 수 없는 점, 청구법인이 계 약에 따라 개발된 프로그램 등의 저작권 등을 소유하는 점 등을 볼 때 쟁점시스템은 단순한 자산의 취득행위로 볼 수 있는 정도의 범용소프 트웨어의 이식이 아니라 기술적 진전을 이루기 위한 활동에 해당하므로 쟁점시스템 위탁개발비를 연구인력개발비 세액공제의 대상으로 보아야 할 것이다.
• 나. 처분청 의견 쟁점시스템 위탁개발비는 ERP 등 시스템 개발을 위한 위탁비용에 해당하므로 연구인력개발비 세액공제의 대상이 아니라고 보아야 한다. 첫째, 쟁점시스템 위탁개발비는 2010년 개정시 연구인력개발비 세액공제의 적용대상을 열거한 쟁점별표조항에서 제외된 ‘ERP 등 시스템 개발을 위한 위탁비용’에 해당한다. 조세법률주의의 원칙상 과세요건 또는 비과세․감면요건을 막론하 고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석하여야 하고, 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하며, 특히 감면요건 중 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에 부합하고(대법원 2009.8.20. 선고 2008두11372 판결 등), 조특법은 법률상의 요건에 해당되는 경우 에 특혜를 부여하는 것으로, 조세법의 기본원칙인 조세법률주의의 하 부 원칙 중 하나인 엄격해석의 원칙에 따라 문리해석을 하여야 하며, 조 세평등주의에 반하는 예외적인 특별규정으로서 다른 납세자와의 공평성 을 유지할 필요가 있으므로 법을 적용할 때 확대해석 또는 유추해석 은 허용될 수 없다 할 것이다(조심 2015서5618, 2017.3.22.). 2010년 개정 전의 쟁점별표조항에서 연구인력개발비 세액공제의 대상인 위탁연구개발비용 등을 열거하면서 별도의 제외규정을 두지 아니하였으나, 그 개정 후의 해당 조항에서는 ‘ERP 등 시스템 개발을 위한 위탁비용을 제외’하도록 하면서 2010.1.1. 이후 개시하는 과세연 도분부터 적용하도록 규정한 점을 볼 때, 2011․2013사업연도에 발생한 ERP 위탁개발비용에 해당하는 쟁점시스템 위탁개발비는 연구인력 개발비 세액공제의 대상이 아니라 할 것이다. 또한 조특법 제5조의2 제1호에서 기업의 ‘전사적’인 모든 분야(구 매 ․설계․건설․생산․재고․인력 및 경영정보 등)의 인적․물적 자원을 전자적 형태로 관리하기 위하여 사용되는 설비(컴퓨터와 그 주변기기, 소프트웨어, 통신설비, 그 밖의 유형․무형의 설비로서 감 가상각 기간이 2년 이상인 것)를 ‘전사적 기업자원 관리설비’로 규정하고 있 고, 전사적 자원관리(Enterprise Resource Planning) 시스템이란 기업활 동 을 위하여 사용되는 기업 내의 모든 인적․물적 자원을 효율적으로 관 리하여 궁극적으로 기업의 경쟁력을 강화시켜 주는 역할을 하 게 되는 통합정보시스템으로, 일반회계(FI, Financial Accounting,), 관리 회계 및 원가관리(CO, Controlling), 판매․영업관리(SD, Sales and Distribution), 생산관리(PP, Production Planning), 구매․자재관리(MM, Materials Management), 국제회계기준(IFRS), 제품수명주기관리(PLM, Product Lifecycle Management) 등의 구성 모듈이 유기적으로 통합되어 기업의 데이터를 실시간으로 통합 처리하여 기업의 정보를 관리하는 것인바(조심 2012서3991, 201 3.7.23.), 결국 기업의 모든 분야에 있어서의 인적․물적 자원을 전자적 형태로 관리하기 위한 전산시스템 에 해당하면 ERP에 해당한다 할 것이다. 나아가 조특법 제5조의2 제1호에서 ‘전사적(全社的) 기업자원 관리설비’(ERP, 2010.12.27. 법률 제10406호로 일부개정되기 전의 같은 법 제24조 제1항 제4호에서는 한자를 병기하지 아니함)의 정의를 따로 규정하고 있는 반면에, 쟁점별표조항에서 연구인력개발비 세액공제의 대상을 열거하면서 “ERP ‘등’ 시스템 개발을 위한 위탁비용”을 제외 하도록 규정하였는데, 후자의 조항을 문리해석하면 상위개념인 ‘시스 템’ 을 수식하는 ‘등’이라는 문언을 볼 때, ERP와 이와 유사한 설비가 ‘시스템’에 포함되고, ERP의 개발비용이 ‘시스템 개발을 위한 위탁비 용’ 에 포함된다고 보아야 하며, 기획재정부(조세특례제도과-671, 2016.5.31) 도 쟁점별표조항의 ‘ERP 등’이란 조특법 제5조의2 제1호에 따른 전사 적 기업자원 관리설비 및 이와 유사한 설비를 의미한다고 해석한 것을 볼 때 ‘ERP 등’에는 전사적 기업자원 관리설비와 유사한 설비까지도 포함됨이 뒷받침된다 할 것이다. 요컨대 쟁점시스템은 연구인력개발비 세액공제의 대상에서 제외 되는 ERP의 개념에 부합하고, 설사 그렇지 않더라도 쟁점별표조항에 서 규정하는 ‘ERP와 유사한 설비’에 해당된다 할 것이므로 연구인력개발 비 세액공제의 대상으로 볼 수는 없다. 한편 청구법인은 대법원 판결(2014.9.4. 선고 2014두7459 판결)에서 금융기관의 전산시스템 구축활동을 기술적 진전을 이루기 위한 것으 로 인정하였으므로 쟁점시스템의 구축에 대해서도 동일하게 적용되어야 한다고 주장하나, 해당 판결은 쟁점별표조항이 2010년 개정되기 전에 발행한 사안에 대한 것이므로 이 건에 적용할 수는 없다 할 것이다. 둘째, 쟁점시스템 위탁개발비 등 ERP투자비용을 연구인력개발비 세액공제의 대상에서 제외한 것은 입법정책적인 목적에 부합한다. 2010.12.27. 법률 제10406호로 일부개정되기 전의 조특법 제24조 제1항에서 ‘생산성향상을 도모하기 위하여 일정한 시설에 투자하는 경우에는 그 투자금액의 일정 비율을 공제’할 수 있도록 하면서, 같은 항 제4호에서 ERP를 규정하고 있었으나, 그 개정 이후에는 같은 호를 삭제하여 2011.1.1. 이후 개시하는 과세연도부터 ERP 투자비용이 발생하더라도 이러한 공제혜택을 받을 수 없게 되었고, 이는 ERP가 금융․유통․제조업 등의 분야에서 상용화되어 지원목적이 달성되었 음 에 기인하며, 2001.12.29. 법률 제6538호로 일부개정된 조특법 제5조의 2 제1항에서 중소사업자가 일정한 법률에 따라 지급받는 중소기업 정보 화지원사업을 위한 출연금 등으로 ERP 등 설비투자를 하는 경우에는 그 투자비용을 손금산입할 수 있도록 규정함으로써 그 시행일 이후 중소사업자의 ERP 등 설비투자에 대한 세제지원을 하고 있으나 청구 법인과 같은 일반기업의 경우에는 이러한 조세지원의 대상이 아니다. 나아가 연구인력개발비 세액공제의 대상에서 제외되는 ERP를 청 구법인의 주장대로 ERP라는 명칭으로 판매되는 범용소프트웨어 등으로 국한하여 해석한다면 자금력이 부족한 중소기업 등에 대해서만 불이 익을 주게 되고, 대기업의 대규모 전산시스템을 개발하는 외국계 기업이나 대기업(OOO 등) 등 시스템통합사업자(SI)의 영업을 지원하게 되어 중소기업을 지원하 는 조세특례의 취지에 부합하지 아니하고, 조특법에서 ERP의 정의를 명 확하게 정의하고 있음에도 그 명칭을 상황에 따라 자의적으로 정함에 따라 연구인력개발비 세액공제의 적용 여부가 결정되는 불합리한 결 과가 초래될 수 있다 할 것이다. 요컨대 ERP 등의 투자에 대한 세제지원은 조특법상의 정책적 목 적에 따라 전체 분야에 부여되다가 특정 분야 또는 중소기업 등에게만 지원되는 등 변동이 있었고, 특히 그동안 금융기관 등 대기업의 ERP 위탁개발비용이 연구인력개발비 세액공제의 대상인지 여부에 대하여 다툼이 제기되자 2010년 개정된 쟁점별표조항에서 해당 비용을 연구 인력개발비 세액공제의 대상에서 제외한 것은 이러한 입법자의 의도 로 보아야 한다.

• 가. 쟁점 쟁점시스템 위탁개발비가 조특법 시행령 제8조 제1항 및 별표6 제1호 나목 ①에 따른 ‘전사적 기업자원 관리설비(ERP) 등 시스템 개발을 위한 위탁비용’에 해당하여서 연구인력개발비 세액공제의 대 상으로 볼 수 없는지 여부
• 나. 관련 법령

(1) 조세특례제한법(2014.1.1. 법률 제12173호로 일부개정되기 전의 것) 제1조[목적] 이 법은 조세(租稅)의 감면 또는 중과(重課) 등 조세 특 례와 이의 제한에 관한 사항을 규정하여 과세의 공평을 기하고 조 세 정책을 효율적으로 수행함으로써 국민경제의 건전한 발전에 이바지함 을 목적으로 한다. 제2조[정의] ① 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

8. “조세특례”란 일정한 요건에 해당하는 경우의 특례세율 적용, 세 액 감면, 세액공제, 소득공제, 준비금의 손금산입 등의 조세감면과 특 정 목적을 위한 익금산입, 손금불산입 등의 중과세를 말한다. 제5조의2[중소기업 정보화 지원사업에 대한 과세특례] 대통령령으 로 정하는 중소사업자가 ｢중소기업기술혁신 촉진법｣ 제18조, ｢산업기술혁신 촉진법｣ 제19조 및 ｢정보통신산업 진흥법｣ 제44조 제1항 에 따라 2015년 12월 31일까지 지급받는 중소기업 정보화 지원사업을 위한 출연금 등을 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 설비에 투자하는 경 우에는 그 투자금액을 ｢소득세법｣ 제32조 및 ｢법인세법｣ 제36조 를 준용하여 손금에 산입할 수 있다.

1. 구매․설계․건설․생산․재고․인력 및 경영정보 등 기업의 인적 ․물적 자원을 전자적 형태로 관리하기 위하여 사용되는 컴퓨터와 그 주변기기, 소프트웨어, 통신설비, 그 밖의 유형․무형의 설비로서 감가상각 기간이 2년 이상인 설비(이하 “전사적(全社的) 기업자원 관리설비”라 한다)

2. 전자적 형태로 수요예측․수주(受注)․용역제공․상품판매․배송․대금결제․고객관리 등을 하기 위하여 사용되는 컴퓨터와 그 주변기기, 소프트웨어, 통신설비, 그 밖의 유형․무형의 설비로서 감가상각 기간이 2년 이상인 설비(이하 “전자상거래설비”라 한다)

3. 제1호와 제2호 외에 기업의 정보화에 사용되는 설비로서 대통령령으로 정하는 설비 제9조[연구ㆍ인력개발준비금의 손금산입] ① 내국인이 2013년 12 월 31일 이전에 끝나는 과세연도까지 연구개발 및 인력개발(이하 “연구ㆍ인력개발”이라 한다)에 필요한 비용에 충당하기 위하여 연구ㆍ인력개발준비금을 적립한 경우에는 해당 과세연도의 수입금액(법인세법제43조의 기업회계기준에 따라 계산한 매출액을 말한다. 이하 제10조에서 같다)에 100분의 3을 곱하여 산출한 금액의 범위에서 해당 과세연도의 소득금액을 계산할 때 해당 금액을 손금에 산입한다.

② 제1항에 따라 손금에 산입한 연구ㆍ인력개발준비금은 다음 각 호에 따라 익금에 산입한다.

1. 해당 준비금을 손금에 산입한 과세연도가 끝나는 날 이후 3년이 되는 날이 속하는 과세연도가 끝나는 날까지 연구ㆍ인력개발에 필요한 비용(새로운 서비스 및 서비스 전달체계를 개발하기 위한 연구개발의 경우 자체 연구개발에 필요한 비용만 해당한다) 중 대통령령으로 정하는 비용(이하 “연구ㆍ인력개발비”라 한다)에 사용한 금액에 상당하는 준비금은 그 3년이 되는 날이 속하는 과세연도 부 터 각 과세연도의 소득금액을 계산할 때 그 준비금을 36으로 나 눈 금액에 해당 과세연도의 개월 수를 곱하여 산출한 금액을 익금에 산입한다.

⑤ 제1항에 따른 연구개발은 과학적 또는 기술적 진전을 이루기 위한 활동과 새로운 서비스 및 서비스 전달체계를 개발하기 위한 활동을 말하고, 인력개발은 내국인이 고용하고 있는 임원 또는 사용인을 교 육 ㆍ훈련시키는 활동을 말하며 그 구체적인 범위는 대통령령으로 정한

• 다. 제10조[연구ㆍ인력개발비에 대한 세액공제] ① 내국인이 각 과세연도에 연구·인력개발비가 있는 경우에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액을 해당 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세만 해당한다) 또는 법인세에서 공제한다. 이 경우 제1호 및 제2호는 2015년 12월 31일까지 발생한 해당 연구·인력개발비에 대해서만 적용한다.

1. 연구·인력개발비 중 대통령령으로 정하는 신성장동력산업 분야의 연구개발비(이하 이 조에서 “신성장동력연구개발비:라 한다)에 대해서는 해당 과세연도에 발생한 신성장동력연구개발비에 100분의 20(중소기업의 경우에는 100분의 30)을 곱하여 계산한 금액

2. 연구․인력개발비 중 대통령령으로 정하는 원천기술을 얻기 위한 연구개발비(이하 이 조에서 “원천기술연구개발비”라 한다)에 대해서는 해당 과세연도에 발생한 원천기술연구개발비에 100분의 20(중소기업의 경우에는 100분의 30)을 곱하여 계산한 금액

3. 제1호 및 제2호에 해당하지 아니하거나 제1호 및 제2호를 선택하 지 아니한 내국인의 연구․인력개발비(이하 이 조에서 “일반연구․인력개발비”라 한다)의 경우에는 다음 각 목 중에서 선택하는 어느 하나에 해당하는 금액. 다만, 해당 과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 일반연구·인력개발비가 발생하지 아니하거나 직전 과세연도에 발생한 일반연구·인력개발비가 해당 과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 일반연구·인력개발비의 연평균 발생액보다 적은 경우에는 나목에 해당하는 금액

• 가. 해당 과세연도에 발생한 일반연구·인력개발비가 직전 과세연도에 발생한 일반연구·인력개발비를 초과하는 경우 그 초과하는 금액의 100분의 40(중소기업의 경우에는 100분의 50)에 상당하는 금액
• 나. 해당 과세연도에 발생한 일반연구·인력개발비에 다음의 구분에 따른 비율을 곱하여 계산한 금액

1. 중소기업인 경우: 100분의 25 2) 중소기업이 대통령령으로 정하는 바에 따라 최초로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우: 다음의 구분에 따른 비율 가) 최초로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 과세연도의 개시일부터 3년 이내에 끝나는 과세연도까지: 100분의 15 나) 가)의 기간 이후부터 2년 이내에 끝나는 과세연도까지: 100분의 10 3) 대통령령으로 정하는 중견기업이 2)에 해당하지 아니하는 경우: 100분의 8 4) 1)부터 3)까지의 어느 하나에 해당하지 아니하는 경우: 다음 계산식에 따른 비율(100분의 6을 한도로 한다) 100분의 3 + 해당 과세연도의 수입금액에서 일반연구·인력개발비가 차지하는 비율 × 2분의 1 제24조[생산성향상시설 투자 등에 대한 세액공제] ① 내국인이 생산성 향상을 위하여 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 시설에 2014년 12월 31일까지 투자(중고품 및 대통령령으로 정하는 리스에 의한 투자는 제외한다)하는 경우에는 그 투자금액의 100분의 3(중소기업의 경우에는 100분의 7)에 상당하는 금액을 소득세(사업소득에 대한 소득세만 해당한다) 또는 법인세에서 공제한다.

1. 공정(工程) 개선 및 자동화 시설 중 대통령령으로 정하는 시설

2. 첨단기술설비 중 대통령령으로 정하는 설비

4. 삭제 <2010.12.27>

(2) 조세특례제한법(2010.12.27. 법률 제10406호로 일부개정되기 전의 것) 제24조[생산성향상시설 투자 등에 대한 세액공제] ① 내국인이 생산성향상을 도모하기 위하여 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 시설에 2012년 12월 31일까지 투자(중고품에 의한 투자는 제외한다)하는 경우에는 그 투자금액의 100분의 3(중소기업의 경우에는 100분의 7)에 상당하는 금액을 소득세(사업소득에 대한 소득세만 해당한다) 또는 법인세에서 공제한다.

1. 공정(工程) 개선 및 자동화 시설 중 대통령령으로 정하는 시설

2. 첨단기술설비 중 대통령령으로 정하는 설비

3. 삭제 <2000.12.29>

(3) 조세특례제한법 시행령(2010.2.18. 대통령령 제22037호로 개정된 것) 제8조[연구 및 인력개발준비금의 범위 등] ① 법 제9조 제2항 제1 호에서 “대통령령으로 정하는 비용”이란 법 제9조 제5항에 따른 연구 개발활동 및 인력개발활동을 위한 비용으로서 별표6의 비용을 말한다. [별표6] 연구․인력개발비세액공제를 적용받는 비용

• 나. 위탁 및 공동연구개발

① 다음의 기관에게 연구개발용역 등을 위탁함에 따른 비용(전사적 기업자원 관리설비 등 시스템 개발을 위한 위탁비용은 제외한다. 이하 이 목에서 같다) 및 이들 기관과의 공동연구개발을 수행함에 따른 비용 ㉲ 국내외 기업의 연구기관(과학기술분야를 연구하는 경우에 한한다) 또는 전담부서 (4) 조세특례제한법 시행령(2010.2.18. 대통령령 제22037호로 개정되기 전의 것) [별표6] 연구․인력개발비세액공제를 적용받는 비용

• 나. 위탁 및 공동연구개발

① 다음의 기관에게 연구개발용역 등을 위탁함에 따른 비용 및 이들 기관과의 공동연구개발을 수행함에 따른 비용 ㉲ 국내외 기업의 연구기관(과학기술분야를 연구하는 경우에 한한다) 또는 전담부서

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청이 제출한 심리자료를 보면 청구법인이 2011․2013사업연도 법인세 신고시 쟁점시스템 위탁개발비에 대하여 연구인력개발비 세액공제를 적용하지 아니하였다가, 2017.6.28. 처분청에게 동 비용이 해당 세액공제에 해당된다는 이유로 합 계 OOO원의 세액공제 (이월공제)를 구하는 경정청구를 제기하였으나, 처분청은 2017.9.4. 쟁 점 시스템 위탁개발비가 조특법 제9조 제2항 제1호 및 2010년 개정된 쟁 점별표조항에 따라 연구․인력개발비에서 제외되는 ‘ERP 등 시스 템 개발을 위한 위탁비용’에 해당한다는 이유로 연구인력개발비 세액공 제의 대상이 아니라고 보아 해당 경정청구를 거부한 것으로 나타나고, 쟁점시스템 위탁개발비가 외부위탁용역비라는 사실에 대해서는 청구 법인과 처분청 사이에 다툼이 없으며, 청구법인은 이 건 경정청구를 할 때 쟁점시스템 위탁개발비가 조특법 제10조 제1항 제1호부터 제3 호까지의 금액 중 어디에 해당하는지를 기재하지 아니하였다.

(2) 처분청이 확인한 사실관계 등은 아래와 같다. (가)청구인이 제출한 경정청구서의 세액공제액 계산내역을 보면 2011사업연도(2011.4.1.～2012.3.31.)의 연구․인력개발비 OOO원 및 이외의 인력개발비 OOO에 공제율 40%를 적용(조특법 제10조 제1항 제3호 가목에 따른 ‘증가분 방식’)하여 세액공제액 OOO을 계산하였고, 2013사업연도(2013.4.1.～2014.3.31.)의 연구․인력개 발비 OOO)에서 해당 사업연도의 수입금 중 연구․인력개발비 비율 등으 로 산정한 공제율 3.22%를 적용(같은 호 나목에 따른 ‘당기분 방식’)하여 세액공제액 OOO원을 계산하였으나, 각 사업연도의 세액공제액 전부가 최저한세 적용에 따라 당기에 공제되는 세액공제 신청액이 없 는 것(이월공제 대상)으로 나타난다. (나) 청구법인은 2009.12.18. 위탁개발업체로 OOO의 구축과 관련한 업체로 OOO인을 선정한 후, 2010.1.7. OOO 주식회사와 아래 <표2> 기재와 같은 계약을 체결하여 34개월 동안 동 법인으로 하여금 쟁점시스템을 위탁개발하도록 하였다. (다) ERP와 관련한 문헌(OOO, ‘전사적자원관리의 발전과정과 발 전방향 제안’, 2006년 OOO제6권 제3호, 197쪽)에 의하면 ERP라는 용어를 처음 쓴 OOO이 ‘경영업무 의제기능을 유지하도록 설계된 일련의 어플리케이션으로, 차세대경영 업무시스템을 대표하는 것’으로 정의하였고, ERP가 제1단계인 1970 년대의 자재소요계획(MRP), 제2단계인 1980년대의 제조자원 계획(MRP2), 3단계인 1990년대의 ERP, 4단계인 2000년대의 확장된 ERP 등 단계적으로 발전되어 왔으며, 이 중 확장형 ER P 는 기존의 ERP시스템에 기능적․기술적 사항이 추가된 것으 로, 기업의 회계, 인사, 물류, 생산, 설계 등 업무중심의 고유기능과 더불어 경영혁신, 정보화지원기술, 산업유형, 전문화 분야 등으로 기능이 확대된 것을 의미한다고 나타나고, 처분 청 은 이러한 정의, 발전단계 등을 감안할 때 ERP가 기업활동에 사용되 는 기업 내의 모든 인적․물적 자원을 효율적으로 관리하여 궁극적으로 기업의 경쟁력을 강화시켜주는 역할을 하게 되는 통합정보시스템으 로, 조특법 제5조의2 제1호에 따른 ‘전사적 기업자원의 관리설비’와 동일한 의미에 해당한다고 보았다. (라)금융기관의 차세대시스템과 관련한 언론기사(2015.3.17. ‘ㅇㅇ IT일류화, ㅇㅇ생명․화재 차세대사업에 쏠리는 관심’이라는 제목의 OOO언론기사)에 의하면 ㅇㅇ통합시스템업체가 밝힌 ‘ㅇㅇ 관계사 IT일류화’의 경우 ㅇㅇ생명과 ㅇㅇ화재의 차세대시스템프로젝 트를 의미하는데, 앞서 해당 통합시스템업체가 공시를 통하여 ㅇㅇ생명과 ERP 구축을 위한 계약을 체결한 것으로 나타나고, 처분청은 이러한 언론기사와 같이 금융업계, 언론사 등도 ERP와 차세대시스템을 혼용 하고 있으므로 차세대시스템이라는 쟁점시스템이 ERP와 명확하게 구 분되는 특성이 없는 것으로 보았다. (마)OOO지방국세청장은 2017년 8월 쟁점시스템이 고객관리와 더불어 회계, 인사, 관리 등의 내부시스템과도 연동․운영되는바, 청구법인 내․외의 업무를 전반적으로 관리하는 통합시스템으로서 일종의 규모가 큰 ERP 또는 이와 유사한 시스템으로 보인다는 이유로 2010 년 개정된 쟁점별표조항에 따라 쟁점시스템 위탁개발비가 연구인력 개발비 세액공제의 대상에서 제외되는 것으로 검토하였고, 처분청은 이에 따라 2017.9.4. 청구법인에게 경정청구의 대상인 연구․인력개발 비(OOO)만 세액공제의 대상으로 인정하고, 그 나머지인 쟁점시스템 위탁개발비(OOO에 대 해서는 그 대상이 아니라는 내용의 거부통지를 하였다.

(3) 청구법인은 쟁점시스템의 구축이 기술적인 진전을 이루기 위한 것이고, 쟁점시스템 위탁개발비 중 범용소프트웨어 매입비용이 매우 적으므로 그 전체를 ‘단순한 자산취득비용’으로 볼 수 없다는 이유 등으로 해당 위탁개발비를 연구인력개발비 세액공제의 대상으로 보아야 한다고 주장하나, 이와 관련한 증빙자료를 제출하지 아니하였다.

(4) 관련 법령 및 그 개정내용 등은 아래와 같다. (가) 2010년 개정된 쟁점별표조항에 대한 ‘2010년 간추린 개정세법 해설자료’를 보면 연구인력개발비 세액공제의 요건 및 공제대상인 연구․인력개발비용을 합리적으로 조정하기 위하여 2010.1.1. 이후 최 초 로 개시하는 과세연도분부터 ‘ERP 등 시스템 개발을 위한 위탁비용’을 ‘ 해당 세액공제를 적용받는 비용’에서 제외하는 것으로 나타난다. (나) 조특법 제24조(생산성향상시설 투자 등에 대한 세액공제에 대한 것) 의 개정에 대한 ‘2002년 간추린 개정세법 해설자료’를 보면 생산성 및 투명성을 제고하기 위하여 2003.1.1 이후 최초로 투자하는 분부터 ERP와 유사한 정보화투자인 공급망관 리(SCM), 고객관계관리(CRM)에 대한 투자에 대해서도 ERP와 동일하게 세제지원을 하는 것으로 나타나고, 정보화투자에 대한 세제지원의 내용은 아래 <표3> 기재와 같다. (다) 조특법 제5조의2(중소기업 정보화 지원사업에 관한 과세특례 에 대한 것)에서 중소사업자가 일정 출연금에 대하여 과세이연을 받 을 수 있는 특례를 부여하면서 투자대상 중 하나로 ERP를 열거하면서, 그 정의를 ‘구매․설계․건설․생산․재고․인력 및 경영정보 등 기 업의 인적․물적 자원을 전자적 형태로 관리하기 위하여 사용되는 컴퓨터와 그 주변기기, 소프트웨어, 통신설비, 그 밖의 유형․무형의 설비로서 감가상각 기간이 2년 이상인 설비’인 것으로 규정하였다. (5) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구 법인은 쟁점시스템이 기술적인 진전을 이루기 위한 전산시스템을 구축 하기 위하여 외부업체에 위탁하여 개발을 진행하였고, 금융기관의 핵 심 금융업무 수행, 대규모․장기간의 개발과정 소요, 개발 결과물의 청구법인 소유 등을 이유로 들어 ERP 등 시스템의 개발과는 근본적으로 다른 연구․개발활동에 해당하고, ERP와 같은 단순 자산의 취득 행 위와는 분명히 구분되는 것이라고 주장하나, 쟁점시스템이 비록 기존 소프트웨어의 이식이 아니라 청구법인의 특성에 부합하는 고도의 맞춤제작(커스터마이징)을 위하여 상당한 기간에 걸쳐 고액의 비용을 소요하여 개발된 것이라 하더라도 동 시스템 개발의 주된 목적이 청구법인 내부의 인적․물적 자원을 전자적 형태로 관리하기 위한 것으로 보이는 점(쟁점시스템이 청구법인 의 종전 전산시스템에 비하여 어떠한 기술적인 진전이 있었는지에 대한 증빙자료 미제시), 2010년 개정된 쟁점별표조항에서 위탁 및 공동연구 개발비용 중 ERP 등 시스템 개발을 위한 위탁비용은 제외한다고 규 정하였는데, 이는 당시 전산시스템 규모가 날로 확대되는 현실을 감안하여 연구인력개발비 세액공제에서 제외되는 대상을 ERP 등 시 스템 개발 위탁비용으로 규정한 것으로 보이고, 입법기술상 지속적 인 과학 기술의 발전에 따라 새로이 등장하는 전산시스템에 대하여 일일 이 열 거하기는 어려웠던 것으로 보이는 점, 조특법 제9조 제2항 제1호 에서 서비스 분야의 자체 연구개발에 필요한 비용만을 세액공제의 대상으 로 한정하고 있는바, 쟁점시스템의 개발과정에 새로운 서비스 또는 서비스 전달체계에 관한 연구개발비가 포함되었다면 관련된 위탁비용 은 원천적으로 세액공제의 대상에서 배제되는 것이 타당한 점, ERP 가 조특법상 정보화투자에 대한 세제지원 대상의 하나이고 정보화투자의 개념에 ERP를 비롯하여 쟁점시스템에 해당하는 SI(System Integration, 시스템통합) 정보시스템도 포함되는 점 등에 비추어 볼 때, 쟁점시스 템 은 ERP 또는 이와 유사한 시스템에 해당하는 것으로 보이므로 처분 청 이 쟁점시스템 위탁개발비를 연구인력개발비 세액공제 대상에 해당 하 지 아니하는 것으로 보아 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 달 리 잘못이 없다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.